BAB I

PENDAHULUAN

Ilmu kedokteran Forensik Molekuler adalah suatu bidang ilmu yang baru
berkembang dalam dua dekade terakhir, merupakan bagian dari ilmu kedokteran
forensik yang memanfaatkan pengetahuan kedokteran dan biologi pada tingkat
molekul atau DNA. Sebagai suatu bidang cabang ilmu kedokteran forensik yang
baru, ilmu ini melengkapi dan menyempurnakan berbagai pemeriksaan
identifikasi personal.1

Identifikasi forensik merupakan upaya yang dilakukan dengan tujuan

membantu penyidik untuk menentukan identitas seseorang. Identifikasi personal
sering merupakan suatu masalah dalam kasus pidana maupun perdata.
Menentukan identitas personal dengan tepat amat penting dalam penyidikan
karena adanya kekeliruan dapat berakibat fatal dalam proses peradilan 2

Peran ilmu kedokteran forensik dalam identifikasi terutama pada jenazah

tidak dikenal, jenazah yang rusak, membusuk, hangus terbakar, dan kecelakaan
masal, bencana alam, huru-hara yang menyebabkan banyak korban meninggal,
serta potongan tubuh manusia atau kerangka. Selain itu identifikasi forensik juga
berperan dalam berbagai kasus lain seperti penculikan anak, bayi tertukar, atau
diragukan orang tuanya. Untuk meminimalisir kekeliruan maka diperlukan suatu
teknik identifikasi dengan sensitivitas dan spesifitas yang tinggi di mana
pemanfaatan teknologi analisis DNA dapat dipertimbangkan sebagai alternatif 3

Pemeriksaan identifikasi Forensik melalui analisis DNA telah diakui

sebagai suatu sarana yang canggih untuk membantu pihak penyelidik dan
penuntun umum dalam perkara tindak pidana maupun perdata. DNA juga terbukti
mempunyai kegunaan yang sangat besar dalam identifikasi forensik. Hanya
sepersepuluh dari satu persen DNA (sekitar 3 juta basis) berbeda dari satu orang
ke orang lain.Menggunakan sampel dari darah, tulang, rambut, dan jaringan tubuh
lainnya. Saat ini penerimaan bukti DNA dalam persidangan di berbagai belahan
dunia semakin memperkokoh peranan analisis DNA dalam sistem peradilan 4

1
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Identifikasi Forensik

Identifikasi forensik adalah upaya yang dilakukan dengan tujuan

membantu penyidik untuk menentukan identitas seseorang. Identifikasi personal
sering merupakan suatu masalah dalam kasus pidana maupun perdata.
Menetukan identifikasi personal dengan tepat sangat penting dalam penyidikan
karena adanya kekeliruan dapat berakibat fatal dalam proses peradilan. Peran
ilmu kedokteran forensik dalam identifikasi terutama pada jenazah tidak dikenal,
jenazah yang membusuk, terbakar, dan bencana alam yang mengakibatkan
banyak korban meninggal, serta potongan tubuh manusia atau kerangka.5,6

Dengan diketahuinya jati diri korban, pihak penyidik dapat melakukan

peyidikan untuk mengungkap kasus menjadi lebih terarah; oleh karena secara
kriminologis pada umumnya ada hubungan antara pelaku dengan korbannya.
Dengan diketahuinya jati diri korban, penyidik akan lebih mudah membuat satu
daftar dari orang-orang yang patut dicurigai. Daftar tersebut aan lebih diperkecil
lagi bila diketahui saat kematian korban serta alat yang dipakai oleh tersangka
pelaku kejahatan. Metode yang biasa digunakan terdiri dari : 5

1. Metoda visual, dengan memperhatikan dengan cermat atas korban, terutama

wajahnya oelh pihak keluarga atau rekan dekatnya, amka jati diri korban dapat
diketahui.
2. Pakaian, pencatatan yang teliti atas pakaian, bahan yang dipakai, mode serta
adaya tulisan-tulisan seperti: merek pakaian, penjahit, laundry atau intial
nama, dapat memberikan informasi yang berharga, milik siapakah pakaian
tersebut.
3. Perhiasan, anting-anting, kalung, gelang, serta cincin yang ada pada tubuh
korban, khususnya bila pada perhiasan itu terdapat initial nama seorang yang

2
 biasanya terdapat pada bagian dalam dari gelang atau cincin; akan membantu
dokter atau pihak penyidik di dalam menentukan identitas korban.
4. Dokumen, kartu tanda penduduk, surat izin mengemudi, paspor, kartu
golongan darah, tanda pembayaran yang ditemukan dalam dompet atau tas
korban dapat menunjukkan jati diri korban.
5. Medis, pemeriksaan fisik secara keseluruhan, yang meliputi bentuk tubuh,
tinggi dan berat badan, warna tirai mata,adanya cacat tubuh serta kelainan
bawaan, jaringan parut bekas operasi serta adanya tatto, dapat memastikan
siapa jati diri korban.
6. Gigi, bentuk gigi dan bentuk rahang merupakan ciri khusus dari seseorang,
sedemikian khususnya sehingga dapat diaktakan idak ada gigi atau rahang
yang identik pada dua orang yang berbeda, menjadikan pemeriksaan gigi ini
mempunyai nilai yang tinggi dalam hal penentuan jati diri seseorang.
7. Sidik jari, dapat dikatakan bahwa tidak ada dua orang yang mempunyai sidik
jari yang sama, walaupun kedua orang tersebut kembar satu telur.
10. Serologi, penentuan golongan darah yang diambil baik dari dalam tubuh
korban, maupun bercak darah yang berasal dari bercak-bercak yang terdapat
pada pakaian, akan dapat mengetahui golongan darah si korban.
11. Ekslusi, metoda ini umumnya hanya dipakai pada kasus dimana banyak
terdapat korban (kecelakaan masal), seperti peristiwa tabrakan kapal udara,
tabrakan kereta api atau angkutan lainnya yang membawa banyak penumpang.
Dari daftar penumpang (passanger list), pesawat terbang, akan dapat diketahui
siapa-siapa yang menjadi korban.
12. Analisis DNA, Forensik DNA merupakan alat pengidentifikasian yang terkini.
Di masa yang akan datang, DNA merupakan alat bukti yang pasti dijadikan
standar utama oleh tim investigasi dalam mengungkap siapakah korban
maupun pelaku tindak pidana. Selanjutnya penerapan teknlogi DNA akan
dibahas di subbab selanjutnya.

2.2 Dasar Hukum Identifikasi Forensik

Pasal 183 Kitab Undang Undang Hukum Acara Pidana (KUHAP)
menegaskan bahwa :

3
 Hakim tidak boleh menjatuhkan pidana kepada seorang kecuali apabila
dengan sekurang-kurangnya dua alat bukti yang sah, ia memperoleh
keyakinan bahwa terdakwalah yang bersalah melakukannya.7
Dalam pasal 184 KUHAP mengatur sebagai berikut 7:
(1) Alat bukti yang sah ialah :
a. Keterangan saksi
b. Keterangan ahli
c. Surat
d. Petunjuk
e. Keterangan terdakwa
(2) Hal yang secara umum sudah diketahui tidak perlu dibuktikan

2.3 PENGERTIAN DNA

2.3.1. STRUKTUR DAN KARAKTERISTIK DNA

DNA (deoxyribo nucleic acid) adalah asam nukleat yang mengandung

materi genetik yang berguna untuk perkembangan dan fungsi biologis seluruh
organisme hidup. Fungsi utama dari molekul DNA adalah sebagai tempat
penyimpanan informasi jangka panjang. DNA seringkali dianalogkan dengan blue
print, karena DNA mengandung instruksi yang diperlukan dalam pembentukan
komponen sel seperti protein dan molekul RNA. Segmen DNA yang membawa
informasi genetik disebut gen.8

DNA berwujud dua rantai polimer panjang (double helix) yang terdiri dari
komponen gula pentosa (deoksiribosa) dan gugus fosfat yang distabilisasi oleh
ikatan hidrogen antar molekul basa yang terdapat pada kedua untai. Keempat basa
DNA adalah Adenin (A), sitosin (C), guanin (G), dan timin (T), yang kemudian
diklasifikasikan menjadi dua tipe, yaitu Purin (pasangan adenin dan guanin yang
memiliki struktur cincin ganda) dan Pirimidin (pasangan sitosin dan timin yang
mempunyai struktur cincin tungal).9

Selain itu, DNA mempunyai unit esensial berupa kodon, yang merupakan
triplet urutan basa dan masing-masing triplet mengkodekan sebuah asam amino
tertentu. Kode genetik hanya menentukan struktur protein primer. Protein ini

4
dapat merupakan komponen struktural makromolekul atau enzim yang
mengendalikan sintesis non protein.8

Pada organisme eukariotik, sebagian besar DNA berada pada inti sel
(kromosom), yaitu yang disebut core DNA (c-DNA); dan sebagian kecil DNA
berada dalam mitokondria (organel mitokondria), yaitu yang disebut mitokondria
DNA (mt-DNA). c-DNA merupakan materi genetik yang membawa sifat individu
dan diturunkan dari ayah dan ibu menurut hukum Mendel. Berdasarkan pola
pewarisan ini, maka pemeriksaan c-DNA dapat digunakan untuk mencari
hubungan anak-ibu maupun anak-bapak.8

Gambar 1. Struktur Kimia DNA URL: http://schools-wikipedia.org/wp/g/Genetics.htm

Sedangkan mt-DNA merupakan materi genetik yang membawa kode

genetik dari berbagai enzim dan protein yang berkaitan dengan proses
pembentukan dan penuaan. Berbeda dengan c-DNA, mt-DNA berbentuk

5
lingkaran ganda yang hanya diturunkan dari ibu kepada anak, sehingga
pemeriksaan mt-DNA hanya dapat digunakan untuk mencari hubungan anak-ibu.
Dalam forensik yang dimaksud dengan pemeriksaan DNA umumnya merujuk
pada pemeriksaan c-DNA yang penggunannya lebih luas.8

2.3.2. KROMOSOM

Setiap sel dalam tubuh seseorang memiliki rangkaian DNA identik.

