Tahap Replikasi DNA (DNA Replication Part II)

Tahapan Replikasi DNA adalah sebagai berikut

1. Pengenalan Origin of Replication (ORI)

Titik awal dimulainya replikasi disebut Origins of Replication (titik ORI), merupakan suatu unique sequence yang
akan dikenali suatu protein inisiator. Protein Origin Recognition Complex (ORC) berperan sebagai protein inisiator
yang akan mengenali sekuens ORI dan menginisiasi penempelan helicase. ORC ini akan selalu menempel pada saat
proses replikasi berlangsung, penghancuran ORC oleh protein tertentu dapat menghambat proses replikasi.

2. Inisiasi Replication Fork

Helicase yang menempel pada ORI berfungsi membuka pilinan DNA double strand menjadi dua single strand DNA
terpisah sehingga membentuk struktur Replication Fork. Single Strand Binding Protein (SSBP) akan menempel pada
single strand DNA yang baru terbentuk agar stabil sehingga tidak bergabung kembali (renaturasi). Pembukaan
pilinan oleh helicase dimulai dari ORI menuju ke dua arah, membentuk 2 Replication Fork yang tampak sebagai
Replication Bubble.

3. Replikasi pada Leading Strand

Replikasi pada Leading strand diawali dengan aktivitas primase (DNA primase) yang mensintesis RNA primer.
Setelah adanya RNA primer, sintesis DNA dapat dimulai oleh DNA polimerase secara kontinyu dari arah 5' ke 3'
searah dengan pembukaan replication fork.

4. Replikasi pada Lagging Strand

Sintesis DNA harus terjadi pada arah 5' ke 3' maka arah replikasi berlawanan arah dengan pembukaan Replication
Fork atau antiparalel dengan arah Leading strand. Replikasi pada lagging strand terjadi secara tidak kontinyu.
Sintesis DNA diawali dengan pembentukan RNA primer kemudian dilanjutkan sintesis DNA oleh DNA polimerase,
demikian berulang-ulang setelah helicase membuka untaian double helix DNA. Oleh karena itu, pada lagging strand
dijumpai fragmen-fragmen DNA yang disebut fragmen Okazaki. DNA polimerase akan menganti RNA primer
dengan sekuens DNA dan meninggalkan celah antar fragmen (gap). Fragmen-fragmen tersebut akhirnya disatukan
oleh Ligase sehingga membentuk untai DNA baru yang utuh dan komplementer dengan template DNA induk.

Pokok bahasan di dalam bab ini meliputi prinsip dasar transkripsi, yang mencakup ciri-

ciri dan tahapan transkripsi, transkripsi pada prokariot, dan transkripsi pada eukariot,

dengan penekanan pada karakteristik enzim RNA polimerasenya. Setelah mempelajari

pokok bahasan di dalam bab ini mahasiswa diharapkan mampu menjelaskan:

1. prinsip dasar transkripsi,

2. ranskripsi pada prokariot, khususnya pada bakteri Escherichia coli, dan

3. transkripsi pada eukariot.

Pengetahuan awal yang diperlukan oleh mahasiswa agar dapat mempelajari pokok

bahasan ini dengan lebih baik adalah struktur asam nukleat dan replikasi DNA, yang

masing-masing telah dijelaskan pada Bab II dan Bab IV. Selain itu, konsep dasar

tentang gen dan transkripsi yang telah diperoleh pada mata kuliah Genetika juga sangat

mendukung pemahaman materi bahasan di dalam bab ini.

Prinsip Dasar Transkripsi

Pada Bab IV telah disebutkan bahwa fungsi dasar kedua yang harus dijalankan oleh

DNA sebagai materi genetik adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu

mengatur pertumbuhan dan diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu

fenotipe tertentu. Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya

adalah proses transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan

basa molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan proses sintesis RNA

menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan (templat)nya.

Transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi DNA,

yaitu

1. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan

sumber basa untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya

yang tidak berupa deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin

tetapi digantikan oleh urasil. Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang

diperlukan adalah adenosin trifosfat (ATP), guanosin trifosfat (GTP), sitidin

trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP).

 2. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu

di antara kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis

molekul RNA. Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer

dengan urutan basa RNA hasil transkripsinya, dan disebut sebagai pita

antisens. Sementara itu, untai DNA pasangannya, yang mempunyai urutan

basa sama dengan urutan basa RNA, disebut sebagai pita sens. Meskipun

demikian, sebenarnya transkripsi pada umumnya tidak terjadi pada urutan

basa di sepanjang salah satu untai DNA. Jadi, bisa saja urutan basa yang

ditranskripsi terdapat berselang-seling di antara kedua untai DNA.

3. Sintesis berlangsung dengan arah 5 3 seperti halnya arah sintesis DNA.

4. Gugus 3- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5- trifosfat pada

nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan

membebaskan dua atom pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama

dengan reaksi polimerisasi DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya

DNA polimerase, melainkan RNA polimerase. Perbedaan yang sangat nyata

di antara kedua enzim ini terletak pada kemampuan enzim RNA polimerase

untuk melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa adanya molekul primer.

Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan

promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing-masing tahap akan dijelaskan secara

singkat sebagai berikut.

Pengenalan promoter
Agar molekul DNA dapat digunakan sebagai cetakan dalam sintesis RNA, kedua

untainya harus dipisahkan satu sama lain di tempat-tempat terjadinya penambahan

basa pada RNA. Selanjutnya, begitu penambahan basa selesai dilakukan, kedua untai

DNA segera menyatu kembali. Pemisahan kedua untai DNA pertama kali terjadi di

suatu tempat tertentu, yang merupakan tempat pengikatan enzim RNA polimerase di

sisi 5 (upstream) dari urutan basa penyandi (gen) yang akan ditranskripsi. Tempat ini

dinamakan promoter.

Inisiasi

Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat pada suatu

tempat di dekat promoter, yang dinamakan tempat awal polimerisasi atau tapak

inisiasi (initiation site). Tempat ini sering dinyatakan sebagai posisi +1 untuk gen yang

akan ditranskripsi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan di tapak inisiasi dan

sintesis RNA pun segera dimulai.

Elongasi

Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai DNA

cetakan membentuk kompleks transkripsi. Selama sintesis RNA berlangsung

kompleks transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA cetakan sehingga

nukleotida demi nukleotida akan ditambahkan kepada untai RNA yang sedang

diperpanjang pada ujung 3 nya. Jadi, elongasi atau polimerisasi RNA berlangsung dari

arah 5 ke 3, sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3 ke 5 di

sepanjang untai DNA cetakan.

Terminasi

Berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh disosiasi kompleks transkripsi atau

terlepasnya enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya dari untai DNA

cetakan. Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil sintesis. Hal ini terjadi ketika

RNA polimerase mencapai urutan basa tertentu yang disebut dengan terminator.

Terminasi transkripsi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi yang hanya

bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang

memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein rho). Di antara keduanya terminasi

diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri terjadi pada urutan basa palindrom yang diikuti

oleh beberapa adenin (A). Urutan palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca dari

dua arah yang berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh

beberapa basa tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai ujung

terminasi berbentuk batang dan kala (loop) seperti pada Gambar 5.1.

Inisiasi transkripsi tidak harus menunggu selesainya transkripsi sebelumnya. Hal ini

karena begitu RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50 hingga 60 nukleotida,

promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang ditranskripsi

dengan cepat reinisiasi transkripsi dapat terjadi berulang-ulang sehingga gen tersebut

akan terselubungi oleh sejumlah molekul RNA dengan tingkat penyelesaian yang

berbeda-beda.

Transkripsi pada Prokariot

Telah dikatakan di atas bahwa transkripsi merupakan proses sintesis RNA yang

dikatalisis oleh enzim RNA polimerase. Berikut ini akan diuraikan sekilas enzim RNA

polimerase pada prokariot, khususnya pada bakteri E.coli, promoter s70, serta proses

transkripsi pada organisme tersebut.

Gambar 5.1 Terminasi sintesis RNA menghasilkan ujung berbentuk batang dan

kala

RNA polimerase E. coli

Enzim RNA polimerase pada E. coli sekurang-kurangnya terdiri atas lima subunit, yaitu

alfa (a), beta (b), beta prima (b), omega (w), dan sigma (s). Pada bentuk lengkapnya,

atau disebut sebagai holoenzim, terdapat dua subunit a dan satu subunit untuk

masing-masing subunit lainnya sehingga sering dituliskan dengan a 2bbws. Holoenzim

RNA polimerase diperlukan untuk inisiasi transkripsi. Namun, untuk elongasi transkripsi

tidak diperlukan faktor s sehingga subunit ini dilepaskan dari kompleks transkripsi

begitu inisiasi selesai. Sisanya, yakni a 2bbw, merupakan enzim inti (core enzyme)

yang akan melanjutkan proses transkripsi.

Laju sintesis RNA oleh RNA polimerase E. coli dapat mencapai sekitar 40 nukleotida

per detik pada suhu 37C. Untuk aktivitasnya enzim ini memerlukan kofaktor Mg 2+.

Setiap berikatan dengan molekul DNA enzim RNA polimerase E. coli dapat mencakup

daerah sepanjang lebih kurang 60pb.

Meskipun kebanyakan RNA polimerase seperti halnya yang terdapat pada E. coli

mempunyai struktur multisubunit, hal itu bukanlah persyaratan yang mutlak. RNA

polimerase pada bakteriofag T3 dan T7, misalnya, merupakan rantai polipeptida tunggal

yang ukurannya jauh lebih kecil daripada RNA polimerase bakteri. Enzim tersebut dapat

menyintesis RNA dengan cepat, yaitu sebanyak 200 nukleotida per detik pada suhu

37C.

Subunit a

Dua subunit a yang identik terdapat pada RNA polimerase inti. Kedua-duanya disandi

oleh gen rpoA. Ketika bakteriofag T4 menginfeksi E.coli, subunit a akan dimodifikasi

melalui ribosilasi ADP suatu arginin. Hal ini berkaitan dengan berkurangnya afinitas

pengikatan promoter sehingga subunit a diduga kuat memegang peranan dalam

pengenalan promoter.

Subunit b

Seperti halnya subunit a, subunit b juga terdapat pada RNA polimerase inti. Subunit ini

diduga sebagai pusat katalitik RNA polimerase, yang dibuktikan melalui hasil penelitian

mengenai penghambatan transkripsi menggunakan antibiotik. Antibiotik rifampisin

merupakan inhibitor potensial bagi RNA polimerase yang menghalangi inisiasi tetapi

tidak mempengaruhi elongasi. Kelompok antibiotik ini tidak menghambat polimerase

eukariot sehingga sering digunakan untuk mengatasi infeksi bakteri Gram positif dan

tuberkulosis. Rifampisin telah dibuktikan berikatan dengan subunit b, dan mutasi-mutasi

yang menyebabkan resistensi terhadap rifampisin telah dipetakan pada gen rpoB, yaitu
gen yang menyandi subunit b. Selanjutnya, kelompok antibiotik yang lain, yakni

streptolidigin, ternyata menghambat elongasi transkripsi, dan mutasi-mutasi yang

menyebabkan resistesi terhadap antibiotik ini juga dipetakan pada gen rpoB. Kedua

hasil penelitian tersebut mendukung pendapat bahwa subunit b diduga mempunyai dua

domain yang bertanggung jawab terhadap inisiasi dan elongasi transkripsi.

Subunit b

Subunit b juga terdapat pada RNA polimerase inti. Subunit yang disandi oleh gen rpoC

ini mengikat dua ion Zn2+ yang diduga berpartisipasi dalam fungsi katalitik polimerase.

Suatu polianion, yakni heparin, terbukti mengikat subunit b. Heparin menghambat

transkripsi secara in vitro dan juga berkompetisi dengan DNA dalam pengikatan RNA

polimerase. Hal ini mendukung pendapat bahwa subunit b diduga bertanggung jawab

terhadap pengikatan DNA cetakan.

