Genetika Bakteri

Yuwono
Bagian Mikrobiologi FK Unsri Palembang

DNA adalah Materi Genetik

Percobaan Hershey-Chase membuktikan bahwa informasi genetik
pada makhluk hidup dibawa oleh materi yang disebut deoxyribonucleic
acid (DNA). Sebagai materi genetik, DNA memiliki dua fungsi yaitu
membawa sifat (sandi fenotip) yang akan diwariskan dari generasi
kegenerasi (herediter) dan mengatur metabolisme sel/organisme.

Gambar 1. Percobaan yang membuktikan bahwa DNA adalah materi genetik. Pada
gambar tersebut diperlihatkan bahwa sulfur radioaktif dominan ditemukan pada
supernatan sedangkan fosfor radioaktif dominan ditemukan pada fraksi sel.
Kesimpulannya bahwa komponen aktif bacteriophage ditransmisikan. Hal ini
menunjukkan bahwa DNA membawa materi/informasi genetik.

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 1
 DNA adalah suatu makromolekul yang tersusun atas fosfat, gula
deoksiribose dan basa nitrogen purin-pirimidin. Struktur DNA berupa untai
pilin ganda (double helix/double stranded) dengan tulang punggung
(backbone) berupa fosfat dan gula yang dihubungkan dengan ikatan
fosfodiester dan bagian tengah/penghubung berupa basa nitrogen dengan
pasangan yang tetap yaitu Adenin (A) dengan Timin (T) dan Guanin (G)
dengan Sitosin (C) yang dihubungkan dengan ikatan hidrogen. Untuk
memisahkan dua untai DNA tersebut cukup dengan memanaskan pada
suhu tertentu misalnya 94C maka ikatan hidrogen akan lepas dan DNA
menjadi untai tunggal (single stranded). Sedangkan untuk memotong
sekuen DNA diperlukan enzim tertentu yang disebut enzim restriksi
(restriction endonuclease). Hanya enzim ini yang mampu memotong ikatan
fosfodiester.

Gambar 2. Struktur DNA

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 2
 DNA yang dikandung semua makhluk hidup adalah sama (universal)
artinya zat penyusun DNA suatu virus misalnya virus hepatitis B sama
dengan zat penyusun DNA manusia. Yang berbeda dari keduanya adalah
urutan untaian/sekuen (sequence) dan jumlah basa nitrogennya serta cara
mengemas DNA tersebut.
DNA manusia dikemas pada suatu protein semacam penggulung
benang yang disebut nukleosom. Nukleosom ini bersambung dengan
nukleosom lainnya membentuk benang kromatin. Benang kromatin ini
memadat membentuk kromosom. Jumlah kromosom sel somatis manusia
adalah 23 pasang sedangkan sel kelamin (sperma dan ovum) masing-
masing memiliki 23 buah kromosom. Kromosom manusia terletak dalam
nukleus yang dibatasi oleh membran inti sehingga tidak bercampur
dengan sitoplasma. DNA bakteri tidak dikemas serumit DNA manusia.
DNA bakteri tidak dikemas dalam nukleosom atau kromatin melainkan
berupa kromosom tunggal yang berbentuk supercoiled terletak dalam
sitoplasma (gambar 3). DNA virus (hanya untuk virus DNA) dikemas lebih
sederhana lagi yaitu hanya ditutupi protein pelapis yang disebut capsid.
Keseluruhan informasi genetik/materi genetik pada suatu organisme
disebut genom (genome). Genom memiliki bagian fungsional (menyandi
protein) dan bagian non fungsional/penyokong yang belum sepenuhnya
diketahui fungsinya. Istilah gen adalah bagian fungsional dari suatu
genom. Bagian penyokong dari genom umumnya berupa sekuen berulang
(repetitive) misalnya GCGCGCGC, TTTTTTTTT dsb. Ukuran besar-kecil
(kuantitas) DNA dihitung berdasarkan kandungan basa nitrogennya
misalnya 23 pasang kromosom manusia mengandung 2x3 milyar pasang
basa/base pair/bp (3000 megabase/3000mb) sedangkan kromosom
bakteri hanya mengandung sekitar 2mb atau mitokondria yang hanya
mengandung 16000 pasang basa (16 kilobase/16 kb). Suatu yang unik
bahwa makin kecil suatu makhluk tampaknya makin efisien dalam

