Regulasi Ekspresi Gen dan Perkembangan pada Erokariotik

Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)

Kelompok 14

Fenotip dari setiap sel dalam diri individu dan juga spesies satu dengan yang lainnya
berbeda, hal ini dikarenakan tidak semua gen muncul pada nukleus dan ada di setiap sel dalam
waktu yang sama. Pada eukariotik tingkat tinggi, hanya sedikit gen yang terekspresi pada 1
jaringan dalam waktu yang sama.

Differensiasi Sel pada Eukariotik Tinggi

Ekspresi gen dikontrol pada tingkatan transkipsi dan proses transkip. Diferensiasi terjadi
oleh regulasi ekspresi gen dan perubahan komposisi genom. Hal ini dibuktikan melalui
percobaan oada organisme yang berbeda. Pada amphibi nucleus dari sel telur diambil kemudian
nucleus dari sel yang lain ditransplantasi ke dalamnya. Perkembangan dari sel ini normal, hal ini
karena genom dari sel yang berbeda mengandung rangkaian sepasang nucleotida yang sama.
regulasi fine-tuning pada tingkat translasi sangat penting dalam mengkontrol proses metabolisme
organisme, meskipun aktivitas mekanisme regulasi dengan efek pada fenotip terjadi pada
tingkatan transkipsi dan proses RNA.
Perkembangan pada eukariotik tingkat tinggi dikontrol oleh preprogammed circuits of
genes expression. contohnya pada pelepasan hormon pada aliran darah atau pada fertilisasi sel
telur menggerakkan sepasang gen. Produk dari satu ataupun lebih dari fungsi gen dengan
transkipsi turning off dari sepasang gen dan/ atau turning on transkipsi pada pasangan gen kedua,
dimana produk dari sepasang gen kedua ini akan men turning on pasangan gen ketiga dst.
Sehingga ekpresi gen telah terprogam secara genetik dan gen tidak dapat keluar dari
rangkaiannya. Terdapat elemen regulasi yang disebut enhancer dan silencer yang mengatur
tingkatan ekspresi gen di dekat promotor.
Contoh Neoklasikal dari Perkembangan Regulasi Ekpresi Gen
a. Transkipsi kromosom lampbrush pada oosit amphibi
Pada kebanyakan eukariotik sintesis protein tidak mengiringi sintesis RNA,
semua komponen dibutuhkan sintesis protein saat embriogenesis pada fertilisasi telur.
Transkip gen pada bentuk molekul mRNA dan pre-mRNA harus ada dalam sel telur pada
tingkat dorman. Translasi molekul mRNA bertindak dalam peristiwa fertilisasi.
Regulasi Ekspresi Gen dan Perkembangan pada Erokariotik
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14

Transkipsi terjadi selama profase I (diploten) pada meiosis. Molekul pusat

dikelilingi oleh [3H]uridin kromosom lampbrush membuka pada sisi aktif dari transkipsi.
Kromosom ini dibutuhkan pada awal embriogenesis. Sintesis gen transkip selama
oogenesis telah ada namun dalam kondisi inaktif sampai fertilisasi terjadi. Produk gen
harus bertempat pada lokasi tertentu pada sitoplasma sel telur selama oogenesis. Pada
amphibi dan vertebrata lainnya perkembangan progam genetik ditentukaan selama
oogenesis. Perkembangan selanjutnya pada diferensiasi sel dimulai saat gastrula.
b. Gen rRNA pada oosit Amphibi
Sel telur amfibi mengandung 1012 ribosom. Gen rRNA muncul beriringan
didaerah nucleoli. Terdapat 1000 gen rRNA disetiap nukleoli diploid. D. Brown dan I.
Dawid menunjukkan bahwa Xenopus laevis mengandung 100 nukleoli yang mengandung
DNA sirkular membawa rRNA copy. Molekul DNA ektrakromosomal muncul untuk
mereplikasi pada putaran mekanisme. Meskipun daerah nucleolar kromosom bereplikasi
untuk menghasilkan DNA ektrakromosomal pertama tetap belum terbentuk.
Ketika protein dibutuhkan pada hemoglobin sel darah maka dapat menyelesaikan
translasi beberapa kali

