KEBUTUHAN NUTRISI BAKTERI bioenergetik (reaksi yang menghasilkan energi).
diperlukan sel untuk menyusun komponen seluler,
Nutrisi adalah substansi organik yang dibutuhkan
organisme untuk fungsi normal dari sistem tubuh,
pertumbuhan, pemeliharaan kesehatan. Nutrisi
didapatkan dari makanan dan cairan yang
selanjutnya diasimilasi oleh tubuh. Untuk keperluan
hidupnya, semua makhluk hidup memerlukan
bahan makanan. Bahan makanan ini diperlukan
untuk sintesis bahan sel dan untuk mendapatkan
energi. Demikian juga dengan mikroorganisme,
untuk kehidupannya membutuhkan bahan-bahan
organik dan anorganik dari lingkungannya. Bahan-
bahan tersebut disebut dengan nutrient (zat gizi),
sedang proses penyerapanya disebut proses nutrisi
(Suriawiria, 1985).
Mikroba sama dengan makhluk hidup lainnya,
memerlukan suplai nutrisi sebagai sumber energi
dan pertumbuhan selnya. Unsur-unsur dasar
tersebut adalah : karbon, nitrogen, hidrogen,
oksigen, sulfur, fosfor, zat besi dan sejumlah kecil
logam lainnya. Ketiadaan atau kekurangan sumber-
sumber nutrisi ini dapat mempengaruhi
pertumbuhan mikroba hingga pada akhirnya dapat
menyebabkan kematian. Kondisi tidak bersih dan
higienis pada lingkungan adalah kondisi yang
menyediakan sumber nutrisi bagi pertumbuhan
mikroba sehingga mikroba dapat tumbuh
berkembang di lingkungan seperti ini. Oleh karena
itu, prinsip daripada menciptakan lingkungan bersih
dan higienis adalah untuk mengeliminir dan
meminimalisir sumber nutrisi bagi mikroba agar
pertumbuhannya terkendali (Anonymous, 2006).
Menurut Waluyo (2005), peran utama nutrien
adalah sebagai sumber energi, bahan pembangun
sel, dan sebagai aseptor elektron dalam reaksi
Oleh karenanya bahan makanan yang diperlukan
terdiri dari air, sumber energi, sumber karbon,
sumber aseptor elektron, sumber mineral, faktor
pertumbuhan, dan nitrogen. Selain itu, secara
umum nutrient dalam media pembenihan harus
mengandung seluruh elemen yang penting untuk
sintesis biologik oranisme baru (Jawetz, 2001).
Pertumbuhan mikoorganisme tergantung dari
tersedianya air. Bahan-bahan yang terlarut dalam
air, yang digunakan oleh mikroorganisme untuk
membentuk bahan sel dan memperoleh energi,
adalaah bahan makanan. Tuntutan berbagai
mikroorganisme yang menyangkt susunan larutan
makanan dan persyaratan lingkungan tertentu,
sangat berbeda-beda. Oleh sebab itu diperkenalkan
banyak resep untuk membuat media biak untuk
mikroorganisme. Pada dasarnya sesuatu larutan
biak sekurang-kurangnya harus memenuhi syarat-
syarat berikut. Di dalamnya harus tersedia semua
unsur yang ikut serta pada pembentukan bahan sel
dalam bentuk berbagai senyawa yang dapat dioloah
(Schlegel, 1994).
Peran Nutrisi Sebagai Dasar Kehidupan Pada
Mikroba
Mayoritas komponen seluler adalah karbon,
oksigen, hidrogen, nitrogen, fosfor dan elemen ini
merupakan penyusun utama membran, protein,
asam nukleat dan struktur seluler lainnya. Elemen
ini diperlukan paling banyak oleh mikroba untuk
menyusun komponen selulernya. Oleh karena itu
disebut makronutrien. Elemen lainnya yang sedikit
diperlukan oleh mikroba untuk menyusun
komponen selulernya disebut mikronutrien. Elemen
lainnya yang sangat sedikit (bahkan tidak terukur)
tetapi harus hadir dalam nutrisinya disebut trace
elemen. Semua elemen yang diperlukan oleh
mikroba dipaparkan dalam bab selanjutnya. Faktor
pertumbuhan merupakan molekul organik yang
penting bagi pertumbuhan tetapi tidak mampu
disintesis oleh mikroba sendiri seperti vitamin dan
asam amino. ( Arudewangga, 2010)
Semua organisme memerlukan karbon, energi dan
elektron untuk aktivitas metabolismenya, dan
bakteri telah dikelompokkan berdasarkan metode
memperoleh dan mengunakan ketiga komponen
tersebut. Karbon merupakan komponen utama dan
penting bagi sistem hidup khususnya sebagai
kerangka makromolekul seluler. Mikroba yang
memperoleh karbon dari karbon dioksida disebut
autotrof, sedangkan mikroba yang memperoleh
karbon dari molekul organik disebut heterotrof.
