REKOMBINASI HOMOLOG

Rekombinasi homolog menyebabkan terhadinya pertukaran antarmolekul DNA

yang mempunyai homologi urutan nukleotida cukup besar Ciri khusus adalah bahwa
proses tersebut dapat terladi setiap titik di dalam daerah homologi Rekombinasi
melalui tahap pemotongan untaian DNA yang kemudian diikuti dengan proses
penggabungan kembali Rekombinasi antarkromosom melibatkan proses pertukaran
secara fisik antara bagian-bagian kromosom Proses rekombinasi terladi secara akurat
sehingga tidak ada satu pun pasangan basa nukleotuda yang hilang atau ditambahkan
ke dalam kromosom rekombinan Proses pertukaran tersebut menyebabkan
terbentuknya struktur yang dapat terlihat sebagai kiasma (chiasma) pada waktu
meiosis Kiasma merupakan tempat pemotongan dan penggabungan kembali untauan
DNA yaitu ketika dua kromatid yang berbeda (non-sister chromatids terpotong dan
tergabungkan satu sama lain terletak Rekombinasi homolog dimulai ketika dua
kromosom homolog berdekatan satu sama lain sehingga urutan nukleotida yang
homolog dapat dipertukarkan Kontak antara dua pasang kromosom tersebut. disebut
sebagai proses sinapsis terjadi pada awal meosis yaitu pada profase Model mengenai
mekanisme rekombinasi yang sekarang banyak diterima adalah model yang diajukan
oleh Robin Holliday (model Holliday Gambar 13 1). Prose rekombinasi dimulai
dengan terjadinya pemotongan untaian DNA kedua kromosom homolog pada tempat
yang sama oleh aktivitas nuklease Pada bakteri Escherichia coli enzim nuklease
tersebut dikode oleh gen recB dan recC yang masing-masing bertanggung jawab
dalam sintesis eksonuklease v (135 kDalto dan eksonuklease v (125 kDalton
Pemotongan tersebut teriadi hanya pada salah Bob lah satu untaian DNA dari kedua
DNA untai kromosom Dengan adanya aktivitas nuklease tersebut maka untaian DNA
akan terbuka sebagian sehingga da bagian beruntai tunggal Bagan DNA unta tunggul
tersebut kemudian akan distabilkan oleh protein yang mengikat DNA untar tungaal
(single-stranded bind. g protein, SSB protein) Pemotongan DNA tersebut
menyebabkan teriadinya gerakan ujung-ujung bebas DNA yang terpotong. Di
samping protein ssB pro in yang juga berikatan dengan bagian untai-tunggau tersebut
adalah protein yang dikode oleh gen recA Masing-masing DNA untai-tunggal tersebut
kemudian meninggalkan untaian DNA pasangannya dan berpasangan dengan untaian
DNA yang komplementer (renaturasi pada untaian DNA yang lain sehingga teria
pindah silang (crossing over Diketahui bahwa proses penemuan untaian DNA yang
komplementer dan renaturasi DNA untai-tunggal menjadi untau-ganda dikatalisis oleh
protein recA (38 kDalton) dengan diikuti oleh proses hidrolisis ATP Bukti-bukti
menunjukkan bahwa pindah silang teradi pada profase. bukan pada interfase sehingga
replikasi kromosom tidak berkaitan dengan teriadinya pindah silang meskipun pada
profase juga teriadi sedikit sintesis DNA lika pertukaran antar untaian DNA sudah
tertadi, maka untaian DNA tersebut dapat bergerak sepanjang untaian-ganda DNA dan
mengganti salah satu untaian DNA sehingga terjadi migrasi cabang (branch
migration)
Diketahui juga bahwa proses migrasi cabang tersebut dikatalisis oleh hidrolisis
ATP oleh protein recA Setelah terjadi migrasi cabang, struktur molekul kromosom
yang mengalami rekombinasi harus diuraikan kembali sehingga dapat dihasilkan
molekul rekombinan. Hal ini dilakukan dengan adanya pemotongan DNA untuk yang
kedua kali oleh aktivitas nuklease Hasil pemotongan tersebut kemudian direparasi
sehingga terbentuk molekul rekombinan (Gambar 13 2) Diketahui bahwa mutasi pada
gen recA menyebabkan penurunan frekuensi rekombinasi sampai hanya mencapai o
i% dari frekuensi n sedangkan ormal, mutasi pada recBC menyebabkan frekuensi
rekombinasi hanya mencapai l% dari frekuensi normal
Di samping itu luga diketahui bahwa fenotipe Rec karena adanya mutasi pada
recBC dapat ditekan dengan adanya mutasi pada gen laun yaitu sbCA dan sbcB
Mutasi sbCA menyebabkan teriadinya peningkatan sintesis eksonuklease vill yang
merupakan produk gen recE Eksonuklease vill diduga dapat mengganti aktivitas
eksonuklease v (recBC. Dengan adanya fenomena semacam ini maka diduga ada dua
jalur rekombinasi yaitu jalur recBC dan jalur red Proses rekombinasi Yang tergantung
pada produk gen recF diketahui terjadi dengan frekuensi yang lebih tinggi pada mutan
recBC yang juga mempunyai mutasi taun pada gen sbcB Mutasi pada sbcB
menyebabkan penurunan aktivitas eksonuklease Sampai sekarang peranan kombinasi
yang tergantung pada RecF belum diketahui dengan jelas. Di samp tergantung pada
RecF jalur rekombinasi recF uga memerlukan partisipasi gen neck dan reci.
dekat ujung 3 yang disebut sebagai sisi di (o rung mempurri urusan 5
GCTGGTGG 3 urutan sisi chi cerdapat pada zenom E. coli setiap rata raa 5.000
pasangan basa, Protein RectCo mempurvysi akeivius helikase yang digunak untuk
membuka lilitan DHA dan mendasilkan sisanz untaieturiul Ujung untai tunggal
tersebut akan ditempeli oleh protein Reck dan Sse (single strand binding) yang
berfungsi untuk membuat emotekal DNA ranz sudah berupa untas tunggal tidak
membentuk dupleks la Protein RecA berfungsi untuk mem- bantu proses invasi oleh
ujung untautunual ke dalam DNA uneau dan mencari daerah homologi jika ujung
untai-tunnuel tersebut sudah menemukan daerah homologi maka akan teriadi takik
pada daerah oHoop. Takik tervetut memungkinkan protein R dan SSB untuk membuat
ujung baru yang dapat berpasangan dengan daerah celah pada ONA rang lain.
Sefaniutnya, ensim DNA ligase akan menutup kedua takik tersebut sehingga
dilasilkan persimpangan Holiday Migrasi cabang akan terjadi dengan bantuan protein
RuvA dan Rums Ruve mempunyai aktivitas ATPase sehingga proses migrasi cabang
dapat dilakukan dengan menggunakan sumber energi berupa ATP Kedua DNA yang
memberituk persimpangan Holliday selanjutnya akan mengalami pembentukan takik
untuk menguraikan persimpangan Holiday Ha ini dilakukan dengan mengunakan
aktivitas protein RuvC Secara skematis, ialur RedCD dulam proses rekombinasi
cersetut dapat dilihat pada Gamtar 13,4 ombination

