JOURNAL READING

Throat And Nasal Swabs For Molecular Detection Of Respiratory

Viruses In Acute Pharyngitis

Disusun Oleh :

Faza Faishal I 2012730042

Pembimbing:

dr.Frita Oktina ,Sp.THT-KL

KEPANITERAAN KLINIK ILMU THT

BLUD RS SEKARWANGI
FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH JAKARTA
2017
Throat And Nasal Swabs For Molecular Detection Of
Respiratory Viruses In Acute Pharyngitis

Deteksi virus pernapasan tertentu penting untuk program pengawasan, di mana swab
nasofaring atau hidung secara tradisional telah digunakan . Tujuan kami adalah untuk
menentukan apakah sampel dengan swab tenggorokan memberikan manfaat - saat tambahan
digunakan bersama dengan swab hidung - untuk mendeteksi virus pernafasan antara pasien
dengan faringitis akut dalam pengaturan rawat jalan .

Hasil

dari 83 mahasiswa dengan faringitis akut, kami mendeteksi virus pernapasan menggunakan
uji molekuler dengan dua sampel yang dikumpulkan dari setiap mahassiswa, dengan swab
hidung, swab tenggorokan. Empat puluh delapan pasien (58 %) memiliki sampel virus-
positif, 49 virus terdeteksi. (satu pasien memiliki co-infeksi virus ganda). Virus yang paling
sering ditemukan adalah rhinovirus, coronavirus, dan virus influenza A. Secara rinci, 29
positif virus yang terdeteksi oleh kedua tindakan swab, 14 dengan cara swab hidung, dan 6
dengan cara swab tenggorokan. 6 virus positif terdeteksi oleh swab tenggorokan,
menunjukkan peningkatan absolut dalam deteksi virus 7,1 % ( 95 % CI : 1,2-12,9 % ), secara
rinci, 4 rhinovirus dan 2 coronavirus virus terdeteksi.

kesimpulan

Kelompok sampel swab hidung virus pernapasan lebih banyak, bahkan di antara pasien
dengan keluhan utama adalah sakit tenggorokan. Kelompok swab tenggorokan mengalami
peningkatan nilai kenaikan sederhana atas dan di atas menggunakan kelompok hidung swab
konka media saja , yang menunjukkan bahwa sementara cairan tenggorokan saja tidak akan
cukup untuk pengawasan virus pernapasan , mereka mungkin memiliki kegunaan sebagai tes
tambahan .

Faringitis akut adalah salah satu penyakit yang paling umum yang pasien mengunjungi dokter
perawatan primer , akuntansi untuk 1-2 % dari semua kunjungan [ 1 , 2 ] . Untuk pasien ini ,
cairan tenggorokan terutama digunakan untuk mendeteksi Streptococcus pyogenes , atau
dikenal sebagai Grup A beta - hemolitik streptokokus ( GABHS ) ; Namun , sebagian besar
kasus faringitis akut karena virus . Deteksi virus tertentu, terutama influenza A , penting
untuk program pengawasan virus pernapasan , di mana penyeka nasofaring atau hidung
secara tradisional telah digunakan . Beberapa penelitian terbaru , bagaimanapun,
menunjukkan bahwa menggabungkan cairan tenggorokan ke dalam program-program ini
dapat meningkatkan sensitivitas untuk mendeteksi virus pernapasan [ 3 , 4 ] . Namun, untuk
pengetahuan kita , tidak ada penelitian yang diukur manfaat tambahan yang cairan
tenggorokan bisa memberikan pengawasan virus pernapasan .