Rangkaian DNA setiap sel disebut kromosom. Setiap kromosom dibagi menjadi
lokus-lokus yang menandai posisi gen dalam kromosom. Setiap sel dalam tubuh
manusia memiliki 23 pasang kromosom yang terdiri atas 22 pasang kromosom
autosomal dan satu pasang kromosom seks (XX pada wanita, dan XY pada laki-
laki). Rangkaian DNA pada setiap orang didapatkan dari kontribusi sel ovum
ibunya dan sel sperma ayahnya.9

Kromosom Y menempati posisi yang unik dalam hal kriminologi dan

genealogi. Kromosom Y merupakan salah satu kromosom terkecil dari 23 pasang
kromosom manusia, namun memiliki sejumlah gen aktif dan memiliki nilai
penting dalam DNA-typing.9

Kromosom Y mengandung SRY (Sex Determining Region Y) yang

berperan menentukan kelelakian seseorang dengan peranannya mengatur
terbentuknya hormon testosterone. Kromosom Y bersifat unik karena setiap
kromosom Y pada seorang pria akan diturunkannya secara langsung hanya kepada
anak laki-lakinya dan kemudian diteruskan oleh anak laki-lakinya kepada cucunya
hingga keturunan laki-laki selanjutnya.9

Peran penting kromosom Y dalam DNA typing antara lain untuk

kriminologi dan analisis forensik, analisis orang hilang, kasus warisan yang
melibatkan keterkaitan genetik antara anggota keluarga laki-laki, kasus imigrasi
untuk menentukan kekerabatan genetik, dan kepentingan antropologi.9

6
2.4. TES DNA

2.4.1. PENGERTIAN TES DNA

Tes DNA adalah salah satu teknik biologi molekuler penanda genetik yang
dipakai untuk pengujian terhadap materi profil DNA, yaitu sehimpunan data yang
menggambarkan susunan DNA yang dianggap khas untuk individu yang menjadi
sampelnya. Hanya sebagian kecil berkas DNA yang dipakai untuk pengujian,
seperti bagian DNA yang berisi pengulangan urutan basa (variable number
tandam repeats / VNRT).8

Tes DNA ini sangat dipercaya dan sudah diakui keabsahannya dapat
mengidentifikasi seseorang dengan keakuratan mencapai 100 %, sehingga banyak
dimanfaatkan dalam analisis, pihak kepolisian maupun pengadilan khusunya
untuk membantu mengungkap suatu perkara. Adanya kesalahan bahwa kemiripan
pola DNA bisa terjadi secara random (kebetulan) sangat kecil kemungkinannya,
yaitu dengan peluang satu diantara satu juta. Jikapun terdapat kesalahan itu
disebabkan oleh faktor human error terutama pada kesalahan interpretasi fragmen-
fragmen DNA oleh operator (manusia).8, 10,11

DNA yang biasa digunakan dalam tes adalah c-DNA dan mt-DNA.
Sampel DNA yang paling akurat digunakan dalam tes adalah c-DNA, karena inti
sel tidak bisa berubah. Sementara mt-DNA dapat berubah karena berasal dari
garis keturunan ibu yang dapat berubah seiring dengan perkawinan keturunannya.
Namun, keunikan dari pola pewarisan mt-DNA tersebut sekaligus menjadi
kelebihannya, sehingga mt-DNA dapat dijadikan sebagai marker (penanda) untuk
tes DNA dalam upaya mengidentifikasi hubungan kekerabatan secara maternal.12

2.4.2. TUJUAN TES DNA

Tes DNA pada umumnya digunakan untuk 2 tujuan yaitu :

(1) tujuan pribadi seperti penentuan perwalian anak atau penentuan orang
tua dari anak (Tes Paternitas)

7
 (2) tujuan hukum, yang meliputi masalah forensik, seperti identifikasi
korban yang telah hancur maupun untuk pembuktian kasus kejahatan semisal
kasus pemerkosaan atau pembunuhan. 12
Tes paternitas adalah pemeriksaan yang dilakukan untuk mengetahui
apakah seorang pria adalah ayah biologis dari seorang anak. Metode tes paternitas
terbagi atas metode analisis DNA dan metode konvensional. Tes paternitas
dengan menggunakan analisis DNA merupakan analisis informasi genetik yang
sangat spesifik dalam membedakan ciri setiap individu, sehingga dapat
memastikan (hampir 100%) bahwa seseorang adalah ayah biologis si anak atau
bukan. Sedangkan metode konvensional dengan analisis fenotip dibagi menjadi
tiga, yaitu 12

1. Sistem sel darah merah terdiri dari: sistem ABO, Rhesus (Rh), MNS, Kell
(K), Duffy (Fy), Kidd (Jk), Lutheran.
2. Sistem biokimia meliputi pemeriksaan plasma protein dan enzim sel darah
merah terdiri dari: haptoglobin (Hp), phosphoglucomrantaie (PGM),
Esterase D (EsD), Erythrocyte Acid Phosphatase (EAP), Glyoxalase
(GLO), Adenosine Deaminase (ADA), Adenylate Kinase (AK), Group
specific Component (GC), Gm dan KM.
3. Human Leucocyte Antigen (HLA) yang mengidentifikasi antigen pada
leukosit.

2.4.3. SAMPEL DAN PENYIAPAN SAMPEL UNTUK TES DNA

Hampir semua sampel biologis tubuh seperti darah dan bercak darah,
seminal, cairan vaginal, dan bercak kering, rambut (baik rambut lengkap dengan
akarnya atau hanya batang rambut), epitel bibir (misal pada puntung rokok), sel
buccal, tulang, gigi, saliva dengan nukleus (pada amplop, perangko, cangkir),
urine, feces, kerokan kuku, jaringan otot, ketombe, sidik jari, atau pada peralatan
pribadi dapat digunakan untuk sampel tes DNA, tetapi yang sering digunakan
adalah darah, rambut, usapan mulut pada pipi bagian dalam (buccal swab), dan
kuku. Untuk kasus-kasus forensik, sampel sperma, daging, tulang, kulit, air liur

8
atau sampel biologis lain yang ditemukan di tempat kejadian perkara (TKP) dapat
dijadikan sampel tes DNA.13

Tahap pengambilan dan penyimpanan bahan atau sampel merupakan

tahapan yang vital, dan harus dilakukan dengan prinsip-prinsip di bawah ini: 13

1. Hindari tempat yang terkontaminasi DNA dengan tidak menyentuh

objek secara langsung dengan tangan, tidak bersin atau batuk di dekat
barang bukti.
2. Menggunakan sarung tangan bersih untuk pengumpulan barang bukti.
Sarung tangan harus diganti untuk setiap penanganan barang bukti
yang berbeda
3. Setiap barang bukti harus disimpan terpisah.
4. Bercak darah, bercak sperma, dan bercak lainnya harus dikeringkan
dahulu sebelum disimpan.
5. Sampel harus disimpan pada amplop atau kertas setelah dikeringkan.
Jangan menggunakan bahan plastik karena plastik dapat mempercepat
degradasi molekul DNA. Setiap amplop harus ditandai nomor kasus,
nomor bukti, waktu pengumpulan.
6. Bercak pada permukaan meja atau lantai dapat diambil dengan swab
kapas steril dan alkohol. Keringkan kapas tersebut sebelum dibawa.
7. Di laboratorium, sampel DNA disimpan dalam kulkas bersuhu 4oC
atau dalam freezer bersuhu -20oC. Sampel yang akan digunakan dalam
waktu yang lama, dapat disimpan dalam suhu -70oC.

