Brochure I I

Universit Technique de
Moldova
15 novembre 2005
Chiinu
Journe du Logiciel Libre
15 novembre 2005
Journe du Logiciel Libre

- Deuxme dition -
Universit Technique de Moldova

Chiinu 2005
Responsable de la manifestation :
prof. univ., dr.,
Directeur de la Filire Francophone Informatique
Victor ontea
Correcteur : Alina Iacicurinschi
Rdacteur technique: Igor Afteni
Communaut Linux et Logiciels Libres pour Dveloppement

Presentation du Centre Linux
et Logiciel Libre pour le Developpement
de Moldova
VICTOR SONTEA
RESPONSABLE DU PROJET C3LD
Directeur de la Filire Francophone Informatique
Universit Technique de Moldova
L'Universit Technique de Moldova en partenariat avec l'Agence

Universitaire de la Francophonie (AUF) via son programme TIC et
appropriation des savoirs , aussi bien qu'avec l'Association
Francophone des Utilisateurs de Linux et Logiciels Libres (AFUL) ont mis
en place le centre C3LD , l'objectif principal duquel reprsente la
sensibilisation,formation et le dveloppement des logiciels libres.
Le projet "Centre Linux et Logiciels Libres pour le

Dveloppement" (C3LD) est fond sur le dveloppement et l'utilisation de
solutions technologiques et pdagogiques ouvertes dans les pratiques
d'enseignement, de recherche ou de communication, l o les
universitaires de toutes disciplines en exprimeront le besoin.
Le C3LD soutiendra et donnera les moyens logistiques la

cration d'une association nationale Linux et Logiciels Libres en Moldova.
Cette association permettra de fdrer les clubs d'utilisateurs Linux, et
pourra tre un lieu pour les rencontres entre prestataires de service et les
activits conomiques ayant des projets impliquant les 3L.
L'objectif du projet est de soutenir la cration d'une association nationale

d'utilisateurs de Linux similaire, dans l'esprit, l'AFUL. Elle permettra
l'ensemble des utilisateurs Linux des domaines publics, privs ou
3
individuels de s'impliquer dans une dmarche collective de mise en
commun de moyens pour le dveloppement des logiciels code ouvert.
Les activits des C3LD s'articulent autour de 3 axes :
Sensibilisation : Cration d'une association nationale Linux et d'une

centre de comptences de logiciels libres pour monter des actions de
sensibilisation leurs utilisation et de valoriser leurs expriences dans le
domaine des TIC,afin de promouvoir les alternatives aux logiciels dont les
sources sont protges, ainsi qu'aux licences d'utilisation et contrat de
maintenance coteux.
Ca sera ralis parmi le actions ci-dessous :
La fondation d'une communaut pour animer les projets autour

des C3LD et capitaliser les meilleures pratiques.
L'organisation de sminaires et de confrences sur les sujets du
logiciel libre ;
L'organisation des journes de dmonstration des solutions
logicielles libres (portes ouvertes) ;
L'organisation des ateliers de travail runissant tous les acteurs
autour de la dfinition d'un rseau national sur l'utilisation et le
dveloppement des logiciels libres ;
La diffusion de solutions l'utilisation et la migration sous Linux
et Logiciel Libre en partenariat avec une association d'utilisateurs
des logiciels libres ;
La valorisation internationale des parcours de l'exprience des
acteurs du logiciel libre par la diffusion et la gestion du Passeport
TIC pour le Dveloppement ;
La formalisation des partenariats autour des logiciels libres dans
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les salles de l'Universit.
Formation :Dispenser des formations de prparation aux examens LPI

(Linux Professional Institut) sur l'administration rseau sous Linux.
Buts de l'axe Formation :
Mettre en place des sessions l'administration de systme

d'exploitation sous Linux selon un plan de formation (de la
formation initiale au perfectionnement) ;
Elaboration d'un cours pour un cycle de formation pour la

certification LPI niveaux 101 et 102 ;
Dispenser des formations pour obtenir Certification internationale

Linux ;
Dispenser des formations l'utilisation d'OpenOffice.org ;
Dispenser des formations en vue de crer des revues

lectroniques via le logiciel SPIP base sur la technologie
PHP+MySQL.
Ces objectifs seront raliss parmi les activits ci-dessous :
Accompagner par la formation prioritairement des personnels

d'encadrement des Universits dans la matrise de systmes de
communication et de productions logicielles, et, plus
particulirement, dans l'obtention d'une certification
internationale Linux, et ce afin d'assurer progressivement un
transfert de comptences vers, et une appropriation des
dmarches scientifiques et pdagogiques affrentes par
l'Universit ;
Mettre en place des salles de formations ;
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Installer Linux sur des postes de travail en parallle avec
Windows
Slectionner et former des formateurs ;
Tester et amliorer les supports pdagogiques mis disposition
par les partenaires ;
Confirmer des demandes du march et crer une collaboration
entre les entreprises et l'universit ;
Organiser les formations ;
Orienter l'organisation des formations vers autofinancement.
Dveloppement : Raliser des projets de dveloppement de

solutions logicielles libres.
L'organisation d'un atelier de dveloppement pour l'laboration de

contenus pdagogiques multimdia.
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Softs Libres chez Pentalog
SERGE GOLOBORODICO
Pentalog High Tech
Socit
Pentalog SA, cre en 1993, est une socit base sur deux axes de
dveloppement : l'axe de la communication et l'axe de services et
d'ingnierie informatiques. Pentalog SA dcline plusieurs Business
Units:
- Pentalog iNet edition de progiciels
- Pentalog High Tech service informatique
- Pentalog Institutions Communication
- Eiffel Conseil
En 1999 Pentalog est venue en Roumanie avec le dveloppement

d'un progiciel de cration de portails d'entreprise. Sa premire agence
offshore a t Brasov, o ce projet a t dvelopp en moins de 3
ans.
Aprs cette priode, Pentalog, ayant accumul une riche
exprience de travail en offshore, a continu son activit en Roumanie
en requalifiant l'quipe aux services informatiques internationales.
En 2004 la deuxime agence offshore Bucarest, a t ouverte. Le
placement stratgique dans la capitale de la Roumanie a permis de se
lancer sur le march roumain. Dbut de l'anne 2005 a t marque par
l'ouverture de l'agence Chisinau qui va donner Pentalog une
ouverture vers les marchs est europennes tout en accroissant son
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offre offshore.
Actuellement Pentalog a une quipe d'approximativement 50
personnes en offshore, et 20 personnes en France.
Le chiffre d'affaires en 2005 est de 2.4 Millions Euro, qui reprsente
30% de plus par rapport l'anne 2004.
Entre 2003 et 2004, mais aussi entre 2004 et 2005, les agences de
l'Europe de l'est rgulirement ont doubl leurs chiffres d'affaires, et
reprsentent maintenant 40% de chiffre d'affaire du groupe Pentalog.
Les domaines des projets actuels du Pentalog sont diverses :
solutions de gestion des processus, dans le domaine de la mobilit, des
solutions embarques, desktop, web en utilisant des technologies Open
Source et des technologies propritaires.
Cas pratiques
Cas1 : Ralisation d'un ERP de production

GOUT Romania, usine de textiles, a choisi d'informatiser son activit
avec une solution propose par Pentalog High Tech.
Pourquoi informatiser l'activit ?

Augmentation significative de la production et la concurrence accrue
a impos le passage vers des mthodes de gestion informatises plus
modernes pour acclrer le processus de la production et amliorer le
suivi.
Pourquoi Pentalog ?
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Pentalog a pu proposer une solution efficace, rapide dvelopper,
facile mettre en place et maintenir et, un aspect important, une solution
prix bas.
La rapidit de dveloppement et le prix bas s'expliquent par
l'utilisation des technologies Open Source, par la rutilisation des
composants dj dvelopps, bien tests.
L'efficacit a t obtenue par l'application d'une mthodologie
d'quipe bien adapte la technologie et au mode de travail de Pentalog.
L'architecture choisie nous a donn la flexibilit de changements et
d'intgrations du systme dvelopp.
L'application a t dveloppe avec une interface web en reliant la
direction, les financiers et les commerciaux de la socit avec les
responsables de la production dans chaque section.
Tous ces atouts ont t obtenus en utilisant la technologie Java
Enterprise sur un serveur de production Red Hat Linux avec une base de
donnes sur PostgreSQL.
Quelques mots sur le fonctionnel

L'application est divise en plusieurs modules relis :
- administration des utilisateurs et des droits
- paramtrages
- gestion d'articles de base
- gestion des fournisseurs
- gestion des ressources humaines et plannings
- gestion du catalogue
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- gestion de la production
- gestion de stocks
- gestion financire
- gestion commerciale
- reporting
Le travail d'un module ressortait des rsultats de travail d'autres

modules, par exemple
- le module commercial permettait de voir les donnes de
production en temps rel : article X a t produit, article X se produit
actuellement, les commandes et les phases de production de ces
commandes, les clients et leurs commandes, quantits dans les
stocks etc.
- module financier gnre les factures en prenant les
informations de sorties / entres dans le stock
- Gestion de la production se base sur le catalogue des
produits, sur la disponibilit d'articles dans le stock, sur
les plannings de RH.
Quels composants Open source ont t utiliss :

On a utilis plusieurs produits, frameworks et des APIs Java open
source. Voil quelques exemples de base :
- JBoss avec Jakarta Tomcat comme le conteneur EJB et
conteneur WEB
- PostgreSQL serveur de bases de donnes gratuit
- Framework Jakarta Struts une implmentation de Model /
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View / Controller
- Javamail pour l'envoi de notifications, alarmes, rapports
- Technologie XSL-FO pour la gnration des rapports dans
le format PDF.
- Krysalis Barcode Java API gnration de codes barres
pour le module de suivi de production
- JXL Java API pour l'accs Microsoft Excel, utilis dans
l'import/export des plannings
- IDE Eclipse pour le dveloppement
Cas 2 : Gestion et suivie distante des quipements
CORONIS, une socit qui se positionne comme un fournisseur

innovant de technologies et de solutions globales, spcialis dans
l'architecture de rseaux radio ultra low power et longue porte est un
client pour lequel Pentalog a dvelopp une srie de logiciels pour le
suivi distant des dispositifs.
La solution globale commence par les dispositifs de base, qui
rcoltent l'information, et va jusqu'aux outils d'administration et de
cration des rseaux de ces dispositifs.
La srie de projets est dveloppe en utilisant plusieurs technologies
- open source (Java, J2EE) ainsi que les technologies propritaires de
Microsoft.
Le domaine principale de ces logiciels est la gestion des compteurs
11
d'eau, des thermomtres, des appareils de mesure de rsistances,
d'intensit lectrique, des entres et sorties digitales, mais ils peuvent
tre utiliss, en faisant des adaptations ncessaires, dans d'autres
domaines ou on ncessite une rapidit et exactitude des dispositifs de
mesure.
Ces applications doivent permettre de configurer et d'interroger les
modules et les dispositifs CORONIS distance.
En dpendances du type d'interrogations on distingue les projets
suivants :
- WNM - le progiciel serveur de tl collecte permettant une

exploitation centralise et automatique des quipements CORONIS :
WaveNetManager ,Java qui permet d'interroger /configurer les modules
CORONIS distance par des SMS, ayant une IHM qui permet de suivre
le rseau , de crer des ordres d'interrogations et de visualiser les
rsultats d'interrogations et deux applications standalone java : une
s'occupe de l'envoi et de la rception des SMS (le deamon automate) ,
l'autre de copier les rsultats d'une base de donnes serveur vers une
base de donnes client DI (Le deamon d 'Interface).
-la suite de logiciels DisKit GtwElea, WTT permet de convertir les

fichiers entre PC et TPC permet la configuration/ interrogation des
modules CORONIS par d'autre modules CORONIS en tablissant un
contact direct.
Ce sont des logiciels .NET
12
- les logiciels utilitaires qui permettent de crer les rseaux, de
contrler/configurer les modules (WaveNetBuilder), l'outil destin crer
les licences logiciels (WaveNetLicenseManager).
Qu'utilise-t-on pour rpondre la demande CORONIS?
Pour la partie java, il ne s'agit que de composants open source:
- Tomcat 5.0 comme conteneur WEB
- Les API J2EE de Sun (Servlet 2.3 notamment) fournies
par TOMCAT
- L'API Log4j qui fournit des services de log, galement
issue du projet Jakarta
- Framework Jakarta Struts une implmentation de Model /
View / Controller
- Des taglibs JSP fournies pour la plupart par Jakarta
- Javamail pour l'envoi de notifications, alarmes, rapports
- Apache Axis implmentation java du SOAP-la cration des
webservices
- IDE Eclipse pour le dveloppement
Open Source = Gratuit ?

