DNA adalah suatu molekul berbentuk benang halus rangkap terpilin (double helix) sebagai bagian

komponen pembentuk kromosom yang terdapat pada setiap sel hidup. Setiap penggal benang DNA
adalah sumber informasi genetik tertentu, yang menentukan sifat atau ciri suatu organisme
(makhluk hidup) yang disebut gena. Pada sel prokariotik, benang DNA selalu dapat dilihat di dalam
sel dengan menggunakan mikroskop elektron yang pembesarannya satu juta kali. Tetapi pada sel
eukariot, benang DNA hanya dapat dilihat pada masa sel dalam fase istirahat, karena semasa
pembelahan (Mitosis dan Meiosis) DNA dikemas dalam bentuk kromosom.

Secara kimiawi, DNA terdiri atas empat jenis bahan kimia (empat basa nitrogen), yaitu
golongan pirimidin (Sitosin dan Timin) berpasangan dengan golongan purin (Adenin dan
Guanin). Pasangan antarbasa-basanya adalah Adenin dengan Timin (A-T) dan Guanin
dengan Sitosin (G-S) yang dihubungkan oleh ikatan hidrogen, dan masing-masing basa
terikat pada molekul gula yang terkait gugus posfat (ribulosa-posfat) sebagai anak-anak
tangga dalam benang spiral DNA. Untuk setiap penggal dua benang spiral DNA dapat terjadi
susunan pasangan anak tangganya, contohnya:

1. Jika satu penggal benang spiral DNA pada rantai sebelahnya mengandung basa G dan
T saja, maka basa pada rantai sebelahnya adalah S dan A, sehingga satu penggalnya
susunan GSTA, GSTA..., dan seterusnya.
2. Jika rantai sebelahnya ada basa TAS, maka sebelahnya adalah ATG, sehingga satu
penggalnya memiliki susunan TAATSG, TAATSG...
3. Jika rantai sebelahnya ada basa GTAS, maka basa sebelahnya adalah SATG, maka
basa sebelahnya adalah SATG, sehingga satu penggalnya memiliki susunan basa
GSTAATATSG, GSTAATATSG... dan seterusnya.

Dengan demikian, hanya dengan empat macam basa tersebut sebagai "kode genetik" dapat
dibentuk kemungkinan yang tidak terbatas banyaknya untuk menampakkan sebagai suatu
jenis gena untuk sifat-sifat yang dimiliki oleh setiap jenis organisme. Pengaturan kombinasi
maupun jumlah zat basa pada DNA menghasilkan "kode informasi genetik". Semakin
tinggi tingkatan organisme, semakin kompleks susunan kombinasi pasangan basa-basa
nitrogen tersebut.

Penggandaan DNA dimulai dengan membukanya benang rangkap spiral DNA dilakukan
oleh enzim yang menghancurkan ikatan antara pasangan basa-basa, kemudian setiap belahan
benang DNA dibentuk pasangan basa-basa baru sesuai dengan kode pertamanya, sehingga
terbentuk dua benang DNA yang bersifat spiral rangkap; kedua benang spiral rangkap yang
baru memilikim susunan pasangan basa-basa sesuai induknya. Satu benang rangkap spiral
DNA menghasilkan dua benang rangkap spiral DNA baru. Penggandaan DNA terjadi pada
tahap intervase tetapnya pada sintesis. Manfaat penggandaan DNA agar setiap sel anak
mewarisi DNA yang sama. Pada peristiwa Mitosis, sel anak mewarisi jumlah DNA yang
sama banyak dengan jumlah DNA induknya, tetapi pada Meiosis hanya mewarisi setengah
jumlah DNA induknya agar pada saat perkawinan sel gamet jantan dan betina tetap
menghasilkan jumlah DNA yang sama banyaknya dengan induknya.
Fungsi DNA

1. DNA berfungsi membawa informasi genetik atau biasa disebut dengan hereditas
2. DNA berfungsi mengontro aktivitas sel baik itu secara langsung maupun secara tidak
langsung
3. DNA berperan dalam proses sintetis protein
4. Yang terakhir adalah DNA berfungsi untuk membentuk RNA (Asam Ribonukleat).

Selain fungsi-fungsi diatas DNA yang bertindak sebagai pembawa informasi genetik juga
dapat berfungsi sebagai heterokatalitik yaitu berfungsi untuk mensintesis molekul lain . Serta
dapat juga berfungsi sebagai otolatalitik yaitu dapat memperbanyak dirinya sendiri atau
mreplikasi dirinya sendiri sehingga membentuk sebuah DNA baru.

