Anda di halaman 1dari 45

Tugas Kelompok

BIOLOGI SEL
MEKANISME PERBAIKAN DNA (DNA REPAIR) dan
REKOMBINASI DNA (DNA RECOMBINATION)

DOSEN MATA KULIAH :


Dra. Arni Amir, MS

DI SUSUN OLEH : ( KELOMPOK 4 )


Eka Safitri Yanti (1420332031)
Marisa Lia Anggraini (1420332032)
Dewi Ayu Ningsih (1420332033)
Tiyan Febriyani Lestari (1420332034)
Murdayah (1420332035)
Usna Maria Harahap (1420332036)
Welly Handayani (1420332037)
Nela Rahmawati (1420332038)
Rahmatul Ulya (1420332039)
Rika A (1420332034)

PROGRAM PASCASARJANA ILMU KEBIDANAN

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS ANDALAS PADANG

2015

i
ii
KATA PENGANTAR

Penulis mengucapkan syukur Alhamdulillah atas karunia Allah SWT, akhirnya tugas
makalah mata kuliah Biologi Sel dengan judul DNA repair dan DNA Recombination
dapat diselesaikan tepat pada waktunya.

Materi tugas ini diambil dari berbagai sumber ilmiah. Tugas ini disusun terutama
untuk memenuhi tugas mata kuliah Biologi Sel, dengan harapan dapat memperdalam
wawasan keilmuan penulis sebagai mahasiswa Pascasarjana Ilmu Kebidanan tentang DNA
repair dan DNA Recombination.

Penulis mengucapkan terima kasih kepada dosen mata kuliah Biologi Sel, ibu Dra.
Arni Amir, MS, yang telah memberi kesempatan dan bimbingan kepada penulis sehingga
dapat menyelesaikan makalah ini.

Penulis menyadari bahwa makalah ini masih jauh dari sempurna, oleh karena itu
penulis mengharapkan saran serta masukan yang bermanfaat dalam kesempurnaan makalah
ini.

Padang, Februari 2015

Penulis

iii
DAFTAR ISI

HALAMAN JUDUL ................................................................................................................. i


KATA PENGANTAR .............................................................................................................iii
DAFTAR ISI............................................................................................................................ iv

BAB I PENDAHULUAN......................................................................................................... 1
A. Latar Belakang ............................................................................................................................ 1
B. Rumusan Masalah ....................................................................................................................... 3
C. Tujuan ......................................................................................................................................... 3

BAB II PEMBAHASAN .......................................................................................................... 4


A. Mekanisme Perbaikan DNA (DNA Repair) ............................................................................... 4
1. Komponen yang Terlibat dalam Perbaikan DNA ................................................................... 5
2. Mekanisme Perbaikan DNA ................................................................................................... 6
3. Kegagalan Perbaikan DNA ................................................................................................... 17
B. DNA Rekombinan .................................................................................................................... 19
1. Fungsi Rekombinasi Genetik ................................................................................................ 19
2. Tipe Rekombinasi Genetik.................................................................................................... 19

BAB III PENUTUP ................................................................................................................ 40

DAFTAR PUSTAKA

iv
BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
DNA merupakan bahan genetik yang harus diturunkan kepada generasi
berikutnya. Terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gugus fosfat, gula 5-karbon
(deoksiribosa) dan basa nitrogen. DNA akan mengalami proses perbanyakan sebagai
salah satu tahapan sangat penting dalam proses pertumbuhan sel. DNA sebagai materi
genetik yang selalu mengalami berbagai reaksi kimia dan selalu melakukan copy DNA.
Perubahan struktur DNA ini disebut mutasi DNA yang dapat terjadi pada saat proses
replikasi DNA.
Thomas Carell dan Eva Burckstummer di Ludwig Maximillan University of
Munich, Jerman, telah membuat rantai-rantai DNA pendek yang mengandung lesi
(cacat/luka). Carell menjelaskan bahwa ini adalah kunci untuk memahami reparasi DNA.
Lesi-lesi yang terdapat pada DNA ini analog dengan lesi yang timbul apabila sinar UV
mengenai DNA yang tersimpan dalam spora seperti spora bakteri Bacillus. Di alam,
spora-spora ini bisa menjadi tidak aktif (dorman) selama bertahun-tahun, dengan
menyimpan DNA, tetapi kemudian hidup kembali.
Glen Burley, seorang ahli di bidang nanoteknologi DNA di Universitas
Leicester, Inggris, mengatakan bahwa penelitian ini menarik karena menemukan sebuah
metode untuk meneliti bagaimana spora bakteri mereparasi DNA yang rusak.
"Mekanisme yang terlibat perlu segera diketahui karena proses kerusakan DNA pada
spora berbeda dengan yang terjadi pada mamalia," kata dia. "Metode-metode ini
kemungkinan akan membuka pemahaman yang lebih besar tentang bagaimana spora bisa
bertahan hidup selama periode waktu yang lama dan pada kondisi-kondisi yang tidak
cocok misalnya pada sumber mata air panas atau dibawah keterpaparan sinar UV."
Carell menjelaskan bahwa walaupun proses reparasi pada spora berbeda, tetapi
fenomena pengenalan lesi oleh enzim bersifat umum. Enzim-enzim seperti ini juga
bekerja dalam sel-sel kita, sehingga pemahaman yang lebih mendalam tentang kelompok
enzim yang membingungkan ini diperlukan. Kegagalan-kegagalan reparasi DNA ini
bertanggung jawab untuk terjadinya mutasi yang selanjutnya mengarah pada situasi
seluler berbahaya yang bisa menghasilkan kanker.
DNA sebagai materi genetic yang selalu mengalami berbagai reaksi kimia dan
selalu melakukan kopi DNA. Perubahan struktur DNA ini disebut mutasi DNA yang
1
dapat terjadi pada saat proses replikasi DNA. Untuk menstabilkan hal tersebut maka
DNA memiliki kemampuan untuk memperbaiki (repair) kesalahan yang terjadi pada
dirinya sendiri. Jika mutasi DNA yang terjadi cukup banyak dan DNA tidak sempat
untuk memperbaiki (repair) dirinya sendiri maka akan terjadi kelainan ekspresi genetic
bahkan menyebabkan terjadinya penyakit genetik. Konsumsi makanan yang bergizi serta
istirahat yang cukup memungkinkan tubuh untuk dapat melakukan repair DNA.
DNA repair merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami
kerusakan / kesalahan yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak normal,
radiasi dengan sinar UV, radiasi ion, radiasi dengan bahan kimia, atau karena adanya
kesalahan dalam replikasi DNA. Mekanisme perbaikan yang terdapat ditingkat selular
secara garis besar disesuaikan dengan jenis kerusakan yang tentu saja terkait erat dengan
jenis factor penyebabnya. Sel-sel menggunakan mekanisme-mekanisme perbaikan DNA
untuk memperbaiki kesalahan-kesalahan pada sekuens basa molekul DNA. Kesalahan
dapat terjadi saat aktivitas selular normal, ataupun dinduksi. DNA merupakan sasaran
untuk berbagai kerusakan: baik eksternal agent maupun secara spontan. Apabila ada
kesalahan / kerusakan DNA, sel mempunyai dua pilihan : (1) Kesalahan tersebut
diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair. Namun apabila kesalahan yang ada
sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel memutuskan untuk beralih ke pilihan kedua.
(2) Apabila DNA tidak mampu diperbaiki lagi, akibat dari adanya kesalahan yang fatal
maka akan dimatikan daripada hidup membawa pengaruh yang buruk bagi lingkungan
sekelilingnya. Kemudian sel dengan DNA yang normal akan meneruskan perjalanan
untuk melengkapi siklus yang tersisa yaitu S (sintesis) G2 (Gap 2) dan M (Mitosis).
Rekombinasi DNA merupakan penyusunan kembali informasi genetic dalam
dan antara molekul DNA yang meliputi berbagai macam proses yang terletak secara
kolektif dibawah rekombinasi genetic. Pengertian tentang bagaimana penyususnan
kembali DNA terjadi menemukan penggunaan praktis seperti metode baru yang diteliti
para ilmuan untuk mengubah genom berbagai macam organisme.
Rekombinasi DNA ( rDNA ) adalah suatu upaya meletakkan DNA dari suatu
organisme kedalamDNA bakteri dengan menggabungkan dua atau lebih sekuens yang
biasanya tidak akan terjadi bersama-sama melalui penyambungan gen. Dalam hal
modifikasi genetik, itu diciptakan melalui pengenalan yang relevan DNA ke dalam DNA
organisme yang ada seperti plasmid dan bakteri, untuk kode atau mengubahciri yang
berbeda dengan tujuan tertentu seperti resistensi antibiotik. Ini berbeda dari

2
rekombinasigenetika dalam hal itu tidak terjadi melalui dalam sel, tetapi di rekayasa.
Sebuah protein rekombinan adalahsuatu protein yang dihasilkan dari DNA rekombinan.

