From Gene To Protein 2

Preface
Biologi molekuler merupakan disiplin ilmu yang perkembangannya sangat cepat. Hampir
semua sisi kehidupan manusia kini bersinggungan dengan biologi molekuler dari pangan,
energi, sampai dunia pengobatan. Obat-obat yang ada sekarang utamanya memiliki
target tertentu yang bertangung jawab pada perkembangan suatu penyakit. Target obat
umumnya adalah reseptor, juga enzim, kanal ion, dan transporter.
Mempelajari transkripsi dan translasi merupakan bagian dasar dari proses pemahaman
ekspresi gen. Bagaimana gen-gen yang ada tubuh kita terekspresi, sistem regulasi yang
superketat akan dipelajari di kuliah kali ini. Banyak obat yang bekerja pada reseptor
tertentu seperti antibiotik, oncology pipeline, dan masih banyak lagi. Sehingga
mahasiswa farmasi setelah mengikuti kuliah ini bisa banyak bicara tentang mekanisme
aksi obat sampai level molekuler.
Pada bagian terakhir akan disinggung tentang perkembangan bioinformatika yang

ledakannya juga luar biasa. Segala informasi biologis setelah selesainya Human Genome
Project memicu munculnya databased dan analyzer yang jumlahnya kian banyak. Dengan
kemampuan konsep from gene to protein diharapkan kita bisa menganalisis ekspresi
gen dengan memanfaatkan informasi yang banyak tersedia di internet.
Yogyakarta, 28 Maret 2011
Sarmoko
Biologi Molekuler 2011
FROM GENE TO PROTEIN: TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

Oleh: Sarmoko
OVERVIEW
Biologi molekuler merupakan suatu ilmu yang mempelajari fenomena biologis

pada aras molekuler. Sejak ditemukannya struktur DNA oleh Watson dan Crick
(Gambar 1), ilmu ini berkembang dengan sangat pesat. Hal ini terjadi karena hampir
semua peristiwa fenomena biologis saat ini, dituntut untuk bisa dijelaskan sampai level
molekuler. Ketika mendengar kata level molekuler berati sampai level DNA, RNA,
protein dan sebagainya. Sebagai contoh, mekanisme kerja obat sekarang tidak cukup
jika hanya dijelaskan sampai level seluler namun sudah bisa dijelaskan sampai level
DNA. Pada masa kini, seorang apoteker dituntut untuk bisa menjelaskan mekanisme
obat sampai level molekuler. Bahkan, ilmu-ilmu yang ada sekarang makin menyempit
ke arah molekuler, misal Farmakologi Molekuler, Toksikologi Molekuler, dan
Farmakoepidemiologi Molekuler. Empat ilmu di atas, memerlukan landasan ilmu
Biologi Molekuler yang kuat.
Gambar 1. Struktur double helix DNA. Struktur DNA dikemukakan oleh Watson dan
Crick pada tahun 1965, mereka menyatakan bahwa model struktur DNA adalah untai
ganda, dengan orientasi yang berlawanan (antiparalel), rantai 1 membentuk arah 5
3, berpasangan dengan rantai dengan arah 3 5. Kedua rantai berikatan dengan
ikatan hidrogen antara basa A=T (2 ikatan H), dan G=C (3 ikatan H). Visionlearning,
Inc.
1
FARMASI UNSOED
Dogma Sentral Biologi Molekuler
Salah satu hallmark (penanda/karakteristik) dari suatu kehidupan yaitu

