Anda di halaman 1dari 19

BIOMARKER DALAM INFLAMMATORY BOWEL DISEASES : STRATEGI

IDENTIFIKASI STATUS DAN PROTEOMIK TERKINI

Tue Bennike, Svend Birkelund, Allan Stensballe, Vibeke Andersen

ABSTRAK

Diagnosis yang tidak ambigu dari dua bentuk utama Inflammatory Bowel Diseases
(IBD): Ulcerative Colitis (UC) dan Crohn Disease (CD), merupakan tantangan pada tahap
awal penyakit. Diagnosisnya bisa dilakukan beberapa tahun setelah gejala awal. Oleh karena
itu, biomarker protein untuk diagnostik dini dan akurat dapat membantu dokter memperbaiki
pengobatan pasien secara individual. Selain itu, biomarker dapat membantu dokter untuk
memprediksi program penyakit dan dengan cara ini dapat mengidentifikasi pasien yang
membutuhkan perawatan intensif. Pasien dengan risiko rendah Flare Disease dapat
menghindari pengobatan dengan obat-obatan dengan risiko yang lebih buruk. Selain itu,
identifikasi profil biomarker spesifik penyakit dan program dapat digunakan untuk
mengidentifikasi jalur biologis yang terlibat dalam pengembangan dan pengobatan penyakit.
Pengetahuan tentang mekanisme penyakit pada umumnya dapat menyebabkan
pengembangan strategi pencegahan dan pengobatan di masa depan. Dengan demikian,
penggunaan klinis panel biomarker merupakan alat diagnostik dan prognostik yang
berpotensi bernilai besar. Perkembangan teknologi dalam beberapa tahun terakhir dalam
penelitian proteomik (penentuan dan kuantifikasi kandungan protein yang lengkap) telah
membuat penemuan biomarker baru yang memungkinkan. Beberapa biomarker protein IBD
diketahui, namun tidak ada yang berhasil diterapkan dalam penggunaan sehari-hari untuk
membedakan pasien CD dan UC. Jaringan usus tetap merupakan tempat yang jelas untuk
mencari biomarker baru, dimana darah, urin atau tinja nantinya dapat disaring. Ketika
mempertimbangkan kompleksitas protein yang ditemui dalam contoh biopsi usus dan
perkembangan terakhir di dalam bidang proteomika kuantitatif spektrometri massa, usaha
penemuan biomarker yang lebih menyeluruh dan akurat sekarang dapat dilakukan daripada
sebelumnya. Dalam review ini, kami melaporkan status biomarker IBD proteomik saat ini
dan mendiskusikan berbagai strategi proteomik yang muncul untuk mengidentifikasi dan
mengkarakterisasi biomarker baru, serta menyarankan target analisis di masa mendatang.

Kata kunci: Inflammatory Bowel Diseases; Biomarker; Proteomik; Citrullination; Kolitis


ulserativa; Penyakit Crohn; Modifikasi posttranslasional

1
Intisari: Menetapkan diagnosa penyakit Crohn dan pasien kolitis ulserativa yang benar tetap
menyulitkan, dan pengobatan yang tepat dan awal sangat penting. Tidak ada biomarker yang
dapat diandalkan yang telah diterapkan secara klinis, untuk membedakan antara pasien CD
dan pasien UC. Mengingat kompleksitas protein yang dihadapi dalam sampel biopsi usus dan
perkembangan baru-baru ini di bidang proteomik kuantitatif, mengirimkan mukosa usus ke
analisis yang lebih menyeluruh berpotensi untuk mengungkapkan biomarker baru.

2
LATAR BELAKANG
Inflammatory Bowel Diseases (IBD) adalah gangguan gastrointestinal kronis. Dua
bentuk IBD yang paling umum adalah penyakit Crohn (Crohn Disease (CD)) dan Ulcerative
Colitis (UC). Kedua kelainan tersebut memiliki dampak yang besar terhadap kualitas hidup
individu yang terkena dampak dan didalam masyarakat, diukur pada tenaga kerja dan biaya
yang dikeluarkan ke sistem perawatan kesehatan. Selanjutnya, data epidemiologi baru yang
diterbitkan pada tahun 2013 menemukan bahwa kejadian dan prevalensi penyakit ini masih
[1]
meningkat . Etiologi CD dan UC tetap tidak jelas, namun melibatkan interaksi yang
[2-7]
kompleks antara faktor genetik dan lingkungan . Diagnosis dapat ditunda beberapa tahun
dan mungkin sulit dilakukan bahkan untuk dokter terlatih, karena tidak ada biomarker atau
tes komersial yang mampu membedakan CD dari pasien UC yang telah diimplementasikan
dalam penggunaan klinis [8-10]. Selanjutnya, diagnosis pasien IBD yang dini dan akurat sangat
penting, misalnya, pasien CD dengan ulserasi ekstensif dan memiliki risiko 5 kali lipat lebih
tinggi untuk memerlukan kolektomi dibandingkan pasien CD tanpa ulserasi ekstensif dan
mendalam[11]. Dari 357 pasien CD yang dianalisis dengan Computed Tomography
Enterography, penyakit penetrasi ditemukan pada 21% pasien dan manifestasi
ekstraintestinal pada 19% pasien [12,13]. Oleh karena itu, ada kebutuhan untuk biomarker yang
andal dan dapat digunakan untuk diagnosis dan prognosis dini dari penyakit IBD [4,8,14-18].

GENOMIC, TRANSCRIPTOMIC DAN PROTEOMIC BIOMARKERS


Pada tahun 2001, kelompok NIH mendefinisikan biomarker sebagai "Karakteristik
yang diukur dan dievaluasi secara objektif sebagai indikator proses biologis normal, proses
[19]
patogenik atau tanggapan farmakologis terhadap intervensi terapeutik." , dapat digunakan
untuk diagnostik, memantau prognosis penyakit, pemantauan dan prediksi penyakit. Genom
manusia mengandung kode untuk produk gen yang diekspresikan, termasuk proteinnya.
Protein berfungsi sebagai blok bangunan sel manusia dan jaringan, dan bertanggung jawab
[20]
atas sebagian besar fungsi biologis . Protein, oleh karena itu, merupakan target yang jelas
untuk penelitian penemuan biomarker. Genom manusia terdiri dari sekitar 20.000 gen
[21]
pengkode protein . Selama sintesis protein, kode DNA pertama-tama di transkripkan ke
dalam transkrip RNA yang berbeda. Setiap gen dapat menghasilkan beberapa transkrip RNA
[22-24]
sehingga menghasilkan kira-kira 100.000 transkrip RNA yang berbeda (Gambar 1),
yang kemudian diterjemahkan ke dalam 100.000 protein yang berbeda. Setelah
[25]
diterjemahkan, sebagian besar protein dimodifikasi secara kovalen setidaknya sekali , dan
produk protein akhir yang matang disebut proteoform. Hal Ini disebut Modifikasi

3
Posttranslasional (PTMs) yang seringkali penting untuk fungsi fisiologis yang benar dari
protein yang diberikan, dan dapat menentukan keadaan aktivitas, lokalisasi, omset dan
[23,25,26]
interaksi dengan protein dan substrat lainnya . Lebih dari 200 MTM yang relevan
[27]
secara biologis berbeda telah diidentifikasi , sehingga setiap transkrip RNA dapat lebih
dari 200 proteoform yang berbeda. PTMs meningkatkan kompleksitas dan keragaman protein
(Gambar 1). Akibatnya, diperkirakan bahwa tubuh manusia mengandung lebih dari satu juta
[23]
proteoform berbeda , yang merupakan protein manusia (semua protein yang
diekspresikan).

