Anda di halaman 1dari 11

TUGAS 2-1

MK PEMULIAAN TANAMAN TERAPAN

DISCOVERY LEARNING
PEMULIAAN MUTASI

Kelas
Agroteknologi G
Kelompok 1

Harlino Nandha Prayudha (150510150172)


Sherly (150510150174)
Dimas Fauzan M. A (150510150180)
Muthia Erwina N. (150510150186)
Aulia Hasna Wardiyana (150510150198)

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI


FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS PADJADJARAN
MARET 2017
TUGAS I
DISCOVERY LEARNING
PEMULIAAN MUTASI

Jawablah Setiap pertanyaan-pertanyaan berikut secara singkat namun jelas.

1. Sebutkan lima pertimbangan sebagai persyaratan dalam penerapan pemuliaan


mutasi ! Jelaskan !
Jawab :
Pemuliaan mutasi umumnya hanya dilakukan apabila salah satu dari atau beberapa
pertimbangan terpenuhi, diantaranya yaitu :
- Dilakukan untuk transfer kromosom pada kromosom non-homolog
- Karakter yang diinginkan berada pada posisi Linkage
- Variabilitas genetik tanaman sempit
- Sumber karakter sukar untuk diperoleh
- Sumber karakter tidak tersedia

2. Saudara telah mengenal macam mutagen penyebab terjadinya mutasi.


Jelaskan kelebihan dan kekurangan masing-masing mutagen tersebut !
Jawab :
Keuntungan mutasi antara lain: dihasilkan tanaman bibit unggul, buah tanpa biji,
buah berukuran besar, buah yang memiliki kadar protein tinggi dan tanaman yang
tahan terhadap hama. Dalam bidang kedokteran, penggunaan sinar radio aktif untuk
terapi menghambat perkembangan sel-sel kanker.

Kerugian mutasi antara lain: mutasi sel gamet karena radiasi radioaktif akan
menghasilkan keturunan yang bersifat letal, serta dapat mengakibatkan
berkurangnya plasma nutfah di dunia.

Keuntungan menggunaan sinar gamma adalah dosis yang digunakan lebih akurat
dan penetrasi penyinaran ke dalam sel bersifat homogeny, mempercepat proses
untuk mendapat bibit unggul. Kekurangannya yaitu dapat menurunkan daya tumbuh
dan daya hidup tanaman karena adanya kematian sel.

Sinar neutron sangat berbahaya dan daya penetrasi yang rendah tapi dikenal sebagai
perusak kromosom yang sangat serius.

Radiasi sinar ultraviolet menyebabkan pembentukan ikatan silang antara timin dan
timin yang bersebelahan. Radiasi tersebut juga dapat menyebabkan kanker kulit.
Sinar-X memiliki energi yang tinggi, punya efek yang besar pada jaringan hidup.
Dapat mengionisasi molekul-molekul, dapat mengganggu fungsi sel yang normal.
Sinar-X dengan dosis tinggi dapat mengakibatkan kanker dan lahir cacat (karena
terlalu lama).

Sedangkan keuntungan menggunakan mutagen kimia adalah laju mutasinya tinggi,


didominasi mutasi titik, dan efeknya lebih ringan. Kekurangannya menghasilkan
lebih banyak mutasi gen, kerusakan kromosom, dan karsinogenik sehingga harus
hati-hati menggunakannya

3. Bagaimana langkah penentuan dosis untuk induksi mutasi ? Jelaskan !


Jawab :
Untuk menentukan dosis, berikut langkah-langkahnya:

Penentuan varietas tanaman, perbedaan varietas tanaman berbeda pula dosis


mutagen yang digunakan
Penentuan mutagen (mutagen fisik/kimia)
Penetuan taraf mutagen untuk menentukan nilai LD 50. Contoh penentuannya:
besarya dosis iradiasi yang diberikan merupakan fungsi dari waktu dan laju
dosis yang dimiliki gamma chamber saat perlakuan, dengan rumus: dosis=
waktu x laju dosis ( Manual book for Irradiator Gamma Chamber 4000A, type
Irpasena, India). Besarnya laju dosis berubah, tergantung dari waktu paruh.
Menggunakan laju dosis yang telah diketahui, maka dosisdapat ditentukan
berdasarkan waktu pemaparan.
Untuk mendapatkan nilai LD-50, menggunakan program curve-fit analysis,
yaitu program yang dapat digunakan untuk mencari model persamaan terbaik
(Finney, 2005). Analisis program statistika ini merupakan penggabungan 2
program data driven analysis, dan model driven analysis