reproduksi. Informasi genetik dari suatu sel dengan segala keunikannya tentunya
harus dapat diturunkan ke anakannya. Informasi gentik (genom) disimpan
menggunakan asam nukleat, yaitu DNA. Asam nukleat ini mampu menyimpan
sejumlah besar informasi secara stabil hanya melalui 4 macam yakni adenin (A),
sitosin (C), guanin (G) dan timin (T), yang tersusun menjadi rantai DNA. Informasi
yang disimpan DNA tersebut akan diduplikasikan saat terjadi pembelahan sel
(REPLIKASI) dan akan disalin menjadi mRNA (TRANSKRIPSI), yang selanjutnya RNA
yang terjadi tersebut akan ditranslasikan menjadi urutan asam amino dari protein
(TRANSLASI). Proses tersebut dinyatakan sebagi Dogma Sentral dari biologi
molekuler (Gambar 2).
Gambar 2. Dogma sentral biologi molekuler. (1) DNA ditranskripsi oleh enzim RNA
polymerase menjadi mRNA, (2) mRNA yang terbentuk mengalami proses pasca-transkripsi
berupa pembuangan intron sehingga menjadi RNA mature, (3) mRNA ditranslasi menjadi
urutan asam amino/protein yang terjadi di sitosol, (4) DNA diperbanyak melalui proses replikasi
melibatkan ezim DNA polymerase.
2
FARMASI UNSOED
Gen memberi perintah untuk membuat protein tertentu. Tetapi gen tidak
membangun protein secara langsung. Jembatan antara DNA dan sintesis protein
adalah RNA. Kita ketahui bahwa RNA secara kimiawi serupa dengan DNA, kecuali
RNA mengandung ribosa, bukan deoksiribosa sebagai gulanya. Sedangkan untuk
basa nitrogen pada RNA adalah urasil (U), bukan timin (T). Dengan demikian, setiap
nukleotida di sepanjang untai DNA memiliki deoksiribosa sebagai gulanya dan A, G, C,
T sebagai basanya. Sedangkan pada RNA memiliki gula ribose dan A, G, C, U
sebagai basanya.
Aliran informasi genetik mirip dengan urutan-urutan huruf tertentu yang

menyampaikan informasi dalam bahasa tulisan. Pada DNA atau RNA, monomernya
merupakan keempat jenis nukleotida yang berbeda dalam basa nitrogennya. Gen
biasanya panjangnya mencapai ratusan atau ribuan nukleotida, masing-masing
memiliki urutan basa yang spesifik. Setiap polipeptida dari suatu protein juga memiliki
monomer yang tersusun pada struktur primer, tetapi monomernya adalah ke-20 asam
amino tersebut. Dengan demikian, asam nukleat dan protein berisi informasi yang
ditulis dalam dua bahasa kimia yang berbeda (Gambar 3). Untuk beralih dari DNA,
yang ditulis dalam satu bahasa, ke protein, yang ditulis dalam bahasa lain,
membutuhkan dua tahapan utama yaitu transkripsi dan translasi.
Gambar 3. Ilustrasi aliran informasi genetik yang ditulis dalam dua bahasa kimia yang
berbeda
Transkripsi merupakan sintesis RNA berdasarkan template DNA. Kedua asam

nukleat menggunakan bahasa yang sama dan informasinya tinggal ditranskripsi
(disalin) dari satu molekul ke molekul yang lain. Persis sebagai mana saat proses
replikasi, untai DNA menyediakan suatu cetakan (template) untuk sintesis untai
komplemen terbaru, pada transkripsi juga disediakan template untuk menyusun RNA.
3
FARMASI UNSOED
Molekul RNA yang dihasilkan merupakan transkrip penuh dari perintah pembangun
protein dari gen tersebut. Jenis molekul RNA ini disebut RNA messenger (mRNA).
Translasi merupakan sintesis polipeptida yang sesungguhnya, yang terjadi

berdasarkan arahan mRNA. Selama tahapan ini terjadi perubahan bahasa, sel
menerjemahkan (mentranslasi) urutan basa molekul mRNA ke dalam urutan asam
amino polipeptida. Tempat translasi adalah ribosom yang terletak di sitoplasma.
Walaupun mekanisme dasar transkripsi dan translasi serupa untuk prokariot

dan eukariot, namun ter
terdapat perbedaan penting dalam aliran informasi genetik di
dalam sel. Karena bakteri tidak memiliki nukleus, DNA-nya tidak tersegregasi dari
ribosom dan perlengkapan pensintesis-protein lainnya. Transkripsi dan translasi
dipasangkan dengan ribosom menempel pada ujung depan molekul mRNA sewaktu
transkripsi masih terus berlangsung. Sebaliknya, dalam sel eukariotik, selubung
nukleus memisahkan transkripsi dan translasi dalam ruang dan waktu. Transkripsi
terjadi di nukleus
leus dan mRNA dikirim ke sitoplasma di mana terjadi translasi (Gambar
4). Tetapi sebelum mRNA meninggalkan nuk
nukleus,
leus, transkrip RNA dimodifikasi dengan
berbagai cara untuk menghasilkan mRNA yang fungsional. Dengan demikian, pada
proses 2 langkah ini, transkrip gen eukariotik menghasilkan pre-mRNA,
pre dan
pemrosesan RNA menghasilkan mRNA akhir.
Gambar 4. Lokasi terjadinya transkripsi dan translasi pada eukariot

eukariot.. Transkripsi terjadi di
nukleus dan mRNA dikirim ke sitoplasma di mana terjadi translasi. Gen memprogram sintesis
protein melalui pesan genetik dalam bentuk mRNA. Dengan kata lain, sel diatur oleh rantai
perintah molekuler: DNA RNA protein.
4
FARMASI UNSOED
TRANSKRIPSI
Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada urutan DNA
menjadi molekul RNA.
Mekanisme dasar sintesis RNA
Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu:
1. Faktor-faktor pengendali transkripsi menempel di bagian promoter, misalnya