B. Rumusan Masalah
Rumusan masalah dari makalah ini yaitu bagaimana proses terjadinya
mekanisme perbaikan DNA (DNA repair) dan rekombinasi DNA (DNA recombination)
?

C. Tujuan
Tujuan dari penyusunan makalah ini yaitu mampu memahami dan menjelaskan
mengenai proses mekanisme perbaikan DNA (DNA repair) dan rekombinani DNA
(DNA recombination), yang meliputi :

3
BAB II
PEMBAHASAN

A. Mekanisme Perbaikan DNA (DNA Repair)


Pemeliharaan integritas informasi di dalam molekul DNA sangat penting bagi
kelangsungan hidup spesies. Jadi dapat disimpulkan bahwa spesies yang bertahan hidup
berhasil menjalankan mekanisme untuk memperbaiki kerusakan DNA-nya yang terjadi
akibat kesalahan replikasi atau gangguan dari lingkungan.
DNA bukanlah substansi yang lemah, telah dilengkapi dengan mekanisme
tertentu yang mampu menetralisasi gangguan-gangguan yang terjadi sehingga tidak
membawa efek negatif. Mekanisme yang dimiliki DNA tersebut adalah mekanisme DNA
repair (perbaikan DNA) yang terjadi pada fase tertentu dalam siklus sel. DNA repair
merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami kerusakan/kesalahan yang
diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak normal, radiasi dengan sinar UV, radiasi
ion, radiasi bahan kimia atau dikarenakan adanya kesalahan dalam replikasi DNA.

Gambar 1. Proses kerusakan dan perbaikan DNA

Pada fase G1 (Gap 1) terdapat check point yaitu suatu tempat dimana susunan
DNA akan dikoreksi dengan seteliti-telitinya. Apabila ada kesalahan, sel mempunyai dua
4
pilihan : Pertama, kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair.
Namun, apabila kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel
memutuskan untuk mengambil pilihan kedua yaitu dimatikan daripada hidup
membawa pengaruh buruk bagi lingkungan sekelilingnya, saat itulah keputusan untuk
berapoptosis diambil. Sel dengan DNA normal akan meneruskan perjalanan untuk
melengkapi siklus yang tersisa yaitu S (Sintesis), G2 (Gap 2) dan M (Mitosis).
Kerusakan DNA akibat bahan kimia, fisik, dan lingkungan diklasifikasikan
menjadi empat tipe, yaitu:
1. Perubahan satu basa
a. Depurinasi
b. Deaminasi sitosin menjadi urasil
c. Deaminasi adenine menjadi hipoxantin
d. Alkilasi basa
e. Insersi atau delesi nukleotida
f. Penyertaan analog basa
2. Perubahan dua basa
a. Dimmer antartimin (pirimidin) yang diinduksi oleh sinar UV
b. Ikatan silang agen pengalkil bifungsional
3. Pemutusan rantai
a. Radiasi pengionan
b. Disintegrasi elemen rangka (tulang punggung) oleh radioaktivitas
c. Pembentukan radikal bebas oksidatif
4. Ikatan silang
a. Antara basa di untai yang sama atau berlawanan
b. Antara DNA dan molekul protein (mis. Histon)

1. Komponen yang Terlibat dalam Perbaikan DNA


Proses perbaikan DNA itu harus melibatkan berbagai macam komponen, yang
sangat berperan penting dalam mekanisme perbaikan DNA tersebut.
Tabel 1. Komponen yang terlibat dalam perbaikan DNA
Sistem
Enzim / Protein Sistem perbaikan Enzim / Protein
perbaikan
DNA glycosylase Dam methylase
AP endonuklease MutS, MutH,MutL
Base excision DNA polymerase I Exonuclease
DNA Ligase DNA Helicase II
Mismatch
UVrA, UvrB,UvrC DNA Polimerase
Nucleotid
DNA Polymerase I
Exicion
DNA Ligase DNA Ligase

5
2. Mekanisme Perbaikan DNA
Pada dasarnya perbaikan DNA dikelompokkan menjadi 3 yaitu damage reversal,
damage removal dan terakhir damage tolerance
a. Damage Reversal (Direct Damage Reversal/ Perbaikan Langsung DNA)
Kebanyakan kerusakan DNA diperbaiki dengan membuang bagian basa yang
rusak diikuti oleh resintesis dari bagian yang telah dibuang. Bagaimanapun, ada
beberapa bagian pada DNA yang dapat diperbaiki secara langsung karena lebih
efisien. Hanya beberapa tipe kerusakan DNA yang diperbaiki dengan cara ini,
khususnya dimer pirimidin akibat terpapar sinar ultraviolet (UV) dan residu
alkilasi guanine yang telah berubah oleh penambahan dari kelompok methyl atau
ethyl pada posisi O6 dari cincin purin.
1) DNA photolyase
Sinar UV merupakan salah satu sumebr yang paling banyak menyebabkan
kerusakan pada DNA. Telah dibuktikan bahwa sinar UV dapat menyebabkan
kanker kulit pada manusia. Kerusakan paling sering akibat sinar UV adalah
terbentuknya dimer pirimidin, dimana pirimidin yang berdekatan pada untai
yang sama pada DNA bergabung. Dimer ini akan mengubah struktur rantai
DNA dan menghambat transkripsi atau replikasi melalui bagian yang rusak.
Dimer timin akan melahkan ikatan hydrogen yang akan merubah struktur
double helix sehingga proses replikasi terganggu dan akan menyebabkan
timbulnya mutasi. Adanya dimer pirimidin ini akan mengaktifkan suatu proses
perbaikan dimana suatu kompleks protein enzim fotoreaktif yang dinamakan
DNA photolyase akan memutuskan dimer pirimidin ini tetapi tanpa
memutuskan ikatan fosfodiester antar nukleotida. Perubahan urutan akan
diperbaiki dengan pergantian sesama nukleotida dengan basa pirimidin, dan
akan diikuti proses penangkupan kembali celah yang semula tercipta. Proses
ini dinamakan dengan photoreactivation. Mekanisme ini tidak umum
didaptkan pada semua jenis makhluk hidup. Banyak spesies termasuk manusia
tidak mempunyai mekanisme ini dalam perbaikan DNA.

6
Gambar 2. Photoreactivation

2) O6-methylguanine-DNA-alkyltransferase
Bentuk lain dari direct repair adalah perbaikan karena kerusakan dari reaksi
antara agen alkilasi dan DNA. Alkylating agent adalah senyawa reaktif yang
dapat mentransfer kelompok methyl atau ethyl ke dalam basa DNA, oleh
karena itu merubah basa secara kimia. Jenis kerusakan ini khususnya
methylation dari posisi O6 pada guanine. Karena produk O6-mehylguanine,
membentuk pasangan basa komplementer dengan timin bukan dengan sitosin.
Kerusakan ini dapat diperbaiki dengan sebuah enzim yang dinamakan O6-
methylguanine methyltransferase yang mentransfer kelompok methyl dari O6-
methylguanine ke sebuah cystein dalam active site.

7
Gambar 3. O6-methylguanine-DNA-alkyltransferase

b. Damage Removal (Excision Repair)


Walaupun perbaikan langsung (direct repair) merupakan cara yang efisien untuk
memperbaiki kerusakan DNA, excision repair (mekanisme perbaikan dengan
pemotongan) merupakan perbaikan yang paling umum pada berbagai kerusakan
DNA. Oleh karena itu, berbagai tipe excision repair merupakan mekanisme paling
penting baik pada sel prokariot maupun eukariot. Pada excision repair, kerusakan
DNA ditemukan dan dibuang, baik itu basa maupun nukleotida. Bagian yang
hilang kemudian akan diisi dengan sintesis untai DNA yang baru menggunakan
untai komplementer yang tidak rusak sebagai template. Ada tiga tipe dari excision
repair yaitu base excision repair, nucleotide excision repair dan mismatch repair.