Secara umum DNA dapat rusak akibat pengaruh lingkungan seperti

paparan sinar matahari, terkena panas, bahan kimia, air dan akibat kerja enzim
DNAase yang terdapat dalam jaringan sendiri. Untuk itu terhadap berbagai bahan
sampel tersebut harus diberi perlakuan sebagai berikut:14

1. Jaringan, organ dan tulang.15

Bila masih segar, ambil tiap bagian dengan pinset lalu masukkan masing-
masing bagian ke dalam wadah tersendiri. Beri label yang jelas dan
tanggal pengambilan sampel, simpan di pendingin lalu kirim ke

9
 laboratorium. Namun bila sampel tidak lagi segar (busuk), ambil sampel,
bungkus dengan kerta alumunium, dan bekukan pada suhu -20oC. Beri
label yang jelas dan tanggal pengambilan sampel, lalu kirim ke
laboratorium.
2. Darah dan bercak darah (seperti darah pada pakaian, karpet, tempat tidur,
perban).14,15
- Darah
o Darah cair dari seseorang.
Ambil dengan menggunakan semprit.
Masukkan ke dalam tabung yang diberikan pengawet
EDTA 1 ml darah.
Beri label yang jelas dan tanggal pengambilan sampel,
simpan dalam termos es, lemari es atau kirim ke
laboratorium.
o Darah cair di TKP.
Ambil dengan menggunakan semprit, pipet atau kain.
Masukkan ke dalam tabung yang berisikan pengawet
EDTA. Bila membeku, ambil dengan menggunakan
spaltel.
Beri label yang jelas dan tanggal pengambilan sampel,
simpan di termos es, lemari es, atau kirim ke laboratorium.
o Darah cair dalam air/salju/es.
Sesegera mungkin, ambil secukupnya, masukkan ke dalam
botol.
Hindari kontaminasi, beri label yang jelas dan tanggal
pengambilan sampel, simpan atau kirim ke lab.
- Bercak darah basah.
o Ditemukan pada pakaian
Pakaian dengan noda ditempatkan pada permukaan bersih
dan keringkan.
Setelah kering, masukkan kantong kertas atau amplop.

10
 Beri label yang jelas dan tanggal pengambilan sampel,
kirim ke laboratorium.
o Ditemukan pada benda.
Bila benda kecil biarkan kering, tetapi pada benda besar,
hisap bercak tersebut dengan kain katun dan keringkan.
Masukkan amplop, beri label yang jelas dan tanggal
pengambilan sampel, dan kirim ke laboratorium.
o Ditemukan pada karpet atau benda yang dapat dipotong.
Potong bagian yang ada nodanya.
Tiap potongan diberi label yang jelas, sertakan potongan
yang tidak ada nodanya sebagai kontrol.
Kirim ke laboratorium.
o Percikan darah kering
Gunakan celotape, tempelkan pada percikan noda.
Masukkan celotape tersebut kedalam kantong plastik.
Beri label yang jelas dan tanggal pengambilan sampel,
kirim ke laboratorium.
3. Sperma dan bercak sperma.15
- Sperma cair.
a. Hisap dengan semprit, masukkan ke dalam tabung.
b. Atau dengan kapas, keringkan.
c. Beri label yang jelas dan tanggal pengambilan sampel, lalu
kirim ke laboratorium.
- Bercak sperma pada benda yang dipindah (misalnya pada celana).
a. Bila masih basah, keringkan.
b. Bila kering, potong pada bagian yang ada nodanya, dan
masukkan ke dalam amplop.
c. Beri label yang jelas dan tanggal pengambilan sampel, lalu
kirim ke laboratorium.
- Bercak sperma pada benda besar yang bisa dipotong (misalnya
pada karpet).
o Potong pada bagian yang bernoda.

11
 o Masukkan ke dalam amplop.
o Beri label yang jelas dan tanggal pengambilan sampel, lalu
kirim ke laboratorium.
- Bercak pada benda yang tidak dapat dipindah dan tidak menyerap
(misal: lantai).
o Kerok bercaknya, lalu masukkan kertas.
o Lipat kertas hingga membungkus kerokan, masukkan ke
dalam amplop.
o Beri label yang jelas dan tanggal pengambilan sampel, lalu
kirim ke laboratorium.
4. Urine, saliva dan cairan tubuh yang lain.15
- Sampel cair
a. Urine atau saliva dimasukkan ke dalam tempat steril.
b. Simpan di pendingin, beri label yang jelas dan tanggal
pengambilan sampel, lalu kirim ke laboratorium.
- Bercak urine, saliva
a. Dugaan noda, dikerok atau potong lalu kumpulkan.
b. Masukkan amplop, beri label yang jelas dan tanggal
pengambilan sampel, lalu kirim ke laboratorium.
5. Rambut dan gigi.15
- Rambut.
a. Cabut beberapa helai rambut (10-15 helai) dengan akarnya.
Hati-hati bila tercampur dengan darah
b. Tempatkan pada wadah, beri label yang jelas dan tanggal
pengambilan sampel. Kirim ke laboratorium.
- Pulpa Gigi
a. Cabut gigi yang masih utuh. Sampel gigi sebaiknya tidak
dirusak oleh endodontia.
b. Masukkan ke dalam kantong plastik, beri label yang jelas
dan tanggal pengambilan sampel.

12
2.4.4. TEKNIK TES DNA

Beberapa kelebihan tes DNA dibandingkan dengan pemeriksaan

konvensional lainnya adalah sebagai berikut:14

1. Ketepatan yang lebih tinggi.

Sebagai contoh dalam pemeriksaan suatu bercak darah sebelum
ditemukannya pemeriksaan DNA dilakukan pemeriksaan golongan darah.
Hasil pemeriksaan golongan darah yang tidak cocok akan menyebabkan
orang yang dicurigai tersingkir sebagai sumber darah tersebut, namun jika
cocok maka merupakan suatu kemungkinan saja. Sedangkan hasil
pemeriksaan DNA terhadap bercak darah tersebut akan nyaris sempurna
dalam menentukan siapa sumber bercak darah tersebut.

2. Kestabilan yang tinggi.

Pada kasus-kasus dimana bukti sebagai sampel sudah membusuk, maka
hanya tes DNA yang masih dapat dilakukan, karena DNA bersifat tahan
pembusukan dibandingkan protein.

3. Pilihan sampel yang luas.

Penyebaran DNA hampir pada seluruh bagian tubuh membuat sampel
untuk tes DNA dapat diambil dari berbagai bagian tubuh kecuali sel darah
merah.

4. Dapat mengungkap kasus sulit

Hanya tes DNA yang dapat dilakukan untuk pemecahan kasus-kasus sulit
yang tidak dapat dipecahkan oleh metode konvensional antara lain seperti:
penentuan keayahan, kasus incest, kasus paternitas dengan bayi dalam
kandungan, kasus paternitas dengan bayi yang sudah meninggal dan kasus
paternity tanpa kehadiran sang ayah.

5. Dapat mengungkap kasus perkosaan dengan banyak pelaku, pemeriksaan

DNA dapat memastikan berapa orang pelaku dan siapa saja pelakunya.
6. Sensitifitas yang amat tinggi

13
 Sensitifitas tes DNA dapat mencapai 99,9 %. Tes DNA juga dapat
dilakukan pada sampel dengan jumlah kecil dengan metode PCR.

Adapun jenis-jenis teknik analisa DNA adalah sebagai berikut:16

1. Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)

Teknik pertama yang digunakan analisa DNA dalam bidang
forensik adalah RFLP. Polimorfisme yang dinamakan Restriction
Fragment Leght Polymorphism (RFLP) adalah suatu polimorfisme DNA
yang terjadi akibat variasi panjang fragmen DNA setelah dipotong dengan
enzim retriksi tertentu menjadi fragmen Variable Number Of Tandem
Repeat (VNTR). Teknik ini dilakukan dengan memanfaatkan suatu enzim
restriksi yang mampu mengenal urutan basa tertentu dan memotong DNA
(biasanya 4-6 urutan basa). Urutan basa tersebut disebut sebagai
recognition sequence.16

Enzim restriksi ini dihasilkan oleh bakteri dan dinamakan menurut

spesies bakteri yang menghasilkannya. Enzim yang berbeda memiliki
recognition sequence yang berbeda, sehingga panjang segmen tersebut
bervariasi pada tiap orang, hal ini disebabkan karena titik potong enzim
yang berbeda dan panjang segmen antara titik potong juga berbeda.14,17

Analisa yang dihasilkan adalah variasi pada panjang fragmen

DNA yang telah ditentukan. Setelah selesai, pola RFLP tampak seperti
kode batang (bar code). Saat membandingkan hasil analisa dua sampel,
pola batang pada autoradiograf dibandingkan untuk menentukan apakah
kedua sampel tersebut berasal dari sumber yang sama.14,17

Proses pada teknik RFLP diawali dengan proses pemotongan

dengan menggunakan enzim restriksi tertentu menjadi segmen-segmen
yang berbeda. Kemudian dengan menggunakan gel yang dialiri arus listrik,
potongan DNA diurutkan berdasarkan panjangnya. Proses ini dinamakan
electrophoresis, dan prinsip pada proses in adalah potongan DNA yang
lebih pendek bergerak lebih cepat daripada yang lebih panjang.

14
 Gambar 2. Analisis DNA dengan RFLP URL: http://www.scq.ubc.ca/dna-
fingerprinting-in-the-standardization-of-herbs-and-nutraceuticals/

Untuk mendeteksi adanya segmen yang bersifat polimorfik maka

dilakukan suatu prosedur yang disebut sebagai Southern Blooting. Dalam
prosedur ini pada gel ditambahkan suatu zat kimia yang berfungsi untuk
memisahkan rantai ganda menjadi rantai tunggal, kemudian membran
nilon diletakkan diatas gel dan bahan penyerap diatas membran nilon.
Cairan akan bergerak ke dalam bahan penyerap bersama potongan DNA
rantai tunggal.,14,17

Kemudian dengan menggunakan fragmen pendek DNA (DNA

probe) yang mengandung petanda radioaktif maka akan dideteksi DNA
yang berasal dari lokasi pada genome yang memiliki ciri yang jelas dan
sangat polimorfik. Pada proses ini DNA probe akan berikatan dengan
potongan DNA rantai tunggal dan membentuk DNA rantai ganda pada
bahan nilon. DNA probe yang tidak berikatan akan dicuci. Membran nilon
yang berisi potongan DNA yang telah ditandai dengan DNA probe
selanjutnya ditransfer pada selembar film X-ray. Pada proses ini akan
tampak hasil berupa kode batang yang disebut autorad. Pola inilah yang
dibandingkan untuk mengetahui apakah kedua sampel bersal dari sumber

15
 yang sama. Pada teknik RFLP tidak hanya digunakan satu DNA probe,
diamana DNA probe yang berbeda menandai lokus yang berbeda. 14,17

Keunggulan RFLP adalah sifatnya yang kodominan, cukup

berlimpah dalam arti lokus-lokus yang dipergunakan untuk RFLP dapat
menunjukkan ratusan variasi untuk tiap lokus, mampu memeriksa lebih
dari satu lokus, serta frekuensi polimorfismenya tinggi karena
hipervariabilitas pada tiap lokus.