RNA polimerase (Inisiasi).
2. Pembentukan kompleks promotor terbuka (open promoter complex). Tidak

seperti replikasi di mana DNA benar-benar dibuka, pada transkripsi pilinan
DNA dibuka namun masih tetap di dalam RNA polimerase.
3. RNA polimerase membaca DNA cetakan (template) dan mulai melakukan

pengikatan nukleotida yang komplementer (Elongasi).
4. Setelah pemanjangan untaian RNA, diikuti dengan terminasi yang ditandai

dengan lepasnya RNA polimerase dari DNA yang ditranskripsi (Terminasi).
Walaupun tahapan-tahapan yang terjadi sama antara eukariot maupun

prokariot, namun ada perbedaan fundamental dalam hal struktur gen, faktor-faktor
pengendali, mekanisme serta regulasi. Meskipun ada perbedaan, namun secara
umum pola mekanisme sintesis RNA serupa. Baik pada eukariot maupun prokariot,
PRINSIP yang harus di pegang adalah:
1. Prekursor untuk sintesis RNA ada 4 macam ribonukleotida: 5-trifosfat ATP,

GTP, CTP, dan UTP (tidak ada timin pada RNA).
2. Reaksi polimerisasi atau pemanjangan RNA sama dengan replikasi DNA yaitu
dengan arah 5 3 (5-PO4 ke 3-OH).
3. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh urutan DNA template
(Gambar 5).
4. Untai DNA yang berperan sebagai cetakan hanya salah satu untai.
5. Hasil transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal.
5
FARMASI UNSOED
DNA template
Gambar 5. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh urutan DNA template.
RNA polimerase bekerja dengan membaca template dengan arah 3 5, namun sintesis
mRNA adalah dari 5 3.
Faktor-faktor pengendali transkripsi, salah satunya adalah Faktor Transkripsi.

Terdapat lebih dari 50 protein berbeda dari faktor transkripsi berikatan pada situs
promoter, umumnya pada sisi 5 dari gen yang akan ditranskrip. Kemudian, enzim
RNA polimerase berikatan ke kompleks dari Faktor Transkripsi, bekerja sama untuk
membuka DNA. RNA polimerase bekerja dengan membaca template dengan arah 3
5, namun sintesis mRNA adalah dari 5 3 . RNA polimerase berjalan sepanjang
template DNA, membangun ribonukleotida yang disuplai dari bentuk trifosfat dengan
prinsip pasangan basa. Ketika bertemu G, maka pada RNA dimasukkan C, G-C, T-A,
A-U (U, dari uridine triphosphate, UTP). Tidak ada T pada RNA. Ketika transkripsi
selesai, transkrip (mRNA) dilepaskan dari polimerase dan polimerae lepas dari DNA.
Transkripsi pada Prokariot
Salah satu ciri dari prokariot adalah adanya struktur operon. Operon adalah
organisasi dari beberapa gen yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promotor. Misal
operon lac, pada metabolisme laktosa pada bakteri E.coli. Masing-masiang gen
structural mempunyai kodon inisasi dan kodon terminasi, tetapi ekspresinya
dikendalikan oleh satu promoter yang sama (Gambar 6). Pada waktu ditranskripsi,
operon lac akan menghasilkan satu mRNA yang membawa kode genetik untuk 3
polipeptida berbeda, disebut dengan mRNA polisistronik. Masing-masing polipeptida
akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yang sama.
6
FARMASI UNSOED
Gambar 6. Organisasi operan lac pada E. coli. Operon lac punya 3 gen struktural yaitu lac Z
(mengkode -galaktosidase), lac Y (mengkode permease) dan lac A (mengkode trans-
asetilase). Masing-masing dari gen mempunyai start codon dan stop codon sendiri-sendiri,
namun ekspresinya dikendalikan oleh satu promoter (p) yang sama. Operator (o) adalah
bagian dari promoter tempet penempelan protein repressor yang dikode oleh gen I. Catabolite
activator protein (CAP). AUG adalah start kodon (materi ini akan dijelaskan lebih dalam setelah
mid semester.
Struktur Gen Prokariot
Gen prokariot secara tersusun atas promoter, gen struktural, dan terminator
(Gambar 7).
Gambar 7. Struktur gen prokariot
Promoter adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam mengendalaikan