Gambar 1. Peningkatan mayor ditemui dalam kompleksitas proteome, dari gen hingga transkrip RNA dan
akhirnya modifikasi modifikator (proteoforms) yang matang, seringkali posttranslasional.

Saat mencari biomarker, adalah mungkin untuk menganalisis sampel target pada
tingkat DNA, tingkat transkripsi RNA atau tingkat protein. Teknik untuk mempelajari
organisme kode DNA (genom) atau transkrip RNA (transkriptom) memiliki keuntungan
bahwa seluruh genom dan transkriptom dapat diurutkan dan dipelajari dengan sensitifitas,
presisi dan cakupan yang tinggi, dan sejumlah biomarker telah ditemukan untuk berbagai
penyakit. Dengan menggunakan teknik sekuensing genomik, beberapa lokus CD dan UC
telah dikenal lebih dari satu dekade, dan penelitian ini telah meningkatkan pengetahuan kita
[22,28,29]
tentang IBD . Beberapa jalur IBD seluler telah diidentifikasi, termasuk jalur yang
terlibat dalam fungsi blocking, restitusi epitel, pertahanan mikroba, regulasi kekebalan,
pembentukan spesies oksigen reaktif, autophagy, dan akhirnya berbagai tekanan dan jalur
[3]
metabolik yang terkait dengan homeostasis seluler, ditinjau oleh Khor et al . Namun,
seperti yang disebutkan, tidak ada biomarkes IBD yang mampu membedakan CD dari UC
yang telah diimplementasikan dalam penggunaan klinis setiap hari, dan dampak penelitian
genom terhadap pengobatan dan diagnosis IBD juga telah dipertanyakan [30-32] .

4
Protein merupakan target yang jelas untuk penelitian penemuan biomarker, dan
karena PTMs secara dramatis meningkatkan keragaman dan dalam banyak kasus fungsi
protein matang, mereka mewakili area yang menjanjikan untuk studi biomarker IBD. PTMs
diperkenalkan setelah terjemahan transkrip RNA (Gambar 1), maka analisis transkrip DNA
dan RNA tidak secara langsung memberikan informasi tentang PTMs. Teknik kunci yang
mampu mengukur kuantifikasi protein absolut dan relatif dalam campuran protein kompleks
dengan cara yang tinggi, dan juga mengidentifikasi beberapa PTMs, adalah proteomik
[24, 33]
berbasis spektrometri massa bottom-up . Proteomik adalah identifikasi protein skala
besar, dan seringkali dapat meliput studi semua protein yang diekspresikan oleh organisme
(proteome). Strategi MS bottom-up didasarkan pada pengukuran rasio mass-to-charge (m/z)
peptida yang berasal dari protein yang telah secara enzimatik dibelah menjadi peptida minor.
[25]
Dari m/z yang terukur, berat molekul peptida utuh dapat dihitung . Selain menghitung
massa utuh, peptida tersebut bertabrakan dengan gas inert yang memecah peptida, dan
fragmen m/z yang diukur. Protein dalam sampel kemudian diidentifikasi dengan mencari
massa peptida dan fragmen m/z terhadap database silico yang dihasilkan, yang disimpulkan
dari database acuan urutan protein. Dengan mencocokkan massa peptida yang dihitung secara
silico dan fragmen m/z ke yang diukur, peptida dan proteinnya diidentifikasi. Untuk deskripsi
[34]
yang lebih menyeluruh, kita lihat review oleh Steen dkk . Prosesnya dapat dilakukan
secara kuantitatif untuk memungkinkan kuantisasi protein relatif atau absolut, dengan
menggunakan strategi yang berbeda [34]. Massa Spectrometer (MS) dengan cara ini digunakan
untuk mengidentifikasi protein, serta PTMs yang mengubah berat molekul protein dan dapat
[25]
memberi posisi asam amino pada modifikasi . Sebelumnya, proteomik telah dibatasi
terutama oleh kecepatan dan sensitivitas spektrometer massa. Namun, perkembangan terakhir
di dalam bidang MS telah memungkinkan identifikasi hampir semua protein organisme
kompleks yang dinyatakan, seperti ragi, dalam beberapa jam waktu pengukuran,
[33,35]
mengidentifikasi dan menghitung beberapa ribu protein . Ketika mempertimbangkan
kompleksitas protein yang dihadapi di jaringan usus manusia, tempat yang jelas untuk
mencari biomarker, dan perkembangan baru-baru ini di bidang MS, analisis menyeluruh
terhadap PTMs dan kelimpahan protein pada keadaan sehat dan berpenyakit dapat dilakukan.
Biomarker yang ditemukan di usus kemudian dapat dicari dengan bahan sampel yang
[6,10,31,36-39].
diperoleh dengan lebih mudah, seperti darah atau feses Antibodi untuk
mengidentifikasi biomarker untuk CD dan UC yang ditemukan oleh proteomik dapat
dihasilkan untuk pengembangan immunoassay dan imunohistokimia untuk mengevaluasi

5
penggunaan klinis marker dalam tes rutin yang lebih murah daripada sekuens genom,
transkriptom atau proteomik berbasis MS.
Tinjauan ini melaporkan biomarker yang diketahui untuk IBD, namun akan berfokus
pada biomarker proteomik yang baru diidentifikasi dan strategi proteomik yang muncul untuk
mengidentifikasi dan mengkarakterisasi biomarker IBD baru.

