Komaki et al.

Standar Ilmu Genomic ( 2015) 10:58

DOI 10,1186 / s40793-015-0046-5

LAPORAN GENOM EXTENDED Akses terbuka

Draft genom urutan laut yang diturunkan

Streptomyces sp. TP-A0598, produsen anti-MRSA
lydicamycins antibiotik
Hisayuki Komaki 1 *, Natsuko Ichikawa 2, Akira Hosoyama 2, Nobuyuki Fujita 2 dan Yasuhiro Igarashi 3

Abstrak

Streptomyces sp. TP-A0598, terisolasi dari air laut, menghasilkan lydicamycin, struktural jenis yang unik Saya poliketida bantalan dua cincin
beranggota lima yang mengandung nitrogen, dan empat congeners TPU-0037-A, - B, - C, dan - D. Kami di sini melaporkan 8 Mb rancangan genom
urutan strain ini, bersama-sama dengan klasifikasi dan fitur dari organisme dan generasi, penjelasan dan analisis urutan genom. genom
mengkodekan 7240 ORFs diduga, yang
4450 ORFs ditugaskan dengan kategori COG. Juga, 66 tRNA gen dan satu operon rRNA diidentifikasi. genom berisi delapan kelompok gen
yang terlibat dalam produksi poliketida dan peptida nonribosomal. Di antara mereka, cluster PKS / NRPS gen ditugaskan untuk bertanggung
jawab atas lydicamycin biosintesis dan jalur biosintesis masuk akal diusulkan atas dasar prediksi fungsi gen. genom ini sequence data akan
memudahkan untuk menyelidiki potensi metabolisme sekunder di laut yang diturunkan Streptomyces.

Kata kunci: Lydicamycin, TPU-0037, gen biosintesis, poliketida sintase, Streptomyces

pengantar
Anggota dari genus Streptomyces, Gram positif actinomycetes berserabut,
merupakan sumber yang menarik untuk metabolit sekunder bioaktif.
permukaan tanah darat adalah habitat yang paling umum untuk Streptomyces lydicamycin. Kami di sini menyajikan urutan rancangan genom Streptomyces
tapi survei terbaru telah mengungkapkan distribusi di mana-mana di
lingkungan laut. Laut Streptomyces saat ini menarik banyak perhatian
sebagai sumber tersentuh senyawa bioaktif baru yang berguna bagi
pengembangan obat [1 - 3]. Dalam screening kami untuk antibiotik
anti-MRSA baru, Streptomyces sp. TP-A0598 yang dikumpulkan dari air
laut dalam ditemukan untuk menghasilkan lydicamycin dan empat
congener baru asal poliketida (Gambar. 1) [4]. Lydicamyicn ditandai
dengan cincin pyrrolidine belum pernah terjadi sebelumnya dimodifikasi
oleh kelompok aminoiminomethyl yang rantai karbon polyketide diturunkan
dengan beberapa hidroksil dan olefin fungsi terkait dan ke ujung lain dari
rantai ini terkait sebuah octalin dimodifikasi oleh asam tetramic. Meskipun
ini unik
fitur struktural, gen biosintesis dari lydicamycin belum dilaporkan hingga
saat ini. Dalam studi ini, kami melakukan seluruh sekuensing genom
senapan dari strain TP-A0598 untuk mengidentifikasi PKS gen cluster
sp. TP-A0598, bersama-sama dengan deskripsi sifat genom dan
penjelasan untuk gen metabolit sekunder. The diduga lydicamycin gen
biosintesis klaster dan biosintesis jalur masuk akal juga dilaporkan.
informasi organisme
Klasifikasi dan fitur
Dalam perjalanan skrining untuk molekul bioaktif baru yang dihasilkan
oleh mikroorganisme laut, Streptomyces sp. TP-A0598 diisolasi dari
sampel air laut dikumpulkan di 2.600 meter dari pantai dan 321 meter di
kedalaman di Namerikawa, Toyama, Jepang dengan metode filter
membran dan ditemukan untuk menghasilkan lydicamycin dan congener
novel. strain ini tumbuh baik pada Bennett ' s, ISP 3, ISP

4, ISP 5 dan ragi agars pati. Pada ISP 5, ISP 6 dan ISP

* Korespondensi: komaki-hisayuki@nite.go.jp
1 Pusat Sumber Daya Hayati, Institut Teknologi Nasional dan Evaluasi (NBRC), Chiba,

Jepang
Daftar lengkap informasi penulis tersedia di akhir artikel

2015 Komaki et al. Akses terbuka Artikel ini didistribusikan di bawah ketentuan Creative Commons Atribusi 4.0 License Internasional