Selain itu, penanda ini mudah dipetakan dalam peta genetik, serta
tidak mudah berubah hasilnya bila diulang (stabil). Karena bukan berbasis
PCR, penanda ini tidak spesifik spesies sehingga bisa digunakan untuk
perbandingan peta genetik spesies yang berbeda-beda. Dengan demikian
jika dua sampel berasal dari sumber yang berbeda, RFLP mampu
membedakannya menggunakan jumlah lokus yang lebih sedikit. RFLP
dapat menentukan apabila sebuah sampel berasal dari lebih satu sumber
dan dapat membedakan sumbernya dengan baik.9,14,17

Namun kelemahannya, penanda ini memerlukan DNA dalam

jumlah besar, memakan waktu lama ( 3 hari), serta melibatkan
penggunaan pelabelan isotop radioaktif pada teknik yang pertama kali
digunakan. Kelemahan yang terakhir ini dapat diatasi setelah ditemukan
teknik tanpa radioaktif.9,14,17

2. Polymerase Chain Reaction (PCR)

Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah suatu metode
untuk memperbanyak DNA template tertentu dengan enzim polymerase
DNA. Reaksi teknik ini didesain seperti meniru penggandaan atau
replikasi DNA yang terjadi dalam makhluk hidup, hanya pada segmen
tertentu dengan bantuan enzim DNA polymerase sebanyak 20 hingga 40
siklus (umumnya 30 siklus), dengan tingkat akurasi yang tinggi. Proses ini
berlangsung secara in-vitro dalam tabung reaksi sebesar 200 l. Walaupun
dengan sampel DNA yang sedikit atau sudah mulai terdegradasi, PCR

16
mampu menggandakan atau mengkopi DNA template hingga miliaran kali
jumlah semula sehingga dapat diperoleh informasi.14,16,17

Gambar 3. Siklus copy DNA template pada PCR. URL:

http://users.ugent.be/~avierstr/principles/pcr.html

Sampel DNA yang disiapkan untuk metode PCR dapat dianalisa

menggunakan beberapa cara. Secara umum variasi per lokus sampel DNA
yang disiapkan melalui PCR lebih rendah daripada variasi pada RFLP.
Dengan demikian hasil dapat diperoleh dari sampel yang kurang secara
kualitas maupun kuantitas namun kekuatan diskriminasinya lebih rendah
dengan jumlah lokus yang sama. Kekuatan metode Analisa PCR adalah
kemampuan untuk menganalisa beberapa lokus secara bersamaan dengan
proses yang otomatis.14,16,17
PCR dilakukan dengan menggunakan mesin Thermal Cycler yang
dapat menaikkan dan menurunkan suhu dalam waktu secara cepat sesuai
kebutuhan siklus PCR. Pada awalnya orang menggunakan tiga penangas
air (water bath), berpindah dari satu suhu ke suhu lainnya menggunakan
tangan. Tapi sekarang mesin Thermal Cycler sudah terotomatisasi dan
dapat diprogram sesuai kebutuhan.14
Selain DNA template yang akan digandakan dan enzim DNA
polymerase, komponen lain yang dibutuhkan adalah:14

17
 a. DNA Primer.
DNA primer adalah sepasang DNA rantai tunggal atau
oligonukleotida pendek yang memiliki sekuen yang komplemen
dengan DNA template, dibuat secara sintetis, dan dirancang agar
menempel mengapit pada daerah tertentu yang diinginkan, serta
mampu menunjukkan urutan DNA yang akan diperbanyak,
menginisiasi sekaligus membatasi reaksi pemanjangan rantai atau
polimerisasi DNA.
b. dNTP (deoxynucleoside triphosphate).
dNTP atau building blocks merupakan komponen
penyusun DNA yang baru. dNTP terdiri atas 4 macam sesuai
dengan basa penyusun DNA, yaitu dATP, dCTP, dGTP dan dTTP.
c. Buffer.
Buffer yang biasanya digunakan terdiri atas bahan-bahan
kimia untuk mengkondisikan reaksi agar berjalan optimum dan
menstabilkan enzim DNA polymerase.
d. Ion Logam.
i. Ion logam bivalen, umumnya Mg++, fungsinya sebagai
kofaktor bagi enzim DNA polymerase. Tanpa ion ini enzim
DNA polymerase tidak dapat bekerja.
ii. Ion logam monovalen, kalsium (K+)
e. Master-Mix
Master-mix terdiri dari
32 l air.
5 l PCR-Buffer (dengan Mg2+).
5l dNTP-Mix.
2 l D1S80 Primer-Mix.
1 l Taq Polymerase 45 l (per orang).
Proses yang terjadi pada teknik ini serupa dengan cara DNA
memperbanyak jumlahnya dalam sel. Ada tiga tahap yang dilakukan di
laboratorium. Pertama, proses yang dinamakan Denaturation, yaitu
dengan memanaskan segmen atau urutan DNA rantai ganda pada suhu 96o,

18
sehingga DNA rantai ganda akan memisah menjadi rantai tunggal. Tahap
kedua yaitu proses Annealing atau Hybridization, pada proses ini setiap
rantai tunggal tersebut dipersiapkan dengan cara mengikatkannya dengan
DNA primer. Tahap ini dilakukan dengan menurunkan suhu hingga ke
kisaran 4060oC selama 20-40 detik. Tahap Ketiga, disebut Extension
atau Elongasi. Pada tahap ini, DNA polymerase ditambahkan dan
dilakukan peningkatan suhu ke kisaran suhu kerja optimum enzim DNA
polymerase, yaitu suhu 70-72 oC. Kemudian, DNA polymerase akan
memasangkan dNTP yang sesuai dengan pasangannya, dilanjutkan dengan
proses replikasi. Enzim akan memperpanjang rantai baru ini hingga ke
ujung, dan lamanya waktu ekstensi bergantung pada panjang daerah yang
akan diamplifikasi.
Selain ketiga proses tersebut biasanya PCR didahului dan diakhiri
oleh tahapan berikut, yaitu tahap Pra-denaturasi. Tahapan ini dilakukan
selama 1-9 menit di awal reaksi untuk memastikan kesempurnaan
denaturasi dan mengaktifasi DNA Polymerase. Tahap terakhir yang
dilakukan setelah siklus PCR terakhir disebut tahap Final Elongasi.
Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-72oC) selama 5-15
menit untuk memastikan bahwa setiap rantai tunggal yang tersisa sudah
diperpanjang secara sempurna.

Gambar 4. Proses PCR yang terjadi di Laboratorium. URL:

http://users.ugent.be/~avierstr/principles/pcr.html

19
 Keunggulan PCR dibandingkan RFLP adalah:16
a. Simpel dan mudah dilaksanakan di laboraturium.
b. Hasil diperoleh dalam waktu singkat (dalam beberapa hari)
c. Oleh karena kapasitas produksi segmen DNA yang tidak terbatas
maka metode yang berdasarkan PCR memungkinkan untuk
menganalisa DNA dalam jumlah sangat sedikit.
Kekurangan metode PCR adalah: 16, 19

a. Mudah terkontaminasi
Kontaminasi merupakan masalah yang besar pada PCR karena
sistem ini memperbanyak DNA yang ada dengan tingkat akurasi
yang tinggi. Sebuah molekul DNA dapat menjadi jutaan bahkan
milyaran DNA dalam waktu tiga jam, jika ada sebuah molekul
DNA bakteri atau kontaminan lain tercampur maka molekul
tersebut juga akan diperbanyak dalam laju yang sama sehingga
akan terjadi salah kesimpulan.

b. Kebanyakan lokus dalam PCR memiliki alel lebih sedikit

dibandingkan VNTR pada metode RFLP.
c. Tidak seperti VNTR yang menggunakan area yang tidak
berfungsi, beberapa lokus dari PCR adalah gen yang fungsional,
ini berarti telah terjadi seleksi alam yang menyebabkan perbedaan
yang lebih besar dari subgroup populasi.
3. Short Tandem Repeats (STRs)
Metode STRs (Short Tandem Repeats) adalah salah satu metode
analisis yang berdasar pada metode Polymerase Chain Reaction (PCR).
STRs (Short Tandem Repeat) adalah suatu istilah genetik yang digunakan
untuk menggambarkan urutan DNA pendek (2 5 pasangan basa) yang
diulang. Genome setiap manusia mengandung ratusan STRs. Metode ini
paling banyak dikembangkan karena metode ini cepat, otomatis dan
memiliki kekuatan diskriminasi yang tinggi. Dengan metode STRs dapat
memeriksa sampel DNA yang rusak atau dibawah standar karena ukuran