transkripsi gen struktural dan terletak di daerah upstream (hulu) dari bagian struktural
gen. Fungsi promoter adalah sebagai tempat awal pelekatan enzim RNA polimerase
yang nantinya melakukan transkripsi pada bagian gen struktural. Salah satu bagian
penting promoter disebut sebagai Pribnow box pada urutan nukleotida -10 dan -35.
Oleh karena urutan consensus pada Pribnow box adalah TATAAT, maka seringkali
disebut juga TATA box. Pribnow box berperanan dalam mengarahkan enzim RNA
polymerase sehingga arah transkripsinya adalah dari ujung 5 3. Selain itu, daerah
ini merupakan tempat pembukaan heliks DNA untuk membentuk kompleks promoter
yang yang terbuka.
7
FARMASI UNSOED
Operator, merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promoter dan

bagian struktural dan merupakan tempat pelekatan protein represor (penekan atau
penghambat ekspresi gen). Jika ada represor yang melekat di operator maka RNA
polimerase tidak bisa jalan dan ekspresi gen tidak bisa berlangsung. Selain adanya
supresor ada juga enhancer. Jika supresor untuk menghambat, kebalikannya
enhancer berfungsi meningkatkan transkripsi dengan meningkatkan jumlah RNA
polimerase. Namun letaknya tidak pada lokasi yang spesifik, ada yg jauh di upstream
atau bahkan downstream dari titik awal transkripsi.
Coding Region (gen structural) merupakan bagian yang mengkode urutan

nukleotida RNA. Transkripsi dimulai dari sekuens inisiasi transkripsi (ATG) sampai
kodon stop (TAA / TGA / TAG). Pada prokariot tidak ada sekuens penyisip (intervening
sequences atau intron, yang tidak dapat diekspresikan) sehingga semuanya berupa
ekson (urutan nukleotida yang mengkode asam amino). Tidak semua gen mengkode
urutan asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. Gen dibagi menjadi
3 kelompok yaitu gen yang mengkode protein, gen yang mengkode RNA ribosom
(rRNA) dan gen yang mengkode transfer-RNA (tRNA). Gen yang mengkode rRNA dan
tRNA hanya akan ditranskripsi dan tidak pernah ditranslasi karena yang diperlukan
dalam proses ekspresi genetic adalah molekul RNA-nya. rRNA digunakan untuk
menyusun ribosom (tempat sintesis protein) sedangkan tRNA berfungsi membawa
molekul asam amino spesifik yang akan dirangkaikan menjadi polipeptida dalam
proses sintesis protein.
Terminator, adalah bagian gen yang terletak di sebelah hilir dari gen structural.
Fungsinya adalah memeberikan signal pada enzim RNA polymerase agar
menghentikan proses transkripsi. Signal terminasi dicirikan oleh struktur jepit
rambut/hairpin dan lengkungan yang kaya yang akan urutan GC yang terbentuk pada
molekul RNA hasil transkripsi.
RNA Polimerase, merupakan enzim yang mengkatalisis proses transkripsi.

Susunan lengkap adalah 2 disebut holoenzim, jika tidak ada dan hanya
ada 2 disebut core-enzyme. Fungsi subunit-subunit tersebut adalah: = diduga
berfungsi dalam penyusunan enzim, = berfungsi dalam pengikatan nukleotida, =
berfungsi dalam penempelan DNA, = berfungsi untuk mengarahkan agar RNA
polimerase menempel pada promoter.
8
FARMASI UNSOED
MEKANISME TRANSKRIPSI PADA PROKARIOT
Tahapan transkripsi terdiri dari inisiasi, elongasi, dan terminasi.
Inisiasi. Transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim

pada bagian promoter. RNA polimerase menuju ke promoter atas bantuan faktor
yang mampu menemukan bagian promoter suatu gen. Bisa diibaratkan RNA
polymerase adalah pesawat, faktor sigma adalah antenanya, promoter adalah
bandaranya. Pada prokariot, RNA polymerase menempel secara langsung pada DNA
di daerah promoter tanpa melalui ikatan dengan protein lain (pada eukariot protein
pembantu dibutuhkan sangat banyak !!).
Kemudian, bagian DNA yang berikatan dengan RNA polimerase membentuk