REKOMBINASI KHUSUS (SITE SPECIFIC RECOMBINATION)

Berbeda dari rekombinasi homolog, rekombinasi khusus hanya terjadi proses

pada tempat khusus di dalam segmen molekul DNA Pertukaran materi genetik
dilakukan oleh protein khusus yang mengkatalisis pemotongan dan penggabungan
molekul DNA secara tepat pada tempat terjadinya Fekombinasi Proses rekom binast
semacam ini tidak tergantung pada protein recA Rekombinasi khusus mempunyai
beberapa ciri yaitu (i roses rekombinasi terjadi di tempat khusus pada kedua fragmen
DNA. (i) rekombinasi berlangsung Ciri-ciri timbal balik (reciprocal), artinya kedua
hasil pertukaran genetik tersebut dapat kombinasi diperoleh kembali. (ii) rekombinasi
terjadi secara konservatif, artinya proses khusus pertukaran genetik tersebut dilakukan
melalui pemotongan dan penyambungan kembali bagian DNA yang berekombinasi
tanpa ada sintesis nukleotida baru, dan (iv) bagian yang mengalami rekombinasi
tersebut mempunyai homologi dalam hal urutan nukleotida Proses rekombinasi
khusus dimulai dengan terjadinya pemotongan bagian DNA yang akan berekombinasi
pada daerah yang mempunyai homologi sehingga dihasilkan ujung lekat (sticky end)
Kedua ujung lekat pada kedua fragmen DNA yang berekombinasi tersebut kemudian
mengalami pertukaran untai DNA sehingga akan terbentuk konfigurasi rekombinan
(Gambar 13.5) Contoh Salah satu contoh penting rekombinasi khusus adalah integrasi
dan pemotong rekombinasi khusus an materi genetik bakteriofag lisogenik. misalnya
bakteriofag lambda, ke dalam dan ke luar dari kromosom bakteri inang Dalam siklus
lisogenik bakteriofag lambda, molekul DNA lambda disisipkan atau diintegrasikan ke
dalam kromosom bakteri sehinga terbentuk profag Tahap tersebut kemudian diikuti
dengan represi untuk mencegah sintesis protein bakteriofag yang dapat menghambat
atau mematikan bakteri inang Integrasi DNA lambda tersebut ke dalam kromosom
Escherichia col terjadi pada tempat khusus yaitu di antara operon gal dan operon bio
(biotin) yang disebut sebagai tempat pengikatan lambda (lambda attoch. ment site, att
Pada umumnya hanya ada satu tempat integrasi pada hampir semua bakteriofag
temperate skema dasar mekanisme integrasi DNA lambda ke dalam kromosom E coli
dapat dilihat pada Gambar 136 Bagian kromosom E coli yang menjadi tempat
integrasi lambda adalah attB. sedangkan bagian DNA lambda tempat terjadinya
rekombinasi disebut sebagai attP Pada bakteriofag, daerah integrasi tersebut dikenal
sebagai fragmen POP yaitu terdiri atas segmen o yang diapit oleh dua urutan
nukleotida yang berbeda (P dan P) Sedangkan pada bakteri daerah tersebut dikenal
sebagai fragmen BOB Kedua tempat att tersebut mempunyai homologi yang terdiri
atas 15 nukleotida (disebut sebagai segmen "O" baik pada bakteriofag maupun pada
bakteri inang) yang merupakan urutan nukleotida inti (core sequence) Urutan
nukleotuda pada daerah ott adalah sebagai berikut
 Setelah terintegrasikan ke dalam kromosom bakteri, maka DNA lambda (profagi
tersebut akan diapit oleh dua att yaitu attu dan attR yang masing-masing merupa kan
hibrid antara att dan attB