Energi untuk keberlangsungan reaksi seluler dapat
berasal dari konversi cahaya atau reaksi oksidasi
senyawa organik maupun anorganik. Mikroba
fototrofik mampu mengkonversi cahaya menjadi
energi kimia, sedangkan kemotrofik memperoleh
energi dari oksidasi kimiawi baik organik maupun
anorganik. Dalam memperoleh energi diperlukan
sumber elektron. Mikroba yang memperoleh
elektron dari senyawa organik, disebut organotrof,
sedangkan yang memperoleh elektron dari senyawa
anorganik disebut litotrof. ( Arudewangga, 2010)
Jenis-jenis nutrisi yang diperlukan mikroba
Mikroorganisme teramat khusus dalam hal sifat-
sifat faali. Berkenaan dengan hal tersebut
persyaratan zat gizinya pun juga bersifat khusus.
Ribuan macam medium dianjurkan untuk
pembiakannya. Penentuan medium biakan harus
berdasarkan persyaratan nutrisi bagi
mikroorganisme yang bersangkutan. Persyaratan
nutrisi dalam bentuk zat-zat kimia diperlukan untuk
pertmbuhan dan fungsi normal. Berikut ini
persyaratan nutrisi bagi mikroorganisme:
Semua organisme hidup membutuhkan
sumber energi
Beberapa bentuk kehidupan, seperti tumbuhan hijau
dapat menggunakan energi cahaya, hal tersebut
dinamakan dengan fototrof. Sedangkan yang lain,
seperti hewan berantung pada oksidasi senyawa-
senyawa kimia untuk memperoleh energinya.
Makhluk-makhluk semacam yang disebutkan
terakhir disebut dengan kemotrof. Semua organism
hidup terbagi menjadi fototrof dan kemotrof.
Semua oganisme hidup membutuhkan
karbon
Sejumlah organisme membutuhkan sejumlah
karbon dalam bentuk senyawa karbon dioksida,
tetapi kebanyakan diantarannya juga membutuhkan
beberapa senyawa karbon organik, seperti gula dan
karbohidrat. Tumbuhan, alga, dan beberapa kuman
berklorofil membutuhkan karbon dioksida dan
mengubahnya menjadi karbohidrat melalui proses
fotosintesis. Ditinjau dari segi nutrisi, semua
organisme yang disebutkan diatas adalah organism
ototrof. Bila mereka memperoleh energinya dari
cahaya maka disebut organisme fotoototrof, dan
bila memperoleh energinya dengan cara
mengoksidasi senyawa kimia, maka disebut
organisme kemoototrof. Mikroorganisme yang
lain tidak dapat menggunakan karbon dioksida
sebagai sumber karbon dan hidupnya bergantung
pada organisme ototrof untuk memproduksi
karbohidrat dan senyawa-senyawa organik lain
yang digunakan sebagai makanan. Organisme yang
membutuhkan senyawa-senyawa organik lain
sebagai sumber karbonnya disebut organissme
heterotrof . ( Lud Waluyo, 2004)
Organisme yang berfotosintesis dan bakteri yang
memperoleh energi dari oksidasi senyawa organik
menggunakan secara khas bentuk karbon yang
paling teroksidasi, CO2, sebagai satu-satunya
sumber utama karbon selular. Perubahan CO2,
menjadi
unsur pokok sel organik adalah proses reduktif,
yang memerlukan pemasukan bersih energi. Karena
itu, di dalam golongan faali ini, sebagian besar dari
energi yang berasal dari cahaya atau dari oksidasi
senyawa anorganik yang tereduksi harus
dikeluarkan untuk reduksi CO2 sampai kepada
tingkat zat organik.
Semua organisme lain memperoleh karbonnya
terutama dari zat gizi organik. Karena kebanyakan
substrat organik adalah setingkat dengan oksidasi
umum sebagai unsur pokok sel organik, zat-zat itu
biasanya tidak usah menjalani reduksi pertama yang
berguna sebagai sumber karbon sel. Selain untuk
memenuhi keperluan biosintetik akan karbon, maka
substrat organik harus memberikan keperluan
energetik untuk sel itu. Akibatnya sebagian besar
daripada karbon yang terdapat pada substrat
organik memasuki lintasan lintasan metabolisme
yang menghasilkan energi dan akhirnya
dikeluarkan lagi dari sel, sebagai CO2 (hasil utama
dalam metabolisme pernapasan yang menghasilkan
energi atau sebagai campuran CO2 dan senyawa
organik). Jadi, substrat organik biasanya
mempunyai peran gizi yang lengkap. Pada waktu
yang bersamaan, berguna sebagai sumber karbon
dan sumber energi. Banyak mikroorganisme dapat
menggunakan senyawa senyawa organik tunggal
untuk memenuhi keperluan kedua zat gizi tersebut
seluruhnya. Akan tetapi, yang lain tidak dapat
tumbuh bila hanya diberi satu senyawa organik dan
mereka memerlukan bermacam-macam jumlah
senyawa tambahan sebagai zat gizi. Tambahan zat
gizi organik ini mempunyai fungsi biosintetik
semata-mata, yang diperlukan sebagai pelopor
unsur-unsur pokok sel organik tertentu yang tidak
dapat disintesis oleh organisme tersebut. Zat itu
disebut faktor tumbuh. (Anonymous, 2010)
Mikroorganisme teramat beragam baik dalam hal
macam maupun jumlah senyawa organik yang
dapat mereka gunakan sebagai sumber utama
karbon dan energi. Keanekaragaman ini
diperlihatkan secara nyata bahwa tidak ada senyawa
organik yang dihasilkan secara alamiah yang tidak
dapat digunakan sebagai sumber karbon dan energi
oleh beberapa mikroorganisme. Karena itu, tidaklah
mungkin untuk memberikan secara singkat sifat-
sifat kimiawi sumber karbon organik untuk
mikroorganisme. Variasi yang luar biasa mengenai
keperluan akan karbon adalah salah satu segi
fisiologis yang paling menarik dalam mikrobiologi.
