REPLIKASI DNA

Replikasi DNA merupakan tahapan penting yang mengawali proses mitosis

dan meiosis. Secara umum, replikasi DNA merupakan proses pengkopian rangkaian
molekul DNA indukan sehingga dihasilkan molekul anakan yang identik. Terdapat 3
model hipotesis replikasi DNA yaitu :
1. Model Konservatif
2. Model Dispersif
3. Model Semi Konservatif

Gambar 1. Model Replikasi DNA

Pada tahun 1958 Mattew Maselson berhasil membuktikan bahwa replikasi
DNA berlangsung dengan mekanisme semi konservatif. Model semi konservatif
menggambarkan bahwa untaian molekul DNA anakan (baru) terdiri dari pasangan
untai DNA induk dan DNA anakan. Untai DNA anakan akan dibentuk dari arah 5
----> 3 secara komplemanter berdasarkan untai DNA induk sebagai template. Secara
ringkas, proses replikasi DNA dapat dibagi ke dalam 5 tahapan yaitu :

1. Denaturasi
Sebelum replikasi dimulai, DNA akan mengalami perubahan struktur yang
memungkinkan terjadinya proses replikasi.
Denaturasi akan berawal dari titik yang disebut ori (origins of replication) yang
ditandai adanya buble of replication, pembukaan ikatan hidrogen yang

1
menyebabkan pembukaan untaian DNA induk akan membentuk suatu struktur
yang disebut garpu replikasi (replication fork). Dari awalan garpu replikasi inilah
DNA iduk sebagai template akan terbuka secara bertahap dan kemudian
direplikasi.

Gambar 2. Titik ori dan Buble of replication

Untaian DNA induk akan mengalami denaturasi yaitu proses pemutusan ikatan
hidrogen antara basa-basa nitrogen penyusun DNA, ikatan hidrogen A-T dan G-C
akan diputuskan melalui proses enzimatik oleh enzim girase pada prokariot,
sedangkan pada eukariot oleh enzim helikase, selama pembukaan ikatan hidrogen
ini supaya molekul DNA tidak menjadi tegang maka diperlukan bantuan enzim
topoisomerase untuk melonggarkan lilitan DNA induk. Setelah untaian DNA
induk terbuka maka agar untai yang telah terbuka tidak berikatan kembali maka
untai DNA induk akan diikat oleh protein SSB (Singel Strand Binding).

2
 Gambar 2. Garpu Replikasi

Gambar 3. Pembukaan Untai DNA

Kedua untai DNA anakan disintesis dengan arah geometris yang berlawanan, satu
untai DNA anakan dibentuk searah pembukaan garpu replikasi yang menjadi untai
kontinu (leading strand), sedangkan satu untai lagi disintesis berlawanan dengan
pembukaan garpu replikasi yang menjadi untai diskontinu (lagging Strand)
menghasilkan berupa fragmen-fragmen yang disebut fragmen Okazaki

2. Inisiasi
Proses inisiasi atau pengawalan dimulai pada titik ori . Pada prokariotik hanya
diperlukan satu titik ori, sedangkan pada eukariot diperlukan banyak titik ori. Titik
ori ditandai dengan susunan 245 pb yang mengandung urutan nukleotida
TTATCCACA sebanyak 4 kali.
Untuk memulai polimerisasi untai DNA anakan diperlukan primer, yaitu suatu
molekul yang digunakan untuk mengawali proses polimerisasi untai DNA baru.
Molekul primer dapat berupa DNA, protein spesifik, atau RNA.
RNA Primer terdiri dari untaian 10-12 nukleotida yang disintesis oleh RNA
polymerase sedangkan pada E. coli, sintesis RNA primer dilakukan oleh kompleks

3
 protein yang disebut primosom yang terdiri atas enzim khusus yang disebut
primase.
Primer yang telah disintesis kemudian menempel (anneal) pada DNA induk yang
menjadi template. Molekul primer ini digunakan untuk awalan polimerisasi untai
DNA anakan yang komplementer dari untai DNA induk. Pada leading strand
hanya diperlukan 1 primer, sedangkan pada lagging strand diperlukan banyak
primer.

3. Elongasi
Aktivitas elongasi ditandai dengan adanya polimerisasi untai DNA anakan yang
dimulai dari primer, rangkaian nukleotida pada untai anakan bersifat
komplementer dengan untai DNA induk. Aktivitas polimerisasi ini akan
berlangsung dari arah 5 ----> 3.

