Han pasado cerca de doscientos aos de la muerte de Ellen Ripley en

Fury 161. Gracias a un experimento militar y usando muestras de sangre

congelada de aquella prisin, oficiales cientficos, despus de siete
intentos fallidos, logran clonar una perfecta copia de Ripley y un embrin
de una Alien reina, el cual logran extirparle de su torso con xito.
Un grupo de mercenarios llega a la gigantesca nave USM Auriga, donde
estn llevando a cabo un experimento con un cargamento de obreros vivos
pero en hipersueo. Ignorando el propsito de esa carga, se limitan a
cobrar lo acordado y hospedarse por un par de das en la nave. Los
mercenarios entonces conocen a Ripley, que parece tener una fuerza
sobrehumana e incluso su sangre es cido, producto de un fallo en el
experimento de clonacin que ha combinado el ADN de Ripley con el del
xenomorfo.
Pronto la reina llega a su fase adulta y son criados doce Aliens los cuales
permanecen enjaulados en constante estudio. Posteriormente los
xenomorfos logran escapar y toda la nave es evacuada quedando
solamente los siete oficiales cientficos, Ripley y los tripulantes de la Betty
(los mercenarios) a bordo, junto a una manada de Aliens y su reina y para
empeorar las cosas, la nave se dirige en su procedimiento de emergencia,
a la Tierra.
La nica manera de lograr escapar es que los supervivientes trabajen
juntos y olviden sus diferencias. En el camino descubren que un miembro
del grupo de los mercenarios, Call (Winona Ryder), que es en realidad una
androide de segunda generacin (androides creados por robots, conocidos
como autons) que est enterada del experimento de revivir a Ripley y
desde un principio tena el objetivo de eliminarla junto con el Alien que
portaba.
Finalmente logran llegar a la Betty, pero Ripley queda atrapada en la
madriguera de la reina y descubre que, as como ella tiene algo de Alien, la
Reina tambin tiene algo de humana y deber enfrentarse a algo nunca
antes visto, la reina da a luz a un espantoso hbrido xenomorfo humano
que solo reconoce a Ripley como su madre y elimina a la reina xenomorfo
de un solo golpe.
La criatura logra colarse en la nave de escape, que logra despegar para
llegar a salvo a la Tierra antes de que la nave Auriga complete su fase de
autodestruccin. El hbrido elimina a uno de los tripulantes y casi acaba
con Call cuando Ripley interviene y logra liberar a la androide. Ripley, al
acariciar a la criatura que la reconoce como su madre, se autoinflige una
herida y con la sangre que emana, la arroja a una ventanilla de vidrio que
se fisura por accin del agresivo qumico que tiene en su sangre. El hbrido
es succionado a travs del pequeo orificio y muere de forma espantosa.
La nave de rescate logra atravesar la atmsfera y la pelcula concluye con
los supervivientes viendo la luz del cielo terrestre.