Il faut surtout pas croire que Open Source = gratuit. L'accent se met
sur l'ouverture des sources, comme philosophie de travail collaboratif et
transparent, pas sur la gratuit apparente des technologies.
Utiliser bien l'open source implique la contribution. Il n'est pas
suffisant de "prendre", assez souvent les volutions apparues dans
l'intgration d'un outil ou une technologie Open Source sont
intressantes pour une catgorie plus large de projets, donc il est
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cohrent de les "donner", de contribuer.
Pour Pentalog et ses clients, les outils Open Source donnent la
possibilit de rester comptitifs, grce notre forte exprience dans
l'intgration et l'utilisation de ces technologies. Cela implique dans le
mme temps un temps important de recherche, de veille technologique,
pour tre au courant avec les volutions des diffrentes technologies. En
matrisant les sujets les plus importants, on est capable de crer des
applications critiques pour des clients ayant des besoins varis.
Pentalog utilise les technologies Open Source dans ces projets, on
accumule des expriences diverses dans l'tude et travail avec ces
technologies. Toutes ces expriences sont utilises ensuite dans un des
gros projets Pentalog The Port gnrateur de portails, qui, dans le futur
proche, deviendra un progiciel Open Source.
14
Les distributions Linux,
les avantages et dsavantages
ILIE CAZACU
Association des Utilisateurs Linux de Moldavie
Une distribution Linux ou GNU/Linux est un ensemble de

logiciels rassemblant un systme d'exploitation compos d'un noyau
Linux, de logiciels du projet GNU et de logiciels supplmentaires le plus
souvent libres. Cet ensemble cohrent et stable facilite l'installation,
l'utilisation et la maintenance de ces distributions. Elles comprennent
donc le plus souvent un logiciel d'installation et des outils de
configuration.
Il existe de nombreuses distributions, environ de 400 et plus,

chacune ayant ses particularits propres, certaines sont ddies un
usage spcifique (pare-feu, routeur, grappe de calcul...) d'autres un
matriel spcifique. Les grandes distributions sont gnralistes et/ou
pour le bureau. Les supporteurs de ces distributions les soutiennent en
fonction de leurs prfrences, mais il est surtout question de got et de
couleur dans le choix d'une distribution.
Les distributions les plus connues sont Debian, Gentoo,

Mandriva Linux, Red Hat/Fedora, Slackware, SuSE, Ubuntu. Certaines
sont plus orientes pour les dbutants (MandrivaLinux, Ubuntu, etc...) car
plus simples mettre en uvre. Debian en revanche est plutt
considre comme une mta-distribution, c'est--dire qui sert de base
pour crer sa propre distribution. Par exemple Ubuntu, Knoppix, Mepis
s'en servent comme base. L'installation de Debian est devenue plus facile
15
depuis la version 3.1 (Sarge), nanmoins des comptences en shell et
une culture sur les projets libres sont ncessaires pour obtenir le
GNU/Linux de ses rves; en revanche la mise jour et la maintenance
de sa machine est trs facile grce aux outils Debian. La distribution
Gentoo, destine un public averti cherchant une mise jour trs
frquente, a pour particularit d'tre compile depuis les sources sur le
poste mme de l'usager, en tenant compte de nombreux paramtres
locaux, ce qui en fait le systme d'exploitation le plus optimis pour
chaque configuration individuelle. Il faut noter que certaines distributions
sont commerciales, comme celle de Red Hat, Mandriva (ex-
MandrakeSoft) ou de Novell/Suse, alors que d'autres sont le fruit d'une
fondation but non lucratif comme Gentoo.
Avant l'existence des distributions, les utilisateurs de

GNU/Linux devaient composer eux-mmes leur systme en runissant
tous les lments ncessaires.
La premire distribution est apparue en 1993. Elle se composait

de quelques dizaines de disquettes. En raison de la trs forte croissance
de Linux, une distribution actuelle peut occuper de quelques Mga-
octets (pour tre installe sur une cl USB par exemple), plusieurs
Giga-octets.
Les paquets de logiciels
Les distributions utilisent un systme de gestion de paquet de

logiciel permettant l'installation, la dsinstallation, l'interrogation et la
16
mise jour de ces paquets de logiciels.
Plusieurs formats de paquets existent, mais il existe quelque plus

connues et plus utilises :
tgz : archive tar comprime incluant des fichiers de contrle,

utilis notamment par Slackware. Une archive tar (tarball) comporte
juste chaque fichier et le nom du rpertoire o il doit tre plac : pas de
gestion de l'existant (versions) ni des installations pr requises.
deb : paquets de Debian et drives. Ce type de format au
moment d'installation vrifie et installe les dpendances du
paquetage installer.
RPM : rpm (Redhat Package Managment) systme de gestion
de paquets invent par Red Hat et utilis par SuSE, Mandriva et
quelques autres.
ebuild : systme de Gentoo.
La grande varit des options du noyau compiler, des logiciels

GNU ncessaires ou souhaitables pour le fonctionnement du systme,
et de caractristiques propres des besoins gographiques locaux, de
nombreuses distributions diffrentes ont vu le jour. (Par exemple
Conectiva - 294 000 rfrences sur Google - tait l'une des plus
populaires en Amrique du Sud, et trs peu connue en Europe ;
Mandrake et Conectiva ont fusionn en 2005 crant ainsi la distribution
Mandriva).
La multiplicit des distributions et l'existence des diffrents formats

de paquet est parfois perue comme source potentielle
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d'incompatibilits. Pour viter ensuite ce problme un standard a t
cr, nomm Linux Standard Base ou LSB, unifiant les distributions
respectant ces normes. C'est dj le cas de plusieurs distributions,
comme Mandriva Linux, Red Hat et SuSE.
De nouvelles versions sont rgulirement publies afin d'incorporer

les nouveaux dveloppements. La plupart intgre galement des
logiciels annexes, tels des suites bureautiques et des jeux vido.
Certaines distributions se caractrisent par des options par dfaut qui

leur sont propres. Ainsi la SuSE utilise-t-elle le systme de fichiers
ReiserFS l o la plupart des autres considrent comme implicite l'usage
d'ext3fs.
Distributions de base
Ces distributions dfinissent principalement le format de la gestion

des paquets (classe par ordre de cration).
Slackware est l'une des plus anciennes distributions existantes.

Son installation se faisait initialement partir d'un jeu d'une trentaine de
disquettes et tait rpute pour tre ardue car trs peu automatise.
Slackware a t historiquement une des premires permettant de faire
tourner Linux in situ depuis un CD-ROM, ds 1995.
Elle peut tre dcrite comme UNIX-like (littralement:

comme UNIX ) car sa politique est de n'inclure que des
applications stables et aucune interface graphique de
configuration spcifique cette distribution seulement. Certains
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fans disent : Quand vous connaissez Slackware, vous
connaissez Linux... Quand vous connaissez Red Hat, tout ce
que vous connaissez c'est Red Hat.
La Slackware se veut tre une distribution lgre, sans fioriture,

rapide, elle est encore principalement utilise sur les serveurs.
Debian est une distribution non commerciale rgie par

le contrat social Debian. Elle se distingue par le trs grand
nombre d'architectures supportes et par son cycle de
dveloppement relativement long, gage d'une certaine stabilit.
Sa qualit et son srieux sont unanimement reconnus, mais elle
garde l'image d'une distribution rserve aux experts, alors que
son ergonomie a bien volu. C'est la distribution qui a t
retenue pour le dploiement de Linux dans la ville de Munich (14
000 PC).
Cette distribution est unique qui est toujours disponible en 3

versions (trois branches) qui sont :
- stable : version fige o les seules mises jour sont

des correctifs de scurit ;
- testing : future stable o seuls les paquets suffisamment
matures peuvent rentrer ;
- unstable : version active, constamment nourrie de
nouveaux paquets ou de mises jour de paquets dj
existants (surnomme Sid).
De plus, il existe un dpt de paquets nomm experimental ; il

contient des paquets exprimentaux de logiciels dont
19
l'utilisation pourrait dgrader le systme.
Une autre facilite de Debian est l'utilisation du format dpkg est le

programme principal pour manipuler les fichiers de paquets (apt
y fait d'ailleurs appel pour l'installation des dits programmes) et
apt (Advanced Packaging Tool, outil avanc de paquets) une
interface avance pour le systme de gestion des paquets
Debian, qui consiste en plusieurs programmes dont les noms
commencent par apt- (apt-get, apt-cache, apt-cdrom...).
Outre sa facilit d'emploi et sa polyvalence, son intrt rside
dans sa gestion automatique des dpendances entre les
diffrents paquets. Il existe galement une interface graphique
pour ce programme : synaptic.
Quelques commandes :
- dpkg -i paquet.deb : installe le-dit paquet, que vous

aurez pralablement tlcharg.
- dpkg-repack paquet : recre un paquet Debian partir d'un
paquet dj install.
- apt-get install paquet : tlcharge paquet sur les serveurs
de debian, l'installe et, si besoin, installe les paquets
ncessaires ce paquet (qu'on appelle les dpendances)
pour le faire fonctionner (les bibliothques par exemple).
- apt-get update : met jour les index servants aux
recherches de paquets partir du fichier
/etc/apt/sources.list qui indique au systme o trouver les
paquets (cdrom, site ftp, ...).
20
- apt-get upgrade : met jour tous les programmes installs
sur votre ordinateur mais sans en installer de nouveaux.
- apt-get dist-upgrade : agit comme apt-get upgrade mais en
plus peut installer des paquets qui ne l'taient pas, voire en
enlever, pour satisfaire les ventuelles dpendances.
- apt-get autoclean : nettoie le cache sur le disque dur, mais
seulement les paquets qui ne pourront plus tre
tlchargs.
Red Hat est une distribution commerciale largement
rpandue (surtout aux tats-Unis). La socit Red Hat qui la
supporte a dvelopp RPM, un gestionnaire de paquets
sous licence GPL que d'autres distributions utilisent.
Les fonctionnalits supplmentaires incluent un meilleur

support technique ainsi que des mises jour grce au rseau
Red Hat. Il existe 4 versions de RHEL :
- WS (workstation) ;
- ES (edge server, ou entry-level server) ;
- AS (advanced server) ;
- Red Hat Desktop.
Aprs Red Hat Linux 9 (en 2003), Red Hat a confi la