Kebanyakan organisme yang bergantung pada
sumber-sumber karbon organik memerlukan CO2
pula sebagai zat gizi dalam jumlah yang sangat
kecil, karena senyawa ini digunakan dalam
beberapa reaksi biosentitik. Akan tetapi, karena
CO2 biasanya dihasilkan dalam jumlah banyak oleh
organisme yang menggunakan senyawa organik,
persyaratan biosintetik dapat terpenuhi melalui
metabolisme sumber karbon organik dan energi.
Sekalipun demikian, peniadaan CO2 sama sekali
sering kali menangguhkan atau menghambat
pertumbuhan mikroorganisme pada media organik,
dan beberapa bakteri dan cendawan memerlukan
konsentrasi CO2 yang relatif tinggi di dalam
atmosfer (5-10 %) untuk pertumbuhan yang
memadai dalam media organik.
Semua organisme hidup membutuhkan
nitrogen
Tumbuhan menggunakan nitrogen dalam bentuk
garam nitrogen anorganik seperti kalium nitrat,
sedangkan hewan membutuhkan senyawa nitrogen
organik, seperti protein dan produk perurainnya,
yakni peptida dan asm-asam amino tertentu.
Beberapa kuman sangat beragam terhadap
kebutuhan nitrogen; beberapa menggunakan
nitrogen atmosferik, beberapa tumbuh pada
senyawa nitrogen anorganik, dan yang lain
membutuhkan nitrogen dalam bentuk senyawa
nitrogen organik. (Suriawiria, 1999)
Semua organisme hidup membutuhkan
belerang (sulfur) dan fosfor
Persyaratan akan zat sulfur pada hewan secara khas
dipenuhi oleh senyawa-senyawa sulfur organik.
Sedangkan persayaratan akan sulfur pada tumbuhan
secara khas dipenuhi melalui senyawa-senyawa
anorganik. Fosfor biasanya diberikan sebagai fosfat
yaitu garam-garam fosfat.
Belerang adalah komponen dari banyak substansi
organik sel. Belerang membentuk bagian struktur
beberapa koenzim dan ditemukan dalam rantai
samping cisteinil dan merionil protein. Belerang
dalam bentuk asalnya tidak dapat digunakan oleh
tumbuhan atau hewan. Namun, beberapa bakteri
autotropik dapat mengoksidasinya menjadi sulfat
(SO42-). Kebanyakan mikroorganisme dapat
menggunakan sulfat sebagai sumber belerang,
mereduksi sulfat menjadi hidrogen sulfida (H2S).
Beberapa mikroorganisme dapat mengasimilasi H2S
secara langsung dari medium pertumbuhan tetapi
senyawa ini dapat menjadi racun bagi banyak
organisme.
Semua organisme hidup membutuhkan
beberapa unsure logam. Natrium,
kalium, magnesium, mangan, besi, seng,
tembaga, dan kobalt
Berbagai unsur tersebut digunakan untuk
pertumbuhan yang normal, tidak terkecuali kuman.
Jumlah yang dibutuhkan biasanya amat kecil dan
diukur dalam satuan ppm (part per million =
persejuta).
Semua organisme hidup membutuhkan
vitamin
Vitamin adalah senyawa organik khusus yang
penting untuk pertumbuhan. Kebanyakan vitamin
berfungsi membentuk subsansi yangmengaktifkan
enzim. Dalam aspek nutrisi akan vitamin pada
bakteri menunjukkan pola yang beragam. Meskipun
bakteri membutuhkan vitamin didalam proses
metaboliknya yang normal, beberapa mikroba
mampu mensintesis seluruh kebutuhan vitaminnya.
Semua organisme hidup membutuhkan
air
Air pada organisme berfungsi untuk membantu
fungsi-fungsi metabolik dan pertumbuhannya.
Untuk mikroorganisme, semua nutrient harus dalam
bentuk larutan sebelum dapat memasuki selnya. (
Lud Waluyo, 2004)
Sejumlah besar mineral dibutuhkan untuk fungsi
enzim. Ion magnesium (Mg2+) dan ion ferrum
(Fe2+) juga ditemukan pada turunan porfirin yaitu:
magnesium dalam molekul klorofil, dan besi
sebagai bagian dari koenzim sitokrom dan
peroksidase. Mg2+ dan K+ keduanya sangat penting
untuk fungsi dan kesatuan ribosom. Ca2+
dibutuhkan sebagai komponen dinding sel gram
positif, meskipun ion tersebut bebas untuk bakteri
gram negatif. Banyak dari organisme laut
membutuhkan Na+ untuk pertumbuhannya. Dalam
memformulasikan medium untuk pembiakan
kebanyakan mikroorganisme, sangatlah penting
untuk menyediakan sumber potassium, magnesium,
kalsium, dan besi, biasanya dalam bentuk ion-ion
(K+, Mg2+, Ca2+, dan Fe2+). Banyak mineral lainnya
seperti: Mn2+, Mo2+, Co2+, Cu2+, dan Zn2+
dibutuhkan, dan mineral ini kerapkali terdapat
dalam air kran atau sebagai kontaminan dari
kandungan medium lainnya.