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 3
menggunakan DNA-nya, misalnya dari 3 milyar bp DNA manusia sejauh ini
baru diketahui tidak lebih dari 100 000 gen sedangkan pada bakteri dari 2
mb DNA, sebagian besar berupa gen. Untuk virus misalnya virus hepatitis
B bahkan lebih efisien lagi yaitu dalam satu genom dapat terdiri dari 3 gen
yang saling tumpang tindih (overlapping).

Gambar 3. Ilustrasi pengemasan DNA pada virus (kiri atas), bakteri (kiri bawah) dan
manusia (kanan)

Organisasi Dan Ekspresi Gen Pada Bakteri

Sebagaimana kita ketahui bahwa bakteri merupakan sel prokariot
yang tidak memiliki membran inti. Oleh karena itu kromosom tunggal
bakteri berada bebas dalam sitoplasma. Pada waktu replikasi salah satu
ujung kromosom ini terikat pada membran plasma yang berinvaginasi

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 4
yang disebut mesosom. Genom bakteri terdiri dari satu kromosom dan
beberapa (banyak) DNA sirkuler ekstrakromosom yang disebut plasmid.
Kandungan DNA pada kromosom bakteri kira-kira 2 mb sedangkan
kandungan DNA pada plasmid umumnya dalam jumlah ribuan bp.
Susunan gen bakteri mengikuti pola regulasi gen yang disebut
operon misalnya lac operon (gambar di bawah), trp operon dsb. Gambar
berikut ini adalah lac operon yang terdiri dari gen regulator dan gen
struktural. Gen regulator berupa gen induktor (I), promoter (P) dan
operator (O) sedangkan gen struktural terdiri dari gen z ( galctosidase), y
(permease) dan a (transacetylase). Satu operon terdiri dari semua gen
tersebut keculai gen induktor.

Gambar 4. Skematik lac operon

Istilah lain yang perlu dikenalkan pada makalah ini adalah

ribonucleic acid (RNA). RNA adalah makromolekul yang disalin dari DNA.
Perbedaan RNA dengan DNA bahwa gula RNA adalah ribose sedangkan
gula pada DNA adalah deoxyribose. Selain itu pada RNA tidak ditemukan
basa Timin (T) melainkan Urasil (U). Berdasarkan fungsinya dikenal

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 5
beberapa macam RNA yaitu messenger RNA (mRNA) yang membawa
kodon berupa sandi asam amino, transport RNA (tRNA) yang membawa
antikodon dan asam amino yang bersesuaian dengan kodon dan ribosome
RNA (rRNA) yang merupakan pabrik tempat penterjemahan kodon
berlangsung.
Proses duplikasi DNA yang terjadi pada waktu sel akan
membelah/memperbanyak diri disebut replikasi. Suatu gen dikatakan
berekspresi bila ia mensintesa mRNA yang membawa kodon. Proses
sintesa mRNA oleh DNA ini disebut transkripsi, sedangkan proses
penterjemahan kodon oleh tRNA di ribosom disebut translasi. Pada
manusia (sel eukariot) proses transkripsi berlangsung dalam nukleus,
kemudian mRNA keluar ke sitoplasma untuk ditranslasi di ribosom. Pada
bakteri proses transkripsi dan translasi dapat terjadi secara simultan
karena tidak dibatasi membran inti. Transkripsi belum selesai pun translasi
sudah dapat berjalan (lihat gambar dibawah ini)

Gambar 5. Transkripsi dan translasi pada sel manusia/eukariot (kiri) dan pada sel
bakteri/prokariot (kanan)

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 6
Pertukaran Materi (Informasi) Genetik