responsabilit de sa distribution d'entre de gamme au projet
Fedora qui depuis propose une distribution nomme Fedora
Core (dveloppe avec le soutien de Red Hat).
Gentoo est une distribution caractrise par sa gestion des

paquetages inspire des ports BSD, on peut facilement dire que
21
Gentoo est la fusion du systme de paquets de Debian (en plus
aboutis) et des paquets BSD (compilation), cette distribution est
rserver aux passionns qui attendront pendant que leur
machine compile les diffrents logiciels (X, OpenOffice).
Gentoo a t originairement conu pour fonctionner sur
architecture x86 uniquement. Mais, elle a t porte sur de
nombreuses autres architectures en raison de sa haute
portabilit. Les architectures supportes actuellement sont les
suivantes : x86, PowerPC, PowerPC 970, SPARC, SPARC64,
AMD64, IA-64, MIPS, DEC Alpha, HP/PA, ARM, et
zSeries/s390. Elle fut la premire distribution offrir un systme
Linux 64 bits (espace utilisateur et noyau) pour l'architecture
PowerPC 970. Elle est galement portable pour Xbox, comme
nombre de distribution linux.
Un Gentoo est tout simplement un genre particulier de

manchot , ce qui convient parfaitement la distribution Linux
dcrite ici. Plus prcisment, le Gentoo (Manchot papou,
Pygoscelis papua) est classifi dans les manchots et non dans
les pingouins. Cependant, ce nom a t judicieusement choisi.
Utilisant des paquets compresss (tgz)
GoboLinux est axe sur une rorganisation des fichiers

travers le systme de fichiers, elle permet de se dispenser des
22
paquetages puisque chaque programme est accessible dans son
propre dossier.
Arch Linux, Beehive Linux, College Linux...
Utilisant des paquets deb
Linspire est une distribution commercialise qui se veut tre

une passerelle entre le monde de Microsoft Windows et celui de
GNU/Linux, en reprenant une interface utilisateur proche de celle de
Windows et en intgrant le logiciel Wine pour assurer le fonctionnement
de nombreuses applications dveloppes pour Windows.
Cette distribution s'appelait initialement Lindows, en rfrence

Windows, mais elle a d changer de nom aprs dcision de
justice suite des attaques de Microsoft. La socit ditrice a
pouss la provocation jusqu' installer son sige Redmond,
comme Microsoft.
Ubuntu Linux, Kubuntu Linux est une distribution

base sur Debian GNU/Linux. Elle connat actuellement un trs
fort engouement, du fait de sa trs grande homognit et de
son ergonomie soigne.
Son nom provient d'un ancien mot bantou (langue d'Afrique),

ubuntu, signifiant humanit aux autres ou encore je suis ce
que je suis grce ce que nous sommes tous.
Ubuntu repose sur la distribution Debian dont elle reprend

l'architecture et le systme de paquets. (Debian est le rocher sur
23
lequel Ubuntu est construite - the rock upon which Ubuntu is
built). La procdure d'installation est nanmoins trs nettement
simplifie.
Ubuntu Linux est disponible pour les architectures x86 (Intel et
compatibles), AMD64 et PowerPC, soit sous forme de
distribution installer sur le disque dur (install), ou de CD de
dmonstration (live).
Ubuntu Linux divise tous les logiciels en 4 sections, appels

composants , en les classant par licences et par niveau de
support utilisateur disponible. Par dfaut, une slection de
paquets de main (principal) sera installe pour couvrir les
besoins basiques de la majorit des utilisateurs.
- main : paquets correspondant la licence Ubuntu Linux,

et pour lesquels le support de l'quipe Ubuntu Linux est
disponible.
- universe (univers) : un grand choix de logiciels libres (non
support par l'equipe ubuntu).
- restricted (restreint) : un ensemble de logiciels dont la
licence n'est pas considre comme libre.
- multiverse (tous les horizons) : un ensemble de logiciels non
libres (non support par l'equipe ubuntu).
Flonix USB Edition est une distribution fonctionnant partir
d'une clef USB spcialement quipe.
Augustux est distribution dveloppe par des linuxiens de
Saragosse. Elle est base sur Debian et utilise le systme de
24
paquet Debian. Le nom provient d'Augustus (hommage l'ancien nom
de Saragosse) et Tux.
Utilisant des paquets RPM
Mandriva Linux est une distribution franaise dite par la socit

Mandriva. La distribution Mandriva Linux (anciennement Mandrakelinux) doit
une grande partie de sa popularit sa simplicit.
Contrairement celle de beaucoup d'autres distributions de

GNU/Linux, son installation est extrmement simple, et ne requiert
aucune connaissance technique particulire : diffrents assistants se
chargent d'expliquer l'utilisateur les notions de base, le conseillent
pour des choix dlicats, etc. Il est ainsi possible, pour quelqu'un qui
installe GNU/Linux pour la premire fois sur un ordinateur, de s'orienter
avec une trs grande facilit.
Cette simplicit est galement celle de son utilisation ; aprs
installation, cette distribution est en effet prte l'emploi. Elle
rassemble tous les paquetages les plus populaires, commencer par
les bureaux GNOME et KDE, qui permettent aux utilisateurs venant de
Microsoft Windows de trouver rapidement des repres. Pour des
utilisateurs francophones, beaucoup d'informations et de programmes
ont t traduits. Mandriva Linux permet ainsi d'associer la fiabilit de
GNU/Linux au confort de Windows.
Autrefois appele Mandrake Linux, elle a t renomme en 2005 la
suite du rachat par MandrakeSoft de la socit Conectiva, ditrice de la
distribution ponyme. La socit changeat alors de nom pour
25
Mandriva , et renomma l'ensemble de ses produits. Ceci permit
galement de mettre un terme aux poursuites judiciaires
relatives l'utilisation du nom Mandrake , revendiqu par
l'diteur de la bande dessine Mandrake le magicien . Elle est
disponible en plusieurs versions, commerciales et non
commerciales. Elle a mme t adapte la XBox de Microsoft.
Une de ses versions, Mandriva Move, peut enregistrer les
donnes sur une clef USB et permet le travail sous Linux sur un
PC Windows existant sans modifier les donnes du disque
systme de celui-ci.
SuSE est une distribution allemande, trs utilise en
Europe. C'est celle qui est utilise en gnral aussi pour installer
GNU/Linux sur les mainframes IBM. Elle a t achete en 2004
par la socit amricaine Novell.
Elle est connue pour son outil de configuration YaST (Yet

Another Setup Tool), rendu libre suite la dcision de Novell de
le placer sous licence GPL. En effet, la licence originale de YaST
empchait l'utilisateur de rediffuser le logiciel des fins
mercantiles, ce qui en faisait un logiciel semi-libre d'aprs la
FSF.
La SuSE peut se charger sur CD (R ou RW), et des images .iso
existent cette fin, mais il existe galement un .iso
tlchargeable (gratuitement) permettant de la mettre sur un
DVD (R ou RW), ce qui rend son installation beaucoup plus
agrable.
Fedora est la distribution GNU/Linux du Projet Fedora,
26
initi et sponsoris par la socit Red Hat. RedHat ayant dcid
d'abandonner le grand public, cette tche est dvolue Fedora.
EduLinux est une distribution qubcoise base sur la
distribution MandrivaLinux destine plus spcifiquement au
monde de l'ducation, dveloppe pour l'Universit de
Sherbrooke. Cette distribution comprend le systme
d'exploitation bas sur Mandrake Linux ainsi qu'une offre
logicielle bureautique complte, soit un texteur, un chiffrier, un
fureteur Internet, un systme de courriel, Acrobat Reader, Real
Player et plusieurs autres. De plus, grce la suite bureautique
de OpenOffice.org, qui fait partie de la distribution de EduLinux, il
est possible de crer, d'ouvrir et de modifier des documents
Microsoft Office tels que Word, Excel ou PowerPoint, et ce, de
manire transparente. Des outils de dveloppement de logiciels
y sont galement inclus. Rappelons galement que le systme
Linux est moins gourmand en ressources que les systmes
propritaires, ce qui permet de faire revivre de vieux ordinateurs
que de nouvelles versions d'applications s'excutant dans un
systme d'exploitation propritaire auraient rendus dsuets.
Utilisant des paquets bass sur des sources (ebuild)
Source Mage est une distribution 100 % libre qui installe les
dernires versions des programmes en les compilant tout spcialement
pour l'architecture du processeur. Il est noter que, en fait, des
spcifications diffrentes de processeur au moment de la compilation se
27
traduisent souvent par la gnration du mme code l'octet prs.
Micro Distributions
Ce sont des distributions tenant sur une ou plusieurs disquettes qui

ont pour but de faire accomplir un rle prcis un ordinateur.
SME Server (anciennement E-Smith) est une micro-distribution

base sur une RedHat, principalement destine installer une passerelle
et/ou un pare-feu.
Free-EOS est une micro-distribution base sur SME Server
(actuellement Free-EOS 1.3.1a est base sur SME 5.5,
principalement destine installer une passerelle et/ou un pare-
feu mais intgrant un panel assez tendu d'application Linux
Apache Mysql Php (LAMP).
Trinux est une micro-distribution qui comprend un grand nombre
de paquetages orients scurit/hacking.
Freesco est une micro-distribution permettant de remplacer de
petits routeurs par des ordinateurs quips de processeurs de
type 386.
Ipcop est une micro-distribution permettant de faire office de
routeur/firewall que ce soit la maison, ou au travail. Elle peut
tre installe sur une machine de type i386, voire suprieur si
ncessaire.
Coyote Linux est galement une micro distribution de routage
firewall.
28
Distributions Live
Ce sont des distributions tenant gnralement sur un cdrom

(LiveCD) et permettant d'utiliser Linux sans l'installer: elles dmarrent
depuis un support amovible et n'crivent rien sur le disque. Certaines
permettent d'installer un minimum de fichiers de configuration sur le
disque dur afin de retrouver ses rglages au redmarrage du systme.
La distribution pionnire a t la Slackware, qui proposait cette option
ds 1995.
Knoppix est une distribution de dmonstration base sur

Debian. L'installation sur disque dur est possible.
Gnoppix est aussi une distribution de dmonstration base sur
Ubuntu (qui est base sur Debian). L'installation sur disque dur
est possible. Gnoppix utilise le bureau GNOME.
Mandriva Move est une distribution base sur Mandrivalinux.
Elle permet d'utiliser, en plus d'un Linux sans installation, une
cl USB stockant nos fichiers de configuration ainsi que nos
fichiers personnels.
Slax est base sur Slackware. La Kill Bill edition cible plus
prcisment une utilisation en machine de bureau (desktop).
Elle permet de sauvegarder la configuration sur une cl USB ou
bien dans un espace priv sur le site Internet de SLAX
(apportant une mobilit supplmentaire).
Gibraltar est une distribution base sur Debian. Elle permet de
lancer un firewall/routeur.
Damn Small Linux est une distribution base sur Debian. Elle
29
pse 50 Mo.
Freeduc-Sup est une distribution franaise fonde sur Morphix
destine aux enseignants auxquels elle fournit des modules de
ressources thmatiques.
Distributions d'tablissements officiels
Linex : officielle dans la rgion d'Estrmadure (Espagne)