8
1) Base Excision Repair
Depurinasi DNA, yang terjadi secara
spontan karena labilitas termal ikatan N-
glikosida purin, terjadi dengan kecepatan
5.000-10.000/sel/hari pada suhu 370 C.
Enzim-enzim spesifik mengenali bagian
yang mengalami depurinasi dan
menggantikannya dengan purin yang secara
langsung, tanpa interupsi pada tulang
punggung phospodiester.
Basa sitosin, adenine, dan guanine di
DNA secara spontan membentuk, masing-
masing, urasil, hipoxantin, xantin. Karena
tidak ada satupun dari ketiga basa tersebut
yang terdapat di DNA pada keadaan normal,
tidaklah mengherankan jika N-glikosilase
spesifik dapat mengenali basa-basa
abnormal ini yang mengeluarkan sendiri
basa dari DNA. Pengeluaran ini menandai
letak kecacatan dan memungkinkan
endonuklase apurinik atau apirimidinik
memotong gula tanpa basa. Basa yang
sesuai kemudian memotong gula tanpa basa
ini. Basa yang sesuai kemudian dipasang Gambar 4. Base excision repair

oleh DNA polymerase, dan ligase memperbalikkan DNA ke keadaannya


semula. Rangkaian kejadian ini disebut base excision repair (perbaikan dengan
memotong basa). Dengan rangkaian langka serupa yang mula-mula
melibatkan defek, basa teralkilasi dan analog basa dapat dikeluarkan dari
DNA dan DNA dipulihkan kebentuknya semula. Mekanisme ini cocok untuk
menggantikan basa tunggal, tetapi tidak efektif untuk mengganti region DNA
yang rusak.
Basa-basa DNA dapat dirusak melalui deamination atau alkylation.
Tempat kerusakan basa tersebut disebut dengan "abasic site" atau "AP site".
Pada E.coli, enzim DNA glycosylase dapat mengenal AP site dan membuang
9
basanya. Kemudian AP endonuclease membuang AP site dan nucleotida
sekitarnya. Kekosongan akan diisi dengan bantuan DNA polymerase I dan
DNA ligase.

Gambar 5. Base Excison-repair DNA, enzim urasil DNA glikosilasil membuang urasil
yang terbentuk dari deaminasi spontan sitosin di DNA. Suatu endonuklease memotong
kerangka utama untai di dekat defek; lalu setelah endonuklease mengeluarkan
beberapa basa, defek tersebut diisi melalui kerja polimerasi dan untai tersebut kembali
dihubungkan oleh suatu ligase.

2) Nucleotide Excision Repair


Mekanisme ini digunakan untuk menggantikan suatu regio DNA
dengan panjang 30 bp yang mengalami kerusakan. Penyebab umum
kerusakan DNA semacam ini adalah sinar ultraviolet (UV), yang memicu
pembentukan dimmer antarpirimidin siklobutan, dan merokok, yang
menyebabkan pembentukan adduct (addition product) benzo [a]piren-
guanin. Radiasi pengion, obat kemoterapi kanker, dan berbagai bahan
kimia yang terdapat dilingkungan yang dan dapat menyebabkan modifikasi
basa, putusnya untai, ikatan silang antara basa di untai yang berhadapan
atau DNA dan protein, dan berbagai defek lain. Cacat-cacat ini diperbaiki
oleh suatu proses yang disebut perbaikan yang disebut eksisi nukleotida.

10
Proses rumit, yang melibatkan lebih banyak produk gen dibandingkan
dengan dua tipe perbaikan sebelumnya, pada dasar mencakup hidrolisis
dua ikatan phospodiester di untai yang mengandung kecacatan. Suatu
nuclease eksisi khusus (eksonuklease), yang terdiri dari paling sedikit tiga
subunit pada E. coli dan 16 polipeptida pada manusia, melaksanakan tugas
ini. Di sel eukariot, enzim-enzim memotong antara ikatan phospodiester
ketiga dan kelima 3 dari lesi, dan dari sisi 5 potongan terletak di suatu
tempat antara ikatan keduapuluh satu dan keduapuluh lima. Karena itu,
terjadi eksisi suatu fragmen DNA dengan panjang 27-29 nukleotida. Untai
yang dikeluarkan kemudian diganti, juga pembentukan pasangan basa
yang tepat, melalui kerja polymerase lain yang belum diketahui (/ pada
manusia), dan ujung-ujung untai disatukan dengan untai yang sudah ada
oleh DNA ligase.
Pada E. coli, protein UvrA, UvrB, dan UvrC berperan dalam
membuang nukleotida (dimer akibat UV light). Kemudian kekosongan
akan diisi dengan bantuan enzim DNA polymerase I dan DNA ligase.
Pada yeast, proteins Uvr's dikenal dengan nama RADxx ("RAD"
kependekan dari "radiation"), seperti RAD3, RAD10, dan lain-lain.

Gambar 6. Nucleotide excision repair

11
Gambar 7. Perbaikan-eksisi nukleotida (nukleotida excision repair). Mekanisme ini
digunakan untuk memperbaiki defek besar DNA dan umumnya melibatkan lebih
banyak protein disbanding mismatch repair atau perbaikan eksisi basa. Setelah
kelainan dideteksi (ditandai oleh XXXX) dan DNA yang mengandung kelainan
tersebut diraikan/(unwinding), suatu nuclease eksisi (eksinuklease) memotong DNA
disebelah hulu dan hilir dari bagian yang cacat. Celah ini kemudian diisi oleh
polymerase dan disambung kembali.

3) Mismatch Repair
Mismatch repair, memperbaiki kesalahan yang dibuat ketika DNA
disalin. Contohnya, C dapat terselip berhadapan dengan A, atau
polymerase dapat tergelincir atau tersendat dan menyisipkan dua
sampai lima basa tambahan yang tidak berpasangan. Protein-protein yang
spesifik memindai DNA yang baru dibentuk menggunakan methylasi
adenine di dalam sekuens GATC sebagai titik referensi. Untai cetakan
mengalami methylasi, dan untai yang baru dibentuk tidak demikian.
Perbedaan ini tidak memungkinkan enzim perbaikan mengidentifikasi
untai yang mengandung kesalahan nukleotida dan memerlukan
pergantian. Jika ditemukan ketidakcocokan atau lengkung kecil, suatu
GATC endonuklease memotong untai yang mengandung mutasi di tempat
yang berkorespondensi dengan GATC. Suatu eksonuklease kemudian
mencerna untai ini dari GATC dan melalui mutasi sehingga DNA yang

12
cacat tersebut dapat dibuang. Hal ini dapat berlangsung dari kedua ujung
jika cacat tersebut diapit oleh dua tempat GATC. Cacat ini kemudian di isi
oleh enzim sel normal sesuai aturan pembentukan pasangan basa.
Untuk memperbaiki basa yang tidak berpasangan harus diketahui
pasangan basa mana yang salah. Pada E. coli, ini dapat diketahui oleh
methylase yang disebut dengan Dam methylase, dimana dapat
memethylasi adenines yang terdapat pada urutan (5) GATC. Segera
sesudah replikasi DNA, template strand dimethylasi, tetapi strand yang
baru disintesa belum dimethylasi. Jadi antara template strand dan new
strand akan berbeda. Pada E. coli, diperlukan tiga protein (Mut S, Mut C,
dan Mut H) untuk mengenali mutasi dan memotong untai. Enzim lain di
dalam sel, termasuk ligase, 13olymerase, dan SSB mengeluarkan dan
mengganti untai.

Gambar 8. Mismatch repair

Dimulai dengan berikatannya protein MutS pada mismatched base


pairs. Kemudian MutL mengaktifkan MutH untuk bergabung bersama
pada urutan GATC. MutH akan membelah strand yang tidak dimethylasi

13
pada tempat GATC . Selanjutnya, segment dari tempat pembelahan akan
dibuang oleh enzim exonuclease (dengan bantuan enzim helicase II dan
SSB proteins).
Bila pembelahannya pada bagian 3' dari kerusakan, maka akan
dipotong oleh enzim exonuclease I dan bila pada bagian 5' oleh enzim
exonuclease VII atau RecJ untuk mendegradasi single tranded DNA.
Kekosongannya akan diisi dengan bantuan enzim DNA polymerase III
dan DNA ligase. Jarak antara tempat GATC dengan kerusakan bisa
mencapai sepanjang 1,000 base pairs .

Gambar 9. Mismatch repair DNA. Mekanisme ini memperbaiki kesalahan


pembentukan satu pasangan basa (mis. C dengan A, bukannya T dengan A)
atau sepotong pendek DNA yang tidak berpasangan. Bagian yang cacat
dikenali oleh suatu endonuklease yang melakukan pemotongan untai-tunggal
di sekuens GATC termethylasi. Untai DNA dikeluarkan melalui mutasi,
diganti, lalu disambung kembali.