Faktor s

Faktor s yang paling umum dijumpai pada E. coli adalah s70 (disebut demikian karena

mempunyai berat molekul 70 kDa). Pengikatan faktor s pada RNA polimerase inti akan

mengubah enzim tersebut menjadi holoenzim. Faktor s memegang peranan yang

penting dalam pengenalan promoter tetapi tidak diperlukan untuk elongasi transkripsi.

Kontribusi faktor s dalam pengenalan promoter adalah melalui penurunan afinitas enzim

inti terhadap tempat-tempat nonspesifik pada molekul DNA hingga 10 4, disertai dengan

peningkatan afinitas terhadap promoter.

Banyak organisme prokariot, termasuk E. coli, mempunyai beberapa faktor s.

Semuanya terlibat dalam pengenalan kelompok-kelompok promoter tertentu. Faktor s

dilepaskan dari RNA polimerase inti ketika sintesis RNA mencapai panjang 8 hingga 9

nukleotida. Enzim inti tersebut kemudian akan bergerak di sepanjang molekul DNA

sambil menyintesis untai RNA. Sementara itu, faktor s dapat segera bergabung dengan

RNA polimerase inti lainnya dan melakukan inisiasi transkripsi kembali. Jumlah faktor s

di dalam sel lebih kurang hanya 30% dari jumlah RNA polimerase inti sehingga hanya

sepertiga di antara kompleks RNA polimerase yang akan dijumpai dalam bentuk

holoenzim pada suatu waktu tertentu.

Promoter s70 pada E. coli

Seperti telah dikatakan di atas, promoter merupakan tempat tertentu pada molekul DNA

yang mempunyai urutan basa spesifik untuk pengikatan RNA polimerase dan inisiasi

transkripsi. Promoter yang berbeda akan dikenali oleh faktor s RNA polimerase yang

berbeda pula. Meskipun demikian, faktor s yang paling umum dijumpai pada E. coli

adalah s70.

Promoter pertama kali dikarakterisasi melalui percobaan mutasi yang meningkatkan

atau menurunkan laju transkripsi gen-gen seperti halnya gen-gen struktural pada

operon lac. Mutagenesis promoter-promoter pada E. coli menunjukkan bahwa urutan

basa yang menentukan fungsi promoter tersebut hanyalah suatu urutan yang sangat

pendek.
Promoter s70 terdiri atas urutan basa sepanjang 40 hingga 60 pb. Daerah antara 55

dan +20 telah diketahui merupakan daerah pengikatan RNA polimerase, sedangkan

daerah antara 20 dan +20 diketahui sangat terlindung dari aktivitas nuklease oleh

DNase I.. Hal ini menunjukkan bahwa daerah tersebut sangat berkaitan dengan

polimerase yang menghalangi akses nuklease menuju DNA. Mutagenesis promoter

memperlihatkan bahwa urutan hingga lebih kurang 40 mempunyai peranan yang

penting bagi fungsi promoter. Selain itu, dua urutan sepanjang 6 pb pada posisi sekitar

10 dan 35 terbukti sangat penting bagi fungsi promoter pada E. coli.

Urutan 10

Urutan yang paling lestari (konservatif) pada promoter s 70, atau sering dikatakan

sebagai urutan konsensus, adalah urutan sepanjang 6 pb yang dijumpai pada

promoter-promoter berbagai macam gen pada E. coli. Urutan ini terpusat di sekitar

posisi 10 jika dilihat dari tapak inisiasi transkripsi (Gambar 5.2), dan dinamakan kotak

Pribnow karena ditemukan oleh Pribnow pada tahun 1975. Urutan konsensus pada

kotak Pribnow adalah TATAAT. Kedua basa pertama (TA) dan T yang terakhir

merupakan basa-basa yang paling konservatif. Urutan heksamer ini dipisahkan sejauh

5 hingga 8 pb dari tapak inisiasi, dan urutan penyela yang memisahkan urutan -10

dengan tapak inisiasi tersebut tidaklah konservatif. Urutan 10 nampaknya merupakan

urutan tempat terjadinya inisiasi pembukaan heliks oleh RNA polimerase.

Gambar 5.2. Urutan konsensus pada promoter-promoter E. coli

Urutan -35

Pada Gambar 5.2 terlihat bahwa selain urutan -10, terdapat pula urutan heksamer lain

yang konservatif, yaitu urutan di sekitar posisi -35, yang terdiri atas TTGACA. Urutan ini

akan lebih konservatif lagi pada promoter-promoter yang efisien. Tiga basa pertama

(TTG) merupakan posisi yang paling konservatif. Pada kebanyakan promoter urutan -35

dipisahkan sejauh 16 hingga 18 pb dari kotak Pribnow, dan urutan penyelanya bukanlah

urutan yang penting.

Tapak inisiasi transkripsi

Pada 90% di antara semua gen, tapak inisiasi transkripsi (posisi +1) berupa basa purin,

dan dalam hal ini G lebih umum dijumpai daripada A. Di samping itu, basa C dan basa T

sering kali mengapit tapak inisiasi sehingga terdapat urutan CGT atau CAT (Gambar

5.2).

Efisiensi promoter

Urutan-urutan konsensus tersebut di atas khas dijumpai pada promoter-promoter yang

kuat. Akan tetapi, di antara promoter yang berbeda sebenarnya terdapat variasi urutan

yang cukup nyata, yang dapat mengakibatkan perbedaan efisiensi transkripsi hingga

1.000 kali. Secara garis besar, fungsi daerah-daerah pada promoter dapat dijelaskan

sebagai berikut. Urutan -35 merupakan urutan pengenalan yang akan meningkatkan

pengenalan dan interaksi dengan faktor s RNA polimerase, urutan -10 penting untuk

inisiasi pembukaan heliks, dan urutan di sekitar tapak inisiasi mempengaruhi inisiasi

transkripsi.
Sementara itu, urutan 30 basa pertama yang akan ditranskripsi juga mempengaruhi

transkripsi. Urutan ini mengatur laju pelepasan promoter dari RNA polimerase, yang

memungkinkan reinisiasi transkripsi dapat dilakukan oleh kompleks polimerase lainnya.

Pada akhirnya hal ini akan berpengaruh terhadap laju transkripsi dan kekuatan

promoter.

Pentingnya pemisahan untai DNA pada reaksi inisiasi diperlihatkan oleh pengaruh

superkoiling negatif DNA cetakan yang pada umumnya akan memacu laju transkripsi.

Hal ini diduga karena struktur superkoil tersebut hanya memerlukan sedikit energi untuk

membuka heliks.

Beberapa urutan promoter tidak cukup mirip dengan urutan konsensus yang akan

ditranskripsi dengan kuat pada kondisi normal. Sebagai contoh, promoter lac (Plac),

yang memerlukan faktor aktivasi tambahan berupa protein reseptor cAMP atau cAMP

protein receptor (CPR) untuk mengikat suatu tempat pada DNA yang letaknya

berdekatan dengan urutan promoter tersebut agar pengikatan RNA polimerase dan

inisiasi transkripsi dapat ditingkatkan. Sejumlah promoter lainnya, misalnya untuk gen-

gen yang berhubungan dengan kejut panas, mempunyai urutan konsensus tertentu

yang hanya dapat dikenali oleh RNA polimerase dengan faktor s selain s 70.

Tahapan transkripsi pada prokariot

Seperti proses transkripsi pada umumnya, transkripsi pada prokariot berlangsung

dalam empat tahap, yaitu pengikatan promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Di
bawah ini akan dijelaskan pula sekilas tentang pembukaan heliks, yang terjadi antara

tahap pengikatan promoter dan insiasi transkripsi.

Pengikatan promoter

Pada awalnya, RNA polimerase inti (a 2bbw) mempunyai afinitas nonspesifik terhadap

DNA. Keadaan ini dikenal sebagai pengikatan longgar, dan sifatnya cukup stabil.

Namun, begitu faktor s bergabung dengan enzim inti tersebut hingga terbentuk

holoenzim, terjadilah pengurangan afinitas nonspesifik terhadap DNA hingga 20.000

kali. Sejalan dengan hal itu, faktor s juga meningkatkan pengikatan holoenzim pada

tempat pengikatan promoter yang tepat hingga 100 kali. Dengan demikian, akan terjadi

peningkatan spesifisitas holoenzim yang tajam dalam mengenali promoter.

Pada genom E. coli holoenzim dapat mencari dan mengikat promoter dengan sangat

cepat. Bahkan, karena begitu cepatnya, maka proses ini tidak mungkin terjadi melalui

pengikatan dan pelepasan holoenzim dari DNA secara berulang-ulang. Kemungkinan

yang masuk akal hanyalah melalui pergeseran holoenzim di sepanjang molekul DNA

hingga mencapai urutan promoter. Pada promoter, holoenzim mengenali urutan -35 dan

-10. Kompleks awal antara holoenzim dan promoter dikenal sebagai kompleks

tertutup (closed complex).

Pembukaan heliks

Agar pita antisens dapat diakses untuk perpasangan basa antara DNA dan RNA yang

disintesis, untai ganda (heliks) DNA harus dibuka terlebih dahulu oleh enzim RNA

polimerase. Pada kebanyakan gen pembukaan heliks oleh RNA polimerase akan
dimudahkan oleh struktur superkoiling negatif DNA sehingga transkripsi dapat

ditingkatkan. Namun, tidak semua promoter dapat diaktivasi oleh superkoiling negatif

sehingga terisyaratkan bahwa perbedaan topologi DNA dapat mempengaruhi

transkripsi. Hal ini mungkin karena adanya perbedaan hubungan sterik pada urutan -35

dan -10 di dalam heliks. Sebagai contoh, promoter untuk subunit enzim DNA girase

justru dihambat oleh superkoiling negatif. Seperti kita ketahui, DNA girase adalah enzim

yang bertanggung jawab untuk superkoiling negatif pada genom E. coli (Bab IV)

sehingga superkoiling negatif ini dapat bertindak sebagai umpan balik yang

menghambat ekspresi DNA girase.

Pembukaan awal heliks DNA akan menyebabkan pembentukan kompleks terbuka

(open complex) dengan RNA polimerase. Proses ini dikenal sebagai pengikatan

ketat.

Inisiasi

Berbeda dengan sintesis DNA (Bab IV), sintesis RNA dapat berlangsung tanpa adanya

molekul primer. Oleh karena hampir semua tapak inisiasi transkripsi berupa basa G

atau A, maka nukleosida trifosfat pertama yang digunakan untuk sintesis RNA adalah

GTP atau ATP.

Mula-mula RNA polimerase akan menggabungkan dua nukleotida pertama dan

membentuk ikatan fosfodiester di antara kedua nukleotida tersebut. Selanjutnya,

sembilan basa pertama ditambahkan tanpa disertai pergeseran RNA polimerase di

sepanjang molekul DNA. Pada akhir penambahan masing-masing basa ini akan
terdapat peluang yang nyata terjadinya aborsi untai RNA yang baru terbentuk itu.

Proses inisiasi abortif mempengaruhi laju transkripsi secara keseluruhan karena proses

tersebut memegang peranan utama dalam menentukan waktu yang dibutuhkan oleh

RNA polimerase untuk meninggalkan promoter dan memungkinkan RNA polimerase

lainnya menginisiasi putaran transkripsi berikutnya. Waktu minimum untuk

pengosongan promoter ini adalah 1 hingga 2 detik, suatu waktu yang relatif lama bila

dibandingkan dengan waktu untuk tahap-tahap transkripsi lainnya.

Elongasi

Jika inisiasi berhasil, RNA polimerase melepaskan faktor s, dan bersama-sama dengan

DNA dan RNA nasen (RNA yang baru disintesis), akan membentuk kompleks terner

atau kompleks yang terdiri atas tiga komponen. Dengan adanya kompleks terner ini

RNA polimerase dapat berjalan di sepanjang molekul DNA. Artinya, promoter akan

ditinggalkannya untuk kemudian ditempati oleh holoenzim RNA polimerase berikutnya

sehingga terjadi reinisiasi transkripsi.

