Facultad de Medicina
Escuela Luis Razetti
Ctedra de Bioqumica
TEMA 1.
LA CLULA Y SUS COMPONENTES MOLECULARES
MDULO I:
TOMOS, IONES Y MOLCULAS
Vanessa Miguel
Isis Landaeta
Octubre 2011
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INDICE
3) Definir nmero atmico y nmero de Nmero atmico (Z) y nmero de masa (A).
masa.
6) Definir nmero de Avogadro, mol, Nmero de Avogadro, mol, masa molar y peso
masa molar y peso molecular. molecular.
8) Definir las expresiones mili, micro, Miligramos (mg), microgramos (ug), nanogramos
nano y pico asociadas a gramos y a (ng) y picogramos (pg). Milimoles (mmol),
moles. micromoles (umol), nano (nmol) y pico (pmol).
9) Comparar el enlace covalente con Tipo de interacciones entre los tomos que
el inico. forman el enlace.
10) Comparar el enlace covalente polar Electronegatividad entre los tomos que forman
y el enlace covalente no polar. el enlace.
11) Describir los enlaces qumicos Fuerzas de Van der Waals: dipolo-dipolo, dipolo-
dbiles. dipolo inducido, fuerzas de dispersin. Puentes
de Hidrgeno.
12) Identificar las frmulas qumicas de Alcoholes, teres, aldehdos, cetonas, cidos
los grupos funcionales de las molculas carboxlicos, steres, aminas, amidas.
orgnicas.
13) Identificar los grupos funcionales Alcoholes, teres, aldehdos, cetonas, cidos
de carbohidratos, lpidos, cidos carboxlicos, steres, aminas, amidas..
nucleicos y protenas.
14) Identificar los enlaces qumicos Enlaces hemiacetal, ter, ster, fosfomonoster,
formados por los grupos funcionales de fosfodister, tioster, amido.
las molculas orgnicas.
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Actividad de Aprendizaje
Ncleo:
Nube electrnica Protones y neutrones
Para darnos una idea de la relacin de tamao de los componentes del tomo,
podemos imaginarnos que si los protones y neutrones los representamos de 1
centmetro de dimetro, entonces los electrones y los quarks seran ms pequeos
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que el dimetro de un cabello, y el dimetro del tomo entero sera ms grande
que el largo de 30 campos de ftbol y todas las partculas estaran en movimiento.
El ncleo ocupa una regin del espacio 10.000 veces menor que todo el tomo, sin
embargo, casi toda la masa de un tomo est concentrada en su ncleo. El 99,9%
del tomo es espacio vaco.
En condiciones de estabilidad el nmero de los electrones es igual al de los
protones, de manera que el tomo es elctricamente neutro. El nmero de protones
de un determinado tomo se denomina nmero atmico (Z) y es nico y
caracterstico de cada elemento y determina su posicin en la tabla peridica. El
nmero atmico del carbono es 6 y el del uranio es 92, por lo cual sabemos que
tienen 6 y 92 protones respectivamente.
Sodio
Masas Atmicas
Las masas atmicas se expresan en unidades de masa atmica (uma), unas
unidades relativas de masa basadas en un valor exactamente de 12 para el istopo
C-12 del carbono, el cual tiene 6 protones y 6 neutrones. Debido a que los tomos
tienen masas muy pequeas, se trabaja con muestras que contienen muchos
tomos, por lo cual se utiliza una unidad para describir un nmero grande conocido
de tomos. Esta unidad es el mol. As como existen unidades como el par o las
docenas, para referirnos a dos o a 12 cosas; el mol se refiere a 6,022 x 10 23
partculas. Este nmero se denomina nmero de Avogadro en honor al cientfico
italiano Amedeo Avogadro. Este es el nmero de tomos que hay exactamente en
12 gramos de istopo de carbono-12.
Masa Atmica
La masa atmica relativa de un tomo es el cociente entre la masa de un tomo y la
doceava parte de la masa de un tomo de carbono 12
Nmero de Avogadro
Cantidad de tomos que hay exactamente en 12 gramos del istopo de carbono-12
6,022 x 1023 (602.200 trillones)
Mol
Cantidad de una sustancia que contiene tantas entidades elementales (tomos,
molculas, iones u otras partculas) como tomos hay en exactamente 12 g de
istopo de carbono-12 (6,022 x 1023 tomos)
Molcula
Agregado de por lo menos dos tomos en un arreglo qumico que se mantiene unido
mediante fuerzas qumicas, tambin llamadas enlaces qumicos
As, si conocemos las masas molares de los tomos que componen una
molcula, podremos calcular su peso molecular. Por ejemplo, la masa molar del
hidrgeno es 1 g/mol y la del oxgeno es 16 g/mol. Como la frmula del agua es
H2O, 2(1) + 16 = 18, el PM del H2O = 18 g/mol
Actividad de Prctica
Realiza los siguientes ejercicios de prctica.