14
c. Damage Tolerance
Pada excision repair, kerusakan yang terjadi hanya pada salah satu strand atau
untai DNA, sehingga kerusakan yang terjadi dikelompokkan dalam Single Strand
Break dan untuk memperbaiki kerusakan tersebut juga hanya dilakukan pada
untai yang mengalami kerusakan (Single Strand Break repair) baik dengan
pembuangan basa atau nukleotida. Pada kasus kerusakan DNA yang berat dapat
terjadi pemutusan dua untai sekaligus (Double Strand Breaks) dan untuk
memperbaiki ini ada dua cara yang dilakukan yaitu Non homologous End Joining
(NHEJ) dan Homologous Recombination (HR)
1) Non Homologous End Joining (NHEJ)
Perbaikan kerusakan untai ganda merupakan bagian dari proses
fisiologis tata ulang gen imunoglobulin. Perbaikan ini merupakan mekanisme
penting untuk memperbaiki DNA yang rusak, seperti yang terjadi akibat
radiasi pengion atau pembentukan radikal bebas oksidatif. Sebagian obat
kemoterapi merusak sel dengan merusak untai ganda atau perbaikannya.
Mula-mula terdapat dua protein yang berperan dalam penyatuan
kembali non homolog suatu kerusakan untai ganda. Ku, suatu heterodimer
subunit 70 kDa dan 86 kDa, berikatan dengan ujung-ujung bebas DNA
aktivitas helikase dependen-ATP laten. Heterodimer Ku yang berikatan
dengan DNA merekrut suatu protein kinase unit, protein kinase dependen
DNA (DNA PK). DNA-PK memiliki satu ikatan bagi ujung-ujung bebas DNA
dan satu tempat ikatan untuk dsDNA tepat di bagian dalam ujung-ujung unit.
Karena itu, enzim-enzim ini memungkinkan aproksimasi kedua ujung yang
terpisah. Ujung bebas kompleks DNA-Ku-DNA-PK membangkitkan aktivitas
kinnase pada ujung-ujung yang terpisah. DNA-PK secara timbale balik
memphosporilasi KU dan molekul DNA-PK lain di untai yang berlawanan,
ditrans. DNA-PK kemudian kemudian terlepas dari DNA dan KU,
menyebabkan aktivasi Ku helikase. Hal ini menyebabkan penguraian kedua
ujung DNA. DNA yang telah di urai dan sudah diaproksimasi kemudian
membentuk pasangan basa; kelebihan ekor nukleotida dibuang oleh
eksonuklease; dan celah yang ada di isi dan ditutup oleh DNA ligase.

15
Gambar10. Perbaikan kerusakan untai ganda DNA. Protein Ku dan
protein kinase dependen-DNA berikatan untuk mendekatkan kedua untai
dan menguraikannya. Fragmen-fragmen yang telah berjajar membentuk
pasangan basa; kelebihan ujung dikeluarkan, mungkin oleh endonuklease
atau eksonuklease terkait DNA-PK, dan celah kemudian diisi; dan
kontinuitas untai dipulihkan oleh ligase.

2) Homologous recombination (HR)


Pada rekombinasi homolog, proses
perbaikan tergantung pada keberadaan
rangkaian donor yang homolog (sister
kromatid, kromosom homolog atau rangkaian
lainnya) yang dapat digunakan untuk
mengganti secara tepat rangkaian yang hilang
dari DNA yang rusak. Rekombinasi homolog
digunakan untuk perbaikan DNA dan
rekombinasi miosis (meiotic recombination).
HR akan dibahas lebih lanjut pada bagian
Rekombinasi DNA (DNA Recombination) Gambar 11. Homologous
recombination

16
Gambar12. Perbandingan Double Strand Break (DSB) repair Non
Homologous End Joining (NHEJ) dan Homologous Recombination (HR)

3. Kegagalan Perbaikan DNA


Kadang-kadang mekanisme perbaikan DNA tidaklah cukup. Mutasi terkadang
tetap bertahan tidak terkoreksi sampai langkah selanjutnya dari replikasi DNA. Pada
titik ini (tergantung dari sifat alami dari mutasi), mutasi tersebut akan secara
permanen bergabung ke dalam genom.
Ketika DNA melakukan sintesis protein dari gen yang mengandung mutasi
(melalui transkripsi dan translasi), protein mutan mungkin akan berisi satu asam
amino yang tidak tepat. Ini mungkin bukan masalah besar, tetapi jika asam amino
tersebut krusial (mis: katalisis residu pada sisi aktif dari enzim) kemungkinan akan
menghasilkan protein yang tidak aktif. Malfungsi tersebut akan menyebabkan
masalah besar seperti kematian organism, penyekit genetic seperti cystic fibrosis atau
sickle cell anemia atau carcinogenic lesion.

17
Gambar 13. Kegagalan Perbaikan DNA

Secara singkat mekanisme perbaikan DNA dapat Anda lihat pada table berikut:
Tabel 2. Mekanisme perbaikan DNA
Mekanisme Masalah Solusi
Mismatch repair Kesalahan penyalinan Pemotongan untai yang
(Perbaikan ketidakcocokan) (lengkung tak berpasangan diarahkan oleh metal,
dengan dua sampai lima basa pencernaan oleh
atau satu basa) eksonuklease, dan
penggantian
Base excision repair Kerusakan satu basa yang Pengeluaran basa oleh N-
(Perbaikan dengan timbul spontan akibat bahan glikosilase, pengeluaran gula
memotong basa) kimia atau radiasi tanpa basa, penggantian

Nucleotide excision repair Kerusakan suatu segmen Pengeluaran oligomer sekitar


(Perbaikan dengan DNA secara spontan akibat 30 nukleotida dan
memotong nukleotida) bahan kimia atau radiasi penggantian

Double strand break repair Radiasi pengionan, Sinapsis, penguraian,


(Perbaikan kerusakan untai kemoterapi, radikal bebas penyusunan, dan ligasi.
ganda) oksidatif

18
B. DNA Rekombinan
Rekombinasi genetik adalah proses pertukaran elemen genetik yang dapat terjadi antara
untaian DNA yang berlainan (interstrand), atau antara bagian-bagian gen yang terletak
dalam satu untaian DNA (intrastrand). Dalam pengertian yang lebih sederhana,
rekombinasi genetik didefinisikan menjadi penggabungan gen dari satu atau lebih sel ke
sel target. Sel yang disisipi atau dimasuki gen dari luar atau dari sel lain disebut biakan
rekombinan. Penyusunan kembali informasi genetik dalam dan antara molekul DNA
yang meliputi berbagai macam proses yang terletak secara kolektif dibawah rekombinasi
genetik.

1. Fungsi Rekombinasi Genetik


Fungsi dari rekombinasi genetik bervariasi tergantung mekanismenya. Beberapa
fungsi rekombinasi genetik antara lain :
a. Memelihara perbedaan genetik
b. Sistem perbaikan DNA khusus
c. Regulasi ekspresi gen tertentu
d. Penyusunan kembali genetik yang diprogram selama perkembangan.

2. Tipe Rekombinasi Genetik


Secara garis besar ada tiga tipe rekombinasi genetik yang sudah banyak diketahui,
yaitu, (a) rekombinasi homolog/ umum, (b) rekombinasi khusus (site-specific
rekombination), dan (c) rekombinasi transposisi/ replikatif.
a. Rekombinasi Homolog/ Umum
Rekombinasi homolog menyebabkan terjadinya pertukaran antarmolekul DNA
yang merupakan homologi urutan nukleotida cukup besar. Ciri khusus rekombinasi
homolog adalah bahwa proses tersebut dapat terjadi setiap titik di daerah homologi.
Rekombinasi terjadi melalui tahap pemotongan untaian DNA yang kemudian
diikuti dengan proses penggabungan kembali. Rekombinasi antarkromosom
melibatkan proses pertukaran secara fisik antara bagian-bagian kromosom. Proses
rekombinasi terjadi secara akurat sehingga tidak ada satupun pasangan basa
nukleotida yang hilang atau ditambahkan ke dalam kromosom rekombinan. Proses
pertukaran tersebut menyebabkan terbentuknya struktur yang dapat terlihat sebagai
kiasma (chiasma) pada waktu meiosis. Kiasma merupakan tempat pemotongan dan
penggabungan kembali untai DNA, yaitu ketika dua kromatid yang berbeda (non-
19
sister chromatids) terpotong dan tergabungkan satu sama lain. Proses rekombinasi
dimulai dengan terjadinya pemotongan untai DNA kedua kromosom pada
tempat yang sama oleh aktivitas nuklease. Rekombinasi homolog dimulai
ketika dua kromosom homolog terletak berdekatan satu sama lain sehingga
urutan nukleotida yang homolog dapat dipertukarkan. Kontak antara dua
pasang kromosom tersebut, disebut sebagai proses sinapsis, terjadi pada awal
meiosis yaitu pada profase.

