MODUL 4

EKSTRAKSI DNA DARI KACANG HIJAU

I. Tujuan Percobaan

- Mengisolasi DNA (Deoxyribo Nucleic Acid) dari kacang hijau (bovine spleen)

II. Teori

DNA (Deoxyribo Nuceic Acid)

DNA adalah akronim dari Deoxyribo Nucleic Acid yang bila diterjemahkan kedalam
bahasa Indonesia berarti Asam Deoksiribo Nukleat. DNA merupakan senyawa kimia
yang terdapat di dalam inti sel yang sangat berperan pada proses sintesis protein untuk
pembentukan enzim, dan protein lain.
Pada tahun 1953, Francis H.C Crick dan James D. Watson, berdasarkan analisis foto
difraksi sinar X, menggambarkan struktur DNA sebagai tangga tali terpilin dan disebut
Double Helix (heliks ganda). Ibu tangganya terdiri atas rentetan rantai gugus gula
deoksiribosa dan gugus fosfat, sedangkan anak tangganya terdiri atas basa nitroge n,
yaitu Purin terdiri atas Adenin(A) dan Guanin (G); serta Pirimidin terdiri atas Sitosin
(S) dan Timin (T).

Basa-basa nitrogen yang menyusun anak tangga tersebut dihubungkan oleh ikatan
hidrogen yang sifat ikatannya lemah. Setiap anak tangga terdiri atas pasangan basa
nitrogen yang khas, yaitu Adenin (A) dengan Timin (T), Sitosin (S) dengan Guanin (G).
Atas penemuan mereka mengenai struktur model DNA tersebut, pada 1962, Crick dan
Watson menerima hadiah Nobel. Crick dan Watson menyimpulkan bahwa tatanan
nukleotida merupakan perangkat kode instruksi pembangunan seluruh organisme.

Fungsi DNA

DNA berfungsi menyampaikan informasi genetika dari induk ke generasi berikutnya

dan mengatur perkembangan metabolisme tubuh. Dengan demikian, dapat dikatakan
bahwa DNA adalah gen itu sendiri. DNA dapat juga mengawasi aktivitas-aktivitas sel
dengan memerintahkan pembentukan semua macam protein (enzim) di dalam sel. DNA
berada di dalam inti sel dan pada umumnya pembentukan protein terjadi pada ribosom,
yaitu pada sitoplasma. Sehingga, informasi yang ada pada DNA harus diterjema hka n
dahulu oleh suatu senyawa tertentu dan dibawa oleh senyawa tersebut dariinti ke
sitoplasma. DNA akan membentuk senyawa lain dalam menyampaikan infor mas i
genetik yang akan memerintahkan sintesis protein. Senyawasenyawa yang dibentuk
oleh DNA, yaitu RNA duta, RNA transfer, dan RNA ribosom.

Ektraksi DNA
Ekstraksi DNA adalah sebuah prosedur rutin yang dilakukan untuk mendapatkan dan
mengumpulkan DNA untuk molekuler subsekuen atau analisis forensik.
DNA diekstraksi dari sel-sel yang ada pada manusia untuk berbagai alasan. Dengan
sampel murni berupa DNA, anda dapa menguji bayi yang baru lahir untuk penyakit
 genetik, menganalisis pembuktian forensik, atau mempelajari gen yang terlibat dala
kanker.Secara garis besar, tahapan untuk ekstraksi DNA adalah sebagai berikut:

1. Buka sel dengan cara dipecah/ cacah untuk menampakkan DNA

2. Hilangkan lemak membran dengan penambahan deterjen
3. Presipitasi DNA dengan alkohol. Adapun jenis alkohol yang digunakan adalah
etanol atau isopropanol (70-95%). Karena DNA tidak terlarut pada alkohol jenis
tersebut, DNA akan teragregasi secara bersama-sama, denga pemberian pellet saat
proses sentrifugasi. Tahapan ini juga berguna untuk menghilangkan garam yang
larut dalam alkohol (alcohol-soluble salt).

