Escuela superior politcnica de Chimborazo

Facultad de ciencias
Escuela de bioqumica y farmacia

Proyecto Estudiantil

Docente
BQF. Norma Cecilia Toaquiza Aguagallo

Catedra
Qumica orgnica I

Integrantes
Kevin Crdova
Danilo Jaramillo
Sandi Paucar
Henry Lema

Tema
El uso de las tics para el aprendizaje y
desarrollo de qumica orgnica

Abril Agosto 2017

Julio del 2017

PROGRAMA A UTILIZAR: ACD/CHEMSKETCH

1. OBJETIVOS
OBJETIVO GENERAL

Conocer el uso de programas que nos ayuden a reforzar el aprendizaje, pudiendo ser usado
por estudiantes y docentes en la ctedra de qumica orgnica
.
OBJETIVOS ESPECFICOS

1. Explicar a los estudiantes y docentes la informacin necesaria ha cerca del

programa ACD/CHEMSKETCH para una mejor utilizacin.

2. Realizar charlas educativas que incentiven el uso de las Tics en las clases
impartidas con el objetivo de reforzar los temas tratados.

2. MARCO TEORICO
Las nuevas tecnologas forman parte, cada vez ms, de la didctica diaria de los
profesores de todas las etapas y especialidades. Bien es sabido por todos su componente
motivador y clarificador en los conceptos ms abstractos. Por otro lado, tal y como dicta
la Ley Orgnica 2/2006 de 3 de mayo (LOE) en uno de sus objetivos generales para la
ESO: La educacin secundaria contribuir a desarrollar en los alumnos y alumnas las
capacidades que les permitan adquirir una preparacin bsica en el campo de las
tecnologas, especialmente las de la informacin y comunicacin
CHEMSKETCH es un programa de qumica orgnica con licencia gratuita que nos
permitir: construir molculas, abrirlas a partir de plantillas, visualizarlas en 3D, generar
su nombre y propiedades automticamente, escribir texto, flechas, etc. Tambin
podremos elaborar compuestos inorgnicos (con algunas excepciones) y utilizar una tabla
peridica muy completa. El nico problema o virtud (segn se mire) es que est en ingls,
aunque en ningn momento debera ser un inconveniente debido a su sencillez. Los
profesores de biologa dispondrn de todo tipo de biomoleculas en las plantillas del
programa. (1)
ChemSketch 12 (ltima versin) es un programa desarrollado por Advanced Chemistry
Development, Inc. (ACD/Labs), compaa canadiense con sede en Toronto. Se trata de
un programa gratuito en algunas funciones. En otras, en cambio, nos exigir la licencia
no gratuita de la versin comercial y completa. El objetivo del artculo no es explicar
todas las funciones del programa (para eso ya tenemos los manuales), sino aquellas
especialmente interesantes para los alumnos (tanto de ESO como de bachillerato), con
aplicaciones didcticas concretas (seguramente habr otras posibilidades, ya que la
versatilidad del programa es enorme). Puede ser un programa til tanto para qumica
como para biologa. En qumica sus posibilidades son muy grandes (las iremos
comentando). En biologa nos puede servir para visualizar las unidades estructurales de
la biomolculas (aminocidos, nucletidos, terpenoides, monosacridos, alcaloides y
vitaminas). Adems, permite la construccin de cadenas de pptidos, cidos nucleicos y
carbohidratos.
CHEMSKETCH FUNCIONA EN DOS MODOS (STRUCTURE O DRAW), QUE
DEBEMOS SELECCIONAR PREVIAMENTE:
STRUCTURE: en este primer modo, seremos capaces de dibujar molculas orgnicas,
inorgnicas, abrir plantillas predeterminadas (no slo de molculas, tambin material de
laboratorio, figuras, orbitales, estructuras de Lewis, celdas cristalinas, etc.), visualizarlas
en 3D, obtener la nomenclatura y algunas propiedades y utilizar la tabla peridica. En la
versin gratuita, no nos dejar utilizar algunas funciones (al pulsar la funcin nos dir,
automticamente, que necesitamos la versin comercial). Entre las ms significativas
tenemos: un diccionario, soporte tcnico, la funcin search for structure (que nos
permitira buscar y abrir molculas en mltiples formatos) y, la ms importante, no nos
dar el nombre de aquellas molculas que superen los 50 tomos o 3 anillos en su
estructura.
DRAW: una vez tengamos la molcula o mol- culas deseadas, podemos pasar a este
modo para escribir texto, construir figuras, corchetes, flechas, tablas, insertar imgenes,
etc. Es decir, nos posibilita las funciones bsicas de un programa de dibujo que nos