Semua organisme hidup membutuhkan
oksigen
Untuk sel, oksigen tersedia dalam bentuk air.
Selanjutnya oksigen juga terdapat dalam CO2 dan
dalam bentuk senyawa organik. Selain itu masih
banyak organisme yang tergantung dari oksigen
molekul (O2 atau dioksigen). Oksigen yang berasal
dari molekul oksigen hanya akan diinkorporasi ke
dalam substansi sel kalau sebagai sumber karbon
digunakan metana atau hidrokarbon aromatik yang
berantai panjang. Menilik hubungannya dengan
oksigen dapat dibedakan sekurang-kurangnya tiga
kelompok organisme, organisme aerob obligat yang
mampu menghasilkan energi hanya melalui
respirasi dan dengan demikian tergantung pada
oksigen. Organisme anaerob obligat hanya dapat
hidup dalam lingkungan bekas oksigen. Untuk
organisme ini O2 bersifat toksik. Mikroorganisme
anaerob fakultatif tumbuh dengan adanya O2 udara,
jadi bersifat aerotoleran; tetapi organisme ini tidak
dapat memanfaatkan O2, tetapi memperoleh energi
semata-mata dari peragian. Jenis bakteri anaerob
fakultatif lain (Enterobacteriaceae) dan banyak ragi
dapat beralih dari peroleh energi dengan respirasi
(dengan adanya O2) ke peragian (tanpa O2).
Jenis Nutrisi
Nutrien dalam media perbenihan harus
mengandung seluruh elemen yang penting untuk
sintesis biologik organisme baru. Nutrient
diklasifikasikan berdasarkan elemen yang mereka
suplai.
Sumber Karbon
Tumbuhan-tumbuhan dan beberapa bakteri mampu
mengunakan energi fotosintetik untuk mereduksi
karbondioksida pada penggunaan air. Organisme ini
termasuk kelompok autotrof, makhluk hidup yang
tidak membutuhkan nutrient organik untuk
pertumbuhannya. Autotrof lain adalah
khemolitotrof, organisme yang menggunakan
substrat anorganik seperti hidrogen atau thiosulfat
sebagai reduktan dan karbondioksida sebagai
sumber karbon.
Heterotrof membutuhkan karbon organik untuk
pertumbuhannya, dan karbon organik tersebut harus
dalam bentuk yang dapat diasimilasi. Contohnya,
naphthalene dapat menyediakan semua karbon dan
energi yang dibutuhkan untuk pertumbuhan
respirasi heterotropik, tetapi sangat sedikit
organisme yang memiliki jalur metabolik yang
perlu untuk asimilasi naphthalene. Sebaliknya,
glukosa, dapat membantu pertumbuhan fermentatif
atau respirasi dari banyak organisme. Adalah
penting bahwa substrat pertumbuhan disuplai pada
tingkatan yang cocok untuk galur mikroba yang
akan ditumbuhkan. Karbondioksida dibutuhkan
pada sejumlah reaksi biosintesis. Banyak organisme
respiratif menghasilkan lebih dari cukup
karbondioksida untuk memenuhi kebutuhannya,
tetapi yang lain membutuhkan sumber
karbondioksida pada medium pertumbuhannya
(Jawetz, 2001).
Keperluan akan Zat Karbon
Organisme yang berfotosintesis dan bakteri yang
memperoleh energi dari oksidasi senyawa organik
menggunakan secara khas bentuk karbon yang
paling teroksidas, CO2, sebagai satu-satunya
sumber utama karbon selular. Perubahan CO2,
menjadi unsur pokok sel organik adalah proses
reduktif, yang memerlukan pemasukan bersih
energi. Karena itu, di dalam golongan faali ini,
sebagian besar dari energi yang berasal dari cahaya
atau dari oksidasi senyawa anorganik yang
tereduksi harus dikeluarkan untuk reduksi CO2
sampai kepada tingkat zat organik.
Semua organisme lain memperoleh karbonnya
terutama dari zat gizi organik. Karena kebanyakan
substrat organik adalah setingkat dengan oksidasi
umum sebagai unsur pokok sel organik, zat-zat itu
biasanya tidak usah menjalani reduksi pertama yang
berguna sebagai sumber karbon sel. Selain untuk
memenuhi keperluan biosintetik akan karbon, maka
substrat organik harus memberikan keperluan
energetik untuk sel itu. Akibatnya sebagian besar
daripada karbon yang terdapat pada substrat
organik memasuki lintasan lintasan metabolisme
yang menghasilkan energi dan akhirnya
dikeluarkan lagi dari sel, sebagai CO2 (hasil utama
dalam metabolisme pernapasan yang menghasilkan
energi atau sebagai campuran CO2 dan senyawa
organik). Jadi, substrat organik biasanya
mempunyai peran gizi yang lengkap. Pada waktu
yang bersamaan berguna sebagai sumber karbon
dan sumber energi. Banyak mikroorganisme dapat
menggunakan senyawa senyawa organik tunggal
untuk memenuhi keperluan kedua zat gizi tersebut
seluruhnya. Akan tetapi, yang lain tidak dapat
tumbuh bila hanya diberi satu senyawa organik dan
mereka memerlukan bermacam-macam jumlah
senyawa tambahan sebagai zat gizi. Tambahan zat
gizi organik ini mempunyai fungsi biosintetik
semata-mata, yang diperlukan sebagai pelopor
unsur-unsur pokok sel organik tertentu yang tidak
dapat disintesis oleh organisme tersebut. Zat itu
disebut faktor tumbuh.