(http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/), yang memungkinkan penggunaan tak terbatas, distribusi, dan reproduksi dalam media apapun, asalkan
Anda memberikan kredit yang sesuai kepada penulis asli (s) dan sumber, menyediakan link ke lisensi Creative Commons, dan menunjukkan jika
perubahan yang dilakukan. Creative Commons Public Domain Dedication pengabaian (http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/) berlaku untuk
data yang tersedia dalam artikel ini, kecuali dinyatakan lain.
Komaki et al. Standar Ilmu Genomic ( 2015) 10:58 Halaman 2 dari 9

HO

NH
H 2 N NH HAI Lydicamycin (R 1 = Me, R 2 = OH)
R1
TPU-0037-A (R 1 = H, R 2 = OH) TPU-0037-C
HAI
N (R 1 = H, R 2 = H) TPU-0037-D (R 1 = Me, R 2 = H)

OH OH OH OH OH
R2

OH

HO

NH
H 2 N NH HAI

HAI TPU-0037-B
N

OH OH OH OH OH

OH

Gambar. 1 struktur kimia dari lydicamycin dan congener yang diproduksi oleh Streptomyces sp. TP-A0598

7 agars, pertumbuhan miskin. Warna miselia aerial adalah zaitun
keabu-abuan dan bahwa dari sisi sebaliknya adalah kuning pucat pada ISP
3 agar. pigmen diffusible tidak terbentuk pada media agar yang kita
diperiksa. Strain TPA0598 membentuk rantai spora spiral dan spora yang
berbentuk silinder, 0,5 0,9 m dalam ukuran, yang memiliki permukaan
berkutil [4]. Sebuah mikrograf elektron scanning strain ini ditunjukkan pada
L-arabinosa, dan D-xylose untuk pertumbuhan (Tabel 1) [4]. Strain ini
diendapkan dalam koleksi kultur NBRC dengan nomor registrasi NBRC
110027. The pengkodean gen 16S rRNA diamplifikasi dengan PCR
menggunakan dua primer universal, 9 F dan 1541R. Setelah pemurnian
produk PCR dengan AMPure (Beckman Coulter), sequencing itu
dilakukan sesuai dengan metode yang ditetapkan [5]. pencarian homologi

Gambar. 2. Pertumbuhan terjadi pada 15 - 37 C (optimum 30 C) dan pH 5 - 9 dari urutan oleh EzTaxon-e [6] menunjukkan kesamaan tertinggi (99,93%,
(optimum pH 7). Strain TP-A0598 menunjukkan pertumbuhan dengan 0 - 7% 1465/1466) ke Streptomyces angustmyceticus NBRC 3934 T

(w / v) NaCl (optimum 0% NaCl). Strain TP-A0598 dimanfaatkan D-glukosa,

sukrosa, inositol, L-rhamnose, D-manitol, D-rafinosa, D-fruktosa,
(AB184817) [7] sebagai jenis galur terdekat. Sebuah pohon filogenetik
dibangun kembali atas dasar gen 16S rRNA

Gambar. 2 mikrograf elektron scanning Streptomyces sp. TP-A0598 ditanam di sepuluh kali lipat diencerkan ISP 2 medium agar selama 11 hari pada suhu 28 C. Bar, 5 m
Komaki et al. Standar Ilmu Genomic ( 2015) 10:58 Halaman 3 dari 9

Urutan bersama-sama dengan tetangga filogenetik yang menunjukkan Tabel 1 Klasifikasi dan fitur umum Streptomyces sp. TP-A0598
lebih 98,5% kesamaan (Gambar. 3) menggunakan ClustalX2 [8] dan
NJplot [9]. Analisis filogenetik menegaskan bahwa strain TP-A0598 milik MIGS ID Properti Istilah kode bukti Sebuah

genus Streptomyces.
klasifikasi Domain bakteri TAS [ 16 ]

Data kemotaksonomi Divisi Actinobacteria TAS [ 17 ]

Hidrolisat seluruh sel strain TP-A0598 yang terkandung Kelas Actinobacteria TAS [ 18 ]

L, asam L-diaminopimelic, glisin, ribosa dan madurose. Asam lemak Memesan Actinomycetales TAS [ 18 - 21 ]
selular terdiri dari 21% asam 14-methylpentadecanoic ( iso C 16), 9% asam
subordo Streptomycineae TAS [ 18 . 19 ]
13-methyltetradecanoic ( iso C 15: 0),
Keluarga Streptomycetaceae TAS [ 18 - 20 . 22 . 23 ]
8% asam 12-methyltetradecanoic ( anteiso C 15: 0) dan asam lemak kecil lainnya
[4].
Marga Streptomyces TAS [ 20 . 23 - 25 ]

informasi sekuensing genom Jenis Streptomyces sp. TAS [ 4 ]

