Anda di halaman 1dari 5

RESUME

REGULASI EKSPRESI GEN DAN PERKEMBANGAN PADA EUKARIOT


Kelompok 15 Offering C
Andy Heppi Risma Jaya (150341605349)
Nurul Marifah (150341601660)

Semua sel (dengan sedikit pengecualian) memiliki seperangkat gen yang sama.
Semua sel tersebut dihasilkan dari sel tunggal yang disebut zigot melalui proses pembelahan
mitosis. Lalu bagaimana sel-sel tersebut akhirnya bisa memiliki fenotip yang berbeda-beda?
Dengan mempelajari fungsi dari beberapa gen mutan dan alel normalnya, genetika
telah menemukan bahwa banyak gen yang menyandikan protein regulasi trans-acting yang
berikatan pada bagian regulasi cis-acting dari seperangkat gen dan mengontrol ekspresinya,
pada beberapa kasus mengaktifkannya dan beberapa kasus lain menonaktifkannya.
Ekspresi dari gen diregulasi, dan regulasi yang dikoordinir dari jalur sekuential
ekspresi gen bertanggung jawab secara penuh terhadap keanekaragaman dari fenotip sel yang
berlangsung selama proses perkembangan pada tumbuhan dan hewan dengan tingkatan lebih
tinggi.

DIFERENSIASI SELULAR PADA EUKARIOT YANG LEBIH TINGGI


TINGKATANNYA
Semua sel berasal dari satu sel yang sama yaitu zigot. Kemudian zigot tersebut
mengalami pembelahan mitosis hingga menghasilkan banyak sel. Banyak sel tersebut
kemudian akan mengalami diferensiasi hingga menjadi sel-sel yang memiliki fungsi yang
spesifik. Contohnya adalah sel darah merah yang memiliki fungsi spesifik untuk menyintesis
dan menyimpan hemoglobin. Contoh lain adalah sel saraf yang merupakan satu-satunya sel
yang mampu menyintesis neurotransmitter. Mengapa ini dapat terjadi? Jawabannya adalah
karena ekspresi dari semua gen-gen tersebut terkontrol, setidaknya sebagian, dan terjadi pada
level transkripsi dan transkrip (pre-mRNA) prosessing. Diferensiasi dapat terjadi oleh
perubahan komposisi genom, namun lebih banyak terjadi oleh regulasi ekspresi gen.
Regulasi penyempurnaan pada level translasi sangatlah penting dalam mengontrol
semua proses metabolic makhluk hidup, namun efek yang paling besar dari regulasi terhadap
fenotip adalah yang terjadi pada level transkripsi dan RNA prosessing.
Beberapa proses perkembangan pada eukariot tingkat tinggi dikontrol melalui
preprogrammed circuits of gene expression. Dalam hal ini, beberapa peristiwa (misalnya
pelepasan hormone dalam aliran darah atau fertilisasi telur) akan merangsang ekspresi
sekelompok gen tertentu. Hasil dari satu atau lebih gen-gen ini merupakan fungsi dari turning
off transkripsi dari sekelompok gen-gen pertama dan atau turning on transkripsi dari
sekelompok gen kedua. Pada gilirannya, satu atau lebih produk dari kelompok gen kedua
dihasilkan dari turning on kelompok gen ketiga, dan begitu seterusnya. Pada eukariot kita
ketahui bahwa hormone-hormon dapat merangsang ekspresi sekelompok gen. Sebagai
tambahan, kita juga mengetahui bahwa gen-gen regulatori juga dilibatkan dalam
pengontrolan pola-pola diferensiasi. Dalam beberapa kasus, kita ketahui bahwa elemen-
elemen regulatori disebut sebagai "enhancers" dan "silencers" yang mengatur ekspresi gen
dari promoter terdekatnya.

CONTOH-CONTOH NEOKLASIKAL DARI PERKEMBANGAN REGULASI


EKSPRESI GEN
Gambaran mengenai transkripsi pada kromosom lampbrush dan amplifikasi gen-gen
RNA ribosomal pada oosit amphibi merupakan dua contoh penting terkait peristiwa regulasi
ekspresi gen yang mendahului teknologi DNA rekombinan.

