Anda di halaman 1dari 27

MAKALAH BIOKIMIA

METABOLISME NITROGEN DAN SIKLUS UREA

1
KATA PENGANTAR

Puji dan syukur dipanjatkan kepada Allah SWT atas limpahan rahmat dan

hidayah-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan Makalah Metabolisme Nitrogen

Dan Siklus Urea. Pada kesempatan ini, penulis ingin mengucapkan terimakasih

kepada ibu Ir.Hj.Nia Kurniawati, M.Si , selaku dosen mata kuliah Biokimia perairan.

Penulis menyadari bahwa masih terdapat kekurangan dalam penyusunan

makalah ini, sehingga penulis mengharapkan masukan dan saran untuk

pengembangan yang lebih baik. Semoga makalah ini bermanfaat terutama dalam

pengembangan ilmu biokimia.

Jatinangor, Mei 2017

Penulis

i
DAFTAR ISI

Halaman
KATA PENGANTAR ........................................................................................ i
DAFTAR ISI ....................................................................................................... ii
BAB I. PENDAHULUAN .................................................................................. 1
1.1 Latar Belakang ................................................................................. 1
1.2 Rumusan Masalah ............................................................................ 2
BAB II. PEMBAHASAN ................................................................................... 3
2.1 Metabolisme Nitrogen ...................................................................... 3
2.1.1 Pengertian ................................................................................. 3
2.1.2 Unsur ...................................................................... 3
2.1.3 Senyawa Nitrogen .................................................................... 3
2.1.4 Sifat-sifat Nitrogen ................................................................... 4
2.1.5 Hidrida ...................................................................................... 4
2.1.6 Peranan Biologi ....................................................................... 4
2.1.7 Isotop ....................................................................................... 5
2.1.8 Siklus Nitrogen........................................................................... 5
2.1.9 Daur-daur dalam Siklus Nitrogen............................................... 12
2.1.10 Fungsi Dan Manfaat Nitrogen Dalam Ekologi......................... 13
2.2 Siklus Urea.......................................................................................... 14
2.2.1 Pengertian ................................................................................... 14
2.2.2 Reaksi Dan Tahapan Siklus Urea ............................................... 15
2.2.3 Peranan Siklus Urea pada Perikanan.......................................... 19
BAB III. PENUTUP ........................................................................................... 20
3.1 Kesimpulan ....................................................................................... 20
3.2 Saran ................................................................................................. 20
3.3 Pertanyaan ......................................................................................... 21
DAFTAR PUSTAKA ......................................................................................... 24

ii
BAB 1
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang Masalah


Metabolisme merupakan modifikasi senyawa kimia secara biokimia di dalam
organisme dan sel. Metabolisme mencakup sintesis (anabolisme) dan penguraian
(katabolisme) molekul organik kompleks. Metabolisme biasanya terdiri atas
tahapan-tahapan yang melibatkan enzim, yang dikenal pula sebagai jalur
metabolisme. Metabolisme total merupakan semua proses biokimia di dalam
organisme. Metabolisme sel mencakup semua proses kimia di dalam sel. Tanpa
metabolisme, makhluk hidup tidak dapat bertahan hidup.
Produk metabolisme disebut metabolit. Cabang biologi yang mempelajari
komposisi metabolit secara keseluruhan pada suatu tahap perkembangan atau
pada suatu bagian tubuh dinamakan metabolomika.
Nitrogen (Latin nitrum , Bahasa Yunani Nitron berarti "soda asli", "gen",
"pembentukan") secara resmi ditemukan oleh Daniel Rutherford pada 1772, yang
menyebutnya udara beracun atau udara tetap . Pengetahuan bahwa terdapat
pecahan udara yang tidak membantu dalam pembakaran telah diketahui oleh ahli
kimia sejak akhir abad ke-18 lagi. Nitrogen juga dikaji pada masa yang lebih
kurang sama oleh Carl Wilhelm Scheele, Henry Cavendish, dan Joseph Priestley,
yang menyebutnya sebagai udara terbakar atau udara telah flogistat . Gas
nitrogen adalah cukup lemas sehingga dinamakan oleh Antoine Lavoisier sebagai
azote , dari perkataan Yunani yang bermaksud "tak bernyawa". Istilah
tersebut telah menjadi nama nitrogen dalam bahasa Perancis dan kemudiannya
berkembang ke bahasa-bahasa lain.
Siklus urea merupakan pelepasan gugus NH2 pada asam amino dalam bentu
kamoniak melalui reaksi transaminase dan deaminasi, kemudian dikeluarkan
dalam bentuk urea dari urine. Dari uraian tentang metabolisme asam amino telah

1
diketahui bahwa NH2 dapat dilepaskan dari asam amino melalu ireaksi
transaminase dan deaminasi. Pada reaksi transaminase, gugus NH2 yang
dilepaskan diterima oleh suatu asam keto sehingga terbentuk asam amino baru
dan asam keto lain.
Pada tubuh setiap manusia pasti berlangsung siklus urea. Dimana siklus ini
juga memiliki fungsi tersendiri bagi manusia. Misalnya saja, hasil dari siklus yang
berupa urine, yang tentusaja urine juga factor penting dalam menentukan
kesehatan seseorang.Sehingga, dalam makalah ini dibahas apa itu siklus urea,
bagaimana prosesnya, apa yang dihasilkan, dan juga bagaimana kaitannya pada
janin atau kehamilan.

1.2 Rumusan Masalah


1. Untuk mengetahui dan memahami Metabolisme Nitrogen
2. Untuk mengetahui dan memahami Siklus Nitrogen
3. Untuk mengetahui dan memahami Proses-Proses Dalam Daur Nitrogen
4. Untuk mengetahui dan memahami Fungsi Dan Manfaat Nitrogen Dalam
Ekologi.
5. Apa definisi siklus urea?
6. Bagaimana reaksi dan tahapan siklus urea?
7. Apa definisi asam uric atau asam urat?
8. Bagaiman pembentukan kreatinin phospat?
9. Apa fungsi siklus urea dalam sel?