sejarah proyek genom
Strain TP-A0598 TAS [ 4 ]
Dalam kolaborasi antara Prefectural Universitas Toyama dan NBRC,
noda gram Tidak diuji, kemungkinan positif NAS
organisme dipilih untuk sekuensing genom untuk menjelaskan
bentuk sel bercabang miselia TAS [ 4 ]
lydicamycin cluster gen biosintesis. Kami berhasil menyelesaikan proyek
genom Streptomyces sp. TP-A0598 seperti yang dilaporkan dalam motilitas tidak dilaporkan

makalah ini. Urutan rancangan genom data yang telah disimpan dalam sporulasi bersporulasi TAS [ 4 ]

database INSDC di bawah nomor aksesi kisaran suhu Tumbuh dari 15 C sampai IDA
BBNO01000001-BBNO01000020. Informasi proyek dan hubungannya 37 C

dengan MIGS versi 2.0 kepatuhan dirangkum dalam Tabel 2 [10]. suhu optimum 30 C IDA

kisaran pH; 5-9; 7 IDA

optimum

sumber D-glukosa, sukrosa, inositol, TAS [ 4 ]

kondisi pertumbuhan dan persiapan DNA genomik
karbon L-rhamnose, D-manitol, D-rafinosa,
Streptomyces sp. TP-A0598 monoisolate ditumbuhkan pada filter D-fruktosa, L-arabinosa, D-xylose
membran polikarbonat (Advantec) pada ganda diencerkan ISP 2 agar
menengah (0,2% ekstrak ragi, ekstrak malt 0,5%, 0,2% glukosa, 2% agar, MIGS-6 Habitat Laut TAS [ 4 ]
pH 7,3) pada suhu 28 C. kualitas tinggi DNA genomik untuk sequencing
MIGS-6.3 Salinitas Tumbuh dari 0% sampai 7% NaCl IDA
diisolasi dari miselia dengan Tissue Kit EZ1 DNA dan Bio Robot EZ1
MIGS-22 Oksigen erobik TAS [ 4 ]
(Qiagen) sesuai dengan protokol untuk ekstraksi asam nukleat dari kebutuhan
bakteri Gram-positif. Ukuran, kemurnian, dan konsentrasi DNA untai
MIGS-15 biotik Hidup bebas TAS [ 4 ]
ganda DNA genom diukur dengan Pfge, rasio nilai absorbansi pada 260 hubungan
nm dan 280 nm, dan Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit (Life
MIGS-14 Patogenisitas Tidak dilaporkan MIGS-4
Technologies) untuk menilai kualitas.
Geographic 2.600 meter lepas pantai di TAS [ 4 ]
tempat Namerikawa, Toyama,
Jepang

MIGS-5 pengumpulan tidak dilaporkan

sampel

MIGS-4.1 Latitude tidak dilaporkan

Sekuensing genom dan perakitan
Shotgun dan pasangan-end perpustakaan siap dan sequencing MIGS-4.2 Bujur tidak dilaporkan

menggunakan teknologi 454 pyrosequencing dan HiSeq1000 (Illumina) MIGS-4.4 Sikap - 321 m TAS [ 4 ]

teknologi pair-end, masing-masing (Tabel 2). 70 Mb senapan urutan dan
702 Mb urutan pasangan-end yang dirakit menjadi 20 perancah lebih
besar dari 500 bp menggunakan Newbler v2.6, dan kemudian selesai
menggunakan GenoFinisher [11].
Sebuah kode bukti - IDA: Disimpulkan dari Direct Assay; TAS: ditelusuri Penulis Pernyataan (yaitu, laporan
langsung ada dalam literatur); NAS: Non-dilacak Penulis Pernyataan (yaitu, tidak secara langsung
diamati untuk hidup, sampel terisolasi, tetapi berdasarkan properti yang berlaku umum untuk spesies,
atau bukti anekdotal). Kode bukti ini adalah proyek Gene Ontology [ 26 ]

menggunakan pipa penjelasan genom di-rumah dan domain yang

penjelasan genom berkaitan dengan PKS dan NRPS digeledah untuk menggunakan SMART
urutan coding yang diprediksi oleh Hilang [12] dan tRNA-scanSE [13]. dan Pfam database domain. PKS dan kelompok gen NRPS dan
Fungsi gen yang dijelaskan organisasi domain mereka
Komaki et al. Standar Ilmu Genomic ( 2015) 10:58 Halaman 4 dari 9