12. Cuntos moles de dixido de carbono (CO 2) hay en 88 g del mismo? Cuntos
tomos de carbono hay en esa cantidad de CO 2?
13. Cuntos moles de cloruro de sodio (NaCl) hay en 29,25 g del mismo?
Respuestas.
9. 28 g/mol.
10. 291 g; 291.000 mg; 2,91x1011 ng.
11. 171 g, 6,6223 x1024 tomos de hidrgeno.
12. 2 moles, 1,204 x 1024 tomos de C.
13. 0,5 moles
14. 1,5 moles
Investiga en lnea
http://concurso.cnice.mec.es/cnice2005/93_iniciacion_interactiva_materia/curso/mat
eriales/atomo/estructura.htm
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Actividad de Aprendizaje
Enlace inico
Algunos tomos tienen capas de electrones casi vacas y otros las tienen casi
llenas. Ambos tipos pueden estabilizarse perdiendo los electrones de su ltima capa
o ganando electrones para llenar su ltima capa. Por ejemplo, cuando se combinan
tomos de elementos metlicos (como el sodio) con tomos de elementos no
metlicos (como el cloro), la va que suelen seguir estos tomos para completar su
ltima capa, es que el tomo del metal pierda electrones y el del no metal los gane.
Esto es lo que ocurre cuando se combinan el sodio con el cloro y forman cloruro de
sodio (NaCl). El sodio tiene un nico electrn en su capa ms externa, y lo pierde
con facilidad. De este modo su capa ms externa pasa a ser una capa completa.
Por su parte, el cloro tiene siete electrones en su capa ms externa y facilidad para
ganar otro electrn. De esta forma completa su ltima capa de electrones. El
electrn de la capa ms externa del sodio es transferido a la capa ms externa del
cloro, quedando ambos con su capa ms externa completa. En este momento el
sodio tiene 11 protones en su ncleo y 10 electrones en su corteza, por lo que tiene
una carga de +1, y lo representamos como Na +. El cloro tiene ahora 17 protones en
su ncleo y 18 electrones en su corteza, por lo que tiene una carga de -1, y lo
representamos como Cl -. La diferencia entre las cargas de los iones provoca
entonces una fuerza de interaccin elctrica entre los tomos que los mantiene
unidos (ver Fig. 6). A este tipo de unin se le denomina enlace inico.
El enlace inico
La atraccin elctrica no se limita a un slo in, sino que cada uno de ellos se
rodea del nmero mximo posible de iones de carga opuesta, formando una red
cristalina inica tridimensional. Los compuestos inicos no forman molculas
independientes (ver Fig.7).
Enlace covalente
El oxgeno aporta para cada enlace un electrn (en azul y vaco) y el hidrgeno
otro (en rojo y relleno). Cada hidrgeno comparte electrones con el oxgeno.
En el caso del amonaco (NH3), el nitrgeno forma tres enlaces covalentes
con tres tomos de hidrgeno de forma de llevar su ltima capa de 5 electrones a
8 electrones, mientras que los tomos de hidrgeno completan, con el electrn
que comparten con el nitrgeno, su ltima capa (ver Fig. 9).
Un enlace covalente tambin puede formarse entre dos tomos, en el que uno
de ellos aporta los electrones que van a compartir. Este tipo de enlace se denomina
enlace covalente dativo o coordinado. Un tomo, como el nitrgeno en la
molcula de amonaco (ver Fig. 9), que posee un par de electrones no
comprometido en un enlace con otro tomo, puede donarlo a un tomo, in o
molcula capaz de aceptarlo. Un ejemplo de este tipo de enlace se puede observar
en la formacin del in amonio, en donde el nitrgeno cede su par de electrones no
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apareados a un in de hidrgeno (como el hidrgeno tiene un solo electrn, al
perderlo queda slo un protn) como se ilustra en la Fig. 10. Este enlace se
representa con una flecha para indicar el tomo donante de los electrones.
Enlace coordinado
Electronegatividad
Es la fuerza con que un tomo en una molcula atrae los electrones en un
enlace qumico. La electronegatividad no posee unidad, es un nmero arbitrario que
Pauling en 1932 eligi asignndole el valor 4 al elemento ms electronegativo, el
flor. En la Tabla peridica esta propiedad aumenta en los grupos de abajo hacia
arriba y en los perodos de izquierda a derecha.