permitir aplicaciones como: dibujar reacciones qumicas o mecanismos de reaccin y
redactar ejercicios o exmenes.
CONSTRUCCIN DE MOLCULAS
El programa es de qumica orgnica, por tanto nos facilita mucho la labor en esta materia.
Sin embargo, podremos tener algunas aplicaciones en inorgnica (aunque con
limitaciones). Para construir molculas orgnicas, hemos de seguir los siguientes pasos:
1. Antes de empezar, es conveniente
elegir las propiedades bsicas de dibujo
de la estructura (Structure properties en
tools (3)). Por ejemplo: si debe mostrar
todos los carbonos, ninguno o slo los
terminales, el tipo de letra, notacin de
enlaces, etc.
2. Seleccionar el elemento qumico C
(barra de la izquierda).
3. Elegir el modo de dibujar la cadena.
Tenemos tres posibilidades: Dibujar
normal (4): all donde pulsemos
aparecer un C con cuatro hidrgenos (metano). Si pulsamos sobre un metano ya
construido o arrastramos con el ratn pulsado entre dos metanos, se crear un etano y as
sucesivamente. Dibujar en continuo (5): muy parecido al anterior, pero, cuando
pulsemos aleatoriamente, nos enlazar directamente los dos carbonos con los hidrgenos
que faltan. Dibujar en cadenas (6): al pulsar y arrastrar ya va configurando la cadena en
zigzag y va sealando la cantidad de carbonos que tendr la cadena en funcin de la
longitud que le demos. Es mi favorito, ya que es mucho ms rpido.
4. Para aadir enlaces mltiples pulsaremos una o dos veces sobre el enlace en cuestin;
de forma que eliminar aquellos hidrgenos sobrantes.
5. Si queremos grupos funcionales, habr que seleccionar el elemento qumico en cuestin
(barra de la izquierda) y pulsar sobre el carbono con el que estar enlazado. Para pasar de
alcohol a aldehdo, pulsaremos sobre el enlace. Una vez construida la molcula, al
seleccionarla con el puntero en modo seleccin (7) (dos posibilidades: lazo o cuadrado
(8)), se nos abre un abanico de posibilidades:
Pasar a la frmula desarrollada con add explict hydrogens (en Tools (3)) y obtener la
estructura real pulsando 3D optimization (9). Ampliar la molcula para que ocupe toda
la plantilla (fit all (10)) y tambin podemos volver a la anterior (page width (11)).
Cambiar su tamao con el ratn o moverla de sitio (con el cuadro de la seleccin).
Girarla para visualizarla en 3D. Tenemos dos posibilidades. La primera es pulsando sobre
3D rotation (12) (gira en 3D) o select/rotate/resize (13) (gira sobre un eje) y arrastrando
sobre la molcula. El problema de esta forma es que no nos da posibilidades y gira sin
ver los tomos (slo la cadena). La segunda consiste en abrir otro programa aparte (3D
visor), que viene en el mismo directorio que ChemSketch, que nos ofrece un mayor
abanico de posibilidades. Cambiar el color de la molcula (barra inferior). En Tools
(3), podremos pulsar en Generate: name for structure (nos da el nombre del compuesto,
pero siempre que no sobrepasemos los 50 tomos o 3 anillos en la versin gratuita) o
stereo descriptors (si es un compuesto con ismeros nos indica los estereocentros). Hay
que tener en cuenta que la nomenclatura la da en ingls, aunque es muy parecida.
Siguiendo en Tools, tambin est la funcin calculate, que nos dar propiedades del
compuesto (frmula molecular, masa molecular, composicin en masa, densidad, etc.).
Por supuesto, guardar la molcula en mltiples formatos (en File (14) y save as). Si
queremos dibujar compuestos inorgnicos, procederemos de la misma forma que antes,
pero con los elementos qumicos implicados (empezando por el que queramos).
Recordemos que al poner un elemento qumico, automticamente rellena las valencias
con hidrgenos (en no metales) y cargas (en metales) y, a medida que vamos enlazando,
van despareciendo. La construccin de compuestos inorgnicos presenta algunas
limitaciones: No podemos construir cristales. El carbono no puede actuar con la
valencia 2. Con los elementos de transicin slo nos acepta la valencia ms baja.
Aunque, eso s, podemos quitar la carga que nos queda pulsando (con el ratn en modo
seleccin (7)) dos veces sobre el elemento y entrando en propiedades (se selecciona q y
se pone 0 en carga). Al ser un programa de orgnica, tiende primero a dar una