2
BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Metabolisme Nitrogen


2.1.1 Pengertian
Nitrogen atau Zat lemas adalah sebuah unsur kimia dalam tabel periodik
yang memiliki lambang N dan nomor atom 7. Biasanya ditemukan sebagai gas tanpa
warna, tanpa bau, tanpa rasa dan merupakan gas diatomik bukan logam yang stabil,
sangat sulit bereaksi dengan unsur atau senyawa lainnya. Dinamakan zat lemas
karena zat ini bersifat malas, tidak aktif bereaksi dengan unsur lainnya.
Nitrogen adalah 78,08% persen dari atmosfir Bumi dan terdapat dalam banyak
jaringan hidup. Zat lemas membentuk banyak senyawa penting seperti asam amino,
amoniak, asam nitrat, dan sianida.
2.1.2 Unsur
Kimiawan Perancis Antoine Laurent Lavoisier menamakan nitrogen azote,
yang artinya tanpa kehidupan. Walaupun begitu, senyawa-senyawa nitrogen
ditemukan di makanan, pupuk, racun dan bahan peledak. Sebagai gas nitrogen tidak
bewarna, tidak memiliki aroma dan dianggap sebagai inert element (elemen yang
tak bereaksi). Sebagai benda cair, ia juga tidak bewarna dan beraroma dan memiliki
ketampakan yang sama dengan air. Gas nitrogen dapat dipersiapkan dengan
memanaskan solusi amonium nitrat (NH 4 NO 3) dalam air.
2.1.3 Senyawa Nitrogen
Natrium nitrat (NaNO 3 ) dan kalium nitrat (KNO 3 ) terbentuk oleh
dekomposisi bahan-bahan organik dengan senyawa-senyawa logam tersebut. Dalam
kondisi yang kering di beberapat tempat, saltpeters (garam) ini ditemukan dalam
jumlah yang cukup dan digunakan sebagai pupuk. Senyawa-senyawa anorganik
nitrogen lainnya adalah asam nitrik (HNO 3 ), ammonia (NH 3 ) dan oksida-oksida
(NO, NO 2 , N2 O4 , N2O), sianida (CN-), dsb.

3
Pada umumnya derivat nitrogen sangat penting bagi kebutuhan dasar nutrisi,
tetapi dalam kenyataannya substansi nitrogen adalah hal yang menarik sebagai
polutan di lingkungan. Dapat terjadi perubahan global di lingkungan oleh adanya
interaksi antara nitrogen oksida dengan ozon di zona atmosfir. Juga adanya perlakuan
pemupukan ( fertilization treatment ) yang berlebihan dapat mempengaruhi air tanah (
soil water ), sehingga dapat mempengaruhi kondisi air minum bagi manusia. Khusus
di laut, kelebihan unsur N dan P akan mengakibatkan kejadian blooming dapat
menimbulkan tumbuhnya beberapa alga yang beracun bagi kehidupan fauna, hal ini
sangat merugikan .Bentuk atau komponen N di atmosfir dapat berbentuk ammonia
(NH3) molekul nitrogen (N2), dinitrit oksida (N2O), nitrogen oksida (NO), nitrogen
dioksida (NO2) asam nitrit (HNO2), asam nitrat (HNO3), basa amino (R3-N) dan
lain-lain dalam bentuk proksisilnitri. Dalam telaah kesuburan tanah proses
pengubahan nitrogen dapat dilakukan dengan berbagai cara, yaitu mineralisasi
senyawa nitrogen komplek, amonifikasi, nitrifikasi, denitrifikasi, dan volatilisasi
ammonium (Masud, 1992).
2.1.4 Sifat-sifat nitrogen
Nitrogen adalah zat non logam, dengan elektronegatifitas 3.0. Mempunyai 5
elektron di kulit terluarnya. Oleh karena itu trivalen dalam sebagian besar senyawa.
Nitrogen mengembun pada suhu 77K (-196 oC) pada tekanan atmosfir dan membeku
pada suhu 63K (210oC).
2.1.5 Hidrida
Hidrida utama nitrogen ialah amonia (NH3) walaupun hidrazina (N2H4) juga
banyak ditemukan. Amonia bersifat basa dan terlarut sebagian dalam air membentuk
ion ammonium (NH4+). Amonia cair sebenarnya sedikit amfiprotik dan membentuk
ion ammonium dan amida (NH2-); keduanya dikenal sebagai garam amida dan nitrida
(N3-), tetapi terurai dalam air.Gugus bebas amonia dengan atom hidrogen tunggal
atau ganda dinamakan amina. Rantai, cincin atau struktur hidrida nitrogen yang lebih
besar juga diketahui tetapi tak stabil.
2.1.6 Peranan Biologi