Gambar. 3 pohon filogenetik menyoroti posisi Streptomyces sp. TP-A0598 relatif terhadap strain tipe filogenetis dekat dalam genus
Streptomyces. Strain dan nomor aksesi GenBank mereka yang sesuai untuk gen 16S rRNA ditunjukkan dalam tanda kurung. Pohon itu menggunakan urutan selaras dengan ClustalX2 [8],
dan dibangun dengan metode tetangga-bergabung [27]. Semua posisi yang mengandung kesenjangan tersingkir. Bangunan pohon juga melibatkan proses bootstrap diulang 1000 kali
untuk menghasilkan pohon konsensus mayoritas [28], dan hanya nilai-nilai bootstrap di atas 50% ditampilkan di bercabang poin. Kitasatospora setae [ 29] digunakan sebagai outgroup

dianalisis secara manual. pencarian kesamaan dalam database nr NCBI

juga digunakan untuk prediksi fungsional gen dalam cluster gen
biosintesis lydicamycin.

tabel 2 informasi proyek

sifat genome
MIGS ID Milik Istilah
Ukuran total genom adalah 8.319.549 bp dan konten GC adalah 71,0%
MIGS 31 kualitas Finishing Peningkatan kualitas tinggi draf
(Tabel 3), mirip dengan lainnya genom-sequencing Streptomyces anggota.
MIGS-28 perpustakaan digunakan 454 senapan perpustakaan, Illumina
Dari total
pasangan-end perpustakaan
7344 gen, 7240 adalah gen penyandi protein dan 75 gen RNA. Klasifikasi
MIGS 29 platform sequencing 454 GS FLX +, Illumina HiSeq1000
gen ke dalam HPP kategori fungsional ditunjukkan pada Tabel 4. Adapun
MIGS 31,2 cakupan Fold 8,4 , 93 , masing-masing metabolisme sekunder, Streptomyces sp. TP-A0598 memiliki dua tipe I
MIGS 30 Perakit Newbler v2.6 PKS, dua PKS tipe II, dua NRPS, dan dua hibrida PKS / kelompok gen

MIGS 32 Metode gen panggilan v2.6 Progidal NRPS, menunjukkan kapasitas produksi yang tinggi dari poliketida dan
peptida nonribosomal.
locus Tag TPA0598

GenBank ID BBNO00000000

GenBank Tanggal Rilis 6 Januari 2015 GOLD ID

Tidak terdaftar Wawasan dari urutan genom

BIOPROJECT PRJDB3150 Struktur kimia lydicamycin (Gambar. 1) menunjukkan bahwa kerangka

MIGS 13 Sumber Bahan Identifier NBRC relevansi 110.027 karbon dirakit dari sebelas Malonyl-CoA dan enam prekursor
methylmalonyl-CoA oleh tipe I PKS jalur. Selain itu, jalur ini harus
Project Industri
Komaki et al. Standar Ilmu Genomic ( 2015) 10:58 Halaman 5 dari 9

tabel 3 statistik genome dikombinasikan dengan NRPS jalur sejak lydicamycin beruang bagian
Atribut Nilai % Dari Total asam tetramic berasal dari kondensasi asam amino dengan rantai
Ukuran genom (bp) 8.319.549 100.0 poliketida. Oleh karena itu kami mencari tipe I PKS cluster gen yang
terdiri dari tujuh belas modul PKS dan modul NRPS. Sebuah hybrid PKS /
DNA coding (bp) 7.149.098 85,9
NRPS cluster gen di scaffold03 (Tabel 5, Gambar. 4) terdiri dari tujuh
DNA G + C (bp) 5.915.420 71.0
belas modul PKS dan satu modul NRPS (Gambar. 5b). Menurut aturan
perancah DNA 20 100.0
jalur perakitan [14], struktur diprediksi dari poliketida timbul dari PKS ini
Jumlah gen 7344 100.0 kluster / gen hybrid NRPS adalah sesuai baik dengan struktur yang
gen penyandi protein 7240 98,6 sebenarnya dari lydicamycin (Gambar. 5b). Sebagai unit starter untuk
gen RNA 75 1.0 perakitan poliketida, 4-guanidinobutyryl CoA bisa diusulkan atas dasar
penjelasan dari TPA0598_03_00880, TPA0598_03_00650 dan
gen Pseudo 29 0,4
TPA0598_03_00700. gen ini diprediksi untuk mengkodekan oksidase
Gen dalam kelompok internal yang 761 10.4
amina, asil-CoA ligase, dan transacylase dengan membandingkan sesuai
Gen dengan prediksi fungsional 3207 43,7
gen hadir dalam ECO-02301 cluster gen biosintesis. Dalam biosintesis
Gen ditugaskan untuk roda 4450 60,6 ECO-02301, 4-aminobutyryl-CoA disuplai dari Larginine oleh tindakan
Gen dengan Pfam domain 4543 61,9 berurutan amina oksidase, asil-CoA ligase, dan amidinohydrolase dan
Gen dengan peptida sinyal 653 8,9 ditransfer ke ACP oleh transacylase (Gbr. 5a) [15]. Di cluster lydicamycin,

Gen dengan heliks transmembran 1.770 24,1

mengulangi CRISPR 5 -

tabel 4 Jumlah gen yang terkait dengan kategori fungsional COG umum
Kode Nilai usia% Deskripsi