tujuan utama kami adalah untuk menentukan apakah sampel dengan swab tenggorokan
memberikan manfaat-saat tambahan digunakan bersama dengan hidung swab-untuk
mendeteksi virus pernapasan di antara orang dewasa dengan faringitis akut. Kami
menggunakan swab hidung pertengahan turbinate berbondong-bondong, bukan dari swab
nasofaring berbondong-bondong, karena beberapa alasan. Pertama, penelitian kami dilakukan
dalam pengaturan rawat jalan, di mana pengambilan sampel nasofaring untuk virus
pernapasan tidak rutin terjadi. Selain itu, penelitian sebelumnya di kalangan orang dewasa
telah menunjukkan bahwa berbondong-bondong hidung penyeka pertengahan konka adalah
sebagai sensitif untuk pengujian virus pernapasan seperti berbondong-bondong penyeka
nasofaring, dan karena hidung penyeka pertengahan konka lebih nyaman dan dapat diterima
untuk pasien, penyeka ini lebih disukai untuk koleksi sampel dalam studi rawat jalan [5]. Ada
juga kapasitas pengambilan sampel sebanding antara berbondong-bondong nasofaring dan
berbondong-bondong penyeka hidung pertengahan konka dalam hal jumlah sel dan kadar
beta-aktin, ukuran kecukupan sampel [6]. Akhirnya, penyeka hidung secara rutin digunakan
untuk tujuan pengawasan virus pernapasan (fokus penelitian kami), seperti di setting untuk
influenza masyarakat. Dalam hal ukuran sampel, kita ditentukan apriori manfaat tambahan
mutlak 10% untuk deteksi virus (yaitu, 10 ekstra virus positif sampel terdeteksi oleh hanya
swab tenggorokan per 100 pasien) menjadi signifikan untuk tujuan surveilans virus
pernapasan. Untuk menunjukkan tingkat efek, kita diperlukan 77 pasien, dengan asumsi uji
dua sisi, = 0,05 dan kekuatan 80%. Tujuan sekunder kami adalah untuk menggambarkan
virus terdeteksi di antara pasien dengan faringitis akut menggunakan pengujian molekuler,
yang tidak rutin dilakukan secara klinis. Protokol penelitian telah disetujui oleh Dewan Etika
Penelitian di St. Joseph Kesehatan, Hamilton, Ontario, Kanada.

Dari September 2011 melalui Maret 2013 , kami merekrut siswa yang datang ke klinik
kesehatan kampus McMaster University yang berusia setidaknya 17 tahun , dilaporkan sakit
tenggorokan , disajikan dalam waktu tiga hari dari onset gejala ( untuk memaksimalkan
deteksi virus ) [ 7 ] , dan tidak memiliki penyakit serius bersamaan , sebagaimana dinilai oleh
penyedia layanan kesehatan mereka . Setelah memberikan persetujuan , pasien
menyelesaikan kuesioner tentang timbulnya penyakit dan keparahan tanda dan gejala ,
diadaptasi dari sebuah survei divalidasi sebelumnya [ 8 ] . Staf studi dilatih kemudian sampel
sisi kiri pasien tenggorokan dan amandel dengan swab tenggorokan rayon ( Copan Italia )
mereka ; lubang hidung sebelah kiri kemudian sampel menggunakan mid - konka hidung
swab berbondong-bondong ( FLOQSwabs ; Copan Italia ) . Kedua penyeka ditempatkan ke
media transportasi yang universal ( UTM ; Copan Italia ) dan dibekukan pada -80 C sampai
analisis . Tujuh hari kemudian , pasien e -mail survei tindak lanjut mengenai dampak dari
penyakit mereka pada mereka sehari- hari kehidupan .
Spesimen yang bets diekstrak menggunakan uji NucliSens easyMAG (bioMerieux Kanada;
St Laurent, Qubec) dan diuji untuk virus pernapasan menggunakan XTag pernapasan panel
virus (RVP) versi 1 (RVPv1, Luminex; Austin, TX), yang mendeteksi 16 jenis virus dan
subtipe [9]; dua multipleks real-time polymerase chain reaction (PCR) tes laboratorium
dikembangkan untuk adenovirus [10], metapneumovirus [11], respiratory syncytial virus
[12], dan influenza A dan B dan parainfluenza 1-3 [13] digunakan oleh Hamilton Program
Kedokteran Laboratorium regional untuk diagnosis virus pernapasan rutin; dan PCR reverse-
transcriptase untuk enterovirus dan rhinovirus [14]. Selain itu, informasi mengenai deteksi
spesies streptokokus beta-hemolitik (kelompok A, C dan G) -seperti didiagnosa oleh dokter
mengobati selama rutinitas perawatan-juga dikumpulkan per pasien dari klinik, yang tidak
menggunakan salah satu spesimen yang dikumpulkan dari penelitian kami. Sesuai standar
perawatan, klinik digunakan tes deteksi antigen cepat untuk GABHS (Rapid Response Strep-
A, BTNX; Markham, Ontario) dan / atau budaya anaerob pada 5% piring agar domba-darah
diikuti oleh Lancefield pengelompokan (PathoDx Strep Pengelompokan, Oxoid; Nepean,
Ontario). Selanjutnya, S. pyogenes terdeteksi menggunakan cairan tenggorokan dikumpulkan
dalam penelitian kami dengan PCR, menggunakan primer yang telah menunjukkan
sensitivitas tinggi dan spesifisitas [15].