nomenclatura orgnica. As pues, por ejemplo, en el caso del CO2, lo nombra como
metanodiona.
VISOR 3D (15)
Una vez abierto (programa aparte de ChemSketch), tendremos dos ventanas abiertas, pero
estarn enlazados por tres comandos en la
parte inferior: los primeros y terceros
comandos (rotulados con ChemSketch y
3D Visor) nos permitirn pasar de un
programa al otro rpidamente. El segundo
comando (Copy to 3D) nos permitir, con
la molcula seleccionada en ChemSketch,
pasarla al otro (3D Visor). Si antes no
hemos pasado la molcula a la frmula
desarrollada con add explict hydrogens
(en Tools (3)) y optimizado (3D
optimization (9)), no nos pasar los
enlaces con los hidrgenos con la
estructura real. Una vez tengamos la
molcula en 3D visor (imagen 2), podremos darle:
Mltiples formas de visualizado: bolas, palos, bolas y palos, etc. (barra de herramientas
superior). Una especialmente interesante, que no se encuentra en la barra, es aquella en
la que aparecen rotulados los smbolos de los elementos qumicos (View (16) y label all).
Mltiples formas de movimiento. Hay de dos tipos. El primero es manual (17), es decir,
pulsamos sobre el botn y despus arrastramos sobre la molcula. El segundo es
automtico (18), es decir, al pulsar sobre el botn, la molcula gira automticamente.
ABRIR PLANTILLAS
Otra posibilidad es abrir plantillas ya construidas. Tenemos dos opciones: 1. La primera
son plantillas de radicales o molculas que encontraremos en la tabla de radicales (19) de
la barra de la derecha. Con seleccionar aquel que queramos y luego pulsar sobre la pgina
(o en el enlace de la molcula ya construida en el que deseemos unir), lo tendremos. 2.
La segunda, la encontraremos dentro de Template Window (20). Aqu tendremos
ventanas de plantillas de muy diversa ndole (no slo de molculas, tambin material de
laboratorio, figuras, orbitales, estructuras de Lewis, celdas cristalinas, etc.). En las
plantillas, quizs podamos echar en falta cristales reales de compuestos, cidos grasos,
lpidos y puede que algunos ms. De todas formas, el programa se encuentra en la versin
12, quin sabe si se harn versiones posteriores.
CONSTRUCCIN DE PPTIDOS, CIDOS NUCLEICOS Y
CARBOHIDRATOS
Para construir cadenas de pptidos,
cidos nucleicos y carbohidratos,
necesitamos aadir las funciones en
forma de botn. Lo haremos desde
Options (21) en Chembasic organizer
y marcando los tres ltimos. Una vez
tengamos los botones en la barra
superior, pulsaremos aquel que
queramos utilizar. As pues:
Pptidos (22): una vez dentro de la
funcin, tendremos varias opciones.
La primera hace referencia a como
queremos notar los aminocidos, si
con la primera letra (AV) o con las
tres de la abreviatura (Ala Val). La segunda que debemos marcar nos permite elegir los
cdigos de un texto ya escrito en la pgina (textbox on page) o escribirlos ahora (enter
code). Los aminocidos disponibles con sus abreviaturas estn en
ACDFREE12\EXAMPLES\CHEMBAS\GOODIES\ PEPBUILD\AASTRUCT.
cidos nucleicos (23): una vez dentro de la funcin, elegiremos el tipo (ADN o ARN), si
queremos una cadena simple o la doble (ADN). Finalmente, indicaremos las primeras
letras de las bases nitrogenadas implicadas. Si elegimos la estructura completa en ADN,
nos saldrn las dos cadenas enlazadas, es decir, con las bases nitrogenadas
complementarias (imagen 3). Eso s, la posibilidad de visualizar la doble hlice en 3D no
la tenemos, aunque s que tenemos el dibujo sin tomos como plantilla. Carbohidratos
(24): una vez dentro de la funcin, nos aparece una ventana en la que hemos de notar la
abreviatura de los monosacridos implicados, el anmero y los carbonos que participan
en el enlace. Adems, si existen radicales al azcar tambin hay que ponerlos (con una
barra detrs del monosacrido seguida del nmero de C enlazado ms la abreviatura del
radical). Sin duda, es ms complicado que los de antes, pero es necesario, ya que la unin
de stos tiene varias posibilidades.
TABLA PERIDICA (25)
Otra opcin muy interesante es la tabla peridica, que nos ofrece gran cantidad de
informacin. Al seleccionar el elemento qumico, nos facilita en el cuadro superior los
