Anda di halaman 1dari 12

BAB I

PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Tubuh manusia tersusun atas berbagai macam senyawa organik salah satunya
adalah apa yang kita kenal sebagai Asam Nukleat. Asam Nukleat terdapat didalam inti
sel, hal ini mengindikasikan pentingnya Asam Nukleat dalam menopang seluruh
proses kehidupan dalam tubuh. Dalam kenyataannya, memang kode genetik yang
tesimpan dalam rantaian DNA digunakan untuk membuat protein, kapan, dimana dan
seberapa banyak.
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan
sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi
genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari
sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai
struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa
nukleotida (basa N).
Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali pengetahuan
mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, dilaboratorium Hoppe-Syler di
Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka,
kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh
inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim
pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap
inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam.
kemudian zat ini dinamakan nuclein sekarang dikenal dengan nama
nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah satu
senyawa pembentuk sel dan jaringan normal.
Oleh karena itu makalah ini akan mendalami apa sebenarnya Asam Nukleat yang
merupakan suatu bagian penting dari mahkluk hidup dan makalah ini akan
menjelaskan tentang struktur dari asam nukleat pada makalah ini.
B. Rumusan Masalah
Rumusan makalah dari makalah ini yakni ?
1. Apa yang dimaksud dengan Asam Nukleat ?
2. Bagaimana struktur Kimia Asam Nukleat ?

1
3. Bagaimana Struktur tangga berpilin (double helix) DNA dan
Modifikasi
struktur molekul RNA ?
4. Apa saja Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat ?
C. Tujuan
Tujuan dari makalah ini yakni :
1. Agar mahasiswa mampu mengetahui definisi dari Asam Nukleat
2. Agar mahasiswa mampu mengetahui bagaimana struktur kimia Asam
Nukleat.
3. Untuk mengetahui bagaimana Struktur tangga berpilin (double
helix) DNA
dan Modifikasi struktur molekul RNA.
4. Untuk mengetahui apa saja sifat-sifat kimia dari Asam Nukleat.
D. Manfaat
Manfaat dari makalah ini yakni ?
1. Mahasiswa mampu mengetahui definisi dari Asam Nukleat
2. Mahasiswa mampu mengetahui bagaimana struktur kimia Asam Nukleat
3. Mahasiswa mampu mengetahui bagaimana strktur berpilin (double helix)
DNA dan modifikasi struktur molekul RNA.
4. Mahasiswa mampu mengetahui apa saja sifat-sifat kimia dari Asam Nukleat

2
BAB II
PEMBAHASAN
A. Asam Nukleat
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan
sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi
genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari
sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai
struktur yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa
nukleotida (basa N). Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan,
menstransmisi, dan mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara(intermediary
metabolism) dan reaksi-reaksi informasi energi; koenzim pembawa energi; koenzim
pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim
reaksi oksidasi reduksi.
B. Struktur Kimia Asam Nukleat
Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama
terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa,
sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi
C nomor 2 sehingga dinamakan gula 2-deoksiribosa (Gambar 2.1.b).
Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa
N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatic
heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan,
yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik),
sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan
juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin
ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas
sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat
urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi
nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.

3
Gambar 2.1. Komponen-komponen asam nukleat
a) gugus fosfat
b) gula pentosa
c) basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N lah
yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens)
basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya.
Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan
basa N-nya sehingga secara skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam
nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya saja.
C. Nukleosida dan Nukleotida
Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen
(1, 2, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi
pada cincin basa. Posisi 1 pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa
purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik
(Gambar 2.2). Kompleks gula-basa ini dinamakan nukleosida. Di atas telah
disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa nukleotida,
yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah
basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai
nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya

4
adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul
ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga
gugus fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya
dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan
ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin
monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah
deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2-deoksiribo)nukleosidanya terdiri
atas deoksiadenosin, deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimidin.
D. Ikatan fosfodiester
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada
asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan
antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentosa dan gugus hidroksil pada
posisi 3 gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester
karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester (Gambar 2.2).

Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan
gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua
nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu rantai
polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh
ikatan fosfodiester. Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom
dan plasmid bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya
berupa gugus fosfat yang terikat pada posisi 5 gula pentosa. Oleh karena itu, ujung
ini dinamakan ujung P atau ujung 5. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang
terikat pada posisi 3 gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung

5
3. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai
arah tertentu. Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat
bermuatan negatif. Inilah alasan pemberian nama asam kepada molekul
polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N. Kenyataannya,
asam nukleat memang merupakan anion asam kuat atau merupakan polimer yang
sangat bermuatan negatif.
E. Sekuens asam nukleat
Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas suatu
molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul asam
nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja. Selanjutnya, dalam
penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan ujung 5 di
sebelah kiri atau ujung 3 di sebelah kanan. Sebagai contoh, suatu sekuens DNA dapat
dituliskan 5-ATGACCTGAAAC-3 atau suatu sekuens RNA dituliskan 5-
GGUCUGAAUG-3. Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh
sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang
memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut
dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5 3, sedangkan yang lain 3
5).
F. Struktur tangga berpilin (double helix) DNA dan Modifikasi struktur molekul
RNA
Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H.C.Crick, mengajukan model struktur
molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan dasar
dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA. Model tersebut
dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Secara alami DNA pada umumnya
mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini.
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai
polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke kanan.
Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu pilinan,
sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang
sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal ini, basa
A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya, sedangkan
basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh
ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan

6
hydrogen rangkap dua, sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen
rangkap tiga. Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida
terikat satu sama lain dan saling komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada
salah satu rantai diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan.
19 Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka jarak
antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap.
Dengan perkataan lain, kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang satu
dibaca dari arah 5 ke 3, maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3 ke 5. Jadi,
kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel).