III. Prosedur

III.1 Alat
Blender
Saringan
Tabung reaksi
Rak tabung reaksi
Batang lidi/ kayu
Gelas beaker
Wadah
UV Spektroskopi
Kuvet
Saringan kertas
Pipet tetes
Pengaduk

III.2 Bahan
Kacang hijau
Garam/ NaCl
Air dingin
Deterjen cair
Enzim (Dapat berupa pelunak daging (meat tenderizer), jus nanas, atau
larutan pembersih lensa kontak)
Alkohol 70-95% (Etanol atau Isopropanol)
NaOH

III.3 Prosedur Percobaan

Secara garis besar, tahapan untuk ekstraksi DNA adalah sebagai berikut:
1. Buka sel dengan cara dipecah/ cacah untuk menampakkan DNA
2. Hilangkan lemak membran dengan penambahan deterjen
3. Presipitasi DNA dengan alkohol. Adapun jenis alkohol yang digunakan adalah
etanol atau isopropanol (70-95%). Karena DNA tidak terlarut pada alkohol jenis
tersebut, DNA akan teragregasi secara bersama-sama, denga pemberian pellet
saat proses sentrifugasi. Tahapan ini juga berguna untuk menghilangkan garam
yang larut dalam alkohol (alcohol-soluble salt).
Adapun proses detail untuk percoban ini adalah sebagai berikut:
1. Siapkan alat dan bahan yang telah ditentukan sebelumnya
2. Masukkan cup kacang hijau (100 ml) dalam blender
3. Masukkan sejumput garam (kurang dari 1/8 sendok teh, kurang dari 1 ml)
dalam blender
4. Masukkan air dingin sebanyak 2 (dua) kali lebih banyak dari jumlah kacang
hijau yang sebelumnya sudah dimasukkan dalam blender (kira-kira 1 cup, 200
ml)
5. Blender kesemuanya dengan kecepatan tinggi selama 15 detik

Gambar 4.1 Ilustrasi proses blending

(Sumber:http://learn.genetics.utah.edu, 2008)

6. Blender memisahkan sel dari kacang hijau dari beberapa komponen di

dalamnya, sehingga setelah selesai di-blender, praktikan akan mendapatkan sel
kacang hijau dalam bentuk menyerupai soup.
7. Tuangkan soup sel kacang hijau hasil blender tersebut melalui saringan ke
dalam wadah yang lain, seperti gambar berikut ini.

Gambar 4.2Ilustrasi proses penyaringan

(Sumber:http://learn.genetics.utah.edu, 2008)

8. Tambahkan sekitar 2 (dua) sendok makan deterjen cair (kira-kira) 30 ml ke

dalam soup sel kacang hijau hasil saringan.
9. Aduk sehingga membentuk sebuah campuran
10. Biarkan campuran tersebut selama 5-10 menit
11. Tuang campuran ke dalam tabung reaksi, masing- masing sekitar 1/3 volume
maksimal tabung reaksi
12. Tambahkan sedikit enzim (enzim yang digunakan dapat berasal dari pelunak
daging (meat tenderizer), jus nanas, atau larutan pembersih lensa kontak) pada
masing- masing tabung reaksi
13. Aduk perlahan (Hati-hati! Jika anda mengaduk terlalu kencang/ keras, secara
otomatis anda akan merusak DNA dalam campuran tersebut)
14. Miringkan tabung reaksi tersebut dan secara perlahan-lahan tuangkan alkohol
ke dalam tabung reaksi, seperti gambar berikut ini.

Gambar 4.3Ilustrasi proses penambahan alkohol

(Sumber:http://learn.genetics.utah.edu, 2008)

15. Tuangkan alkohol (Etanol) (70-95%) kesamping, sehingga membentuk lapisan

di atas campuran kacang hijau
16. Tuang hingga didapati jumlah lapisan alkohol yang sama dalam tabung dengan
campuran kacang hijau
17. Kemudian amati bahwa DNA akan naik ke lapisan alkohol dari lapisan
campuran kacang hijau
18. Gunakan lidi/ batang kayu tipis untuk mendapatkan DNA yang naik ke lapisan
alkohol, seperti gambar di bawah ini

Gambar 4.4 Ilustrasi proses pengambilan ekstrak DNA

(Sumber:http://learn.genetics.utah.edu, 2008)

19. Saring DNA yang telah didapat dengan kertas saring, lakukan sambil
menuangkan sedikit saja etanol pada kertas saring. Tunggu beberapa menit
saja, jangan sampai DNA benar-benar kering.
20. DNA yang sudah disaring dicampurkan dengan 5 ml NaOH pada tabung reaksi,
aduk perlahan, lalu larutan tersebut diencerkan 10 kali.
21. Larutan DNA yang sudah diencerkan lalu dimasukkan ke dalam kuvet, siapkan
larutan standar dari aquades pada kuvet yang lain.
 22. Lakukan spektrofotometri dengan panjang gelombang 260 dan 280 nm, jangan
lupa menyalakan alat pemancar UV. Catat panjang gelombang yang
didapatkan.