4. Jelaskan faktor-faktor yang mempengaruhi keberhasilan pembentukan


mutagenesis !
Jawab :
Laju Dosis
Laju dosis yang sesuai ditentukan oleh eksperimen pada seteiap spesies
dan genotype. Bahan-bahan tanaman memiliki perbedaan dalam sensitifitas
terhadap perlakuan mutagenic. Dosis yang berlebih dapat mematikan sel
mutagenic lebih banyak.
Spesies dan Genotipe
Pada penelitian, laju dosis harus berdasarkan pada spesies dan genotype
yang digunakan karena spesies dan genotype memiliki sensitivitas perlakuan
mutagen yang berbeda.
Kadar Oksigen
Kadar Oksigen pada bahan tanaman dapat memengaruhi sejumlah
kerusakan yang diakibatkan mutagen. Semakin tinggi kadar oksigen, semakin
besar pula kencendrungan terjadi kerusakan pada pembibitan. Untuk
mengurangi dampak dari kadar oksigen, benih dapat diberi perlakuan dengan
pemberian kelembapan yang tinggi atau pada atmofer bebas oksigen, Namun,
ketika frekuensi mutasi diinginkan, Oksigen dapat ditambahkan dengan
menggunakan benih yang kering.
Kadar Air
Kelembapan yang tinggi mengurangi ketersediaan oksigen, dan
kelembapan yang rendah menambah ketersediaan oksigen. Dampak kadar air
lebih penting pada frekuensi mutasi untuk beberapa mutagen dibandingkan
dengan yang lainnya. Kadar air penting pada frekuensi mutasi yang disebabkan
oleh sinar-x dan sinar gamma.
Temperatur
Temperatur tidak memiliki efek yang signifikan pada radiasi namun
berefek penting pada mutagenesis kimia. Dampak utama dari temperatur ialah
jangka waktu bahan-bahan kimia aktif pada bahan tanaman.
Kondisi Sebelum diberi perlakuan
Penyesuain kelembapan hingga mencapai level yang diinginkan dapat
menjadi bagian yang penting dari persiapan benih untuk radiasi dan perlakuan
kimia. Perendaman benih pada air telah biasa digunakan ketika kondisi
pretreatment untuk mutagenesis kimia.
Sebelum perendaman mencuci substansi pelarut dan menghidrasi
membrane sel serta makromolekul. Pada temperature yang mendukung untuk
perkecambahan, pra perendaman dapat menginisiasi metabolism dan sintesis
DNA. Ketika cenderung pada mencegah inisiasi aktivitas metabolic selama pra
perendaman, benih harus dicelupkan pada air 0oC. Hal ini diharapkan untuk
menjaga air tetap bergerak dengan menggoyangkan atau tetap memiliki aliran
air. Air harus diganti setiap 15 sampai 30 menit.
Kebutuhan akan temperature air dan jangka waktu pra perendaman dapat
ditentukan melalui eksperimen pada benih yang diakukan pra perendaman.
Presentase perkecambahan dan pertumbuhan kecambahan dapat
mengidentifikasi perlakuan yang paling baik.
Kondisi ketika diberi perlakuan
Temperatur ketika diberi perlakuan akan memengaruhi jangka waktu
keefektivan mutagen kimia. pH akan memengaruhi sejumlah kerusakan
fisiologis dan frekuensi yang berkaitan dengan mutasi gen dan aberasi
kromosom. Terdapat perbedaan penting pada struktur kimia untuk pH yang
paling efektif. EMS biasa menggunakan pH 7.0 namun sodium azide paling
efektif pada pH 3.0. Penggunaan ion logam ketika diberi perlakuan sangat tidak
direkomendasikan
Penangan pasca perawatan
Penangan dari benih yang telah diberi perlakuan mutagen sebelum
ditanam dapat secara nyata memengaruhi sejumlah benih yang bertahan hidup.
Benih yang diberi perlakuan sinar-X, sinar gamma, atau neutron tidak boleh
disimpan lebih dari beberapa minggu. Tidak boleh terdapat oksigen.
Temperatur Laboratotrium normal dapat digunakan untuk penyimpanan, kecuali
apabila benih akan disimpan lebih lama. Benih harus disimpan pada suhu 0oC
atau kurang untuk penyimpanan dalam waktu yang lama.

