Definicin de bioinformtica

La bioinformtica es el resultado de la unin indisoluble entre las tecnologas informticas y las

ciencias biolgicas.

Principal objetivo es el desarrollo y uso de tcnicas matemticas y computacionales para

organizar, analizar y distribuir informacin con la finalidad de responder interrogantes de la
biologa molecular como:

1. Cmo almacenar y organizar secuencias de ADN?

2. Cmo hallar intrones y exones en secuencias de ADN genmico?
3. Cmo conocer ms acerca de la estructura de una protena?
4. Cmo comparar secuencias de protenas o predecir su estructura?

Uno de los intereses principales en la biologa es comparar una secuencia nueva de una
protena con secuencias previamente caracterizadas. Se necesita programas como BLAST
(Basic Local Alignment Search Tool) que encuentra las regiones de similitud local entre las
secuencias. Esto nos permitira predecir funciones.

Historia

1865 1930. Mendel y sus leyes.

1865 1952. La bsqueda del gen y la sustancia hereditaria.
1930 1950 Primeros modelos computacionales (Alan Turing)
1950 1970 Evolucin de las arquitecturas de computadores (Von Neumann)
1953 se da el nacimiento de la biologa molecular
1953 1966. La doble hlice y el cdigo gentico.
1967 1989. La ingeniera gentica y la reaccin en cadena de la polimerasa.
1990 2001. El proyecto genoma y la era post-genmica.

Campos de trabajo

la bioinformtica se convierta en pieza clave para aplicaciones como filtro gentico, diagnstico
molecular, hallazgo de nuevos frmacos y mejoramiento gentico de cultivos.
Blotting and Hybridization

Finding the single piece of DNA that contains a specic gene among hundreds or thousands is very
much akin to the idea of nding a needle in a haystack even when the DNA fragments are size
fractionated. Molecular biologists routinely

employ another technique, blotting and hybridization, to draw attention to the one fragment they
wish to study. In blotting, polynucleotides are transferred from the fragile gel that was used to
separate them onto a more solid support such as a piece of nitrocellulose paper or a nylon
membrane. This blotting process is mechanically simple and entails placing the membrane in
contact with the gel and then using capillary action to pull the DNA up from the gel and onto the
membrane. while water molecules can pass through the membrane (and be drawn into absorbent
paper towels or a weak vacuum above it), DNA molecules are too large and remain associated
with the membrane in the same relative positions that they had moved to during gel
electrophoresis. Ultraviolet light or even simple baking can then be used to permanently attach
the DNA fragments to the membrane.

A membrane Prepared in this way is then ready for the second step in this detection process.
Hybridization occurs when a labeled fragment of single-stranded DNA called a probe is allowed to
base pair with the nucleic acids that have been transferred to a membrane. Tipically 20 or more
nucleotides in length, probes can be chosen on the basis of their being likely to nd only one
fragment of DNA on the membrane to which they can base pair. Probes can be chemically
synthesized from scratch or can be fragments of DNA that have already been isolated in other
experiments and even from related genes in different organisms. Any of a number of means can
be used to label or tag a probe ranging from radioactivity to uorescent dyes and even attaching
enzymes that catalyze unusual reactions. These probes are allowed to wash over a membrane
(often for several hours or even overnight) as part of a watery mix that also contains salt, pH
buffers, and detergent. The stringency of the hybridization, particularly salt concentration and
temperature, can be manipulated to allow probes to bind to sequences with less than perfect
matches. At the end of the hybridization procedure, unbound probe is washed off and the
membrane is examined to see where base pairing between the probe and its target sequence has
occurred.