J 196 2,70 Terjemahan

SEBUAH 2 0,03 pengolahan RNA dan modifikasi

K 519 7.17 turunan

L 155 2.14 Replikasi, rekombinasi dan perbaikan

B 0 0.00 struktur kromatin dan dinamika

D 40 0,55 kontrol siklus sel, mitosis dan meiosis

V 127 1,75 mekanisme pertahanan

T 210 2,91 mekanisme transduksi sinyal

M 192 2,65 dinding sel / biogenesis membran

N 0 0.00 sel motilitas

U 34 0,47 trafficking intraseluler dan sekresi

HAI 138 1,91 modifikasi pasca-translasi, omset protein,

pendamping

C 271 3,74 produksi dan konversi energi

G 318 4.39 transportasi metabolisme karbohidrat dan

E 424 5.86 transportasi asam amino dan metabolisme

F 105 1,45 transportasi nukleotida dan metabolisme

H 161 2.22 transportasi koenzim dan metabolisme

saya 187 2,58 transportasi lipid dan metabolisme

P 177 2,44 transport ion anorganik dan metabolisme

Q 141 1,95 Sekunder metabolit biosintesis, transportasi dan

katabolisme

R 631 8,72 Fungsi umum prediksi hanya

S 422 5.83 fungsi yang tidak diketahui

- 2790 38.50 Tidak dalam COGS

total didasarkan pada jumlah total gen protein coding di genom

Komaki et al. Standar Ilmu Genomic ( 2015) 10:58 Halaman 6 dari 9

tabel 5 frame baca terbuka di cluster gen biosintesis lydicamycin

orf (tag lokus) Ukuran fungsi diusulkan BLAST homolog protein pencarian, asal, nomor aksesi
(aa)
%b

TPA0598_03_00650 Sebuah 473 asil-CoA ligase protein hipotetis, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018093236 94/96

TPA0598_03_00660 929 keluarga LuxR regulator transkripsi keluarga LuxR transkripsi regulator, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_026170289 91/94

TPA0598_03_00670 Sebuah 274 tidak diketahui protein hipotetis, Saccharomonospora Azurea, EHY88948 53/64

TPA0598_03_00680 632 dua-komponen sistem histidin kinase protein hipotetis, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018093233 93/95

TPA0598_03_00690 218 respon sistem dua-compornent keluarga LuxR transkripsi regulator, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018093232 99/99
pengatur

TPA0598_03_00700 Sebuah 336 transacylase ACP S-malonyltransferase, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_026170288 89/93

TPA0598_03_00710 Sebuah 123 tidak diketahui protein hipotetis, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018093229 88/95

TPA0598_03_00720 64 tidak diketahui protein hipotetis JCGZ_17256, jarak pagar, KDP45649 43/54

TPA0598_03_00730 Sebuah 80 tidak diketahui isomerase protein-disulfida diduga, Xanthomonas gardneri, EGD16922 56/63

TPA0598_03_00740 3598 PKS poliketida sintase, Streptomyces rapamycinicus, AGP57755 58/69

TPA0598_03_00750 7054 PKS Beta-ketoacyl synthase, Streptomyces violaceusniger, AEM87320 57/68

TPA0598_03_00760 3.548 PKS Beta-ketoacyl synthase, Streptomyces violaceusniger, AEM87320 56/67

TPA0598_03_00770 1846 PKS Beta-ketoacyl synthase, Streptomyces iranensis, CDR09758 62/73

TPA0598_03_00780 5648 PKS polyketide jenis synthase I, Streptomyces aizunensis, AAX98191 58/69

TPA0598_03_00790 3662 PKS protein hipotetis, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018091594 94/96

TPA0598_03_00800 3265 PKS poliketida sintase, Streptomyces sp. PRh5, EXU66032 54/66

TPA0598_03_00810 270 tidak diketahui protein hipotetis, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018091596 95/96

TPA0598_03_00820 1031 NRPS protein hipotetis, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018091598 94/96

TPA0598_03_00830 300 tidak diketahui protein hipotetis, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018091598 96/98

TPA0598_03_00840 1923 PKS protein hipotetis, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018091599 91/94

TPA0598_03_00850 Sebuah 429 sitokrom P450 sitokrom P450, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_026169967 92/96

TPA0598_03_00860 260 tidak diketahui protein membran, Saccharopolyspora rectivirgula, KEI45939 45/69

TPA0598_03_00870 thioesterase 253 tipe-II protein hipotetis, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018091603 95/97

TPA0598_03_00880 Sebuah 551 amina oksidase amina oksidase, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_026169968 96/98

TPA0598_03_00890 344 regulator transkripsi protein hipotetis, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018091605 96/97