5. Jelaskan tipe mutasi yang mungkin terbentuk setelah dilakukan induksi mutasi
!
Jawab :

a. Mutasi Genom

Mutasi genom melibatkan perubahan nomor kromosom karena adanya


penambahan atau pengurangan set kromosom atau bagian dari set kromosom.
Struktur yang berubah pada kromosom diantarnya melalui translokasi, inversi,
duplikasi, dan defisiensi.

b. Mutasi Gen

Mutasi yang terlibat dalam perubahan konstitusi basa nukleotida dari suatu
gen biasanya disebut sebagai mutasi titik (point mutation). Ekspresi dari gen yang
terlibat menyusun empat nukleotida dari rangkaian DNA yang spesifik. Ekspresi
dari seluruh gen dapat berubah karena penggantian satu bagian nukleotida dengan
pasangannya di dalam untaian DNA komplementar dengan pasangan nukleotida
lain dengan cara menambah (substitusi) atau mengurangi (delesi) nukleotida.
Mutasi gen biasanya berasosiasi dengan menggunakan mutagen kimia. Tetapi
mungkin terjadi dengan perlakuan radiasi. Alterasi genetik dapat menyebabkan
steril, dapat menjadi letal, atau menghasilkan formasi baru, dan karakter yang
diinginkan tinggi.

c. Mutasi Kromosom

Mutasi kromosom adalah perubahan yang terjadi pada kromosom yang disertai
dengan perubahan struktur dan jumlah kromosom. Mutasi kromosom dibedakan ke
dalam dua jenis, yaitu :

Perubahan struktur kromosom (aberasi kromosom)

Mutasi ini menyebabkan kerusakan (aberasi) pada bentuk kromosom, diantaranya:

1. Translokasi adalah pemindahan sebagian dari segmen kromosom ke kromosom


lainnya yang bukan kromosom homolognya 3

2. Duplikasi terjadi karena adanya segmen kromosom yang mengakibatkan jumlah


segmen kromosom lebih banyak dari kromosom aslinya.

3. Delesi adalah mutasi yang terjadi karena sebagian segmen kromosom lenyap
sehingga kromosom kekurangan segmen.

4. Inversi adalah mutasi yang terjadi karena selama meiosis kromosom terpilin dan
terjadinya kiasma, sehingga terjadi perubahan letak/kedudukan gen-gen.

Perubahan Jumlah Kromosom


Mutasi yang terjadi ditandai dengan perubahan jumlah kromosom individual atau
dalam jumlah perangkat kromosom.
Euploid, terjadi karena adanya penambahan atau pengurangan perangkat
kromosom (genom). Contoh: haploid, diploid, triploid, tetraploid, poliploid dll.
Aneuploid, terjadi karena adanya perubahan salah satu kromosom dari genom
individu Contoh; monosomik, Nullisomik Trisomik dan Tetrasomik10. Induksi
mutasi dapat secara alamiah atau melalui teknik kimia atau fisik.

d. Mutasi Ekstranuklir

Mutasi ekstranuklirmelibatkan komponen dari sitoplasma yang diketahui


untuk terjadi. Sitoplasma genetik mandul jantan adalah contoh dari mutasi
sitoplasmik yang berguna untuk produksi tanaman. DNA melibatkan diri pada
mutasi ekstranuklir yang terjadi di plastida dan mitokondria. Gen yang berubah di
organel di transfer dari satu generasi terutamanya selanjutnya melalui sel telur.
Ethidium bromide telah digunakan untuk membuat perubahan sitoplasmik pada
spesies tanaman. Penambahan mutagen mungkin diputuskan adalah acridines,
streptomycin, sesuatu yang memberi warna, garam logam berat, EMS, dan
treatment radiasi.

6. Gambar berikut menunjukkan adanya peristiwa mutasi kromosom. Sebutkan


dan jelaskan perubahan struktur kromosom berdasarkan gambar di bawah ini
!
A. B C.
A A A A A A
B B B B B B

D E C C D
C
D
D E D C
C
E E E
D
E

Jawab :
Gambar A. Perubahan struktur yaitu delesi.
Delesi terjadi saat suatu bagian atau segmen dari kromosom patah atau hilang pada
saat pembelahan sel. Kromosom tempat fragmen tersebut berasal akan kehilangan
gen-gen tertentu. Pada Gambar A, Kromosom kehilangan Gen (C) pada susunan
baru nya.

Gambar B. Perubahan struktur yaitu duplikasi.


Duplikasi terjadi saat bagian segmen yang hilang pada saat delesi tersebut pindah
ke kromosom homolognya. Dalam kromosom homolog yang menerima patahan
terjadi penggandaan gen-gen. Pada Gambar B, Kromosom mengalami penggandaan
Gen (C) dan Gen (D)

Gambar C. Perubahan struktur yaitu inversi.