A variant of these membrane-based hybridization systems is the powerful microarray or DNA chip
technology. Here, thousands and even tens of thousands of nucleotide sequences are each afxed
to individual positions on the surface of a small silica (glass) chip. Fluorescently labeled copies of
the RNA transcripts (cDNAs, described further in Chapter 6) from an organism being studied can
then be washed over that surface and allowed to hybridize to complementary nucleotides. After
washing, a laser is used to excite the uorescent tags and then photodetectors quantify the
amount of signal associated with each spot of know sequence. A popular application of this
methodology results in the determination of relative RNA levels associated with huge numbers of
known and predicted genes in a single experiment for a variety of organisms using commercially
available microarrays. Quite literally, accurate measurements of every single gene (and even every
processing variant of every gene) can be precisely assessed. Then sensitivity of DNA chip
technology is truly remarkable in that it can confirm the presence of as little as one transcript is
truly remarkable in that it can confirm the precense of as little as one transcript being present in
every tenth cell of an experiment. significant computational efforts are associated whit the
generation of such chips (ensuring the distinctiveness of each of the thousands of bound probes
alone is challenging) as well as the interpretation of their results. (variation among replicate
experiments, evaluation of differences between test and control conditions, and determination of
expression associations are all complicated by an abundance of data.)

Cloning

While cells manipulate and extracr information from single DNA molecules on a routine basis,
molecular biologists typically require quantities of material that are almost Visible to the naked
eye (many millions of molecules) for most of their analyses. DNA sequencing reactions (described
below) in particular require higher purity and larger amounts of DNA than can be practically
obtained through restriction enzyme digestion of genomic DNA and gel electrophoresis.
A fairly simple solution to this problem has been to invoke the assistance of cells in the generation
of sufcient quantities and qualities of specic DNA molecules for such purposes. In essence,
cloning involves the insertion of specic DNA fragments into chromosome-like carriers called
vectors that allow their replication in (and isolation From) living cells. Since all the copies of the
fragment are identical, they are known as molecular clones and they can be puried for immediate
Study or stored in collections known as libraries for future analyses.

Once a restriction fragment that contains a sequence of particular interest has been generated as
described above, its sticky ends can be used to help ligate it into a vector that has been cut with a
restriction enzyme that has complementary sticky ends. The rst vectors to be used were derived
from bacterial viruses and from small extra-chromosomal pieces of DNA in prokaryotic cells called
plasmids. These vectors are easy to manipulate in the laboratory and are especially
useful for cloning relatively small pieces of DNA (ranging in size from dozens to 25,000 nucleotides
in length). Newer alternatives derived from bacterial and yeast chromosomes are better suited for
very large fragments of DNA (ranging from 100,000 to 1,000,000 base pairs long), but are not as
amenable to handling and characterization. All vectors must have several features in common to
be useful to molecular biologists. Those features include sequences that allow them to be
replicated inside of living cells, sequences that confer a novel ability to their host cell so their
presence can be detected, and distinguishing physical traits (such as size or shape) that allow them
to be separated from the host cells DNA.

A collection of genes, each of which is Cloned into a vector, is known as a genetic library. An ideal
genomic library would contain one copy of every segment of an organisms DNA. For example, if a
4,600,000 nucleotide long genome (such as E. colis) were completely digested with a restriction
enzyme such as EcoRI, then a total of more than 1,000 DNA fragments with an average length of
4,096 base pairs would each need to be cloned to make a complete genomic library. The number
of clones (genome size divided by average fragment length) in Such a perfect genomic library
denes a genomic equivalent. Unfortunately, making a genomic library cannot be accomplished by
Simply digesting the genomic DNA of a single cell and making clones of each fragment. The cloning
process is not efficient and it is usually necessary to harvest DNA from hundreds or thousands of
cells to clone a single fragment. Further, the random nature of the cloning process ensures that
some fragments will be cloned multiple times while others are not represented at all in one
genomic equivalent. Increasing the number of clones in a genomic library increases the likelihood
that it will contain at least one copy of any given segment of DNA. A genomic library with four to
ve genomic equivalents has, on average, four to ve copies of every DNA segment and a 95%
chance of containing at least one copy of any particular portion of the organisms genome. Details
of this calculation are provided in Chapter 6. These realities have two practical implications: (1)
Vectors that allow the cloning of larger fragments are better for making genomic libraries because
fewer clones are needed to make a genomic equivalent, and (2) cloning the last 5% of a genome is
often as difcult as cloning the rst 95 %.