1
Transkripsi Kromoson Lampbrush pada Oosit Amphibhi
Kajian yang dilakukan terhadap organisme tingkat tinggi hingga saat ini menunjukkan
bahwa fertilisasi telur yang matang oleh sperma akan merangsang peningkatan sintesis
protein, yang kemudian diikuti oleh pembelahan inti dan pembelahan sel pada tahap
pembelahan awal embryogenesis. Pada sebagian besar eukariot, sintesis protein tidak diikuti
oleh sintesis RNA. Bahkan, semua komponen yang diperlukan untuk sintesis protein selama
embryogenesis awal sudah ada ditelur hingga terjadinya fertilisasi. Gen-gen hasil transkripsi,
dalam bentuk RNAd atau molekul-molekul pre-RNAd harus disimpan dalam telur dalam
keadaan dorman. Translasi molekul-molekul RNAd dirangsang oleh peristiwa-peristiwa yang
berasosiasi dengan fertilisasi. Oleh karena itu, molekul-molekul informasional yang terkait
dengan sintesis protein selama tahap pembelahan awal harus disintesis selama oogenesis. Gen
hasil transkripsi dari kromosom lampbrush kelihatannya merupakan produk yang diperlukan
selama tahap awal embryogenesis.
Gen-gen hasil transkripsi yang disintesis selama oogenesis harus disimpan dalam
keadaan inakif tetapi tetap dalam bentuk yang stabil (kemungkinan sebagai kompleks RNA-
protein) hingga terjadinya proses fertilisasi. Jelasnya, mekanisme regulasi yang dilibatkan
terjadi/berlangsung pada tahap post-transkripsi (pemrosesan RNA-protein) pada level
translasi.

Amplifikasi Gen rRNA pada Oosit Amphibi


Meskipun inisiasi sintesis protein secara cepat mengikuti fertilisasi, akan tetapi tidak
terjadi sintesis rRNA pada embrio amphibi hingga tahap gastrula. Artinya, sejumlah besar
rRNA juga harus disintesis selama oogenesis. Pada oosit amphibian, gen-gen rRNA secara
selektif diamplifikasi sekitar seribu kali untuk memfasilitasi sintesis sejumlah rRNA yang
disimpan dalam telur yang matang. Gen-gen secara normal hadir sebagai kopi berulang yang
acak (tandem) yang terletak di NOR kromosom. D. Brown J. Gurdon dkk menunjukkan
bahwa terdapat sekitar 500 kopi gen rRNA pada tiap-tiap 2 NOR di inti diploid Xenopus
laevis. Precursor rRNA disintesis dan diproses di nucleolus. D. Brown dan I. Dawid
menunjukkan bahwa nucleus dari oosit X. laevis mengandung ratusan nucleolus, masing-
masing mengandung molekul DNA sirkuler yang membawa kopi berulang secara tandem
dari gen rRNA. Molekul DNA ekstrakromosomal ini bereplikasi melalui rolling circle
mechanism.

POPULASI "GEN TRANSCRIPT" BERBEDA PADA TIPE SEL YANG BERBEDA


Pada eukariot tingkat tinggi, hanya sebagian kecil proporsi genom yang
direpresentasikan diantara molekul mRNA dalam suatu tipe sel tertentu. Hal ini telah
dibuktikan melalui eksperimen hibridasi penjenuhan RNA-DNA. RNA diekstrak dari tipe sel
tertentu dan dibiarkan berhibridisasi dengan DNA inti total (didenaturasikan). RNA
ditambahkan ke reaksi hibridisasi dalam jumlah yang banyak (relatif terhadap konsentrasi
DNA) sehingga sekuen DNA berkomplementer dengan sekuen-sekuen yang representatif
pada populasi RNA dan akan membentuk hybrid DNA-RNA. Langkah berikutnya yaitu
menentukan proporsi DNA genomic total yang hadir sebagai hybrid DNA-RNA; hasil
penentuan tersebut akan dipakai sebagai data pendukung perkiraan terhadap proporsi genom
yang direpresentasikan melalui sekuen-sekuan dalam populasi mRNA pada tipe sel tertentu
tersebut (proses kuantifikasi biasanya dilakukan dengan melabeli DNA secara radioaktif,
meskipun beberapa prosedur lainya juga digunakan.
Sekelompok gen yang berbeda ditranskripsikan dan hasil transkripsi primer diproses
menjadi mRNA dengan cara yang berbeda pada sel-sel yang telah terdiferensiasi. Biasanya,
beberapa gen yang sama dan beberapa gen yang berbeda ditranskripsikan pada jaringan yang

