INDUKSI

Operon lac adalah operon yang mengendalikan kontrol negatif; gen lacZ, lacY, dan
lacA hanya diekspresikan pada laktosa. Gen regulator lac, menandai gen I, mengkode sebuah
repressor 360 asam amino rantai panjang. Namun, bentuk aktif dari repressor lac adalah
tetramer berisi empat salinan dari hasil gen I. Tidak adanya inducer, repressor berikatan
dengan operator lac, pada gilirannya mencegah RNA polimersasi dari mengkatalis transkripsi
dari tiga gen structural (Gambar 18.4b). (Catatan: hanya operator asli (O 1) yang ditemukan
oleh Jacob dan Monod yang ditunjukkan pada gambar 18.4, 18.7, 18.8). Beberapa molekul
yang dihasilkan oleh gen lacZ, lacY, dan lacA disintesis pada bagian yang tidak diinduksi,
menyediakan tingkat latar belakang yang rendah dari aktivitas enzim. Latar belakang
aktivitas ini sangat pendting dalam induksi lac operon karena yang menginduksi operon,
alolaktosa, berasal dari laktosa pada reaksi katalisis dari -galaktosidasi (Gambar 18.6).
setelah terbentuk, alolaktosa terikat oelh repressor, menyebabkan terlepasnya repressor dari
operator. Dengan cara ini, alolaktose menginduksi transkripsi gen structural dari lacZ, lacY,
dan lacA (Gambar 18.4b).

Gen lac I, operator lac O1, dan promotor lac semua awalnya diidentifikasi secara
genetic dengan isolasi strain mutan yang menunjukkan perubahan ekspresi dan gen lac
operon. Mutasi pada gen I dan operator sering mengakibatkan sintesis konstitutif dari hasil
gen lac. Mutasi tersebut ditunjukkan I- dan Oc masing-masing. Mutasi konstitutif I- dan Oc
dapat dibedakan dibedakan tidak hanya dengan posisi map, tetapi juga oleh tingkah laku
mereka pada parsial diploid dimana mereka berada pada konfigurasi relative cis dan trans
terhadap mutasi gen structural lac (Table 18.1). Ingat bahwa diploid parsial dapat dibangun
menggunakan kesuburan (F) faktor yang membawa gen F kromosom faktor (Bab 8). Faktor
F yang membawa operon lac telah digunakan untuk mempelajari interaksi antara berbagai
komponen operon.

Seperti sel monoploid tipe liar (I+P+O+Z+Y+A+), diploid parsial (juga disebut
"merozigot") dari genotipe F+I+P+O+Z+A+/ I+P+O+Z-Y-A- atau genotipe F+I+P+O+Z-Y-A-/
I+P+O+Z+Y+A+ yang diinduksi untuk pemanfaatan laktosa sebagai sumber karbon. Alel wild
type (Z+,Y+, dan A+) dari tiga gen struktural yang dominan untuk alel mutan mereka (Z -, Y-,
dan A-). Dominasi ini diharapkan karena alel wild type menghasilkan enzim fungsional,
sedangkan alel mutan tidak menghasilkan enzim atau cacat enzim (tidak aktif). diploid parsial
dari genotipe I+P+O+Z+Y+A+/ I+P+O+Z-Y-A- (I+/I-) juga diinduksi untuk sintesis dari tiga enzim
spesifik oleh operon lac. Dengan demikian, I dominan untuk I- seperti yang diharapkan,
karena I+ mengkodekan molekul represor fungsional dan yang I - alel spesifik merupakan
represor aktif. Dominasi I lebih I- juga menunjukkan bahwa represor adalah diffusible,
karena represor yang dihasilkan oleh alel lacI+ pada satu kromosom dapat mematikan gen
struktural lac pada kedua operon dalam sel (Gambar 18.7a).

Seperti wild type, bagian diploid dari genotip F I+P+O+Z+Y+A+/ I+P+O+Z-Y-A- atau
genotype F I+P+O+Z-Y-A/I+P+O+Z+Y+A+ diinduksi dari Beta galaktosidase permease dan beta
galaktosidase transasetylase. Induksi dari type gen tersebut menunjukkannlac repressor (gene
produk I+) . Gen kontrol yang menunjukkan di lokasi tersebut adalah cis atau trans dari allel
lac I+.
Yang membentuk mutasi act hanya dalam cis yaitu Oc cenderug membentuk ekspresi
pada struktur gen pada lokasi dg kromosom yang sma. Cis merupakan struktur alamiahdari
mutasi O yang memberi fungsi sebagai penggerak. Mutasi O tidak seharusnya berperan
dalam trans jika yang bergerak adalah temapt mengikatnya repressor. Mutasi O tidak
mengkode banyak produk, penyebaran tau yang lain. Regulasi gen akan bergerak dalam trans
hanya jika spesifik mengeluarkan produk oleh karena itu bagian diploiddari genotype F
I+P+O+Z-Y-A/I+P+O+Z+Y+A+ menghasilkan tiga enzim spesifik oleh struktur gen dalam lac
operon (Tabel 18.2, Gambar 18.8a.). Bagian diploid dari genotip, F IPOZYA/IPOZYA
(Tabel 18.2, Gambar 18.8b) adalah enzim dasar bagaimana komponen operon berinteraksi
dari regulasi ke transaksi menjadi struktur gen lac.