Laju mutasi pada populasi bakteri berjalan secara konstan sebagai

suatu konsekuensi kesalahan selama replikasi. Mutasi akan
menguntungkan bakteri bila mereka mampu menghindar/mengatasi zat
berbahaya tertentu misalnya antibiotik. Bakteri resiten yang terbentuk dari
mutasi ini akan mendominasi media pertumbuhan. Sebagaimana diketahui
bahwa genom bakteri adalah haploid maka sekalipun mutasi bersifat
resesif fenotipnya pasti terekspresi. Mutasi bakteri menjadi galur yang
lebih virulen telah enjadi masalah dalam bidang infeksi dan resistensi
antimikroba.

Transfer gen pada bakteri berlangsung satu arah (unidirectional) dari

sel donor ke sel resipien dan umumnya hanya berupa sejumlah kecil DNA.
Karenanya transfer genom keseluruhan (complete zygotes) tidak
ditemukan pada bakteri, yang ada adalah transfer sebagian gen (partial
zygotes/merozygotes).Transfer gen umumnya terjadi antar spesies sejenis
tetapi dapat juga antar spesies.

Transformasi

Transformasi adalah proses pengambilan (uptake) naked DNA (di

lingkungan) yang berasal dari sel donor oleh sel resipien. Bakteri tertentu
seperti Bacillus, Haemophilus, Neisseria, Pneumococcus dapat mengambil
DNA dari lingkungan sekitarnya kemudian mengintegrasikan DNA ini
kedalam kromosom.

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 7
 Faktor-faktor yang mempengaruhi proses transformasi adalah
ukuran DNA dan kompetensi resipien (kemamuan bakteri resipien
mengambil DNA dari lingkungan untuk memproduksi protein tertentu yang
disebut competence factor). Bakteri lain yang tidak mampu mengambil
DNA dari lingkungan secara alami dapat dijadikan sebagai bakteri
kompeten dengan memberinya zat kimia tertentu misalnya CaCl2.

Tahap-tahap proses transformasi adalah pengambilan (uptake) DNA

dan legitimate/homologous/general recombination (rekombinasi resiprok).

Transformasi yang terjadi di alam ini sangat bermakna dalam hal

peningkatan virulensi bakteri. Di laboratorium, transformasi secara luas
digunakan sebagai bagian dari recombinant DNA technology.

Transduksi

Transduksi adalah transfer informasi/materi genetik dari donor ke

resipien dengan perantaraan bakteriofaga (faga). Sebagian besar
peristiwa transduksi terjadi antar spesies sejenis. Faga perantara yang
memiliki inang beragam dapat menyebabkan terjadinya transduksi antara
spesies yang berlainan.

Terdapat dua jenis transduksi yaitu transduksi umum (generalized

transduction) dan transduksi khusus (specialized transduction).
Trasnsduksi umum adalah transduksi yang yang terjadi pada gen
potensial manapun yang dapat ditransfer dari donor ke resipien.
Transduksi khusus adalah transduksi yang terjadi pada gen tertentu dari
donor.

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 8
 Transduksi atau lisogenik (phage) yang terjadi di alam ini penting
sebagai sumber terbentuknya galur bakteri virulen.

Konjugasi

Konjugasi adalah transfer DNA dari donor ke resipien dengan kontak

fisik secara langsung. Terdapat dua jenis kelamin bakteri yaitu donor
(male) dan resipien (female). Transfer materi genetik selalu terjadi satu
arah yaitu dari donor ke resipien. Kemampuan bakteri menjadi donor
ditentukan oleh keberadaan suatu portongan DNA dari ekstrasel yang
disebut F factor atau fertility factor atau sex factor. F factor adalah suatu
DNA sirkuler yang dapat bereplikasi secara otonom dalam sel
(independent replicon).