Proses integrasi tersebut dikatalisis oleh enzim yang merupakan produk gen int
pada lambda yaitu protein Int yang dikenal sebagai integrase integrase mempunyai
aktivitas untuk mengikat DNA (DNA-binding activity) dan merupakan topoisomerase
i. Di samping integrase, proses integrasi juga memerlukan pro- tein yang sintesisnya
dikode oleh sel inang yaitu protein IHF (integration host factor). Protein IHF terdiri
atas dua polipeptida yang dikode oleh gen himA dan gen hip Baik integrase maupun
IHF adalah protein yang berikatan dengan DNA pada tempat tertentu. yaitu pada
daerah att Integrase akan berikatan baik dengan attP maupun attB, sedangkan IHF
hanya akan berikatan dengan at Suatu kompleks yang terdiri atas integrase lHF dan
daerah att adalah satu kesatuan tempat berlangsungnya rekombinasi Jika bakteri
lisogenik (membawa DNA lambda) tersebut mengalami ke- Pemotongan rusakan,
misalnya karena radiasi ultraviolet, maka genom profag tersebut akan genom profag
dipotong dan k bakten inang (induksi profag) sehingga bakteriofag akan memulai
siklus hidup litik Pemotongan genom profag dilakukan dengan melalui rekombinasi
khusus antara bagian ott hibrid. yaitu attl dan attR Pe motongan tersebut memerlukan
protein integrase (Int), IHF dan protein lain yang sintesisnya dikode oleh bakteriofag
yaitu protein Xis (eksisionase) Xus juga merupakan protein yang berikatan dengan
DNA pada daerah tertentu. yaitu pada attL dan attR Proses pemotongan tersebut
sebenarnya merupakan kebalikan dan proses integrasi, yaitu dalam hal ini
rekombinasi antara attl dan attR untuk menghasilkan kembali attP dan attB. Meskipun
demikian, secara mekanistik proses pemotongan tersebut merupakan proses yang
analog dengan proses rekombinasi integratif Dengan demikian reaksi yang terjadi
pada att dapat dituliskan sebagai berikut :

xis yang membentuk kompleks dengan Int tidak dapat mengkatalisis reaksi ke
kanan, sehingga jika xis ada dalam jumlah berlebihan maka pemotongan merupakan
reaksi yang tidak dapat balik Hasil pemotongan profag dari kromosom E coli adalah
satu kromosom utuh dan satu molekul DNA lambda lingkar Dalam beberapa sistem
genom rekombinasi khusus dagunakan untuk me- ngendalikan ekspresi gen. misalnya
dalam sintesis flagelin (subunit protein peme bentuk flagela) pada salmonella
typhimurium Banyak spesies salmonella bersifat difasik (diphasic) karena mempunyai
dua gen nonalel yang bertanggung pwab terhadap sintesis flagelin Flagelin yang
disintesis dapat berupa tipe H1 iika bakteri tersebut berada dalam fase 1, atau flagelin
tipe H2 pada fase 2. Transisi antara fase 1 dan fase 2 (variasi fase) terjadi sekali setiap
1.000 kali pembelahan sel Gen H2 terletak di dekat gen represor untuk sintesis H1
(rhl. sehingga jika H2 terekspresikan (fase 2) maka gen H1 tidak akan terekspresikan
karena ada sintesis represor H1 Sebaliknya, pada fase 1. tidak ada sintesis H2 maupun
represor H1 sehingga gen H1 akan terekspresikan. Mekanisme pengaturan sintesis
flagelin H1 dan H2 tersebut ditentukan oleh suatu segmen nukleotida (gen hin. 995
bp) yang diapit oleh dua urutan nukleo berulang (inverted repeats, 14 bp) yaitu IRL
dan IRR. segmen nukleotida tersebut disebut sebagai daerah inversi Produk gen hin
itu sendiri diperlukan dalam proses inversi. Dengan adanya rekombinasi antara IRL
dan IRR yang dikatalisis oleh
protein Hin, maka akan terjadi inversi inversi tersebut akan menyebabkan
pembalikan orientasi promoter sehingga promoter tersebut tidak lagi mengendalikan
sintesis H2 dan represor H1 engan demikian gen flagelin H1 akan terekspresikan
karena tidak ada represor.