Sama halnya dengan gen mutasi I, menunjukkan I -d adalah dominan dengan wild type
allel (I+). Dominan ini akibat dari tidak cukupnya heteromultimer (komposisi protein dua atau
lebih polypeptide, mengulang dari fungsi lac repressor ebagai tetramer). Isi keduanya
adalahwild type dan polypeptide mutasi yang menempel/melekat dan bergerak. Gen mutasi
yang lain I dihasilkan Is (5 dari yang disupresi), sebab lac operon menjadi tidak menginduksi.
Dalam strain pembawa mutasi I+, stuktur lac gen biasanya dapat diinduksi dengan beberapa
konsentrasi tinggi dari induksinya, tetapi tidak dapat diindukdi dengan konsentrasinormal.
Ketika in vitro polypeptide Is mutan dari tetramer melekat pada lac DNA. Bagaimanapun I s
mutan dari tetramer tidak dapat melekat atau menunjukkan afinitas rendah dari penginduksi.
Dengan demikian mutan Is mengubah pengikatan penginduksi menjadi lac repressor.

Promoter mutasi tidak dapat dirubah ke dalam lac operon. Promoter mutasi
dimodifikasi ke level gen ekspresi yang diinduksi dan tidak diinduksi dengan merubah
frekuensi initiasi lac operon transkripsi, ini adalah efisiensi dari RNA polymerase, kecuali lac
pero mengandung 2 komponen yatitu RNA polymerase binding site dan katabolik aktivator
protein.

REPRESI KATABOLIT

Adanya glukosa telah lama diketahui untuk mencegah induksi operon lac, serta
operon lain yang mengendalikan enzim yang terlibat dalam katabolisme karbohidrat.
Fenomena ini disebut represi katabolit (atau efek glukosa), menjamin bahwa glukosa
dimetabolisme saat ini, dalam preferensi untuk yang lain, kurang efisien, sumber energi.
Represi katabolit dari operon lac dan beberapa operon lainnya diperantarai oleh
protein regulator yang disebut CAP (catabolite activator protein/protein aktivator katabolit)
dan molekul efektor kecil yang disebut AMP siklik (adenosin-3, 5-monophosphate;
disingkat cAMP). Karena CAP mengikat cAMP ketika mononukleotida ini berada pada
konsentrasi yang cukup, sehingga sering disebut protein reseptor AMP siklik.
Gambar 18.8 Penelitian mengenai diploid parsial E. coli menunjukkan bahwa operator
hanya bertindak dalam konfigurasi cis. Sintesis fungsional -galactosidase, -galactosidase
permease, dan - galactosidase transacetylase adalah (a) diinduksi dalam diploid parsial
genotif FI+P+OcZ-Y-A- /I+P+O+Z+Y+A+ dan (b) konstitutif dalam diploid parsial genotif
FI+P+OcZ+Y+A+/ I+P+O+Z-Y-A-. Hasil ini menunjukkan bahwa operator (O) bertindak pada
kondisi cis (cis-acting), yaitu hanya mangatur gen-gen struktural yang terletak pada
kromosom yang sama.
Promoter lac memiliki dua sisi yang berikatan yang terpisah, satu sisi untuk RNA
polymerase dan sisi lain untuk CAP/Camp kompleks (gambar 18.10). CAP/cAMP harus ada
dan berikatan dengan sisi di lac promoter agar operon dapat diinduksi. CAP/cAMP kompleks
mengakibatkan diberikannya control positif atas transkripsi operon lac. Hal ini
mengakibatkan adanya efek yang berlawanan dengan repressor yang mengikat operator.
Meskipun mekanisme CAP/ cAMP dapat merangsang terikatnya RNA polymerase namun
promotornya masih belum pasti, hal ini mengakibatkan adanya kontrol positif dari transkripsi
lac operon yang mapan dengan hasil walaupun dengan percobaan in vivo dan in vitro. Fungsi
dari CAP adalah sebagai dimer, hal ini seperti dengan lac repressor sebagai multimeric dalam
keadaan fungsional.