DIAGNOSIS INFLAMMATORY BOWEL DISEASE DAN BIOMARKER YANG


DIKETAHUI
Banyak biomarker yang diketahui dan digunakan untuk IBD (Tabel 1); Namun, tidak
ada biomarker tunggal yang dapat mendiagnosis IBD atau untuk membedakan CD dari pasien
[8-10,14]
UC dengan spesifisitas dan sensitivitas yang tinggi . CD ditandai dengan adanya
peradangan kronis pada bagian saluran cerna manapun. Paling sering ileum terminal atau
daerah perianal yang meradang, dan tidak secara kontinyu. Secara histologis, CD
menunjukkan submukosa tebal, peradangan transmural, ulserasi fissuring dan granuloma
non-kasein. UC, di sisi lain, ditandai dengan inflamasi yang terbatas pada usus besar,
menyebar terus menerus dari rektum dan berbagai jarak proksimal, dan histologi
menunjukkan perubahan inflamasi superfisial yang terbatas pada mukosa dan submukosa
[3]
dengan peradangan kriptitis (cryptitis) dan abses crypt . Saat ini tidak ada tes diagnostik
atau pemeriksaan diagnostik "gold standar" tunggal untuk membedakan CD dan UC.
Sebaliknya, diagnosa didasarkan pada kombinasi gejala, pemeriksaan klinis, temuan
laboratorium, radiologi, dan endoskopi dengan histologi, yang juga digunakan untuk menilai
tingkat keparahan dan untuk memprediksi hasil penyakit. Bahkan saat tes dilakukan oleh
[10,14,15,17,40]
dokter ahli bisa berakibat diagnostik yang tidak pasti . Bagian ini akan
melaporkan beberapa biomarker yang biasa digunakan untuk mendiagnosis IBD. Untuk
tinjauan biomarker IBD tambahan, kami mengacu pada karya Iskandar dkk [4].

6
Tabel 1 Biomarker IBD yang umum diketahui

BIOMARKER SPESIFITAS FUNGSI


Biomarker Serum
ASCA 39% -79% pasien CD 14% -18% kontrol diuji positif,
positif, 5% -15% pasien UC membatasi nilai diagnostik [44]
[41-43]

pANCA 20% -85% pasien UC 32% kontrol diuji positif,


positif, 2% -28% pasien CD membatasi nilai diagnostik [44]
[41,42,45]

CRP Marker untuk inflamasi akut Tidak bisa membedakan CD dari


UC. Namun, dapat digunakan
untuk memantau status penyakit
[48-50]

Biomarker Fecal
Calprotektin Marker sensitif untuk Tidak bisa membedakan CD dari
inflamasi usus [8,17,40] UC. Digunakan untuk memantau
status penyakit [17]
Laktoferrin Dapat membedakan IBD Tidak spesifik untuk CD dan
aktif dari IBD yang tidak UC. Namun, dapat digunakan
aktif dan irritable bowel untuk memantau status penyakit
syndrom [60] [60]

ASCA: Anti-Saccharomyces cerevisiae antibodies; ANCA: Anti-neutrophil cytoplasmic antibody; IBD:


Inflammatory bowel diseases; UC: Ulcerative colitis; CD: Crohns disease; CRP: C-reactive protein.

Antibodi dan Biomarker Serum


Dua penanda serologi yang paling banyak dipelajari pada pasien IBD adalah Antibodi
Anti-Saccharomyces Cerevisiae (ASCA) dan Antibodi Sitoplasma Antineutrofil (ANCA) [41] .
ASCA adalah antibodi yang memiliki afinitas untuk antigen di dinding sel ragi A.
Dibandingkan dengan pasien UC, pasien CD lebih sering positif pada ASCA (Tabel 1) [41-43].
Namun, sejumlah besar kontrol sehat juga positif untuk ASCA [44], yang menunjukkan
bahwa spesifisitas dan sensitivitas untuk pasien CD relatif rendah; membatasi marker nilai
diagnostik dalam membedakan CD dari UC.

7
ANCA adalah antibodi dengan afinitas untuk granulosit neutrofil. Antibodi telah
ditemukan dalam berbagai kondisi kekebalan tubuh, termasuk Granulomatosis Wegener dan
[4]
Rheumatoid Arthritis (RA) . Ketika pewarnaan ANCA, pola yang berbeda telah diamati
untuk pasien UC dan CD yang menggunakan mikroskop imunofluoresensi (Tabel 1), dan
sebagian besar pasien UC menunjukkan pewarnaan perinuklear ANCA (pANCA)
[41,42,45]
dibandingkan pasien CD . Meskipun demikian, seperti kasus ASCA, sejumlah besar
kontrol yang sehat memiliki pANCA positif [44].
Terakhir, Protein C-Reaktif (CRP) adalah satu dari beberapa protein yang
meningkatkan serum pada IBD fase akut. CRP hampir diproduksi secara eksklusif di hati,
stimulasi oleh Interleukin (IL)-6, Tumor Necrosis Factor (TNF) alpha dan IL-1beta yang
diproduksi di tempat inflamasi. Dengan demikian, tingkat CRP yang meningkat merupakan
[8,40,46,47]
tanda peradangan, namun tidak spesifik untuk CD atau UC . Dalam beberapa kasus,
namun jauh dari sebelumnya, CD dikaitkan dengan peningkatan serum CRP yang kuat,
sedangkan UC biasanya hanya menghasilkan respons yang sederhana. Namun, perbedaannya
tidak cukup untuk membedakan pasien CD dari pasien UC [48-50], dan alasan untuk tanggapan
yang berbeda tetap harus diperhitungkan secara menyeluruh [40].
Biomarker serum lainnya yang digunakan meliputi jumlah sel darah putih, trombosit,
dan albumin, yang semuanya tidak spesifik untuk IBD dan dapat dilihat pada penyakit
[40]
inflamasi dan stres sel . Lebih banyak marker serologi CD dijelaskan dalam review
Tamboli et al [51].

Biomarker Fecal
Kotoran atau feses bersentuhan langsung dengan area usus dan daerah peradangan
untuk mikrobioma usus, yang kemungkinan berasal dari biomarker potensial. Hal ini berbeda
dengan biomarker serum, yang dapat meningkat seiring dengan berbagai kondisi, membuat
[40]
feses menjadi tempat yang jelas untuk mencari biomarker . Marker feses sangat berguna
untuk diagnosis pasien CD, dimana peradangan tidak merata, dapat mempengaruhi bagian
[52]
saluran cerna manapun, dan oleh karena itu mungkin terlewat oleh kolonoskopi . Interaksi
host mikroba telah diakui sebagai pusat untuk memahami keragaman fisiologis manusia, dan
proyek mikrobiom manusia telah diluncurkan untuk mengungkap manfaat medis dari
mikrobiom manusia [53]. Beberapa penelitian telah mengidentifikasi kelompok bakteri tertentu
yang lebih banyak (Enterobacteriaceae, Ruminococcus gnavus, dan Desulfovibrio) atau
[16]
kurang (Faecalibacterium prausnitzii, Lachnospiraceae, dan Akkermansia) di IBD , yang