Terdapat tiga macam F factor yaitu autonomous (F +) yaitu F factor

yang hanya membawa gen yang diperlukan untuk replikasi dan transfer
DNA. Kedua adalah Integrated (Hfr) yaitu F factor yang terintegrasi ke
dalam kromosom melalui proses rekombinasi. Ketiga adalah autonomous
with chromosomal genes (F') yaitu F factor yang bersifat otonom tetapi
membawa beberapa kromosomal gen. Konjugasi terjadi dalam tiga tahap
yaitu pair formation (kontak pili seks), transfer DNA dan rekombinasi.

Konjugasi merupakan transfer materi genetic yang paling sering

terjadi di alam ini terutama pada bakteri Gram negatif.

Transposable Genetic Elements

Transposable genetic elements (TGE) adalah segmen DNA yang

memiliki kemampuan untuk berpindah dari satu tempat ke tempat lain

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 9
(jumping genes). Ciri TGE adalah random movement (tidak total,
cenderung pada tempat insersi tertentu), tidak mampu bereplikasi mandiri
(kecuali beberapa transposable phages), transposisi yaitu suatu
rekombinasi non homolog (site-specific recombination) dan duplikasi yaitu
transposisi yang disertai duplikasi TGE-satu salinan TGE tetap berada
ditempatnya sedangkan satu salinan lagi berada di tempat baru (tujuan).

Terdapat dua macam TGE yaitiu insertion sequences (IS) dan

transposons (Tn). IS adalah TGE yang membawa gen yang belum
diketahui kecuali gen yang diperlukan untuk transposisi.Tn adalah TGE
yang membawa satu atau beberapa gen tambahan selain gen yang
diperlukan untuk transposisi.

Plasmid

Plasmid adalah DNA ekstrakromosom yang mampu bereplikasi

secara mandiri. Episome adalah plasmid yang mampu berintegrasi
kedalam kromosom.

Plasmid dikelompokkan dalam beberapa kelas sesuai dengan perannya

yaitu:

1. Transfer properties yaitu kelompok plasmid yang dibedakan

berdasarkan kemampuannya memerantarai konjugasi. Dalam
kelompok ini terdapat conjugative plasmids dan nonconjugative
plasmids.
2. Phenotypic effects yaitu kelompok plasmid berdasarkan fenotipnya.
Termasuk dalam kelompok ini adalah fertility plasmid (F factor),
bacteriocinogenic plasmids (plasmid yang mengandung gen yang

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 10
 menyandi substansi yang dapat mematikan bakteri lainnya) dan
resistance plasmids (membawa gen resistensi terhadap
antimikroba)

Mekanisme Regulasi Gen Pada Bakteri

Regulasi Ekspresi Gen

Bakteri tidak membuat semua jenis protein yang mereka mampu sekaligus
tetapi cenderung membuat protein yang diperlukan untuk hidup dalam
lingkungan tertentu, misalnya bakteri tidak membuat triptofan bila di
lingkungannya cadangan triptofan melimpah. Regulasi ekspresi gen
dilakukan melalui pengaturan transkripsi.

Inducible Genes - The Operon Model

Inducible genes adalah gen yang berekspresi bila terinduksi adanya suatu
zat (inducer) dalam lingkungannya misalnya keberadaan laktosa akan
menginduksi ekspresi gen lac atau antibiotik menginduksi gen
resisten.genes.

Repressible Genes - The Operon Model

Repressible genes adalah suatu gen akan berhenti ekspresinya bila

dilingkungannya terdapat zat represor (co-repressor) misalnya keberadaan
triptofan akan menekan ekspresi gen trp.

Regulasi Aktivitas Enzim

Bakteri memiliki cara pengaturan aktivitas enzim berupa feedback

inhibition yaitu produk akhir proses enzimatik merupakan inhibitor dari
enzim yang pertama kali terlibat dalam proses tersebut dan epigenetic

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 11
modification yaitu aktivitas enzim dapat diatur oleh modifikasi kovalen dari
enzim tersebut misalnya adenilasi dari enzim glutamine synthetase atau
fosforilasi enzim glycogen synthetase.

Jude/Bact. Genetics/Sept/04 12