Delapan puluh tiga pasien berpartisipasi , di antaranya 60 ( 72 % ) memiliki virus pernapasan

dan / atau beta - hemolytic streptococci terdeteksi dalam setidaknya satu sampel . Seperti
terlihat pada Tabel 1 , 48 pasien memiliki sampel virus - positif dan 20 memiliki streptokokus
positif sampel beta - hemolitik ( 17 GABHS dan tiga kelompok C ) ; ada delapan co - infeksi
virus - streptokokus dan satu co - infeksi virus ganda . Virus yang paling umum terdeteksi
adalah rhinovirus / enterovirus ( 22 pasien , di antaranya 18 dikonfirmasi sebagai rhinovirus ,
dan sisanya tidak bisa diselesaikan dan diasumsikan rhinovirus ) , coronavirus ( 10 pasien ) ,
dan influenza A ( 8 pasien ) . Tidak ada perbedaan yang menonjol mengenai presentasi klinis
dan satu minggu tindak lanjut antara pasien terdeteksi dengan streptokokus beta - hemolitik
dan berbagai virus ( Tabel 2 ) .

Dari 49 virus yang terdeteksi dengan baik pertengahan turbinate hidung atau tenggorokan
penyeka berbondong-bondong, 29 terdeteksi oleh kedua penyeka, 14 terdeteksi secara
eksklusif oleh swab hidung, dan enam terdeteksi secara eksklusif oleh swab tenggorokan,
menunjukkan virus bahwa swab hidung berbondong-bondong sampel baik bahkan di antara
pasien yang utama keluhan adalah sakit tenggorokan. Hasil antara dua penyeka yang sesuai
untuk 76% (63/83) dari pasien, dengan tingkat moderat perjanjian (Cohen kappa, 0,52; 95%
CI, 0,34-0,70).

Namun, karena swab tenggorokan rayon terdeteksi enam pasien virus-positif yang negatif
dalam sampel swab hidung, ada nilai kecil tambahan untuk penggunaannya, khususnya,
peningkatan mutlak dalam deteksi virus 7,1% (95% CI, 1,2-12,9% ). Virus tertentu terdeteksi
empat rhinovirus dan coronavirus dua. Manfaat tambahan sederhana ini sejalan dengan
penelitian terbaru pada anak-anak dan orang dewasa dengan influenza-like illness
menunjukkan bahwa sampel tenggorokan dalam hubungannya dengan nasofaring atau hidung
dapat meningkatkan sensitivitas untuk deteksi virus [3, 4]. Hal ini mungkin jika situs yang
optimal untuk deteksi (tenggorokan, hidung, atau nasofaring) bervariasi oleh virus, seperti
yang ditunjukkan dalam satu studi sebelumnya antara pasien dengan influenza seperti
penyakit dan penyakit pernapasan akut parah, yang ditemukan sensitivitas yang lebih tinggi
untuk deteksi untuk adenovirus dan influenza Sebuah di tenggorokan [4]. Oleh karena itu,
pengambilan sampel dengan cairan tenggorokan mungkin berharga dalam konteks
pengawasan virus pernapasan, dan pendekatan biaya-efektif mungkin untuk kolam hidung
dan tenggorokan usapan bersama-sama untuk gabungan pengolahan dan amplifikasi [13, 16].