Pada bakteri escherichia coli enzim nuklease tersebut dikode oleh gen recB dan
recC yang masing-masing bertanggung jawab dalam sintesis eksonuklease V (135
kDalton) dan eksonuklease V (kDalton). Pemotongan tersebut hanya pada salah
satu untai DNA dari kedua DNA untai ganda kromosom. Dengan adanya aktivitas
nuklease tersebut maka untai DNA akan mengalami terbuka dan menjadi untai
tunggal. Protein SBB (single-stranded binding poptein) akan menstabilkan bagian
DNA untai tunggal yang telah terbuka. Protein gen regA juga dapat mengkode
protein lain selain protein SBB yang dapat berikatan dengan bagian untai tunggal
tersebut. Bagian-bagian untai tunggal kemudian akan meninggalkan untai DNA
pasangannya yang kemudian menuju untaian DNA yang komplementer
(renaturasi) untuk berpasangan sehingga terjadi pindah silang (crossing-over).
Protein gen regA berfungsi sebagai pengkatalisis pada proses penemuan untaian
DNA yang komplementer dan renaturasi DNA untai-tunggal menjadi untai tunggal
yang juga diikuti oleh proses hidrolisis ATP. Jika untaian-untaian DNA sudah
terjadi pertukaran, maka untaian DNA tersebut dapat berjalan bergerak sepanjang
untaian ganda DNA dan menggantikan salah satu untai DNA sehingga terjadi
migrasi cabang (branch migration). Proses migrasi ini juga dikatalisis oleh
hidrolisis DNA oleh protein regA.

Setelah terjadi migrasi cabang, struktur molekul kroomosom yang mengalami


rekombinasi harus diuraikan lagi sehingga dapat menghasilkan molekul
rekombinan. Hal ini terjadi dengan adanya pemotongan kedua kali oleh aktivitas
nuklease yang hasilnya direparasi sehingga terbentuk molekul rekombinan.

Eksonuklease VIII diperkirakan dapat menggantikan aktivitas eksonuklease V


(regBC) sehingga diperoleh dua jalur jalur rekomendasi yaitu jalur regBC dan jalur
20
regF. Proses rekomendasi yang tergantung pada produk gen recF diketahui terjadi
dengan frekuensi yang lebih tinggi pada mutan gen regBC yang juga mempunyai
mutasi lain pada gen sbcB (gen struktural eksonuklease I).

Model mengenai mekanisme rekombinasi yang banyak dipakai saat ini dan banyak
diterima adalah model yang diajukan oleh Robin Holliday (model holliday), yang
memiliki asumsi bahwa terjadi dua pemotongan pada posisi yang tepat saling
berhadapan pada untaian DNA homolog. seperti gambar dibawah ini.

Gambar 14. Skema rekombinasi merurut model Holiday

21
Selain model Holliday, dikenal jugan model lain yaitu Rekombinasi Model
Meselson-Radding. Model ini mengasumsikan bahwa rekombinasi model yang
disampaikan oleh Robin Holliday (model holliday) nampaknya sulit untuk terjadi
mengingat kemungkinan untuk terjadi kedua pemotongan seperti tersebut sangat
kecil, sehingga Matthew Meselson dan Charles Radding pada tahun 1975
mengusulkan model alternatif dalam menjelaskan proses rekombinasi. Model ini
menjelaskan bahwa terjadi replikasi pada daerah takik (nick) salah satu untaiian
DNA yang menyebabkan terjadinya penggusuran untaian DNA, yang kemudian
untaian DNA yang tergusur tersebut selanjutnya dapat menginvasi DNA homolog
dan berpasangan dengan salah satu untaian DNA sekaligus menggusur untaan
DNA homolog yang lain. DNA yang tergusur tersebut akan membentuk D-loop,
yang selanjutnya akan dihilangkan sehingga terjadi migrasi cabang. Setelah terjadi
migrasi cabangbarulah terbentuk persimpangan Holliday (Holliday junction).

Selain mekanisme tersebut, Radding juga mengusulkan bahwa terdapat mekanisme


alternatif lain yaitu adanya celah (gap) pada salah satu untaian DNA menyebabkan
terjadinya pasangan antara DNA dupleks yang mempunyai celah dengan salah satu
untaian DNA dupleks yang lain. Invasi salah satu untaian DNA ke untaian DNA
homolog tersebut kemudian diikuti dengan replikasi. Setelah terjadi replikasi
kemudian akan diikuti oleh migrasi cabang dan akhirnya terbentuk persimpangan
Holliday, seperti gambar dibawah ini.

22
Gambar 15. Skema rekombinasi menurut model Meselson - Radding

23
b. Rekombinasi khusus (Site-Specific Rekombination)
Rekomendasi khusus (Site-Specific Rekombination) hanya terjadi pada tempat
khusus didalam segmen molekul DNA. Pertukaran materi genetik dilakukan ileh
protein khusus yang mengkatalisis pemotongan dan penggabungan molekul DNA
secara tepat pada tempat terjadinya rekombinasi. Proses rekomendasi khusus ini
tidak tergantung pada protein recA. Terdapat beberapa ciri dari rekomendasi
khusus ini, yaitu :
1. Proses rekomendasi terjadi ditempat khusus pada kedua fragnmen DNA
2. Rekomendasi berlangsung timbal balik (reciprocal) yaitu kedua hasil pertukaran
genetik tersebut dapat diperoleh kembali
3. Rekomendasi terjadi secara konservatif, yaitu proses pertukaran genetik tersebut
dilakukan melalui pemotongan dan penyambungan kembali bagian DNA yang
berekomendasi tanpa ada sintesis nukleotida baru
4. Bagian yang mengalami rekomendasi tersebut mempunyai homologi dalam hal
nukleotida

Proses rekombinasi khusus dimulai dengan terjadinya pemotongan bagian DNA


yang akan berekomendasi pada daerah yang mempunyai homologi sehingga
dihasilkan ujung lekat (sticky end). Kedua ujung lekat pada kedua fragmen DNA
yang berkombinasi tersebut kemudian mengalami pertukaran untai DNA sehingga
akan terbentuk konfigurasi rekombinan.

Salah satu contoh penting rekomendasi khusus adalah integrasi dan pemotongan
materi genetik bakteriofag lisogenik, misalnya bakteriofag lambda, kedalam dan
keluar dari kromosom bakteri inang. Dalam siklus lisogenik bakteriofag lambda,
molekul DNA lambda disisipkan atau diintegrasikan ke dalam kromosom bakteri
sehingga terbentuk proofag. Tahap tersebut kemudian diikuti dengan represi untuk
mencegah sintesis protein bakteriofag yang dapat menghambat atau mematikan
bakteri inang. Integrasi DNA lambda tersebut ke dalam kromosom Escherichia coli
terjadi pada tempat khusus yaitu diantara operon gal dan operon bio (biotin) yang
biasa disebut dengan tempat pengikatan lambda (lambda attachment site, att).
Skema dasar mekanisme DNA lambda ke dalam kromosom E. coli seperti
gambar dibawah ini

24
Bacteriofag lambda

E. coli

Gambar 16. Skema dasar mekanisme integrasi DNA lambda


kedalam kromosom E. coli

Bagian kromosom E. coli yang menjadi tempat integrasi lambda adalah attB,
sedangkan bagian DNA lambda tempat terjadinya rekomendasi disebut sebagai
attP. Pada bakteriofag, daerah integrasi tersebut dikenal sebagi fragmen POP,
yaitu terdiri atas segmen O yang diapit oleh dua urutan nukleotida yang berbeda (P
dan P). sedangkan pada bakteri daerah tersebut dikenal sebagai fragmen BOB.
Kedua tempat att tersebut mempunyai homologi yang terdiri atas 15 nukleotida
(disebut sebagai segmen O baik pada bakteriofag maupun pada bakteri inang) yang
merupakan urutan nukleotida inti (core sequence). Urutan nukleotida pada daerah
att adalah sebagai berikut :
att pada lambda TTCAGCTTT TT TATACTAA GTTG
AAGTCGAAA AA ATATGATT CAAC
POP

att pada bakteri GCCTGCTT TTTTAT ACTAA CTTG


CGGACGAA AAAATA TGATT GAAC
BOB

25
Jika terjadi rekomendasi maka akan dihasilkan rekomendasi sebagai berikut :

GCCTGCTTTT TTATA CTAA GTTG TTCA GCT TT TTTATACTAA CTTG


CGGACGAAAAAATAT GATT CAAC AAGT CGA AA AAATATGATT GAAC
Profag

Setelah terintegrasikan ke dalam kromosom bakteri, maka DNA lambda


(profag) tersebut akan diapit oleh dua att, yaitu attL dan attR, yang masing-
masing merupakan hibrid antara attP dan attB. Poses integrasi tersebut
dikatalisis oleh enzim yang merupakan produk gen int pada lambda yaitu protein
int yang dikenal sebagai integrase. Enzin ini mempunyai aktivitas untuk mengikat
DNA (DNA-binding activity) dan merupakan topoisomerase I. selain integrase,
proses integrasi juga memerlukan protein yang sintesisnya dikode oleh sel inang
yaitu protein IHF (Integration host factor). Protein IHF terdiri atas dua polipeptida
yang dikode oleh gen himA dan gen hip. Baik integrase maupun IHF adalah protein
yang berikatan dengan DNA pada tempat tertentu, yaituu pada daerah att. Integrase
akan berikatan baik dengan attP maupun attB, sedangkan IHF hanya akan
berikatan dengan attP. Suatu kompleks yang terdiri atas integrase, IHF, dan daerah
att adalah satu kesatuan tempat berlangsungnya rekombinasi.