4
Nitrogen merupakan unsur kunci dalam asam amino dan asam nukleat.
Protein disusun dari asam-asam amino, sementara asam nukleat menjadi salah satu
komponen pembentuk DNA dan RNA.Sejumlah organisme mampu melakukan
fiksasi N dan N-bebas akan berasosiasi dengan tumbuhan. Senyawa N-amonium dan
N-nitrat yang dimanfaatkan oleh tumbuhan akan diteruskan ke hewan dan manusia
dan kembali memasuki sistem lingkungan melalui sisa-sisa jasad renik. Proses fiksasi
memerlukan energi yang besar, dan enzim (nitrogenase) bekerja dan didukung oleh
oksigen yang cukup. Kedua faktor ini sangat penting dalam memindahkan N-bebas
dan sedikit simbiosis oleh organisme . Nitrogen organic diubah menjadi mineral N-
amonium oleh mikroorganisasi dan beberapa hewan yang dapat memproduksi
mineral tersebut seperti : protozoa, nematoda, dan cacing tanah. Serangga tanah,
cacing tanah, jamur, bakteri dan aktinbimesetes merupakan biang penting tahap
pertama penguraian senyawa N-organik dalam bahan organic dan senyawa N-
kompleks lainnya. Polong-polongan, seperti kedelai, mampu menangkap nitrogen
secara langsung dari atmosfer karena bersimbiosis dengan bakteri bintil akar.
2.1.7 Isotop
Ada 2 isotop Nitrogen yang stabil yaitu: 14 N dan 15 N. Isotop yang paling
banyak adalah 14 N (99.634%), yang dihasilkan dalam bintang-bintang dan yang
selebihnya adalah 15 N. Di antara sepuluh isotop yang dihasilkan secara sintetik, 1
N mempunyai paruh waktu selama 9 menit .
2.1.8 Siklus Nitrogen (N2)
Siklus nitrogen adalah salah satu proses yang penting di alam bagi mahluk
hidup. Walau gas nitrogen tidak bereaksi, bakteri-bakteri dalam tanah dapat
memperbaiki nitrogen menjadi bentuk yang berguna (sebagai pupuk) bagi tanaman.
Dengan kata lain, alam telah memberikan metode untuk memproduksi nitrogen untuk
pertumbuhan tanaman. Binatang lantas memakan tanaman-tanaman ini dimana
nitrogen telah terkandung dalam sistim mereka sebagai protein. Siklus ini lengkap
ketika bakteria-bakteria lainnya mengubah sampah senyawa nitrogen menjadi gas

5
nitrogen. Sebagai komponen utama protein, nitrogen merupakan bahan penting bagi
kehidupan.

Siklus Krebs
Siklus Krebs adalah tahapan selanjutnya dari respirasi seluler. Siklus Krebs
adalah reaksi antara asetil ko-A dengan asam oksaloasetat, yang kemudian
membentuk asam sitrat. Siklus Krebs disebut juga dengan siklus asam sitrat, karena
menggambarkan langkah pertama dari siklus tersebut, yaitu penyatuan asetil ko-A
dengan asam oksaloasetat untuk membentuk asam sitrat.
Pertama-tama, asetil ko-A
hasil dari reaksi antara
(dekarboksilasi oksidatif)
masuk ke dalam siklus dan
bergabung dengan asam
oksaloasetat membentuk asam
sitrat. Setelah "mengantar"
asetil masuk ke dalam siklus
Krebs, ko-A memisahkan diri
dari asetil dan keluar dari siklus. Kemudian, asam sitrat mengalami pengurangan dan
penambahan satu molekul air sehingga terbentuk asam isositrat. Lalu, asam isositrat

6
mengalami oksidasi dengan melepas ion H+, yang kemudian mereduksi NAD+
menjadi NADH, dan melepaskan satu molekul CO2 dan membentuk asam a-
ketoglutarat (baca: asam alpha ketoglutarat).
Setelah itu, asam a-ketoglutarat kembali melepaskan satu molekul CO2, dan
teroksidasi dengan melepaskan satu ion H+ yang kembali mereduksi NAD+ menjadi
NADH. Selain itu, asam a-ketoglutarat mendapatkan tambahan satu ko-A dan
membentuk suksinil ko-A. Setelah terbentuk suksinil ko-A, molekul ko-A kembali
meninggalkan siklus, sehingga terbentuk asam suksinat. Pelepasan ko-A dan
perubahan suksinil ko-A menjadi asam suksinat menghasilkan cukup energi untuk
menggabungkan satu molekul ADP dan satu gugus fosfat anorganik menjadi satu
molekul ATP. Kemudian, asam suksinat mengalami oksidasi dan melepaskan dua ion
H+, yang kemudian diterima oleh FAD dan membentuk FADH2, dan terbentuklah
asam fumarat. Satu molekul air kemudian ditambahkan ke asam fumarat dan
menyebabkan perubahan susunan (ikatan) substrat pada asam fumarat, karena itu
asam fumarat berubah menjadi asam malat. Terakhir, asam malat mengalami oksidasi
dan kembali melepaskan satu ion H+, yang kemudian diterima oleh NAD+ dan
membentuk NADH, dan asam oksaloasetat kembali terbentuk. Asam oksaloasetat ini
kemudian akan kembali mengikat asetil ko-A dan kembali menjalani siklus Krebs.
Dari siklus Krebs ini, dari setiap molekul glukosa akan dihasilkan 2 ATP, 6
NADH, 2 FADH2, dan 4 CO2. Selanjutnya, molekul NADH dan FADH2 yang
terbentuk akan menjalani rangkaian terakhir respirasi aerob, yaitu rantai transpor
elektron.
Fiksasi Nitrogen
Sumber utama nitrogen adalah nitrogen bebas (N2) yang terdapat di atmosfir,
yang takarannya mencapai 78 %volume, dan sumber lainnya yang ada di kulit bumi
dan perairan. Nitrogen juga terdapat dalam bentuk yang kompleks, tetapi hal ini tidak
begitu besar sebab sifatnya yang mudah larut dalam air.
Pada umumnya derivat nitrogen sangat penting bagi kebutuhan dasar nutrisi,
tetapi dalam kenyataannya substansi nitrogen adalah hal yang menarik sebagai