Mikroorganisme teramat beragam baik dalam hal
macam maupun jumlah senyawa organik yang
dapat mereka gunakan sebagai sumber utama
karbon dan energi. Keanekaragaman ini
diperlihatkan secara nyata bahwa tidak ada senyawa
organik yang dihasilkan secara alamiah yang tidak
dapat digunakan sebagai sumber karbon dan energi
oleh beberapa mikroorganisme. Karena itu, tidaklah
mungkin untuk memberikan secara singkat sifat-
sifat kimiawi sumber karbon organik untuk
mikroorganisme. Variasi yang luar biasa mengenai
keperluan akan karbon adalah salah satu segi
fisiologis yang paling menarik dalam mikrobiologi.
Bila keperluan karbon organik mikroorganisme
tersendiri dipelajari, beberapa memperlihatkan
tingkatan serbaguna yang tinggi, sedangkan yang
lain teramat khusus. Bakteri tertentu dari golongan
Pseudomonas misalnya, dapat menggunakan setiap
salah satu diantara lebih dari 90 macam senyawa
organik sebagai satu-satunya sumber karbon dan
energi. Pada ujung lain dalam spektrum terdapat
bakteri yang mengoksidasi metan, yang hanya
dapat menggunakan dua substrat organik, metan
dan methanol, dan bakteri pengurai selulose
tertentu hanya dapat menggunakan selulose.
Kebanyakan (dan barangkali semua) organisme
yang bergantung pada sumber-sumber karbon
organik memerlukan CO2 pula sebagai zat gizi
dalam jumlah yang sangat kecil, karena senyawa ini
digunakan dalam beberapa reaksi biosentitik. Akan
tetapi, karena CO2 biasanya dihasilkan dalam
jumlah banyak oleh organisme yang menggunakan
senyawa organik, persyaratan biosintetik dapat
terpenuhi melalui metabolisme sumber karbon
organik dan energi. Sekalipun demikian, peniadaan
CO2 sama sekali sering kali menangguhkan atau
menghambat pertumbuhan mikroorganisme pada
media organik, dan beberapa bakteri dan cendawan
memerlukan konsentrasi CO2 yang relatif tinggi di
dalam atmosfer (5-10 %) untuk pertumbuhan yang
memadai dalam media organik.
Sumber Nitrogen dan Belerang
Nitrogen merupakan komponen utama protein dan
asam nukleat, yaitu sebesar lebih kurang 10 persen
dari berat kering sel bakteri. Nitrogen mungkin
disuplai dalam bentuk yang berbeda, dan
mikroorganisme beragam kemampuannya untuk
mengasimilasi nitrogen. Hasil akhir dari seluruh
jenis asimilasi nitrogen adalah bentuk paling
tereduksi yaitu ion ammonium (NH4+).
Banyak mikroorganisme memiliki kemampuan
untuk mengasimilasi nitrat (NO3) dan nitrit (NO2)
secara reduksi dengan mengubahnya menjadi
amoniak (NH3). Jalur asimilasi ini berbeda dengan
jalur dissimilasi nitrat dan nitrit. Jalur dissimilasi
digunakan oleh organisme yang menggunakan ion
ini sebagai elektron penerima terminal dalam
respirasi, proses ini dikenal sebagai denitrifikasi,
dan hasilnya adalah gas nitrogen (N2), yang
dikeluarkan ke atmosfer.
Kemampuan untuk mengasimilasi N2 secara
reduksi melalui NH3, yang disebut fiksasi nitrogen,
adalah sifat untuk prokariota, dan relatif sedikit
bakteri yang memiliki kemampuan metabolisme ini.
Proses tersebut membutuhkan sejumlah besar
energi metabolik dan tidak dapat aktif dengan
adanya oksigen. Kemampuan fiksasi nitrogen
ditemukan pada beragam bakteri yang berevolusi
sangat berbeda dalam strategi biokimia untuk
melindungi enzim fixing-nitrogen nya dari oksigen.
Kebanyakan mikroorganisme dapat menggunakan
NH4+ sebagai sumber nitrogen utama, dan banyak
organisme memiliki kemampuan untuk
menghasilkan NH4+ dari amina (R-NH2) atau dari
asam amino (RCHNH2COOH). Produksi amoniak
dari deaminasi asam amino disebut ammonifikasi.
Amoniak dimasukkan ke dalam bahan organik
melalui jalur biokomia yang melibatkan glutamat
dan glutamine.
Seperti nitrogen, belerang adalah komponen dari
banyak substansi organik sel. Belerang membentuk
bagian struktur beberapa koenzim dan ditemukan
dalam rantai samping cisteinil dan merionil protein.