Jika bakteri lisogenik (membawa DNA lambda) tersebut mengalami kerusakan,


misalnya karena radiasi ultraviolet, maka genoom profag tersebut akan dipotong
dari kromosom bakteri inang (induksi profag) sehingga bakteriofag akan memulai
siklus hidup litik. Pemotongan genom profag dilakukan dengan melalui
rekombinasi khusus antara bagian att hibrid, yaitu attL dan attR. Pemotongan
tersebut memerlukan protein integrase (Int), IHF, dan protein lain yang sintesisnya
dikode oleh bakteriofag yaitu protein Xis (eksisionase). Xis juga memerlukan
protein yang berikatan dengan DNA pada daerah tertentu, yaitu pada attL dan attR.
Proses pemotongan tersebut sebenarnya merupakan kebalikan dari proses integrasi,
yaitu dalam hal ini rekomendasi antara attL dan attR untuk menghasilkan kembali
attP dan attB. Meskipun demikian, secara mekanistik proses pemotongan tersebut

26
merupakan proses yang analog dengan proses rekomendasi integratif. Dengan
demikian reaksi yang terjadi pada att dapat dituliskan sebagai berikut :

Int

BOB + POP BOP + POB
Int, Xis

Xis yang membentuk kompleks dengan Int tidak dapat mengkatalisis reaksi ke
kanan, sehingga Xis ada dalam jumlah berlebihan maka pemotongan merupakan
reaksi yang tidak dapat balik. Hasil pemotongan profag dari kromosom E. coli
adalah satu kromosom utuh dan satu molekul DNA lambda lingkar.

Dalam beberapa genom, rekombinasi khusus digunakan untuk mengendalikan


ekspresi gen, misalnya dalam sintesis flagelin (subunit prptein pembentuk flagel)
pada Salmonella typhimurium. Banyak spesies Salmonella bersifat difasik
(diphasic) karena mempunyai dua gen nonalel yang bertanggung jawab terhadap
sintesis flagelin. Flagelin yang disintesis dapat berupa tipe H1 jika bakteri tersebut
berada dalam fase 1, atau flagelin tipe H2 pada fase 2. Transisi antara fase 1 dan
fase 2 (variasi fase) terjadi sekali setiap 1.000 kali pembelahan sel. Gen H2
terletak didekat gen represor untuk sintesis H1 tidak akan terekspresikan karena
ada sintesis represor H1. Sebaliknya, pada fase 1, tidak ada sintesis H2 maupun
represor H1 sehingga gen H1 akan terekspresikan.

Mekanisme pengaturan sintesis flagelin H1 dan H2 tersebut ditentukan oleh suatu


segmen nukleotida (gen hin, 995 bp) yang diapit oleh dua urutan nukleotida
berulang (inverted repeats, 14 bp) yaitu IRL dan IRR. Segmen nukleotida tersebut
disebut sebagai daerah inversi. Dengan adanya rekombinasi antara IRL dan IRR
yang dikatalisis oleh protein Hin, maka akan terjadi inversi. Inversi tersebut akan
menyebabkan pembalikan orientasi promotor sehingga promotor tersebut tidak lagi
mengendalikan sintesis H2 dan represor H1. Dengan demikian gen flagelin H1
akan terekspresikan karena tidak ada represor.

27
Konversi Gen
Jika suatu fungsi mengalami sporulasi, misalnya pada Neurospora crassa, maka
akan terjadi proses fusi (peleburan) dua inti haploid menjadi inti diploid. Inti
diploid tersebut jika mengalami meiosis akan menghasilkan empat inti haploid lagi.
Jika keempat inti itu mengalami pembelahan mitosis, maka akan dihasilkan
delapan inti haploid pada spora fungi. Secara teoritis, hasil mitosis tersebut akan
menghasilkan jumlah alel yang sama jika kedua alel tersebut berbeda. Misalnya,
jika salah satu alel adalah A dan alel lainnya adalah a, maka seharusnya alel A
akan berjumlah empat, demikian juga alel a. hasil eksperimen menunjukan bahwa
sel semacam ini tidak selalu terjadi karena seringkali terdapat jumlah alel A dan
alel a yang tidak sama, misalnya lima alel A dan tiga alel a. fenomena tersebut
terjadi karena adanya perubahan (konversi) dari alel a menjadi alel A sehingga
nisbah (rasio) kedua alel tersebut tidak 1 : 1. Fenomena perubahan alel (urutan
nukleotida) inilah yang di sebut sebagai konversi gen.

Pada N. crassa, konversi gen terjadi pada saat kromosom mengalami rekombinasi
(pertukaran untaian DNA dan migrasi cabang) sehingga menghasilkan DNA
heterodupleks yang urutan DNA-nya mengalami perubahan pada daerah tertentu
sehingga terjadi perbedaan satu basa DNA antara alel A dan alel a. sebelum terjadi
replikasi DNA, salah satu untaian DNA mengalami reparasi untuk memperbaiki
DNA heterodupleks yang mempunyai kesalahan dalam urutan DNA nya. Reparasi
tersebut menyebabkan bagian salah satu alel, misalnya a, berubah menjadi A,
sedangkan untaian DNA yang lain tidak mengalami reparasi. Untaian DNA yang
mengalami reparasi maupuun yang tidak di reparasi selanjutnya akan di replikasi.
Dengan demikian, maka akhirnya jumlah alel A akan menjadi lebih banyak
daripada alel a karena adanya penambahan alel A dari hasil konversi gen tersebut.

28
A
A Reparasi Replikasi

A
a

A A
Tidak direparasi Replikasi

a
a

Gambar 17. Skema proses konversi gen

Rekombinasi Meitotik
Rekombinasi meitotik adalah proses rekombinasi yang terjadi pada jasad eukaryot
pada saat terjadi proses meiosis. Proses rekombinasi meiotik memiliki kemiripan
dengan proses rekombinasi homolog pada beberapa hal meskipun pada beberapa
tahap awalnya berbeda. Proses rekombinasi meiotik pada eukaryot dimulai dengan
adanya pemotongan dua untai DNA (double-strand break) yang ada pada salah
satu kromosom. Ujung-ujung 5 yang terbentuk karena pemotongan tersebut
kemudian dipotong oleh eksonuklease dengan arah 5 3 sehingga terbentuk
ujung 3 yang terbuka. Salah satu ujung 3 tersebut kemudian menginvasi DNA
dupleks yang lain sehingga terbentuk D-loop. Sementara ujung 3 yang lain
diperpanjang dengan proses sintesis dengan orientasi 5 3 sebagai proses
reparasi untuk mengisi celah yang terbentuk akibat pemotongan kedua untai DNA.
Pada saat yang brersamaan terjadi pembesaran ukuran D-loop. Ujung 3 yang
menginvasi dupleks yang lain kemudian diperpanjang dengan proses sintesis.
Setelah itu terjadi migrasi cabang kedua arah sehingga terbentuk persimpangn
Holliday. Persimpangan Holliday tersebut akhirnya akan diuraikan sehingga
dihasilkan rekombinan.

Perlu diketahui bahwa sebagian besar tahapan yang dikemukakan dalam mdel
hipotetik tersebut didukung oleh bukti eksperimental, namum beberapa hal
bertentangan dengan hasil pembuktian eksperimental. Sebagai contoh, model
rekombinasi meiotik yang dikemukakan menyebutkan bahwa DNA hibrid akan
29
dihasilkan pada kedua untai DNA yang mengalami pemotongan kedua untainya
tersebut. Meskipun demikian, bukti eksperimental dengan pendekata genetis
membuktikan bahwa DNA hibrid hanya terbentuk pada salah satu untai DNA yang
mengalami pemotongan kedua untainya. Dalam beberapa kasus, hibrid DNA
terbentuk pada kedua untai DNA yang mengalami pemotongan, tetapi hal ini hanya
terjadi pada kromatid yang sama, bukan pada kedua kromatid seperti yang
diramalkan oleh model hipotetik tersebut.

Gambar 18. Skema transposisi meiotik

c. Rekombinasi Transposisi/Replikatif
Selain melalui mekanisme rekombinasi homolog dan rekombinasi khusus,
rekomebinasi genetik juga dapat terjadi melalui proses transposisi. Transposisi
adalah suatu proses perpindahan elemen genetik dari satu lokus dalam suatu
kromosom, plasmid, atau genom virus, kebagian lain suatu kromosom yang sama,
atau bahkan ke dalam suatu lokus kromosom yang lain. Elemen genetik yang
30
berpindah tersebut dapat berupa satu gen atau beberapa gen yang bertaut (lingked)
dan dikenal sebagai elemen genetik yang dapat bertransposisi. Elemen genetik
yang dapat bertransposisi tersebut ditemukan baik dalam prokariot, eukariot,
maupun dalam bakteriofag. Semua transposon membawa kode genetik untuk satu
atau lebih dari satu protein yang diperlukan untuk transposisi. Disamping itu,
beberapa transposon juga membawa gen lain yang menghasilkan fenotipe tertentu,
misalnya ketahanan terhadapantibiotik tertentu.