Bagian DNA yang mengalami pembukaan heliks, atau disebut dengan gelembung

transkripsi (transcription bubble), akan terlihat bergeser di sepanjang molekul DNA

sejalan dengan gerakan RNA polimerase. Panjang bagian DNA yang mengalami

pembukaan heliks tersebut relatif konstan, yakni sekitar 17 pb (Gambar 5.3),

sedangkan ujung 5 molekul RNA yang disintesis akan membentuk heliks hibrid dengan

pita antisens DNA sepanjang lebih kurang 12 pb. Ukuran ini ternyata tidak mencapai

satu putaran heliks.

RNA polimerase E. coli bergerak dengan kecepatan rata-rata 40 nukleotida per detik.

Akan tetapi, angka ini dapat bervariasi sesuai dengan urutan lokal DNA (urutan DNA

yang telah dicapai oleh RNA polimerase). Tetap dipertahankannya bagian DNA yang

mengalami pembukaan heliks menunjukkan bahwa RNA polimerase membuka heliks

DNA di depan gelembung transkripsi dan menutup heliks DNA di belakangnya. Dengan

demikian, heliks hibrid RNA-DNA harus berputar setiap kali terjadi penambahan

nukleotida pada RNA nasen.

Terminasi

RNA polimerase tetap terikat pada DNA dan melangsungkan transkripsi hingga

mencapai urutan terminator (sinyal stop), yang pada umumnya berupa struktur

seperti tusuk konde (hairpin). Struktur yang terdiri atas batang dan kala (loop) ini

terjadi karena RNA hasil transkripsi mengalami komplementasi diri. Biasanya, bagian

batang sangat kaya dengan GC sehingga sangat stabil (GC mempunyai ikatan rangkap

tiga). Di sebelah downstream (3) dari struktur tusuk kode sering kali terdapat urutan

yang terdiri atas empat U atau lebh seperti pada Gambar 5.1.

Nampaknya RNA polimerase akan segera berhenti begitu struktur tusuk konde RNA

disintesis. Bagian ujung RNA yang mengandung banyak U tersebut mempunyai ikatan

yang lemah dengan basa-basa A pada DNA cetakan sehingga molekul RNA hasil

sintesis akan dengan mudah terlepas dari kompleks transkripsi. Selanjutnya, pita DNA

cetakan yang sudah tidak berikatan atau membentuk hibrid dengan RNA segera

menempel kembali pada pita DNA komplemennya. RNA polimerase inti pun akhirnya

terlepas dari DNA.

Terminasi menggunakan protein rho

Telah disinggung di muka bahwa selain karena adanya struktur tusuk konde, terminasi

transkripsi dapat juga terjadi dengan bantuan suatu protein khusus yang dinamakan

protein rho (). Rho merupakan protein heksamer yang akan menghidrolisis ATP

dengan adanya RNA untai tunggal. Protein ini nampak terikat pada urutan sepanjang 72

basa pada RNA, yang diduga lebih disebabkan oleh pengenalan suatu struktur spesifik

daripada karena adanya urutan konsensus. Rho bergerak di sepanjang RNA nasen

menuju kompleks transkripsi. Pada kompleks transkripsi ini rho memungkinkan RNA

polimerase untuk berhenti pada sinyal terminator tertentu. Sinyal-sinyal terminator ini,

seperti halnya sinyal terminator yang tidak bergantung kepada rho, lebih dikenali oleh

RNA daripada oleh DNA cetakannya. Adakalanya terminator tersebut juga berupa

struktur tusuk konde tetapi tidak dikuti oleh urutan poli U.

Gambar 5.3. Struktur skematik gelembung transkripsi selama elongasi

Transkripsi pada Eukariot

Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada

prokariot. Namun, begitu banyaknya polipeptida yang berkaitan dengan mesin

transkripsi pada eukariot menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada

mekanisme pada prokariot.

Ada tiga macam kompleks RNA polimerase, yang masing-masing diperlukan untuk

transkripsi tipe-tipe gen eukariot yang berbeda. Perbedaan ketiga macam RNA

polimerase tersebut dapat diketahui melalui pemurnian menggunakan teknik

kromatografi dan elusi pada konsentrasi garam yang berbeda. Masing-masing RNA

polimerase mempunyai sensitivitas yang berbeda terhadap toksin jamur -amanitin,

dan hal ini dapat digunakan untuk membedakan aktivitasnya satu sama lain.

RNA polimerase I (RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar gen rRNA.

Enzim ini terdapat di dalam nukleoli dan tidak sensitif terhadap -amanitin.

RNA polimerase II (RNA Pol II) mentranskripsi semua gen penyandi protein

dan beberapa gen RNA nuklear kecil (snRNA). Enzim ini terdapat di dalam

nukleoplasma dan sangat sensitif terhadap -amanitin.

RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi gen-gen tRNA, 5S rRNA, U6

snRNA dan beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini terdapat di dalam

nukleoplasma dan agak sensitif terhadap -amanitin.

Di samping enzim-enzim nuklear tersebut, sel eukariot juga mempunyai RNA

polimerase lainnya di dalam mitokondria dan kloroplas.

Subunit-subunit RNA polimerase pada eukariot

Ketiga RNA polimerase pada eukariot merupakan enzim berukuran besar yang terdiri

atas 12 subunit atau lebih. Gen-gen yang menyandi dua subunit terbesar mempunyai

homologi satu sama lain. Sementara itu, ketiga RNA polimerase eukariot membawa
subunit-subunit yang mempunyai homologi dengan subunit-subunit RNA polimerase inti

pada E. coli (2). Subunit terbesar RNA polimerase eukariot menyerupai subunit ,

sedangkan subunit terbesar kedua menyerupai subunit , yang merupakan pusat

katalitik RNA polimerase E.coli. Homologi struktur ini ternyata berkaitan dengan

homologi fungsional karena subunit terbesar kedua pada RNA polimerase eukariot juga

mengandung tapak aktif.

Dua subunit yang sama antara RNA Pol I dan RNA Pol III, serta satu subunit lainnya

yang khas pada RNA Pol II, memperlihatkan homologi dengan subunit RNA

polimerase E. coli. Sekurang-kurangnya ada lima subunit lainnya yang lebih kecil, yang

memperlihatkan kesamaan di antara ketiga RNA polimerase eukariot. Masing-masing

RNA polimerase ini juga membawa empat hingga tujuh subunit tambahan yang hanya

dijumpai pada salah satu di antara ketiganya.

Aktivitas RNA polimerase eukariot

Seperti halnya RNA polimerase bakteri, masing-masing RNA polimerase eukariot

mengatalisis transkripsi dengan arah 5 ke 3 dan menyintesis RNA yang komplementer

dengan urutan DNA cetakan. Reaksi tersebut memerlukan prekursor berupa ATP, GTP,

CTP, UTP, dan tidak memerlukan primer untuk inisiasi transkripsi. Namun tidak seperti

pada bakteri, RNA polimerase eukariot yang dimurnikan memerlukan adanya protein

inisiasi tambahan sebelum enzim ini dapat berikatan dengan promoter dan melakukan

inisiasi transkripsi.

Gen-gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol I

RNA Pol I bertanggung jawab dalam sintesis rRNA secara terus-menerus selama

interfase. Sel manusia mengandung lima rumpun (cluster) gen penyandi rRNA yang

terdiri atas sekitar 40 salinan dan terletak pada kromosom-kromosom yang berbeda.

Masing-masing gen rRNA menghasilkan transkrip 45S rRNA yang panjangnya lebih

kurang 13.000 nukleotida (nt). Transkrip ini akan terbagi menjadi sebuah 28S (5.000 nt),

18S (2.000 nt), dan 5,8S (160 nt) rRNA. Transkripsi salinan gen-gen rRNA secara

berkesinambungan diperlukan untuk mencukupi produksi rRNA yang selanjutnya akan

dikemas ke dalam ribosom.

Masing-masing rumpun gen rRNA dikenal sebagai daerah pengatur nukleolar

(nucleolar organizer region) karena nukleolus mengandung kala (loop) DNA

berukuran besar yang sesuai dengan rumpun-rumpun gen tersebut. Setelah sebuah sel

dihasilkan dari mitosis, sintesis rRNA akan dimulai kembali dan nukleoli yang kecil akan

muncul pada lokasi kromosomal yang ditempati oleh gen-gen rRNA. Selama sintesis

rRNA berlangsung aktif, transkrip pra-rRNA dikemas di sepanjang gen-gen rRNA dan

jika divisualisasikan menggunakan mikroskop elektron akan nampak sebagai struktur

pohon natal. Di dalam struktur ini transkrip-transkrip RNA dikemas dengan rapat di

sepanjang molekul DNA dan masing-masing muncul tegak lurus dari DNA. Transkrip

yang pendek dapat dilihat pada bagian awal gen tersebut. Transkrip akan makin

bertambah panjang pada bagian-bagian berikutnya untuk kemudian menghilang ketika

mencapai ujung unit transkripsi.

Promoter-promoter gen pra-rRNA pada mamalia mempunyai suatu daerah kontrol

transkripsi bipartit, yang terdiri atas elemen inti atau core element dan elemen
kontrol hulu atau upstream control element (UCE), yang secara skema dapat dilihat

pada Gambar 5.5. Elemen inti meliputi tapak awal transkripsi dan terbentang dari posisi

-31 hingga +6, yang merupakan urutan esensial untuk transkripsi. Sementara itu, UCE

mempunyai panjang sekitar 50 hingga 80 pb yang dimulai dari posisi -100. UCE

bertanggung jawab untuk peningkatan transkripsi sekitar 10 hingga 100 kali bila

dibandingkan dengan laju transkripsi oleh elemen inti saja.

Gambar 5.5. Struktur promoter gen pra-rRNA pada mamalia

UCE akan berikatan dengan suatu protein spesifik pengikat DNA, yang disebut dengan

faktor pengikatan hulu atau upstream binding factor (UBF). Selain dengan UCE,

UBF juga berikatan dengan suatu urutan di sebelah hulu elemen inti. Kedua urutan

yang berikatan dengan UBF tersebut tidak mempunyai kesamaan yang nyata. Sebuah

molekul UBF diduga mengikat UCE, sedangkan sebuah molekul UBF lainnya mengikat

urutan yang kedua. Selanjutnya, kedua molekul UBF akan saling berikatan melalui

interaksi protein-protein sehingga terbentuk struktur kala (loop) pada segmen DNA di

antara kedua tempat pengikatan tersebut (Gambar 5.6).

Gambar 5.6. Model skematik inisiasi transkripsi rRNA

Selain UBF, terdapat faktor lain yang esensial untuk transkripsi RNA Pol I. Faktor ini

adalah faktor selektivitas atau selectivity factor (SL1), yang akan berikatan dengan
kompleks UBF-DNA dan kemudian menstabilkannya. SL1 berinteraksi dengan bagian

hilir elemen inti yang bebas. Pengikatan kompleks UBF-DNA oleh SL1 memungkinkan

RNA Pol I untuk memasuki kompleks tersebut dan melakukan inisiasi transkripsi.

Saat ini SL1 telah diketahui mengandung beberapa subunit, antara lain berupa suatu

protein yang dinamakan protein pengikat TATA atau TATA-binding protein (TBP).

TBP diperlukan untuk inisiasi ketiga RNA polimerase eukariot, dan nampaknya

merupakan faktor penting dalam transkripsi eukariot. Ketiga subunit SL1 lainnya dikenal

sebagai faktor-faktor yang berasosiasi dengan TBP atau TBP-associated factors

(TAFs), dan di antara subunit tersebut yang diperlukan untuk transkripsi RNA Pol I

dinamakan TAF1s.