7
polutan di lingkungan. Terjadinya perubahan global di lingkungan oleh adanya
interaksi antara nitrogen oksida dengan ozon di zona atmosfir. Juga adanya perlakuan
pemupukan (fertilization treatment) yang berlebihan dapat mempengaruhi air tanah
(soil water), sehingga dapat mempengaruhi kondisi air minum bagi manusia.
Bentuk atau komponen N di atmosfir dapat berbentuk ammonia (NH3),
molekul nitrogen (N2), dinitrit oksida (N2O), nitrogen oksida (NO), nitrogen
dioksida (NO2), asam nitrit (HNO2), asam nitrat (HNO3), basa amino (R3-N) dan
lain-lain dalam bentuk proksisilnitri (Soderlund dan Rosswall, 1980). Dalam telaah
kesuburan tanah proses pengubahan nitrogen dapat dilakukan dengan berbagai cara,
yaitu mineralisasi senyawa nitrogen komplek, amonifikasi, nitrifikasi, denitrifikasi,
dan volatilisasi ammonium (Masud, 1992).
Sejumlah organisme mampu melakukan fiksasi N dan N-bebas akan
berasosiasi dengan tumbuhan. Senyawa N-amonium dan N-nitrat yang dimanfaatkan
oleh tumbuhan akan diteruskan ke hewan dan manusia dan kembali memasuki sistem
lingkungan melalui sisa-sisa jasad renik. Proses fiksasi memerlukan energi yang
besar, dan enzim (nitrogenase) bekerja dan didukung oleh oksigen yang cukup.
Kedua faktor ini sangat penting dalam memindahkan N-bebas dan sedikit simbiosis
oleh organisme (Rompas, 1998).
Beberapa bakteri yang dapat menghambat nitrogen terdapat pada akar Legum
dan akar tumbuhan lain, misalnya Marsiella crenata . Selain itu, terdapat bakteri
dalam tanah yang dapat mengikat nitrogen secara langsung, yakni Azotobacter sp.
yang bersifat aerob dan Clostridium sp. yang bersifat anaerob. Nostoc sp. dan
Anabaena sp. (ganggang biru) juga mampu menambat nitrogen.
Nitrogen yang diikat biasanya dalam bentuk amonia. Amonia diperoleh dari
hasil penguraian jaringan yang mati oleh bakteri. Amonia ini akan dinitrifikasi oleh
bakteri nitrit, yaitu Nitrosomonas dan Nitrosococcus sehingga menghasilkan nitrat
yang akan diserap oleh akar tumbuhan. Selanjutnya oleh bakteri denitrifikan, nitrat
diubah menjadi amonia kembali, dan amonia diubah menjadi nitrogen yang
dilepaskan ke udara. Dengan cara ini siklus nitrogen akan berulang dalam ekosistem.

8
Semua mikroorganisme mampu melakukan fiksasi nitrogen, dan berasosiasi
dengan N-bebas yang berasal dari tumbuhan. Nitrogen dari proses fiksasi merupakan
sesuatu yang penting dan ekonomis yang dilakukan oleh bakteri genus Rhizobium
dengan tumbuhan Leguminosa termasuk Trifollum spp, Gylicene max (soybean),
Viciafaba (brand bean), Vigna sinensis (cow-pea), Piscera sativam (chick-pea),
dan Medicago sativa (lucerna) (Rompas, 1998).
Akhir-akhir ini ditemukan simbiosis asosiasi antara bakteri Azospirillum
lipoferum dan akar tumbuhan termasuk rumput tropikal Digitaria decumbens , juga
jenis rumput tropikal Paspalum notatum mampu melakukan fiksasi N bersama-sama
bakteri Azotobacter paspalli di dalam akar (Dobereiner, 1978, dalam Rompas,
1998).
Nitrifikasi
Nitrifikasi merupakan suatu proses oksidasi ensimatik yang dilakukan oleh
sekelompok jasad renik/bakteri dan berlangsung dalam dua tahap yang
terkoordinasikan. Masing-masing dilakukan oleh bakteri/jasad renik yang berbeda
pada tahap-tahapan proses nitrifikasi (Masud, 1992), sebagai berikut :
Tahap Pertama (nitrisasi) Menurut Rompas (1998), bakteri autotrofi (bakteri
nitrifikasi) dapat menggunakan N-anorganik untuk melakukan nitrifikasi, seperti
genera bakteri Nitosomonos, Nitrosococcus, Nitrosospira, Nitrosovibrio, dan
Nitrosolobus. Pada proses tahap pertama reaksi berlangsung dari ammonium ke nitrit
yang melibatkan bakteri Nitrosomonos dan Nitrosococcus dengan persamaan reaksi.
Tahap Kedua (nitrisasi)Sedangkan reaksi kedua diperankan oleh bakteri Nitrobacter
dan Nitrococcus spp yang melakukan oksidasi dari nitrat ke nitric dengan persamaan
reaksi.
Reaksi nitrifikasi seperti di atas dapat berlangsung jika adanya oksigen. Proses
oksidasi dari No2 ke nitrit umumnya lebih cepat daripada proses oksidasi dari NH4
ke nitrit, dan nitrit ini terakumulasi di lingkungan.
Denitrifikasi

9
Nitrat Denitrifikasi merupakan proses pereduksian senyawa N-nitrat menjadi
gas nitrogen dan/atau gas nitrogen oksida, dengan nitrogen bertindak sebagai
penerima hydrogen. Produksi nitrogen bebas dari senyawa-senyawa organic tidaklah
melalui aksi mikroorganisme, namun terbentuk secara tidak langsung oleh saling
tindak antara asam nitrat bebas dengan senyawa amino, yang keduanya dihasilkan
secara bersama melalui biang bakteri (Masud, 1992). Menurut Rompas (1998),
dalam keadaan anaerob, bakteri aerob dapat memanfaatkan nitrat untuk
menggantikan oksigen sebagai penerima elektron, sehingga mengurangi gas-gas
produk akhir seperti NO, N2O atau N2 , tahapan dalam nitrifikasi adalah sebagai
berikut:
Gas dinitrogen dan nitrogen oksida adalah dua komponen produk akhir yang
sangat penting dan N2 biasanya diproduksi dari N2O sedang dari NO dapat terjadi
tetapi dalam kondisi tertentu. Terbentuknya N2O dan N2 tidak saja dari nitrat selama
respirasi, tetapi dapat juga konversi dengan cara asimilasi ke NH4 + dalam komponen
organic biomasa. Tentu pula mikroorganisme dapat merubah NO3- ke NH4+ melalui
mekanisme diasimilasi pada kondisi anaerob, mekanisme ini bersama denitrifikasi
adalah proses memanfaatkan energi.
Gas nitrogen banyak terdapat di atmosfer, yaitu 80% dari udara. Nitrogen
bebas dapat ditambat/difiksasi terutama oleh tumbuhan yang berbintil akar (misalnya
jenis polongan) dan beberapa jenis ganggang. Nitrogen bebas juga dapat bereaksi
dengan hidrogen atau oksigen dengan bantuan kilat/ petir.
Tumbuhan memperoleh nitrogen dari dalam tanah berupa amonia (NH3), ion
nitrit (N02), dan ion nitrat (N03- ). Beberapa bakteri yang dapat menambat nitrogen
terdapat pada akar Legum dan akar tumbuhan lain, misalnya Marsiella crenata.
Selain itu, terdapat bakteri dalam tanah yang dapat mengikat nitrogen secara
langsung, yakni Azotobacter sp. yang bersifat aerob dan Clostridium sp. yang
bersifat anaerob. Nostoc sp. dan Anabaena sp. (ganggang biru) juga mampu
menambat nitrogen.