siguientes datos: smbolo, nombre, masa atmica, configuracin electrnica segn
modelo de Bohr y valencia. En el cuadro inferior, tenemos cuatro posibilidades a elegir:
1. Propiedades generales: caractersticas de las formas alotrpicas, descubridor, origen
del nombre, radio atmico, electronegatividad, potencial de ionizacin, electroafinidad y
puntos de fusin y ebullicin. 2. Datos del RMN. 3. Informacin isotpica: istopos, masa
isotpica y abundancia. 4. Coloracin de la tabla: elegimos el color de los elementos en
funcin de varias propiedades posibles. Por otro lado, tambin podemos seleccionar el
elemento qumico, aceptar y al pulsar sobre la pgina nos dar un in metlico (si es
metal), un hidruro o hidrcido (si es no metal, menos el hidrgeno, que dar H2) o el
elemento qumico tal cual (si es gas noble). Si queremos modificar alguna cosa, con el
ratn en modo select/move (7), pulsaremos dos veces sobre el elemento qu- mico, de
forma que iremos a propiedades. Una vez ah, podemos cambiar la carga del metal (en q),
quitar los hidrgenos al no metal (seleccionamos H y deseleccionamos la casilla de
mostrar o show) y todo aquello que se nos ocurra.
MODO DRAW (2)
En el modo Draw, nos cambian algunas opciones, de forma que ahora ya no estamos en
disposicin de crear estructuras (aunque s de abrirlas de las plantillas, usar el visor 3D o
usar el constructor de biomolculas), sino de insertar texto, figuras, flechas, imgenes,
etc. Es decir, una vez creadas en el modo structure, podemos darle el formato a la pgina
necesario para la aplicacin que queramos darle. Esto nos puede servir, por ejemplo, para
crear hojas de ejercicios, dibujar reacciones qumicas, poner exmenes y todo aquello que
se nos pueda ocurrir. Como ejemplo, describiremos el proceso para escribir el mecanismo
de una reaccin orgnica de adicin electr- fila de halgenos a alquenos:
1. En modo structure (1): construiremos las molculas implicadas (imagen 4). La nica
dificultad la podramos tener al intentar escribir el Br . Para ello, seleccionaremos el Br
y pulsaremos en la pgina (nos saldr HBr). El signo - lo dibujaremos seleccionando la
flecha con sentido hacia abajo (26) de la barra de la izquierda y buscando el signo (lo
encontraremos pulsando la parte blanca del signo +). Finalmente, pulsaremos sobre el
HBr y sustituir el H por el signo -.
2. En modo draw (2): dibujaremos los smbolos que faltan (imagen 5). Para dibujar las
flechas curvas, seleccionaremos de la barra de herramientas la funcin arc (27) y la
funcin arrow (28). Despus pulsaremos all donde queramos dibujar. Para las flechas
rectas, haremos igual, pero seleccionando line (29) en lugar de arc. Para el smbolo +,
pulsaremos en edit text (30)
MOLECULAS
La molcula es la partcula ms pequea que
presenta todas las propiedades fsicas y qumicas de una
sustancia, y se encuentra formada por dos o ms tomos.
Los tomos que forman las molculas pueden ser iguales
(como ocurre con la molcula de oxgeno, que cuenta con
dos tomos de oxgeno) o distintos (la molcula de agua,
por ejemplo, tiene dos tomos de hidrgeno y uno de
oxgeno).
Las molculas se encuentran en constante movimiento, y
esto se conoce como vibraciones moleculares (que pueden
ser de tensin o de flexin). Sus tomos se mantienen unidos gracias a que comparten o
intercambian electrones.
Cabe destacar que las molculas pueden ser neutras o presentar carga elctrica. En este
ltimo caso, se las denomina ion-molcula o ion poliatmico. La qumica
orgnica o qumica del carbono es una rama de la qumica que se encarga de analizar
aquellas molculas que contienen carbono y que forman enlaces covalentes carbono-
carbono o carbono-hidrgeno, que tambin reciben el nombre de compuestos orgnicos.
La qumica inorgnica, en cambio, se dedica al estudio de la formacin, composicin,
estructura y reacciones de los compuestos y elementos inorgnicos. Tambin existe
la qumica organometlica, que se centra en los compuestos qumicos que tienen un
enlace entre un tomo de carbono y un tomo metlico.
La bioqumica, por su parte, se encarga de estudiar a los seres vivos a nivel molecular.
De esta forma, analiza las molculas que forman las clulas y los tejidos y que permiten