Pada Acanthamoeba, suatu eukariot sederhana, terdapat elemen kontrol tunggal di

daerah promoter gen rRNA yang terletak sekitar 12 hingga 72 pb ke arah hulu dari titik

awal transkripsi. Tempat ini akan diikat oleh faktor TIF-1, yang homolog dengan SL1.

Dengan pengikatan ini RNA Pol I akan dapat melakukan inisiasi transkripsi. Pada

waktu RNA Pol I bergerak di sepanjang molekul DNA, faktor TIF-1 tetap terikat pada

tempat semula sehingga memungkinkan terjadinya inisiasi transkripsi oleh RNA Pol I

yang lain, dan beberapa putaran transkripsi dapat berlangsung. Oleh karena itu,

mekanisme ini dapat dilihat sebagai sistem kontrol transkripsi yang sangat sederhana.

Di sisi lain, untuk vertebrata nampaknya terdapat suatu UBF tambahan yang

bertanggung jawab atas pengikatan promoter oleh SL1 secara spesifik.

Gen-gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol III

RNA Pol III terdapat di dalam nukleoplasma dan sekurang-kurangnya terdiri atas 16

subunit yang berbeda. Enzim ini menyintesis prekursor tRNA, 5S rRNA, serta berbagai

snRNA dan RNA sitosolik.

Transkrip pertama yang dihasilkan dari gen-gen tRNA merupakan molekul prekursor

yang akan diproses menjadi RNA matang. Daerah kontrol transkripsi gen-gen tRNA

terletak di sebelah hilir tapak inisiasi transkripsi. Ada dua urutan yang sangat konservatif

di dalam gen tRNA, yaitu kotak A (5- TGGCNNAGTGG 3) dan kotak B (5-

GGTTCGANNCC 3). Kedua urutan ini juga menyandi urutan penting di dalam tRNA

sendiri, yang disebut dengan kala D (D-loop) dan kala TC. Hal ini berarti bahwa

urutan yang sangat konservatif di dalam tRNA juga merupakan urutan promoter yang

sangat konservatif.

Dua faktor pengikatan DNA yang kompleks telah diketahui memegang peranan penting

dalam inisiasi transkripsi tRNA oleh RNA Pol III (Gambar 5.7). TFIIIC mengikat baik

kotak A maupun kotak B di dalam promoter tRNA. Sementara itu, TFIIIB mengikat

daerah sejauh 50 pb ke arah hulu dari kotak A. TFIIIB terdiri atas tiga subunit, yang

salah satu di antaranya adalah TBP, suatu faktor inisiasi umum yang diperlukan oleh

ketiga RNA polimerase. Subunit yang kedua dan ketiga masing-masing dinamakan

BRF dan B. Faktor TFIIIB tidak memiliki spesifisitas urutan sehingga tempat

pengikatannya bergantung kepada posisi pengikatan TFIIIC pada DNA. TFIIIB

memungkinkan RNA Pol III untuk melakukan inisiasi transkripsi. Begitu TFIIIB terikat,
TFIIIC dapat dikeluarkan tanpa mempengaruhi transkripsi. Oleh karena itu, TFIIIC dapat

dilihat sebagai faktor perakitan untuk penempatan faktor inisiasi TFIIIB.

Gambar 5.7. Inisiasi transkripsi pada promoter tRNA eukariot

RNA Pol III mentranskripsi gen 5S rRNA, yang merupakan satu-satunya subunit rRNA

yang ditranskripsi secara terpisah. Seperti halnya gen-gen rRNA lainnya yang

ditranskripsi oleh RNA Pol I, gen-gen 5S rRNA tersusun secara tandem (berurutan) di

dalam suatu rumpun gen. Pada manusia terdapat suatu rumpun yang berisi sekitar

2.000 gen. Promoter gen 5S rRNA mengandung daerah kontrol internal yang

dinamakan kotak C. Letaknya sekitar 81 hingga 99 pb ke arah hilir dari tapak inisiasi

transkripsi. Selain itu, terdapat juga kotak A yang berada pada posisi sekitar +50 hingga

+65.

Kotak C pada promoter 5S rRNA berperan sebagai tempat pengikatan protein spesifik,

yaitu TFIIIA (Gambar 5.8). TFIIIA bekerja sebagai faktor perakitan yang memungkinkan

TFIIIC berinteraksi dengan promoter 5S rRNA. Sementara itu, kotak A akan

menstabilkan pengikatan TFIIIC sehingga faktor ini berikatan dengan DNA pada posisi

yang relatif sama dengan posisi pengikatan pada promoter tRNA. Begitu TFIIIC terikat

pada DNA, TFIIIB dapat berinteraksi dengan kompleks pengikatan tersebut dan

memungkinkan RNA Pol III untuk melakukan inisiasi transkripsi.

Gambar 5.8. Inisiasi transkripsi pada promoter 5S rRNA eukariot

Banyak gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol III bergantung kepada urutan hulu untuk

regulasi transkripsinya. Beberapa promoter seperti U6 snRNA dan gen-gen RNA kecil

dari virus Epstein-Barr hanya menggunakan urutan regulator yang letaknya di sebelah

hulu dari tapak inisiasi transkripsinya. Daerah penyandi U6 snRNA mempunyai sebuah

kotak A yang khas. Akan tetapi, urutan ini tidak diperlukan untuk transkripsi. Daerah

hulu pada U6 snRNA mengandung urutan khas promoter RNA Pol II, yang meliputi

kotak TATA pada posisi -30 hingga -23. Promoter ini juga memiliki beberapa urutan di

daerah hulu sebagai tempat pengikatan faktor transkripsi lainnya seperti pada

kebanyakan gen U RNA yang ditranskripsi oleh RNA Pol II. Hal ini mendukung

pendapat bahwa faktor-faktor transkripsi umum dapat mengatur gen-gen yang

ditranskripsi baik oleh RNA Pol II maupun oleh RNA Pol III.

Terminasi transkripsi oleh RNA Pol III nampaknya hanya memerlukan pengenalan

polimerase berupa urutan nukleotida sederhana. Urutan ini terdiri atas sekelompok

residu dA yang efisiensi terminasinya dipengaruhi oleh urutan di sekitarnya. Urutan 5-

GCAAAAGC 3 merupakan sinyal terminasi yang efisien untuk gen 5S rRNA pada

Xenopus borealis.

Gen-gen yang ditranskripsi oleh RNA Pol II

RNA Pol II terdapat di dalam nukleoplasma dan bertanggung jawab untuk transkripsi

semua gen penyandi protein dan beberapa gen snRNA. Pra-mRNA (transkrip primer)
yang baru disintesis harus mengalami prosesing melalui pembentukan pelindung (cap)

pada ujung 5 RNA dan penambahan poli A pada ujung 3 di samping pembuangan

intron dan penyatuan (splicing) ekson.

Banyak promoter eukariot mengandung suatu urutan konservatif yang dinamakan

kotak TATA. Letaknya sekitar 25 hingga 35 pb dari tapak inisiasi transkripsi, berisi

urutan konsensus sepanjang 7 pb, yaitu 5- TATA(A/T)A(A/T) 3. Meskipun demikian,

saat ini diketahui bahwa protein yang mengikat kotak TATA, yakni TBP, ternyata

berikatan dengan urutan sepanjang 8 pb. Tambahan sepasang basa ini letaknya di

sebelah hilir dari kotak TATA dan identitasnya tidaklah penting. Kotak TATA bekerja

dengan cara yang sama dengan urutan -10 pada promoter E. coli dalam menempatkan

RNA Pol II agar diperoleh inisiasi transkripsi yang benar. Meskipun urutan di antara

kotak TATA dan tapak inisiasi transkripsi bukan merupakan urutan yang penting, jarak

antara kedua tempat tersebut ternyata penting. Hampir 50% tapak inisiasi transkripsi

berupa residu A.

Beberapa gen eukariot tidak mempunyai kotak TATA tetapi memiliki suatu elemen

insiator, yang terletak di sekitar tapak inisiasi transkripsi. Namun, beberapa promoter

tidak memiliki baik kotak TATA maupun elemen inisiator. Gen-gen semacam ini

biasanya ditranskripsi dengan lambat, dan inisiasi transkripsi dapat terjadi di tempat-

tempat yang berbeda sepanjang 200 pb. Gen-gen ini sering kali mengandung daerah

yang kaya GC sepanjang 20 hingga 50 pb pada posisi 100 hingga 200 pb arah hulu dari

tapak inisiasi transkripsi.

Aktivitas promoter basal yang rendah akan sangat ditingkatkan oleh adanya elemen-

elemen lain di sebelah hulu promoter. Elemen-elemen ini dijumpai pada kebanyakan

gen dengan tingkat ekspresi yang sangat bervariasi di antara jaringan yang berbeda.

Dua contoh yang umum adalah kotak SP1, yang terletak di sebelah hulu dari banyak

gen baik yang mempunyai maupun yang tidak mempunyai kotak TATA, dan kotak

CCAAT. Promoter dapat memiliki salah satu, keduanya, atau bahkan banyak salinan

urutan/kotak tersebut. Urutan yang pada umumnya terletak 100 hingga 200 pb arah

hulu dari promoter ini dinamakan elemen regulator hulu atau upstream regulatory

elements (UREs). UREs memegang peranan penting dalam menjamin berlangsungnya

transkripsi yang efisien.

Transkripsi kebanyakan promoter eukariot dapat dipacu oleh elemen kontrol yang

letaknya beribu-ribu pasang basa dari tapak inisiasi transkripsi. Hal ini pertama kali

ditemukan pada genom virus SV40. Suatu urutan sepanjang kira-kira 100 pb pada DNA

virus ini dapat dengan nyata meningkatkan transkripsi dari promoter basal. Urutan

pemacu (enhancer) ini mempunyai panjang 100 hingga 200 pb dan mengandung

banyak elemen yang menghasilkan aktivitas totalnya. Pemacu dapat dijumpai pada

sembarang sel atau hanya pada tipe sel tertentu.

Dengan makin banyaknya pemacu dan promoter yang ditemukan, terlihat bahwa motif

kedua elemen tersebut ternyata tumpang tindih, baik secara fisik maupun fungsional.

Dengan demikian, terdapat spektrum elemen regulator yang sinambung, mulai dari

elemen-elemen pemacu yang sangat panjang rentangnya hingga elemen-elemen

promoter yang pendek rentangnya.

Serangkaian faktor transkripsi basal yang kompleks telah diketahui berikatan dengan

promoter RNA Pol II dan bersama-sama melakukan inisiasi transkripsi. Urutan

pembentukan kompleks inisiasi transkripsi RNA Pol II dapat dilihat pada Gambar 5.9.

Gambar 5.9. Diagram pembentukan kompleks inisiasi transkripsi RNA Pol II

Pada promoter yang mengandung kotak TATA, TFIID merupakan faktor pertama yang

akan mengikat promoter tersebut. Faktor ini terdiri atas banyak molekul protein, tetapi

hanya salah satu di antaranya, yakni protein pengikat TATA atau TATA-binding

protein (TBP), yang akan berikatan dengan kotak TATA. Seperti pada RNA Pol I, pada

TFIID juga terdapat faktor-faktor yang berasosiasi dengan TBP atau TBP-

associated factors (TAFIIS). Pada sel-sel mamalia TBP nampaknya akan berikatan

dengan kotak TATA dan kemudian bergabung dengan sekurang-kurangnya delapan

TAFIIS untuk membentuk TFIID.