Populasi transkip gen berbeda pada setiap tipe sel

Pada eukariot tingkat tinggi hanya sedikit dari genom yang mewakili mRNA pada tipe
sel, dimana ditunjukkan pada percobaan penjenuhan hibrididasi pada DNA-RNA. RNA diekstrak
sel dan disediakan untuk hibrididasi DNA nuclear. RNA ditambahkan pada reaksi yang hampir
sama dengan konsentrasi DNA, jadi semua rangkaian DNA melengkapi rangkaian populasi
RNA, sehingga akan membentuk DNA-RNA hibrid. Ekperimen ini berakhir dengan
menggunakan tipe sel yang berbeda dengan hasil 10% genom DNA mewakili molekul mRNA
disetiap sel. Beberapa gen yang sama dan beberapa gen yang tidak sama transkip pada jaringan
yang berbeda.

Mekanisme regulasi transkripsi pada eukariot tingkat tinggi

Pada E. Coli , holoenzim, RNA polymerase mengandung semua informasi yang
dibutuhkan untuk inisiasi transkripsi dengan memberikan sinyal promoter yang sesuai. Akan
tetapi RNA polymerase II pada eukariot yang mentrankripsikan sebagian besar gen-gen inti
Regulasi Ekspresi Gen dan Perkembangan pada Erokariotik
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14

pengkode protein, tidak dapat menginisiasi transkripsi secara tepat dalam keadaan in vitro
tanpa adanya penambahan 4 protein asesori/ factor transkripsi pada umumnya. Kebutuhan
terhadap transkripsi ini membutuhkan tapak-tapak tambahan regulasi transkripsi lainnya
dalam proses regulasi transkripsi.
Pengatur pendorong dan peredam transkripsi pada eukariotik
Gen eukarotik diregulasikan oleh elemen promoter yang terletak diujung 5 dari tapak
transkripsi-inisiasi dengan cara yang hampir mirip dengan regulasi prokariotik. Selain
promoter terdekat, beberapa gen eukariotik juga diregulasikan oleh elemen cis-acting yang
disebut sebagai enhancer (pendorong) dan silencer(peredam). Enhancer akan meningkatkan
traskripsi dan silencer akan menurunkan trankripsi. Ciri utama enhancer yang
membedakannya dengan promoter adalah sebagai berikut :
1. Enhancer dapat bekerja pada jarak yang relative lebih jauh hingga beberapa ribu
pasangan nukleotida dari gen yang teregulasi.
2. Enhancer dapat berorientasi secara bebas yang berfungsi sama baiknya dalam keadaan
normal ataupun terbalik.
3. Enhancer letaknya bebas, yang berfungsi sama baik di ujung 5 maupun di ujung 3
dari suatu gen,atau hadir dalam sebuah intron suatu gen.
Enhancer/ penguat merupakan elemen yang relative luas yang panjangnya mencapai hingga
beberapa ribu pasang nukleotida. Terkadang enhancer/penguat ini memiliki urutan berulang
yang memiliki aktivitas peningkatan parsial dengan enhancer itu sendiri. Sebagian besar
elemen enhancer/penguat berfungsi secara lengkap atau sebagian pada jaringan-spesifik,
yaitu, hanya akan meningkatkan transkripsi gen dalam jaringan target yang spesifik.
Secara ekstensive kajian enhancer/penguat ini nampak pada minikromosom SV40, yang
merupakan suatu virus pada monyet yang dapat diselidiki pada sel kultur. Secara keseluruhan
panjang enhancer/penguat SV40 berkisar 220 pasang nukleotida. Bagian minkromosom
SV40 tidak dikemas menjadi nukleoso yang diduga karena adanya faktor transkripsi protein
yang mencegah pengemasan menjadi nukleosome oleh histon. Enhacer/penguat SV40
mengandung dua ulagan lansung pasangan nukleotida 72, delesi kedua ulangan tersebut akan
meniadakan aktivitas enhancer. Jka salah satunya dihilangkan, enhancer/penguat masi tetap
berfungsi. Percobaan terbaru menunjukkan bahwa enhancer/penguat SV40 dapat bepindah ke
tempat lain dalam minikromosom tanpa kehilangan aktivitasnya. Penyisipan inhancer SV40
Regulasi Ekspresi Gen dan Perkembangan pada Erokariotik
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14