reacciones qumicas como la fotosntesis y la digestin, entre otras.
Los fullerenos complejos
A principios del ao 2013, un grupo de cientficos
del Instituto de Astrofsica de Canarias encontr
evidencias sin precedentes de molculas cuya
complejidad superaba lo observado hasta ese
momento en el cosmos: los fullerenos complejos,
conocidos tambin con el peculiar nombre de
cebollas de carbono. Dicho descubrimiento
repercute considerablemente en los campos de la
qumica y la fsica del Universo.
Se trata de molculas de tres dimensiones que
presentan una gran estabilidad y resistencia. Con respecto a su constitucin, se
encuentran formadas solamente por tomos de carbono, principalmente por C60y C70;
en los fullerenos que poseen tomos del primer tipo, se observan formas hexagonales y
pentagonales, mientras que en el segundo se ven diseos ovalados, de una superficie ms
suave y menos angulosa.
Adems, las molculas halladas por estos investigadores son de un tamao considerable
y presentan diversas capas complejas, con ms tipos de carbono de los mencionados
anteriormente, como ser C240 y C540. Otro dato interesante que arroja la investigacin,
para la cual el proceso de observacin astronmica fue necesariamente combinado con
conocimientos tericos de fsica, es que los fullerenos C60 (los ms comunes) han sido
encontrados alrededor de dos nebulosas planetarias de la va lctea, lo que puede
significar que estas molculas con formas tan caractersticas sean ms normales y
abunden ms de lo que se crea.
3. METODOLOGIA
Qu es ChemBasic?
ChemBasic es un simple, conveniente y funcionalmente rico lenguaje de programacin
para la presentacin y manipulacin de estructuras moleculares, que relaciona objetos y
todos los contenidos actuales y de futuros programas de ACD/Labs. Se encuentra que
ChemBasic es completamente funcional con ACD/Labs. De la misma manera,
ChemBasic tiene todas las caractersticas que un lenguaje de programacin debe tener:
variables numricas y de cadena, arreglos, control de flujo y operadores condicionales,
procedimientos de entrada y salida, etc.
Por ser una aplicacin universal que extiende la capacidad de los programas existentes,
ChemBasic esta designado como un lenguaje orientado a objetos. Esto significa que todas
las situaciones qumicas relacionadas se describen como objetos-esto es, que la estructura
de datos especficos corresponde a molculas, conformaciones, etc. Existe un nmero
mtodos predefinidos para manipular estos objetos. La herencia de los objetos y de los
mtodos es la esencia de ChemBasic.
Por Qu Usar ChemBasic?
Igual que cada qumico que maneje un computador con una base normal este tiene un
conjunto de operaciones rutinarias para mostrar una molcula, una muestra, un espectro,
etc. Con el software ACD/Labs, el qumico puede reducir significativamente el nmero
de operaciones de rutina, gracias al contenido qumico claro y a la interfase intuitiva de
los programas ACD. El software ACD/Labs ha probado sucesos en muchas reas tal como
en la manipulacin de estructuras moleculares, bsqueda de estructuras, optimizacin de
representaciones grficas (depuracin en 2D), optimizacin en 3D, clculo de
propiedades moleculares, prediccin de espectros RMN, etc.
Sin embargo, con el ms actual conjunto de aplicaciones, pensar en un nmero de
situaciones donde pueda repetir algunos pasos continuamente. Ha pensado cmo hacer
esto con un simple men de opciones y hacer que esta serie de pasos ocurra
automticamente? Una situacin comn es cuando quiere examinar sistemticamente el
efecto de un cierto sustituyente sobre un compuesto 2D; cuando entra sucesivamente
estructuras para hacer constantemente clculos, adicionar sustituyentes, recalcular e
imprimir cada compuesto.
Qu hace ChemBasic?
ChemBasic est designado
(a) para automatizar rutinas sin ACD/Labs
(b) extender la funcionalidad de ACD/Labs. Le permite al usuario acondicionar el
software ACD para sus propsitos o para adecuarlos a las interfases externas de la suite
de ACD.
Un programa ChemBasic sencillo puede, por ejemplo, obtener una molcula desde la
ventana de ACD/ChemSketch, calcular algunas propiedades moleculares, remplazar