Replikasi adalah proses duplikasi DNA secara akurat. genom manusia pada satu sel terdiri
sekitar 3 milyar dan pada saat replikasi harus diduplikasi secara akurat (persis tidak boleh ada
yang salah). Replikasi adalah transmisi vertical (dari sel induk ke sel anak supaya informasi
genetik yang diturunkan sama dengan sel induk). Replikasi hanya terjadi pada fase S (pada
mamalia), Replikasi terjadi sebelum sel membelah dan selesai sebelum fase M.

Salah satu sumber kesalahan DNA adalah pada kesalahan replikasi yang dipengaruhi oleh
berbagai factor, diantaranya karena kondisi lingkungan dan kesalahan replikasi sendiri
sehingga menyebabkan terjadinya mutasi. Supaya replikasi sel dari generasi ke generasi tidak
terjadi kesalahan maka perlu ada repair DNA. Selain karena kesalahan replikasi, DNA juga
sangat rentan terhadap bahan kimia, radiasi maupun panas (hal yang dapat menyebabkan
mutasi pada DNA pada saat replikasi).

Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif karena semua DNA double helix. Hasil
replikasi DNA double strand. Kedua DNA parental strand bisa menjadi template yang
berfungsi sebagai cetakan untuk proses replikasi: Semikonservaative process. Primer strand :
Pada 3 dia akan melepaskan 2P dipakai sebagai energy untuk menempelkan, tetapi pada 5 P
tidak bisa dilepas karena ketiga P dibutuhkan sehigga tidak ada energy sehingga tidak pernah
terjadi sintesis dari 3-5, tetapi dari 5-3, jadi yang menambah selalu ujung 3.

Perbedaan Replikasi DNA dan Trankripsi DNA

Enzim yang berperan dalam proses transkripsi dan replikasi berbeda Pada proses transkripsi,
enzim yang berperan RNA polymerase. transkripsi DNA : terjadi pada saat akan terjadi
sintesis protein (ekspresi gen); yang dipakai cetakan hanya salah satu untai DNA(3-5)
replikasi DNA : sebelum fase mitosis (fase S) dalam siklus sel; kedua untai induk dipakai
sebagai cetakan untuk di replikasi.

DNA polymerase
Pada proses replikasi DNA terdapat enzim sentral, yaitu DNA polymerase. Pada proses
replikasi, DNA polymerase hanya bisa menempel pada gugus OH (hidroksil) dimana gugus
OH hanya ada pada ujung 3 sedangkan ujung 5 adalah ujung fosfat. (ciri utama DNA
polymerase). Ciri kedua: DNA polymerase tidak bisa mensintesis/ menempelkan DNA ke
pasangan-nya kalau tidak ada primer (lokomotif). Sifat dari DNA polymerase dia hanya bisa
mensintesis DNA dari arah 5-3 sehingga pertumbuhan dari 5-3 karena penambahan pada
ujung 3, dimana pada ujung 3 ada ujung hidroksil.
Ciri lain DNA polymerase: membutuhkan primer, tidak bisa mensintesis DNA tanpa adanya
primer, primer yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5 basa dan dilanjutkan DNA). DNA yang
dibutuhkan adalah DNA primase untuk meletakkan RNA pada tempatnya. DNA primase
untuk mensintesis RNA sebagai lokomotif (4-5 basa). Bila lokomotif sudah jadi maka akan
di-take over oleh DNA polymerase, dan yang ditambahkan adalah DNA.

Pada Proses replikasi di butuhkan titik awal (replication origin) biasa di singkat ORI. Contoh
pada plasmid (prokariot), terdapat proses replikasi yang dimulai pada replication origin dan
mengembang sampai dihasilkan 2 plasmid yang sama persis. Tetapi pada eukariot (mamalia)
lebih kompleks tetapi tetap membutuhkan replication origin.

Pada mamalia ada beberapa replication origin (replication bubble) yang akan bergabung satu
sama lain. DNA harus terbuka dahulu baru bisa digandakan. Origin replication disebut
sebagai unique sequence yang merupakan pertanda sebagai tempat proses/titik mulai
terjadinya replikasi, dimana ada protein tertentu yang akan mengenali sequence. Pada bakteri
(prokariot) hanya butuh satu titik ORI (origin of replication) sedangkan pada mamalia
(eukariot) butuh beberapa ORI karena kalau hanya 1 ORI akan butuh waktu 3 minggu untuk
mereplikasi 3 milyard DNA. Sehingga pada mamalia ada 30.000 titik ORI yang bekerja
secara bersamaan sehingga fase S untuk replikasi hanya butuh beberapa jam saja.