dalam beberapa ribu pasang nukleotide gen struktural dapat meningkatkan tingkat transkripsi
sebanyak 100 kali lipat . Sejumlah enhancer/penguat dikarakterisasi sebagai kunci regulasi.
fitur mencolok dari enhancer ditandai dengan menunjukkan spesifisitas jaringan. Spesifitas
jaringan pada enhancers/penguat ini menarik namun tidak dapat dipahami dasar molecular
spesifitas ini. Faktor terikat pada urutan enhancer dan urutan promotor dapat bertindak dengan
cara kooperatif, baik secara positif maupun negatif. ini menunjukkan bahwa protein ini
mungkin berhubungan, setidaknya beberapa waktu, dan menunjukkan bahwa DNA intervensi
melipat atau lengkungan untuk memungkinkan kontak ini. Model enhancer dan silencer
bertindak sehingga menyerupai mekanisme regulasi operon ara di E.coli, kecuali keterlibatan
sejumlah protein dalam regulasi eukariot tingkat tinggi.
Tingkat transkipsi oleh DNA metilasi
gugus metil pada 5-karbon dari pirimidin, yang menempati posisi alur utama molekul DNA,
sehingga mereka memiliki potensi untuk berperan dalam interaksi DNA dengan protein
tertentu. Faktanya, kajian tentang ikatan represor untuk operon lac E.coli ke operator lac DNA
menunjukkan penambahan dan pemindahan suatu gugus methyl tunggal dapat merubah
bentuk afinitas DNA. Sehingga peran regulasi potensial gugus 5-methyl pada dasar pirimidin
telah terbentuk dengan baik.
Hingga saat ini tidak ada penjelasan yang membuktikan peran metilasi pada regulasi ekspresi
sejumlah gen eukariotik. Sebaliknya, pendapat keterlibatan metilasi dalam mengontrol
ekspresi gen eukariotik berdasarkan pada 3 macam bukti tidak nyata :
1. Sejumlah studi mendemonstrasikan korelasi antara tingkat ekspresi gen dan tingkat
metilasi, misalnya : metilasi rendah ekspresi gen tinggi
2. Pola metilasi merupakan jaringan spesifik
3. ekspresi gen pada jaringan dalam keadaan normal tidak dapat terekespresi
Bagaimanapun, kunci tahapan sejumlah model pengaturan ekspresi gen atau diferensiasi
melalui metilasi DNA melibatkan pola metilasi, formasi jaringan spesifik.
Apakah DNA Z memiliki peranan dalam regulasi ?
Salah satu dari sekian banyak penemuan yang menarik pada decade terakhir adalah
penemuan segmen DNA yang terdiri atas purin dan pirimidin yang tersusun berselang-seling
sepanjang untaian yang dapat membentuk ikatan double heliks ke arah kiri. Bentuk heliks
ganda DNA kearah kiri dinamakan Z.DNA untuk jalur zigzag dari molekul kerangka gula-
Regulasi Ekspresi Gen dan Perkembangan pada Erokariotik
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14

fosfat. Biasanya Z DNA yang terdiri atas purin dan pirimidin yang tersusun berselang-seling
pada untaian DNA terjadi hanya pada konsentrasi garam yang tinggi. namun, Z-konformasi
stabil pada konsentrasi garam yang lebih rendah. Dengan demikian, Z-DNA terdiri dari urutan
purin-pirimidin berseling, yang mengandung basa metal mungkin stabil secara in vivo. Selain
itu, stabilitas ditingkatkan oleh kation, termasuk poliamina seperti spermine, berdasarkan
supercoil negative, dan oleh DNA protein spesifik untuk Z-DNA. Petunjuk lain dari
kemungkinan keterlibatan Z-DNA dalam mengatur ekspresi gen adalah bahwa struktur protein
regulator tertentu menunjukkan bahwa mereka dapat mengikat dalam alur utama heliks ganda
kea rah kiri, tetapi tidak heliks kearah kanan. Pada kenyataannya streitz mengemukakan
protein activator menyeimbangkan urutan ikatan CAP pada konformasi kea rah kiri. Lebih
jauh mereka menjelaskan bahwa transisi dari putaran ke kanan ke putaran kiri dalam double
heliks akan melepas promoter yang berdekatan tapak ikatan RNA Polimerasi hingga
transkripsi gen structural terdekat. Meskipun transisi dari urutan DNA dalam konformasi B-ke
urutan konformasi Z telah terbukti terjadi dalam plasmid individu, signifikansi biologis dari
transisi ini masih belum diketahui. Percobaan dirancang untuk menguji kemungkinan (1)
bahwa bentuk B untuk bentuk Z transisi di DNA yang terlibat dalam regulasi ekspresi gen dan
(2) bahwa protein regulator dapat bertindak dengan cara mengikat dan menstabilkan satu atau
yang lain dari konformasi ini mungkin menyebabkan beberapa perkembangan menarik selama
beberapa tahun ke depan.