Belerang dalam bentuk asalnya tidak dapat
digunakan oleh tumbuhan atau hewan. Namun,
beberapa bakteri autotropik dapat mengoksidasinya
menjadi sulfat (SO42-). Kebanyakan
mikroorganisme dapat menggunakan sulfat sebagai
sumber belerang, mereduksi sulfat menjadi
hidrogen sulfida (H2S). Beberapa mikroorganisme
dapat mengasimilasi H2S secara langsung dari
medium pertumbuhan tetapi senyawa ini dapat
menjadi racun bagi banyak organisme.
Kedua unsur ini yaitu belerang dan nitrogen
terdapat dalam sel dalam bentuk tereduksi, sebagai
gugus sulfhidril dan amino. Sebagian besar
mikroorganisme mampu menampung unsur-unsur
ini dalam bentuk oksida dan mereduksi sulfat dan
juga nitrat. Sumber nitrogen yang paling lazim
untuk mikroorganisme adalah garam-garam
ammonium. Beberapa prokariot mampu mereduksi
nitrogen molekul (N2 atau dinitrogen).
Mikroorganisme lain memerlukan asam-asam
amino sebagai sumber nitrogen, jadi yang
mengandung nitrogen organik. Tidak semua
mikroorganisme mampu mereduksi sulfat, beberapa
diantaranya memerukan H2S atau sistein sebagai
sumber S.
Keperluan Akan Nitrogen dan Belerang
Nitrogen dan belerang terdapat pada senyawa
organik sel terutama dalam bentuk yang terinduksi
masing-masing sebagai gugus amino dan sulfhidril.
Kebanyakan organisme fotosintetik mengasimilasi
kedua unsur ini dalam keadaan anorganik yang
teoksidasi, sebagai nitrat dan sulfat, jadi
penggunaan biosintetiknya meliputi reduksi
pendahuluan. Banyak bakteri nonfotosintetik dan
cendawan dapat juga memenuhi keperluannya akan
nitrogen dan belerang dari nitrat dan sulfat.
Beberapa mikroorganisme tidak dapat mengadakan
reduksi salah satu atau kedua anion ini dan harus
diberikan unsur dalam bentuk tereduksi. Keperluan
akan sumber nitrogen yang tereduksi agak umum
dan dapat dipenuhi oleh persediaan nitrogen
sebagai garam-garam ammonium. Keperluan akan
belerang tereduksi lebih jarang, bahan itu dipenuhi
dari persediaan sulfida atau dari senyawa organik
yang mengandung satu gugus sulfhidril (misalnya
sisteine).
Persyaratan akan nitrogen dan belerang sering kali
juga dapat diperoleh dari zat gizi organik yang
mengandung kedua unsur ini dalam kombinasi
organik yang tereduksi (asam amino atau hasil
penguraian protein yang lebih kompleks, seperti
pepton). Tentu saja, senyawa-senyawa seperti itu
dapat menyediakan sumber karbon organik dan
energi, sekaligus memenuhi keperluan selular akan
karbon, nitrogen, belerang, dan energi. Beberapa
bakteri dapat juga memanfaatkan sumber nitrogen
alam yang paling banyak, yaitu N2. Proses asimilasi
nitrogen ini disebut fiksasi nitrogen dan meliputi
reduksi permulaan N2 menjadi amino.
Sumber Phospor
Fosfat (PO43-) dibutuhkan sebagai komponen ATP,
asam nukleat dan sejumlah koenzim seperti NAD,
NADP dan flavin. Selain itu, banyak metabolit,
lipid (fosfolipid, lipid A), komponen dinding sel
(teichoic acid), beberapa polisakarida kapsul dan
beberapa protein adalah bergugus fosfat. Fosfat
selalu diasimilasi sebagai fosfat anorganik bebas
(Pi).
Sumber Mineral
Sejumlah besar mineral dibutuhkan untuk fungsi
enzim. Ion magnesium (Mg2+) dan ion ferrum
(Fe2+) juga ditemukan pada turunan porfirin yaitu:
magnesium dalam molekul klorofil, dan besi
sebagai bagian dari koenzim sitokrom dan
peroksidase. Mg2+ dan K+ keduanya sangat penting
untuk fungsi dan kesatuan ribosom. Ca2+
dibutuhkansebagai komponen dinding sel gram
positif, meskipun ion tersebut bebas untuk bakteri
gram negatif. Banyak dari organisme laut
membutuhkan Na+ untuk pertumbuhannya. Dalam
memformulasikan medium untuk pembiakan
kebanyakan mikroorganisme, sangatlah penting
untuk menyediakan sumber potassium, magnesium,
kalsium, dan besi, biasanya dalam bentuk ion-ion
(K+, Mg2+, Ca2+, dan Fe2+). Banyak mineral lainnya
(seperti Mn2+, Mo2+, Co2+, Cu2+, dan Zn2+)
dibutuhkan: mineral ini kerapkali terdapat dalam air
kran atau sebagai kontaminan dari kandungan
medium lainnya.
Pengambilan besi dalam bentuk hidroksida yang tak
larut pada pH netral, difasilitasi pada banyak
bakteri dan fungi dengan produksi senyawa
siderofor yang mengikat besi dan mendukung
trasnportasinya sebagai kompleks terlarut. Semua
ini meliputi hydroxymates (-CONH2OH) yang
disebut sideramines, dan turunan catechol (seperti
2,3-dihydroxybenzolyserine). Siderofor yang
dibentuk plasmid memainkan peranan utama dalam
sifat invasi beberapa bakteri patogen.