In many cases a useful alternative to a genomic library is cDNAlibrary. The

portions of a genome that are typically of greatest interest are those that correspond to the
regions that code for proteins. One thing that all protein coding regions have in common is the
fact that they are all converted into mRNAs before they are translated by ribosomes. Those
mRNAs can be separated from all the other polynucleotides within a cell by means of a special
enzyme Called reverse transcriptase, which converts them back into complementary DNA (cDNA)
sequences and then clones those cDNAs as part of a library. Simply showing up in a cDNA library is
often enough to attach signicance to a portion of a genome since cells usually only make mRNA
copies of genes that are functionally important. Further, the relative abundance of cDNAs within a
library from any given organism or cell type gives an indication as to how much a particular gene is
expressed. A disadvantage to cDNA sequences, though, is that they typically contain only the
information that is used by ribosomes in making proteins and not the important regulatory
sequences and introns usually associated with genes. As a result, complete understanding of a
genes structure and function usually comes only after characterization of both its genomic and
cDNA clone. The creation of screening libraries to determine which. clones contain sequences of
interest is accomplished by similar kinds of blotting and hybridization strategies used to distinguish
between one DNA fragment and another.
Transferencia e hibridacin

Encontrar la pieza nica de ADN que contiene un gen especfico entre cientos o miles es muy
similar a la idea de encontrar una aguja en un pajar, incluso cuando los fragmentos de ADN se
fraccionan por tamao. Los bilogos moleculares rutinariamente.

Emplean otra tcnica, blotting e hibridacin, para llamar la atencin sobre el fragmento que
desean estudiar. En la transferencia, los polinucletidos se transfieren del gel frgil que se us
para separarlos sobre un soporte ms slido tal como una pieza de papel de nitrocelulosa o una
membrana de nylon. Este proceso de transferencia es mecnicamente simple y supone colocar la
membrana en contacto con el gel y luego usar la accin capilar para extraer el ADN del gel y sobre
la membrana. Mientras que las molculas de agua pueden pasar a travs de la membrana (y ser
aspiradas en toallas de papel absorbente o un dbil vaco por encima), las molculas de ADN son
demasiado grandes y permanecen asociadas con la membrana en las mismas posiciones relativas a
las que se haban movido durante la electroforesis en gel. La luz ultravioleta o incluso la simple
coccin se pueden utilizar para unir permanentemente los fragmentos de ADN a la membrana.

Una membrana preparada de este modo est entonces lista para el segundo paso en este proceso
de deteccin. La hibridacin se produce cuando un fragmento marcado de ADN monocatenario
llamado sonda se permite formar un par de bases con los cidos nucleicos que han sido
transferidos a una membrana. Tpicamente 20 o ms nucletidos de longitud, las sondas se
pueden elegir sobre la base de que es probable que encuentren slo un fragmento de ADN en la
membrana a la que puedan unirse a un par. Las sondas pueden ser qumicamente sintetizadas
desde cero o pueden ser fragmentos de ADN que ya han sido aislados en otros experimentos e
incluso de genes relacionados en diferentes organismos. Cualquiera de un nmero de medios se
puede usar para marcar o marcar una sonda que vara de radiactividad a tintes fluorescentes e
incluso uniendo enzimas que catalizan reacciones inusuales. Estas sondas se dejan lavar sobre una
membrana (a menudo durante varias horas o incluso durante la noche) como parte de una mezcla
acuosa que tambin contiene sal, tampones de pH y detergente. La rigurosidad de la hibridacin,
particularmente la concentracin de sal y la temperatura, se pueden manipular para permitir que
las sondas se unan a secuencias con coincidencias menos que perfectas. Al final del procedimiento
de hibridacin, la sonda no unida se elimina por lavado y se examina la membrana para ver dnde
se ha producido el emparejamiento de bases entre la sonda y su secuencia diana.