Se entiende por polaridad al desplazamiento de la nube de electrones hacia
uno de los tomos del enlace (hacia el tomo del elemento ms electronegativo). La
molcula H2 es un buen ejemplo del enlace covalente no polar. Como los dos
tomos son iguales, tienen una atraccin (o afinidad) hacia los electrones igual, por
lo tanto los electrones que se enlazan son igualmente compartidos por los dos
tomos. Un enlace polar se forma cuando los electrones son desigualmente
compartidos entre dos tomos. Los enlaces polares covalentes ocurren porque un
tomo tiene una mayor afinidad hacia los electrones que el otro (sin embargo, no
tanta como para empujar completamente los electrones y formar un in). En un
enlace polar covalente, los electrones que se enlazan pasarn un mayor tiempo
alrededor del tomo que tiene la mayor afinidad hacia los electrones. Un buen
ejemplo del enlace polar covalente es el enlace hidrgeno - oxgeno en la molcula
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de agua. El oxgeno tiene mayor afinidad por los electrones, atrayendo a los
electrones compartidos en el enlace hacia su ncleo.
Actividad de Prctica
Respuestas
o lo que es lo mismo
b) Un enlace covalente entre los dos tomos de hidrgeno, completando ambos
tomos su capa con dos electrones.
c) El carbono forma cuatro enlaces covalentes, tres con 3 tomos de hidrgeno y
uno con el oxgeno. Con cada uno de estos tomos comparte electrones, con estos
cuatro electrones lleva su ltima capa que tiene 4 electrones a 8 electrones,
llenando as la misma. Los tres tomos de hidrgeno completan a dos electrones su
ltima capa. El oxgeno forma tambin un enlace covalente con otro hidrgeno,
completando as los electrones de su ltima capa de seis a ocho.
d) El magnesio forma dos enlaces inicos con dos iones cloruro. El magnesio tiene
dos electrones de su ltima capa, los cuales cede a dos tomos de cloro,
formndose un in magnesio (Mg ++) y dos iones cloruro (2Cl -) cuyas cargas
opuestas ejercen una unin elctrica entre los tres iones.
e) El nitrgeno forma tres enlaces covalentes y un enlace dativo. El in amonio
forma un enlace inico con el cloruro.
f) Dos enlaces covalentes y un enlace covalente coordinado. El oxgeno comparte
electrones con dos tomos de hidrgeno y dona su par de electrones desapareados
a un protn, formando un enlace covalente coordinado.
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Actividad de Aprendizaje
Puentes de Hidrgeno
Los puentes de hidrgeno son un caso especial de interaccin dipolo-dipolo
relativamente fuerte. Se forman entre molculas que contienen tomos de hidrgeno
unidos a tomos electronegativos como F, O y N. Estos tomos son muy
electronegativos con respecto al hidrgeno (tiene mayor afinidad por los electrones)
por lo cual la nube electrnica se encuentra desplazada hacia estos tomos,
quedando el hidrgeno con una carga parcial positiva y los tomos electronegativos
con una carga parcial negativa. Los tomos de hidrgeno interactan mediante
atraccin elctrica con los pares de electrones no apareados de otros tomos
electronegativos, usualmente el oxgeno o el nitrgeno (ver Fig.12)
Actividad de Prctica
1. Dada la siguiente lista de enlaces covalentes:
A. C-C
B. C=O
C. C-H
D. N-H
E. O-H
F. H-H
Y consultando la tabla de valores de electronegatividad y la escala de Pauling dada
a continuacin:
Electronegatividad
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Responda.
1.1. Identifique los enlaces covalentes polares, indicando hacia que tomo se
encuentra desplazada la nube electrnica.
1. 2. Identifique cuales tomos podran formar enlaces de hidrgeno con una
molcula de agua, identificando si seran donadores o aceptores del enlace de
hidrgeno.
2. Compare (establezca semejanzas y diferencias) los enlaces inicos, las
interacciones de Van der Waals y los puentes de hidrgeno.
Respuestas.
1.1 . B (hacia el oxgeno), D (hacia el nitrgeno) y E (hacia el oxgeno).
1.2 . B (oxgeno aceptor), D (H enlazado al N como donador) y E (H enlazado al O
como donador).
Actividad de Aprendizaje
Realiza la siguiente lectura: Los Compuestos Orgnicos
Compuestos Oxigenados
El nmero atmico del oxgeno es 8, lo que quiere decir que tiene 8 protones
en el ncleo. Siendo el oxgeno un compuesto neutro, tendr ocho electrones en la
corteza: 2 en la primera capa y 6 en la segunda. Por tanto, le faltan dos electrones
para completar su ltima capa. Puede conseguir estos dos electrones formando un
doble enlace, como en el caso de la molcula de oxgeno (O 2), o formando dos
enlaces simples, como en la molcula de agua (H 2O).
Esta capacidad de formacin de enlaces covalentes del oxgeno da lugar a
nuevas familias de compuestos carbonados, que se construyen sustituyendo
tomos de hidrgeno de las cadenas carbonadas por un tomo de oxgeno o un
grupo de tomos (grupos funcionales) que contienen oxgeno. Los principales
grupos funcionales oxigenados son el hidroxilo, el carbonilo y el carboxilo.