TPA0598_03_00900 Sebuah 496 amidase protein hipotetis, Streptomyces sp. FxanaC1, WP_018091606 94/95
Sebuah dikodekan dalam untai komplementer, b Identitas / kesamaan

gen untuk amina oksidase (TPA0598_03_00880), sebuah ligase acylCoA
(TPA0598_03_00650), dan transacylase (TPA0598_03_00700) yang
hadir di wilayah sekitarnya dari PKS klaster tetapi gen amidinohydrolase
bertanggung jawab atas hidrolisis residu guanidin ke amina primer kurang
(Gambar. 5a, Tabel 5). Setelah
4-guanidinobutyryl starter dimuat ke ACP dari TPA0598_03_00840, rantai
polyketide diperpanjang oleh delapan PKSS dan glisin ditambahkan ke
ujung polyketide oleh modul NRPS (Gambar 5b.), diikuti dengan
pembentukan octalin dan asam tetramic cincin (Gambar. 5c). Itu tidak
mungkin untuk menetapkan sebuah gen yang bertanggung jawab untuk

Gambar. 4 peta genetik dari lydicamycin cluster gen biosintesis

 Komaki et al. Standar Ilmu Genomic ( 2015) 10:58
Sebuah

Gambar. 5 Usulan lydicamycin jalur sintetis. Sebuah sintesis Starter dibandingkan dengan ECO-02.301; b rantai perpanjangan; c siklisasi dan modifikasi menghasilkan produk akhir

Halaman 7 dari 9
Komaki et al. Standar Ilmu Genomic ( 2015) 10:58 Halaman 8 dari 9

tabel 6 Mekanisme yang diusulkan untuk menghasilkan lydicamycin congeners gen cluster dan Dr Moriyuki Hamada dan Ms. Chiyo Shibata untuk mengambil mikrograf elektron. Kami juga
berterima kasih kepada Ibu Yuko Kitahashi untuk menyelesaikan urutan genom dan annotating PKS dan gen
NRPS.
congener substrat m3 DI m m11 ER CYP450

lydicamycin methylmalonyl-CoA aktif terlibat rincian penulis

1 Pusat Sumber Daya Biologis, Institut Teknologi Nasional dan Evaluasi (NBRC), Chiba, Jepang.

TPU-0037-A Malonyl-CoA aktif terlibat 2 NBRC, Tokyo, Jepang. 3 Bioteknologi Pusat Penelitian dan Departemen Bioteknologi, Prefektur
Universitas Toyama, Toyama, Jepang.
TPU-0037-B methylmalonyl-CoA non-aktif tidak terlibat

TPU-0037-C Malonyl-CoA aktif tidak terlibat

Menerima: 8 Januari 2015 Diterima: 21 Juli 2015
TPU-0037-D methylmalonyl-CoA aktif tidak terlibat

siklisasi dari guanidino prekursor menjadi cincin pyrrolidine. Sebuah P450
sitokrom (TPA0598_03_00850) akan bertanggung jawab untuk
hidroksilasi dari karbon octalin di C-8 (Gambar. 5c). Produksi deoxy- dan
demethylcongeners menunjukkan bahwa substrat pengakuan oleh
domain AT di module3 (modul kedua TPA0598_03_00740) dan domain
ER di module11 (modul pertama TPA0598_03_00780) kemungkinan tidak
ketat (Tabel 6).
kesimpulan
Referensi
1. Fenical W, Jensen PR. Mengembangkan sumber daya baru untuk penemuan obat: bakteri
actinomycete laut. Nat Chem Biol. 2006; 2 (12): 666 - 73.
2. Jensen PR, Mincer TJ, Williams PG, Fenical W. Kelautan keragaman actinomycete dan penemuan
produk alami. Antonie Van Leeuwenhoek. 2005; 87 (1): 43 - 8.
3. Lam KS. Penemuan metabolit baru dari actinomycetes laut. Curr Opin Microbiol. 2006;
9 (3): 245 - 51.
4. Furumai T, Eto K, Sasaki T, Higuchi H, Onaka H, Saito N, et al. TPU-0037-A, B, C dan D, novel
lydicamycin congener dengan aktivitas anti-MRSA dari
Streptomyces platensis TP-A0598. J Antibiot. 2002; 55 (10): 873 - 80.
5. Hamada M, Yamamura H, Komukai C, Tamura T, Suzuki K, Hayakawa M.
album Luteimicrobium sp. November, sebuah actinobacterium baru diisolasi dari lichen
dikumpulkan di Jepang, dan deskripsi emended dari genus

8 Mb rancangan genom Streptomyces sp. TP-A0598, produsen Luteimicrobium. J Antibiot. 2012; 65 (8): 427 - 31.
6. Kim OS, Cho YJ, Lee K, Yoon SH, Kim M, Na H, et al. Memperkenalkan EzTaxon-e: a prokariotik 16S
lydicamycins diisolasi dari air laut, telah disimpan di GenBank / ENA /
rRNA urutan gen database dengan phylotypes yang mewakili spesies tak berbudaya. Int J Syst Evol
DDBJ dengan nomor aksesi BBNO00000000. Kami berhasil Microbiol. 2012; 62 (Pt 3): 716 - 21.

mengidentifikasi PKS / NRPS hybrid cluster lydicamycin biosintesis dan 7. Kumar Y, Goodfellow M. Reklasifikasi Streptomyces hygroscopicus strain sebagai Streptomyces aldersoniae sp.