Guadalinex : officielle en Andalousie (Espagne)
Red Flag : officielle en Chine
Bibliographie :
[1] http://www.slackware.com.
[2] http://www.redhat.com
[3] http://www.gentoo.org
[4] http://www.fr.debian.org/index.fr.html
[5] http://www.suse.com
[6] http://www.mandrivalinux.com/
[7] http://fedora.redhat.com
[8] http://www.knoppix.org
[9] http://www.linspire.com
30
Ordinateurs
Systmes d'exploitations
LPI et rles
VALERIU PLMDEAL
LIDIA PLMDEAL
Ingenieur
La Naissance de l'ENIAC (Electronic Numerical Integrator And

Computer) - premier vritable ordinateur lectronique a eu lieu en 1945.
L'ENIAC contenait prs de 18 000 tubes et pouvait effectuer quelques
centaines d'oprations par minute.
En 1952 est apparut le premier ordinateur utilisant un programme
mmoris, conu par le mathmaticien Von Neumann dont les
instructions taient stockes dans une mmoire.
Un programme - une squence d'instructions qui indique au
matriel les oprations effectuer sur les donnes. En gnrale existent
deux types de logiciels :
1)Les logiciels d'application (traitement de texte, logiciels de dessin ...) et
Les logiciels systme appels systmes d'exploitation (DOS,
Windows, OS2, Unix, etc.).
Les systmes d'exploitation grent l'allocation et l'utilisation des
ressources matrielles de l'ordinateur, telles que la mmoire, l'unit
centrale de traitement, l'espace du disque dur et les divers priphriques
(imprimante, manette de jeu, modem, etc.).
Le premier systme Unix a t mis au point par Ken Thompson
dans les laboratoires Bell AT&T Murray Hill dans le New Jersey aux
31
Etats-Unis partir de 1965. C't un systme d'exploitation interactif
simple, nomm "Multics" (Multiplexed Information and Computing
System) qui trs rapidement a t rcrire est appele UNICS (UNiplexed
Information and Computing Service), rapidement contracte en Unix
Time-Sharing System aprs sa rcriture dans le langage C en 1973.
En 1985 un professeur hollandais, nomm Andrew Tannenbaum,
dveloppa un systme d'exploitation minimal, baptis Minix, afin
d'enseigner la programmation systme ses tudiants.
En 1991 un tudiant finlandais, Linus Torvalds, en utilisant le
modle Minix, a labor un systme d'exploitation capable de fonctionner
sur les architectures de type 386, qui a t nomme "Linux".
Maintenant il existe un grande nombre de diffrentes Systmes
d'Exploitations et donc il faut propager l'utilisation d'un systme
informatique auprs des utilisateurs, suppose qu'il existe des spcialistes
confirms de ce systme. Pour ce but chaque grande entreprise dans ce
domaine a labor des certifications.
Parmi les certifications les plus connues sont :
- Microsoft ;
- Cisco ;
- Oracle ;
- LPI etc.
Linux Professional Institut (LPI) fut enregistre en tant que socit
Canadienne en 1999, et son sige situ prs de Toronto, et elle est
reconnue mondialement comme la premire organisation promotionnant
et assistant l'usage professionnel de Linux et du logiciel libre.
LPI est au service de la communaut Linux dans le but d'accrotre
32
et de soutenir une utilisation professionnelle des logiciels libre dans tout
le monde et donc d'amliorer les comptences et les ressources des
professionnels de Linux et des logiciels libres, en fournissant des
services et en dfinissant des standards adapts, de haute qualit et
largement accessibles.
Pour certifier la comptence dans l'administration systme
l'aide du systme d'exploitation Linux et de ses outils associs a t
implment le programme LPIC qui est conu pour tre indpendant des
distributions, suivant les Standarts de base Linux et autres normes et
conventions appropries.
Le LPI propose plusieurs programmes de certification dont il est
conu pour certifier la comptence dans l'administration systme l'aide
du systme d'exploitation Linux et de ses outils associs. Il comprend
trois niveaux :
1) Niveau d'Administration JUNIOR (LPIC1) qui comprend deux
examens 101 et 102.
Ce niveau prvoir que la personne devrait tre en mesure de
travailler en ligne de commande Linux : aide aux utilisateurs, ajout
d'utilisateurs un systme tendu, sauvegarde & restauration, arrt &
rinitialisation aussi bine qu'installer et configurer un poste de travail
(incluant X) et le connecter sur un LAN, ou un PC autonome par un
modem sur Internet.
2)Niveau d'Administration Intermdiaire (LPIC2) qui comprend
galement deux examens, 201 et 202, et ncessite d'avoir au pralable
acquis le niveau LPIC1.
Ce niveau prvoit une personne qui pourra administrer un site de
33
taille petite moyenne, de planifier, implmenter, maintenir, mise jour
de contenu, scuriser, et dpanner un petit rseau mixte (MS, Linux), y
compris un:
LAN Serveur (samba) ;
Gateway (Passa Reille) Internet (pare-feu, proxy, mail,
nouvelles/news) ;
Serveur Internet (serveur web, serveur FTP).
Aussi bien que de diriger des assistants et conseillez la gestion de
l'automatisation et des achats.
3)Niveau d'Administration Senior (LPIC3) - niveau qui requiert le
passage russi d'un examen choisir parmi cinq proposs (321, 322,
323, 324, 325).
Ce niveau prvoit une personne capable de concevez et
implmentez des solutions aux problmes complexes d'automatisation,
de la faon dont les entreprises multi sites, aux sites Internet reconnus,
adaptent leurs solutions. Aussi cette personne doit tre capable de
dbuter des projets et obtenir un budget pour leur dveloppement, de
superviser des assistants et de servir de consultant la direction
suprieure.
Il est possible de s'auto-prparer aux examens de LPIC, sur la
base d'une exprience et d'une pratique individuelle en utilisant des
tutoriaux en ligne cre spcialement pour ce but. Des bons tutoriales
sont proposs par IBM qui attache un grand intrt au dveloppement
des logiciels libres et en source ouverte.
Sur le site de support d'IBM il existe toute une section des tutoriaux qui
est en anglais, dont celle sur Linux. Parmi cette dernire on peut trouver
34
les tutoriaux pour prparer les examens de la certification LPIC1 (donc
pour les examens 101 et 102) sur l'adresse : http://www-
106.ibm.com/developerworks/training/ .
Aussi chacun peut tester ces connaissances la prparation de
l'examen pour la certification LPIC1 sur la page de test LPI :
http://www.linux-praxis.de/lpisim/lpi.html .
La certification LPIC permet d'augmenter la prsence
commerciale de Linux en fournissant des ensembles de rfrence aux
tudiants, des outils de rfrence pour les centres de formation et de
nouveaux dbouchs pour les experts Linux, comme a LPI dveloppe
la communaut des logiciels libres et recruter de nouveaux utilisateurs
Linux.
35
Les logiciels libres en communication
ILIE CAZACU
La messagerie instantane, aussi abrge IM du sigle

anglophone d'Instant Messaging, permet de communiquer par
l'intermdiaire de l'ordinateur avec un interlocuteur distant connect au
mme rseau informatique, notamment Internet. Contrairement au
courrier lectronique, la communication est conue pour tre instantane.
Dans certains pays de la francophonie, on parle de chat ( un chat ,

aller chatter ...), de l'anglais to chat ( bavarder ). Au Qubec, on a
promulgu le vocable clavardage.
La messagerie instantane est une ide assez ancienne : sous

UNIX elle existe depuis bien longtemps, grce la commande talk, puis
sous Windows, il y a eu l'quivalent avec WinPopUp. Le protocole IRC
fournit lui aussi depuis 1988, des fonctionnalits de messagerie
instantane avance.
La messagerie instantane grand public a t rvle par une

jeune entreprise isralienne, Mirabilis, en introduisant ICQ en 1996.
Depuis, Mirabilis a t rachete par le groupe AOL-Time Warner.
En voluant, la messagerie instantane intgre les fonctionnalits de voix

et de vido grce une webcam.
Protocoles de communication
L'arrive de Jabber, qui propose un protocole ouvert, standard et

normalis, ce qui garantit son indpendance, plusieurs serveurs
36
modulaires et plusieurs clients, bouscule les acteurs qui s'taient taill la
part du lion sur ce march en plein essor.
Voici les principaux protocoles qui permettent de communiquer, et

quelques programmes clients pour les utiliser :
AOL Instant Messenger, ICQ (les deux protocoles ont fusionn) :

AIM, iChat, ICQ, licq, gnomeICU, Miranda IM
Jabber : Mercury Messenger, Exodus, Psi, Tkabber, Miranda IM,
Gabber, Gajim, Google Talk
SILC
Le Messager Voila, Wanadoo Messager (serveur Jabber priv)
Google Talk (serveur Jabber priv) : Google Talk, Mercury
Messenger
MSN Messenger : MSN Messenger, Mercury Messenger,
kmerlin, Miranda IM
Yahoo! Messenger : ari-yahoo, everybuddy, gnuyahoo, kyahoo,
ymessenger, Miranda IM
Gadu-Gadu, Miranda IM
skype, principalement pour la voix, Miranda IM
iChat, Miranda IM
Novell Netware, Miranda IM
Logiciels
Quelques logiciels clients permettant d'accder plusieurs rseaux :
Mercury Messenger : logiciel propritaire multi-plateforme avec