TBP dijumpai pada ketiga kompleks transkripsi eukariot (dalam SL1, TFIIIB, dan TFIID),

dan dapat dipastikan memegang peranan penting dalam inisiasi transkripsi. TBP

merupakan protein monomerik. Semua TBP eukariot mempunyai domain yang terdiri

atas 180 residu asam amino pada ujung C yang sangat konservatif, dan dapat

berfungsi sebagai molekul protein seutuhnya pada transkripsi in vivo. Oleh karena itu,

fungsi domain pada ujung N yang kurang konservatif belum sepenuhnya diketahui. TBP

mempunyai struktur fisik seperti pelana, yang akan mengikat lekukan kecil molekul DNA

pada kotak TATA dan menghasilkan sudut 45 di antara kedua pasang basa pertama
dan kedua pasang basa terakhir dari 8pb elemen TATA. Mutasi TBP pada domain

pengikatannya dengan kotak TATA tetap mempertahankan fungsinya sebagai faktor

transkripsi untuk RNA Pol I dan RNA Pol III, tetapi menghalangi inisiasi transkripsi oleh

RNA Pol II. Hal ini menunjukkan bahwa RNA Pol I dan RNA Pol III menggunakan TBP

untuk inisiasi transkripsi, tetapi peranan TBP itu sendiri yang sesungguhnya pada

kompleks transkripsi tersebut masih belum jelas.

Faktor transkripsi berikutnya, TFIIA, akan mengikat TFIID dan meningkatkan stabilitas

pengikatan TFIID pada kotak TATA. TFIIA sekurang-kurangnya tersusun dari tiga

subunit. Pada studi transkripsi in vitro, yang dilakukan dengan memurnikan TFIID, TFIIA

ternyata menjadi tidak dibutuhkan lagi. Namun, pada sel-sel yang utuh TFIIA

nampaknya akan menghilangkan pengaruh faktor-faktor penghambat yang berasosiasi

dengan TFIID. Jadi, pengikatan TFIIA pada TFIID rupanya akan mencegah masuknya

faktor-faktor penghambat tersebut sehingga proses transkripsi dapat berlanjut.

Begitu TFIID terikat dengan stabil pada DNA, faktor transkripsi lainnya, yakni TFIIB,

akan berikatan dengan TFIID. Faktor ini akan berperan sebagai perantara yang

memungkinkan masuknya RNA Pol II ke dalam kompleks inisiasi transkripsi bersama

dengan masuknya faktor berikutnya, TFIIF.

Setelah RNA Pol II terikat pada kompleks inisiasi transkripsi, tiga faktor lainnya, masing-

masing TFIIE, TFIIH, dan TFIIJ, segera berasosiasi dengan kompleks tersebut. Ketiga

faktor ini diperlukan untuk transkripsi in vitro dan penggabungannya dengan kompleks

tersebut terjadi melalui urutan tertentu. Di antara ketiga faktor tersebut, TFIIH

merupakan molekul protein terbesar yang sekurang-kurangnya terdiri atas lima subunit.
TFIIH mempunyai aktivitas kinase dan helikase. Aktivasi oleh TFIIH akan

menyebabkan fosforilasi domain ujung C atau carboxyl-terminal domain (CTD) pada

RNA Pol II sehingga terbentuk kompleks RNA Pol II yang siap untuk diproses dan

meninggalkan daerah promoter. Dengan demikian, TFIIH nampaknya mempunyai

fungsi yang sangat penting dalam kontrol elongasi transkripsi. Komponen-komponen

TFIIH juga penting dalam mekanisme perbaikan DNA dan dalam fosforilasi kompleks

kinase yang mengatur daur sel.

Pada kebanyakan promoter RNA Pol II yang tidak memiliki kotak TATA terdapat suatu

elemen inisiator yang letaknya tumpang tindih dengan tapak inisiasi transkripsi.

Rupanya pada promoter semacam ini TBP dimasukkan ke promoter oleh suatu protein

pengikat DNA yang terikat pada elemen inisiator. TBP kemudian memasukkan faktor-

faktor transkripsi lainnya beserta RNA Pol II dengan cara seperti pada promoter yang

mempunyai kotak TATA.

Struktur faktor transkripsi pada eukariot

Faktor-faktor transkripsi pada eukariot mempunyai dua aktivitas yang berbeda, yaitu

pengikatan spesifik pada DNA dan aktivasi transkripsi. Masing-masing aktivitas ini

dilaksanakan oleh domain-domain protein yang terpisah, yaitu domain pengikatan

DNA dan domain aktivasi. Selain itu, banyak faktor transkripsi berupa homodimer atau

heterodimer, yang bersama-sama disatukan melalui domain dimerisasi. Beberapa

faktor transkripsi mempunyai domain pengikatan ligan yang memungkinkan aktivitas

faktor regulasi transkripsi melalui pengikatan suatu molekul tambahan yang berukuran
kecil. Reseptor hormon steroid merupakan salah satu contoh protein yang mempunyai

keempat macam domain tersebut.

Dari percobaan-percobaan yang dikenal sebagai percobaan pertukaran domain atau

domain swap experiments, diketahui bahwa domain pengikatan DNA dan domain

aktivasi faktor transkripsi Gal4 dan Gcn4 pada khamir terletak pada bagian protein yang

berbeda. Domain aktivasi akan bergabung dengan represor LexA pada bakteri,

menghasilkan protein hibrid yang mengaktivasi transkripsi dari promoter dengan urutan

operator lexA. Hal ini menunjukkan bahwa fungsi aktivasi transkripsi pada protein

khamir terpisah dari aktivitas pengikatan DNAnya.

Ada tiga macam domain pengikatan DNA, yaitu domain helix turn helix, domain zinc

finger, dan domain basic. Domain helix turn helix mempunyai sebuah heliks

pengenalan yang akan berinteraksi dengan DNA (Gambar 5.10.a). Domain zinc finger

mempunyai dua buah kala. Pada domain zinc finger C2H2 masing-masing kala berupa

enam asam amino yang berujung pada dua residu sistein dan dua residu histidin.

Keempat residu asam amino ini berkoordinat pada suatu ion zinkum (Gambar 5.10.b).

Domain basic biasanya berasosiasi dengan salah satu dari dua domain dimerisasi,

yaitu leucine zipper atau helix-loop-helix (HLH), sehingga masing-masing dikenal

sebagai protein basic leucine zipper (bZIP) dan basic HLH. Dimerisasi protein-protein

ini akan membawa kedua domain basic, yang kemudian dapat berinteraksi dengan

DNA.

Domain dimerisasi, seperti telah disinggung di atas, dapat berupa protein leucine zipper

atau HLH. Leucine zipper mengandung sebuah residu leusin hidrofobik pada setiap
posisi ketujuh yang akan berikatan dengan ujung C domain basic. Leusin-leusin pada

domain leucine zipper tersusun dalam struktur -heliks (Gambar 5.11). Domain HLH

mempunyai struktur yang menyerupai domain leucine zipper, kecuali dalam hal adanya

suatu kala rantai polipeptida yang memisahkan kedua -heliks protein monomeriknya.

Seperti halnya leucine zipper, motif HLH sering kali dijumpai berdekatan dengan

domain basic yang memerlukan dimerisasi dalam pengikatan DNA.

Domain aktivasi transkripsi dapat berupa domain aktivasi asam, domain kaya

glutamin, atau domain kaya prolin. Domain aktivasi asam mengandung banyak sekali

residu asam amino yang bersifat asam sehingga sering disebut juga dengan gumpalan

asam atau gumpalan negatif. Masih belum diketahui dengan pasti gambaran struktur

lainya yang diperlukan oleh domain ini agar dapat berfungsi sebagai domain aktivasi

transkripsi yang efisien. Domain kaya glutamin pertama kali ditemukan pada faktor

transkripsi SP1. Pada domain ini banyak sekali ditemukan residu glutamin. Begitu juga,

pada domain kaya prolin banyak sekali ditemukan residu prolin.

Regulasi transkripsi dapat terjadi melalui interaksi tidak langsung dengan fungsi suatu

faktor transkripsi, antara lain dengan blokade tempat pengikatan faktor transkripsi pada

DNA (seperti pada kebanyakan represor prokariot), pembentukan kompleks pengikatan

non-DNA (misalnya protein inhibitor Id yang tidak mempunyai domain pengikatan DNA

akan menggangu interaksi protein HLH dengan DNA), dan blokade domain aktivasi

faktor transkripsi meskipun pengikatannya pada DNA tetap berlangsung (misalnya

Gal80 akan menutupi domain aktivasi faktor transkrispi Gal4 pada khamir). Di samping

itu, penghambatan transkripsi dapat juga terjadi secara langsung karena adanya
domain tertentu pada represor. Sebagai contoh, suatu domain reseptor hormon tiroid

pada mamalia akan menekan transkripsi apabila tidak ada hormon tiroid dan akan

mengaktifkannya apabila terikat pada hormon tersebut. Begitu pula, produk gen tumor

Wilms berupa protein WT1 yang akan menekan tumor, mempunyai domain represor

spesifik yang banyak mengandung prolin.

Pengertian Replikasi DNA

Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat. genom manusia pada satu sel terdiri sekitar
3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis tidak boleh ada yang
salah). Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke sel anak supaya informasi genetik
yang diturunkan sama dengan sel induk). Replikasi hanya terjadi pada fase S (pada mamalia),
Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan selesai sebelum fase M.

Salah satu sumber kesalahan DNA adalah pada kesalahan replikasi yang dipengaruhi oleh
berbagai factor, diantaranya karena kondisi lingkungan dan kesalahan replikasi sendiri sehingga
menyebabkan terjadinya mutasi. Supaya replikasi sel dari generasi ke generasi tidak terjadi
kesalahan maka perlu ada repair DNA. Selain karena kesalahan replikasi, DNA juga sangat
rentan terhadap bahan kimia, radiasi maupun panas (hal yang dapat menyebabkan mutasi pada
DNA pada saat replikasi).

Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif karena semua DNA double helix. Hasil replikasi
DNA double strand. Kedua DNA parental strand bisa menjadi template yang berfungsi sebagai
cetakan untuk proses replikasi: Semikonservaative process. Primer strand : Pada 3 dia akan
melepaskan 2P dipakai sebagai energy untuk menempelkan, tetapi pada 5 P tidak bisa dilepas
karena ketiga P dibutuhkan sehigga tidak ada energy sehingga tidak pernah terjadi sintesis dari
3-5, tetapi dari 5-3, jadi yang menambah selalu ujung 3

Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA yaitu :

Enzim yang berperan dalam proses transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses transkripsi,
enzim yang berperan RNA polymerase. transkripsi DNA : terjadi pada saat akan terjadi sintesis
protein (ekspresi gen); yang dipakai cetakan hanya salah satu untai DNA(3-5)
replikasi DNA : sebelum fase mitosis (fase S) dalam siklus sel; kedua untai induk dipakai
sebagai cetakan untuk di replikasi.

DNA polymerase
Pada proses replikasi DNA terdapat enzim sentral, yaitu DNA polymerase. Pada proses replikasi,
DNA polymerase hanya bisa menempel pada gugus OH (hidroksil) dimana gugus OH hanya ada
pada ujung 3 sedangkan ujung 5 adalah ujung fosfat. (ciri utama DNA polymerase). Ciri kedua:
DNA polymerase tidak bisa mensintesis/ menempelkan DNA ke pasangan-nya kalau tidak ada
primer (lokomotif). Sifat dari DNA polymerase dia hanya bisa mensintesis DNA dari arah 5-3
sehingga pertumbuhan dari 5-3 karena penambahan pada ujung 3, dimana pada ujung 3 ada
ujung hidroksil.
Ciri lain DNA polymerase: membutuhkan primer, tidak bisa mensintesis DNA tanpa adanya
primer, primer yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5 basa dan dilanjutkan DNA). DNA yang
dibutuhkan adalah DNA primase untuk meletakkan RNA pada tempatnya. DNA primase untuk
mensintesis RNA sebagai lokomotif (4-5 basa). Bila lokomotif sudah jadi maka akan di-take over
oleh DNA polymerase, dan yang ditambahkan adalah DNA.

Pada Proses replikasi di butuhkan titik awal (replication origin) biasa di singkat ORI. Contoh
pada plasmid (prokariot), terdapat proses replikasi yang dimulai pada replication origin dan
mengembang sampai dihasilkan 2 plasmid yang sama persis. Tetapi pada eukariot (mamalia)
lebih kompleks tetapi tetap membutuhkan replication origin.