November, Streptomyces angustmyceticus sp. November, sisir. November, Streptomyces ascomycinicus sp.
mengusulkan jalur biosintesis yang masuk akal. Selain itu, genom strain
November, Streptomyces decoyicus sp. November, sisir. November, Streptomyces milbemycinicus sp. November
TP-A0598 yang terkandung tujuh yatim PKS atau NRPS cluster gen tapi dan Streptomyces wellingtoniae sp. November Int J Syst Evol Microbiol. 2010; 60 (Pt 4): 769 - 75.

sekunder metabolit dari cluster yatim piatu ini belum diisolasi belum.
8.
Informasi urutan genom diungkapkan dalam penelitian ini akan digunakan
untuk penyelidikan senyawa bioaktif baru tambahan dari ketegangan ini
Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG. Jendela CLUSTAL_X
intreface: strategi yang fleksibel untuk beberapa keselarasan urut dibantu oleh alat analisis
kualitas. Asam Nukleat Res. 1997; 25 (24): 4876-4882.

dan juga akan berfungsi sebagai referensi berharga untuk evaluasi

9. Perriere G, Gouy M. WWW-query: sistem pengambilan on-line untuk biologi urutan bank.
potensi metabolisme dalam laut yang diturunkan Streptomyces.
Biochimie. 1996; 78 (5): 364 - 9.
10. Bidang D, Garrity G, Gray T, Morrison N, Selengut J, Sterk P, et al. Informasi minimal
tentang genom urutan (MIGS) spesifikasi. Nat Biotechnol. 2008; 26 (5): 541 - 7.

11. Ohtsubo Y, Maruyama F, Mitsui H, Nagata Y, Tsuda M. Lengkap urutan genom Acidovorax sp.
regangan KKS102, sebuah degrader polychlorinated-bifenil. J Bacteriol. 2012; 194 (24): 6970 - 1.
singkatan
SEBUAH gly: domain adenilasi yang substrat adalah glisin; ACP: pembawa Asil domain protein; AT:
12. Hyatt D, Chen GL, Locascio PF, Tanah ML, Larimer FW, Hauser LJ. Hilang: pengakuan gen
domain acyltransferase yang substrat adalah Malonyl-CoA; DI m: AT yang substrat adalah
prokariotik dan identifikasi terjemahan situs inisiasi. BMC Bioinformatika. 2010; 11: 119.
methylmalonyl-CoA; C: Kondensasi domain; CoA: Koenzim A; CYP450: sitokrom P450; DH: domain
dehidratase; dh: DH tidak aktif; ER: domain Enoylreductase; ISP: Internasional Streptomyces
13. Lowe TM, Eddy SR. tRNAscan-SE: program untuk peningkatan deteksi gen RNA transfer
dalam urutan genom. Asam Nukleat Res. 1997; 25 (5): 955 - 64.
proyek; KS: Ketosynthase domain; KR: Ketoreductase domain; kr: aktif KR; LM: Memuat modul;
m: Modul; MRSA: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus; NRPS: Nonribosomal peptida
14. Fischbach MA, Walsh CT. Perakitan enzim untuk poliketida dan nonribosomal peptida
sintetase; PKS: synthase poliketida; T: Thiolation domain; TE: domain Thioesterase.
antibiotik: logika, mesin, dan mekanisme. Chem Rev 2006; 106 (8): 3468 - 96.

15. McAlpine JB, Bachmann BO, Piraee M, Tremblay S, Alarco AM, Zazopoulos E, et al. genomik mikroba
kepentingan yang bersaing
sebagai panduan untuk penemuan obat dan penjelasannya struktural: ECO-02301, agen antijamur
Para penulis menyatakan bahwa mereka tidak memiliki kepentingan bersaing.
baru, sebagai contoh. J Nat Prod. 2005; 68 (4): 493 - 6.