10
Nitrogen yang diikat biasanya dalam bentuk amonia. Amonia diperoleh dari
hasil penguraian jaringan yang mati oleh bakteri. Amonia ini akan dinitrifikasi oleh
bakteri nitrit, yaitu Nitrosomonas dan Nitrosococcus sehingga menghasilkan nitrat
yang akan diserap oleh akar tumbuhan. Selanjutnya oleh bakteri denitrifikan, nitrat
diubah menjadi amonia kembali, dan amonia diubah menjadi nitrogen yang
dilepaskan ke udara. Dengan cara ini siklus nitrogen akan berulang dalam ekosistem.
Asimilasi nitrogen
Tumbuhan mengasimilasi nitrat yang diabsorbsi menjadi senyawa nitrogen
organik . Reaksi pertama adalah reduksi nitrat menjadi nitrit dalam sitosol oleh enzim
nitrat reduktase .
NO3- + NAD(P)H + H+ + 2e
NO2- + NAD(P) + H2O
Nitrit (NO2- ) adalah ion yang sangat reaktif dan toksik . Tumbuhan kemudian
secara cepat memindahkan nitrit dari sitosol ke kloroplas (daun) atau platida (akar)
untuk kemudian di reduksi menjadi amonium oleh enzim nitrit reduktase
NO2- + 6Fdred + 8H+ + 6e
NH4+ + 6 Fdoks NAD(P) + 2H2O
Kebanyakan jenis tanaman lebih mudah mengasimilasi nitrat diikuti oleh nitrit
dan ammonium. Sel-sel tumbuhan menghindari toksisitas amonium yang dihasilkan
dari asimilasi nitrat atau fotorespirasi dengan cara merubahnya secara cepat menjadi
asam amino. Oleh enzim Glutamine synthetase (GS), amonium digabungkan dengan
glutamate untuk membantuk glutamin
Glutamate + NH4+ + ATP
Glutamine + ADP + Pi
Peningkatan konsentrasi glutamin akan merangsang aktivitas enzim glutamate
synthase (glutamine:2-oxoglutarate aminotransferase/GOGAT). Tumbuhan memiliki
2 tipe GOGAT (satu menerima elektron dari NADH dan satunya dari Ferredoksin
(Fd)), NADH-GOGAT terletak dalam plastida jaringan nonfotosintesis, dan terlibat

11
dalam asimilasi NH4+ yang diabsorbsi lewat akar. Fd-GOGAT terdapat dalam
kloroplas
Glutamine + 2 oxoglutarate+ NADH + H +
2 Glutamat + NAD+
Glutamine + 2 oxoglutarate + Fdred
2 Glutamat + Fdoks
Amonium dapat diasimilasikan melewati jalur alternatif yaitu melalui
aktivitas enzim glutamat dehidrogenase (GDH) yang mampu mengkatalis reaksi
bolak-balik yang mensintesis atau mendeaminasi glutamat
2 oxoglutarate+ NH4+ + NAD(P)H + H +
Glutamat + H2O + NAD(P)
NADH-GDH ditemukan dalam mitokondria, NADPH-GDH dalam kloroplas. Setelah
diasimilasi menjadi glutamin atau glutamat. Nitrogen kemudian digabungkan dengan
asam amino lain melalui reaksi transaminasi yang dikatalisis oleh enzim
aminotransferase
Glutamate + Oxaloacetate
aspartat + 2-oxoglutarat
2.1.9 Proses-Proses Dalam Daur Nitrogen
Nitrogen hadir di lingkungan dalam berbagai bentuk kimia termasuk nitrogen
organik, amonium (NH4+), nitrit (NO2-), nitrat (NO3-), dan gas nitrogen (N2).
Nitrogen organik dapat berupa organisme hidup, atau humus, dan dalam produk
antara dekomposisi bahan organik atau humus dibangun. Proses siklus nitrogen
mengubah nitrogen dari satu bentuk kimia ke bentuk kimiawi yang lain. Banyak
proses yang dilakukan oleh mikroba baik untuk menghasilkan energi atau menumpuk
nitrogen dalam bentuk yang dibutuhkan untuk pertumbuhan.

12
Gambar. Proses Daur Nitrogen
2.1.10 Fungsi Dan Manfaat Nitrogen Dalam Ekologi
Nitrogen sangatlah penting untuk berbagai proses kehidupan di Bumi.
Nitrogen adalah komponen utama dalam semua asam amino, yang nantinya
dimasukkan kedalam protein, protein adalah zat yang sangat dibutuhkan dalam
pertumbuhan. Nitrogen juga hadir di basis pembentuk asam nukleat, seperti DNA dan
RNA yang nantinya membawa hereditas. Pada tumbuhan, banyak dari nitrogen
digunakan dalam molekul klorofil, yang penting untuk fotosintesis dan pertumbuhan
lebih lanjut. Meskipun atmosfer bumi merupakan sumber berlimpah nitrogen,
sebagian besar relatif tidak dapat digunakan oleh tanaman. Pengolahan kimia atau
fiksasi alami (melalui proses konversi seperti yang dilakukan bakteri rhizobium),
diperlukan untuk mengkonversi gas nitrogen menjadi bentuk yang dapat digunakan
oleh organisme hidup, oleh karena itu nitrogen menjadi komponen penting dari
produksi pangan. Kelimpahan atau kelangkaan dari bentuk "tetap" nitrogen, (juga
dikenal sebagai nitrogen reaktif), menentukan berapa banyak makanan yang dapat
tumbuh pada sebidang tanah.