Alcoholes (R-OH)
Aldehdos
Se forman cuando slo uno de los dos enlaces del carbono del grupo carbonilo
est unido a una cadena hidrocarbonada y el otro est unido a un tomo de
hidrgeno. Se nombran sustituyendo la terminacin -o de los alcanos por la
terminacin -al. El ms simple de ellos es el aldehdo derivado del metano, el
metanal, conocido comnmente como formol, y que se usa para preservar muestras
biolgicas.
Cetonas
Las cetonas se forman cuando los dos enlaces libres que le quedan al carbono
del grupo carbonilo se unen a cadenas hidrocarbonadas. Se nombran como los
alcanos, cambiando la terminacin -o por la terminacin -ona. El ms sencillo es la
propanona, de nombre comn acetona, y que es un disolvente de uso muy comn.
cidos carboxlicos .
Cuando se une un grupo hidroxilo a un grupo carbonilo se forma un nuevo
grupo funcional, el grupo carboxilo, dando lugar a los cidos carboxlicos. Este
nuevo grupo suele representarse como -COOH. El nombre para este tipo de
compuestos contiene el prefijo cido y el sufijo -oico (se nombran cambiando la
terminacin o de los alcanos por la terminacin -oico). El grupo carbonilo siempre se
va a encontrar al final de la cadena, por lo que no es necesario colocar el nmero
para localizarlo.
Los cidos carboxlicos ocupan un lugar importante dentro de la qumica
orgnica, dado que sirven para la construccin de derivados relacionados, como
steres y amidas. Algunos ejemplos son el cido clico, uno de los principales
componentes de la bilis humana y los cidos alifticos de cadena larga como el
cido oleico y el cido linolico. Tambin se encuentran en la naturaleza muchos
cidos carboxlicos saturados simples. Por ejemplo, el cido actico, CH 3COOH, es
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el principal componente orgnico del vinagre; el cido butanoico,
CH3CH2CH2COOH, es el que da el olor a la mantequilla rancia, y el cido hexanoico
(cido caproico), CH3(CH2)4COOH, es la causa del inconfundible olor de las medias
deportivas despus de hacer ejercicios.
steres .
Los cidos carboxlicos reaccionan con los alcoholes formando steres
(R-COO-R') y agua.
esterificacin
R-COOH + HO-R' R-COO-R' + H2O
cido + alcohol ster + agua
Compuestos Nitrogenados
Esta capacidad del nitrgeno para combinarse, va a dar lugar a otras varias
familias de compuestos que resultan de la sustitucin de hidrgenos de los
hidrocarburos, por grupos de tomos que contienen nitrgeno. Estos grupos
funcionales dotan al compuesto modificado de propiedades especficas.
Los compuestos con grupos funcionales nitrogenados son las aminas, las
amidas y los nitrilos
Aminas R-NH2
El grupo funcional amina consiste en una molcula de amonaco (NH3) a la
que se le ha quitado un tomo de hidrgeno, -NH2, por lo que ese enlace sobrante
puede unirse con un radical de hidrocarburo. Esto da lugar a un grupo genrico de
compuestos denominados aminas que tienen gran importancia en los seres vivos.
La amina ms simple es la metilamina, CH3NH2. Tambin puede el amonaco perder
dos o los tres tomos de hidrgeno, de modo que el amonaco puede, en realidad,
unirse a uno, dos o tres radicales de hidrocarburo, dando lugar, respectivamente, a
las aminas primarias, secundarias y terciarias.
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Aminocido
Amina 1a Nicotina
Amidas R-CO-NH2
El grupo funcional amida est formado por un grupo carbonilo, uno de cuyos
enlaces sobrantes est unido a un grupo amina, es decir, -CO-NH2. El enlace que
an queda puede unirse a un radical hidrocarbonado. Esto da lugar a una familia de
compuestos denominados amidas, cuyo ejemplo ms simple es la etanoamida,
CH3CONH2.
Nitrilos R-CN
El grupo funcional nitrilo resulta de un triple enlace entre un tomo de C y otro
de N. El cuarto enlace que puede formar el carbono puede usarse para unirse con
un radical hidrocarbonado, lo que da lugar a la familia de compuestos llamados
nitrilos, cuyo representante ms sencillo es el etanonitrilo, CH3CN.
Actividad de Prctica
a) Amido 1) RCO-NH
b) Carbonilo 2) -R-CN.
c) Carboxilo 3) R-OH
d) ter 4) R-C=O
e) Alcohol 5) R-O-R
f) Nitrilo 6) RCOOH
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2. Identifica en las siguientes estructuras los grupos funcionales y tipos de
enlace:
Metionina
Glucosamina
Acetil-CoA
Actividad de Aprendizaje