beaucoup de fonctionnalits qui permet d'accder aux rseaux Jabber et
37
MSN Messenger
Kopete : est un logiciel destin GNU/Linux (KDE) intgrant
tous les protocoles cits ci-dessus ;
IRC ainsi qu' Jabber par le biais d'un plug-in
Miranda IM, galement pour Windows, est un logiciel libre
intgrant ces mmes protocoles ainsi qu'un tas d'autres via des
plugins.
Gaim, pour Windows et Linux, gre les protocoles Jabber,
AIM/ICQ, Zephir, IRC, MSN, Gadu-Gadu, Novell GroupWise,
Napster et Yahoo!
everybuddy
centerICQ
Gajim
Google Talk
Ken Messenger
Un serveur logiciel libre est Jabber. Les autres ne sont pas libres.
noter que tous les clients Jabber permettent d'accder aux autres
rseaux, par le biais des transports Jabber (passerelles).
Dans cet article je vais vous dcrire quelques logiciels clients, qui sont
distribus libres.
Gaim :
Gaim est un programme client de messagerie instantane qui
permet de grer plusieurs comptes et plusieurs protocoles
simultanment. C'est un logiciel libre et gratuit sous licence GPL,
disponible sous GNU/Linux, BSD, Mac OS et Windows. Il a t crit en
38
utilisant la bibliothque GTK+. Il supporte beaucoup des rseaux IRC,
AIM, ICQ, MSN et Yahoo Messenger, Jabber, Gadu-Gadu, et Zephyr
networks. Il est donc possible de se connecter en mme temps tous
ces rseaux en une seule fentre. Il reprend les fonctionnalits
principales de ces logiciels (message d'absence, icone des contacts,
etc.). Il est logiciel libre et disponible pour toutes les plates-formes
(Windows, MacOS et Linux).
Gaim s'intgre bien avec GNOME 2 et KDE 3.1 system tray,
aussi bien que avec le system tray du Windows, ce que permet
l'utilisateur de n'avoir pas toujours ouverte la fentre de copains. Encore
il a disponible des fiches de courants (plugins) qui agrandissent les
possibilits du logiciel.
MICQ :
mICQ est un client ICQ en mode texte qui supporte de
nombreuses caractristiques parmi celles fournies par le client de
Mirabilis. Micq permet de changer le mot de passe de l'utilisateur, de
crer de nouveaux comptes, d'actualiser les informations de l'utilisateur,
de rechercher d'autres utilisateurs, etc.
mICQ est trs portable et tourne sous Linux, DOS, OS/2, Win32,
BeOS, AmigaOS, GNU HURD et tout autre systme de type Unix
moderne.
La version 0.4.9 de mICQ tourne sous Linux, AIX, HPUX, Tru64,
partiellement sous BeOS et d'autres unices. Cependant, les autres
portages peuvent ne pas fonctionner et toute personne souhaitant les
tester est la bienvenue. mICQ vous permet d'ouvrir plusieurs fentres
ICQ en mme temps avec plusieurs pseudos enregistrs. mICQ peut
39
ouvrir jusqu' 1000 fentres simultanment et est compatible avec AOL
Instant Messenger.
mICQ vous permet de possder plusieurs comptes en mme
temps et grer plus facilement ainsi les diffrentes communauts
auxquelles vous participez.
LICQ
Licq support des diffrentes interfaces et fonctions grce aux plugins. A
ce moment il existe des plugins pour X Windowing System et console.
Actuellement dans ce GUI plugin sont implments la majorit des
fonctions d' ICQ. Il dmarre le QT plugin par dfaut, donc pour les autres
plugins il faut lancer la commande "licq -p " une fois. Pour retourner Qt
plugin, vous tes oblig d'excuter une fois la commande "licq -p qt-gui".
Cette version de licq a le support de SSL pour les plugins spcifiques.
Licq est une clone ICQ multi files, qui est crite la plus part en C++.
Centericq
Centericq est un client de messagerie instantane en mode
texte qui est simple d'utilisation et supporte beaucoup de protocoles de
communication (ICQ, Yahoo Messenger, AIM, MSN, IRC, Gadu-Gadu)
et surtout Jabber. Il permet d'envoyer, recevoir, et de faire suivre les
messages, les URL-s, les SMS-s, les contacts, les emails, et d'autres
profitables caractristiques. Il est fournit encore et un RSS lecteur et un
Journal en Directe (Live Journal) client.
Pendant le dveloppement du centericq, on tait utilises tous
les protocoles publics pour la messagerie instantane. Centericq est
40
crit en C++ et peut tre dvelopper et fonctionner sur Linux, FreeBSD,
NetBSD, OpenBSD, Mac OS X, Sun Solaris et MS Windows systmes
d'exploitations. Il a t inclue dans les plus importants distributions Linux
comme Debian, Mandrake, ASPLinux, Gentoo et d'autres.
Kopete
L'Internet est utilis par de plus en plus de personnes qui s'en
servent pour communiquer entre eux. Le problme c'est qu'il y a une
dizaine de logiciels de messagerie instantane donc les plus connut et
utilises sont : MSN Messenger, ICQ et Yahoo!. Il existe sous linux des
programmes pour accder chacun de ces services mais ce n'est pas
trs pratique de jongler entre tous ces programmes. C'est pourquoi des
personnes ont dvelopp des logiciels genre Kopete qui regroupent tous
ces services dans une seule interface.
Kopete est le logiciel de messagerie officiel du bureau KDE. Il
permet de pouvoir discuter en temps rel avec vos amis situs l'autre
bout de la plante. Voyons en dtail ses fonctionnalits.
Bibliographie :
[1] http://wikipedia.org/
[2] http://www.kopete.org/
[3] http://konst.org.ua/centericq/
[4] http://www.licq.org/
[5] http://www.micq.org/
[6] http://gaim.sourceforge.net/
41
BioInformatique
SERGIU MIHAI
La bioinformatique a fait son apparition dans les annes 1980

avec les premires banques de biomolcules ( EMBL et GenBank ) , mais
le terme de " bioinformatique" est apparu dans la littrature scientifique au
tout dbut des annes 1990.
Elle propose des mthodes et des logiciels qui permettent de
grer, d'organiser, de comparer, d'analyser, d'explorer l'information
gntique et gnomique stocke dans les bases de donnes afin de
prdire et produire des connaissances nouvelles dans le domaine ainsi
qu'laborer de nouveaux concepts. Interdisciplinaire par nature, la
bioinformatique est fonde sur les acquis de la biologie, des
mathmatiques et de l'informatique.
Les axes privilgis autour desquels se focalise la
bioinformatique sont :
La formalisation de l'information gntique ;
L'analyse des squences (biomolcules) et de leur structure
(notamment, structure 3D);
L'interprtation biologique de l'information gntique;
L'intgration des donnes (tablissement de cartes et de rseaux
d'interactions gniques, d'interactions protiques ...) ;
La prdiction fonctionnelle.
La bioinformatique regroupe un aspect technologique essentiel,
le traitement numrique des informations, avec une approche thorique
qui permet :
42
d'effectuer la synthse des donnes disponibles ( l'aide de
modles et de thories);
d'noncer des hypothses gnralisatrices (ex: comment les
protines se replient ou comment les espces voluent) ;
de formuler des prdictions, partir d'une approche par modlisation
applique des objets formaliss.
La bioinformatique a accompagn et encourag l'utilisation des
ordinateurs en biologie depuis leur origine (Stanislav Ulam, le premier
bioinformaticien, est aussi celui qui a effectu les premiers gros calculs
lectroniques lis la conception de la bombe hydrogne la fin des
annes quarante).
La bioinformatique n'est pas pour autant drive de la " science "
informatique ; elle n'utilise que les ordinateurs et leurs langages. Un "
bioinformaticien " n'est donc pas le simple croisement d'un biologiste et
d'un informaticien (pas plus qu'un neurochirurgien n'est celui d'un
psychiatre et d'un anatomiste).
Bien sur que l'utilisation des ordinateurs impose la spcialisation des
langages de programmation pour le travail biologique. Un des plus
rpandus langages des programmation en BioInformatique est Perl,ou
pour mieux dire son drive, BioPerl.
Pourquoi Perl?
C'est un langage de script, syntaxe flexible, rapide matriser;
Particulirement adapte a l'extraction des donnes (expressions
rgulires);
etc;
Bioperl est un logiciel libre (les avantages de logiciel libre sont bien
43
connus) qui est toujours sous le dveloppement actif. Il est compos de
plus que 500 modules crites et maintenus par un groupe international
des volontiers. On peut le trouver a sa page d'accueil
http://www.bioperl.org.
Pour l'installation minimale de BioPerl on a besoin avoir Perl
installe. BioPerl a t premirement teste en utilisant Perl 5.005, 5.6 et
5.8 . L'installation minimale de BioPerl doit travailler sous Perl 5.004 .
On peut utiliser CPAN shell pour installer BioPerl.
Par exemple:
>perl -MCPAN -e shell
Apres on doit trouver la version de BioPerl dsire:

cpan>d /bioperl/
CPAN: Storable loaded ok
Going to read /home/bosborne/.cpan/Metadata
Database was generated on Tue, 24 Feb 2004 23:55:23 GMT
Distribution B/BI/BIRNEY/bioperl-1.2.tar.gz
Distribution B/BI/BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
Et puis l'installer:
cpan>install B/BI/BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
Pendant l'installation on peut avoir des bogues, pour viter a on doit

crire:
cpan>force install B/BI/BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
44
On peut bien sur utiliser la mthode standarde d'installation, c'est--dire
tlcharger l'archive et aprs utiliser les commandes suivantes:
>gunzip bioperl-1.2.tar.gz
>tar xvf bioperl-1.2.tar
>cd bioperl-1.2
>perl Makefile.PL
>make test
>make install
La plus grande difficult de BioPerl est le commencement de son

usage. La cause est que BioPerl est crit dans un style oriente objet.
L'utilisateur a besoin des connaissances de base de programmation Perl
en comprenant les rfrences, modules, objets et mthodes.
Voila un exemple trivial de recherche d'un motif dans une squence et
l'affichage du tableau de toutes les positions:
#!/usr/bin/perl -w
my $motif = 'AGAA';
my $sequence =
AACAAATTGAAACAATAAACAGAAACAAAAATGGATGCGATCAAGA
AAAAGATGC'.
'AGGCGATGAAAATCGAGAAGGATAACGCTCTCGATCGAGCCGATG
CCGCGGAAGA'.
'AAAAGTACGTCAAATGACGGAAAAGTTGGAACGAATCGAGGAAGA
ACTACGTGAT'.
'ACCCAGAAAAAGATGATGCNAACTGAAAATGATTTAGATAAAGCAC
AGGAAGATT'.
45
'TATCTGTTGCAAATACCAACTTGGAAGATA
AGGAAAAGAAAGTTCAAGAGGCGGA'.
'GGCTGAGGTAGCANCCCTGAATCGTCGTAT
GACACTTCTGGAAGAGGAATTGGAA'.
'CGAGCTGAGGAACGTTTGAAGATTGCAACGGATAAATT
GGAAGAAGCAACACATA'.
'CAGCTGATGAATCTGAACGTGTTCGCNAGGTTATGGAAA';
my @positions;
Foreach $i (0..length $sequence) {
if ( $motif eq substr( $sequence, $i, length $motif) ) {
push @positions, $i;
}
}
print "Les positions trouves sont : @positions.\n";
Un autre plus complique qui lit des squences d'un fichier sous le format
FASTA et les crit dans un fichier sous le format GENBANK:
#!/usr/bin/perl -w
use Bio::SeqIO;
$in = Bio::SeqIO->new(-file => "seq.fasta",
-format => 'fasta');
$out = Bio::SeqIO->new(-file => ">seq2.genbank",
-format => 'genbank');
while ( my $seq = $in->next_seq )
{
$out->write_seq($seq);
}
46
Voil on voit que BioPerl est une partie intgrante de la
bioinformatique et est indispensable pour l'exploration de l'information
gntique et gnomique stocke dans les bases de donnes,il permet de
prdire et produire des connaissances nouvelles dans le domaine et
aussi d'laborer de nouveaux concepts et en gnral au dveloppement
de la bioinformatique.
47
Les expressions rgulires dans Linux
SAJIN ANDREI
Les expressions rgulires reprsentent une syntaxe abstraite

pour la description de chanes de caractres. Les domaines d'utilisation des
expressions rgulires sont nombreux : elles interviennent tant dans le
cadre de l'dition de textes trs divers qu'en programmation. Dans le
premier cas, elles feront gagner leur utilisateur un temps considrable
pour raliser des tches de recherche ou de substitution. Dans le second
cas, elles sont irremplaables dans tous les programmes interactifs : elles
permettent d'analyser la nature d'une information, le contenu d'une variable
ou d'un flux de donnes, de dtecter la prsence de telle ou telle information
dont on connat la structure mais dont le contenu n'est pas dtermin par
avance. Les expressions rationnelles (ou rgulires) sont des critres ou
modles de recherche (pattern) dans les chaines de caractres. Les
objectifs peuvent tre simplement de slectionner suivant ce critre, ou
d'effectuer des traitements comme des subtitutions sur les chaines
trouves. Enfin, les expressions rgulires doivent leur succs aux
nombreux outils qui les ont rendues accessibles sur la plupart des systmes
et plateformes informatiques.
Aprs avoir expos les diffrents types d'expressions rgulires
basiques, tendues et avances au moyen de nombreux exemples tirs de
situations couramment rencontres, l'ouvrage passe en revue leurs
principaux champs d'application : gnrateur d'analyseurs lexicaux (lex),
outils de recherche (find, les programmes de la famille grep : fgrep et egrep),
diteurs de texte (sed, ed, vi, ex, emacs, et Alpha) et langages de scripts,
48
tels Tcl, Python, Perl, awk et enfin JavaScript, devenu une rfrence pour
la cration de pages web interactives.
Aprs on expose quelque exemples les plus important utilisent
les expressions rgulires :
Lex est un gnrateur d'analyseurs lexicaux qui exploite un code source

