Pencernaan protein dimulai di dalam lambung, disitu pepsin menguraikan beberapa
ikatan peptida. Seperti banyak enzim lainnya yang berperan pada pencernaan protein, pepsin disekresi dalam bentuk prekursor inaktif (proenzim) dan diaktifkan di dalam saluran cerna. Prekursor pepsin dinamakan pepsinogen dan diaktifkan oleh asam hidroklorida lambung. Mukosa lambung manusia mengandung sejumlah pepsinogen yang saling berhubungan, yang dapat dibagi menjadi 2 kelompok yang berbeda secara histoimunokimia, pepsinogen I dan pepsinogen II. Pepsinogen I hanya ditemukan didaerah yang mensekresi asam, sedangkan pepsinogen II juga ditemukan di daerah pilorus. Sekresi asam maksimal ada hubungannya dengan kadar pepsinogen I.6 Pepsin menghidrolisis ikatan-ikatan antara asam amino aromatik seperti fenilalanin atau tirosin dan asam amino kedua, sehingga hasil pencernaan peptik adalah berbagai polipeptida dengan ukuran yang sangat berbeda. Gelatinase yang mencairkan gelatin juga ditemukan di dalam lambung. Kimosin, enzim lambung penggumpal susu juga dikenal sebagai renin, ditemukan dalam lambung hewan muda tetapi mungkin tidak pada manusia.6 Karena pH optimum untuk pepsin adalah 1,6 - 3,2, kerjanya terhenti bila isi lambung bercampur dengan getah pankreas yang alkali di duodenum dan yeyunum. pH isi usus halus di bagian superior duodenum adalah 2,0 4,0 tetapi pada bagian lainnya adalah kira-kira 6,5. Di usus halus, polipeptida terbentuk melalui pencernaan di lambung dicerna lebih lanjut oleh enzim-enzim proteolitik kuat yang berasal dari pankreas dan mukosa usus halus. Tripsin, kimotripsin, dan elastase bekerja pada ikatan peptida interior pada molekul-molekul peptida dan disebut endopeptidase. Karboksipeptidase pankreas dan aminopeptidase brush border merupakan eksopeptidase yang menghidrolisis asam amino pada ujung karboksik dan amino polipeptida. Beberapa asam amino bebas dilepaskan di dalam lumen usus halus, tetapi yang lainnya dilepaskan pada permukaan sel oleh amino peptidase dan di peptidase dalam brush border sel-sel mukosa. Beberapa di-tripeptida ditranspor secara aktif ke dalam sel-sel usus halus dan dihidrolisis dalam peptidase intraseluler, dengan asam-asam amino yang memasuki aliran darah. Jadi, pencernaan akhir terhadap asam amino terjadi di 3 tempat : lumen usus halus, brush border, dan sitoplasma sel-sel mukosa.6