Pada mamalia ada beberapa replication origin (replication bubble) yang akan bergabung satu
sama lain. DNA harus terbuka dahulu baru bisa digandakan. Origin replication disebut sebagai
unique sequence yang merupakan pertanda sebagai tempat proses/titik mulai terjadinya replikasi,
dimana ada protein tertentu yang akan mengenali sequence. Pada bakteri (prokariot) hanya butuh
satu titik ORI (origin of replication) sedangkan pada mamalia (eukariot) butuh beberapa ORI
karena kalau hanya 1 ORI akan butuh waktu 3 minggu untuk mereplikasi 3 milyard DNA.
Sehingga pada mamalia ada 30.000 titik ORI yang bekerja secara bersamaan sehingga fase S
untuk replikasi hanya butuh beberapa jam saja.

Untuk replikasi perlu sequence tertentu yaitu yang disingkat (ACS) merupakan urutan basa yang
sangat terjaga karena urutan basa tersebut dikenali oleh protein Origin Recognition Complex
(ORC) sehingga bila ORC mengenali sequence maka replikasi dapat dimulai. ORI lebih global
sedangkan ACS sudah pada sequence (pada urutan basa tertentu). Replikasi terjadi pada fase S
sedangkan transkripsi bisa terjadi pada fase S atau G1 dimana terjadi sintesis protein maka bisa
terjadi transkripsi.

Saat awal akan di mulainya repliaksi, pada G1 akhir ORC mengenali sequence ACS, kemudian
ada molekul lain, juga helikase yang membentuk pre-replicative complex (pre-RC). selanjutnya
pada fase S degradasi fosporilasi ORC, degradasi fosforilasi Cdc6 maka terbentuk bubble
replication. Helikase membuka pilinan, topoisomerase yang memotong pada titik tertentu.
secara singkat dalam siklus sel : Pada fase G2/M sudah ada 2 copy. Pada fase G1 persiapan, S
proses replikasi, G2/M sudah selesai
Sumber:

Proses replikasi DNA

Pertama adanya replication origin, kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya RNA
primer synthesis. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan membuka
dengan bantuan helikase. Helikase akan menempel untuk membuka pilinan (helix). DNA double
helix (bentuk terpilin). Untuk mereplikasi bila bentuknya terpilin tidak akan pernah bisa
sehingga perlu dibuka pilinannya. Bila membuka pilinan pada salah satu ujung maka ujung yang
lain akan semakin kuat pilinannya sehingga perlu daerah tertentu yang dipotong untuk membuka
pilinan tesebut yang dilakukan oleh helikase. Perlu DNA primase untuk membuat RNA primer
sintesis, karena DNA polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada primer.

Kemudian terjadi proses replikasi. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leading-strand dan
lagging strand. Dari ORI didapatkan 2 replication fork.

Ada ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication bubble.

Proses replikasi yang di perlukan utama:

1. ORI
2. Helikase
3. Replication bubble

Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. Merah RNA, Biru DNA. Bubble semakin
besar, replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork.

Replication fork pada plasmid

Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat antiparalel: 5-3 dan 3-5. DNA
polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5-3. Satu strain bisa secara kontinyu
disintesis yaitu yang 5-3 (leading strain). Sementara yang 3-5 tidak bisa dibentuk, tetapi tetap
harus dibentuk dengan 5-3, sehingga perlu satu strain yang terbentuk dari small discontinue
peaces yang disebut sebagai lagging strain. Small peaces disebut okazaki fragmen.

Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5-3 maka tinggal menambah saja. Sedangkan
pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3-5 maka hanya diam, tetapi pada titik tertentu
akan ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5-3 (okazaki fragmen:
fragmen2 potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging strain)-> Pada lagging
strand arahnya dari 3-5

Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada lagging strand
template. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer sehingga di OF ada
RNA-DNA hybrid. Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. Setelah itu untuk menggantikan
RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat exonuclease tetapi juga bisa bersifat
endonuclease, yaitu mereplace atau menempatkan dNTP. Pada saat RNA dibuang maka akan
digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru sampai hilang sama sekali. Tetapi masih
belum lengkap karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk menempelkan.
Akhirnya diperoleh 2 strain yang sama persis.
Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu:
- Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA
- Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding, untuk mencegah DNA
yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi).
- Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu.

DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang bertugas
untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi juga bisa
membentuk hairpins.
Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan sehingga
terbentuk hairpins. Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single strand binding
protein supaya tetap lurus dan tidak berbelok-belok.

Topoisomerase, cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah untuk memutar
karena sudah dipotong. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA yang terpotong.

Protein aksesori:
Brace protein, : Replication factor C (RFC), supaya DNA polimerasenya menempelnya stabil
(tidak mudah terlepas dari DNA template).
Sliding-clamps protein, supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2.

Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan, tetapi proses pada lagging
bertahap. Ada DNA polimerase dan sliding clamps. Sintesis terjadi pada leading strand terlebih
dahulu. Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-nya datang lagi.
Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan dengan DNA yang
baru.

Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi, brace, clamp, DNA helicase, single-strand binding
protein, primase, topoisomerase.

Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung DNA). Bila tidak ada telomere maka
kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak 46 tetapi dalam bentuk gandeng2
(tidak diketahui).

Chromosome end:
Pada lagging strand, di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan, RNA juga akan dihilangkan,
sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. Hal ini terjadi karena menggunakan primer RNA
untuk proses replikasi, dan RNA primer setelah replikasi harus dibuang dan tidak bisa
digantikan. Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase yang dibuat berkali-kali. (slide 76:
TTGGGGTTGGGTTGGGG). Telomer dibuat oleh enzim telomerase. Telomer: ujung yang
merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek tidak akan menjadi masalah karena tidak
mengkode apapun. Telomer diadakan untuk mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan
memendek. EXTENDS 3 PRIMARY GENE --> TELOMERE, dan enzim yang membuatnya :
telomerase. Semua sel selain stem sel tidak punya telomere. Pada saat sel replikasi maka akan
selalu memendek. Sampai pada suatu titik tertentu yang merupakan signal bagi sel untuk
berhenti membelah. Karena kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh panjangnya
telomerase. Pada saat telomere memendek sampai batas tertentu maka akan memberikan sinyal
bagi sel untuk berhenti membelah. Sedangkan pada stem sel yang memiliki telomerase, maka
kemampuan membelahnya tidak terbatas karena pada saat telomere habis maka telomerase akan
membentuk telomere baru. Hal ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel kanker
memiliki telomerase sehingga sel kanker dapat terus membelah. Manusia memiliki kemampuan
replikasi sel yang terbatas karena keterbatasan telomere, shg bila telomere habis sel akan
berhenti membelah.

Transkripsi

Transkripsi merupakan pembentukan/sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, sehingga terjadi
proses pemindahan informasi genetik dari DNA ke RNA. Fungsi ini disebut fungsi heterokatalis
DNA karena DNA mampu mensintesis senyawa lain yaitu RNA. Sebuah rantai DNA digunakan
untuk mencetak rantai tunggal mRNA dengan bantuan enzim polimerase. Enzim tersebut
menempel pada kodon permulaan, umumnya adalah kodon untuk asam amino metionin.
Pertama-tama, ikatan hidrogen di bagian DNA yang disalin terbuka. Akibatnya, dua utas DNA
berpisah. Salah satu polinukleotida berfungsi sebagai pencetak atau sense, yang lain sebagai gen
atau antisense. Misalnya pencetak memiliki urutan basa G-A-G-A-C-T, dan yang berfungsi
sebagai gen memiliki urutan basa komplemen C-T-C-T-G-A. Karena pencetaknya G-A-G-A-C-T,
maka RNA hasil cetakannya C-U-C-U-G-A. Jadi, RNA C-U-C-U-G-A merupakan hasil kopian
dari DNA C-T-C-T-G-A (gen), dan merupakan komplemen dari pencetak.

Transkripsi DNA akan menghasilkan mRNA (messenger RNA). Pada organisme eukariot,
mRNA yang dihasilkan itu tidak langsung dapat berfungsi dalam sintesis polipeptida, sebab
masih mengandung segmen-segmen yang tidak berfungsi yang disebut intron. Sedangkan
segmen-segmen yang berfungsi untuk sintesis protein disebut ekson. Di dalam nukleus terjadi
pematangan/pemasakan mRNA yaitu dengan jalan melepaskan segmen-segmen intron dan
merangkaikan segmen-segmen ekson. Gabungan segmen-segmen ekson membentuk satu
rantai/utas mRNA yang mengandung sejumlah kodon untuk penyusunan polipeptida. Rantai
mRNA ini dikenal sebagai sistron.
 Gb. Proses pematangan mRNA dengan membuang
bagian intron

Proses transkripsi ini terjadi di dalam inti sel (nukleus). DNA tetap berada di dalam nukleus,
sedangkan hasil transkripsinya dikeluarkan dari nukleus menuju sitoplasma dan melekat pada
ribosom. Ini dimaksudkan agar gen asli tetap terlindung, sementara hasil kopinya ditugaskan
untuk melaksanakan pesan-pesan yang dikandungnya. Jika RNA rusak, akan segera diganti
dengan hasil kopian yang baru

1. Inisiasi (permulaan)

Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi disebut sebagai
promoter. Suatu promoter menentukan di mana transkripsi dimulai, juga menentukan yang mana
dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.

2. Elongasi (pemanjangan)

Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka untaian heliks ganda DNA dengan
bantuan enzim polimerase, sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari cetakan
DNA-nya.

3. Terminasi (pengakhiran)

Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA yang disebut
terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA yang berfungsi sebagai
kodon terminasi (kode stop) yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi biasanya
berhenti tepat pada akhir kodon terminasi, yaitu ketika polimerase mencapai titik terminasi
sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya, pada sel eukariotik polimerase terus melewati sinyal
terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam mRNA. Pada titik yang jauh kira-kira 10 hingga 35
nukleotida, mRNA ini dipotong hingga terlepas dari enzim tersebut.

Berikut merupakan animasi terjadinya proses transkripsi

Asam nukleat adalah polinukleotida yang terdiri dari unit-unit
mononukleotida, jika unit-unit pembangunnya dioksinukleotida maka asam
nukleat itu disebut dioksiribonukleat(DNA) dan jika terdiri dari unit-unit
mononukleotida disebut asam ribonukleat(RNA).

DNA dan RNA mempunyai sejumlah sifat kimia dan fisika yang sama sebab
antara unit-unit mononukleotida terdapat ikatan yang sama yaitu melalui
jembatan fosfodiester antara posisi 3 suatu mononukleotida dan posisi 5
pada mononukleotida lainnya(Harpet, 1980).

Asam-asam nukleat seperti asam dioksiribosa nukleat (DNA) dan asam

ribonukleat (RNA) memberikan dasar kimia bagi pemindahan keterangan di
dalam semua sel. Asam nukleat merupakan molekul makro yang memberi
keterangan tiap asam nukleat mempunyai urutan nukleotida yang unik sama
seperti urutan asam amino yang unik dari suatu protein tertentu karena
asam nukleat merupakan rantai polimer yang tersusun dari satuan monomer
yang disebut nukleotida(Dage, 1992).

Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat(DNA) dan asam
ribonukleat(RNA). DNA terutama ditemui dalam inti sel, asam ini merupakan
pengemban kode genetik dan dapat memproduksi atau mereplikasi dirinya
dengan tujuan membentuk sel-sel baru untuk memproduksi organisme itu
dalam sebagian besar organisme, DNA suatu sel mengerahkan sintesis
molekul RNA, satu tipe RNA, yaitu messenger RNA(mRNA), meninggalkan inti
sel dan mengarahkan tiosintesis dari berbagai tipe protein dalam organisme
itu sesuai dengan kode DNA-nya(fessenden, 1990).

Meskipun banyak memiliki persamaan dengan DNA, RNA memiliki perbedaan

dengan DNA, antara lain yaitu(Poedjiati, 1994):

1. Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA adalah
dioksiribosa.

2. Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda, bentuk molekul RNA berupa
rantai tunggal yang terlipat, sehingga menyerupai rantai ganda.

3. RNA mengandung basa adenin, guanin dan sitosin seperti DNA tetapi tidak
mengandung timin, sebagai gantinya RNA mengandung urasil.

4. Jumlah guanin dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin,
demikian pula jumlah adenin, tidak perlu sama dengan urasil.

Selain itu perbedaan RNA dengan DNA yang lain adalah dalam hal(Suryo,
1992):

1. Ukuran dan bentuk

Pada umumnya molekul RNA lebih pendek dari molekul DNA. DNA berbentuk
double helix, sedangkan RNA berbentuk pita tunggal. Meskipun demikian
pada beberapa virus tanaman, RNA merupakan pita double namun tidak
terpilih sebagai spiral.
2. Susunan kimia

Molekul RNA juga merupakan polimer nukleotida, perbedaannya dengan DNA

yaitu:

a. Gula yang menyusunnya bukan dioksiribosa, melainkan ribosa.

b. Basa pirimidin yang menyusunnya bukan timin seperti DNA, tetapi urasil.

3. Lokasi

DNA pada umumnya terdapat di kromosom, sedangkan RNA tergantung dari

macamnya, yaitu:

a. RNA d(RNA duta), terdapat dalam nukleus, RNA d dicetak oleh salah satu
pita DNA yang berlangsung didalam nukleus.

b. RNA p(RNA pemindah) atau RNA t(RNA transfer), terdapat di sitoplasma.

c. RNA r(RNA ribosom), terdapat didalam ribosom.

4. Fungsinya

DNA berfungsi memberikan informasi atau keterangan genetik, sedangkan

fungsi RNA tergantung dari macamnya, yaitu:

a. RNA d, menerima informasi genetik dari DNA, prosesnya dinamakan

transkripsi, berlangsung didalam inti sel.

b. RNA t, mengikat asam amino yang ada di sitoplasma.

c. RNA t, mensintesa protein dengan menggunakan bahan asam amino,

proses ini berlangsung di ribosom dan hasil akhir berupa polipeptida.

Ada beberapa cara untuk menentukan DNA dan RNA, yaitu(Frutan and Sofia,
1968):
1. Jaringan hewan dan alkali hangat
RNA akan terpecah menjadi komponen-komponen nukleotida yang larut
dalam asam. DNA sulit dipecah atau dirusak oleh alkali.
2. Metode Schnider
 Jaringan dan asam trikloro asetat panas dan diperkirakan DNA dapat diuji
oleh reaksi kalorimetri dengan difenilanin, yang mana akan bereaksi
dengan purin dioksiribosa dan tidak bereaksi dengan purin ribosa.
3. Metode Feligen
Fuchsin sulfurous acid akan berwarna merah dengan DNA, dan tidak
dengan RNA. Reaksi ini diterapkan untuk mempelajari distribusi RNA dan
DNA didalam bagian-bagian sel.
4. Secara Spektroskopi
Pengaukuran absorbsi cahaya oleh RNA dan DNA pada 260nm dimana
spektra cincin purin dan pirimidin asam nukleat menunjukkan maksimal.

Tiga bentuk utama RNA yang terdapat didalam sel adalah mRNA(messenger
RNA), rRNA(ribosa RNA), dan tRNA(transfer RNA). Tiap bentuk RNA ini
mempunyai berat molekul dan komposisi yang berlainan, tetapi khas untuk
tiap macam bentuk RNA. Semua RNA terdiri dari rantai tunggal
poliribonukleotida. Pada sel bakteri, hampir semua RNA ada di dalam
sitoplasma. Disel hati kira-kira 11% terdapat dalam nukleus(terutama
mRNA), sekitar 15% dalam mitokondria, lebih dari 50% dalam ribosom, dan
kira-kira 24% dalam strosol

RNA (Asam Ribonukleat)

Struktur RNA

Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang tersusun dari sejumlah
nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus gula ribosa, dan satu gugus
basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari
satu nukleotida dengan gugus gula ribosa dari nukleotida yang lain.

Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil tambahan pada cincin gula
ribosa (sehingga dinamakan ribosa). Basa nitrogen pada RNA sama dengan DNA, kecuali basa
timin pada DNA diganti dengan urasil pada RNA. Jadi tetap ada empat pilihan: adenin, guanin,
sitosin, atau urasil untuk suatu nukleotida.Selain itu, bentuk konformasi RNA tidak berupa pilin
ganda sebagaimana DNA, tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya.

Tipe-tipe RNA

RNA hadir di alam dalam berbagai macam/tipe. Sebagai bahan genetik, RNA berwujud sepasang
pita (Inggris double-stranded RNA, dsRNA). Genetika molekular klasik mengajarkan adanya
tiga tipe RNA yang terlibat dalam proses sintesis protein:

1. RNA-kurir (bahasa Inggris: messenger-RNA, mRNA),

2. RNA-ribosom (bahasa Inggris: ribosomal-RNA, rRNA),

3. RNA-transfer (bahasa Inggris: transfer-RNA, tRNA).

Pada akhir abad ke-20 dan awal abad ke-21 diketahui bahwa RNA hadir dalam berbagai macam
bentuk dan terlibat dalam proses pascatranslasi. Dalam pengaturan ekspresi genetik orang
sekarang mengenal RNA-mikro (miRNA) yang terlibat dalam peredaman gen atau gene
silencing dan small-interfering RNA (siRNA) yang terlibat dalam proses pertahanan terhadap
serangan virus.

Fungsi RNA

Pada sekelompok virus (misalnya bakteriofag), RNA merupakan bahan genetik. Ia berfungsi
sebagai penyimpan informasi genetik, sebagaimana DNA pada organisme hidup lain. Ketika
virus ini menyerang sel hidup, RNA yang dibawanya masuk ke sitoplasma sel korban, yang
kemudian ditranslasi oleh sel inang untuk menghasilkan virus-virus baru.

Namun demikian, peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan
protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam
peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses
transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk triplet, tiga urutan basa N, yang
dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk
berhenti), monomer yang menyusun protein. Lihat ekspresi genetik untuk keterangan lebih
lanjut.

Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas teori dunia
RNA, yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi, RNA merupakan bahan genetik
universal sebelum organisme hidup memakai DNA.

Intereferensi RNA

Suatu gejala yang baru ditemukan pada penghujung abad ke-20 adalah adanya mekanisme
peredaman (silencing) dalam ekspresi genetik. Kode genetik yang dibawa RNA tidak
diterjemahkan (translasi) menjadi protein oleh tRNA. Ini terjadi karena sebelum sempat
ditranslasi, mRNA dicerna/dihancurkan oleh suatu mekanisme yang disebut sebagai interferensi
RNA. Mekanisme ini melibatkan paling sedikit tiga substansi (enzim dan protein lain). Gejala
ini pertama kali ditemukan pada nematoda Caenorhabditis elegans tetapi selanjutnya ditemukan
pada hampir semua kelompok organisme hidup.

DNA (Asam Deoksiribonukleat)

Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris: deoxyribonucleic acid),
adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap
organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel.

Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik; artinya, DNA
menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme. Di
antara perkecualian yang menonjol adalah beberapa jenis virus (dan virus tidak termasuk
organisme) seperti HIV (Human Immunodeficiency Virus).
Karateristik Kimia

DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama,

1. gugus fosfat

2. gula deoksiribosa

3. basa nitrogen, yang terdiri dari :

1. Adenina (A)

2. Guanina (G)

3. Sitosina (C)

4. Timina (T)

DNA as structure

Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida,
sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida.
Rantai DNA memiliki lebar 22-24 , sementara panjang satu unit nukleotida 3,3 [2]. Walaupun
unit monomer ini sangatlah kecil, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti
rantai. Misalnya, kromosom terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida[3].

Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. Gula pada
DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung
dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan
atom karbon kelima pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA adalah gula
penyusunnya; gula RNA adalah ribosa.

DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks ganda. Pada struktur heliks
ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai berlawanan dengan orientasi nukleotida untai
lainnya. Hal ini disebut sebagai antiparalel. Masing-masing untai terdiri dari rangka utama,
sebagai struktur utama, dan basa nitrogen, yang berinteraksi dengan untai DNA satunya pada
heliks. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa-basa
yang terdapat pada kedua untai tersebut. Empat basa yang ditemukan pada DNA adalah adenin
(dilambangkan A), sitosin (C, dari cytosine), guanin (G), dan timin (T). Adenin berikatan
hidrogen dengan timin, sedangkan guanin berikatan dengan sitosin.

Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan nukleotida pada DNA yang
digandakan.

Replikasi

Replikasi merupakan proses pelipatgandaan DNA. Proses replikasi ini diperlukan ketika sel akan
membelah diri. Pada setiap sel, kecuali sel gamet, pembelahan diri harus disertai dengan
replikasi DNA supaya semua sel turunan memiliki informasi genetik yang sama. Pada dasarnya,
proses replikasi memanfaatkan fakta bahwa DNA terdiri dari dua rantai dan rantai yang satu
merupakan konjugat dari rantai pasangannya. Dengan kata lain, dengan mengetahui susunan
satu rantai, maka susunan rantai pasangan dapat dengan mudah dibentuk. Ada beberapa teori
yang mencoba menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi. Salah satu teori yang
paling populer menyatakan bahwa pada masing-masing DNA baru yang diperoleh pada akhir
proses replikasi; satu rantai tunggal merupakan rantai DNA dari rantai DNA sebelumnya,
sedangkan rantai pasangannya merupakan rantai yang baru disintesis. Rantai tunggal yang
diperoleh dari DNA sebelumnya tersebut bertindak sebagai cetakan untuk membuat rantai
pasangannya.

Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu; salah satu yang terpenting dikenal
dengan nama DNA polimerase, yang merupakan enzim pembantu pembentukan rantai DNA baru
yang merupakan suatu polimer. Proses replikasi diawali dengan pembukaan untaian ganda DNA
pada titik-titik tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh
enzim helikase yang dapat mengenali titik-titik tersebut, dan enzim girase yang mampu
membuka pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan untaian ganda
ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua rantai DNA yang sudah terbuka secara
lokal tersebut. Proses pembukaan rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran
DNA polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer DNA ditambahkan di
kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase bergeser. Hal ini berlanjut sampai
seluruh rantai telah benar-benar terpisah.

Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses sintesis rantai DNA
baru memiliki suatu mekanisme yang mencegah terjadinya kesalahan pemasukan monomer yang
dapat berakibat fatal. Karena mekanisme inilah kemungkinan terjadinya kesalahan sintesis
amatlah kecil.

Penggunaan DNA Dalam Tehnologi.

1. DNA dalam forensik

Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah, semen, kulit, liur atau
rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan untuk mengidentifikasi kemungkinan
tersangka, sebuah proses yang disebut fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA
profiling). Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA yang berulang seperti short
tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan. Pemrofilan DNA dikembangkan pada 1984 oleh
genetikawan Inggris Alec Jeffreys dari Universitas Leicester, dan pertama kali digunakan untuk
mendakwa Colin Pitchfork pada 1988 dalam kasus pembunuhan Enderby di Leicestershire,
Inggris. Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari kejahatan tertentu untuk menyediakan
sebuah contoh DNA untuk dimasukkan ke dalam database komputer. Hal ini telah membantu
investigator menyelesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui dan hanya contoh
DNA yang diperoleh dari tempat kejadian (terutama dalam kasus perkosaan antar orang tak
dikenal). Metode ini adalah salah satu teknik paling terpercaya untuk mengidentifikasi seorang
pelaku kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misalnya bila tidak ada DNA yang dapat
diperoleh, atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh DNA dari banyak orang.

2. DNA dalam Komputasi

DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai masalah riset dan sebagai
sebuah cara komputasi.