Untuk replikasi perlu sequence tertentu yaitu yang disingkat (ACS) merupakan urutan basa
yang sangat terjaga karena urutan basa tersebut dikenali oleh protein Origin Recognition
Complex (ORC) sehingga bila ORC mengenali sequence maka replikasi dapat dimulai. ORI
lebih global sedangkan ACS sudah pada sequence (pada urutan basa tertentu). Replikasi
terjadi pada fase S sedangkan transkripsi bisa terjadi pada fase S atau G1 dimana terjadi
sintesis protein maka bisa terjadi transkripsi.

Saat awal akan di mulainya repliaksi, pada G1 akhir ORC mengenali sequence ACS,
kemudian ada molekul lain, juga helikase yang membentuk pre-replicative complex (pre-
RC). selanjutnya pada fase S degradasi fosporilasi ORC, degradasi fosforilasi Cdc6 maka
terbentuk bubble replication. Helikase membuka pilinan, topoisomerase yang memotong
pada titik tertentu.
secara singkat dalam siklus sel : Pada fase G2/M sudah ada 2 copy. Pada fase G1 persiapan, S
proses replikasi, G2/M sudah selesai

Proses replikasi DNA

Pertama adanya replication origin, kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya RNA
primer synthesis. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan membuka
dengan bantuan helikase. Helikase akan menempel untuk membuka pilinan (helix). DNA
double helix (bentuk terpilin). Untuk mereplikasi bila bentuknya terpilin tidak akan pernah
bisa sehingga perlu dibuka pilinannya. Bila membuka pilinan pada salah satu ujung maka
ujung yang lain akan semakin kuat pilinannya sehingga perlu daerah tertentu yang dipotong
untuk membuka pilinan tesebut yang dilakukan oleh helikase. Perlu DNA primase untuk
membuat RNA primer sintesis, karena DNA polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada
primer.

Kemudian terjadi proses replikasi. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leading-strand
dan lagging strand. Dari ORI didapatkan 2 replication fork.

Ada ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication bubble.

Proses replikasi yang di perlukan utama:

1. ORI
2. Helikase
3. Replication bubble

Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. Merah RNA, Biru DNA. Bubble
semakin besar, replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork.

Replication fork pada plasmid

Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat antiparalel: 5-3 dan 3-5.
DNA polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5-3. Satu strain bisa secara
kontinyu disintesis yaitu yang 5-3 (leading strain). Sementara yang 3-5 tidak bisa dibentuk,
tetapi tetap harus dibentuk dengan 5-3, sehingga perlu satu strain yang terbentuk dari small
discontinue peaces yang disebut sebagai lagging strain. Small peaces disebut okazaki
fragmen.

Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5-3 maka tinggal menambah saja. Sedangkan
pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3-5 maka hanya diam, tetapi pada titik tertentu
akan ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5-3 (okazaki fragmen:
fragmen2 potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging strain)-> Pada lagging
strand arahnya dari 3-5

Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada lagging
strand template. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer sehingga di
OF ada RNA-DNA hybrid. Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. Setelah itu untuk
menggantikan RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat exonuclease tetapi
juga bisa bersifat endonuclease, yaitu mereplace atau menempatkan dNTP. Pada saat RNA
dibuang maka akan digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru sampai hilang sama
sekali. Tetapi masih belum lengkap karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk
menempelkan. Akhirnya diperoleh 2 strain yang sama persis.

Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu:

- Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA
- Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding, untuk mencegah
DNA yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi).
- Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu.

DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang bertugas
untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi juga bisa
membentuk hairpins.
Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan sehingga
terbentuk hairpins. Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single strand binding
protein supaya tetap lurus dan tidak berbelok-belok.

Topoisomerase, cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah untuk
memutar karena sudah dipotong. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA yang
terpotong.

Protein aksesori :
Brace protein, : Replication factor C (RFC), supaya DNA polimerasenya menempelnya stabil
(tidak mudah terlepas dari DNA template).
Sliding-clamps protein, supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2.

Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan, tetapi proses pada
lagging bertahap. Ada DNA polimerase dan sliding clamps. Sintesis terjadi pada leading
strand terlebih dahulu. Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-
nya datang lagi. Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan
dengan DNA yang baru.

Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi, brace, clamp, DNA helicase, single-strand
binding protein, primase, topoisomerase.

Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung DNA). Bila tidak ada telomere
maka kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak 46 tetapi dalam bentuk
gandeng2 (tidak diketahui).