20
 fragmen DNA yang diperbanyak oleh PCR hanya berkisar antara 200
500 pasangan basa.
Selain itu pada metode ini dapat dilakukan pemeriksaan pada setiap
lokus yang memiliki tingkat polimorfisme sedang dengan memeriksa
banyak lokus dalam waktu bersamaan. Teknik yang digunakan adalah
multiplexing yaitu dengan memeriksa banyak lokus dan berbeda pada satu
tabung. Dengan cara ini dapat menghemat waktu dan menghemat sampel.
Analisis pada teknik ini didasarkan pada perbedaan urutan basa STRs dan
perbedaan panjang atau pengulangan basa STRs.14,16
Namun metode STRs memiliki kelemahan yaitu mensyaratkan
penggunaan tiga belas lokus sedangkan DNA inti hanya memliki dua
salinan molekul dalam setiap sel. Hal ini menyulitkan untuk menganalisis
ketigabelas lokus tersebut, terutama pada laboratorium dengan prasarana
sederhana. 18
4. Y-Short Tandem Repeats (Y-STRs)
Y-STRs adalah STRs yang ditemukan pada kromosom Y. Y-STRs
dapat diperiksa menggunakan jumlah sampel kecil dan rusak dengan
metode dan alat yang sama dengan pemeriksaan STRs pada kromosom
autosomal. Karena kromosom Y hanya terdapat pada pria maka Y- STRs
dapat berguna untuk menyaring informasi genetik yang spesifik dari pria
yang yang menjadi sampel.

Gambar 5. Sebuah STR profil manusia parsial. URL:

http://www.thefullwiki.org/Short_tandem_repeat

21
 Pemeriksaan Y-STRs dapat digunakan untuk memeriksa sampel
tanpa sperma yang bercampur antara sampel laki-laki dan perempuan,
seperti sampel darah atau air liur yang diambil dari korban kasus
perkosaan. Pemeriksaan ini juga dapat mendeteksi profil pria ketika hanya
profil wanita yang tampak jelas saat menggunakan STRs. Karena
kromosom Y tidak mempunyai homolog pada genom manusia, maka
disebut hemizygous. Kromosom Y tidak mempunyai partner yang sama
seperti pada kromosom autosomal. Walaupun ia berpasangan selama
pembelahan sel, rekombinasi genetik yang terjadi hanya sedikit atau tidak
ada sama sekali, hal ini diwariskan kepada keturunannya. Y-STRs sangat
berguna untuk menyelesaikan kasus disputed paternity pada anak laki-laki,
karena kromosom Y diturunkan oleh ayah kepada anak laki-laki.14,16

5. Mitochondrial DNA (mt-DNA)

Aplikasi penggunaan mt-DNA dalam identifikasi forensik dimulai
pada tahun 1990. Mitokondria adalah partikel intraselular yang terdapat di
luar nukleus dalam sitoplasma sel. Mitokondria mengandung DNA kecil
berupa molekul berbentuk sirkular yang terdiri dari 16569 pasangan basa
yang dapat diidentifikasi. Setiap sel mengandung 100 1000 mitokondria.
Ciri khas dari mt-DNA adalah pola penurunannya. Tidak seperti
DNA inti yang tersusun dari kombinasi separuh DNA orang tua, mt-DNA
hanya mengandung DNA ibu. Mitokondria diturunkan melalui sel telur
tidak melalui sperma walaupun sperma secara struktural juga mengandung
mitokondria dalam jumlah kecil, hal ini disebabkan karena bagian
mitokondria sperma tidak masuk ke dalam sel telur sehingga hanya
mitokondria ibu yang secara normal diturunkan pada anaknya.14,16

mt-DNA bersifat seperti kromosom Y yang tidak mempunyai

homolog pada genom manusia, maka disebut hemizygous hal ini
menyebabkan mt-DNA dan Kromosom Y diturunkan secara spesifik. Jika
dari pemeriksaan mt-DNA dapat mengetahui garis ibu, maka dari
pemeriksaan Kromosom Y dapat mengetahui garis ayah pada anak laki-
laki. Perbedaan yang terlihat bahwa mt-DNA adalah marker sitoplasmik

22
 yang diturunkan ibu kepada semua anaknya sedangkan Kromosom Y
adalah marker nuklear yang hanya diturunkan seorang ayah pada anak
laki-lakinya.14

6. CODIS (Combined DNA Index System)

CODIS merupakan analisis DNA yang baru dikembangkan FBI.
FBI memilih 13 STR yang digunakan sebagai deretan lokus utama standar
dan meningkatkan pengembangan kemampuan laboraturium untuk
melakukan pemeriksaan pada lokus tersebut. Laboratorium di seluruh
dunia menggunakan lokus yang sama. Pengumpulan 13 lokus utama
meningkatkan kemampuan diskriminasi. Kemungkinan ditemukan
kecocokan antara dua orang yang tidak berhubungan berdasarkan random
di Caucasian Amerika adalah satu diantara 575 trilyun. Angka
kemungkinan ini lebih kecil dibandingkan UK system. FBI secara aktif
dilibatkan dalam pengumpulan data frekuensi populasi pada grup dan
subgrup populasi yang berbeda. Populasi ini kemudian dibagi lagi,
misalnya data dari Jepang, Cina, Korea dan Vietnam. Pada dunia bagian
barat terdapat data untuk Bahamian, Jamaica dan Trinidadian. 14,16,18
FBI menyediakan software sebagai fasilitas pada penggunaan
CODIS, termasuk pelatihan penggunaan sistem serta menyediakan
dukungan bagi laboraturium untuk melakukan analisis DNA. CODIS
menggunakan dua indeks atau putunjuk untuk melakukan pemeriksaan
pada kasus kriminal dengan analisis dna. Convicted Offender Index
mengandung profil narapidana yang melakukan tindakan criminal. The
Forensik Index mengandung profil DNA dari fakta yang didapatkan pada
kasus criminal misalnya darah atau semen. Kedua indeks ini didapatkan
dengan komputer.16

2.5. ANALISIS HASIL TES DNA

Analisis DNA untuk tes paternitas meliputi beberapa tahap yaitu tahap
pengambilan spesimen, tahap proses laboraturium, tahap perhitungan statistik dan
pengambilan kesimpulan. Untuk metode tes DNA di Indonesia, masih

23
memanfaatkan metode elektroforesis DNA. Intrepretasi hasilnya adalah dengan
cara menganalisa pola DNA menggunakan marka STR (short tandem repeats).
STR adalah lokus DNA yang tersusun atas pengulangan 2-6 basa. Dalam genom
manusia dapat ditemukan pengulangan basa yang bervariasi jumlah dan jenisnya.
Dengan menganalisa STR ini, maka DNA tersebut dapat diprofilkan dan
dibandingkan dengan sampel DNA terduga lainnya.

Ketika sampel DNA yang telah dimurnikan dimasukkan ke dalam mesin

PCR) sebagai tahapan amplifikasi, maka hasil akhirnya berupa copy urutan DNA
lengkap dari DNA sampel. Selanjutnya copy urutan DNA ini akan dikarakterisasi
dengan elektroforesis untuk melihat pola pitanya. Karena urutan DNA setiap
orang berbeda, maka jumlah dan lokasi pita DNA (pola elektroforesis) setiap
individu akan berbeda juga. Pola pita inilah yang disebut DNA sidik jari (DNA
finger print) yang akan dianalisa pola STR nya. Tahap terakhir adalah DNA
berada dalam tahapan typing, proses ini dimaksudkan untuk memperoleh tipe
DNA. Mesin PCR akan membaca data-data DNA dan menampilkannya dalam
bentuk angka-angka dan gambar-gambar identifikasi DNA. Penetapan hasil tes
DNA ini dilakukan mencocokkan tipe DNA korban dengan tipe DNA pihak
tercurigai atau dengan tipe DNA yang telah tersedia dalam database. Jika dari
pembacaan, diperoleh tingkat homolog melebihi ambang yang ditetapkan (misal
90%), maka dapat dipastikan korban adalah kerabat pihak tercurigai.
Pada kasus paternitas maupun maternitas, hasil analisis laboratorium
(profil DNA) akan terlihat berupa pita-pita DNA yang terdapat pada gel
poliakrilamid. Pita DNA anak kemudian dibandingkan dengan pita DNA ayah dan
ibunya. Dapat dilihat bahwa masing-masing orang memiliki dua pita sebagai
representasi dua alel yang menggambarkan DNA pada satu pasang kromosom.
Salah satu pita pada kolom DNA anak sama tinggi dengan salah satu pita ibu yang
menunjukkan alel tersebut berasal dari ibu, artinya pita anak yang kedua berasal
dari pihak ayah terlihat bahwa salah satu pita ayah sama tinggi dengan pita kedua
anak. Kemudian dilakukan perhitungan statistik sehingga dapat diambil
kesimpulan bahwa pria tersebut kemungkinan besar adalah ayah dengan
kemungkinan sekian persen dibandingkan dengan orang lain dalam ras yang sama.