Una variante de estos sistemas de hibridacin basados en membranas es la potente tecnologa de

microarrays o de chips de ADN. Aqu, miles e incluso decenas de miles de secuencias de
nucletidos se fijan cada una a posiciones individuales sobre la superficie de un pequeo chip de
slice (vidrio). Las copias fluorescentemente marcadas de los transcritos de ARN (cDNAs, descritos
adicionalmente en el Captulo 6) de un organismo que se est estudiando, pueden lavarse
entonces sobre esa superficie y dejarse hibridar con nucletidos complementarios. Despus del
lavado, se utiliza un lser para excitar las etiquetas fluorescentes y despus los fotodetectores
cuantifican la cantidad de seal asociada con cada secuencia de la mancha de conocimiento. Una
aplicacin popular de esta metodologa resulta en la determinacin de niveles relativos de ARN
asociados con un gran nmero de genes conocidos y predichos en un solo experimento para una
variedad de organismos que usan microarrays comercialmente disponibles. Bastante literalmente,
las mediciones exactas de cada solo gen (e incluso cada variante de proceso de cada gene) se
pueden determinar con precisin. Entonces la sensibilidad de la tecnologa de chip de ADN es
realmente notable en que puede confirmar la presencia de tan poco como una transcripcin es
verdaderamente notable en que puede confirmar la presencia de tan poco como una transcripcin
que est presente en cada dcima celda de un experimento. Se asocian esfuerzos
computacionales significativos con la generacin de tales chips (garantizando que el carcter
distintivo de cada uno de los miles de sondas unidas es un desafo), as como la interpretacin de
sus resultados. (La variacin entre los experimentos repetidos, la evaluacin de las diferencias
entre las condiciones de prueba y de control y la determinacin de las asociaciones de expresin
se complican por una abundancia de datos).

Clonacin

Mientras que las clulas manipulan y extraen informacin de molculas de ADN nicas de forma
rutinaria, los bilogos moleculares normalmente requieren cantidades de material que son casi
visibles a simple vista (muchos millones de molculas) para la mayora de sus anlisis. Las
reacciones de secuenciacin del ADN (descritas ms adelante), en particular, requieren una mayor
pureza y mayores cantidades de ADN que se pueden obtener prcticamente mediante la digestin
con enzimas de restriccin de ADN genmico y electroforesis en gel.
Una solucin bastante simple a este problema ha sido invocar la ayuda de las clulas en la
generacin de cantidades y cualidades suficientes de molculas de ADN especficas para tales
propsitos. En esencia, la clonacin implica la insercin de fragmentos especficos de ADN en
vehculos similares a los cromosomas llamados vectores que permiten su replicacin en (y el
aislamiento de) las clulas vivas. Puesto que todas las copias del fragmento son idnticas, se
conocen como clones moleculares y pueden purificarse para su estudio inmediato o almacenarse
en colecciones conocidas como bibliotecas para futuros anlisis.

Una vez que se ha generado un fragmento de restriccin que contiene una secuencia de inters
particular como se ha descrito anteriormente, sus extremos pegajosos pueden usarse para ayudar
a ligarlo en un vector que se ha cortado con una enzima de restriccin que tiene extremos
pegajosos complementarios. Los primeros vectores que se utilizaron se derivaron de virus
bacterianos y de pequeos fragmentos extra-cromosmicos de ADN en clulas procariotas
llamadas plsmidos. Estos vectores son fciles de manipular en el laboratorio y son especialmente
tiles para clonar fragmentos de ADN relativamente pequeos (que varan en tamao desde
docenas a 25.000 nucletidos de longitud). Las nuevas alternativas derivadas de los cromosomas
bacterianos y de levadura son ms adecuadas para fragmentos muy grandes de ADN (que van
desde 100.000 a 1.000.000 de pares de bases), pero no son tan susceptibles de manipulacin y
caracterizacin. Todos los vectores deben tener varias caractersticas en comn para ser tiles a
los bilogos moleculares. Esas caractersticas incluyen secuencias que les permiten ser replicadas
dentro de clulas vivas, secuencias que confieren una capacidad novedosa a su clula husped
para que su presencia pueda ser detectada, y distinguir rasgos fsicos (tales como tamao o forma)
que les permitan ser separados de El ADN de la clula husped.