fragmentos y recalcularlos apropiadamente. O, un programa ChemBasic puede permitir
automticamente el anlisis conformacional y representar la estructura 3D ms probable
para una molcula que haya escogido. O de cualquier forma est limitado solo a su
imaginacin!
Obtener todos los diagramas desde una pgina ChemSketch y generar sus
nombres segn la IUPAC (en el modo series).
Crear una serie de cidos carboxlicos homlogos, ejecutar una optimizacin 3D,
representar las estructuras resultantes en la ventana de ChemSketch y marcar
todas las estructuras en donde el grupo hidroxilo este separado del carboxilo por
una distancia menor a 5 Angstroms.
Designar Asignaciones (Relaciones)
Consideremos un ejemplo de la vida real. Suponga que estamos interesados en qu cidos
carboxlicos de la familia HO-(CH2)n-COOH, tienen una corta distancia entre el carbono
carboxlico y el oxgeno del grupo hidrxido. Esta situacin es concebible si designamos
receptores para esos cidos y estamos interesados en enlazar simultneamente molculas
por los grupos finales carboxi e hidroxi. con ChemBasic, se permite hacer las siguientes
asignaciones:
Generar las molculas HO-(CH2)n-COOH con n tomos, decimos, 1 hasta 10;
Hacer las estructuras de forma optimizada; x Hallar las distancias (H)O ---
C(OOH) y si la distancia es menor a 5 Angstroms, marcar la estructura;
Mostrar todas las estructuras en un sola pgina ChemSketch.
Para acompaar la misin, observe los objetos moleculares en ChemBasic.
Referencia de Objetos Moleculares
Para describir el mundo molecular ChemBasic usa un rbol de sus propios objetos
moleculares. Ellos estn relacionados, pero no son idnticos, con los diagramas
moleculares ChemSketch (Objetos Diagrama). Nosotros permitimos "sombras" en 2D y
en 3D en ChemSketch, para algunas pinturas de molculas. Los tomos en los diagramas
de ChemSketch tienen etiquetas, coordenadas de la pantalla (en centmetros o pulgadas),
y mucho ms. Los tomos en molculas ChemBasic tienen carga nuclear y masas
atmicas, las coordenadas 3D (en Angstrom), etc. Naturalmente, estos objetos estn
relacionados y esto asegura la oportunidad de crear un modelo molecular en ChemSketch.
Pero para tratar con este modelo como con una molcula real nosotros debemos
convertirlo en una entidad de ChemBasic.
En el mundo ChemBasic, todo est compuesto de tomos (objeto Atom). Los tomos se
pueden coleccionar en grupos llamados objetos ensamblados (Assembly). El esquema de
conexin de los tomos de un ensamble dado se llama una Molcula. Una coleccin de
coordenadas atmicas (x,y,z, Angstroms) se llama Conformacin. Cualquier Molcula o
Conformacin se basa en Arreglos (Assembly).
ChemBasic automticamente rastrea y actualiza la coleccin de Molculas y
Conformaciones (auto colecciones), que contienen todas las molculas y conformaciones
ligadas al arreglo particular. Puede asociar algunos objetos de Molculas y
Conformaciones ligados al mismo Arreglo. Los objetos compuestos que resultan se
llaman Estructuras. Objetos Estructura estn tambin reunidos en objetos Estructuras,
ligados al Arreglo. Finalmente, todos los objetos de Arreglos en esta sesin estn auto
reunidos dentro del objeto Arreglos. De esta forma, puede acceder a cualquier Arreglo (y
a su rbol derivado) como Arreglos. Item (i).
Este paradigma, aunque alguna veces inusual en primera instancia, sigue las rutas que
hemos descrito verbalmente para el mundo molecular. Las bases generales se refieren a
tomos y sus grupos. El mismo grupo de tomos puede tener diferente conectividad. Esto
significa que tiene un adecuado camino para describir tomos de enlaces isomricos
diferentes en objetos Molcula unidos al mismo Arreglo. Adems, los tomos en el grupo
pueden tener diferentes coordenadas de tal forma que tiene una ruta adecuada para
describir confrmeros diferentes en los objetos Conformacin unidos al mismo Arreglo.
Note que ninguna conformacin se refiere al esquema enlazante ni al esquema de valencia
referido a las coordenadas atmicas. Para integrar esta clase de datos se debe introducir
ms de un objeto Estructura.
Como puede ver, todos los objetos forman una especie de rbol. (O mejor enarbolar sera
ms apropiado?)