penulis ' kontribusi
HK mengidentifikasi cluster gen lydicamycin-biosintesis dan disusun naskah. NI dijelaskan
urutan genom. AH dilakukan sekuensing genom. NF menyelenggarakan sekuensing genom.
YI dirancang penelitian ini dan diedit naskah. Semua penulis membaca dan menyetujui naskah
akhir.
Ucapan Terima Kasih
Penelitian ini didukung oleh Grant-in-bantuan untuk Penelitian Ilmiah dari Kementerian Pendidikan,
Kebudayaan, Olahraga, dan Teknologi Jepang untuk YI Kami berterima kasih kepada Ibu Machi
Sasagawa untuk menemukan biosintesis lydicamycin
16. Woese CR, Kandler O, Wheelis ML. Menuju sistem alami organisme: usulan untuk domain
Archaea, Bakteri, dan Eucarya. Proc Natl Acad Sci AS A. 1990; 87 (12): 4576 - 9.
17. Garrity GM, Holt JG. Jalan peta ke manual. Pedoman Bergey tentang
Sistematis Bakteriologi, Second Edition. Volume 1. New York: Springer;
2001. p. 119 - 69.
18. Stackebrandt E, Rainey FA, Ward-Rainey NL. Proposal untuk sistem klasifikasi hirarkis baru, Actinobacteria
classis November Int J Syst Bacteriol. 1997; 47: 479 - 91.
19. Zhi XY, Li WJ, Stackebrandt E. Pembaruan struktur dan gen 16S rRNA definisi berbasis urutan
peringkat yang lebih tinggi dari kelas Actinobacteria,
Komaki et al. Standar Ilmu Genomic ( 2015) 10:58 Halaman 9 dari 9

dengan usulan dua subordo baru dan empat keluarga baru dan deskripsi emended dari taksa
yang lebih tinggi yang ada. Int J Syst Evol Microbiol. 2009; 59 (Pt 3): 589 - 608.

20. Skerman VBD, McGowan V, Sneath PHA. daftar disetujui nama bakteri. Med J Aust. 1980; 2
(1): 3 - 4.
21. Buchanan RE. Studi di nomenklatur dan klasifikasi bakteri: II. Subdivisi utama dari Schizomycetes.
J Bacteriol. 1917; 2 (2): 155 - 64.

22. Kim SB, Lonsdale J, Seong CN, Goodfellow M. Streptacidiphilus gen. November, actinomycetes
acidophilic dengan dinding chemotype I dan perbaikan dari keluarga Streptomycetaceae ( Waksman
dan Henrici (1943) AL) mengkoreksi. Rainey et al. 1997. Antonie Van Leeuwenhoek. 2003; 83 (2):
107 - 16.
23. Waksman SA, Henrici AT. Nomenklatur dan klasifikasi actinomycetes. J
Bacteriol. 1943; 46 (4): 337 - 41.
24. Wellington EM, Stackebrandt E, Sanders D, Wolstrup J, Jorgensen NO. status taksonomi Kitasatosporia,
dan mengusulkan unifikasi dengan
Streptomyces atas dasar analisis rRNA fenotipik dan 16S dan perbaikan dari Streptomyces Waksman
dan Henrici 1943, 339AL. Int J Syst Bacteriol. 1992; 42 (1): 156 - 60.

25. Witt D, Stackebrandt E. Unifikasi genera Streptoverticillium dan

Streptomyces, dan amendation dari Streptomyces Waksman dan Henrici 1943, 339 AL. Syst Appl
Microbiol. 1990; 13: 361 - 71.
26. Ashburner M, Bola CA, Blake JA, Botstein D, Butler H, Cherry JM, et al. Gene ontologi: alat
untuk penyatuan biologi. Konsorsium Ontologi Gene. Nat Genet. 2000; 25 (1): 25 - 9.

27. Saitou N, Nei M. Metode tetangga-bergabung: metode baru untuk merekonstruksi

pohon filogenetik. Mol Biol Evol. 1987; 4 (4): 406 - 25.
28. Cole JR, Chai B, Farris RJ, Wang Q, Kulam-Syed-Mohideen AS, McGarrel DM, et al. Proyek ribosom
Database (RDP-II): memperkenalkan ruang myRDP dan data publik yang berkualitas dikendalikan. Asam
Nukleat Res. 2007; 35 (masalah Database): D169 - 72.

29. Zhang Z, Wang Y, Ruan J. Sebuah proposal untuk menghidupkan kembali genus Kitasatospora

(Omura, Takahashi, Iwai, dan Tanaka 1982). Int J Syst Bacteriol. 1997; 47 (4): 1048 -
54.

Mengirimkan naskah Anda berikutnya untuk BioMed Central dan mengambil

keuntungan penuh dari:

pengajuan online yang nyaman

peer review menyeluruh

Tidak ada kendala ruang atau biaya angka warna fi

publikasi langsung pada penerimaan

Inklusi di PubMed, CAS, Scopus dan Google Scholar

Penelitian yang tersedia secara bebas untuk redistribusi

Mengirimkan naskah Anda di

www.biomedcentral.com/submit