Struktur kromatin : Nukleus sensitive dekat dengan gen aktif

Pada nukleosom frekuensi gen yang aktif ditranskripsi maupun gen yang inaktif sama
tapi tidak identik. Sensitivitas nuklease dari gen-gen yang aktif tergantung pada dua protein
kromosomal non histon, yaitu HMG14 dan HMG17, HMG adalah High Mobility Group. Apabila
gen ini dipindahkan dari kromatin gen yang aktif maka sensitifitasnya akan menghilang, tapi
apabila ditambahkan kembali maka sensitifitasnya akan kembali juga. Daerah hypersensitive
berlokasi di ujung promotor gen yang ditranskripsi. Bentuk suatu DNA tidak selalu sama karena
Regulasi Ekspresi Gen dan Perkembangan pada Erokariotik
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14

DNA dapat mengalami modifikasi pada daerah hypersensitive menjadi bentuk lain, daerah
hypersensitive ada pada ujung prmotor gen yang di transkripsi atau bisa juga pasa enhancer.

Kontrol Hormonal Ekspresi Gen

Dalam komunikasi intraaseluler, terdapat dua macam sinyal oleh hormone, yaitu sinyal
yang dihasilkan oleh hormone melui membrane sel karena ukuran molekulnya yang besar
sehingga tidak dapat masuk ke dalam sel, dan sinyal karena masuknya hormone ke dalam plasma
sel karena molekulnya yang kecil.

Aktivitas Transkripsi Oleh Hormon streroid

Transkripsi gen target akan diaktifkan oleh protein reseptor hormone yang berikatan
dengan sekuens DNA spesifik pada daerah regulator tanpa daerah promotor dan enhancer yang
meregulasi transkripsi gen target, contohnya yang terjadi pada glucocorticoid, esterogen dan,
tiroid hewan tingkat tinggi. Protein reseptor sendiri berfungsi sebagai aktovator suatu transkripsi.
Selain itu protein reseptor juga dapat berinteraksi dengan protein kromosomal non-histon yang
ada pada kromasil sel target, hal ini akan menimbulkan terjadinya transkripsi pada gen yang
ditentukan.

Aktivasi Hormon Glucocorticoid melalui element enhancer

Pemberian hormone steroid pada sel yang berbeda akan memberikan efek yang berbeda
pula. Hormon steroid spesifik seperti glukokortikoid (missal : kortisol) dan esterogen (missal: b-
estradiol) mampu mengaktifkan gen-gen pada sel target spesifik dengan perantara protein,
sehingga terjadi interaksi dengan sekuen regulatori cis-acting (enhancer). Reseptor hormone
glukokortikoid mengaktifkan gen target dengan cara berikatan dengan sekuen GREs
(Glucocorticoid Response Elements) pada enhancer yang berdekatan dengan gen tersebut, yang
kemudian akan mengaktifkan promotor dari gen-gen target sehingga promotor terbuka dan RNA
polymerase melekat pada tempatnya dan terjadi trasnkripsi.
Regulasi Ekspresi Gen dan Perkembangan pada Erokariotik
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14

Ecdison dan kromosom puffs pada lalat

Puff merupakan pita kromosom yang memiliki struktur berwarna dengan tingkat
kerapatan rendah, mekanisme pembentukannya disebut dengan Puffing. Puff berperan dalam
memfasilitasi transkripsi sekelompok gen, mengandung sekuen DNA yang komplementer
dengan sekuen RNA yang ada pada mRNA sitoplasmik. Selama perkembangan lalat, ecdison
dilepaskan dan merangsang molting. Ecdison akan menginduksi squensial puffing yang
disebabkan efek dari hormone steroid pada ekspresi gen.