2
berbeda. Experiment hibridisasi kompetitif RNA-DNA mengindikasikan bahwa sekuen RNA
yang hadir dalam populasi RNA yang diambil dari jaringan /tipe sel yang berbeda bervariasi
antara 10 sampai dengan 100%. Telah diketahui bahwa lebih dari 90% sekuen-sekuan DNA
dalam genom tidak direpresentasikan diantara populasi mRNA pada berbagai tipe sel, dan
berdasarkan hal tersebut maka dihipotesiskan bahwa gen-gen eukariotik dikemas dalam
kromatin pada tahap ter-represi secara non spesifik, dan regulasi transkripsi dan atau
pemrosesan hasil transkripsi terjadi melalui mekanisme positif yang melibatkan activator gen
yang spesifik. Activator ini berperan dalam turning on atau mengaktifasi transkripsi gen-gen
spesifik (sekelompok gen) pada waktu yang tepat dan pada sel yang tepat pula. Pada
beberapa kasus, aktivasi ini melibatkan sekuen-sekuen regulatori dalam pola cis yang disebut
sebagai enhancers. Bukti-bukti mengindikasikan bahwa protein kromosomal non histon
tertentu berfungsi sebagai activator spesifik pada proses transkripsi. Bukti lain
mengindikasikan bahwa regulasi pemrosesan hasil transkripsi RNA merupakan hal yang
penting dalam pengontrolan proses diferensiasi pada mahkluk hidup eukariot.

MEKANISME REGULASI TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT TINGKAT TINGGI


Pada E. coli, holoenzim, RNA polymerase (dengan factor sigma) mengandung semua
informasi yang dibutuhkan untuk inisiasi transkripsi dengan memberikan sinyal promoter
yang sesuai (-35 recognition sequence plus -10 pribnowbox). Akan tetapi, RNA polymerase
II pada eukariot yang mentranskripsikan sebagian besar gen-gen inti pengkode protein, tidak
dapat menginisiasi transkripsi secara tepat dalam keadaan in vitro tanpa adanya penambahan
4 protein asesori/factor transkripsi pada umumnya. Kebutuhan terhadap transkripsi ini
membutuhkan tempat tambahan regulasi transkripsi.

Gambar 1. Pada prokariot, kondisi


umum transkripsinya aktif. Pada
eukariot, kondisi umumnya tidak
terdapat transkripsi karena DNA
promotor biasanya dililitkan di sekitar
nukleosom dan faktor transkripsi
spesifik diperlukan untuk merekrut
holoenzim polimerase. Transkripsi
pada eukariot baru dapat diinisiasi
ketika terdapat faktor spesifik
transkripsi yang melekat pada
enhanser.
(Sumber: Tamarin, 2001).

3
Sebagian Besar Unit Transkripsi Eukariot Bersifat Monogenik
Pada Eukariot tingkat tinggi, terlihat sangat jelas bahwa operon tidak penting jikalau
mereka ada. Meskipun terdapat bukti untuk operon/unit serupa operon pada eukariot tingkat
rendah (misalnya jamur), operon sepertinya jarang ditemui pada eukariot tingkat tinggi.
Sebagian besar mRNA eukariot tingkat tinggi berkarakteristik monogenic (mengandung
sekuen pengkode yang terdiri atas satu gen structural). Pada beberapa kasus hasil transkripsi
primer bersifat poligenik dan dipotong-potong untuk menghadirkan mRNA monogenik.