8
[54]
berimplikasi bahwa interaksi host mikroba mungkin terlibat, review Rosenstiel .
Biomarker Novel dengan sensitivitas tinggi dan spesifisitas dapat diidentifikasi dari feses.
Dua marker feses yang paling umum digunakan untuk pemeriksaan IBD adalah
[8]
Calprotectin dan Lactoferrin (Tabel 1) . Calprotectin adalah protein pengikat kalsium dan
zinc yang terjadi dalam jumlah besar dalam granulosit neutrofil, dimana menyumbang 5%
protein. Ini merupakan marker yang sangat stabil dan tahan terhadap degradasi bakteri kolon,
[55]
dan dapat disimpan pada suhu kamar selama lebih dari seminggu . Konsentrasi calfotektin
feses sebanding dengan sel infiltrasi sel neutrofil di mukosa usus, dan ini adalah marker yang
[8,17,40]
sangat sensitif untuk peradangan pada usus . Namun, calprotectin bukanlah marker
spesifik untuk CD atau UC, dan tingkat peningkatan juga dapat ditemukan pada neoplasia,
bentuk IBD lainnya, infeksi, dan polip lainnya, serta dengan penggunaan obat anti-inflamasi
non steroid (NSAID), bertambahnya usia [56] dan penyakit gastrointestinal bagian atas, seperti
pertumbuhan bakteri usus kecil [57].
Lactoferrin adalah glikoprotein pengikat besi yang diekspresikan oleh neutrofil aktif
[58]
. Selama proses inflamasi, lactoferrin dilepaskan oleh jaringan yang luka atau rusak dan
telah ditemukan untuk memodulasi peradangan dan bertindak dalam pertahanan terhadap
[59]
infeksi sebagai bagian dari sistem kekebalan bawaan (innate) . Hal ini tahan terhadap
degradasi dan proteolisis, dan tidak terpengaruh oleh siklus pencairan beku, menjadikannya
[17]
biomarker yang berguna . Dengan demikian, ini adalah marker yang ideal untuk
peradangan pada usus. Namun, seperti calprotein tidak spesifik untuk CD dan UC, namun
[60]
dapat membedakan IBD aktif dari IBD yang tidak aktif dan Irritable Bowel Syndrom .
[6,60-64]
Beberapa penelitian melaporkan kinerja tes calprotectin dan lactoferrin yang serupa ,
dan keduanya tidak dapat digunakan untuk membedakan CD dari UC dengan sensitivitas dan
spesifisitas tinggi.
Singkatnya, tidak ada biomarker yang dapat diandalkan yang dapat digunakan sebagai
"gold standar" tunggal. Oleh karena itu, untuk menetapkan diagnosis, pemeriksaan histologis
biopsi dari ileum terminal dan kolon biasanya digunakan dalam kombinasi dengan riwayat
penyakit pasien dan satu atau lebih dari marker yang disebutkan di atas [17,65]. Oleh karena itu,
banyak usaha diinvestasikan untuk menganalisis IBD menggunakan berbagai strategi, untuk
mengidentifikasi biomarker yang dapat digunakan dan menjelaskan etiologi penyakit.

9
PROTEOMI BIOMARKER YANG DIKENAL UNTUK INFLAMMATORY BOWEL
DISEASE
Penelitian protein dapat dilakukan dengan cara berbasis penemuan, dimana tingkat
kelimpahan protein relatif antara dua atau lebih sampel terdeteksi, dan PTMs dapat
diidentifikasi. Perkembangan platform proteomik terkini telah membawa teknologi ke titik di
mana beberapa ribu protein dapat diidentifikasi dan (relatif) dihitung dalam satu analisis atau
[6,10,31,36-39]
subset dengan pendekatan yang ditargetkan . Peradangan yang terjadi di usus,
jaringan usus mewakili tempat yang jelas untuk mencari biomarker baru, yang kemudian
dapat dicari misalnya pada kotoran/feses dan darah dan digunakan sebagai marker suatu
penyakit. Beberapa penelitian proteomik telah berhasil ditujukan untuk mengidentifikasi
biomarker IBD untuk menyelidiki etiologi penyakit dan membantu dalam menetapkan
diagnosa yang benar pada pasien UC dan CD (Tabel 2). Namun, sampai sekarang tidak
satupun biomarker yang teridentifikasi telah diimplementasikan dalam pemakaian sehari-hari
[15]
.
Kelompok pertama yang mempublikasikan penelitian proteomik berbasis penemuan
[66]
IBD adalah Barcel-Batllori et al pada tahun 2002 . Tujuan penelitian ini adalah untuk
mengidentifikasi potensial protein sitokin yang diregulasi pada sel epitel usus yang diisolasi
dari pasien IBD, yang mungkin terlibat dalam patogenesis IBD. Sel adenokarsinoma manusia
secara in vitro terpapar sitokin yang diketahui yang dinyatakan dalam IBD, yaitu interferon-
gamma, IL-1-beta dan IL-6 (TNF-alpha dikecualikan karena diketahui menginduksi apoptosis
pada sel tersebut). Dengan menggunakan proteomik, profil protein sel dianalisis sebelum dan
sesudah terpapar sitokin. Semua protein dari sel pertama kali dipisahkan menggunakan two-
Dimensional Polyacrylamide Gel Electrophoresis (2D-PAGE). Dengan menodai semua
protein dalam gel, sampel yang berbeda (gel) dapat dibandingkan dalam hal kelimpahan
protein berdasarkan intensitas pewarnaan, dan perbedaan titik protein dapat dikenali secara
visual. Spot tersebut dipotong dari gel dengan pisau dan protein diabsorbsi secara enzimatik
ke peptida spesifik menggunakan tripsin protease (pencernaan dalam gel). Pencernaan protein
merupakan langkah penting untuk identifikasi protein, karena tidak ada teknik MS yang ada
saat ini yang dapat mengidentifikasi ribuan protein utuh dalam sampel kompleks dengan cara
yang tinggi. Ini hanya mungkin bila menggunakan protein yang dicerna (peptida). Protein
diidentifikasi berdasarkan peptida yang menggunakan MS, dengan teknik yang disebut
Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time Of Flight (MALDI-TOF) MS (Gambar
2A). MALDI-TOF MS adalah teknik sensitif, namun melibatkan penempatan beberapa tetes
sampel pada piring yang dibiarkan mengering sebelum dianalisis. Selama analisis laser
10
digunakan untuk menguapkan bintik-bintik kecil dari tetesan dan ion kering dalam gas yang
dihasilkan dianalisis oleh MS. Dalam penelitian ini, beberapa protein sitokin yang diregulasi
telah diidentifikasi. Selanjutnya, sel epitel manusia diisolasi dari pasien UC dan pasien CD.
erdasarkan temuan tersebut, sampel dianalisis untuk enzim indoleamine-2,3-dioxygene
dengan menggunakan antibodi oleh western blotting. Kelompok ini menemukan kelimpahan
enzim indoleamine-2,3-dioxygene dalam CD dan UC dibandingkan dengan mukosa normal,
menghipotesiskan keterlibatan jalur Kynurenine metabolisme triptofan di IBD. Aktivitas
indoleamine-2,3-dioxygene lebih jauh ditemukan penting dalam sel dendritik untuk
menginduksi apoptosis bersama sel T [66] .