Regulasi melalui jalur pemotongan-penyambungan hasil transkripsi

Transkripsi merupakan jalur pemotongan alternative pada embrio dan pupa, missal pada
gen tropomiosin Drosphila dan hewan vertebrata. Tropomiosin merupakan kelompok protein
yang merantai antara aktin dan troponin yang membentu regulasi krontraksi otot. Anatara
Regulasi Ekspresi Gen dan Perkembangan pada Erokariotik
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14

jaringan otot dan bukan ditandai dengan isoform, isoform tropomiosin dihasilkan dari gen yang
sama sebagai pemotong alternatf.
Regulasi sirjuit komplesk ekspresi gen pada eukariot
Berdasarkan model Britten dan Davidson, gen-gen spesifik menunjukkan sekuen pengikatan
spesifik. Saat sensor gen menerima sinyal yang sesuai, mereka akan mengaktifkan transkripsi
gen-gen yang berdekatan. Hasil gen integrator merupakan activator RNA yang berintrraksi
secara langsung dengan gen-gen reseptor yang merangsang transkripsi contiguous producer
genes (analog dengan gen structural pada operon prokariotik). Berbagai macam gen-gen
produser dapat diaktifkan sebagai respon terhadap sinyal yang berbeda. Apabila gen integrator
dan reseptor memang redundan,complex integrated circuits ekspresi gen dapat mudah
ditemukan.

Pertanyaan dan Jawaban

Nindis Pristya
1. Mengapa eukariot memiliki mekanisme ekspresi gen yang lebih rumit?
Jawab :
Regulasi Ekspresi Gen dan Perkembangan pada Erokariotik
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14

Sebab sel eukariot mengandung lebih banyak informasi genetic dan tersimpan
dalam beberapa kromosom sedangkan pada prokariot hanya pada satu kromosom. Serta
kebanyakan eukariot adalah organisme multiseluler dengan tipe sel berbeda. Setiap sel
menggunakan seperangkat gen yang berbeda untuk mensintesis protein yang berbeda.

2. Bagaiamanakah peran penting dari protein nonhiston kromosom pada regulasi ekspresi
gen eukariot?
Jawab :
Protein non histon di kromatin menentukan apakah pengkode gen untuk histon
perlu ditranskripsi. Pernyataan tersebut ditunjukkan ketika kromatin dari fase G1
digunakan, tidak ada mRNA histon yang disintesis. Ketika non histon dihilangkan dari
kromatin fase G1 dan digantikan dengan protein kromosom non histon dari kromatin fase
S, mRNA histon disintesis. Disisi lain, ketika non histon pada kromatin penyusun dari
fase G1 dan DNA serta histon dari fase S, maka tidak ada mRNA histon yang disintesis.

Riza Eka N
1. Apa yang membedakan antara prokariotik dan eukariotik pada regulasi ekspresi pada
tingkat transkripsi ?
Jawab: Pada eukariot tidak dikenal adanya operon seperti yang terdapat pada prokariot,
tiap gen mempunyai promotor dan terminator masing-masing. Pada eukariot terdapat
lebih banyak protein dan lebih banyak ruas DNA yang terlibat dalam regulasi, protein-
protein ini disebut faktor transkripsi. Lebih lanjut pada eukariot protein-protein tersebut
kelihatan lebih banyak yang berperan sebagai aktivator ketimbang sebagai represor.
Selain itu, aktivator pada aktivitasnya akan berinteraksi dengan ruas-ruas DNA yang
disebut ruas pemacu (enchancer). Berbeda dengan operator prokariot, ruas pemacu
mempunyai jarak yang cukup jauh dari promotor, mungkin berada di sebelah hilir atau
sebelah hulu dari gen.

2. Bagaimanakah gambaran Enhancher?

Jawab : Gambaran enhancher: enhancher dapat bekerja pada jarak yang relative jauh-
yaitu lebih dari beberapa ribu pasang nukleotida dari gen yang diregulasi, orientasi
enhancher bebas mereka dapt berfungsi dengan beragai orientasi, baik itu normal atau
Regulasi Ekspresi Gen dan Perkembangan pada Erokariotik
Nindis Pristya (150342600086) / Riza Eka Novitasari (150342602425)
Kelompok 14

bolak-balik; posissi enhancher bebas-mereka dapat berfungsi dengan baik pada posisi
upstream (5) atau downstream (3) dari gen /hadir dalam intron gen.