Dari 49 virus Yang terdeteksi DENGAN Baik Pertengahan konka Hidung ATAU
tenggorokan penyeka bondong-bondong, 29 terdeteksi Diposkan kedua penyeka, 14
terdeteksi SECARA ekslusif Diposkan swab Hidung, Dan Enam terdeteksi SECARA ekslusif
Diposkan swab tenggorokan, virus menunjukkan bahwa swab Hidung bondong-bondong
sampel Baik bahkan di ANTARA Pasien Yang Utama Keluhan Adalah sakit tenggorokan.
Hasil ANTARA doa penyeka Yang Sesuai untuk review 76% (63/83) dari Pasien, with
Tingkat moderat perjanjian (Cohen kappa, 0,52; 95% CI, 0,34-0,70).

Namun, KARENA swab tenggorokan rayon terdeteksi Enam Pasien virus-positif Yang
negatif hearts sampel swab Hidung, ADA Nilai Kecil Tambahan untuk review
penggunaannya, khususnya, peningkatan Mutlak hearts DetEksi virus 7,1% (95% CI, 1,2-
12,9% ). Virus Tertentu terdeteksi empat dalam rhinovirus Dan coronavirus doa. Manfaat
Tambahan sederhana Suami sejalan DENGAN Penelitian terbaru PADA Anak-anak Dan
orangutan dewasa DENGAN penyakit influenza seperti menunjukkan bahwa sampel
tenggorokan hearts hubungannya DENGAN nasofaring ATAU Hidung DAPAT
meningkatkan sensitivitas untuk review DetEksi virus [3, 4]. Hal Suami mungkin jika situs
Yang untuk review DetEksi optimal (tenggorokan, Hidung, ATAU nasofaring) Bervariasi
Diposkan virus, Seperti Yang ditunjukkan hearts Satu studi menjabarkan sebelumnya
ANTARA Pasien DENGAN influenza seperti penyakit Dan penyakit pernapasan Akut Parah,
Yang ditemukan sensitivitas Yang LEBIH Tinggi untuk review DetEksi untuk review
adenovirus Dan influenza SEBUAH di tenggorokan [4]. Oleh KARENA ITU, Pengambilan
sampel DENGAN Cairan tenggorokan mungkin Berharga hearts Konteks Pengawasan virus
pernapasan, Dan pendekatan mencakup biaya-Efektif mungkin untuk review KOLAM
Hidung Dan tenggorokan usapan Bersama-sama untuk review Gabungan Pengolahan Dan
amplifikasi [13, 16].

Singkatnya , kami mengevaluasi tenggorokan rayon dan berbondong-bondong pertengahan

konka hidung penyeka untuk deteksi virus di kalangan orang dewasa muda dengan faringitis
akut . Virus pernapasan terdeteksi dalam mayoritas, khususnya rhinovirus , coronavirus , dan
influenza A. swab hidung sampel virus pernapasan dengan baik , bahkan di antara pasien
yang utama keluhan adalah sakit tenggorokan. Kami menemukan manfaat tambahan
sederhana untuk deteksi virus dengan swab tenggorokan atas dan di atas swab hidung sendiri
, yang menunjukkan bahwa sementara cairan tenggorokan saja tidak akan cukup untuk
pengawasan virus pernapasan , mereka mungkin memiliki nilai sebagai tes tambahan .