24
II.4.1. PENYIAPAN SAMPEL DAN ISOLASI DNA

Seperti yang telah disebutkan sebelumnya, sampel untuk analisis DNA

dapat diperoleh dari berbagai jaringan, seperti bagian daging (otot), tulang, gigi,
darah, sperma, saliva, rambut dan sebagainya. Setiap jenis sampel yang berbeda
mempunyai teknik penyiapan sampel yang berbeda dan teknik isolasi DNA yang
berbeda pula. Jumlah sampel yang umumnya terbatas, tidak menjadi kendala,
karena jumlah DNA akan digandakan sebelum proses analisis dan
kuantifikasinya. Dengan kondisi ini, maka prosedur isolasi DNA dianggap selesai
mketika DNA telah terekstrak dan dimurnikan serta siap untuk proses
penggandaan (melalui PCR).

1. TULANG DAN GIGI.8

a. Tulang
Isolasi DNA untuk tulang dilakukan melalui beberapa tahapan:
- Pertama, hancurkan tulang sampai berupa bubukan halus dan mesin bor
dengan kecepatan tertentu sehingga diperoleh bubukan tulang berukuran
100 m. Dekalsifikasi 1 gr bubuk tulang dengan 10 ml EDTA 0,5 M (pH
7,5), selanjutnya divorteks, diinkubasi pada suhu 56 oC dalam alat
ultrasonik selama 2 jam. Proses tersebut dipantau dengan menambahkan
larutan amonium oksalat pH 3.0 jenuh dan proses dihentikan setelah
larutan jernih.
- Kedua, DNA diisolasi dari tulang yang didekalsifikasi menggunakan 4
metode, yaitu metode Maxim (Silika/guanidium tiosianat), peranti
DNAZol, piranti Ready AMP, dan ekstraksi menggunakan garam dapur
NaCl.
- DNA yang dihasilkan diukur menggunakan piranti DNA DipStick.
- Dan ketiga, dilakukan visualisasi DNA pada gel agarosa konvensional
menggunakan metode pengecatan perak dan perancangan primer
menggunakan perangkat lunak pangkalan data (database) the Human
Genebank dengan sekuen: 5-CTGATGGTTGGCCTCAAGCCTGTG-3
(Indrasex1) dan 5-TAAAGAGA-TTCATTAACTTGACTG-3 (Indrasex2)
yang dapat menghasilkan produk PCR X-spesifik dan Y-spesifik
menggunakan gel agarosa biasa.

25
 - DNA siap digunakan.
b. Gigi
Isolasi DNA untuk gigi dapat dilakukan melalui beberapa tahapan.
- Pertama, gigi dibuat menjadi bubukan halus dengan cara dibor dengan
mesin yang telah dimodifikasi sehingga kecepatannya dapat diatur
(dirangkai serial dengan alat dimmer untuk lampu). Hilangnya bubukan
tulang dpat diperkecil dengan menampung bubukan tersebut dalam tabung
polypropylene 50 cc (nunc).
- Hasil bubukan tulang berukuran 100 micron sebanyak 1 gram yang
tertampung dalam tabung steril nunc tersebut didekalsifikasi dengan 10 cc
0,5 M EDTA (pH 7,5).
- Setelah divortex, diinkubasi pada suhu 56C dalam alat ultrasonik selama
2 jam. Bubukan tulang akan langsung menyebar saat ditambah larutan
EDTA. Proses dekalsifikasi dimonitor dengan penambahan larutan
ammonium oxalate pH 3,0 jenuh.
- Jika larutan tetap jernih, proses dekalsifikasi dihentikan.
- Jumlah DNA yang dihasilkan ditentukan dengan menggunakan "DNA
DipStik Kit"
- DNA siap digunakan.

2. JARINGAN (TISSUE)

Sejumlah kecil contoh jaringan (=1.0-mm persegi) dimasukkan ke

dalam tabung Eppendorf yang berisi 500 larutan 5% chelex (berat/ vol dlm
H20) dan dihancurkan dengan ujung pipet. Sampel ini kemudian diputar
(divortex) selama 1 menit, dan diinkubasikan pada suhu 56C selama 15
menit. Vortex kembali selama 1 menit, dan panaskan pada suhu 95C selama
10 menit. Sekali lagi dilakukan pemusingan (vortex) selama 1 menit, dan
disentrifus pada kecepatan 12,000g selama 3 menit. Supernatan yang
diperoleh (sekitar15 l) siap digunakan untuk PCR.

26
3. DARAH DAN BERCAK DARAH (PADA PAKAIAN, KARPET,
TEMPAT TIDUR, PERBAN).14,15

Darah yang diambil adalah darah vena. Darah diambil minimal 2 ml

dengan menggunakan antikoagulan EDTA. EDTA akan menjaga agar DNA
tidak terjadi degradasi karena DNAse akan dinonaktifkan. Bila tidak secara
langsung dilakukan ekstraksi, darah dapat disimpan dalam suhU -20oC
(freezer).
Tahap isolasi DNA:
- Tahapan isolasi DNA darah bertujuan untuk mengisolasi jaringan sel darah
putih, sehingga darah yang masih memiliki komponen-komponen lengkap
perlu dipisahkan satu dengan lainnya sehingga yang tersisa hanya sel
darah putih. Karena itu ke dalam tabung yang berisi darah diberikan
larutan pelisis sel darah merah yang merupakan larutan hipotonis. Karena
larutan tersebut hipotonis, maka akan terjadi hemolisis. Larutan pelisis sel
darah merah terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang
akan membentuk kompleks (chelate) dengan ion logam, seperti Mg2+
yang merupakan kofaktor DNAse. Selanjutnya tabung dibolak-balik denan
gerakan memutar yang membentuk angka 8 agar larutan dapat menyatu
dengan sempurna selama 10 menit. Darah yang telah bercampur dengan
pelisis sel darah merah tersebut lalu disentrifugasi selama 10 menit dengan
kecepatan 2500 rpm. Selanjutnya supernatan yang terbentuk dibuang.
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel darah putih yang
terisolasi tadi, diberikan larutan pelisis sel darah putih yang terdiri atas
EDTA dan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur.11
- Tahap selanjutnya yaitu purifikasi. Purifikasi bertujuan untuk
membersihkan sel darah putih dari zat-zat lainnya; Ke dalam larutan tadi
kemudian diberikan RNAse dan diinkubasi selama 15 menit pada suhu
37C. Hal tersebut bertujuan untuk mengoptimalkan kerja enzim yang
sangat dipengaruhi oleh temperatur.
- Tahap berikutnya yaitu presipitasi; Tahap presipitasi dilakukan dengan
cara meneteskan larutan presipitasi protein dan kemudian divortex yang

27
 bertujuan untuk menghomogenkan larutan. Larutan presipitasi protein
terdiri atas amonium asetat yang jika berikatan dengan protein
mengakibatkan terbentuknya senyawa baru yang memiliki kelarutan yang
lebih rendah, sehingga menyebabkan protein mengendap. Larutan tersebut
kemudian disentrifugasi kembali selama 15 menit dengan kecepatan 3000
rpm. Supernatan yang berisi DNA kemudian dituangkan ke dalam tabung
berisi isopropanol dingin dan tabung dibolak-balik kembali dengan
gerakan angka 8. Pemberian isopropanol bertujuan untuk visualisasi DNA.
Selanjutnya tabung disentrifugasi kembali selama 5 menit dengan
kecepatan 3000 rpm. Hasil dari sentrifugasi adalah terdapatnya pelet DNA
pada dasar tabung yang kemudian ditambahkan etanol 70% dan dibolak-
balik kembali. Pemberian etanol bertujuan untuk membersihkan DNA dari
pengotor-pengotornya. Setelah tercampur, tabung kemudian disentrifugasi
kembali selama 5 menit dengan kecepatan 3000 rpm. Hasil akhirnya
adalah DNA yang berada pada tepi dasar tabung.
- Langkah akhirnya adalah dengan pemberian Tris-EDTA yang bertujuan
untuk melarutkan kembali DNA untuk dipreservasi.18

4. SPERMA DAN BERCAK SPERMA.14

Salah satu cara pengambilan langsung sperma adalah dengan
secara fisik memisahkan sel-sel sperma pelaku dari sel-sel epitel korban.
Sel-sel sperma dapat dikumpulkan dalam partikel-partikel magnetik atau
butiran-butiran yang dapat dilapisi dengan antibodi khusus untuk protein
sperma. Butiran-butiran tersebut kemudian dibersihkan untuk
menyingkirkan sel-sel epitel korban. Akhirnya, sperma yang telah
dimurnikan tersebut dimasukan ke dalam reaksi PCR untuk menghasilkan
profil DNA pelaku. Cara ini sangat tergantung dari keutuhan sel sperma,
yang sulit didapatkan pada kasus dengan bukti kekerasan seksual yang
sudah lama.18
Cara lain untuk mengambil sel sperma adalah dengan
menggunakan prosedur laser-capture microdissection. Prosedur ini
biasanya digunakan untuk memisahkan sel-sel tumor dari jaringan

28
sekitarnya pada slide mikroskop. Pada waktu sel-sel sperma sedang
diperiksa secara mikroskopis, sebuah laser kecil diaktifkan dan sebuah
plastik film tipis yang diletakan diatas slide mencair pada titik-titik
spesifik yang ditembakan oleh sinar laser untuk menangkap sel yang
diinginkan. Kemudian film ini dimasukan kedalam tabung agar DNA dari
sel-sel sperma yang telah diambil dapat diekstraksi dan diperjelas dengan
Polymerase Chain Reaction (PCR).18