KONVERSI GEN

Jika suatu fungsi mengalami sporulasi musalnya pada Neurospora crassa maka
akan terjadi proses fusi (peleburan dua inti haploid menjadi inti diploid inti diploid
tersebut lika mengalami melosis akan menghasilkan empat inti haploid lagu lika
keempat inti itu mengalami pembelahan mitosis, maka akan dihasilkan delapan into
haploid pada spora fungi Secara teoritus hasil mitosis tersebut akan menghasilkan
jumlah a yang sama iika kedua alel tersebut berbeda. Sebagai contoh jika salah satu
alel adalah A dan alel lainnya adalah a maka seharusnya alel A akan beriumlah empat
demikian pula alel a Hasil eksperimen menunjukkan bahwa hal semacam ini tidak
selalu teriadi karena seringkali terdapat tumlah alel dan alel a yang tidak sama
misalnya lima alet A dan tiga alel a Fenomena tersebut terjadi karena adanya
perubahan (konverso dari alel a menjadi alel sehingga nisbah (rasio) kedua alel
tersebut tidak 11 Fenomena perubahan alel (urutan nukleotida) inilah yang disebut
sebagai konversi gen Pada N crossa konversi gen Cerjadi pada saat kromosom
mengalami rekom binas (pertukaran untauan DNA dan migrasi cabang) sehingga
menghasilkan DNA heterodupleks yang urutan DNA-nya mengalami perubahan pada
daerah tertentu sehingga terladi perbedaan satu basa DNA antara alel A dan alel a.
Sebelum terjadi replikasi DNA, salah satu untaian DNA mengalami reparasi
untuk mem perbaiki DNA heterodupleks yang mempunyai kesalahan dalam urutan
DNA nya Reparasi tersebut menyebabkan bagian salah satu alel misalnya a berubah
menjadi A sedangkan untaian DNA yang tain tidak mengalami reparasi untaian DNA
yang mengalami reparasi maupun yang tidak direparast utnya akan direplikasi.
Dengan demikian, maka akhirnya jumlah anel A akan menjadi lebih banyak daripada
alel a karena adanya penambahan alel A dari hasil konversi g tersebut skema proses
konversi gen dapat dilihat pada Gambar 13.7
 REKOMBINASI MEIOTIK
Rekombinasi meiotik adalah proses rekombinasi yang terjadi pada iasad eukaryor
pada saat terjadi proses meiosis Dalam beberapa hal mekanisme rekombinasi meiotik
menunjukkan kemiripan dengan proses rekombinasi homolog pada bakteri meskipun
beberapa tahapan awalnya berbeda Proses rekombinasi meiotik pada eukaryot dimulai
dengan adanya pemotongan dua untai DNA (dou ble strand break) yang ada pada
salah satu kromosom Ujung-ujung 5 yang terbentuk karena pemotongan tersebut
kemudian dipotong oleh eksonuklease dengan arah 5 3 sehingga terbentuk ujung 3
yang terbuka salah satu ujung 3 tersebut.