contenant des instructions en langage C complt par un ensemble de
rgles de reconnaissance lexicale pour produire un programme C.
Grep Get (ou Global) Regular Expression Pattern. Recherche de

squence expression rgulire. Utilitaire de UNIX permettant de
rechercher des chanes de caractres dans des fichiers, selon des
critres puissants. Il existe des variantes : fgrep qui travaille sur des
chanes explicites (moins puissante, critres plus simples), egrep qui est
meilleure (plus rapide malgr des critres nettement plus compliqus).
Sed est diteur ligne non interactif, il lit les lignes d'un fichier une une
(ou provenant de l'entre standard) leur applique un certain nombre de
commandes d'dition et renvoie les lignes rsultantes sur la sortie
standard. Il ne modifie pas le fichier trait, il crit tout sur la sortie
standard.
Sed est une volution de l'diteur ed lui mme prcurseur de vi, la
syntaxe n'est franchement pas trs conviviale, mais il permet de raliser
des commandes complexes sur des gros fichiers.
L'exemple le plus simple d'une expression rgulire est une

chane de caractres quelconque toto par exemple. Cette simple
49
expression rgulire va identifier la prochaine ligne du fichier traiter
contenant une chane de caractre correspondant l'expression
rgulire.
Si l'on veut chercher une chane de caractre au sein de laquelle
se trouve un caractre spcial (/, *, $, ., [, ], {, }, !, entre autres) (appel
aussi mtacaractre), on peut faire en sorte que ce caractre ne soit pas
interprt comme un caractre spcial mais comme un simple caractre.
Pour cela vous devez le faire prcder par \ (backslash). Ainsi si votre
chane est /dev, pour que le / ne soit pas interprt comme un caractre
spcial, vous devez tapez \/dev pour l'expression rgulire.
Rgles pour trouver
1. Tout caractre, certaines exceptions prs (qui seront dcrits plus bas)
constitue un motif qui correspond lui-mme.
2. Un motif x suivi d'un motif y forme un motif xy qui correspond toute

chane bu o b correspond x et u y. Ainsi, nous pouvons prendre le
motif compos xy et lui adjoindre le motif z par concatnation pour former
le motif xyz.
3. Le caractre . est un motif qui correspond tout caractre.
4. Le caractre \ suivi de n'importe quel caractre sauf l'un des chiffres 1-9
est un motif qui correspond ce caractre. Ceci peut servir reconnatre
les caractres spciaux comme le caractre . (pour trouver un . on
chercherait \.). [Autre caractre spcial: # reprsente un chiffre et \#
reprsente un #. Certains caractres, sans tre spciaux en eux-mmes
le deviennent quand ils sont prcds du signe \: \r (retour) \n (retour
50
Unix) \t (tabulation) \f (saut de page)]
5. Une chane de caractres entoure de crochets rectangulaires (un [ et

un ]) forme un motif [s] qui correspond une occurence singulire de l'un
des caractres de la chane s. Note: la casse est toujours prise en
compte pour les caractres entre crochets rectangulaires. Les lettres
doivent correspondre exactement.
5a. Le motif [^B] correspond tout caractre qui n'est pas prsent dans
la chane B. Les caractres spciaux sont traits en littraux dans ce
cadre. Encore une fois, la casse compte.
5b. Si une chane de trois caractres de la forme [a-b] se produit dans le

motif p alors le motif correspond tous les caractres de a b
inclusivement. Les caractres spciaux sont traits en littraux, c'est
dire, [!-.] dnote tous les caractres de ! .. Les caractres isols et les
plages de caractres se rencontrent entre crochets. Notons que la seule
faon d'inclure le caractre ] dans p est de le placer au dbut. De mme
la seule faon d'inclure - est de le placer au dbut ou la fin de p.
6a. Tout motif p form selon une combinaison quelconque des rgles 1
ou 3-5b suivi d'un * forme un motif p* qui correspond zro, une ou
plusieurs occurences conscutives des caractres correspondant p.
[ Note de RA : le motif (.*) signifiant "n'importe-quelle

chane" ne dpasse pas les \r qui sparent les lignes. ]
6b. Tout motif p form selon une combinaison quelconque des rgles 1
ou 3-5b suivi d'un + forme un motif p+ qui correspond une ou plusieurs
occurences conscutives des caractres correspondant p.
51
6c. Tout motif p form selon une combinaison quelconque des rgles 1
ou 3-5b suivi d'un ? forme un motif p? qui correspond zro ou une
occurences des caractres correspondant p.
[ Note de RA : le motif p* ou p? est toujours trouv

puisque 0 occurences reprsentent une slection vide. ]
Nous pouvons ainsi former des motifs composs de sous-motifs. Il sera

utile de reprer les sous-chanes correspondant aux sous-motifs pour
manipuler ces sous-chanes.
7. Un motif entour de ( et ) est un motif qui correspond ce quoi

correspond le sous-motif. C'est utile pour trouver deux ou plusieurs
occurences d'une mme chane et aussi pour effectuer des
remplacements.
Il est quelquefois utile de limiter le motif en fonction de sa place dans une

suite de lignes.
8. Un motif p prcd d'un ^ forme un motif ^p. Si le motif ^p n'est prcd

d'aucun autre motif, il correspond ce quoi correspond p du moment
que le premier caractre correspondant p se trouve au dbut d'une
ligne. Si le motif ^p est prcd d'un autre motif alors le ^ est pris
littralement.
9. Un motif p qui est suivi d'un $ forme un motif p$. Si le motif p$ n'est suivi
d'aucun autre motif alors il corresopnd ce quoi correspond p du
moment que le dernier caractre de la chane qui correspond p se
produit la fin d'un ligne. Si le motif p$ est suivi d'un autre motif alors le $
est pris littralement.
52
Notez que les caractres ^ et $ limitent aux frontires des lignes et
peuvent se combiner pour correspondre une ligne entire.
Rgles pour remplacer
Lorsqu'une chane de remplacement est prvue, les substitutions

suivantes se produisent avant tout remplacement de texte:
1. Chaque occurence du caractre & est remplace par la denire

chane correspondant au motif complet.
2. Chaque occurence de la forme \n o n est un chiffre 1-9 est remplace

par la dernire chane correspondant au sous-motif commenant avec la
nime occurence de (.
3. Chaque occurence de la forme \p o p est une chane autre qu'un

chiffre 1-9 est remplace par p. [Evidemment, les caractres "non-
spciaux" s'insrent dans les chanes de remplacement sans qu'il soit
ncessaire de les faire prcder d'un \.]
( . . . )
[ Note de RA : l'expos dbouche enfin sur cet exemple
d'inversion des arguments : ]
Texte original: foo(1,*bar);

Texte voulu: foo(*bar, 1);
Motif trouver: foo$([^,]*),([^)]*)$

Motif de remplacement: foo(\2, \1)
Echec du procd prvoir pour le texte original: foo(1,(*bar)+2);

Nouveau motif corrig trouver: foo$([^,]*),([^;]*)$;
53
On analyse dans cet exemple le motif Grep en examinant ses sous-motifs.
C'est aussi une bonne faon de construire un motif. Le Grep reprsente un
petit langage de programmation plutt cryptique o chaque motif est un
programme et chaque sous-motif une fonction ou commande dans le
programme. Si vous commencez la cration d'un motif Grep en testant un
petit sous-motif et que vous ajoutez ensuite progressivement des sous-
motifs supplmentaires, tests eux-aussi, vous devriez dcouvrir que le
construction de motifs Grep complexes n'est pas si inaccessible que vous
avez d'abord pens.
Conclusion
Vous vous apercevrez peut-tre que des formulations trs
diffrentes produisent le mme rsultat. C'est normal. Tout langage de
programmation peut exprimer une ide de multiples faons - et pas
seulement par l'emploi de synonymes. C'est cela sans doute qui fait de la
programmation une activit joyeuse.
Programmer, c'est guider l'action autonome du logiciel et ce n'est
qu'abusivement qu'on l'assimile bien souvent la rdaction d'un code
procdural complexe. La programmation trs simple explique ici ouvre la
voie une activit qu'on n'imagine tout simplement pas sans la
programmation.
54
L'implmentation du service mail
Bas sur sendmail avec cyrus, intgrant les services
antivirus (clamav) et anti-spam (spamassassin) en
utilisant les logiciels libre
SERGE CIUBOTARU
VALERIU PLMDEAL
Introduction
Presque chaque entreprise utilise la messagerie lectronique
comme instrument de communication, parmi le tlphone, tlcopie,
etc. Cet article a pour but d'apporter un peu d'aide pour l'installation du
serveur mail bas sur Sendmail intgrant Cyrus pour l'utilisation du
protocole IMAP, en ajoutant un antivirus (Clamav) et avec un utilitaire
anti-spam (Spamassassin). Toutes les programmes dont je les utilise
sont free source sous.
Qu'est-ce qu'IMAP et pourquoi devrais-je l'utiliser ?

IMAP (Internet Message Access Protocol) est une manire
d'accder son courrier lectronique ou ses messages stocks sur le
serveur de courrier. IMAP est peru par beaucoup comme le
successeur de POP (Post Office Protocol). IMAP permets aux
utilisateurs d'accder leur courrier partir de n'importe quel
ordinateur sans avoir le rapatrier. Cette mthode d'accs au courrier
est plus sre et offre plusieurs avantages pour l'utilisateur final.
Configuration de Cyrus
Ds que le Cyrus est install il faut le configur. La premire tape
c'est la configuration du fichier de configuration du Cyrus
55
/etc/impad.conf, avec le contenu suivant :
configdirectory: /var/lib/imap
partition-default: /var/spool/imap
admins: cyrus root
sievedir: /var/lib/imap/sieve
sendmail: /usr/sbin/sendmail
allowanonymouslogin: no
hashimapspool: true
sasl_pwcheck_method: saslauthd
sasl_mech_list: LOGIN PLAIN
tls_cert_file: /usr/share/ssl/certs/cyrus-imapd.pem
tls_key_file: /usr/share/ssl/certs/cyrus-imapd.pem
tls_ca_file: /usr/share/ssl/certs/ca-bundle.crt
Puis il est dsirable de configurer le fichier de gnration des logues
/etc/syslog.conf:
local6.debug /var/log/imapd.log
auth.debug /var/log/auth.log
Edition du fichier /etc/services, vrification si les lignes existent et sont
ouvertes. Si une ligne manque, alors il faut l'ajuter.
pop3 110/tcp
imap 143/tcp
imsp 406/tcp
kpop 1109/tcp
sieve 2000/tcp
Il faut accomplir les instructions suivantes avec des droits d'utilisateur
cyrus pour setter les dossier et le fichiers necessaire la fonction du
56
IMAP.
# touch /var/log/imapd.log /var/log/auth.log
# su cyrus
Comme utilisateur cyrus, il faut indiqu le proprietaire el les droits
correspondantes:
% cd /var/lib/imap
% chattr +S . user quota user/ quota/
% chattr +S /var/spool/imap
% exit
Avec les droits de root, la dernire instruction:
# chattr +S /var/spool/mqueue
Configuring and starting SASL

