Southern Blot

Dinamai setelah penemunya, biologi Edwin Southern, Southern Blot adalah metode untuk
menyelidiki keberadaan sekuens DNA tertentu dalam sampel DNA. DNA sampel sebelum atau
setelah pencernaan enzim restriksi dipisahkan dengan elektroforesis gel dan kemudian ditransfer
ke membran dengan blotting melalui aksi kapiler. Membran tersebut kemudian terkena probe
DNA berlabel yang memiliki urutan basa pelengkap untuk urutan DNA pada bunga. Kebanyakan
protokol asli yang digunakan label radioaktif, namun non-radioaktif alternatif yang sekarang
tersedia. Southern blotting kurang umum digunakan dalam ilmu laboratorium karena kapasitas
teknik lain, seperti PCR, untuk mendeteksi urutan DNA spesifik dari sampel DNA. Bercak ini
masih digunakan untuk beberapa aplikasi, bagaimanapun, seperti mengukur jumlah salinan
transgen pada tikus transgenik, atau rekayasa gen sel induk garis KO embrio.

Southern blot pertama kali dikemukakan oleh Southern (1975).Teknik ini mentransfer DNA
ke kertas NC dengan menggunakan prosedur aliran pelarut.Caranya yaitu dengan menempatkan
gel elektroforesis ke kertas matriks yang direndam buffer dan berada di atas sesuatu seperti spons
yang telah dibasahi dengan buffer. Membran tersebut diletakkan di atas gel dan ditumpuk pula
beberapa kertas peresap di atasnya. Buffer kemudian akan mengalir pelan-pelan ke membran,
demikian pula dengan gel yang membawa molekul ke kertas membran, sementara gelnya diserap
oleh kertas peresap. Fragmen DNA yang spesifik dideteksi dengan menggunakan
pelacak.Pelacak biasanya merupakan DNA yang dimurnikan dan bisa ditandai dengan aktifitas
spesifik radionukletida.Lokasi sinyal yang terlihat setelah autradiografi membuat kita dapat
menentukan ukuran dari fragmen DNA tersebut.

Di bawah kondisi-kondisi optimal, Southern blot mendeteksi ~ 0.1 pg DNA yang menarik.
Blot teknik digunakan untuk memindahkan protein DNA dan RNA ke suatu pengangkut
sehingga dapat dipisahkan, dan sering juga diikuti penggunaan suatu gel ectrophoresis. Southern
blot digunakan untuk memindahkan DNA. Digunakan biologi molekular untuk melihat
kemungkinan kehadiran suatu urutan DNA dalam suatu sample DNA. Southern blot Southern
berkombinasi gel agarose electrophoresis untuk separasi ukuran DNA dengan metoda untuk
memindahkan DNA ke suatu membran filter untuk pemeriksaan hybridisasi. Metoda lain adalah
Western blot dan Northern blot memiliki prinsip kerja yang sama tetapi menggunakan RNA dan
protein.
 Setelah electrophoresis, gel tersebut diperlakukan dengan suatu alkali yang menyebabkan
DNA terdenaturasi dan terpisah menjadi rantai tunggal.Suatu membran seperti selaput
ditempatkan pada gel dan diberi tekanan melalui pengisapan atau metoda mundane dalam kertas
handuk (paper towels) dengan suatu berat.DNA berpindah tempat ke membran dan
stick.Membran DNA-impregnanted dibakar atau menyebar secara permanen dengan
menyertakan DNA tersebut. Molekul yang kemudian diperlakukan dengan suatu pemeriksaan
hybridisasi yang mana hanya suatu molekul DNA dengan urutan dikenali yang akan dipasangkan
dengan urutan DNA yang telah ditandai (diblot). Pemeriksaan DNA berlabel dengan fluorescents
atau chromogenic berpijar sehingga dapat teridentifikasi. Dengan pengujian pola dari hybridisasi
dengan sinar X atau Autoradiografi, peneliti dapat menentukan fragmen yang berisi DNA
sequence spesifik atau gen.

Southern blots digunakan penemuan gen dan pemetaan, evolusi dan studi
pengembangan, forensik dan diagnostik. Dalam tingkat genetik untuk memodifikasi pada
organisme, Southern blot digunakan sebagai test untuk memastikan bahwa bagian DNA tertentu
mengenal urutan gen. Southern blot analysis untuk menandai karakter transforman.Southern blot
analysis bermanfaat untuk mengidentifikasi bentuk berbeda, menentukan memasukkan atau
menyisipkan jumlah copy dan untuk mendeteksi gross DNA penyusunan kembali yang mungkin
telah terjadi perubahan. Jika kamu sedang menganalisis galactosidase dengan memasukkan
atau menyisipkan dan dipotong potong dengan EcoRV maka akan dihasilkan potongan sekitar
1kb dari atas dan bawah dari urutan persandian galactosidase dimulai. Pemecahan oleh enzim
restriksi, Analisis Gel, dan bloting.