Hanya CAP/cAMP kompleks yang dapat berikatan dengan promoter lac, ketiadaan
cAMP mengakibatkan CAP tidak dapat berikatan. cAMP berfungsi sebagai effector molekul,
hal ini menentukan efek dari CAP saat transkripsi lac operon. Konsentrasi dari intraseluler
cAMP sangat sensitive terhadap kehadiran dari glukosa. Konsentrasi yang besar dari glukosa
dikarenakan tajamnya penurunan dari konsentrasi cAMP. Glukosa mencegah aktifnya
adenilcyclase, enzim ini berfungsi sebagai pengkatalis dari formasi cAMP dari ATP. Dengan
demikan, kehadiran hasil glukosa dalam penurunan konsentrasi intraseluler cAMP. Kehadiran
dari konsentrasi yang rendah cAMP, mengakibatkan CAP tidak dapat berikatan dengan lac
promoter. Sebagai gantinya RNA polymerase tidak dapat berikatan dengan efektif dengan lac
promoter karena CAP/cAMP yang tidak berikatan. Dengan demikian keberadaan glukosa,
transkripsi lac operon tidak pernah melebihi 2% dari tingkat induksi yang diamati dalam
ketiadaan glukosa. Dengan mekanisme yang mirip, CAP dan cAMP menjaga arabinosa (ara)
dan glukosa (gal) operon dari E. coli yang menginduksi kehadiran dari glukosa.
INTERAKSI PROTEIN DNA YANG MENGONTROL TRANSKRIPSI OPERON lac

Gambar 18.10 Berikut ini merupakan penjelasan mengenai organisasi wilayah operator
promotor operon lac pada. Promotor terdiri dari dua komponen: (1) set yang mengikat
kompleks CAP/cAMP, (2) RNA polimerase mengikat set. Segmen yang berdekatan dari lacL
(represor) dan lacZ (-galaktosidase) gen struktural dan operator lac O1 dan O3 juga
ditampilkan. Operator O2 terletak di hilir (ujung) (berpusat pada posisi 412) dalam gen lacZ.
Garis horizontal diberi label mRNA menunjukkan posisi di mana transkripsi operon dimulai
(ujung 5 'dari lac mRNA). Angka-angka di bagian bawah memberi jarak serta di pasang
nukleotida dari set inisiasi transkrip (posisi 1 '). Titik antara dua helai nukleotida
menunjukkan pusat simetri suatu palindrom sempurna.

Gambar 18.11 Dijelaskan bahwa interaksi CAP / cAMP dengan sisi yang mengikat dalam
promotor lac. (a) Ketika CAP / cAMP, regulator positif, mengikat promotor lac,
menghasilkan sebuah belokan lebih 90 'dalam DNA. (b) Struktur kompleks yang terbentuk
oleh CAP / cAMP dan molekul DNA 30-bp sintetis yang mengandung sisi CAP / cAMP
mengikat berdasarkan studi X-ray.
 Selanjutnya, pengikatan represor lac ke operator lac, yang mencegah RNA polimerase
dari mentranskripsikan gen struktural dalam operon. Perlu diingat bahwa operon lac
dikendalikan oleh tiga operator: operator O1, operator O2 sekunder dan O3 (lihat Gambar
18.5 dan 18.10). O1 terletak antara promotor dan Z gen. O2 terletak hilir dari O1 dalam gen
Z, dan O3 terletak hulu dari promotor. represi maksimum mengharuskan semua tiga operator;
namun kuat represi terjadi selama O1 dan baik O2 atau O3 yang hadir.

Gambar 18.12 Dijelaskan bahwa interaksi lac represor dengan sisi yang mengikat dalam
operator lac. (a) Pengikatan represor tetrameric lac dua DNA 21-bp mengandung urutan
pengakuan represor. (b) Struktur montase loop 93-bp terbentuk ketika represor tetrameric
terikat untuk operator lac O1 dan O3. CAP / cAMP (biru) ditampilkan dalam loop terkait
dengan situs yang mengikat dalam promotor lac.
Berdasarkan penjelasan sebelumnya maka dapat disimpulkan bahwa
1. E. coli lac operon adalah sistem direpresi diinduksi dan katabolit negatif; tiga
gen struktural dalam operon lac ditranskripsi pada tingkat tinggi hanya di pada laktosa
dan tidak terdapat glukosa.
2. Dengan tidak adanya laktosa, lac represor berikatan dengan operator lac dan
mencegah RNA polimerase dari memulai transkripsi operon.
3. Katabolit represi operon seperti enzim lac encoding terlibat dalam katabolisme
karbohidrat dari yang diinduksi dengan adanya glukosa, sebagai sumber energi yang
lebih disukai.
4. Pengikatan kompleks CAP / cAMP ke situs yang mengikat dalam promotor lac
membungkuk DNA dan membuatnya lebih mudah diakses oleh RNA polimerase.
 5. Lac represor berikatan dengan dua operator-baik O1 dan O2 atau O1 dan O3-secara
bersamaan dan DNA membungkuk ke dalam sebuah lingkaran masing-masing.