Dans le fichier Sendmail.conf (/usr/lib/sasl2), il faut ajouter une seule
ligne:
pwcheck_method: saslauthd.
To start the saslauthd, it's recommended issuing this as root:
# saslauthd -a shadow
Cration des certificats

Edition du /etc/group, et l'ajout de l'utilisateur daemon pour le group
mail.
Pour le fonctionnement SSL (STARTTLS) il est ncessaire de gnrer
le certificat SSL suivant:
# cd /usr/share/ssl/certs
# make sendmail.pem
Pendant la gnration du certificat le prompt demande
57
demander plusieurs questions. Les rponses ne sont pas importantes,
mail quand il parle du nom du domaine de votre serveur, alors il est
ncessaire de le spcifi correctement (ex : mail.serveur.md).
Essai du sendmail avec cyrus et une authentification par SMTP

D'abord il faut faire les modifications correspondant du fichier
/etc/mail/sendmail.mc. Aprs qu'on fait les changements en utilisant
sendmail.mc on va gnrer un nouvel fichier sendmail.cf.
Et les changements elles-mmes :
Pour l'authentification il faut ajouter/modifier les lignes suivantes:
define(`confAUTH_OPTIONS', `A')dnl
define(`confAUTH_MECHANISMS', `LOGIN PLAIN')dnl
TRUST_AUTH_MECH(`LOGIN PLAIN')dnl
Pour la certification vrifier/ajouter les lignes suivantes :
define(`confCACERT_PATH',`/usr/share/ssl/certs')
define(`confCACERT',`/usr/share/ssl/certs/ca-bundle.crt')
define(`confSERVER_CERT',`/usr/share/ssl/certs/sendmail.pe
m')
define(`confSERVER_KEY',`/usr/share/ssl/certs/sendmail.pem
')
Ajout encore
define(`confCLIENT_CERT',`/usr/share/ssl/certs/sendmail.pe
m')
define(`confCLIENT_KEY',`/usr/share/ssl/certs/sendmail.pem')
Chang:
EXPOSED_USER(`root')dnl
58
Par:
EXPOSED_USER(`cyrus')dnl
Chang:
DAEMON_OPTIONS(`Port=smtp,Addr=127.0.0.1,
Name=MTA')dnl
Par:
DAEMON_OPTIONS(`Port=smtp, Name=MTA')dnl
(Cela permettra de se connecter sur localhost port 25 pour
tester AUTH_MECH)
Avant le travail avec le certificat OpenSSL, il faut configur le
configur comme la suite :
Supprimer le dnl avant la ligne
DAEMON_OPTIONS(`Port=smtps, Name=TLSMTA, M=s')dnl
Pour cyrus il NE FAUT PAS AJOUTER PLUS DES ESPACES dans les
lignes suivantes (il ne faut pat copier ce contenu directement dans la
console):
MAILER(local)
MAILER(cyrus)
define(`confLOCAL_MAILER',`cyrus')
LOCAL_RULE_0
R$=N $: $#local $: $1
R$=N < @ $=w . > $: $#local $: $1
Rbb + $+ < @ $=w . > $#cyrusbb $: $1
Il faut utiliser les tabulaires pour spar les informations (ex : R$=N a 3
tabulaire entre lui et $: $#local $: $1),
Aprs que les changements sont faits on gnre le fichier sendmail.cf:
59
# m4 sendmail.mc > sendmail.cf
Redmarrage de sendmail:
# /etc/init.d/sendmail restart
S'assurant que sendmail a dmarr sans problmes (si non,
alors if faut vrifi les erreurs syntaxiques dans sendmail.mc, ou
vrifi /var/log/maillog pour erreurs), on fait une vrification:
# telnet localhost 25
Trying 127.0.0.1...
Connected to localhost.localdomain (127.0.0.1).
Escape character is '^]'.
220 systest.cd ESMTP Sendmail 8.13.4/8.13.4; Mon, 1
November 2005 14:56:34
EHLO localhost
And take a look at the output:
250-systest.cd Hello localhost.localdomain [127.0.0.1],
pleased to meet you
250-ENHANCEDSTATUSCODES
250-PIPELINING
250-8BITMIME
250-SIZE
250-DSN
250-ETRN
250-AUTH LOGIN PLAIN
250-STARTTLS
250-DELIVERBY
250 HELP
60
Si la ligne AUTH line a les mots LOGIN et PLAIN suivi par
STARTTLS, on peut aller l'tape suivante sans craintes.
Gnralement, tout ce qui est suivi aprs le mot AUTH et le nom d'un
mcanisme d'authentification.
Installation de l'antivirus
Installation des dpendances

Pour le fonctionnement, ClamAV a besoin de l'application zlib. Si
elle n'est pas installe, alors on peut la tlcharger partir de
http://www.zlib.net
Pour l'intgration du ClamAV avec sendmail if faut que
sendmail soit compil avec libmilter. Pour vrifier on fait:
mail# sendmail -d0.1 | grep MILTER
Compiled with: DNSMAP LOG MAP_REGEX MATCHGECOS
MILTER MIME7TO8
^C
#
S'il est ncessaire installer libmilter alors on tlcharge
sendmail.8.13.4.tar.gz, et on installe seulement libmilter:
# tar -xzf sendmail.8.13.4.tar.gz
# cd sendmail-8.13.4/libmilter
# sh Build
# make
# make install
61
Installation de ClamAV
Avant d'installer ClamAV il faut crer l'utilisateur clamav et le group
clamav dont l'utilisateur appartient comme la suite et puis on fait la
compilation des sources:
# groupadd clamav
# useradd -g clamav -c "Antivirus Software User" clamav
Configuration du ClamAV
Le fichier de configuration de clamav est /usr/local/etc/clamd.conf
# vi /usr/local/etc/clamd.conf
Vrification que le fichier contient la configuration ncessaire:
#Example
LogFile /var/log/clamd.log
User clamav
LocalSocket /var/run/clamav/clamd.sock
LogSyslog
Configuration du freshclam pour la mis jour des bases clamAV :
# vi /usr/local/etc/freshclam.conf
UpdateLogFile /var/log/freshclam.log
DatabaseMirror clamav.iasi.roedu.net
Cration du fichier freshclam.log pour la collection des logues.
# touch /var/log/freshclam.log /var/log/clamd.log
# chown R clamav:clamav /var/log/freshclam.log
/var/log/clamd.log
Pour la mise jour rgulire des bases il est dsirable d'ajouter une
tache dans cron, qui fera la mise a jour 2 fois par jour a 3 et a 15
62
heures:
# crontab e
Add: * 3,15 * * * /usr/local/bin/freshclam --quiet
Testes pour ClamAV

Aprs que le programme est install on peur faire des testes pour la
vrification du fonctionnement. La distribution ClamAV vient avec un
dossier avec des fichiers a tester le travail de l'anti-virus. Il faut se dplac
dans le dossier test dans de la racine des sources de ClamAV et avec des
droits de root excuter la commande :
# clamscan /usr/local/clamav-0.85/test/
/usr/local/clamav-0.85/test/clam.exe: ClamAV-Test-File
FOUND
/usr/local/clamav-0.85/test/clam.exe.bz2: ClamAV-Test-File
FOUND
/usr/local/clamav-0.85/test/clam-error.rar: RAR module failure
/usr/local/clamav-0.85/test/clam-error.rar: OK
/usr/local/clamav-0.85/test/clam.zip: ClamAV-Test-File FOUND
/usr/local/clamav-0.85/test/clam.rar: ClamAV-Test-File FOUND
/usr/local/clamav-0.85/test/README: OK
/usr/local/clamav-0.85/test/clam.cab: ClamAV-Test-File
FOUND
----------- SCAN SUMMARY -----------
Known viruses: 34862
Engine version: 0.85
Scanned directories: 1
63
Scanned files: 7
Infected files: 5
Data scanned: 0.00 MB
Time: 0.759 sec (0 m 0 s)
Le rsultat est certain. Cration du dossier dans lequel sera crer les
sockets du programme en fonction :
# mkdir /var/run/clamav
# chown R clamav.clamav /var/run/clamav
Dmarrage de clamav:
# /usr/local/sbin/clamd
Test de vrification du fonctionnement de l'anti-virus par le daemon
clamav:
# ps ax |grep clam
13371 ? Ss 0:00 /usr/local/sbin/clamd
13382 pts/1 S+ 0:00 grep clam
Installation du SPAMASSASSIN Anti-Spam