Gambar 4. Polimerisasi DNA

Pada tahap ini diperlukan dNTP yaitu molekul deoksiribonukleotida trifosfat yang
terdiri dari dATP, dTTP, dGTP, dCTP sebagai bahan monomer untuk pembentukan
polimer untai DNA anakan. Proses polimerisasi monomer dNTP akan dibantu
dengan enzim DNA polimerase.
DNA polimerase berperan merangkai untai DNA baru pada leading strand
membentuk untai kontinu dan pada lagging strand membentuk untai diskontinu
yang disebut fragmen Okazaki. Untaian DNA baru terbentuk dari dNTP yang

4
 merupakan prekursor. Nukleotida dari dNTP membentuk pasangan basa dengan
nukleotida komplementer pada untai cetakan, membentuk ikatan ester pada ujung
3-hidroksil bebas di ujung rantai yang sedang tumbuh, dan pirofosfat dilepaskan.

Gambar 5. Polimerisasi DNA

Pelepasan pirofosfat dan pemutusan selanjutnya oleh pirofosfatase menghasilkan
energi yang mendorong proses polimerase lebih lanjut.
Ada beberapa perbedaan sistem replikasi DNA eukariot dengan prokariot. Pada
prokariot, DNA polimerase terdiri atas tiga jenis yaitu DNA polimerase I, DNA
polimerase II, dan DNA polimerase III. Sedangkan pada eukariot, enzim DNA
polimerase terdiri atas 5 jenis yaitu DNA polimerase , , , , dan .
Pada prokariot DNA polimerase III lah yang berperan dalam proses polimerisasi.
Sedangkan pada eukariot yang berperan dalam polimerisasi adalah DNA
polimerase dan (pada mtDNA). Proses replikasi akan berlangung secara
bidireksional. Sedangkan DNA polimerase lainnya berperan dalam proses reparasi
DNA.

4. Ligasi

5
 Pada fragmen okazaki DNA polimerase akan terdisosiasi ketika bertemu dengan
ujung 5P-RNA primer. Sedangkan pada leading strand baru akan terdisosiasi
pada titik terminasi.
Bagian RNA primer pada fragmen okazaki selanjutnya akan didegradasi oleh
enzim DNA polimerase I.

Gambar 6. Fragmen Okazaki

Maka untuk menyambungkan antar fragmen tersebut menjadi untai yang kontinu
diperlukan sebuah sambungan dengan bantuan enzim ligase.

5. Terminasi
Pada prokariot, replikasi genom berbentuk lingkar berakhir pada waktu kedua
garpu replikasi bertemu pada suatu titik. Titik tempat pengakhiran replikasi
disebut sisi terminasi yang ditandai dengan urutan
AATTAGTATGTTGTAACTAANT, urutan ini diperlukan untuk menghentikan
garpu replikasi yang mendekati daerah tersbut dari ujung 5.
Pada eukariot, replikasi genom berbentuk linier. Urutan konsensus sisi terminasi
pada vertebrata termasuk manusia adalah TTAGGG/AATCCC.
Pada saat menjelang akhir replikasi, kedua untai DNA hasil replikasi masih saling
berliltan, maka harus segera dipisahkan sehingga dapat diturunkan ke sel anakan.

PEMBENTUKAN LEADING STRAND

6
Pembentukan leading strand dimulai pada saat penempelan RNA primer pada DNA
induk sebagai template, untai ini merupakan untai anakan yang dibentuk secara
kontinu mengikuti arah pembukaan garpu replikasi, untai ini akan terbentuk dari arah
5 ----> 3.

PEMBENTUKAN LAGGING STRAND

Pembentukan laggiing strand dimulai pada saat penempelan RNA primer pada DNA
induk sebagai template, untai ini merupakan untai anakan yang dibentuk secara
diskontinu yang berlawanan arah dengan pembukaan garpu replikasi, untai ini akan
terbentuk dari arah 5 ----> 3 menghasilkan fragmen-fragmen yang disebut fragmen
okazaki. Fragmen okazaki akan disambungkan menjadi sebuah untai DNA anakan
yang kontinu setelah RNA primer didegradasi oleh enzim DNA polimerase I, adanya
celah antar fragmen akan disambungkan dengan bantun enzim ligase, enzim ini akan
membuat jembatan ikatan antara ujung 3-OH dan 5P membentuk ikatan fosfodiester,
sehingga terbentuk untai anakan yang bersambung.

Referensi

Djuminar, Ai. 2011. Biologi Molekular. Bandung : POLTEKKES KEMENKES

BANDUNG.
Nelson, David L., Michael M. Cox. 2007. Lehninger Principles of Biochemistry 5th
edition. New York : W.H. Freeman and Company.