13
2.2 Siklus Urea
2.2.1 Pengertian
Dari uraian metabolism asam amino telah diketahui bahwa NH2 dapat
dilepaskan dariasam amino melalui reaksi transaminasi, deaminasi, dan
dekarboksilasi. Pada reaksi transaminase gugus NH2 yang dilepaskan diterima oleh
asam keto, sehingga terbentuk asam amino baru dan asam keto lain. Sedangkan pada
reaksi deaminasi, gugus NH2 dilepaskan dalam bentuk ammonia yang kemudian
dikeluarkan dari dalam tubuh dalam bentuk urea dalam urine.Amonia dengan kadar
yang tinggi merupakan racun dalam tubuh manusia.
Hans Krebs dan Kurt Henseleit pada tahun 1932 mengemukakan serangkaian
reaksi kimia tentang pembentukan urea. Mereka berpendapat bahwa urea terbentuk
dari ammonia dan karbondioksida melalui serangkain reaksi kima yang berbentuk
siklus, yang mereka namakan siklus urea. Pembentukan urea ini terutama
berlangsung dalam hati. Urea adalah suatu senyawa yang mudah larut dalam air,
bersifat netral, terdapat dalam urine yang dikeluarkan dari dalam tubuh.
Urea adalah produk akhir utama metabolisme nitrogen pada manusia dan
mamalia. Amonia, produk dari reaksi oksidatif deaminasi, bahkan beracun dalam
jumlah kecil dan harus dikeluarkan dari tubuh. Siklus urea atau siklus ornithine
menggambarkan reaksi konversi amonia menjadi urea. Karena reaksi ini terjadi di
hati, urea ini kemudian diangkut ke ginjal di mana ia dikeluarkan. Pembentukan urea
keseluruhan reaksi adalah:
2 Amonia + karbon dioksida + 3ATP ---> urea + air + 3 ADP
Urea secara rutin diukur dalam darah sebagai : Blood Urea Nitrogen (BUN).
BUN mungkin tingkat tinggi (suatu kondisi yang disebut uremia) di kedua akut dan
kronis ginjal (ginjal) kegagalan. Berbagai penyakit yang merusak ginjal dan
menyebabkan cacat pembentukan dan ekskresi urin . Gagal jantung kongestif
mengarah pada tekanan darah rendah dan akibatnya mengurangi tingkat filtrasi
melalui ginjal, oleh karena itu, BUN dapat meningkat. Penghalang saluran kemih
juga dapat menyebabkan peningkatan BUN. Pada kasus yang parah, hemodialisis

14
digunakan untuk menghapus larut urea dan produk-produk limbah lain dari darah.
Produk limbah berdifusi melalui membran dialyzing karena konsentrasi mereka lebih
rendah dalam solusi dialyzing. Ion-ion, seperti Na + dan Cl - yang tetap dalam darah,
dipertahankan pada konsentrasi yang sama dalam solusi dialyzing - tidak bersih difusi
terjadi.
Seperti dinyatakan sebelumnya, tingkat amonia tinggi bersifat racun bagi
manusia. Blok lengkap dari setiap langkah dalam siklus urea fatal karena tidak ada
jalur alternatif yang dikenal untuk sintesis urea. Warisan gangguan dari enzim yang
rusak dapat menyebabkan blok parsial dalam beberapa reaksi dan hasil dalam
hyperammonemia yang dapat menyebabkan keterbelakangan mental. Akumulasi
amonia luas menyebabkan luas kerusakan hati dan kematian. Sirosis hati yang
disebabkan oleh alkoholisme menciptakan gangguan di enzim yang memproduksi
fosfat carbamyl dalam langkah pertama pada siklus.
Siklus urea (juga dikenal sebagai siklus Ornithine) adalah siklus biokimia
reaksi yang terjadi pada hewan banyak yang memproduksi urea (( N H 2) 2 C O ) dari
amonia (NH 3). Siklus ini merupakan siklus metabolik pertama kali ditemukan ( Hans
Krebs dan Kurt Henseleit, 1932). Pada mamalia, siklus urea terjadi terutama di hati ,
dan sebagian kecil di ginjal .
2.2.2 Reaksi dan Tahapan Siklus Urea
Siklus urea terdiri dari lima reaksi: dua mitokondria dan tiga sitosol . Siklus
+
mengkonversi dua kelompok amino, satu dari NH 4 dan satu dari Asp , dan atom
-,
karbon dari HCO 3 dengan produk yang relatif tidak beracun ekskresi urea dengan
biaya empat "energi" fosfat tinggi obligasi-(3 ATP dihidrolisis 2 ADP dan satu ATP
ke AMP). Orn adalah pembawa dari karbon dan atom nitrogen.
Reaksi pertama adalah sintesis karbomoil fosfat. Kondensasi 1 mol masing-
masing ion amonium, karbon dioksida, dan fosfat (yang berasal dari ATP) untuk
membentuk karbamoil fosfat dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintase, enzim yang
terdapat dalam mitokondria hati organisme ureotelik. Dua mol ATP yang dihidrolisis
selama reaksi ini menyediakan tenaga penggerak untuk sintesis 2 ikatan kovalen-

15
ikatan amida dan ikatan campuran asam karboksilat-asam fosfat anhidrida dari
karbamoil fosfat. Di samping Mg2+ suatu asam dikarboksilat, lebih disukai N-
asetilglutamat, dibutuhkan. Peranan tepat Nasetilglutamat tidak diketahui dengan
pasti.