Pour l'inclusion de spamassassin en sendmail il est ncessaire
installer l'application : spammass-milter, le tlcharg partir de
http://savannah.gnu.org/download/spamass-milt/ et puis l'installer.
Configuration de SpamAssassin
Dans le fichier /etc/mail/local.cf insr/modifi selon le modle :
# vi /etc/mail/local.cf
ADD:
rewrite_header Subject *****SPAM(_SCORE_)*****
report_safe 1
64
bayes_ignore_header X-Spam-Status
Pour configurer que sendmail fonction avec les filtres de spam et
d'antivirus il est ncessaire d'ajouter les lignes suivantes dans le fichier
/etc/mail/sendmail.mc:
# vi /etc/mail/sendmail.mc
ADD:
INPUT_MAIL_FILTER(`clamav-
milter',`S=local:/var/run/clamav/clamd.sock, F=,
T=S:4m;R:4m')dnl
INPUT_MAIL_FILTER(`spamassassin',
`S=local:/var/run/spamass.sock, F=,
T=C:15m;S:4m;R:4m;E:10m')dnl
define(`confINPUT_MAIL_FILTERS', `clamav-milter,
spamassassin')
Il y a une possibilit de mise a jour des bases de filtrage des
messages entrant sur le serveur. On a labor un script en bash qui fait
automatiquement la mise a jour. Ce scripte s'appelle RoulesDeJour et
peut tre tlcharg a partir de
Http://www.exit0.us/index.php?pagename=RulesDuJour.
La seule chose qu'on doit la faire c'est de configurer le fichier de
configuration (seulement copie du fichier dans le dossier avec la
configuration de la messagerie) et l'ajout d'une tache periodique dans le
cron (pas plus qu'une fois par jour):
# crontab e
Add: 04*** /usr/bin/rules_du_jour
Sendmail contient un mcanisme de rejection des connexions
65
SMTP en provenance de relais ouverts connus. Il fait la connexion a un
serveur DNS qui gre un domaine spcial contenant une base de
donne de relais ouverts. Si le serveur est inclus dans la base de donne
alors il rejette le message.
On fait l'activation de cette fonction en insrant dans le fichier
/etc/mail/sendmail.mc les lignes suivantes:
FEATURE(dnsbl)dnl
FEATURE(dnsbl,`blackholes.mail-abuse.org', `Rejected: your
mail was sent using an open relay - see http://www.mail-
abuse.org/rbl/.')dnl
FEATURE(dnsbl,`relays.mail-abuse.org', `Rejected: your mail
was sent using an open relay - see http://work-rss.mail-
abuse.org/rss/')dnl
FEATURE(`dnsbl', `relays.ordb.org', `554 Open spam relay -
see http://ordb.org/')dnl
FEATURE(`dnsbl', `list.dsbl.org', `554 Message from
$&{client_addr}rejected - see http://dsbl.org')dnl
FEATURE(dnsbl,`inputs.orbz.org', `Rejected: your mail was
sent using an open input relay - see http://orbz.org/')dnl
Pour dsactiver l'envoie des messages sans SMTP-AUTH il faut
changer (ou supprim la ligne):
DAEMON_OPTIONS(`Port=smtp, Name=MTA')dnl
Chang par:
dnl DAEMON_OPTIONS(`Port=smtp, Name=MTA')dnl
66
Finalisation de la configuration
Cration du fichier de configuration de sendmail:
# m4 /etc/mail/sendmail.mc > /etc/mail/sendmail.cf
Dmarrage des services
Pour dmarrer clamav-milter:
# clamav-milter -max-children 5 lo /var/run/clamav/clmilter.sock
Pour dmarrer spamass-milter:
# spamass-milter p /var/run/spamass.sock f
Test si toutes les services on bien dmarrs:
# ps ax| grep clam
18434 ? Ss 0:00 clamd
23201 ? Ssl 0:00 clamav-milter --max-children 5 -lo
/var/run/clamav/clmilter.sock
7706 pts/0 S+ 0:00 grep clam
# ps ax| grep spam
20802 ? Ss 0:00 /usr/bin/spamd -d -c -m5 -H
20805 ? S 0:00 spamd child
23878 ? Ssl 0:00 spamass-milter -p /var/run/spamass.
sock -f 12096 pts/0 S+ 0:00 grep spam
Si toutes les services on bien dmarr alors on peut redmarr
sendmail:
# service sendmail restart
67
Les rles des logiciels libres dans
La communaut WEB
SEVASTIAN ROBU
Ingnieur
Dfinition
Le Logiciel Libre("Free Software" en anglais) est le mouvement pour le
dveloppement et la diffusion des logiciels libres, c'est dire librement et
intgralement disponibles, avec leurs sources et le droit de les utiliser,
copier, modifier et redistribuer ; il s'oppose la proprit intellectuelle en
informatique, qui soutient le dveloppement de logiciels propritaire
("Proprietary Software" en anglais), qui ne sont disponibles que dans une
version immdiatement excutable dans un environnement restreint, sans
possibilit d'inspecter ou de modifier les sources, ni de redistribuer quoi que
ce soit.
Il est trs important de faire la diffrence entre les logiciels libres et les
logiciels publics, logiciels gratuits ("freeware" en anglais), le second est
disponible seulement pour les sources binaires, ils ne sont pas disponibles
en code source, donc l'usage est gratuit seulement en code binaire.
Voici quelques raisons de choisir le Logiciel Libre:
Le Logiciel Libre met fin au monopole du fournisseur sur la
modification d'un logiciel, y compris la correction de ses bogues et
l'intgration d'innovations technologiques. Tous les points positifs du Logiciel
Libre proviennent de ce qu' un monopole (et aux inconvnients et aux abus
associs) fait place un Libre March.
Le Logiciel Libre est l'assurance qu'il ne sera jamais soumis aux
caprices ou aux alas de la sant des fournisseurs : la disponibilit des
sources et la licence de les modifier, assure qu'il pourra toujours en sous-
68
traiter l'adaptation par des tiers.
Le Logiciel Libre est gage de qualit : du fait de la visibilit des
sources, tous les bogues et les trous de la scurit deviennent
apparents, et donc corrigibles ;
Le fournisseur ne peut plus tricher par paresse ou
malveillance. Rapporter l'existence de bogues devient facile et
rentable, au profit de tous les utilisateurs ; alors que le logiciel exclusif
rend cet acte coteux ou sans espoir de rsultat.
Le Logiciel Libre est la garantie de flexibilit : les sources
modifiables permettent d'adapter le logiciel trs exactement aux
besoins de l'utilisateur, plutt que de requrir que l'utilisateur s'adapte
aux dficiences du logiciel.
Le Logiciel Libre est gage de prennit des programmes et
des donnes : alors que les architectures matrielles voluent une
vitesse fulgurante, seule la disponibilit des sources permet d'adapter
les logiciels cette volution, et d'viter que les logiciels achets prix
d'or s'avrent compltement inutilisables quelques annes plus tard.
Pour l'utilisateur de logiciel, le Logiciel Libre assure une
documentation et une assistance technique de qualit prix
raisonnable. Par comparaison, les fournisseurs de logiciels exclusifs,
quand ils ont une petite audience, ne peuvent supporter la charge
d'une assistance technique adapte tous les utilisateurs ; et quand ils
ont un succs de masse, sont submergs par les sollicitations de
dbutants ou d'incomptents, et n'ont plus d'incitation de satisfaire les
problmes vritables, qui n'intressent plus qu'une minuscule fraction
de leur clientle.
69
Pour l'utilisateur de logiciel, le Logiciel Libre est gage de
prennit du support technique: plutt que d'tre soumis aux choix
stratgiques aussi bien qu'aux alas de sant de l'diteur ayant
monopole sur le logiciel, l'utilisateur est assur par la libre disponibilit
des sources qu'il pourra indfiniment trouver quelqu'un pour fournir du
service. Dans le rgime de logiciel exclusif, l'utilisateur est oblig de
suivre l'volution de la politique commerciale de l'diteur ;
Pour tous, le Logiciel Libre ouvre la possibilit d'un libre march
des services informatiques, au lieu d'autant de monopoles qu'il y a de
logiciels. Les utilisateurs peuvent donc se trouver des fournisseurs de
services au juste prix, tandis que les programmeurs trouveront toujours
qui offrir leurs services".
Pour le programmeur, le Libre Logiciel, est gage qu'il pourra
directement exprimer ses comptences sur la base logicielle librement
existante, plutt que d'tre rduit payer extrmement cher ( coups de
millions, ou en abandonnant sa libert aux ayants-droit) le droit de
s'exprimer sur des logiciels exclusifs, ou d'avoir rcrire des systmes
quivalents en entier depuis zro. Et pour le programmeur, le Logiciel
Libre est gage de ce que son autorit sera reconnue, alors que les
diteurs de logiciels exclusifs lui volent son uvre et son nom, encore
pour le programmeur, le Logiciel Libre offre un bonne travaille en
collaboration avec des administrateurs et son coute.
Pour l'administrateur, le Logiciel Libre est la garantie qu'il pourra
travailler en collaboration avec des programmeurs, plutt que d'tre
attach aux programmeurs par la barrire d'entre du cot de leur
formation aux logiciels exclusifs et douteux, et la barrire de sortie de la
70
peur qu'il ne divulgue les "secrets" lis cette appropriation.
L'un dans l'autre, aussi bien les consommateurs que les
producteurs effectifs de services logiciels sont gagnants avec le Libre
Logiciel. Ceux qui ne sont pas gagnant sont les intermdiaires
monopolistes.
L'importance de logicielle libre dans WEB

Pourquoi tlcharger et utiliser les logiciels libres, sont ils de
qualit ?
La fiabilit est le premier critre de choix pour les utilisateurs. Le
logiciel libre est issu du travail de centaines de dveloppeurs, il passe les
tests des communauts d'utilisateurs, peu de logiciels propritaires
peuvent justifier d'un tel niveau de test.
La scurit est devenue un enjeu majeur de l'informatique, un
systme d'exploitation libre comme Linux est souvent considr plus sr
qu'un OS commercial, la scurit procure par les logiciels libres est une
consquence de leurs fiabilits.
Si nous parlons de Web nous parlons du servisse WWW (World
Wide Web), pratiquement nous connaissons comment utiliser ce
service, mais peu connaissent le principe de funestement de cet
service.
Une importance majore dans monde Web ont les serveurs, cet
dire les instruments qui nous donnent la possibilit d'accs ce service,
le plus connus web serveurs sont Apache et Internet Information Server,
le premier est disponible gratuit, le second est disponible avec system
d'exploitation Windows. Ce que nous voulons dire c'est que les produits
71
ont leurs points forts et points faibles.
Un des points forts pour l'Apache est sa fiabilit, Apache est
disponible presque pour toutes les plateformes, en contredis IIS est
disponible seulement sur la plateforme Windows. Au compartiment
scurit le couple Apache +Unix, Linux, FreeBsd or autre system
d'exploitation, sans Windows, est plus scuris et bien assur Apache
sur Windows plateforme n'est pas ou niveau du IIS, IIS est cre
seulement pour cette plateforme et sa scurit est intgre avec cette
plateforme. IIS gagne au compartiment configuration, disponible pour
des nombreux systmes d'exploitation et gratuit, le serveur Apache
ncessite un niveau d'expertise technique trs lev pour son
dploiement et sa configuration, IIS d'autre part a une interface
graphique et il est trs facile de le configurer. Au compartiment stabilit
Microsoft avec IIS 6.0 gagne grce sa nouvelle architecture, ce sont
les rsultats de beaucoup de testes du web programmeur.
Comme nous allons voir une autre application a des points forts
et points faibles, mais le rapport prix qualit est favorable a logicielle
libre.
Des applications importantes dans le monde Web sont les
applications qui permettent de visualiser l'information, c'est dire les
browser , et nous avons fait une petite comparaison entre le produit du
Microsoft Internet Explore et Firefox.
Comme les serveurs le point fort de logiciel libre est sa fiabilit,
Firefox travaille sous Toutes les versions Windows et Mac OS X,
plusieurs distributions Linux, mais Internet Explore seulement
Windows, une outre point forte est que contrairement IE, son code
72
open source fonctionne indpendamment du systme d'exploitation :
une faiblesse du navigateur ne fragilise donc pas ncessairement tout le
systme de l'ordinateur. Une autre source de fragilit a pour origine la
technologie ActiveX. Il s'agit de petits scripts qui sont tlchargs
automatiquement lorsque vous visitez certaines pages web. Dans la
plupart des cas, en ajoutant de la musique ou de l'animation une page,
ils ont un effet bnfique. Mais parfois, les pirates ont modifi leur code de
faon ce qu'ils vous portent prjudice. Microsoft a rcemment ajout
une invite IE pour accepter ou refuser les scripts ActiveX. Quant
Firefox, il n'utilise pas la technologie ActiveX, ce qui veut dire que certains
sites web peuvent afficher des pages qui n'ont pas l'aspect prvu par leur
concepteur (notez toutefois que lors des tests de Firefox, nous avons eu
le plus grand mal trouver de tels sites).
Finalement on peut faire la conclusion que: les logiciels libres sont
le fruit d'un travail de dveloppement coopratif ralis par les meilleurs
spcialistes de la discipline et valid par des centaines de dveloppeurs,
le degr de ractivit de ce modle de dveloppement est trs lev,
l'implmentation des technologies nouvelles ainsi que la mise
disposition de correctifs (patches) sont trs rapides, les logiciels libres
sont avant tout conus comme des outils destins offrir les services
correspondant aux besoins des utilisateurs, et sont dvelopps sous le
contrle d'une communaut ouverte attentive l'tat de l'art en matire
de gnie logiciel ; par opposition, les logiciels commerciaux sont
essentiellement vus par leurs auteurs comme des marchandises,
dveloppes dans le secret d'une quipe, ayant comme souci principal la
rentabilit, mais sans garantie de prennit.
73
Table des matires
Presentation du Centre Linux et Logiciel Libre pour le
Developpement de Moldova .................................................................... 3
Softs Libres chez Pentalog ...................................................................... 7
Les distributions Linux, les avantages et dsavantages ......................... 15
Ordinateurs Systemes d'exploitations LPI et roles ................................. 31
Les logiciels libres en communication .................................................... 36
BioInformatique ..................................................................................... 42
Les expressions rgulires dans Linux .................................................. 48
L'implmentation du service mail Bas sur sendmail avec cyrus,

intgrant les services antivirus (clamav) et anti-spam (spamassassin)
en utilisant les logiciels libre ................................................................... 55
Les rles des logiciels libres dans la communaut WEB ......................... 68
74

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