Inversi terjadi jika sebagian segmen kromosom patah, lalu patahan tersebut
tersambung kembali tetapi dengan posisi terbalik.
Pada Gambar C, terjadi inversi parasentris yaitu inversi yang terjadi pada satu
lengan kromosom yaitu Gen C yang bertukar posisi dengan Gen D.

7. Bagaimana prosedur evaluasi mutan sampai dengan diperoleh mutan unggul ?


Jelaskan !
Jawab :
Perlakuan benih (M1) ditanam di sebidang kecil untuk produksi benih M2 yang
dipanen untuk penanaman M2. Disarankan menanam tanaman yang tidak diberi
perkakuan (M0) yang dapat digunakan untuk pembanding,untuk mempermudah
identifikasi mutan. Mutan dominan dapat diidentifikasi pada generasi M1 sedangkan
mutan resesif dapat terlihat ketika setelah dilakukan selfing untuk menghasilkan
generasi M2.

Selain itu, spesies yang menghasilkan anakan, kemungkinan hanya satu dari
beberapa anakan yang membawa sifat induksi mutase. Sedangkan untuk
menghasilkan mutasi pada seluruh tanaman, gamet (serbuk sari) perlu diberi
perlakuan. Penggunaan benih seringkali menghasilkan gagasan yang tidak masuk
akal karena mutasi menginduksi sel-sel tunggal yang terpisah dan berdiferensiasi
dalam tubuh tanaman. Akibatnya bagian batang dapat terkena mutase namun bagian
daunnya tetap normal.

Hal tersebut menunjukkan bahwa generasi tanaman F1 dan M1 memiliki


perbedaan secara genetik. Produksi tanaman F1 merupakan hasil dari garis
persilangan yang membawa sifat identic. Bagaimanapun, tanaman M1 dalam
populasi akan memiliki mutasi yang berbeda. Oleh karena itu, merupakan hal yang
logis dan tepat menangani populasi M1 sebagai populasi segregasi seperti pada F2.

8. Jelaskan langkah-langkah apa saja yang harus dilakukan dalam menerapkan


induksi mutasi ?
Jawab :
Beberapa langkah induksi mutasi sebagai berikut:

A. Tujuan dari program pemuliaan

Sebuah program pemuliaan mutasi harus memiliki tujuan yang jelas. Pemberian
mutasi pada tanaman memiliki keberhasilan yang rendah yaitu 1:106 oleh karena
itu tujuan program mutasi harus jelas, jika tidak dirancang tujuan mutasi
sedemikian rupa, maka pemulia akan membuang-buang waktu dan sumber
dayanya saja (tidak efektif dan efisien).

B. Bagian tanaman yang diinduksi mutasi

Biji, serbuk sari, dan bagian vegetative bisa digunakan untuk mutagenesis.
Bagian tanaman yang dipilih untuk kegiatan mutasi tergantung dari cara
perbanyakan tanaman tersebut, apabila secara seksual, maka pada umumnya
menggunakan biji untuk mutagenesis, tetapi bila secara seksual, maka bagian
yang digunakan adalah bagian vegetative tanaman tersebut, misal, ubi jalar, dll.
Serbuk sari dapat digunakan, tetapi jarang digunakan karena; (1) sulit untuk
dikumpulkan dalam jumlah besar, (2) penyerbukan manual sulit dilakukan, dan
(3) umurnya relative pendek

C. Dosis mutagen

Mutagen umumnya memiliki frekuensi induksi tinggi tergantung pada sifat-sifat


agen mutagenic, medium pelarut, dan sistem biologi. Pada umumnya LD (lethal
dosis) yang digunakan adalah LD 50, dimana dosis mutagen akan membunuh 50
% dari individu yang diberi perlakuan. Perlakuan overdosis mungkin akan
membunuh terlalu banyak individu, sedangkan underdose akan menghasilkan
terlalu sedikit mutasi (tidak terlihat efeknya). Dosis mutagen yang dapat
bervariasi dengan memvariasikan intensitas atau durasi perlakuan. Di kasus
radiasi, intensitas dapat divariasikan dengan mengubah sumber radiasi.
Intensitas dalam kasus kimia mutagen dapat bervariasi dengan mengubah
konsentrasi mutagen.

D. Memberi perlakuan mutagen

Dalam kasus iradiasi, bagian tanaman segera ditanamn untuk meningkatkan


tanaman M1 dari mereka (serbuk sari yang digunakan untuk penyerbukan).
Dalam kasus mutagen kimia, biji biasanya direndam dulu beberapa jam untuk
memulai aktivitas metabolisme, setelah diberi perlakuan, kemudian dicuci
dengan air bersih untuk menghilangkan mutagennya., kemudian segera ditanam.