Pengelompokan Transposon
Transposon merupakan DNA segmen, yang ditemukan hampir pada semua
sel, yang berpindah atau loncat dari satu tempat di kromosom (tempat donor) ke
tempat yang lain pada kromosom yang sama atau berebeda (tempat target).
Berdasarkan atas mekanisme perpindahan (transposisi), transpososn dibedakan
menjadi tiga kategori, yaitu :
1. Transposon potong-tempel (cut and paste transposon)
Tranpososn ini dapat berpindah dari satu lokus ke lokus lain dengan cara
dipotong dari suatu lokus pada kromosom dan ditempelkan pada lokus yang lain
yang dapat terletak pada kromosom yang berbeda.

Gambar 19. Transposon potong-tempel


31
2. Transpon replikatif (replicatif transposon)
Transposon ini mengalami transposisi dengan melibatkan proses replikasi
elemen DNA transposon. Enzim transposase yang dikode oleh elemen genetik
tersebut berperan didalam proses interaksi dengan sisi tempat penyisipan
transposon. Dalam interaksi tersebut elemen DNA transposon di replikasi dan
salah satu turunan (copy) disisipkan pada sisi baru sedangkan elemen DNA
aslinya tetap berada disisi semula.

Gambar 20. Transposon replikatif (replicatif transposon)

3. Retrotransposon
Transposon ini dapat mengalami transposisi dengan cara melakukan proses
transkripsi balik (reverse transcription) untuk mengubah elemen genetik berupa
RNA menjadi DNA. Proses ini dikatalisis oleh enzim transkriptase balik
(reverse transcriptase). Setelah DNA terbentuk, dilakukan penyisipan kedalam
sisi target. Beberapa elemen genetik yang mengalami transposisi dengan cara ini
mempunyai kaitan dengan retrovirus sehingga transposon seperti ini juga sering
disebut elemen yang mempunyai retrivirus (retrovirus like elements).

32
Gambar 21. Retrotransposon

Transposon pada Prokaryot

Pada jasat prokaryot (E. coli) deketahui terdapat empat komponen elemen genetik
yang dapat bertransposisi, yaitu :
1. Sekuens penyisip (insertion sequences, IS)
Merupakan suatu urutan nukleotida yang tidak mempunyai fungsi lain untuk proses
transposisi sekuense itu sendiri. Sekuens penyisip merupakan transposon paling
sederhana. Sekuens semacam ini memiliki urutan nukleotida berulang-balik
(inverted repeat) pada kedua ujungnya yang berukuran sekitar 9-40 nukleotida, dan
satu gen yang mengkode sintesis enzim transposase yang mengkatalisis proses
transposisi. Elemen IS biasanya berukuran kurang dari 2.500 pasangan basa.
Elemen IS yang paling kecil yang diketahui atas 768 pasangan nukleotida.

Pada waktu elemen IS menyisip kedalam DNA target , akan terjadi duplikasi
sebagian urutan DNA pada sisi penyisipan. Satu turunan hasil duplikasi terletak
dikedua ujung elemen IS. Hasil duplikasi tersebut berupa urutan nukleotida
pendek, sekitar 2-13 pasangan nukleotida yang berpupa urutan berulang-langsung

33
(direct repeat), dan disebut sebagai duplikasi sisi target (target site duplication).
Dibawah ini skema proses duplikasi sisi target pada elemen IS.

ACCGTCGGCAT CA Kedua untaian DNA dipotong


TGGCAGCCGTAGT pada titik yang berbeda

Elemen IS disisipkan pada daerah


diantara titik pemotongan

IS
ACGGTCGGCAT CA
TG GCAGCCGTAGT

Sintesis DNA untuk mengisi celah


(huruf bergaris bawah)
IS
ACGGTCGGCAT CGTCGGCATCA
TGCCAGCCGTA GCAGCCGTAGT

Gambar 22. Skema proses duplikasi sisi target pada elemen IS

Jika elemen IS terdapat pada plasmid dan kromosom bakteri, maka hal ini
memungkinkan terjadinya rekomendasi homolog antar DNA yang berbeda.
Rekomendasi seperti itilah yan berperan dalam proses integrasi plasmid F ke dalam
kromosom bakteri. Jika plasmid dan kromosom mengalami rekombinasi, maka
plasmid yang berukuran lebih kecil akan terintegrasi kedalam kromosom.

2. Transposon komposit (diberi simbol Tn)


Merupakan suatu transposon yang selain membawa fungsi transposisi, juga membawa
gen lain, misalnya gen ketahanan terhadap antibiotik. Transposon ini juga termasuk
tipe transposon potong-tempel. Transposon komposit tersusun atas dua duplikat
elemen IS yang identik atau hampir identik yang mengapit bagian sentral. Bagian
sentral suatu transposit kemudian merupakan segmen DNA yang merupakan penanda
genetik tertentu. Elemen-elemen IS pada transposon komposit dapat berupa urutan
nukleotida berulang dengan orientasi yang sama (nukleotida berulang-langsung, direct
repeat), atau berupa urutan nukleotida berulang-balik (inverted repeat). Kemampuan
untuk transposisi ditentukan oleh elemen ID tersebut. Pada Tn9, elemen IS yang
mengapit bagian sentral mempunyai orientasi yang sama, sedangkan pada Tn5 dan
Tn10 orientasi elemen IS nya berkebalikan. Terkadang elemen IS yang mengapit

34
bagian sentral tersebut tidak sepenuhnya identik. Perbedaan tersebut disebabkan oleh
adanya perbedaan satu nukleotida diantara kedua elemen tersebut.
3. Elemen Tn3
Merupakan kelompok transposon yang berukuran lebih besar daripada elemen IS
dan pada umumnya membawa gen lain yang tidak berperan dalam proses
transposisi, misalnya pada transposisi komposit. Elemen Tn3 berbeda dari
transposon komposit karena Tn3 tidak mempunyai elemen IS pada keduua
ujungnya, melainkan berupa skuens berulang-nalik sederhana berukuran sekitar 30-
40 nukleotida. Selain itu, Tn3 juga menghasilkan duplikassi sisi target pada waktu
menyisip ke bagian target. Pada elemen Tn3 terdapat tiga gen, yaitu tnpA
mengkode transposase, tnpR mengkode resolvase/represor, dan bla mengkode beta
laktamase.

Proses transposisi Tn3 dilakukan dengan mekanisme replikasi melalui


pembentukan struktur cointegrate. Selama proses ini transposon direplikasi dan
salah satu turunannya disisipkan pada sisi target.pada tahapan kedua proses
transposisi, enzim resolvase yang dikode oleh tnpR mengkatalisis prpses
rekombinasi khusus (site-specific recombination) diantara kedua elemen Tn3.
Kejadian ini berlangsung didaerah res (resolution site). Pada akhirnya, dihasilkan
dua urutan transposon. Produk gen tnR juga memiliki fungsi lain, yaitu sebagai
represor untuk transposase dan resolvase. Proses penekanan sintesis protein
tersebut terjadi karena sisi res terletak didaerah antara gen tnpA dan tnpR. Adanya
pengikatan represor pada daerah res menyebabkan transkripsi kedua gen tersebut
ditekan sehingga elemen Tn3 cenderung bersifat tidak aktif. Transposisi pada
bakteri memiliki makna yang penting dari sisi media karena banyak transpon yang
membawa gen resistensi terhadap antibiotik. Jika transpon yang membawa gen
resistensi terhadap antibiotik tersebut menyisip kedalam molekul DNA yang lain,
misalnya plasmid, hal ini akan menyebabkan resistensi baik secara horisontal
maupun vertikal ke sel atau populasi bakteri yang lain.
4. Bakteriofag Mu (Mutator)
Merupakan suatu bakteriofag lisogenik yang menggunakan proses transposisi
sebagai cara hidupnya.bakteriofag Mu merupakan virus temperate yang genomnya
mempunyai banyak kesamaan dengan elemen IS. DNA bakteriofag Mu dapat
menyisip secara acak disalam genom bakteri atau plasmid. Jika DNA Mu tersebut
35
menyisip kedalam genom bakteri, maka akan terjadi mutassi seperti apa yang
terjadi jika elemen IS menyisip kedalam suatu genom. Dalam keadaan normal,
mutasi semacam ini tidak dapat dikembalikan ke struktur tipe alami (wild type).
DNA bakteriofag Mu yang ada dalam keadaan bebas (tidak berada didalam inang)
mengandung sepotong DNA dari inang sebelumnya pada kedua ujungnya, namun
DNA tambahan tersebut tidak akan disisipkan kedalam genom jika bakteriofag Mu
menginfeksi inang yang baru. Bakteriofag Mu juga mempunyai kemampuan
sebagai perantara untuk penyisipan DNA dari jasad lain ke dalam suatu inang,
misalnya penyisipan bakteriofag lambda kedalam genom bakteri.