Gambar 2 Dua teknik spektrometri massa yang umum digunakan. A: Matrix-assisted laser
desorption/surface-enhanced laser desorption/ionizatio time of flight mass spectrometry (MS), dimana sampel
peptida atau protein dikeringkan pada pelat target. Selanjutnya, laser digunakan untuk menguapkan sampel
kering, dan ion fasa gas yang dihasilkan dianalisis dengan spektrometer massa. B: Liquid chromatography (LC)
-electrospray ionization (ESI) MS, dimana sampel peptida cair (atau protein) dipisahkan pada kolom LC, dan
secara berurutan dielusi sering mungkin selama beberapa jam. Peptida yang dielusi disuntikkan langsung ke
spektrometer massa oleh ESI dan dianalisis

Ketika menganalisis titik protein yang dipotong dari gel, metode MALDI-TOF MS
dapat diterapkan, namun analisis keseluruhan gel 2D-PAGE tidak layak dilakukan, karena
biasanya beberapa ribu titik dideteksi. Oleh karena itu, teknik ini kurang sesuai untuk
identifikasi ribuan protein yang lebih tinggi. Oleh karena itu, ketika menganalisis gel 2D-
PAGE yang dicerna, biasanya hanya menyelidiki perubahan bintik protein dan
menghilangkan informasi mengenai bintik protein yang tidak berubah. Informasi mengenai
protein yang tidak berubah mungkin sama pentingnya dengan mengubah protein untuk
penelitian yang berusaha menjelaskan etiologi penyakit. Namun, untuk penelitian biomarker,
strategi 2DPAGE mewakili cara yang layak dan terbukti untuk mengidentifikasi calon
biomarker. MALDI-TOF MS juga dapat dilakukan dengan menggunakan protein utuh tanpa
pencernaan protein enzimatik sebelumnya. Sebuah varian dari MALDI-TOF MS adalah
untuk melihat campuran protein pada permukaan yang dimodifikasi, dimana protein utuh
mengikat dan kemudian massa utuh protein dapat diperoleh oleh MS. Teknik ini disebut

11
Surface-Enhanced Laser Desorption/ Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry (SELDI-
TOF MS) (Gambar 2A). Namun, ketika mempelajari protein utuh menggunakan MALDI-
TOF MS atau SELDI-TOF MS, seseorang biasanya tidak mendapatkan identifikasi sinyal
yang terdeteksi.
Electrospray Ionization (ESI) tetap menjadi satu-satunya teknik MS untuk
mengidentifikasi dan menghitung beberapa ribu protein (Gambar 2B). ESI melibatkan
penyemprotan protein yang dicerna secara langsung ke dalam MS. Dengan menggabungkan
Liquid Chromotogrhapy (LC) dengan kolom sebelum proses ESI, peptida dapat dipisahkan
dan dielusi secara berurutan selama beberapa jam. Ini memberi sistem MS waktu yang cukup
untuk menganalisis sebagian besar peptida yang dielusi yang selanjutnya dapat diidentifikasi.
Dengan cara ini, penelitian proteomik skala besar dapat dilakukan dengan cara yang lebih
tinggi melalui penggunaan ESI LC-MS. Studi ini menghasilkan (relatif) informasi kuantitatif
dari ribuan protein yang teridentifikasi dalam percobaan tunggal, dan dengan demikian dapat
memberikan informasi yang lebih baik untuk menjelaskan etiologi suatu penyakit. Pada tahun
[67]
2004, Hardwidge dkk menerbitkan penelitian semacam itu, yang merupakan analisis
proteomik skala besar pertama dari respons seluler manusia terhadap patogen. Proteomika
yang berbasis penemuan diterapkan untuk menyelidiki profil protein (respons seluler) sel
epitel usus Human Caco-2 sebelum dan sesudah infeksi E. coli. Kelompok tersebut tidak
bekerja secara langsung dengan IBD, namun hasilnya berlaku untuk penyakit, karena
keterlibatan interaksi host mikroba di IBD telah disarankan [54]. Sel-sel itu dilisiskan, dan lisat
dimodifikasi secara kimia menggunakan label kimia untuk memungkinkan perbandingan
relatif antara kelimpahan protein yang diukur oleh MS. Dengan menggunakan ESI LC-MS,
kelompok ini mencatat 10.921 spektrum massa fragmen peptida, yang darinya mereka dapat
mengidentifikasi 2.000 protein. Sekitar 264 protein memiliki fungsi biologis yang diketahui
dan ditemukan memiliki perbedaan selisih 2 kali lipat antara yang terinfeksi dan yang tidak
terinfeksi, kira-kira setengahnya lebih banyak terjadi pasca infeksi. Beberapa temuan MS
diverifikasi dengan Western Blots, dan perubahan signifikan ditemukan pada jumlah protein
terkait aktin sebelum dan sesudah infeksi.
Meskipun ESI LC-MS memiliki kelebihan dalam hal penanganan, banyak penelitian
biomarker berhasil menggunakan identifikasi protein MALDI-TOF MS pada IBD. Pada
[68]
tahun 2006, Hsieh dkk menerapkan penemuan berdasarkan proteomik menggunakan
platform semacam itu. Kelompok ini menganalisis etiologi dan patogenesis UC
menggunakan biopsi kolon untuk mendeteksi adanya perbedaan yang signifikan dalam profil
protein. Biopsi diperoleh dari empat pasien UC, tiga pasien dengan kolitis infeksi nonspesifik