Sumber Oksigen
Untuk sel oksigen tersedia dalam bentuk air.
Selanjutnya oksigen juga terdapat dalam CO2 dan
dalam bentuk senyawa organik. Selain itu masih
banya organisme yang tergantung dari oksigen
molekul (O2 atau dioksigen). Oksigen yang berasal
dari molekul oksigen hanya akan diinkorporasi ke
dalam substansi sel kalau sebagai sumber karbon
digunakan metana atau hidrokarbon aromatic yang
berantai panjang. Menilik hubungannya dengan
oksigen dapat dibedakan sekurang-kurangnya tiga
kelompok organisme: organisme aerob obligat yang
mampu menghasilkan energi hanya melalui
respirasi dan dengan demikian tergantung pada
oksigen. Organisme anaerob obligat hanya dapat
hidup dalam lingkungan bekas oksigen. Untuk
organisme ini O2 bersifat toksik. Mikroorganisme
anaerob fakultatif tumbuh dengan adanya O2 udara,
jadi bersifat aerotoleran; tetapi organisme ini tidak
dapat memanfaatkan O2, tetapi memperoleh energi
semata-mata dari peragian. Jenis bakteri anaerob
fakultatif lain (Enterobacteriaceae) dan banyak ragi
dapat beralih dari peroleh energi dengan respirasi
(dengan adanya O2) ke peragian (tanpa O2).
Banyak, kalau tidak sebagian besar, jenis bakteri
aerob, bersifat mikroaerofil, artinya mereka
memang memerlukan O2 untuk mendapatkan
energi, tetapi tidak tahan terhadap tekana parsial
udara (0,20 bar), tetapi hanya tahan terhadap
tekanan parsial 0,01 sampai 0,03 bar.
Air
Air merupakan komponen utama sel mikroba dan
medium. Funsi air adalah sebagai sumber oksigen
untuk bahan organik sel pada respirasi. Selain itu
air berfungsi sebagai pelarut dan alat pengangkut
dalam metabolisme.
Sumber energi
Ada beberapa sumber energi untuk mikroba yaitu jumlahnya berbeda-beda tergantung pada Konstituen dari
senyawa organik atau anorganik yang dapat keperluannya. Beberapa golongan mikroba NH 3, NO 3, asam amino,
dioksidasi dan cahaya terutama cahaya matahari. misalnya diatomae dan alga tertentu memerlukan Nitrogen +14 Kompleks asam nukleik
silika (Si) yang biasanya diberikan dalam bentuk organik, N 2 nucleotides,
Sumber aseptor elektron silikat untuk menyusun dinding sel. Fungsi dan dan coenzymes
kebutuhan natrium (Na) untuk beberapa jasad
Utama dari
belum diketahui jumlahnya. Natrium dalam kadar H 2 O,
Proses oksidasi biologi merupakan proses organik
yang agak tinggi diperlukan oleh bakteri tertentu Hidrogen 8 Kompleks
pengambilan dan pemindahan elektron dari memanjang dan
yang hidup di laut, algae hijau biru, dan bakteri organik, H 2
substrat. Karena elektron dalam sel tidak berada sel air
fotosintetik. Natrium tersebut tidak dapat
dalam bentuk bebas, maka harus ada suatu zat yang Konstituen dari
digantikan oleh kation monovalen yang lain. Jasad
dapat menangkap elektron tersebut. Penangkap asam nukleik,
hidup yang dapat menggunakan sumber nutrient
elektron ini disebut aseptor elektron. Aseptor anorganik nucleotides,
dalam bentuk padat tergolong dalam tipe holozoik, Fosfor 3
elektron ialah agensia pengoksidasi. Pada mikrobia Fosfat (PO 4) phospholipids,
yang dapat berfungsi sebagai aseptor elektron ialah sedang yang menggunakan nutrient didalam bentuk
cairan tergolong ke dalam tipe holofitik. Jasad LPS, teichoic
O2, senyawa organik, NO3-, NO2-, N2O, SO4 =, asam
holofitik dapat pula menggunakan sumber nutrient
CO2, dan Fe3+.