PENYUSUNAN ULANG GEN IMUNOGLOBULIN

Pada waktu sel malia diinfeksi oleh bakteri, fungi, atau virus, atau suatu molekul
asing, maka sistem pertahanan tubuh akan bereaksi dalam bentuk tanggapan
kekebalan immune response) Setiap tanggapan kekebalan melibatkan tiga langkah
langkah dasar yaitu (1) pengenalan molekul asing, komunikasi dengan sel-sel yang en
sesuai. (3) penghilangan molekul asing tersebut Beberapa komponen sistem
kekebalan diarahkan terhadap agensia infektif yang bersifat umum. sehingga disebut
sebagai tanggapan sistem imunitas nonspesifik (non-specific immune rer sponse)
Selain itu juga diketahui ada sistem tanggapan imunitas yang diarahkan terhadap
molekul asing yang spesifik sehingga disebut sebagai tanggapan sistem imunitas
spesifik (specific immune response) lika terdapat suatu agensia asing yang dapat
dikenali oleh sel-sel sistem imunitas, maka hal ini akan memicu produksi molekul
protein khusus yang secara umum disebut antibodi (Gambar 139) dan reseptor sel-sel
T yang akan mengenali agensia asing tersebut secara spesifik dan mengikatnya
Molekul yang iniu dapat dikenali dan diikat oleh reseptor sel T disebut sebagai
antigen (antibody gen dan generating substance), sedangkan antigen yang dapat
menyebabkan munculnya tanggapan imunitas disebut imunogen Hampir semua
makromolekul biologis, termasuk polipeptida, polisakarida, dan asam nuklear serta
banyak senyawa sintetik lainnya dapat menjadi antigen dan banyak di antaranya yang
dapat berfungsi sebagai imunogen Tanggapan imunitas pada mamalia mempunyai dua
sistem utama yaitu m utama tanggapan humoral (humoral response) atau tanggapan
yang diperantarai oleh antibodi (antibody mediated response) dan ditentukan oleh
keberadaan limfosit nita1 B (B lymphocyte) atau sel B dan 2) tanggapan selular atau
tanggapan yang diperantarai oleh keberadaan limfosit T (TYmphocyte) atau sel T
Kata lymphocyte berasal dari bahasa Yunani yang artinya sel yang tidak berwarna
karena sel-sel Rantai berat limfosit adalah sel-sel darah putih Tanguapan humaran
(berasal dari bahasa Yunani humor yang berarti cair diwujudkan dalam bentuk
produksi dan sekresi antibodi ke dalam sistem sirkulasa sehingga antibodi dapat
mengikat antigen tertentu Sistem tang ipan humoral terutama diarahkan untuk
melindungi mamalia dal sel-sel asing (bakteri fungi dan dari partikel virus bebas
sebelum menginfeks sel inangnya Di tain pihak sistem tanggapan setular melibatkan
produksi reseptor se T yang akan mel permukaan limfosit T sehingga memungkinkan
sel-sel darah untuk mengenal dan membunuh seksel yang terinfeksi putih khusus
tersebut Dengan demikian sistem imunitas selular terutama berperanan datam
melindungi mamalia dan infeksi oleh virus Selain itu juga ada kelompok sel-sei
sistem imunitas yang lain yaitu fagosit (phagocytem yang berasal dari bahasa Yunani
yang berarti memakan vet Salah satu fagosit adalah makrofag umacrophoge yang
berperanan dalam engines asi kedua komponen sistem anggapar imunitas m Pada
waktu menerima sinyal dengan adanya agensia asing maka limfosit B akan
mengalami diferensias mengadi sel-sel plasma yang menghasilkan antibodi dan
menjadi sel-sel memori yang memungkinkan produksi antibodi secara lebih cepat
pada waktu ada paparan yang kedua terhadap antigen yang sama Antibodi termasuk
ke daram kelompok protein yang disebut rantai immunoglobulin Setiap antibodi
tersusun atas suatu ketramer yang terdiri atas empat polipeptida Yang berupa dua
rantai ringan (light chaini vang identik dan dua rantai berat (hean chain) rang luga
identik Ranta ringan dan berat tersebut dihubungkan oleh ikatan disulfida Rantai
ringan tersusun atas sekitar 220 asam amino sedangkan rantai berat tersusun atas 440
sampai 450 asam amino Setiap rantai baik rantai ringan maupun berat mempunyai
uiung amino rang disebut daerah variabel (varaber region) yang pantangnya sekitar
Y10 asam amino Daerah variaber intah yang bervariasi antara suatu antibodi dengan
antibodi rang lain sehingga mampu mengenali antigen yan berbeda ujung ap rantai
merupakan daerah konstan constant region) yang karboksir mempunyai urutan asam
amino yang ama untuk semua antibodi dalam suatu kelas immunoglobulin (lxertentu
Setiap antibodi mempunyai dua sisi pengikatan antigen onteen tanding sitesi atau
domaan Yang masing-masing dibentuk oleh satu rantai ringan dan satu rantau berat
Domain pengikatan antigen yang variabel tersebut membentuk susi peng ikatan
antigen dengan pola mirip dengan kunci dan anak kunci Rantaa ri suatu antibodi
terdiri atas dua ope yaitu rantai kappa oco dan rantai lambda Diketahui ada 5 kelas
antibodi yaitu IgA IgD IgE IgG dan IgM yang masing masing mempunyai fungsi
spesifik Salah satu aspek luar tiasa sistem imuritas adalah kemampuan antibod, untuk
mengenali bermacam-macam antigen rang ada di alam Hal ini dtentukan proses
penyusunan ulang genom Yang melibatkan proses rekombinasa antara oleh suatu
bagian dengan bagan genom Yang lain, seuap rantau dengan menggunakan informasi
genetik yarg disimpan dalam bentuk beberapa sermen gen yang berbeda pada
kromosom segner zen yang menakode rantai tambda. Kappa, dan rantau berat m
berada pada kromosom manusia)
22 kromosom 2. dan kromosom 14. Gen pengkode antibodi yang diekspresikan dalam
limfosit B dan sel plasma disambung-sambung dari segmen-segmen ten tersebut
melalui proses rekombinasi.Gen pengkode rantai lambda.rancai kappa.dan rantai berat
masing-masing disusun dari dua, tiga, dan empat segmen gen yang berbeda Dalam
kromosom germ-line, urutan DNA yang mengk rantai ringan lambda terdapat dalam
dua tipe segmen gen, yaitu Lava (Leader peptide and variable region) yang mengkode
peptidaawal pada ujung amino yang bersifat hidrofobik dan ujung amino (NH, daerah
variabel yang terdiri atas 97 asam amino. Tipe segmen yang lain adalah Jaca oining
segment and Constant region) yang mengandung urutan DNA penyambung (oining
sequence) dan daerah yang daerah konstan.Sekuens penyambung mengkode bagian
terakhir sepanjang 13-15 asam amino pada daerah variabel rantai ringan lambda.Satu
gen pengkode rantai r lambda yang lengkap disusun dengan menyambungkan segmen
gen Lnvi dengan segmen gen Jaca disertai dengan penghilangan sekuens intron.Proses
ini te selama diferensiasi limfosit B.
PENYUSUNAN ULANG GEN PENGKODE RANTAI RINGAN LAMBDA
Pada manusia terdapat sekitar 300 segmen gen Lava (beberapa di antaranya tidak
fungsional) yang mengumpul pada daerah sekitar sentromer pada kromosom 22,
sedangkan ada sekitar 9 segmen gen J Ca yang berbeda dan terletak agak jauh dari
sentromer kromosom 22. Selama diferensiasi limfosit B, satu segmen Lava
disambungkan dengan satu segmen JaCA. Penyambungan tersebut dapat terjadi antara
segmen Lava dan J Ca yang mana pun. Gen Lav J C yang baru dibentuk mengandung
dua intron. Salah satu intron tersebut tersusun atas 93 pasangan basa antara ekson L.
dan ekson VA. Sementara intron yang satu lagi berukuran sekitar 1.200 pasangan basa
dan terletak di antara ekson J dan Ca Kedua intron tersebut dipotong dari transkrip
primer selama pemrosesan RNA Skema proses penyambungan segmen-segmen gen
yang membentuk gen pengkode rantai ringan lambda dapat dilihat pada Gambar 13.10
PENYUSUNAN ULANG GEN PENGKODE RANTAI RINGAN KAPPA
Rantai ringan kappa disintesis dengan menggunakan tiga segmen gen yang berbeda,
yaitu: segmen gen LKvk yang mengkode peptida awal (leader peptide) dan ujung
amino daerah variabel (2) segmen JK yang mengkode 13 asam amino terakhir daerah
variabel, dan (3) segmen Cr yang mengkode ujung karboksil daerah konstan. Pada
manusia, kromosom 2 mengandung sekitar 300 segmen gen LKVk (beberapa di
antaranya tidak fungsional), lima segmen gen JK, dan satu segmen gen C Segmen gen
JK terletak di antara segmen gen L v dan c Pada sel-sel gamet, kelima segmen gen Jx
dipisahkan dari segmen LKVK oleh suatu intron yang panjang dan dari segmen CK
oleh intron sepanjang 2.000 pasangan basa. proses perkembangan limfosit B, gen
pengkode rantai ringan kappa
yang diekspresikan pada sel tersebut disusun oleh satu segmen Love satu segmen Jr
dan satu segmen tunggal Ck melalui proses rekombinasi somatik. Dalam proses
tersebut, rekombinasi dapat menggabungkan salah satu segmen Lkk yang mana pun
dengan salah satu dari kelima segmen JK dengan menghilangkan seluruh bagian
intron. Penggabungan tersebut menghasilkan fusi LV JK yang mengkode keseluruhan
daerah variabel rantai ringan kappa. Sekuens intron di antara kelompokan segmen gen
JK and Co bersama-sama dengan segmen gen J yang dekat dengan segmen CK yang
tidak didelesi, tetap dipertahankan di dalam DNA sel-sel plasma. Keseluruhan
sekuens DNA tersebut (LKVk JK sekuens intron C) ditranskripsi dan sekuens intron
dihilangkan. Molekul mRNA yang dihilangkan selanjutnya ditranslasi dan peptida
awal dihilangkan selama proses translokasi melalui membran retikulum endoplasma.
Skema penyusunan ulang gen pengkode rantai ringan kappa dapat dilihat pada
Gambar 13.11