Prosedur penarikan sel-sel sperma 17

a. Memasukkan sampel ke dalam tabung ekstraksi dan menambahkan

500 l Buffer Stain Ekstraksi dan 5 l Proteinase K (20 ug/ul).
Campur hingga homogen dan inkubasi selama 2 jam pada suhu 37oC
b. Sentrifus selama 5 menit pada kecepatan 16000 rpm
c. Membagi sampel menjadi 3 fraksi : F1, F2, F3. F3 adalah Cairan yang
tumpah ditempatkan pada tabung ekstraksi baru, untuk selanjutnya
diproses sesuai kebijaksanaan analis, F1 : Pisahkan cairan supernatan
pada tabung mikrosentrifus, F2 : Pelet sel sperma dibiarkan pada
tabung ekstraksi awal.
d. Fraksi F2 :
1. Menambahkan 500 l Buffer Stain Ekstraksi dan 5 l Proteinase K
(20 ug/ul). Campur hingga homogen dan inkubasi selama 30 menit
pada suhu 37oC.
2. Sentrifus selama 5 menit pada kecepatan 16000 rpm.
3. Pisahkan dan singkirkan supernatan.
4. Memurnikan pellet sel sperma dengan 1ml TNE, sentrifus pada
kecepatan maksimum selama 10 menit. Pisahan dan buang buffer
TNE. Setelah dimurnikan, 1 l pellet dapat dianmbil untuk KPIC.
e. Campur hingga homogen dan inkubasi selama 2 jam pada suhu 37oC
f. Meletakkan sampel F3 pada tabung ekstraksi dan sentrifus selama 5
menit pada kecepatan 16000 rpm

29
 g. Ektraksi organic : menambahkan 500 l phenol / kloroform / isoamyl
alcohol pada cairan. Kocok selama 1 menit hingga diperoleh emulsi
keruh. Sentrifus selama 2 menit pada kecepatan maksimum
h. Menempatkan cairan jernih dari ekstraksi organic ke dalam tabung
Microcon 100. Sentrifus, lalu keringkan.
i. Menambahkaan 50 100 l TE lagi untuk membersihkan komponen
residu ektraksi dari DNA. Sentrifus hingga kering.
j. Menambahkan TE secukupnya, saring, lalu campur hingga homogen
k. Inkubasi sampel minimal selama 1 jam pada suhu 56oC

5. SALIVA.15
Pengambilan sampel dari mukosa rongga mulut.
a. Berkumurlah dengan kuat menggunakan 8 ml air selama 2 menit dan
tuangkan air kumuran ke dalam tabung plastik (tabung Falcon). Tujuannya
adalah untuk mendapatkan kandungan air kumur yang mengandung sel-sel
dari mukosa rongga mulut, enzim dan apapun yang ada di dalam mulut.
b. Pindahkan 2 ml cairan kumur tersebut ke dalam tabung Eppi dengan pipet
dan sentrifus selama 2 menit pada kecepatan 3200 rpm. Selama
sentrifugasi, sel-sel berpindah kearah luar karena beratnya. Setelah proses
ini selesai, dapat dilihat titik kecil berwarna putih di dasar tabung Eppi,
disebut pellet. Inilah sel-sel mukosa.
c. Buanglah cairannya (supernatan).
d. Ulangi langkah (a) hingga (c) paling sedikit sebanyak 2 kali, untuk
memastikan terdapat cukup sel untuk melakukan pemeriksaan ini.

Isolasi DNA

a. Tambahkan 500 / buffer lysis pada pellet dengan tips biru. Salah satu
bahan dari buffer lysis adalah deterjen yang melarutkan sel.
b. Jentikkan tabung Eppi dengan jari sampai pellet menghilang (larut).
c. Tambahkan 100 l precipitation buffer, kocoklah tabung Eppi dan
letakkan di dalam es selama 5 menit. Precipitation buffer mengandung
garam (potassium asetat) yang akan mengendapkan protein.

30
 d. Tabung Eppi disentrifugasi selama 15 menit pada kecepatan maksimum
untuk mengendapkan protein.
e. Pindahkan seitar 400 / supernatant ke dalam tabung Eppi baru yang telah
berlabel. Tambahkan 360 l isopropanol. Jika yang dipindahkan berjumlah
lebih dari 400 l supernatan, maka jumlah isopropanol harus ditambah
juga. Kemudian letakkan kembali tabung Eppi ke dalam es selama
beberapa menit. Jangan sampai menyedot pellet dengan pipet.
f. Kocoklah tabung dengan baik dan sentrifus kembali pada kecepatan
maksimum selama 15 menit, sehingga DNA mengendap di dasar tabung
Eppi.
g. Dengan hati-hati, buanglah supernatant dan tambahkan 500 l 70% etanol
dingin dan sentrifus kembali pada kecepatan maksimum selama 5 menit.
Etanol 70% akan melarutkan residu potassium asetat. Setelah supernatant
dibuang, kemungkinan dapat terlihat pellet kecil pada dasar tabung.
Keringkan Eppi pada 600C pada balok pemanas (biarkan terbuka) dan
tambahkan 30 l air.
h. Agar DNA larut dengan baik dalam air, tabung Eppi diletakkan kembali
pada balok pemanas (tabung tertutup).

6. RAMBUT.18
Umumnya dipergunakan dua metode, yaitu isolasi DNA dari rambut dan
Protokol dr. Glowatzki (Dr. Glowatzkis protocol)
a. Isolasi DNA sampel rambut.
1. Potong 10 15 helai akar rambut sepanjang 0,5 cm kedalam 1,5 ml
tabung eppendorf
2. Tambahkan 50 l 200mM NaOH solusi.
3. Panaskan tabung menggunakan bak air bersuhu 94 0C selama 10
menit.
4. Lalu dinginkan dalam suhu ruangan dan tambahkan 50 l solusi yang
terdiri dari 200 mM HCL dan 200 mM Tris-HCL pH 8,5.
5. DNA siap untuk digunakan

31
 b. Isolasi DNA dengan Dr. Glowatzkis protocol
1. Potong 5-10 akar rambut sekitar 0,5 cm ke dalam tabung eppendorf.
2. Gunakan 50 l larutan di bawah ini sebagai buffer lisis :
a. 10 mM Tris pH 8,3,
b. 50 mM KCl,
c. 0,5% Tween.
3. Tambahkan juga 10 l larutan 20 g/ml Proteinase K dalam 10 mM
Tris-HCl (pH 7,5)
4. Sentrifus selama 30 detik.
5. Ultrasentrifus pada 13000 rpm selama 1 detik
6. Inkubasi selama satu malam dalam air hangat bersuhu 560 600 C.
7. Inkubasi kembali selama 10 menit pada suhu 940 C (bertujuan untuk
mendenaturasi proteinase K).
8. Dinginkan dalam suhu ruangan.
9. Ultrasentrifus pada kecepatan 13000 rpm selama 1 detik
10. DNA siap untuk dilakukan PCR

Setelah supernatan yang berisi DNA dari sampel diperoleh, maka proses
analisis DNA sebenarnya sudah dapat dilakukan. Namun dalam kasus jumlah
DNA tersebut tidak mencukup untuk analisis DNA (seperti elektroforesis), maka
kuantitas DNA tersebut perlu digandakan, antara lain melalui metode Polymerase
Chain Reaction (PCR).

PCR adalah suatu metode untuk memperbanyak DNA template tertentu

dengan enzim polymerase DNA. Reaksi teknik ini didesain seperti meniru
penggandaan atau replikasi DNA yang terjadi dalam makhluk hidup, hanya pada
segmen tertentu dengan bantuan enzim DNA polymerase sebanyak 20 hingga 40
siklus (umumnya 30 siklus), dengan tingkat akurasi yang tinggi. Proses ini
berlangsung secara in-vitro dalam tabung reaksi sebesar 200 l. Walaupun dengan
sampel DNA yang sedikit atau sudah mulai terdegradasi, PCR mampu
menggandakan atau mengkopi DNA template hingga miliaran kali jumlah semula
sehingga dapat diperoleh informasi.17,19,20

32
 PCR dilakukan dengan menggunakan mesin Thermal Cycler yang dapat
menaikkan dan menurunkan suhu dalam waktu secara cepat sesuai kebutuhan
siklus PCR. Pada awalnya orang menggunakan tiga penangas air (water bath),
berpindah dari satu suhu ke suhu lainnya menggunakan tangan. Tapi sekarang
mesin Thermal Cycler sudah terotomatisasi dan dapat diprogram sesuai
kebutuhan. 14

2.6.2. ANALISIS DNA

Metode yang paling umum digunakan dalam analisis DNA adalah metode
pemisahan fraksi protein berdasarkan berta molekulnya, yakni dengan metode
Elektroforesis, khususnya Elektroforesis dengan gel Agarose. Teknik ini
dilakukan berdasarkan fakta bahwa DNA merupakan senyawa bermuatan negatif
pada pH netral, yang disebabkan oleh rangka fosfatnya. Berdasarkan sifat ini,
maka jika arus listrik diberikan pada larutan yang mengandung DNA, molekul
DNA akan terdorong menuju bagian bidang yang bermuatan posistif.