Enhancer dan Silencer Mengatur Transkripsi pada Eukariot


Gen-gen eukariotik juga diregulasi oleh elemen-elemen cis-acting yang disebut
enhancer dan silencer, seperti namanya, enhancer meningkatkan transkripsi dan silencer
menurunkan transkripsi gen-gen yang diregulasi.
Gambaran mendasar tentang enhancer yang membedakannya dari promoter adalah sebagai
berikut:
1. Enhancer dapat bekerja pada jarak yang relative jauh, yaitu lebih dari beberapa ribu
pasang nukleotida dari gen yang diregulasi.
2. Orientasi enhancer bebas, mereka dapat berfungsi dengan berbagai orientasi, baik itu
normal atau bolak-balik.
3. Posisi enhancer bebas, mereka dapat berfungsi dengan baik pada posisi upstream (5')
atau downstream (3') dari gen/hadir dalam intron gen.
Enhancer merupakan elemen yang besar, dengan panjang lebih dari ratusan pasang
nukleotida. Terkadang mereka mengandung urutan berulang yang memiliki aktifitas enhancer
bagi diri mereka sendiri. Sebagian besar elemen enhancer berfungsi untuk
melengkapi/menjadi bagian dari kerja suatu jaringan, sehingga mereka lebih sering hanya
berfungsi untuk meningkatkan transkripsinya gen-gen pada jaringan target spesifik (jaringan
yang produk gen-gennya dibutuhkan).
Beberapa enhancer dikarakterisasikan memegang peranan dalam regulasi ekspresi
gen. Gambaran yang jelas tentang karakteristik enhancer yaitu bahwa mereka menunjukkan
spesifisitas jaringan. Enhancer yang meregulasi sintesis rantai berat immunoglobulin terletak
dalam intron kompleks gen rantai berat. Factor-faktor yang berikatan pada sekuen
enhancer/promoter dapat bekerja secara kooperatif, secara positif/negative. Hal ini
mengindikasikan bahwa ada kemungkinan protein ini saling berhubungan, dan
mengindikasikan bahwa lipatan DNA memungkinkan terjadinya kontak tersebut. Model kerja
enhancer dan silencer ini mirip dengan mekanisme regulasi operon ara pada E. Coli, kecuali
bahwa pada eukariot tingkat tinggi melibatkan protein regulatori.

4
Gambar 2. Sebuah model pengaktifan transkripsi pada eukariot.
(Sumber: Campbell, 2009).

Regulasi pada Level Transkripsi melalui Metilasi DNA


Gugus metal pada atom C no.5 pirimidin menempati posisi terluar dari alur utama
molekul DNA dan memegang peranan penting dalam mempengaruhi interaksi DNA dengan
protein spesifik. Kenyataannya, kajian terhadap ikatan repressor (pada operon lac E. Coli) ke
DNA operator lac menunjukkan bahwa penambahan/penghilangan gugus metal tunggal
secara tajam dapat merubah afinitas repressor untuk DNA.
Pendapat-pendapat yang mengikuti metilasi pada control regulasi gen pada organisme
eukariot didasarkan pada 3 bukti secara tidak langsung.
1. Banyak kajian yang mendemonstrasikan hubungan antara level ekspresi gen dan
tingkat metilasi; misalnya metilasi rendah maka ekspresi gen juga menjadi rendah,
2. Pola metilasi bersifat spesifik pada setiap jaringan, setidak-tidaknya pada beberapa
kasus,
3. Obat-obatan (analog basa) 5-azacytidine, yang tidak dapat termetilasi setelah
bergabung dengan DNA telah menunjukkan hasil ekspresi gen pada jaringan dimana
secara normal maka tidak terekspresi.
Aspek penting dari pola metilasi yaitu bahwa mereka terwariskan secara klonal.
Dengan adanya metilasi DNA yang spesifik untuk sekuen yang termetilasi setengah, pola
metilasi tersebut akan diwariskan secara klonal sehingga sekali terbentuk pola tersebut akan
diwariskan keturunannya. Kunci utama model regulasi ekspresi gen/diferensiasi melalui
metilasi DNA melibatkan pembentukan pola metilasi yang spesifik pada suatu jaringan.

RUJUKAN

Gardner, Eldon John. 1991. Principles of GENETICS. Canada: John Wiley & Sons Inc.
Tamarin. 2001. Principle of Genetics 7th Edition. The McGraw-Hill Companies.

PERTANYAAN

1. Faktor-faktor transkripsi spesifik yang berfungsi sebagai repressor dapat menghambat


ekspresi gen dengan cara yang berbeda. Apa saja cara-cara tersebut?
Jawab: Beberapa cara yang dapat dilakukan oleh repressor untuk mengambat
ekspresi gen antara lain sejumlah repressor dapat berikatan langsung dengan DNA
unsur control (dalam enhanser atau tempat lain), memblok pengikatan activator atau
pada beberapa kasus mematikan transkripsi meskipun ada activator yang terikat.
Repressor lain memblok pengikatan activator ke protein yang memungkinkan
activator berikatan ke DNA.

2.