penyusunan ulang gen pengkode rantai ringan kappa. ringan kappa. (Diadaptasi dari
Weaver, 2003.) Penyusunan Ulang Gen Pengkode Rantai Berat Gen pengkode rantai
berat molekul antibodi (imunoglobulin) tersusun atas segmen LHvH JH dan CH
seperti pada penyusunan ulang gen pengkode rantai ringan kappa, tetapi ada satu
segmen tambahan yaitu segmen gen D (diversity) yang mengkode 2-13 asam amino
daerah variabel. Pada manusia terdapat 9 segmen gen CH yang terdapat pada
kromosom 14. yaitu CHu. CHa CH CHr.CHa1.CHm. CHH. CHe dan CHoa. Selain
itu, pada kromosom 14 juga terdapat 124 segmen gen LHVH, tetapi hanya 39 di
antaranya yang fungsional sedangkan selebihnya diduga adalah pseudogene. Pada
kromosom 15 dan 16 juga terdapat segmen gen VH, tetapi diduga segmen-segmen
gen tersebut tidak fungsional. Kromosom 14 juga mengandung 27 segmen gen D (25
fungsional, 2 tidak fungsional), dan 6 segmen gen JHT skema penyusunan gen
pengkode rantai berat pada molekul antibodi dapat dilihat pada Gambar 13.12