9. Bagaimana cara mendeteksi terjadinya mutan ? Jelaskan !


Jawab :
Single-strand conformation polymorphism (SSCP) SSCP diungkap selama
proses analisis elektroforesis dari fragmen denaturasi DNA(<500 bp) pada gel
polycrylamid asal. SSCP dapa digunakan untuk mendeteksi mutasi yang tidak
diketahui, naun tidak untuk analisis DNA sample.

PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RLFP): PCR-RLFP


adalah analisis produk PCR yang terbelah oleh restriksi endonuclease.
Pernyataan pembelahan diperkuat oleh urutan polymorphic (CAPS)
digunakan oleh peneliti tanaman juga pada PCR-RFLP. Hal ini tidak cocok
digunakan untuk mendeteksi SNP yang tidak dikenal.
PCR-restiction fragment-SSCP (PCR-RF-SSCP. PCR-RF SSCP adalah
analisis produk PCR yang terbelah oleh restriksi endonuclease pada gel
polyacrylamide asal. Metode ini sangat berguna untuk mengidentifikasi gen
yang memiliki SNP yang tidak dikenal, namun metode ini pula dapat
digunakan untuk analisis DNA sample.

Temperature gradient gel electrophoresis (TTGE): TTGE adalah analisis


elektroforesis dari DNA hetero-duplex pada gel temperature gradient.
Perbedaan pada peluruhan temperature antara homo-duplex atau DNA mutan
dan hetero-duplex dari DNA bertipe sama menghasilkan perbedaan mobilitas
gel. Modifikasi menggunakan elektroforesis secara kapiler disebut dengan
TGCE.

Conformation sensitive capillary electrophoresis (CSCE) Analisis ini


didasarkan pada perbedaan mobilitas DNA homo-duplex dan hetero-duplex
selama proses elektroforesis terisi oleh CAP,polymer semi-denaturating. Hal
ini memungkinkan identifikasi dari kumpulan tempat yang mengandung
fragmen target

High resolution melting curve analysis (HRM): HRM adalah tanpa


enzimatis,kuat, dan metode yang sangat stabil untuk karakterisasi fragmen
DNA selama analisis peluruhan pasca PCR. Hal ini menggunakan DNA
istimewa binding dyes yang membebaskan karakter memungkinkan mereka
untuk digunakan dan dideteksi pada konsentrasi tinggi tanpa mengganggu
PCR. Pada titik jenuh, pewarnaan gen homogenus dari produk PCR, seperti
pewarnaan memberikan ketajaman, profile peluruhan unik yang
memungkinkan pembedaan antara contoh homo- dan hetero- zygot,

Dot-blot-SNP:Analisis SNP oleh hibridisasi dari pelabelan oligonukleotid ke


penghapusan produk Dot PCR, yag telah dikembangkan menggunakan
hibridisasi kompetitif. Metode ini berguna untuk genotype termutasi dan untuk
diskriminasi dari mutase induce baru dari variasi genetik, tetapi tidak dapat
digunakan untuk mutase yang tidak diketahui.

Mismatch Cleavage: Pada metode ini, tipe liar dan DNA termutasi dicampur
ke bentuk duplex DNA; DNA hetero-duplex memiliki pasangan basa yang
tidak cocok dibelah oleh enzim pembelah hetero-duplex seperti ENDO1.
Fragmen DNA diungkap oleh analisis elektroforesis. Metode ini dapat
memperbaiki contoh DNA dan untuk penyaringan mutan yang tidak dikenal.
10. Mengapa pemuliaan mutasi tidak menjadi prioritas utama pada kebanyakan
upaya perakitan varietas tanaman ?
Jawab :
Mutasi secara alamiah tidak mampu memberikan keragaman genetik secara
cepat dan akurat Induksi mutasi secara kimia atau fisik juga dapat memperluas
keragaman genetik tanaman melalui perubahan susunan gen yang berasal dari
tanaman itu sendiri. Proses induksi mutasi memiliki kekurangan dimana tanaman
yang telah melalui proses mutasi umumnya belum stabil. Ketika tanaman hasil
mutasi sudah sesuai dengan sifat yang diinginkan kemudian ditanam kembali,
belum tentu akan menghasilkan tanaman yang sama. Karena keberhasilan dari
proses mutasi hanya 1:1.000.000. oleh karena itu, proses induksi mutasi oleh
pemulia hanya di manfaatkan untuk mencari keragaman genetik, bukan untuk
sebagaibahan perbanyakan tanaman.

_____Selamat Belajar _____


Belajar Saat Ini Untuk Kehidupan Masa Depan