Riset dalam algoritma pencarian string, yang menemukan kejadian dari urutan huruf di dalam
urutan huruf yang lebih besar, dimotivasi sebagian oleh riset DNA, dimana algoritma ini
digunakan untuk mencari urutan tertentu dari nukleotida dalam sebuah urutan yang besar. Dalam
aplikasi lainnya seperti editor text, bahkan algoritma sederhana untuk masalah ini biasanya
mencukupi, tetapi urutan DNA menyebabkan algoritma-algoritma ini untuk menunjukkan sifat
kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah kecil dari karakter yang berbeda.

Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, yang memiliki masalah khusus untuk
menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database yang dikhususkan untuk riset DNA disebut
database genomik, dam harus menangani sejumlah tantangan teknis yang unik yang dihubungkan
dengan operasi pembandingan kira-kira, pembandingan urutan, mencari pola yang berulang, dan
pencarian homologi.

3. Sejarah
NA pertama kali berhasil dimurnikan pada tahun 1868 oleh ilmuwan Swiss Friedrich Miescher di
Tubingen, Jerman, yang menamainya nuclein berdasarkan lokasinya di dalam inti sel. Namun
demikian, penelitian terhadap peranan DNA di dalam sel baru dimulai pada awal abad 20,
bersamaan dengan ditemukannya postulat genetika Mendel. DNA dan protein dianggap dua
molekul yang paling memungkinkan sebagai pembawa sifat genetis berdasarkan teori tersebut.

Dua eksperimen pada dekade 40-an membuktikan fungsi DNA sebagai materi genetik. Dalam
penelitian oleh Avery dan rekan-rekannya, ekstrak dari sel bakteri yang satu gagal men-transform
sel bakteri lainnya kecuali jika DNA dalam ekstrak dibiarkan utuh. Eksperimen yang dilakukan
Hershey dan Chase membuktikan hal yang sama dengan menggunakan pencari jejak radioaktif
(radioactive tracers).

Misteri yang belum terpecahkan ketika itu adalah: bagaimanakah struktur DNA sehingga ia
mampu bertugas sebagai materi genetik? Persoalan ini dijawab oleh Francis Crick dan koleganya
James Watson berdasarkan hasil difraksi sinar-x DNA oleh Maurice Wilkins dan Rosalind
Franklin. Crick, Watson, dan Wilkins mendapatkan hadiah Nobel Kedokteran pada 1962 atas
penemuan ini. Franklin, karena sudah wafat pada waktu itu, tidak dapat dianugerahi hadiah ini.

Konfirmasi akhir mekanisme replikasi DNA dilakukan lewat percobaan Meselson-Stahl yang
dilakukan tahun 1958.
Enzim-enzim pada replikasi DNA
Replikasi DNA merupakan proses enzimatis. Enzim-enzim yang berperan (fungsi, sifat,
dan cara kerja) pada replikasi DNA antara lain enzim DNA polimerase, DNA ligase, DNA
gyrase, dan Helicase. Ada 3 macam enzim polimerase DNA yaitu polimerase DNA I, II, dan III.
1. Enzim polimerase DNA I
- DNA polimerase I berperan menghilangkan RNA primer yang melekat pada lagging strand
DNA dan mengganti dgn DNA
- Merupakan rantai tunggal polipeptida dengan BM 109 kdal
- Mengkatalisir penempelan unit deoxyribonucleotida baru ke rantai DNA pemula (primer
strand)
- Kecepatan mengkatalisir 10 nukleotida diambahkan tiap detik setiap 1 mol polimerase DNA I
- Mempunyai aktivitas 3-5 exonuclease yaitu mengecek hasil polimerisasi sebelum dilanjutkan
- Mempunyai aktivitas 5-3 exonuclease
Perbedaan 3-5 exonuclease dan 5-3 exonucelase
3-5 exonuclease
- Proof reading action
- Berfungsi menghidrolisa DNA jika terjadi kesalahan
(memotong nukleotida yang bukan pasangan nukleotidanya) dari ujung 3-OH
- Nukleotida yang diambil harus mempunyai gugus 3-OH bebas dan bukan bagian double helix
5-3 exonuclease
- Membetulkan kesalahan dengan menghidrolisa DNA dari ujung rantai 5- fosfat
- Pemotongan ikatan terjadi pada ikatan fosfodiester ujung 5 atau beberapa residu dari ujung 5
- Pemotongan ikatan harus sudah di dalam rantai double helix
- Kesalahan yang dibetulkan baik salah karena basa tidak sesuai dengan pasangannya maupun
kesalahan yang lain, misal terjadinya thymine dimer.
2. Enzim polimerase DNA II
Fungsi spesifik enzim polimerase DNA II belum dapat jelas, hanya diketahui enzim ini
berperan juga pada replikasi DNA. Kecepatan mengkatalisis sebanyak 0,5 nukleotida
ditambahkan tiap detik, serta mempunyai aktivitas 3-5 exonuclease.
3. Enzim Polimerase DNA III
Merupakan polimerase yang bertanggungjawab Pada replikasI invivo. Merupakan
Holoenzim kompleks denGan BM 550.000 yang terdiri atas 7 polipeptida yang berbeda,
membawa aktivitas 5-3 exonclease sedangkan lainnya memBawa aktivitas 3-5 exonulease.
Satu atau lebih polipeptida yang lain mengikat molekul ATP. Sedangkan sisanya belum diketahui
fungsinya. Mungkin dua kompleks holoenzim dibutuhkan dalam replication fork, kecepatan
mengakataliisis 150 nukleotida ditambakan setiap detik. Enzim polimerase DNA III ini
mengandung ion Zn2+ dan mebutuhkan ion Mg2+ untuk bekerjanya.
4. DNA ligase
Enzim polimerase DNA dapat menambahkan deoksiribonukleotida ke rantai pemula,
tetapi tidak dapat mengkatalisis penggabungan 2 rantai DNA. Pada tahun 1967 ditemukan
adanya enzim yag mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara 2 rantai. Enzim ini
disebut enzim ligase, yang mempunyai ciri:
- Berupa rantai polipeptida tunggal BM 77000
- Memerlukan gugus OH pada ujung 3 bebas dan gugus fosfat pada ujung 5 rantai yang lain,
pembentukan ikatan fosfodiester ini berupa reaksi endergoni (butuh tenaga)
- Menyambung 2 mol rantai DNA yang merupakan bagian dari DNA double helix (tidak dapat
menyambung 2 mol rantai tunggal)
Fungsi enzim ligase sebagai berikut:
- Memperbaiki rantai yang putus pada DNA dupleks
- Menyambung ujng DNA dupleks untuk menghasilkan DNA sirkuler
- Menyambung sintesa DNA pada proses rekombinasi
- Bekerja sama dengan polimerase DNA pada replikasi DNA
5. Enzim girase DNA (DNA Gyrase)
- Termasuk topoisomerase tipe II
- Berfungsi membuka supercoiled sebelum replikasi berlangsung
- Mengubah bentuk relax menjadi supercoiled dengan membutuhkan ATP
6. Enzim helicase
Enzim yang membuka putaran segmen DNA tepat di bagian depan garpu replikasi,
disebut enzim helicase. Enzim ini mengikat ATP dan mengikat rantai tunggal DNA. Ada dua
macam enzim helicase, satu mengikat pada templatenya lagging strand dan bergerak dengan arah
5-3, yang satunya lagi mengikat pada rantai template leading strand dan bergerak dengan arah
3-5.
7. Single Strand Binding Protein (SSBP)
Secepatnya setelah rantai terbuka beberapa mol protein tertentu mengikatkan diri sangat
erat untuk menjaga jangan sampai rantai berdekatan lagi. Enzim ini disebut Helix-destabilizing
protein (single strand DNA binding protein (SSBP). SSBP pada E.coli merupakan polipeptida
yang terdiri atas 177 asam amino. Rantai yang telah terikat oleh SSBP menjadi kaku dan lurus,
tidak ada lekukan/bengkokan.
8. Enzim primase
DNA beraktivitas dengan arah 5-3 (hanya terdiri atas 10 nukleotida). Kemudian pada
ujung 3 ditambahkan dioksiribonukleosida trifosfat (oleh enzim polimerase DNA III) satu demi
satu sehinga lengkap 1000-2000 nukleotid. Nukleotida pada RNA pemula/RNA primer
dihilangkan/diputus satu demi satu oleh aktivitas 5-3 exonuclease.
(Moeljoprawiro, 2007)
Bahan dasar untuk replikasi DNA adalah Deoxyribonucleotida 5triphosphate, enzim-
enzim polimerase DNA I, II, III, dan enzim ligase DNA. Untuk mensintesa DNA, enzim
polimerase DNA I membutuhkan 4 macam deoksiribonukleosida 5 triphoshate (dATP, dGTP,
dTTP, dCTP) atau ion Mg2+ rantai pemula DNA (primer chain) dengan gugus bebas 3-OH dan
DNA template. Pemanjangan rantai dengan arah 5-3. Pemanjangan terjadi karena
penggabungan 3-OH pada DNA pemula dengan atom fosfor yang paling di adalam dari
deoksiribonukleosida trifosfat yang ditambahkan.
Dalam pelajaran Biologi sebelumnya, tentu anda masih ingat bahwa DNA (Deoxiribonucleid Acids )
merupakan rantai polinukleotida ganda yang sangat panjang dan disebut double helix / heliks ganda. Di
sepanjang rantai polinukleotida tersebut berjajar basa-basa nitrogen baik dari jenis purin (Guanin,
Adenin ) maupun pirimidin ( Sitosin, Timin ).

Salah satu kemampuan yang dimiliki oleh DNA adalah kemampuan melakukanreplikasi.

Apa replikasi itu ? Bagaimana DNA melakukan replikasi ?

Apa yang dimaksud dengan replikasi ?

Replikasi dapat didefiniskan sebagai kemampuan molekul DNA untuk membentuk DNA-DNA baru yang
sama persis dengan DNA asal ( ingat kembali Replikasi Virus ).

Replikasi , dalam prosesnya melibatkan beberapa enzim, antara lain :

Replikasi DNA, Proses dan Enzim yang Berperan

Helikase, yang berfungsi mempermudah membukanya rantai ganda DNA menjadi 2 rantai tunggal yang
terpisah
Polymerase, yang berfungsi menggabungkan deoksiribonukleosida trifosfat.
Ligase, yang berfungsi menyambung bagian rantai tunggal DNA yang baru terbentuk.

Bagaimana proses replikasi berlangsung ?

Adalah Taylor ( 1957 ) seorang ahli yang pertama kali meneliti tentang peristiwa replikasi DNA dengan
menggunakan nitrogen radioaktif N15 yang dilabelkan dalam timidin ( senyawa antara timin dan
deoksiribosa ). Di dukung oleh penelitian dari Matthew dan Franklin Stahl ( 1958 ) menggunakan
nitrogen radiokatif N15O3 pada bacteri E.coli.
Replikasi DNA, Proses dan Enzim yang Berperan

Mengenai bagaimana proses replikasi berlangsung, dikenal ada 3 hipotesis, yaitu:

Hipotesis pertama,

Hipotesis depresif. Menurut hipotesis ini, replikasi terjadi dengan cara double helix yang lama terputus-
putus / terpotong-potong. Kemudian potongan-potongan tersebut memisah dan membentuk potongan-
potongan baru yang akan bersambungan dengan potongan-potongan lama, sehingga kembali menjadi
dua DNA baru yang sama persis

Hipotesis kedua,

Hipotesis konservatif. Menurut hipotesis ini replikasi terjadi dengan cara double helix yang lama tetap /
tidak berubah, dan langsung membentuk double helix yang baru

Hipotesis ketiga,

Hipotesis semi konservatif. Menurut hipotesis ini replikasi terjadi dengan cara dua rantai double helix
memisahkan diri, kemudian masing-masing pisahan membentuk / berikatan dengan pita baru yang sama
persis dengan pasangan lama sehingga terbentuklah dua double helix yang baru yang sama persis /
identik.