Sejarah Malaysia ( ) adalah baru berbanding cabang dari sejarah dunia Melayu-Indonesia

yang lebih luas. Secara budaya dan bahasa, Malaysia dan Indonesia berkongsi ciri yang sama iaitu
ciri-ciri masyarakat Melayu Nusantara. Dunia Melayu ataupun Nusantara terdiri daripada wilayah-
wilayah Maritim yang luas iaitu Pattani, Kalimantan, Sulawesi, Tanah Melayu, Tanah Jawa, Sumatera,
Sulu( Mindanao), Papua, Timor, Kemboja dan Pulau Kalimantan. Kini dunia Melayu dibahagi kepada
enam negara - Malaysia, Indonesia, Filipina, Singapura, Brunei dan Timor Timur secara besar akibat
dari pengaruh luar.

Sejarah awal Malaysia bermula dengan kewujudan manusia awal berusia 40,000 tahun yang ditemui
di Kompleks Gua Mulu dan kompleks gua niah, Sarawak. Secara dasarnya sejarah negara ini telah
melalui empat zaman utama sejarah manusia iaitu Prasejarah, Proto Sejarah, Zaman Pertengahan
dan Zaman Kolonial. Namun begitu, penemuan terbaru oleh sejarawan terhadap DNA bangsa
melayu meletakkan melayu sebagai bangsa tertua didunia selepas letusan Gunung Toba dengan usia
DNA sekitar 60, 000 tahun.

Semenanjung Melayu berubah menjadi pusat perdagangan Asia Tenggara

apabila China danIndia memulakan perdagangan mereka melalui pelabuhan di Selat Melaka.
Penemuan beberapa tapak arkeologi Zaman Proto Sejarah membuktikan wujud penempatan
pesisiran pantai seawal abad ke-2 Masihi lagi. Ia membawa kepada kemunculan kerajaan awal
sebelum abad ke-10 adalah merupakan penempatan pesisir pantai dan pelabuhan kecil. Ini termasuk
Langkasuka dan Lembah Bujang di Kedah, Beruas dan Gangga Negara di Perak, dan Pan Pan
di Kelantan. Pada awal abad ke-15, Kesultanan Melaka wujud dan kemakmuran ekonominya telah
menarik minat penakluk daripada Portugis pada tahun 1511 diikuti oleh Belanda dan Britain untuk
mewujudkan penempatan atau koloni di Selat Melaka.

Manakala di Borneo pula, kewujudan kerajaan purba Marudu sebelum abad ke-13 Masehi dan
Santubung lebih awal lagi membuktikan telah wujud entiti politik yang mendahului kewujudan
Kesultanan Brunei dan kesultanan Sulu.

Penempatan terawal British di Malaysia bermula dengan pendudukan Pulau Balambangan pada
tahun 1769 hasil dari perjanjian dengan Kesultanan Brunei dan Kesultanan Sulu. Manakala
penempatan Selat Koloni DiRaja Britain diwujudkan pada 1826, dan Britain sedikit demi sedikit
menyebarkan pengaruh dan kawalannya ke atas seluruh semenanjung. Penempatan Selat
termasuk Pulau Pinang, Singapura dan Melaka. Pada 1867, Inggeris menjadi semakin agresif dan
mula mendapatkan negeri negeri Melayu yang lain. Disebabkan perang saudara, gangguan
persatuan sulit Cina, Britain telah dipilih untuk menyelesaikan masalah masalah penduduk Negeri
Selat. Akhirnya, Perjanjian Pangkor ditandatangani yang mengakibatkan perluasan kuasa Britain ke
negeri negeri Melayu (iaitu Perak, Pahang,Selangor dan Negeri Sembilan yang dikenali juga Negeri-
negeri Bersekutu). Negeri-negeri lain yang dikenali sebagai Negeri-Negeri Tidak Bersekutu
ialah Perlis, Kedah, Kelantan, danTerengganu yang berada di bawah kuasa Thai.

Di Borneo pula, Borneo Utara yang dahulunya berada di bawah pemerintahan Kesultanan Brunei dan
Kesultanan Sulu sekarang Sabah) telah berada dibawah pajakan Syarikat Berpiagam Borneo Utara
British pada tahun 1881 sehingga 1946 apabila ia ditabalkan sebagai Koloni Diraja British. Manakala
Sarawak menjadi milik keluarga Brooke sebelum dari itu.
Akibat penaklukan Jepun pada Perang Dunia II dan kebangkitan komunis, kesedaran untuk merdeka
semakin menyerlah dan kuat. Perkara ini amat dikhuatir oleh British khususnya dalam menjaga
kepentingannya dan masyarakat imigran. justeru British mewujudkan Malayan Union, masyarakat
Melayu bangun menentang dan mahukan sistem yang pro-melayu, menolak kemasukan Singapura
dan mahukan sistem kewarganegaraan tunggal (berbanding dwiwarganegara, yang membolehkan
kaum pendatang mendapat status warganegara Malaya dan negara asal mereka). Kemerdekaan
untuk semenanjung diperolehi pada 1957 di bawah nama Persekutuan Malaya, tanpa Singapura.

Lihat juga: Pengisytiharan Kemerdekaan Tanah Melayu

Pada 16 September 1963, sebuah persekutuan baru diwujudkan di bawah nama Malaysia yang
terdiri daripada Persekutuan Tanah Melayu, Singapura, Borneo Utara (kemudian dinamakan Sabah)
dan Sarawak. Kesultanan Brunei yang pada mulanya menyatakan hasrat untuk menyertai Malaysia
akan tetapi telah menarik diri akibat tentangan sebahagian rakyat Brunei. Pada awal
penubuhan Malaysia, banyak perkara berlaku misalnya cubaan Indonesia untuk menakluk Malaysia,
dan tuntutan yang dibuat oleh Filipinaterhadap Sabah. Pada tahun 1965, Singapura pula dikeluarkan
daripada Malaysia dan berlakunya desakan ekonomi dari kaum Cina.