OPERON TRIPTOPAN PADA E. coli

Operon triptopan akan melakukan transkripsi apabila kadar triptopan sedikit sekali
atau bahkan tidak ada. Ekspresi gen operon trp diregulasi dengan represi dari inisiasi
transkripsi dan dengan atenuasi (terminasi prematur) ketika triptopan dalam keadaaan cukup.
REPRESI
Operon trp pada E. coli merupakan operon represibel negatif. Tidak adanya triptopan
menyebabkan RNA polimerase berikatan dengan promotor dan mentranskripsi gen struktural
pada operon. Adanya triptopan menyebabkan komplek co-represor/represor berikatan dengan
operator region dan mencegah RNA polimerase membentuk inisiasi transkripsi gen pada
operon.
Tingkat transkripsi pada operon trp dalam keadaan derepresi (tidak adanya
triptophan) 70 kali lipat lebih besar daripada tingkat yang terjadi pada saat represi (adanya
triptophan). Pada mutan trpR, dimana kekurangan repressor fungsional, maka tingkat sintesis
enzim pensintesis triptophan tetap berkurang sebesar 10 kali lipat dengan adanya
penambahan triptophan pada medium. Penambahan reduksi pada ekspresi operon trp
disebabkan oleh adanya proses atenuasi.

Gambar 18.13. Regulasi transkripsi operon trp

ATENUASI
 Atenuasi adalah mekanisme regulasi ekspresi gen dengan terminasi prematur dari
transkripsi pada bagian awal gen yang ditranskripsi. Pada operon trp, ada tidaknya triptopan
sebagai produk akhir akan menentukan apakah atenuasi itu akan terjadi atau tidak. Bagian
awal dari mRNA memiliki sekuen yang bisa berpasangan dengan basa membentuk struktur
seperti jepit rambut dimana salah satunya dapat membentuk susunan transkripsi-terminasi.
Terbentuk atau tidaknya struktur jepit rambut tesebut tergantung hasil translasi dari peptida
awal yang mengandung dua residu triptopan. Ketika triptopan dalam level sedikit maka
tranlasi akan berhenti pada kodon trp yang mencegah terbentuknya formasi jepit rambut.
Ketika triptopan dalam jumlah cukup maka tranlasi akan berlanjut melalui kodon trp hingga
kodon tranlasi terminasi, dan menghalangi jepit rambut pertama. Hal tersebut menyebabkan
terjadinya atenuasi dan tidak terbentuknya triptopan. Atenuasi mengurangi sintesis enzim
pembentuk triptopan sebanyak 10 kali. Atenuasi dapat terjadi pada organisme prokariot
karena proses transkripsi dan translasi dapat terjadi secara bersamaan. Sehingga hal yang
terjadi selama translasi bisa mempengaruhi trankripsi.

Gambar 18.14.
 Gambar 18.15.