PENYUSUNAN ULANG GEN PENGKODE IMUNOGLOBULIN

Hasil-hasil penelitian penelitian menunjukkan bahwa proses rekombinasi yang
digunakan untuk penyusunan ulang gen pengkode imunoglobulin (antibodi) di
lakukan melalui proses yang terkendali. Dengan sistem regulasi tertentu. suatu
segmen gen v hanya akan digabungkan dengan segmen gen J tertentu dan tidak
dengan segmen gen V yang lain atau langsung dengan segmen gen C. Susumu
Tonegawa mengamati bahwa pada banyak gen pengkode imunoglobulin terdapat
suatu urutan nukleotida spesifik. Pada daerah yang berdekatan dengan masing-
masing daerah yang mengkode asam amino terdapat suatu urutan konsensus
nukleotida heptamer basa) yang bersifat palindromik yaitu: 5 -CACAGTG-3 Urutan
nukleotida heptamer tersebut diikuti oleh urutan lestari (conserved yang terdiri atas 9
basa (nonamer) yaitu: 5'- ACAAAAACC-3'. Urutan heptamer dan nonamen tersebut
dipisahkan oleh suatu urutan DNA pemisah (spacer) yang tidak lestari yang
mengandung 12 pasangan basa (disebut sinyal 12) atau 23 (t1) yang dikenal sebagai
sinyal 23. Urutan nukleotida yang menyusun sinyal inilah yang dikenal sebagai
sekuens sinyal rekombinasi (recombination signal sequence, RSS). Susunan RSS
tersebut adalah sedemikian rupa sehingga rekombinasi selalu menggabungkan sinyal
12 dengan sinyal 23. Hal tersebut disebut sebagai aturan 12/23 (12/23 rule) yang
menentukan bahwa sinyal 12 tidak pernah bergabung dengan sinyal 12 yang lain,
demikian pula dengan sinyal 23 sehingga

Selain melalui mekanisme kombinasi homolog atau rekombinasi khusus. genetik juga
dapat berlangsung karena transposisi. Transposisi adalah mansposisi suatu proses
perpindahan elemen genetik dari satu lokus dalarn suatu kromosom, Plasmid. atau
genom virus, ke bagian lain kromosom yang sama, atau bahkan ke suatu lokus dalam
kromosom lain. Eemen genetik yang berpindah tersebut dapat berupa satu gen atau
beberapa gen yang bertaut (linkage) dan dikenal sebagai elemen genetik yang dapat
bertransposisi (transposable genetic ele- ments), atau sering juga disebut transposon.
Elemen genetik yang dapat ber- transposisi tersebut ditemukan baik dalam prokanyot,
eukaryot. maupun dalam bakteriofag. Semua transposon membawa kode genetik
untuk satu atau lebih yang untuk transposisi. Di samping itu, beberapa dari satu
protein diperlukan transposon juga membawa gen lain yang menghasilkan fenotipe
tertentu, misalnya ketahanan terhadap antibiotik tertentu.

