Materiales y Mtodos

Qu hicimos?

Se tuvo las secuencias problema

(Forward & Reverse)

1 Editar visualmente secuencias

CHROMAS 2 Obtener reverso complementario (5'->3') [Chromas>Edit>Rev.Complem]
3 Soportar secuencias (FASTA) [Chromas>Export]

Se edita visualmente para reducir el posible error que pudo botar el sistema, asimismo para ganar
un poco de extensin en los extremos de las secuencias, la obtencin del reverso complementario
es para tener las secuencias en la misma direccin y poder dar su identidad despus, para lo que
adems las volvemos a FASTA, lo que nos permitir procesarlas en otros programas.
CHROMAS 1. Se editaron las secuencias
(se evidencian Y, W, R editadas)

CHROMAS 2. Se obtuvo reverso

complementario
 CHROMAS 3. Se export FASTA y se junt (para luego
procesar la seq.Foward y la seq.Reverse en Bioedit)

1 Abrir data en Bioedit [File>Open>Nombre]

2 Alinear seqs. Forward y Rev.com. [Accesory aplicaction>Clustalw>Run>Ok]
Bioedit>Clustalw
3 Obtener seq. Consenso [Aligment> Create Consensus seq]
4 Copiar Secuencia Consenso (FASTA) [Edit>Copy seq (FASTA)]

Dado que las dos secuencias fueron obtenidas por dos secuenciamientos independientes ahora se
ha de alinear base por base para luego poder compararlas y dar lugar a una secuencia consenso,
la cual ser la que se considerar para evaluacin en las bases de datos en lnea NCBI y BOLD
System.
Bioedit 1. Se abrieron las secuencias

Bioedit 2. Se alinearon secuencias

(se vio un gap)
 Bioedit 3. Se obtiene la secuencia "Consensus"

Bioedit 4. Se copia la secuencia "Consensus" (FASTA)

BOLD System 1 Identification>Copiar seq.consenso(FASTA)>%similitud>Obtener BarCode.

Se somete a identificacin la secuencia Consenso en el BOLD System (Bar Code of Life Database)
puesto que esta base de datos se especializa en relaciones taxonmicas, filogenticas y evolutivas.
Mostrar una serie de importantes accesos donde se podr reconocer adems de la especie a la
que pertenece la secuencia problema, hasta haplotipos y el lugar de donde se consigui su
secuencia, para incluso poder contactarse con los investigadores pertinentes de ser el caso.

BOLD System 1. Se ingres a la pgina del BOLD System a

"Identification" y se insert la seq. Consenso

BOLD System 2. Se obtuvo el resultado del BOLD System

(que ser analizado en "Resultados")

http://www.boldsystems.org/index.php/Public_RecordView?processid=WWGSL364-08
http://www.boldsystems.org/index.php/Public_RecordView?processid=WW878-08

http://www.boldsystems.org/index.php/Public_RecordView?processid=WW867-08

(3 link por observar)

BOLD System 3. Se obtuvo el cdigo de barras entrando a uno de los

resultados "publicados" (que ser analizado en "Resultados")

NCBI 1 BLAST>BLASTn>%ID,%Query cover, E-value

El NCBI es una de las bases de datos ms grandes del mundo teniendo miles de tipos de bases de
datos interrelacionadas, esto facilita la obtencin de artculos cientficos, la asociacin con
secuencias de ARN y proteicas, as como de mucha y diversa informacin que podr ser
aprovechada de acuerdo a los objetivos y calidad del cientfico.
 NCBI 1. Se ingres a la pgina del NCBI y en el
"Nucleotide BLAST" se insert la seq. Consenso

NCBI 2. Se obtuvo el resultado del nBLAST

(que ser analizado en "Resultados")
 NCBI 3. Se analizaron los resultados de acuerdo a los
parmetros obtenidos (que se explicar en "Resultados")

CODIGO PARA REVISAR MAS TARDE: YNX184EG014 (Expires on 09-06 21:54 pm)

1 Seleccionar varias secuencias y descargarlas (FASTA). Agregar seq.consenso en

estudio
Alineamiento 2 Alinear todas las Seq. [CLUSTALw]
mltiple de
3 Editar los extremos de seq. [Bioedit>Mode Edit>Seleccionar extremo a cotrar]
secuencias
4 Vista grfica [FILE>GRAPHIC VIEW]
5 Exportar seq.alineadas [Bioedit>File>Export>Seq. Aligment>file.aln]

Como se debe comprender, los resultados indicados en las bases de datos son probabilsticas, lo
que siempre dar lugar a cierto margen de error. El posterior estudio de diferentes resultados para
poder luego compararlos desde un punto de vista evolutivo y cerciorar diferencias es de suma
importancia y ayuda visual para un entendimiento ms completo tanto para profesionales como
para interesados no acadmicos. El primer paso para lo mencionado es poder comparar y alinear
los diferentes resultados obtenidos.
Al. Mltiple de seqs 1. Se descargaron varias secuencias
de las expuestas tanto por el BOLD System y el NCBI.

Al. Mltiple de seqs

Al. Mltiple de seqs

Al. Mltiple de seqs

 Resultados BOLD System. Se observ que los resultados
del BOLD System fueron todos de la misma regin.

Bibliografa
1. Altschul SF, Madden TL, Schffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, et al. Gapped BLAST and PSI-
BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res. 1997 Sep;
25(17).