dalam bentuk padat, tetapi bahan tersebut harus Konstituen dari
diencerkan terlebih dahulu diluar sel dengan SO 4, H 2 S, S cysteine,
Faktor tumbuh pertolongan enzim ekstraseluler. o,
belerang methionine,
Belerang 1
organik glutathione,
Faktor tumbuh ialah senyawa organik yang sangat Unsur utama, sumber dan fungsi mereka dalam memanjang beberapa
diperlukan untuk pertumbuhan (sebagai prekursor, sel bakteri coenzymes
atau penyusun bahan sel) dan senyawa ini tidak Utama selular
dapat disintesis dari sumber karbon yang sederhana. Kalium anorganik gigih
Faktor tumbuh sering juga disebut zat tumbuh dan %
Kalium 1 GARAM dan cofactor
hanya diperlukan dalam jumlah sangat sedikit. dari
Elemen Sumber Fungsi dapur untuk enzim
Berdasarkan struktur dan fungsinya dalam berat
tertentu
metabolisme, faktor tumbuh digolongkan menjadi kering
asam amino, sebagai penyusun protein; base purin Anorganik
Kompleks material Utama
dan pirimidin, sebagai penyusun asam nukleat; dan Magnesium selular dengan
Karbon 50 organik atau dari bahan
vitamin sebagai gugus prostetis atau bagian aktif Magnesium 0.5 0,5 GARAM gigih, cofactor
CO 2 selular
dari enzim. dapur tertentu untuk
Konstituen dari reaksi enzimatis
sel dan sel
Fungsi Unsur Nutrisi untuk Mikroba H 2 O, Anorganik
bahan air; O 2
Kompleks selular dengan
Oksigen 20 menerima Kalsium
organik, CO adalah gigih, cofactor
Setiap unsur nutrisi mempunyai peran tersendiri elektron dalam Kalsium 0.5 0,5 GARAM
2, dan O 2 untuk enzim
dalam fisiologi sel unsur tersebut di berikan kepada respirasi dapur
tertentu dan
medium sebagai kation garam anornagilk yang aerobik
komponen
 endospores energi dan karbonnya, maka dikenal jasad Oksidasi organik bakteri
fotoototrof, fotoheterotrof, khemoototrof dan zat
Komponen
khemoheterotrof. Perbedaan dari keempat jasad organik hidrogen,
tertentu
tersebut sbb: bakteri
cytochromes
GARAM dan nonheme- nitrifikasi
Besi 0.2 0,2 3. Berdasarkan sumber donor elektron
dapur besi besi dan protein
yang cofactor Jasad
untuk beberapa Berdasarkan atas sumber donor elektron jasad heterotrof
reaksi enzimatis digolongkan manjadi jasad litotrof dan organotrof.
Jasad litotrof ialah jasad yang dapat menggunakan
5. Berdasarkan kebutuhan oksigen
donor elektron dalam bentuk senyawa anorganik
Penggolongan Mikroba Berdasarkan Nutrisi
seperti H2, NH3, H2S, dan S. jasad organotrof ialah
Dan Oksigen Berdasarkan akan kebutuhan oksigen, jasad dapat
jasad yang menggunakan donor elektron dalam
bentuk senyawa organik. digolongkan dalam jasad aerob, anaerob,
1. Berdasarkan sumber karbon mikroaerob, anaerob fakultatif, dan kapnofil.
Pertumbuhan mikroba di dalam media cair dapat
4. Berdasarkan sumber energi dan donor
Berdasarkan atas kebutuhan karbon jasad menunjukkan sifat berdasarkan kebutuhan oksigen.
elektron
dibedakan menjadi jasad ototrof dan heterotrof.
Jasad ototrof ialah jasad yang memerlukan sumber Obligat aerob Fakultatif anaerob Obligat anaerob
Berdasarkan atas sumber energi dan sumber donor
karbon dalam bentuk anorganik, misalnya CO2 dan Aerotoleran/Anaerob Mikroaerofil Jasad aerob
elektron jasad dapat digolongkan menjadi jasad
senyawa karbonat. Jasad heterotrof ialah jasad yang ialah jasad yang menggunakan oksigen bebas (O2)
fotolitotrof, fotoorganotrof, khemolitotrof, dan
memerlukan sumber karbon dalam bentuk senyawa sebagai satusatunya aseptor hidrogen yang terakhir
khemoorganotrof. Perbedaan keempat golongan
organik. Jasad heterotrof dibedakan lagi menjadi dalam proses respirasinya. Jasa anaerob, sering
jasad tersebut sbb:
jasad saprofit dan parasit. Jasad saprofit ialah jasad disebut anaerob obligat atau anaerob 100% ialah
yang dapat menggunakan bahan organik yang jasad yang tidak dapat menggunakan oksigen bebas
berasal dari sisa jasad hidup atau sisa jasad yang Jasad Sumber Sumber Contoh sebagai aseptor hidrogen terakhir dalam proses
telah mati. Jasad parasit ialah jasad yang hidup di Energi Donor respirasinya. Jasad mikroaerob ialah jasad yang
dalam jasad hidup lain dan menggunakan bahan Elektron hanya memerlukan oksigen dalam jumlah yang
dari jasad inang (hospes)-nya. Jasad parasit yang Fotolitotrof Cahaya Zat Tumbuhan sangat sedikit. Jasad aerob fakultatif ialah jasad
dapat menyebabkan penyakit pada inangnya disebut anorganik tingkat yang dapat hidup dalam keadaan anaerob maupun
jasad patogen. Fotoorganotrof Cahaya tinggi, alga aerob. Jasad ini juga bersifat anaerob toleran.
Zat Jasad kapnofil ialah jasad yang memerlukan kadar
2. Berdasarkan sumber energi Khemolitotrof Oksidasi organik Bakteri oksigen rendah dan kadar CO2 tinggi.
zat belerang
Berdasarkan atas sumber energi jasad dibedakan Zat fotosintetik
Khemoorganotrof
menjadi jasad fototrof, jika menggunakan energi anorganik anorganik
cahaya; dan khemotrof, jika menggunakan energi Bakteri
dari reaksi kimia. Jika didasarkan atas sumber Zat besi,