Examinemos las ramas del rbol con ms detalle.

Atomo
Es el objeto fundamental en la jerarqua, este representa tomos aislados no conectados.
Los tomos pueden coleccionarse dentro del objeto Arreglo.
Enlace
Indica la conexin de dos tomos. Los enlaces pueden colectarse dentro del objeto
Molcula. El mismo enlace puede incluirse en muchas molculas. Para crear un enlace,
use la funcin ChemBasic Nuevo enlace (NewBond). Para destruir un enlace, use la
funcin Destruir (Kill). Para hacer o romper el enlace en una molcula particular, use el
mtodo de objeto Molcula.
Punto
Representa un punto en el espacio ocupado por un tomo. Los puntos se coleccionan
dentro de un objeto Conformacin. Los puntos no pueden ser removidos o adicionados a
la coleccin Conformacin. El usuario puede incluir puntos directamente o a travs de
una Conformacin.
Arreglo
Es un grupo de objetos tomos que sirven como para todas las entradas moleculares.
Cualquier tomo puede asociarse con muchos ensambles. Uno puede repartir
simultneamente el naftaleno con su benceno constitutivo como tres molculas diferentes
basadas en tres ensambles hechos de los mismos tomos (por ejemplo. Teniendo los
mismos repartos). Cualquier Arreglo puede tener mltiples uniones en objetos
Conformacin, Molcula y Estructura, todos los cuales son (auto) colleccionados dentro
de las colecciones Conformaciones, Molculas, y Estructuras. Si el Arreglo base es
modificado, este involucra todos los objetos chicos. Por ejemplo, removiendo un tomo
del Arreglo automticamente destruye todos los Puntos y Enlaces relacionados y actualiza
todos los objetos.
Molcula
Es un esquema de valencia construido al inicio del Arreglo atmico. Tpicamente, est
conectado pero puede desconectarse si se quiere. Aunque Molcula encapsula
significados qumicos de informacin sobre enlaces de tomos, no se incluye informacin
acerca de la estructura 3D. Para acceder posteriormente, debe referirse a un objeto
separado
Tcnicamente hablando, Molcula es, primariamente, una (auto) coleccin de objetos
Enlaces. Esta coleccin esta estrictamente asociada con su base Arreglo. Este cambia si
el arreglo asociado se modifica. Por ejemplo, removiendo un tomo de un Arreglo
automticamente borra todos los objetos enlace relacionados y actualiza la Molcula
(coleccin enlaces).
Conformacin
Representa la posicin del Arreglo tomos en el espacio. La razn para separar la
conformacin de su arreglo es que este puede tener muchas conformaciones. De hecho,
lo que queremos decir aqu por conformacin es que es slo un instantnea de posiciones
atmicas (qu no puede ser estable o qumicamente razonable). El arreglo puede tener
tantas conformaciones como usted desee. La Conformacin esta estrictamente asociada
con un Arreglo simple (objeto base). Cualquier Arreglo puede tener mltiples
asignaciones a objetos Conformacin, todos ellos estn colectados automticamente
dentro de unos objetos Conformaciones que estn siempre ligados al arreglo. Las
Conformaciones de objetos derivados (hijos) son objetos Estructura. Cualquier
Conformacin puede tener mltiples objetos Estructura asignados todos los cuales estn
auto colectados dentro de los objetos Estructuras los cuales siempre estn disponibles
para unirlos a un Arreglo. La Conformacin cambia si el Arreglo patrn se modifica. Si
se borra el ltimo, todas las conformaciones se destruyen inmediatamente. Los cambios
en las Conformaciones modifican todas sus Estructuras derivadas. Por ejemplo,
removiendo un tomo desde un Arreglo automticamente borra todos los objetos Punto
relacionados y actualiza todos los objetos Conformacin derivados (colecciones Punto).
Cambiando las coordenadas atmicas en la Conformacin tendr influencia en todas las
Estructuras derivadas. Tcnicamente hablando, la Conformacin es, primariamente, una
(auto) coleccin de objetos Punto.
Estructura
Es el hijo de una Conformacin y una Molcula basada en un Arreglo comn de tomos.
Para acceder a los objetos padre, use los mtodos de referencia de Estructura
4. MANEJO DEL PROGRAMA
Chem Sketch es un programa de computador gratuito y fcil de utilizar, que docentes
y estudiantes pueden descargar de Internet y emplear para construir ecuaciones qumicas,
estructuras moleculares en 2D y 3D, entre otros. El programa cuenta con funciones como
son la posibilidad de ver a color y rotar molculas en un modelo compacto. Adems, se
pueden seleccionar Ines, grupos funcionales, molculas completas y piezas de uso de un
men con gran nmero de plantillas, para cambiarles el tamao.