PENGELOMPOKAN TRANSPOSON

Berdasarkan atas mekanisme perpindahan transposisi) transposon dapat d golongkan

menjadi tiga kategori, yaitu: (1) transposon potong-tempel (cut- and paste
transposon). (2) transposon replikatif (replicative transposon). dan (3)
retrotransposon. Transposon pel dapat berpindah dari satu lokus ke lokus lain dengan
cara dipotong dari suatu lokus pada kromosom dan ditempelkan pada lokus lain yang
dapat terletak pada kromosom yang berbeda. Transposon replikatif mengalami
transposisi dengan melibatkan proses replikasi elemen DNA transposon. Enzim
transposase yang dikode oleh elemen genetik tersebut berperanan di dalam proses
interaksi dengan sisi tempat penyisipan transposon. Dalam interaksi tersebut elemen
DNA transposon direplikasi dan salah satu turunan (cop) disisipkan pada sisi baru
sedangkan elemen DNA aslinya tetap berada di sisi semula. Kategori transposon
ketiga, yaitu retro- transposon, dapat mengalami tranposisi dengan cara melakukan
proses transkripsi balik (reverse transcription) untuk mengubah elemen genetik
berupa RNA menjadi DNA. Proses ini dikatalisis oleh enzim transkriptase balik
(reverse transcriptase) Setelah DNA terbentuk, dilakukan penyisipan ke dalam sisi
target. Beberapa elemen genetik yang mengalami transposisi dengan cara ini
mempunyai kaitan dengan retrovirus sehingga transposon semacam ini juga sering
disebut elemen yang menyerupai retrovirus (retrovirus-like elements).Tabel 13.2
memuat daftar beberapa transposon berdasarkan atas mekanisme transposisinya.
Transposon pada Prokaryot Di dalam jasad prokaryot (E coli) diketahui ada empat
kelompok elemen genetik yang dapat bertransposisi yaitu :
1. Sekuens penyisip (insertion sequences, IS), yaitu suatu urutan nukleotida yang
tidak mempunyai fungsi lain selain untuk proses transposisi sekuens itu sendiri.
Sekuens penyisip merupakan transposon paling sederhana, Sekuens semacam ini
mempunyai uratan nukleotida berulang-balik (imerted repeat) pada posisi kedua
ujungnya yang berukuran sekitar 9-40 nukleotida. dan satu gen yang mengkode
sintesis enzim transposase yang mengkatalisis proses transposisi. Elemen is biasanya
berukuran kurang dari 2.500 pasangan basa. Elemen IS yang paling kecil yang
diketahui tersusun atas 768 pasangan nukleotida
. 2. Transposon komposit (diberi simbol Tn). yaitu suatu transposon yang selain
membawa fungsi transposisi, juga membawa gen lain, misalnya gen ketahanan
terhadap antibiotik.
3 Elemen Tn3 adalah kelompok transposon yang berukuran lebih besar daripada
elemen is dan umumnya membawa gen lain yang tidak berperanan dalam proses
transposisi, misalnya pada transposon komposit ElemenTn3 berbeda dari transposon
komposit karena Tn3 tidak mempunyai elemen IS pada kedua ujungnya, melainkan
berupa sekuens berulang-balik sederhana berukuran sekitar 38-40 nukleotida Selain
itu, Tn3 ga menghasilkan duplikasi sisi target pada waktu menyisip ke bagian target
. 4 g Mu, yaitu suatu bakteriofag lisogenik yang menggunakan proses transposisi
sebagai cara hidupnya. Dalam beberapa hal, proses transposisi mirip dengan proses
rekombinasi khusus yaitu melibatkan proses pemotongan untai DNA baik pada
molekul
Sekuens dan Elemen Penyisip Sekuens dan elemen penyisip (insertion sequences and
elements. IS) adalah transposon paling sederhana dan merupakan elemen genetik
yang biasanya ada pada kromosom bakteri dan plasmid. Sebagai contoh, satu strain E.
coli standar mempunyai delapan duplikat IS1 dan lima duplikat IS2. Ukuran is
biasanya sekitar 780 sampai 1.500 pasangan basa. Elemen IS merupakan contoh tran-
poison potong-tempel (cut-paste transposon). Pada waktu elemen IS menyisi ke dalam
DNA target, akan terjadi duplikasi sebagian urutan DNA pada sisi penyisipan. Satu
turunan hasil duplikasi terletak di kedua ujung elemen IS Hasil duplikasi tersebut
berupa urutan nukleotida pendek, sekitar 2-13 pasangan nukleotida yang berupa
urutan berulang-langsung (direct repeat. dan disebut sebagai duplikasi sisi target
(target site duplications). Skema proses duplikasi sisi target pada elemen IS dapat
dilihat pada Gambar 13.13 Jika elemen IS terdapat pada plasmid dan kromosom
bakteri, maka hal ini memungkinkan terjadinya rekombinasi homolog antar-DNA
yang berbeda. Rekombinasi semacam itulah yang berperanan dalam proses integrasi
plasmid F ke dalam kromosom bakteri. Jika plasmid dan kromosom mengalami
rekombinasi, maka plasmid yang berukuran lebih kecil akan terintegrasi ke dalam
kromosom. Beberapa contoh elemen IS disajikan pada Tabel 13