Asam Amino, Peptida & Protein

Santi Nurbaiti
Kerlip cahaya kunang-kunang :
Reaksi antara protein luciferin dan ATP,
yang diatalisis oleh enzim luciferase

Eritrosit :
oxygen-transporting protein hemoglobin
 I. Asam amino

Struktur umum
Stereoisomer
Klasifikasi asam amino
Titrasi asam amino
Asam amino

Asam amino adalah asam

organik (gugus karboksilat)
yang mengandung gugus amina.
Asam amino dalam air
terionisasi membentuk ion
zwitter.
Asam amino

Sebagian besar asam amino ditemukan sebagai L--asam amino

Asam amino pembentuk protein semuanya adalah L-
stereoisomer
Stereoisomer asam amino
C asam amino adalah pusat kiral
karena semua asam amino, kecuali
glisin, memiliki C asimetrik yang
terikat pada empat gugus yang
berbeda:
Gugus karboksilat
Gugus amino
Gugus R
Atom hidrogen

Empat gugus di atas terikat pada

C dengan dua susunan ruang yang
berbeda (enantiomer). asam
amino merupakan senyawa aktif
optik.
Konfigurasi absolut asam amino
Klasifikasi asam amino standar berdasarkan
kepolaran gugus R
Nonpolar alifatik:
Gly (G), Ala (A), Val (V), Leu (L), Ile (I), Pro (P)
Nonpolar aromatik:
Phe (F), Tyr (Y), Trp (W)
Polar tidak bermuatan:
Ser (S), Thr (T), Cys (C), Met (M), Asn (N), Gln (Q)
Bermuatan negatif
Asp (D), Glu (E)
Bermuatan positif
Lys (K), Arg (R), His (H)
Asam amino nonpolar alifatik
Nonpolar aromatik
Polar tidak bermuatan
Jembatan disulfida
Asam amino bermuatan negatif
Asam amino bermuatan positif
Asam amino sebagai asam dan basa
Asam amino yang tidak standar
Asam amino yang tidak standar
Green Fluorescent Protein
 Titrasi
asam amino
 Titrasi
asam amino
 Titrasi
asam amino
II. Peptida
Ikatan peptida
Oligopeptida
Nama peptida dimulai dari residu ujung amino
Tirosinilglisilglisilfenilalanilleusin atau Tyr-Gly-
Gly-Phe-Leu.
Polipeptida sebagai poliampolit
 Stabilitas ikatan peptida

Hidrolisis ikatan peptida disukai secara energetika, tetapi reaksi

ini berlangsung sangat lambat tanpa bantuan katalis.

Katalis hidrolisis ikatan peptida:

Asam kuat, seperti HCl 6M.
Protease: memotong ikatan peptida secara spesifik.
Protease
III. Protein
 Struktur primer

Protein miogobin

20 asam amino yang berbeda

terpolimerisasi membentuk
protein.
Protein memiliki urutan yang unik.
Urutan asam amino yang
menyusun protein disebut
struktur primer protein.
Beragamnya sifat kimia dan bentuk
dari asam amino, mengakibatkan
urutan asam amino (struktur
primer) protein akan menentukan
karakteristik kimia dan bentuk
protein. Keduanya penting dalam
menentukan fungsi dari protein.
Empat tingkat struktur protein
Struktur ikatan peptida

Karakter ikatan rangkap dari

ikatan peptida membuat
atom C, N, H, O hampir
koplanar (sebidang).
 Konformasi ikatan peptida

Konformasi trans lebih disukai dibanding cis, karena meruahnya gugus R.

Pengecualian untuk urutan X-Pro, dimana X adalah asam amino lain
selain Pro Konformasi cis lebih disukai.
 Rotasi rantai polipeptida
Rotasi yang diperbolehkan hanya disekitar ikatan NC dan CC=O.
Sudut putaran ikatan NC disebut .
Sudut putaran ikatan CC=O disebut .
Konvensi: Rotasi searah jarum jam memberikan sudut dihedral positif,
bila berlawanan negatif.
Plot Ramachandran
 Rotasi ikatan peptida :
berbagai tipe struktur sekunder
Struktur sekunder protein
Struktur -heliks
Pola ikatan hidrogen dalam berbagai tipe
heliks
Right and left handed heliks = bayangan cermin
-sheet
Antiparallel -sheet
Parallel -sheet
Struktur tersier & kuaterner protein
Struktur tersier terbentuk dari pengemasan
struktur sekunder
Tertiary Structure and Functional Diversity :
Different Folding for Different Functions
Struktur tersier tidak rigid
Struktur tersier tidak rigid
Bentuk struktur tersier: fibrous dan globular

Serat Globular
Denaturasi Protein

Suhu
Denaturan
pH

D
Native Terdenaturasi
(N) (D)
G

N
Struktur kwaterner protein
Sel darah merah normal anemia