Untuk membuat lembar elektroforesis dari gel agarose, maka langkah yang
dilakukan adalah :

a. Timbang 2 g agarose (untuk 100 ml air) dituangkan ke dalam gelas

Beaker. Tambahkan 0,5 X TBE buffer ke dalam gelas dan dipanaskan
pada 2500C. Agar tidak hangus, larutan diagitasi menggunakan magnetic
stirrer pada kecepatan 500 rpm. Agarosa larut dalam air mendidih.
Agarose adalah serbuk yang dibuat dari rumput laut. Penambahan larutan
buffer dimaksudkan untuk menjaga nilai pH agar tetap konstan selama
pemanasan
b. Larutan harus didinginkan, larutan dituang pada nampan pencetak yang
telah dilengkapi dengan sisir sample. Setelah dingin gel akan mengeras
(Gambar 6).

33
 Gambar 6. Pencetakan gel agarose untuk elektroforesis 20

c. Setelah mengeras (kira-kira 30 menit kemudian), cabutlah sisir dengan

hati-hati. Pencabutan sisir pada ujung lembar gel akan membentuk lubang
sebagai tempat untuk spotting sampel.
Selanjutnya, untuk menganalisis DNA (sampel), langkah-langkah berikut perlu
dilakukan:

a. Masukkan lembar gel ke dalam tempat elektroforesis secara horisontal dan

pastikan lembar gel terendam dalam larutan buffer (TBE 0.5X).

b. Sampel yang mengandung DNA (10 l) yang dicampur dengan loading

buffer (5 l) dipipet dan dimasukkan ke dalam lubang sampel. Loading
buffer mengandung Gliserin (untuk mencegah DNA berfusi dengan
cairan), dua pigmen biru (Bromphenol-blue dan Xylencyanol untuk
visualisasi. Tanpa pigmen ini tidak akan terlihat di mana posisi sumur
tempat DNA dimasukkan, karena larutan DNA tidak berwarna. Pigmen-
pigmen ini tidak mewarnai DNA), dan SYBR-Gold (suatu pigmen yang
berikatan dengan DNA, dan berpendar di bawah cahaya UV). Lubang
sampel pertama biasanya diisi dengan marker DNA. Catat posisi setiap
sampel terhadap posisi marker. Lihat Gambar 7

34
 Gambar 7. Teknik penempatan sampel dengan pipet 20

c. Hubungkan seluruh unit dengan sumber listrik dan nyalakan alat pada
voltase sebesar 100 Volt selama 30-45 menit. Fragmen DNA akan
bermigrasi menuju elektrode positif (biasanya berwarna merah).
Perhatikan batas akhir pewarna (Gambar 8)

Gambar 8. Rangkaian alat elektroforesis siap proses 20

d. Setelah proses elektroforesis selesai, gel dikeluarkan dari buffer dan

diletakkan di bawah Dark-Reader dengan sinar UV. Pita-pita DNA akan
terlihat.

35
 Gambar 9. Contoh hasil pembacaan pita DNA 20

2.6.3. KUANTIFIKASI DAN INTERPRETASI

Berdasarkan pengamatan pada pita DNA hasil elektroforesis, maka

konsentrasi sampel DNA dapat dianalisis. Konsentrasi DNA diperoleh dengan
membandingkan kekompakan pita dan intensitas kecerahannya yang diamati pada
pola elektroforesis sampel DNA dibandingkan marker DNA (misal Hind III).
Hasil pembandingan dituangkan dalam rasio (nisabah)-nya. Berdasarkan rasio
pembandingan tersebut, maka konsentrasi DNA dapat dikuantifikasi mengikuti
rumus berikut:

(Ukuran marker x konsentrasi marker x l marker x rasio

perbandingan) /(ukuran total marker x l sampel)
Selain konsentrasinya, penetapan hasil analisis forensik juga perlu
memperhatikan jenis fragmen DNA yang terbaca pada pola elektroforesisnya.
Penetapan hasil tes DNA ini dilakukan mencocokkan tipe DNA korban dengan
tipe DNA pihak tercurigai atau dengan tipe DNA yang telah tersedia dalam
database. Jika dari pembacaan, diperoleh tingkat homolog melebihi ambang yang
ditetapkan (misal 90%), maka dapat dipastikan korban adalah kerabat pihak
tercurigai.

36
 BAB III

PENUTUP

Kesimpulan yang dapat diambil adalah sebagai berikut:

Tes DNA adalah salah satu teknik biologi molekuler penanda genetik yang
dipakai untuk pengujian terhadap materi profil DNA.
Penggunaan analisis DNA dalam identifikasi forensik berguna dalam
kasus-kasus seperti, (1) tujuan pribadi seperti penentuan perwalian anak
atau penentuan orang tua dari anak (Tes Paternitas), (2) tujuan hukum,
yang meliputi masalah forensik, seperti identifikasi korban yang telah
hancur maupun untuk pembuktian kasus kejahatan semisal kasus
pemerkosaan atau pembunuhan.
Dasar hukum Identifikasi forensik adalah Pasal 183 Kitab Undang Undang
Hukum Acara Pidana (KUHAP) dan pasal 184 KUHAP.
Kelebihan dari penggunaan analisis DNA dalam identifikasi forensik
adalah sebagai berikut, (1) Ketepatan yang lebih tinggi, (2) Kestabilan
yang tinggi, (3) Pilihan sampel yang luas. (4) Sensitifitas yang amat tinggi
Metode yang digunakan untuk identifikasi menggunakan DNA adalah (1)
penanganan dan penyiapan sampel, (2) isolasi DNA dan penggandaannya,
(3) analisis DNA, dan (4) interpretasi dan penetapan hasil.
Jenis-jenis teknik analisa DNA adalah sebagai berikut, (1) Restriction
Fragment Length Polymorphism (RFLP), (2) Polymerase Chain Reaction
(PCR), (3) Short Tandem Repeats (STRs), (4) Y-Short Tandem Repeats
(Y-STRs), (5) Mitochondrial DNA (mt-DNA), (6) CODIS (Combined
DNA Index System)

37
 DAFTAR PUSTAKA

1. Budiyanto A. Widiatmaka W. Atmadja D.S. Dkk. Forensik Molekuler.

Ilmu Kedokteran Forensik. Bagian Kedokteran FK-UI. Jakarta. 1999.
h. 207 213
2. Inman, K., and Rudin, N, 2002. Principles and practice of
criminalistics: The profession of forensic science. Boca Raton, FL:
CRC Press. 76-78.
3. Thompson, W. C., & Krane, D. E., 2003. DNA in the courtroom. In J.
Moriarty (Ed.), Psychological and scientific evidence in criminal trials
(pp. 11-111-75). St. Paul, MN: West Group.
4. Imwinkelried, E. J., and Kaye, D. H. 2001. DNA typing: Emerging or
neglected issues. Washington Law Review, 76, 413474.
5. Andriyanto, S. 2010. Identifikasi Forensik. (online).
(http://www.scribd.com/doc/45235114/IDENTIFIKASI-FORENSIK,
diakses tanggal 3 November 2013.
6. Budiyanto, A. , et al, 1997. Ilmu Kedokteran Forensik. Bagian
Kedokteran Forensik FK-UI.
7. Nudianir, 2013. Daftar Hukum Forensik. Diakses pada
http://www.slideshare.net/nurdianirrr/dasar-hukum-forensik, tanggal 3
November 2013.
8. Cantor Charles, Spengler Sylvia. Primer on Molecular Genetiks. URL:
http://www.ornl.gov/hgmis/publicat/primer/toc.
9. Kolbinsky L, Levine, Margolis-Nuno H. 2007. Analysis DNA
Forensik. Chelsea House of Publishing Infobase, New York.
10. Acceee Excellence the National Health Museum.DNA FInterprinting
in Human Health And Society URL: http://www.accessexcellence.org/
AE/mspot.arp/index.htm
11. Eijkman Institute for Molecular Biology. Identifikasi DNA. URL:
http://www.eijkman.go.id/identifikasiDNA
12. M. Gunawan Abdillah. Tahapan Tes DNA. URL:
http://www.klikp21.com
13. Andraea Petrophylla. Tes DNA. URL:
http://www.ripiu.com/article/read/klik4orofit-tes-dna.
14. Modul Bahan Ajar, Proyek Pengembangan Kewirausahaan Melalui
Integratif Bahan Ajar Kriminalistik. Buku II. Jakarta: Universitas
Indonesia, 2000.
15. Putu Sudjana L Hoediyanto. Pengumpulan dan Cara Pengiriman
Bahan Pemeriksaan Analisa DNA. Bagian/Instalasi Ilmu Kedokteran
Forensik. FK UNAIR RSU dr. Soetomo. Surabaya.
16. Samuels Julie E., Asplen Christopher The Future of Forensik DNA
Testing, Prediction of the Research and Development Working Group.
URL: http://www.denverda.org/DNA/ ForensikDNAArticles.htm
17. Norah Rudin & Keith Inman. Introduction to Forensik DNA Analysis.
2nd ed. London New York Washington DC: CRC Press LLC, 2002
18. Curran Thomas. Forensik DNA Analisys : Technology and Aplication.
Available at: http ://www. denverda. org/DNA/Forensik_ DNA_
Articles.htm. Accessed on: August 10, 2009.

38
19. President DNA Initiative. DNA Analyst Training Laboratory Training
Manual. URL: http://www.nfstc.org/pdi/lab_manual/
20. All photos courtesy of Karen Braun. New Mexico state University.

39