Chromosome end:
Pada lagging strand, di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan, RNA juga akan
dihilangkan, sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. Hal ini terjadi karena
menggunakan primer RNA untuk proses replikasi, dan RNA primer setelah replikasi harus
dibuang dan tidak bisa digantikan. Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase yang
dibuat berkali-kali. (slide 76: TTGGGGTTGGGTTGGGG). Telomer dibuat oleh enzim
telomerase. Telomer: ujung yang merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek
tidak akan menjadi masalah karena tidak mengkode apapun. Telomer diadakan untuk
mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan memendek. EXTENDS 3 PRIMARY
GENE --> TELOMERE, dan enzim yang membuatnya : telomerase. Semua sel selain stem
sel tidak punya telomere. Pada saat sel replikasi maka akan selalu memendek. Sampai pada
suatu titik tertentu yang merupakan signal bagi sel untuk berhenti membelah. Karena
kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh panjangnya telomerase. Pada saat telomere
memendek sampai batas tertentu maka akan memberikan sinyal bagi sel untuk berhenti
membelah. Sedangkan pada stem sel yang memiliki telomerase, maka kemampuan
membelahnya tidak terbatas karena pada saat telomere habis maka telomerase akan
membentuk telomere baru. Hal ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel kanker
memiliki telomerase sehingga sel kanker dapat terus membelah. Manusia memiliki
kemampuan replikasi sel yang terbatas karena keterbatasan telomere, shg bila telomere habis
sel akan berhenti membelah.
Langkah-langkah dalam Replikasi DNA

Proses replikasi DNA merupakan suatu masalah yang kompleks, dan melibatkan rangkaian
protein dan enzim yang secara kolektif merakit nukleotida dalam urutan yang telah
ditentukan. Dalam menanggapi isyarat molekul yang diterima selama pembelahan sel,
molekul-molekul ini melakukan replikasi DNA, dan mensintesis dua untai baru
menggunakan helai yang ada sebagai template atau cetakan. Masing-masing menghasilkan
dua, molekul DNA yang identik terdiri dari satu untai baru dan salah satu DNA lama. Oleh
karena itu proses replikasi DNA disebut sebagai semi-konservatif.

Rangkaian peristiwa yang terjadi selama replikasi DNA prokariotik telah dijelaskan di bawah
ini.

Inisiasi

Pelepasan untai DNA

Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi, yang memiliki
urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator DnaA. Mereka mengikat
molekul DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk perakitan protein lain dan enzim
penting untuk replikasi DNA. Sebuah enzim yang disebut helikase direkrut ke lokasi untuk
unwinding (proses penguraian/seperti membuka resleting) heliks dalam alur tunggal.

Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang tergantung
energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu replikasi (Garpu
replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi).
Setelah heliks yang terbuka, protein yang disebut untai tunggal mengikat protein (SSB)
mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk menempel kembali. Proses replikasi
sehingga dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan sepanjang
molekul DNA.

Sintesis Primer
 Sintesis DNA Primer

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai template yang
dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain replikasi mereka juga
memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan rekombinasi.

Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara independen, dan
membutuhkan 3 gugus hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida komplementer. Ini
disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang merupakan jenis DNA dependent-
RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini
segmen pendek disebut primer, dan terdiri dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA
polimerase platform yang diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah
primer terbentuk pada kedua untai, DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini
menjadi untai DNA baru.

Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti spiral yang
mengganggu) di wilayah garpu berikutnya. Ini superkoil DNA dibuka oleh enzim khusus
yang disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA depan garpu replikasi. Ini
menciptakan memotong pada untai DNA dalam rangka untuk meringankan supercoil
tersebut.

Sintesis leading strand

Replikasi DNA untaian pengawal (leading strand)

DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3 dari untai yang
ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5 3 saja. Tapi untai DNA berjalan
di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis DNA pada satu untai dapat terjadi terus
menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian pengawal (leading strand).
Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3 OH ujung RNA primer, dan
menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi berlangsung, nukleotida
baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga menghasilkan untai baru.

Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)

Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan serangkaian
fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 3. Fragmen ini disebut fragmen Okazaki,
yang kemudian bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus menerus nukleotida. Untai
ini dikenal sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak proses sintesis DNA pada untai ini
hasil pada tingkat yang lebih rendah.

sintesis lagging Strand

Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai terbuka. DNA pol
III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida baru, dan jatuh ketika bertemu
fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA,
lalu bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah
penjepit geser memegang DNA di tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi.

Penghapusan Primer

Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru terbentuk harus
digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA polimerase I (DNA pol I). Ini
khusus menghilangkan primer RNA melalui 5 3 aktivitas eksonuklease nya, dan
menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida baru dengan 5 3 aktivitas polimerase
DNA.

menghilangkan primer RNA

Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah antara fragmen
Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan menyumbat celah tersebut dengan
menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 fosfat dan 3 gugus hidroksil fragmen yang
berdekatan.

Ligasi

Terminasi (pemutusan)

Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan nukleotida yang unik.
Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus yang mengikat ke situs tersebut,
sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu
jatuh bersama dengan untai tunggal protein pengikat terdekat.

Pemutusan