Gambar 1. Siklus urea. (www.elmhurst.edu)

Kehadirannya menyebabkan banyak perubahan konformasional (penyesuaian


bentuk) dalam struktur karbamoil fosfat sintase yang membuka (expose) gugus
sulfidril tertentu, menyembunyikan gugus lainnya, dan mempengaruhi afinitas enzim
untuk ATP. Reaksi kedua adalah sintesis sitrulin. Pemindahan gugus karbamoil dari
karbamoil fosfat ke ornitin, membentuk sitrulin + Pi, dikatalisis oleh L-ornitin
transkarbamoilase mitokondria hati. Reaksi sangat spesifik untuk ornitin dan
keseimbangan cenderung kuat ke sintesis sitrulin.

16
Reaksi ketiga adalah sintesis argininosuksinat. Dalam reaksi argininosuksinat
sintase, aspartat dan sitrulin diikat bersamaan melalui gugus amino aspartat. Reaksi
membutuhkan ATP, dan keseimbangan cenderung kuat ke sintesis arginosuksinat.
Reaksi keempat adalah pembelahan argininosuksinat menjadi arginin dan
fumarat. Pembelahan reversibel arininosuksinat menjadi arginin + fumarat dikatalisis
oleh argininosuksinase, suatu enzim hati dan jaringan ginjal. Reaksi berlangsung
melalui mekanisme pembuangan trans. Fumarat yang dibentuk dapat dikonversi
menjadi oksaloasetat melalui reaksi fumarase dan melat dehidrogenase dan
selanjutnya ditransaminasi untuk membentuk kembali (regenerasi) aspartat.
Reaksi kelima adalah pembelahan arginin menjadi ornitin dan urea. Reaksi ini
menyempurnakan siklus urea dan membentuk kembali (regenerasi ornitin), substrat
untuk reaksi 2. Pembelahan hidrolitik gugus guanidino dari arginin dikatalisis oleh
arginase, yang terdapat dalam hati semua organisme ureotelik. Dalam jumlah yang
lebih kecil, arginase juga terdapat dalam jaringan ginjal, otak, kelenjar mamae,
jaringan testikuler dan kulit. Arginase hati mamalia diaktifkan oleh Co2+ atau Mn2+
Ornitin dan lisin merupakan penghambat kuat yang bersaing dengan arginin.

Gambar 2. Enzim yang berperan pada siklus urea. (www.ncbi.nlm.nih.gov)

17
Tabel 1. Tahapan reaksi kimia pada siklus urea
Reaksi dari siklus urea
Reaktan Produk Dikatalisis Tempat
Langkah oleh
-
1 2 ATP + HCO 3 carbamoyl fosfat + 2 CPS1
NH 4 + + ADP P + i mitokondria
2 carbamoyl fosfat + citrulline + P i OTC
Ornithine mitokondria
3 citrulline + argininosuccinate + Ass sitosol
aspartate + ATP AMP + PP i
4 argininosuccinate Arg + fumarat ASL sitosol
5 Arg + H 2 O Ornithine + urea ARG1 sitosol
Keterangan :
Pi : Ortofosfat atau fosfat anorganik
CPS-1 : enzim carbamoyl phosphate synthetase I
OTC : enzim Ornithine transcarbamoylase
ASS : enzim argininosuccinate synthetase
ASL : enzim argininosuccinate lyase
ARG1 : enzim arginase 1

Gambar 3. Siklus urea berlangsung di mitokondria dan sitosol. (guweb2.gonzaga.edu)

18
Reaksi secara keseluruhan dari siklus urea adalah :

NH3 + CO2 + aspartat + 3 ATP + 2 H2O urea + fumarat + 2 ADP + 2 Pi + AMP +


PPi (pirofosfat)

Karena fumarat diperoleh dari menghilangkan NH3 pada aspartat (step 3 dan 4 pada
tabel) dan PP i + H2O 2 Pi, maka persamaan reaksi kimianya dapat
disederhanakan menjadi :

2 NH3 + CO2 + 3 ATP + H2O urea + 2 ADP + 4 Pi + AMP

2.2.3 Peranan Siklus Urea pada Perikanan


Organisme yang tidak dapat dengan mudah dan cepat menghilangkan amonia
biasanya harus mengubahnya menjadi zat lain, seperti urea atau asam urat, yang jauh
kurang beracun. Kekurangan dari siklus urea terjadi di beberapa kelainan genetik
(bawaan kesalahan metabolisme), dan gagal hati. Akibat dari kegagalan hati
merupakan akumulasi dari nitrogen limbah, terutama amonia, yang mengarah pada
ensefalopati hepatik.

19
BAB 3
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Metabolisme nitrogen mencakup jalur-jalur sirkulasi (turnover) dan ekskresi
nitrogen dalam organisme maupun proses-proses biologis daur nitrogen di alam: Daur
urea, jalur penting ekskresi nitrogen dalam bentuk urea. Fiksasi nitrogen biologis.
Asimilasi nitrogen .Nitrifikasi dan Denitrifikasi
Siklus urea merupakan pelepasan gugus NH2 pada asam amino dalam bentu
kamoniak melalui reaksi transaminase dan deaminasi, kemudian dikeluarkan dalam
bentuk urea dari urine. Dari uraian tentang metabolisme asam amino telah diketahui
bahwa NH dapat dilepaskan dari asam amino melalu ireaksi transaminase dan
deaminasi. Pada reaksi transaminase, gugus NH2 yang dilepaskan diterima oleh
suatu asam keto sehingga terbentuk asam amino baru dan asam keto lain.
Siklus urea terdiri dari lima reaksi: dua mitokondria dan tiga sitosol . Siklus
+
mengkonversi dua kelompok amino, satu dari NH 4 dan satu dari Asp , dan atom
-,
karbon dari HCO 3 dengan produk yang relatif tidak beracun ekskresi urea dengan
biaya empat "energi" fosfat tinggi obligasi-(3 ATP dihidrolisis 2 ADP dan satu ATP
ke AMP). Orn adalah pembawa dari karbon dan atom nitrogen.

