Protein merupakan senyawa yang sangat kompleks yang terdiri dari asam amino

melalui ikatan peptida. Oleh karena itu protein terdiri dari beratus ribu atom. Proten memiliki
struktur geometris raksasa yang merupakan faktor utama penentu fungsi protein itu sendiri.
Protein memiliki batas molekul yang berada pada permukaannya yang disebut perumkaan
connolly atau permukaan molekular. Permukaan ini sangat berguna untuk mengetahui
interaksi antar komponen protein, rekayasa protein dan fungsi protein. Protein biasanya ada
dalam pelarut, misalnya hidrasi protein yang artinya beberapa atom di batas molekul protein
bersentuhan dengan molekul air karena terjadi polarisasi air yang disebabkan karena struktur
geometrisnya yang asimetris.