Gambar 4 & 5. Mekanisme atenuasi transkripsi operon trp

KONTROL TRANSLASIONAL PADA EKSPRESI GEN
Meskipun ekspresi gen pada prokariot diregulasi secara predominan pada level
transkripsi, keselarasan tersebut juga sering terjadi pada level translasi. Pada prokariot,
molekul mRNA adalah multigenik, membawa sekuen yang mengkode beberapa gen.
Contohnya, operon lac pada E. coli mengandungsekuen nukleotida yang mengkode -
galaktosidase, -galaktosida permease, dan -galaktosida transetilase. Jadi, tiga gen yang
mengkode protein-protein tersebut harus diaktifkan dan dinonaktifkan bersamaan pada tahap
transkripsi karena gen-gen tersebut ditranskripsi secara bersamaan. Namun, produk dari
ketiga gen tersebut tidak disintesis dalam jumlah yang sama. Sel E. coli yang tumbuh pada
medium yang diperkaya dengan laktosa sebagai satu-satunya sumber karbon berisi sekitar
3000 molekul -galaktosidase, 1500 molekul -galaktosida permease, dan 600 -galaktosida
transetilase. Jelasnya, perbedaan kuantitas molar dari protein-protein tersebut pada tiap sel
harus dikontrol setelah proses transkripsi.
Perlu diingat bahwa ketika transkripsi, translasi, dan degradasi m-RNA selalu
berpasangan pada prokariot; molekul m-RNA biasanya terlibat pada seluruh mekanisme
tersebut. Jadi, produk gen bisa jadi diproduksi pada jumlah yang berbeda-beda dari
transkripsi yang sama oleh beberapa mekanisme.
1. Efisiensi yang tidak setara saat inisiasi translasi diketahui terjadi pada kodon start ATG
pada gen yang berbeda.
2. Efisiensi yang berubah-ubah pada pergerakan ribosom pada area intergenik transkripsi
adalah hal yang biasa. Penurunan tingkat translasi sering dihasilkan oleh struktur jepit
rambut (hairpin) atau bentuk lain dari struktur sekunder yang menghalangi migrasi
ribosom sepanjang molekul m-RNA.
3. Tingkatan degradasi yang berbeda-beda dari region spesifik molekul m-RNA juga terjadi.
Mekanisme Regulasi Posttranslational
Umpan balik inhibition terjadi bila produk dari biosintesis menghambat aktivitas
enzyme pertama dalam jalur tersebut sehingga proses sistesis produk terhenti.
Contoh yang mudah yaitu biosintesis tripthopan pada E-coli. Produk akhirnya yaitu
triptopan berikatan dengan enzim pertama pada jalur tersebut yaitu anthranilate syntetase dan
menghentikan aktifitas enzyme tersebut sepenuh nya, menghentikan sintesis dari tryptophan
tersebut.
Enzyme yg sensitive terhadap feedback inhibition mengandung tempat berikatan bagi produk
akhir selain adanya tempat berikatan bagi subtrat. Pada kasus enzyme multimerik, tempat
berikatan dari produk akhir sering berada pada bagian sub-unit. Setelah berikatan pada
produk akhir enzyme tersebut mengalami transisi alosterik yang mengurangi afinitas pada
substratnya.
Trasisi alosterik juga berperan dalam aktifasi enzyme, yg sering terjadi ketika enzyme
berikatan dengan satu atau lebih substrat atau molekul lainnya. Beberapa enzyme
menunjukkan spectrum yang luas dari aktifasi dan inhibisi terhadap banyak molekul efektor
yg berbeda-beda. Contoh nya yaitu glutamin sintetase yang mengkatalis langkah akhir dari
biosintesis asam
amino glutamin, glutamin
sintetase adalah
enzyme multimerik
yg kompleks pada
prokariot dan
eukariot. Glutamin
sintetase pada E-
coli sudah menunjukkan
respon baik aktivasi
maupun inhibisi
terhadap 16
metabolit yang
berbeda,
kemungkinan
menggunakan cara transisi alosterik.
PERTANYAAN DAN JAWABAN
1. Mengapa organisme yang termasuk dalam virus dan bakteri, sangat menunjukkan
efisiensi mekanisme untuk mengontrol ekspresi gen?
Karena Pengaturan mekanisme evolusi tersedia untuk sintesis produk gen hanya pada
saat mereka dibutuhkan dan akan secara pasti membantu dengan memberi organisme
yang mempunyai mekanisme pengaturan dengan seleksi keuntungan lebih dari
organisme lain yang kekurangan. Escherechia coli dan bakteri lain mampu tumbuh
dengan menggunakan satu atau beberapa karbohidrat seperti glukosa, sukrosa,
galaktosa, arabinosa, dan laktosa sebagai sumber energi. Jika glukosa ada di
lingkungan, hal tersebut akan menjadi pilihan untuk metabolisme oleh sel E.coli.
Namun, dengan tidak adanya glukosa. Sel E.coli dapat tumbuh baik dengan adanya
karbohidrat yang lain. Pertumbuhan sel dalam medium yang mengandung gula
laktosa seperti sebagai sumber karbon tunggal akan mensintesis dua enzim. -
galaktosida permease yang spesifik diperlukan untuk katabolisme laktosa. -
galaktosida permease memompa laktosa ke dalam sel, dimana -galaktosida
terpotong menjadi glukosa dan galaktosa. Tak satupun dari enzim ini dapat digunakan
sel E.coli jika tidak ada laktosa yang tersedia. Sintesis dari kedua enzim ini
membutuhkan energi yang cukup (dalam bentuk ATP dan GTP), dengan demikian sel
E. coli telah mengatur mekanisme evolusi oleh sintesis enzim laktosa-enzim
katabolisme diaktifkan karena adanya laktosa dan dimatikan saat tidak ada.