IV. Pengolahan Data

Data yang diolah adalah:

1. Konsentrasi DNA

dsDNA concentration = 50 g/mL OD 260 dilution factor

2. Tingkat Kemurnian DNA

Purity = OD 260 /OD280

3. Tingkat Kesalahan Konsentrasi dan Kemurnian DNA

| |

| |

V. Potensi Bahaya

No. Alat Potensi Bahaya

1 Blender Meledak/terbakar

2 Tabung reaksi Meledak/pecah

3 Rak tabung reaksi Patah

4 Batang lidi/kayu Tertusuk

5 Gelas Beaker Pecah

6 UV Spektroskopi Meledak/terbakar

No. Bahan Potensi Bahaya

1 Kacang hijau Dapat tertelan/tersedak.

2 Garam/NaCl Dapat menyebabkan iritasi pada sistem pernapasan bila

terhirup.
 Dapat menyebabkan iritasi pada sistem pencernaan ringan
bila tertelan.

Dapat menyebabkan iritasi kulit ringan.

Dapat menyebabkan iritasi bila terkena mata.

3 Deterjen cair Dapat menyebabkan gangguan pada kulit jika terpapar.

Dapat menyebabkan akibat yang fatal jika tertelan atau

memasuki saluran pernapasan.

Sangat beracun bagi mahluk dalam air dengan dampak

jangka panjang.

Dapat menyebabkan rasa mengantuk dan pusing.

4 Alkohol Dapat menyebabkan gangguan pada kulit jika terpapar.

Dapat menyebabkan akibat yang fatal jika tertelan atau

memasuki saluran pernapasan.

Sangat beracun bagi mahluk dalam air dengan dampak

jangka panjang.

Dapat menyebabkan rasa mengantuk dan pusing.

Mudah terbakar.

VI. Pertanyaan
1. Mengapa kacang hijau digunakan dalam percobaan ini? Apakah kacang hijau
merupakan sumber DNA terbaik? Jelaskan alasan anda!
2. Apakah fungsi dan tujuan penambahan garam dan deterjen pada percobaan ini?
3. Mengapa air dingin lebih baik dibandingkan dengan air hangat dalam
mengekstraksi DNA? Jelaskan!
4. Bagaimanakah sel dinding dari sel tumbuhan dapat dicacah/ pecah?
5. Jenis enzim apakah yang ditemukan di dalam pelunak daging/ jus nanas/
larutan pembersih lensa kontak?
6. Apakah yang dapat anda lakukan untuk meningkatkan hasil DNA dalam
percobaan ini?
7. Mengapa DNA menggumpal secara bersama-sama? Jelaskan!
8. Bagaimana anda dapat mengkonfirmasi bahwa gumpalan putih berserabut yang
menempel pada lidi/ batang kayu tersebut adalah DNA?
9. Apakah mungkin bahwa gumpalan putih berserabut tersebut adalah campuran
DNA dan RNA?
10. Berapa lama daya tahan DNA? Akankah kuantitas DNA menurun dan
menghilang? Jelaskan!
11. Dapatkah anda mengekstrak DNA manusia menggunakan prosedur percobaan
ini?
 12. Dapatkah anda menggunakan mikroskop untuk melihat DNA yang anda ekstrak
dalam percobaan ini?

VII. Format Laporan dan Pengumpulan

No. Data yang diambil Absorbansi

1 DNA kacang hijau

VIII. Daftar Pustaka

Genetic Science Learning Center Team, 2008. How to Extract DNA from Anything Living
(http://learn.genetics.utah.edu/content/labs/extraction/howto/DNA_Extraction.pdf).
Genetic Science Learning Center, Utah.
K. Murray, Robert, dkk. 2003. Biokimia Harper. Penerbit Buku Kedokteran EGC, Jakarta.
Ozoren, Nesrin. Ugur, Sibel. Aslan, Tolga. Seker, Tungcay. Atay, Cigdem.,2008.Cell
Biology Lab Manual. Departement of Molecular Biology and Genetics: Bogazic i
University, Istanbul.