Chem Sketch tiene las siguientes capacidades:

Modo Estructura (Structure Mode) para dibujar estructuras qumicas y calcular sus
propiedades.
Modo Dibujo (Draw Mode) para texto y procesamiento de grficos.
Propiedades Moleculares (Molecular Properties) clculos para estimacin automtica de:

Peso formula;
Composicin en porcentaje;
Refractividad molar;
Volmen molar;
parachor;
indice de refraccin;
tension superficial;
densidad;
constante dielctrica;
polarizabildad;
masa monoistopica, nominal y promedio.

Abra el siguiente link para descargar gratis Chem Sketch: AQUI, despus da clic en el
botn descargar gratis.

Para comenzar

1. Iniciar el programa.

2. En la esquina superior izquierda se elige el modo: Structure- Draw .

Modo Estructura
Dibujar molculas
Si queremos trabajar con un elemento que no est en la lista de la izquierda, en la parte
superior de la misma podemos seleccionar una tabla peridica, y cliqueando en el
elemento podemos seleccionar el que queramos.

Adems al seleccionar un elemento en esta tabla nos brinda informacin del mismo como
su nombre, masa atmica promedio, el nmero de valencia, el nmero atmico y
la configuracin electrnica. Tambin sus caractersticas, cmo se encuentra en la
naturaleza, una foto de cmo se ve y muchas cosas ms.

Cuando dibujemos un tomo, el programa por defecto lo asociar a los hidrgenos que
correspondan, por ejemplo si dibujamos un tomo de carbono estar asociado a 4 H. Pero
al ir asocindolo con otros tomos cambiar un H por un enlace simple.

Ahora podemos calcular la distancia de los enlaces: seleccionamos un tomo (se pone
verde), seleccionamos el otro y se abre una ventana que nos dice la distancia entre los
tomos. Podemos tambin desde esta ventana modificarlo. De la misma manera podemos
calcular el ngulo entre tres tomos seleccionndolos.

Tambin podemos trabajar con estructuras que ya estn dibujadas. Para eso,

Y ah elegimos alguna molcula.

5. CONCLUCIONES
Hoy en da somos afortunados de estar en esta poca de desarrollo tecnolgico
ya que tenemos la posibilidad de mejorar nuestros conocimientos con el uso de
programas como ACD/CHEMSKETCH que nos ayuda a crear estructuras qumicas
 adems de poder visualizarlas en tres dimensiones facilitando el entendimiento de la Qumica
Orgnica

Las Tics, por su facilidad de uso se convierten en una herramienta valiosa y

significativa en el programa de aprendizaje tanto para estudiantes y docentes.

6. RECOMENDACIONES

Mejorar el proceso de interfaz del idioma, ampliando la variedad de instrumentos

para la recoleccin de la informacin, e incluir a los estudiantes, ya que son parte
primordial del proceso educativo, y as poder triangular la informacin que se
genere en relacin hacia el aprendizaje autnomo que ellos desarrollan empleando
las herramientas que ofrecen las TICs para el mejor aprendizaje de qumica
orgnica.
Motivar a la Doctora de Qumica Orgnica y compaeros de clases a la creacin
de ACD/CHEMSKETCH para estimular principalmente la capacidad de estudio,
de elegir y seleccionar sus propias expectactivas de indagacin e investigacin,
ya que esto lo obligar a profundizar en el conocimiento de las nuevas tecnologas
y a saber orientar a los alumnos en los mecanismos de bsqueda,
ANEXOS
BIBLIOGRAFIA
DESCRIPCION DE LA APLICACIN CHEMSKETCH EN EL SIGUIENRTE LINK
www.grao.com/.../ODEyODMyMjctOTNlOGI3NjA5ZTY2OWVmYjlmYmNhYzcxN
file:///C:/Users/pc-3/Downloads/AL07408.pdf
BIOLOGIA DE CURTIS SEPTIMA EDICION.EDITORIAL PANAMERICANA LA
MOLECULA.APENDICE ATOMOS Y MOLECULAS PGINA