12
dan lima individu tanpa penyakit kolon yang jelas. Protein dipisahkan oleh 2D-PAGE dan
total 1.000 titik protein dibandingkan secara visual antara jaringan mukosa usus normal dan
tidak. Empat puluh protein ditemukan secara konsisten berbeda dalam intensitasnya. Spots
dipotong dari gel, tryptic digestion dilakukan dan 19 protein diidentifikasi menggunakan
MALDI-TOF MS. Dari sini, 13 protein yang diidentifikasi kurang berlimpah pada kelompok
UC dan enam protein lebih banyak. Delapan dari protein yang kurang banyak diidentifikasi
sebagai protein mitokondria, menunjukkan bahwa disfungsi mitokondria mungkin terlibat
dalam UC.
[69]
Setahun kemudian di tahun 2007, Shkoda dkk juga mengidentifikasi hubungan
potensial antara disfungsi dalam metabolisme energi dan IBD. Kelompok ini menerapkan
strategi dan platform yang serupa untuk menyelidiki hilangnya fungsi sel usus, komponen
penting dalam inisiasi dan perturbasi peradangan usus kronis, dan yang pertama
membandingkan jaringan yang meradang dan tidak meradang dari pasien yang sama. Sel
usus dimurnikan dari jaringan usus yang diperoleh dari pasien yang menderita CD, UC, dan
Ca Colon. Protein dipisahkan oleh 2D-PAGE dan dianalisis oleh MALDI-TOF MS dan
Western Blotting. Sekitar 41 protein ditemukan berbeda berlimpah antara jaringan yang
meradang dan tidak meradang, termasuk protein yang terkait dengan transduksi sinyal,
respon stres dan metabolisme energi. Sekitar 32% dari semua protein berbeda yang diatur
berbeda yang terkait dengan IBD terlibat dalam metabolisme energi. Pada tahun 2007,
[10]
Meuwis dkk menerbitkan penelitian profiling serum proteomik pertama menggunakan
SELDI-TOF MS di IBD, sebuah variasi dari MALDI-TOF MS. Penelitian ini melibatkan 30
pasien dengan CD, 30 pasien dengan UC, 30 kontrol dengan inflamasi dan 30 kontrol yang
sehat. Dengan mengkarakterisasi serum hanya dengan sinyal m/z dan protein yang tidak
teridentifikasi dengan SELDI-TOF MS, kelompok tersebut dapat membedakan CD dari UC
dengan sensitivitas 85% (51/60) dan spesifisitas 95% (57/60). Beberapa sinyal yang tidak
teridentifikasi kemudian diidentifikasi oleh MALDI-TOF MS, Western Blotting, dan ELISA
assay. Empat kandidat biomarker diidentifikasi: Platelet Aggregation Factor 4 (PF4),
Myeloid Related Protein 8, Fibrinopeptide A dan Haptoglobin Alpha-2 Subunit. Keempat
protein tersebut dikenal sebagai marker peradangan akut yang diharapkan di IBD, namun
penelitian ini berhasil menunjukkan bahwa pemisahan pasien CD dan UC berdasarkan
marker serum dimungkinkan, yang menyoroti potensi profil serum.
[70]
Setahun kemudian, Meuwis dkk menggunakan platform dan strategi yang sama
untuk menganalisa apakah serum dari 20 pasien CD dapat digunakan untuk memprediksi
respons terhadap pengobatan infliximab. Infliximab adalah antibodi monoklonal melawan

13
TNF-alpha, dan merupakan agen anti-TNF-alpha pertama yang diterima untuk perawatan
IBD. Profil protein dicirikan dalam serum sebelum dan sesudah pengobatan dengan SELDI-
TOF MS. Kelompok ini memverifikasi empat biomarker sebelumnya, dan terutama
peningkatan jumlah PF4 dikaitkan dengan non-respons terhadap infliximab. Namun, asosiasi
tersebut tidak dapat dikonfirmasi oleh ELISA, dan tidak berkorelasi secara signifikan dengan
marker penyakit lainnya. Meski begitu, penelitian ini mampu memprediksi responden dengan
sensitivitas 79% (55/70) dan spesifisitas 80% (56/70). Meskipun penelitian ini tidak berhasil
mengidentifikasi biomarker yang dapat digunakan untuk memprediksi responden, penelitian
tersebut menyoroti potensi dalam penelitian proteomik dan penemuan respon marker.
[71]
Pada tahun 2007, Nanni dkk mengoptimalkan pendekatan metodologis yang
digunakan untuk mengevaluasi serum dengan MALDI-TOF MS. Dengan menggunakan
protokol ekstraksi protein bulk fase padat yang diikuti oleh MALDI-TOF MS, mereka
menganalisis serum dari 15 CD, 26 UC dan 22 individu sehat dan mampu memisahkan tiga
kelompok dengan hasil prediksi 97%. Dua tahun kemudian, Nanni et a l [72] melakukan
penelitian menggunakan ESI LC-MS untuk menyelidiki variasi protein pada sel epitel usus
[67]
dari pasien CD. Namun, berbeda dengan Hardwidge dkk pada tahun 2004 yang
[72]
menggunakan pelabelan kimiawi peptida untuk mengukur kelimpahan relatif, Nanni et al
menggunakan strategi bebas label, dan mengandalkan deteksi akurat massa peptida. Dengan
cara ini, penghematan yang signifikan dapat dicapai untuk studi besar dan protokol persiapan
sampel disederhanakan. Sel epitel usus diisolasi dari sampel yang berasal dari dua pasien CD
dan dua pasien kontrol. Sel-sel dilisis dan protein dipisahkan oleh 1D-PAGE, di mana protein
dipisahkan hanya dalam satu dimensi berbeda dengan 2DPAGE, yang memungkinkan
keseluruhan jalur gel yang divisualisasikan dipecah menjadi beberapa bagian dan dicerna
bersama tripsin. Peptida yang dihasilkan dianalisis dengan ESI LC-MS dan dengan
membandingkan intensitas peptida, kelimpahan protein relatif dapat dihitung. Protein yang
ditemukan lebih banyak melimpah di sel epitel dari pasien CD termasuk Heat Shock Protein
70, Preceptor Tryptase Alpha-1 serta beberapa protein yang terlibat dalam proses
peradangan. Inhibitor protein nuklir Annexin A1, yang terlibat dalam aktivitas anti-inflamasi,
dan enzim malat dehidrogenase ditemukan kurang banyak. Kelayakan calon biomarker tetap
harus divalidasi. Namun, yang sangat penting adalah demonstrasi penggunaan analisis bebas
label ESI LC-MS untuk mengidentifikasi perbedaan kelimpahan protein untuk IBD.
[73]
Pada tahun 2010, Hatsugai dkk melakukan studi pertama yang berhasil
mendiskriminasikan UC dari CD sepenuhnya. Kelompok ini menganalisis sel mononuklear
darah perifer dari 17 pasien UC, 13 pasien CD dan 17 kontrol yang sehat. Protein dipisahkan