Jarak antara dua pasangan basa yang berurutan adalah 0,34 nm. Sementara itu, di
dalam setiap putaran spiral terdapat 10 pasangan basa sehingga jarak antara dua basa
yang tegak lurus di dalam masing-masing rantai menjadi 3,4 nm. Namun, kondisi
semacam ini hanya dijumpai apabila DNA berada dalam medium larutan fisiologis
dengan kadar garam rendah seperti halnya yang terdapat di dalam protoplasma sel
hidup. DNA semacam ini dikatakan berada dalam bentuk B atau bentuk yang sesuai
dengan model asli Watson-Crick. Bentuk yang lain, misalnya bentuk A, akan dijumpai
jika DNA berada dalam medium dengan kadar garam tinggi. Pada bentuk A terdapat
11 pasangan basa dalam setiap putaran spiral. Selain itu, ada pula bentuk Z, yaitu
bentuk molekul DNA yang mempunyai arah pilinan spiral ke kiri. Bermacam-macam
bentuk DNA ini sifatnya fleksibel, artinya dapat berubah dari yang satu ke yang lain
bergantung kepada kondisi lingkungannya.
7
Tidak seperti DNA, molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal sehingga
tidak memiliki struktur tangga berpilin. Namun, modifikasi struktur juga terjadi akibat
terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri (intramolekuler).
Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA, kita mengenal tiga macam RNA,
yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA), RNA pemindah atau transfer RNA
(tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Struktur mRNA dikatakan sebagai struktur
primer, sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai struktur sekunder.
Perbedaan di antara ketiga struktur molekul RNA tersebut berkaitan dengan
perbedaan fungsinya masing-masing.
G. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat
Beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat :
a. Stabilitas asam nukleat
Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun
struktursekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi
stabil akibatadanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan.
Padahal, sebenarnyatidaklah demikian. Ikatan hidrogen di antara pasangan-
pasangan basa hanya akan samakuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan
molekul air apabila DNA berada dalambentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen
jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitasstruktur asam nukleat, tetapi sekedar
menentukan spesifitas perpasangan basa.Penentu stabilitas struktur asam nukleat
terletak pada interaksi penempatan(stacking interactions) antara pasangan-
pasangan basa. Permukaan basa yang bersifathidrofobik menyebabkan molekul-
molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa sehingga perpasangan
tersebut menjadi kuat.
b. Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari
100C, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen 21
komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan
glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat
dikatakan bersifat apurinik.

c. Pengaruh alkali

8
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan
status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan
perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul
tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan
terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA
mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH
netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan
dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula
ribosanya.
d. Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat
pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan
formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa
tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder asam
nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.
e. Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi
karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai
beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang.
Selain itu, DNA merupakan molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan
mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi
sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan masalah tersendiri
ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.
f. Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung
(bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan
berat 22 molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai
kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan
ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi, maka garam CsCl yang
pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk gradien kerapatan.
Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang sesuai
dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam

9
tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi
isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di
dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari
RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk
keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA () merupakan fungsi linier
bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, = 1,66 + 0,098% (G + C).

BAB III
10
PENUTUP
A. Kesimpulan
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan
sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi
genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari
sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur
yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa
N).
Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama
terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa,
sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi
C nomor 2 sehingga dinamakan gula 2-deoksiribosa.
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada
asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan
antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi
3 gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena
secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester.
Sekuens asam nukleat atau pengurutan asam nukleat adalah proses penentuan
urutan nukleotida pada suatu fragmen DNA atau RNA. Sebagai contoh, suatu sekuens
DNA dapat dituliskan 5-ATGACCTGAAAC-3 atau suatu sekuens RNA dituliskan 5-
GGUCUGAAUG-3. Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh
sekuens basanya, juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang
memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut
dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5 3, sedangkan yang lain 3 5).
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai
polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke kanan.
Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu pilinan,
sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang
sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal ini, basa
A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya, sedangkan basa
G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan

11
hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hydrogen
rangkap dua, sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga.
Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu
sama lain dan saling komplementer.
Asam Nukleat memiliki sifat fisika dan kimia antara lain Stabilitas asam nukleat,
Pengaruh Asam, Pengaruh Alkali, Denaturasi kimia, Viskositas dan kerapatan Apung.
B. Saran
Adapun saran yang dapat penulis sampaikan adalah agar pembaca dapat
menambahkan pengetahuan mengenai Asam Nukleat dari literatur-literatur yang ada.
Selain itu kita juga dapat mengkomposisikan berbagai macam konsep Asam Nukleat
yang ada untuk membantu kita mahasiswa analis kesehatan dalam melakukan aktvitas di
laboratorium kelak.

12