Dalam beberapa hal, proses transposisi mirip dengan proses rekombinasi khusus
yaitu melibatkan proses pemotongan untai DNA baik pada molekul DNA donor
maupun pada DNA target pada tempat khusus. Proses tersebut kemudian diikuti
dengan penggabungan ujung-ujung transposon ke molekul DNA target yang sudah
terpotong. Meskipun demikian, ada perbedaan mendasar antara proses transposisi
dengan proses rekombinasi khusus. Ciri penting dari prose stranspsisi adalah
bahwa proses ini tidak bergantung pada ada atau tidaknya hubunga antara urutan
nukleotida pada DNA donor dengan DNA target, baik hubungan fungsional
maupun, misalnya hubungan asal-usul. Dalam proses rekombinasi khusus,
pemotongan dan penyambungan molekul DNA donor dan DNA target tidak
disertai dengan sintesis meolekul DNA baru. Sebaliknya, proses transposisi
melibatkan sintesis molekul DNA baru yang dikendalikan oleh sistem reparasi atau
replikasi. Disamping itu, selama transposisi, molekul DNA donor tidak disusun
kembali seperti bentuk tipe alami pra-transposisi.

Transposisi dapat menyebabkan terjadinya penyusunan kembali (rearrangment)


genom suatu jasad. Hal ini dapat terjadi misalnya karena ada dua duplikat (copy)
transposon yang sama pada lokasi kromosom yang berbeda sehingga dapat
menyebabkan terjadinya rekombinasi antarduplikat transposon tersebut.
Rekombinasi seperti ini dapat membawa implikasi terjadinya delesi, penyisipan,
inversi, atau translokasi. Transposisi mempunyai peranan dalam proses evolusi
beberapa plasmid bakteri. Sebagai contoh, integrasi plasmid F yang berasal dari E.
coli kedalam kromosom bakteri seringkali terjadi melalui proses rekombinasi

36
antara suatu transposon yang ada didalam plasmid dengan transposon yang
homolog didalam kromosom bakteri.

Transposisi pada Eukaryot

Elemen transposon juga ditemukan pada jasad eukaryot, misalnya pada jagung,
khamir Saccharomyces cerevisiae, lalat buah Drosophila sp., nematoda
Caenorhabditis elegans, bahkan manusia. Sebenarnya elemen genetik yang dapat
berpindah (transposon) pertama kali ditemukan pada jasad eukaryot yaitu pada
jagung.

Mekanisme Transposisi

Detail mekanisme transposisi sampai saat ini belum diketahui dengan jelas, namun
pada prokaryot, misalnya pada E. coli, transposisi diketahui terjadi melalui dua
macam cara, yaitu :
1. Replikatif
Transposisi secara replikatif akan dibentuk duplikat elemen transposon sehingga
pada akhir transposisi akan dihasilkan satu duplikat transposon pada tempat
yang baru dan satu duplikat transposon pada tempat yang lama. Proses
transposisi replikatif ini misalnya terjadi pada bakteriofag Mu dan Tn3. Ada dua
model yang diajukan mengenai mekanisme transposisi secara replikatif antara
dua plasmid, yaitu model simetris (model shapiro) dan model asimetris. Pada
model simetris, transposisi terjadi dengan cara melalui pembentukan elemen
genetik lingkar yang merupakan gabungan antara kedua plasmid (cointegrate)
dan mengandung dua duplikat transposon dengan orientasi yang sama.
Cointegrate tersebut kemudian akan diuraikan lebih lanjut sehingga akan
dihasilkan dua elemen plasmid yang baru yang masing-masing akan
mengandung satu transposon. Pembentukan suatu cointegrate merupakan suatu
keharusan pada model simetris ini. Sedangkan pada model asimetris,
pembentukan cointegrate tidak merupakan suatu keharusan namun hanya
merupakan salah satu kemungkinan hasil antara yang dapat terjadi.

37
Gambar 23. Model transposisi replikatif

2. Konservatif (nonreplikatif)
Transposisi secara konservatif (nonreplikatif) tidak terjadi proses replikasi,
melainkan transposisi terjadi dengan cara pemotongan elemen transposon pada
elemen kromosom atau plasmid dan transposon tersebut kemudian
diintegrasikan ketempat yang baru. Beberapa transposon, misalnya Tn10, dapat
diintegrasikan kedalam materi genetik baru tanpa proses replikatif. Dalam hal
ini elemen transposon akan dipotong dari DNA donor (misalnya kromosom)
kemudian diintegrasikan kedalam materi genetik lain sehingga pada akhir
transposisi DNA donor tersebut akan kehilangan elemen transposon. Dalam
proses penyisipan elemen transposon, akan terjadi pemotongan juga pada DNA
target sehingga proses transposisi nonreplikatif tersebut akan diiukuti denga
proses reparasi DNA untuk mengisi celah antara transposon dan DNA target.
Studi in vitro pada bakteriofag Mu menunjukan bahwa disamping menggunakan
mekanisme replikatif, bakteriofag tersebut juga menggunakan mekanisme
nonreplikatif sebagai alternatif untuk melakukan proses transposisi.
38
Gambar 24. Model transposisi secara
nonreplikatif

2
39
BAB III
PENUTUP

Kesimpulan yang diperoleh dari penjelasan diatas, antara lain :


1. Mekanisme perbaikan DNA (DNA repair), merupakan merupakan suatu mekanisme
perbaikan DNA yang mengalami kerusakan/kesalahan yang diakibatkan oleh proses
metabolisme yang tidak normal, radiasi dengan sinar UV, radiasi ion, radiasi bahan kimia
atau dikarenakan adanya kesalahan dalam replikasi DNA. Dalam memperbaiki DNA
terdapat beberapa kelompok mekanisme yang mengaturnya, yaitu damage reversal,
damage removal dan terakhir damage tolerance. Terkadang mekanisme perbaikan DNA
tidaklah cukup. Mutasi terkadang tetap bertahan tidak terkoreksi sampai langkah
selanjutnya dari replikasi DNA. Pada titik ini (tergantung dari sifat alami dari mutasi),
mutasi tersebut akan secara permanen bergabung ke dalam genom. Ketika DNA
melakukan sintesis protein dari gen yang mengandung mutasi (melalui transkripsi dan
translasi), protein mutan mungkin akan berisi satu asam amino yang tidak tepat dan
berakibat pada seperti kematian organism, penyekit genetic seperti cystic fibrosis atau
sickle cell anemia atau carcinogenic lesion.

2. Rekombinasi DNA (DNA recombination), merupakan proses pertukaran elemen genetik


yang dapat terjadi antara untaian DNA yang berlainan (interstrand), atau antara bagian-
bagian gen yang terletak dalam satu untaian DNA (intrastrand). Dalam pengertian yang
lebih sederhana, rekombinasi genetik didefinisikan menjadi penggabungan gen dari satu
atau lebih sel ke sel target. Mekanisme rekombinasi DNA ini bervariasi tergantung
mekanismenya antara lain : memelihara perbedaan genetik, sistem perbaikan dna khusus,
regulasi ekspresi gen tertentu, dan penyusunan kembali genetik yang diprogram selama
perkembangan. Terdapat beberapa Tipe Rekombinasi Genetik yang dianut dalam
perkembangan ilmu pengetahuan sampai saat ini, yaitu rekombinasi homolog/ umum,
rekombinasi khusus (site-specific rekombination), dan rekombinasi transposisi/ replikatif.

403
DAFTAR PUSTAKA

Albert, Bruce dkk. 2008. Molecular Biology of the Cell Fifth Edition. USA: Garland
Science, Taylor & Francis Group

Champe, Pamela C, dkk. 2010. Biokimia Ulasan Bergambar (Edisi 3). Jakarta : EGC

Cooper, Geoffrey M & Hausman, Robert E. 2013. The Cell: A Molecular Approach Sixth
Edition. USA: Sinauer Associates.

Friedberg, Errol C. 2006. DNA Repair and Mutagenesis. USA: American Society for
Microbiology (ASM) Press.

Murray, Robert K, dkk. 2009. Biokimia Harper (Edisi 27). Jakarta : EGC

Plopper, George dkk. 2015. Lewins Cell Third Edition. USA: Jones & Bartlett Learning

Tropp, Burton T. 2012. Molecular Biology Fourth Edition: Genes to Proteins. USA: Jones &
Bartlett Learning