14
oleh 2D-PAGE dan lebih dari 1.000 titik protein terdeteksi di masing-masing gel. Sekitar 547
titik protein dipilih untuk analisis kuantitatif, dan 34 titik protein berbeda secara signifikan
antara kelompok UC dan CD. Dengan menggunakan 58 titik protein, pasien UC dan CD
dapat dibedakan. Sebanyak 58 titik protein selanjutnya dikenai pencernaan tryptic in-gel
diikuti dengan identifikasi protein MALDITOF MS. Sebelas protein berhasil diidentifikasi,
dan ditemukan secara fungsional terkait dengan peradangan, oksidasi/pengurangan,
sitoskeleton dan transkripsi endositik. Profil tersebut dapat, selanjutnya, memprediksi tingkat
keparahan penyakit dan tanggapan pasien UC terhadap pengobatan.
[74]
Pada tahun 2011, M'Koma dkk menganalisis lapisan mukosa dan lapisan
submukosa dari sampel yang berasal dari kolitis Crohn (CC) dan UC, menggunakan MALDI-
TOF MS. Lima sinyal m/z MS yang tidak diketahui terdeteksi, yang dapat memisahkan
kedua kelompok. Studi ini tidak mengidentifikasi asal mula sinyal, namun menyoroti
kemungkinan menemukan biomarker di jaringan usus.
Seperti disebutkan sebelumnya, walaupun kita jauh dari gambaran lengkap dari
mikroba usus, perubahan komposisi bakteri telah terdeteksi di IBD. Pada tahun 2012, Presley
[75]
dkk menyelidiki interaksi host mikroba diantara mukosa-luminal usus 14 pasien CD, 21
UC, dan 16 kontrol yang sehat. Mukosa mencegah mikroorganisme memasuki host jaringan.
Dengan menggunakan teknik saline-lavage baru, saline disuntikkan selama kolonoskopi dan
diekstraksi lagi untuk menghindari gangguan dari kandungan lapisan usus akibat sampel
biopsi. Gen RNA ribosom bakteri dianalisis dengan sidik jari oligonukleotida dan proteinnya
dianalisis oleh SELDI-TOF MS dan MALDI-TOF MS. Proteome gabungan dibangun,
merupakan proteom dari semua organisme yang terdeteksi. Dari 3374 silabus bakteri yang
terdeteksi, 35% secara signifikan dapat membedakan penyakit, menunjukkan bahwa interaksi
host mikroba mungkin terlibat dalam IBD, yang menyajikan kemungkinan baru untuk
diagnosis dan terapi.
[14]
Pada tahun 2013, Han et al menganalisis jaringan kolon dari pasien IBD Korea
dengan cara yang sangat tinggi menggunakan metode ESI LC-MS dan kuantisasi bebas label.
Studi ini melibatkan empat pasien UC, tiga pasien CD dan dua dengan polip terkait inflamasi
yang berhubungan dengan UC. Biopsi dihomogenisasi dan dicerna dengan tripsin tanpa
prefractionation sebelumnya dan rata-rata 324 protein diidentifikasi untuk masing-masing
kelompok. Meskipun jumlah protein yang teridentifikasi relatif rendah mengingat protein
2.000 Hardwidge dkk [67] diidentifikasi pada tahun 2004, 27 biomarker potensial
diidentifikasi untuk UC, 37 biomarker untuk CD dan akhirnya 11 protein yang umumnya
terkait dengan IBD. Tiga protein baru, proteoglikan sumsum tulang, subunit aktivator L-

15
plastin dan proteasome 1 diidentifikasi sebagai biomarker potensial untuk CD aktif.
Biomarkes ini memerlukan validasi, bagaimanapun, kelayakan untuk melakukan proteomik
high-through dengan strategi bebas label dalam penemuan biomarker telah ditunjukkan.
[76]
Sebuah studi yang diterbitkan pada tahun 2013 oleh Seeley dkk meneliti lapisan
histologis dari 62 jaringan UC and CD yang dikonfirmasi oleh MALDI-TOF MS. Sebanyak
114 m/z sinyal MS ditemukan berbeda secara statistik antara kedua kelompok, namun sinyal
tersebut belum diidentifikasi.
[77]
Akhirnya, pada tahun 2013, Gazouli dkk menerbitkan sebuah penelitian dimana
tanggapan 18 pasien CD terhadap pengobatan infliximab berkorelasi dengan biomarker
serum yang diketahui. Sampel serum dianalisis dengan menggunakan 2D-PAGE, dan 240
protein spot dipilih untuk pencernaan dalam gel dan identifikasi protein MALDI-TOF MS
berikutnya. Kelompok ini berhasil mengidentifikasi 15 protein yang berbeda dalam serum
pasien CD tergantung pada respons terhadap infliximab. Protein Apolipoprotein AI,
Apolipoprotein E, Complement Dasar C4, Plasminogen, Serotransferrin, Beta-2-
Glikoprotein 1, dan Clusterin ditemukan lebih banyak pada kelompok pasien dengan klinis
dan serologi non-responden, dibandingkan pada kelompok pasien dengan remisi klinis dan
serologis. Selain itu, alfa-2-glikoprotein kaya leusin, protein pengikat vitamin D, alpha-1
Bglycoprotein dan komplemen C1r subkomponen ternyata lebih melimpah pada serum
kelompok pasien dengan remisi. Menariknya, kelompok tersebut tidak dapat mengkonfirmasi
[70]
temuan Meuwis et al , bahwa PF4 bisa menjadi biomarker untuk respon infliximab, yang
menekankan bahwa kandidat biomarker memerlukan validasi lebih lanjut. Meskipun
demikian, penelitian ini berhasil menunjukkan kelayakan untuk mengidentifikasi biomarker
dalam serum yang dapat digunakan untuk memprediksi hasil pengobatan.
Seperti diketahui, banyak penelitian telah berhasil menerapkan strategi proteomik
untuk mengidentifikasi biomarker, menyelidiki patogenesis IBD dan mengidentifikasi marker
prognostik dalam serum, feses, dan jaringan. Beberapa biomarker telah ditemukan (Tabel 2),
yang paling terkait dengan peradangan yang tidak spesifik, dan semua calon biomarker yang
diidentifikasi sejauh ini kekurangan studi validasi lanjutan. Namun, walaupun banyak dari
biomarker yang diidentifikasi terkait dengan inflamasi, penelitian tersebut telah menunjukkan
kelayakan dan potensi platform proteomik di IBD, dan memberi petunjuk pada mekanisme
IBD. Beberapa penelitian telah berhasil membedakan pasien CD dari pasien UC. Namun,
hanya berdasarkan sinyal m/z yang tidak teridentifikasi dan tidak menggunakan biomarker
protein atau peptida yang diidentifikasi, dari mana etiologi penyakit dapat dijelaskan dengan
lebih baik. Meskipun demikian, penelitian ini menunjukkan adanya biomarker yang dapat

16
digunakan untuk diidentifikasi. Biomarker yang teridentifikasi memegang potensi untuk
merancang tes ELISA diagnostik dan chip susunan protein, tempat antibodi digunakan untuk
[78,79]
mendeteksi kelimpahan satu atau lebih antigen . Susunan semacam itu bisa merupakan
alat klinis baru untuk diagnosis, prognosis dan identifikasi target terapi baru.
Penelitian telah menunjukkan adanya biomarker, dalam serum, jaringan usus dan
feses. Banyak penelitian ditujukan untuk melakukan proteomik berbasis penemuan global di
jaringan usus, dan telah ditunjukkan bahwa teknik tinggi seperti ESI LC-MS, yang
menggunakan pelabelan atau kuantisasi label bebas adalah cara yang layak untuk
mengidentifikasi biomarker dalam sampel yang sangat kompleks. Keuntungan dari
identifikasi protein dan strategi kuantifikasi tingkat tinggi sangat jelas ketika etiologi
penyakit harus diperiksa.
Selanjutnya, beberapa penelitian telah menyelidiki kemungkinan hubungan antara
berbagai PTMs dan etiologi penyakit IBD. Asosiasi semacam itu diketahui dari penyakit
peradangan lainnya; Contohnya adalah radang sendi-penyakit rheumatoid arthritis (RA) di
mana titrasi PTMs diketahui terlibat dalam etiologi [80-83].