3.2 Saran
Penulis menyadari bahwa dalam penulisan makalah ini masih banyak
kesalahan dan kekeliruan. Kritik juga saran penulis harapkan untuk memotivasi dan
menyempurnakan makalah ini.

20
3.3 Pertanyaan Dan Jawaban
Pilihan ganda!
1. Apa yang dimaksud dengan siklus urea?
a. Pelepasan gugus NH2 pada asam amino
b. Pelepasan gugus NH3 pada asam amino
c. Pelepasan gugus NH4 pada asam amino
d. Pelepasan gugus CO2 pada asam amino
2. Menurut Hans Krebs dan Kurt Henseleit pada tahun 1932 apa yang membentukan
urea?
a. . Ammonia
b. Ammonia dan karbondioksida
c. Karbondioksida
d. Ammonia dan oksigen
3. Berikut yang merupakan reaksi pembentukan urea adalah
a. 2 Amonia + karbon dioksida + 3ATP + air ---> urea + air + 3 ADP
b. 2 Amonia + 3ATP ---> urea + air + 3 ADP
c. Amonia + karbon dioksida + 3ATP ---> urea + air + 3 ADP
d. 2 Amonia + karbon dioksida + 3ATP ---> urea + air + 3 ADP
4. Apa reaksi ketiga dalam pembentukan urea?
a. Reaksi ketiga adalah sintesis fumarat.
b. Reaksi ketiga adalah sintesis arginin dan fumarat.
c. Reaksi ketiga adalah sintesis argininosuksinat
d. Reaksi ketiga adalah sintesis argininosuksinat menjadi arginin dan fumarat.
5. Fungsi reaksi kelima dalam siklus urea adalah
a. Untuk membentuk karbamoil fosfat dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintase

21
b. Dalam reaksi argininosuksinat sintase, aspartat dan sitrulin diikat bersamaan
melalui gugus amino aspartat
c. Reaksi ini menyempurnakan siklus urea dan membentuk kembali
(regenerasi ornitin)
d. Untuk membentuk kembali (regenerasi) aspartat.
6. Siklus Krebs adalah reaksi antara ..
a. asetil ko-A dengan asam oksaloasetat
b. karboksilt
c. cahaya dan fospor
d. cahaya dan air
e. karboksilat dan unsure hara di dalam bumi
7. Pada proses tahap pertama reaksi berlangsung dari ammonium ke nitrit yang
melibatkan bakteri ..dengan persamaan reaksi. Tahap Kedua (nitrisasi)
a. Nitrcobakter dan Nitrosococcus
b. Nitrosomono dan Nictobacter
c. Nitrosomonos dan Nitrosococcus
d. Nitrosospira dan Nitrosovibrio
e. Nitrosolobus dan Nitrosovibrio
8. Nitrogen adalah % persen dari atmosfir Bumi
a. 78,08
b. 78,05
c. 78,022
d. 77,00
e. 77,90
9. Nitrogen memiliki dinamakan zat lemas karena zat ini bersifat
a. aktif, mudahbereaksidanlainya
b. malas, tidak aktif bereaksi dengan unsur lainnya
c. larutdalam air
d. tidaklarutdalam air

22
e. mudahuntukbereaksidanmenghantarkanpanas
10. Senyawa-senyawa anorganik nitrogen lainnya adalah
a. asam nitrik (HNO 3 ), ammonia (NH 3 ) dan oksida-oksida (NO, NO
2 , N2 O4 , N2O), sianida (CN-)
b. HCl, Hf
c. H2O, Mg2(OH)
d. CO2, O2
e. CH4, ,NaCl

B. Essay
1. Bagaimana sifat- sifat nitrogen ?
Jawab :
Nitrogen adalah zat non logam, dengan elektronegatifitas 3.0. Mempunyai 5
elektron di kulit terluarnya. Oleh karena itu trivalen dalam sebagian besar
senyawa. Nitrogen mengembun pada suhu 77K (-196 oC) pada tekanan
atmosfir dan membeku pada suhu 63K (210oC).
2. Tuliskan dan jelaskan proses yang terjadi di dalam siklus urea?
Jawab :
Dengan peran enzim karbamoil fosfat sintase I, ion amonium bereaksi dengan
CO2 menghasilkan karbamoil fosfat. Dalam raksi ini diperlukan energi dari
ATP
Dengan peran enzim ornitin transkarbamoilase, karbamoil fosfat bereaksi
dengan L-ornitin menghasilkan L-sitrulin dan gugus fosfat dilepaskan.
Dengan peran enzim argininosuksinat sintase, L-sitrulin bereaksi dengan L-
aspartat menghasilkan L-argininosuksinat. Reaksi ini membutuhkan energi
dari ATP
Dengan peran enzim argininosuksinat liase, L-argininosuksinat dipecah
menjadi fumarat dan L-arginin
Dengan peran enzim arginase, penambahan H2O terhadap L-arginin akan
menghasilkan L-ornitin dan urea.

23
Daftar Pustaka

Campbell, N A.,J.B. Reece, & L.G. Mithchell. 2005. Biologi. Edisi Kelima. Terj. dari:
Biology.5th ed. oleh Manalu, W. Jakarta : Erlangga.
Lehninger, Albert . L. 1982. Dasar-Dasar Biokimia. Penerbit Erlangga
Murray, Robert K, dkk. 2003 Biokimia Harper edisi 25. Jakarta: EGC
Sholeh, Aziz. 2012. (online). (http://blog.ub.ac.id/metabolisme-atp/. Diakses 7 Mei 2017
pukul 22:06 WIB
Yatim, Wildan. 2003. Biologi Modern Biologi Sel. Bandung: Tarsito

24