Una coleccin de genes, cada uno de los cuales es Clonado en un vector, se conoce como una
biblioteca gentica. Una biblioteca genmica ideal contendra una copia de cada segmento del
ADN de un organismo. Por ejemplo, si un genoma de 4,600,000 nucletidos de longitud (tal como
E. coli) se digiriera por completo con una enzima de restriccin tal como EcoRI, entonces un total
de ms de 1.000 fragmentos de ADN con una longitud media de 4.096 pares de bases tendran que
ser clonados Para hacer una biblioteca genmica completa. El nmero de clones (tamao del
genoma dividido por la longitud promedio del fragmento) en una biblioteca genmica tan perfecta
define un equivalente genmico. Lamentablemente, la fabricacin de una biblioteca genmica no
puede lograrse simplemente digiriendo el ADN genmico de una sola clula y haciendo clones de
cada fragmento. El proceso de clonacin no es eficiente y por lo general es necesario recolectar el
ADN de cientos o miles de clulas para clonar un nico fragmento. Adems, la naturaleza aleatoria
del proceso de clonacin asegura que algunos fragmentos sern clonados mltiples veces
mientras que otros no estn representados en absoluto en un equivalente genmico. Aumentar el
nmero de clones en una biblioteca genmica aumenta la probabilidad de que contenga al menos
una copia de cualquier segmento dado de ADN. Una biblioteca genmica con cuatro a cinco
equivalentes genmicos tiene, en promedio, de cuatro a cinco copias de cada segmento de ADN y
un 95% de probabilidad de contener al menos una copia de cualquier porcin particular del
genoma del organismo. Los detalles de este clculo se proporcionan en el Captulo 6. Estas
realidades tienen dos implicaciones prcticas: (1) Los vectores que permiten la clonacin de
fragmentos ms grandes son mejores para hacer bibliotecas genmicas porque se necesitan
menos clones para hacer un equivalente genmico y (2) El ltimo 5% de un genoma es a menudo
tan difcil como clonar el 95% primero.

En muchos casos, una alternativa til a una biblioteca genmica es cDNAlibrary. los
Las porciones de un genoma que son tpicamente de mayor inters son las que corresponden a las
regiones que codifican protenas. Una cosa que todas las regiones codificantes de protenas tienen
en comn es el hecho de que todos ellos se convierten en mRNAs antes de que sean traducidos
por ribosomas. Esos mRNAs se pueden separar de todos los otros polinucletidos dentro de una
clula por medio de una enzima especial denominada transcriptasa inversa, que los convierte de
nuevo en secuencias complementarias de ADN (ADNc) y despus clona esos cDNAs como parte de
una biblioteca. Simplemente aparecer en una biblioteca de cDNA es a menudo suficiente para unir
signi fi cacin a una porcin de un genoma ya que las clulas usualmente slo hacen copias de
ARNm de genes que son funcionalmente importantes. Adems, la abundancia relativa de cDNAs
dentro de una biblioteca de cualquier organismo o tipo celular dado da una indicacin de cunto
se expresa un gen particular. Una desventaja de las secuencias de cDNA, sin embargo, es que por
lo general contienen slo la informacin que es utilizada por los ribosomas en la toma de
protenas y no las importantes secuencias reguladoras y los intrones usualmente asociados con los
genes. Como resultado, la comprensin completa de la estructura de un gen y la funcin por lo
general viene slo despus de la caracterizacin de su genoma y cDNA clon. La creacin de
bibliotecas de cribado para determinar cul. Clones contienen secuencias de inters se logra
mediante tipos similares de blotting y estrategias de hibridacin utilizados para distinguir entre un
fragmento de ADN y otro.