MODIFIKASI POSTTRANSLATIONAL SEBAGAI BIOMARKER


[84]
Saat ini, lebih dari 200 perusahaan PTMs yang berbeda diketahui . PTMs, untuk
memperpanjang besar, penting untuk fungsi fisiologis protein dan masa paruh rentang PTM
[85]
berkisar dari milidetik hingga tahun . Sayangnya, mereka juga sering memiliki jumlah
yang rendah , sangat beragam dan kompleks, dan dengan demikian dapat menantang untuk
[25,27,86]
mendeteksi dan mengkarakterisasi . Oleh karena itu, PTMs mewakili target yang
menjanjikan untuk penelitian penemuan biomarker. Untuk review tentang peraturan protein
[5]
oleh PTMs di IBD, kami mengacu pada karya Ehrentraut et al . PTMs umum in vivo
meliputi fosforilasi, yang merupakan modifikasi reversibel dari asam amino tirosin, serin dan
treonin. Fosforilasi diketahui terlibat dalam aktivasi dan inaktivasi aktivitas enzim, modulasi
interaksi molekuler dan pensinyalan sel melalui domain tertentu. Asetilasi dapat menargetkan
[87]
terminal N manapun, dan diyakini bahwa 84% protein manusia menjalani modifikasi ini .
PTM mempengaruhi stabilitas protein, dan asetilasi histon diketahui berperan dalam regulasi
gen. Glikosilasi adalah salah satu PTM utama. Hal ini reversibel dan diketahui terlibat dalam
pengenalan dan pensinyalan sel, dan regulasi protein. Pembentukan ikatan disulfida antara
dua sistein adalah elemen kunci dalam stabilisasi protein dan kompleks protein, seperti
antibodi dengan membentuk silang intra dan intermolekuler. Deamidasi asparagin atau
glutamin adalah pengatur protein-ligan dan interaksi protein-protein yang mungkin terjadi,

17
[25]
dan ubiquitination adalah marker untuk daur ulang / penghancuran protein . Beberapa
PTMs diketahui terlibat dalam respons inflamasi, dan PTMs dapat dilibatkan dalam etiologi
penyakit IBD. Terakhir, citrullination adalah deiminasi ireversibel arginin menjadi citrulline,
in vivo yang dikatalisis oleh deiminase peptidilarginin, keluarga enzim pengikat kalsium
[88,89]
. Peran yang tepat dari modifikasi tersebut tetap tidak diketahui, namun modifikasi
tersebut diyakini dapat mengubah lipatan protein, mengubah polaritas protein, dan/atau
[80,88, 89]
menyebabkan denaturasi agar protein lebih rentan terhadap degradasi enzimatik .
[90]
Citrullination telah dikaitkan dengan beberapa penyakit, termasuk penyakit Alzheimer ,
[80-83]
dan RA dimana antibodi protein anti-citrullinated diidentifikasi . Merokok dikaitkan
dengan peningkatan citrullination, dan merokok merupakan faktor lingkungan yang paling
[91-95]
dikenal untuk pengembangan RA . Beberapa studi selanjutnya berkaitan dengan
[96-100].
merokok dengan peningkatan risiko pengembangan CD dan UC Pada RA, diyakini
bahwa citrullination protein menghasilkan generasi antigen baru yang dipresentasikan pada
sistem kekebalan tubuh, yang pada gilirannya memicu respons autoimun [83]. Oleh karena itu,
tampaknya masuk akal bahwa citrullination mungkin memiliki peran serupa pada IBD dan
juga penyakit radang lainnya. Namun, karena dengan banyak PTMs, deteksi MS-Driven
Protein Citrullinated dengan cara throughput tinggi tidak lurus ke depan [84,101-104]. Meskipun
demikian, jika protein spesifik citrullinated penyakit dapat diidentifikasi, ini dapat digunakan
pada chip ELISA atau chip protein untuk prognostik dan/atau diagnostik. Contoh
pemanfaatan biomarker yang serupa adalah diagnosis pasien RA, dimana adanya Antibodi
Protein Anti-Citrullinated dalam serum digunakan untuk mendeteksi penyakit dengan
sensitivitas 71% dan spesifisitas 95% [80-83] .

KESIMPULAN
Diagnosis pasien UC dan CD tetap sulit, terutama pada tahap awal penyakit, dan
diagnosis pasien IBD yang dini dan akurat sangat penting. Beberapa penelitian telah berhasil
mengidentifikasi biomarker yang menjanjikan pada feses, serum dan jaringan, yang
menunjukkan adanya biomarker IBD. Namun, tidak satupun dari biomarker yang
diidentifikasi telah diimplementasikan dalam penggunaan klinis setiap hari, dan diagnosisnya
didasarkan pada kombinasi riwayat penyakit, biomarker peradangan usus besar dan evaluasi
histologis.
Beberapa penelitian bertujuan untuk menyelidiki proteome global jaringan usus
dengan menggunakan teknik throughput tinggi seperti ESI LC-MS, dan potensi analisis
semacam itu tampaknya sangat besar. Perkembangan baru-baru ini di bidang identifikasi

18
protein high-through dengan menggunakan MS, sekarang memungkinkan untuk
mengidentifikasi dan menghitung beberapa ribu protein dalam beberapa jam waktu analisis.
Selain kelimpahan protein, PTM mewakili target yang menjanjikan untuk penelitian
penemuan biomarker. Analisis jaringan, serum atau feses tampaknya menjanjikan untuk
mengidentifikasi biomarker baru. Informasi semacam itu dapat digunakan untuk membuat
alat diagnostik dan prognostik yang akurat untuk membedakan kelompok pasien dan
memprediksi respon pengobatan. Antibodi terhadap satu atau lebih target diagnostik yang
teridentifikasi dapat digunakan pada chip ELISA atau chip protein, yang pada gilirannya
dapat digunakan untuk mendeteksi kelimpahan antigen yang diberikan. Selain membantu
dokter dalam membuat strategi diagnosis dan pengobatan yang benar, pengetahuan tentang
protein spesifik penyakit dan PTM mungkin mengidentifikasi jalur penyakit dan target baru
untuk agen terapeutik, yang mengarah ke obat farmasi yang lebih baik.
Secara meyakinkan, identifikasi dan kuantifikasi protein dengan menggunakan
spektrometri massa memegang banyak harapan untuk identifikasi biomarker diagnostik dan
prognostik baru untuk IBD, dan mungkin membantu menjelaskan etiologi penyakit, yang
pada akhirnya mengarah pada strategi pengobatan yang lebih baik.

19