struktur gelembung transkripsi (transcription bubble) yang stabil. Selanjutnya adalah
penggabungan beberapa nukleotida awal sekitar 10 nukleotida. Basa-basa RNA yang
digabung membentuk ikatan hidrogen dengan basa DNA cetakan. Selanjutnya adalah
pelepasan subunit setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8-9 nukleotida. Terjadi
perubahan konformasi holoenzim jadi core enzyme (tanpa faktor ). Faktor
selanjutnya dapat digunakan lagi dalam proses inisiasi transkripsi selanjutnya (dapat
digunakan oleh enzim inti RNA polimerase lain) (Gambar 8).
Gambar 8. Proses inisiasi transkripsi pada prokariot. Faktor sigma membantu mengenali
promoter suatu gen.
Pada elongasi, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul

RNA yang baru terbentuk dengan arah 5 3 pada ikatan fosfodiester (Gambar 9).
Nukleotida RNA yg ditambahkan bersifat komplementer dengan nukleotida untai DNA
cetakan.
9
FARMASI UNSOED
Gambar 9. Proses pembentukan ikatan fosfodiester. Gugus OH pada posisi 3 menyerang

posphat pada posisi 5 melepas 2P dan molekul H2O membentuk ikatan fosfodiester yang
stabil.
Penghentian transkripsi (terminasi) ada 2 macam yaitu:
1. Rho-independent yaitu terminasi yang dilakukan tanpa harus melibatkan

protein khusus, namun ditentukan oleh adanya urutan nukleotida tertentu pada
bagian terminator. Ciri urutan adalah adanya struktur jepit rambut/hairpin yang
kaya akan basa GC. Akibat struktur itu, RNA polimerase berhenti dan
membuka bagian dari sambungan (hibrid) DNA-RNA. Sisa hibrid merupakan
urutan oligo U (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan dengan A (dA)
ikatan hidrogen hanya 2 buah, akibatnya ikatan lemah terlepas dan RNA hasil
transkripsi lepas.
2. Rho-dependent yaitu terminasi memerlukan protein rho. Faktor rho terikat pada
RNA transkrip kemudian mengikuti RNA polimerase sampai ke daerah
terminator. Faktor rho membentuk destabilisasi ikatan RNA-DNA hingga
akhirnya RNA terlepas.
10
FARMASI UNSOED
TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT
Struktur gen
Gen-gen pada eukariot bersifat monosistronik, artinya satu transkrip yang

dihasilkan hanya mengkode satu macam produk ekspresi. Pada eukariot tidak dikenal
namanya operon karena satu gen structural dikendalikan oleh satu promoter. Secara
umum hampir sama sama prokariot yaitu adanya promotor, bagian struktural dan
terminator. Bagian yang membedakan adalah pada bagian struktural gen. Bagian
struktural/coding region pada eukariot ada bagian intron dan ekson (Gambar 10).
Intron (intervening sequences) merupakan sekuens yang tidak mengkode asam
amino. Bagian ini akan dibuang saat RNA processing. Ekson merupakan sekuen yang
dikode menjadi asam amino (Gambar 10).
Gambar 10. Bagian struktural gen eukariot
Mekanisme Transkripsi Pada Eukariot
RNA polimerase pada eukariot bermacam-macam yaitu RNA polimerase I

(mentranskrip gen kelas I yaitu gen rRNA kecuali 5S rRNA), RNA Polimerase II
(mensintesis mRNA dan small nulear RNA/snRNA yang diperlukan pada saat RNA
splicing) dan RNA polymerase III (mentranskrip gen kelas III yaitu tRNA, 5S rRNA).
Pada bab ini hanya dijelaskan RNA polimerase II karena terlibat pada transkripsi
semua gen.
11
FARMASI UNSOED
Berbeda dengan prokariot, RNA polymerase eukariot tidak menempel secara

langsung pada DNA di daerah promoter namun melalui perantaraan protein-protein
lain disebut faktor transkripsi/transcription factor (TF). TF ada 2 macam yaitu ada
yang umum dan ada yang khusus. TF umum berfungsi mengarahkan RNA polymerase
ke promoter. TF umum meiputi TFIIA, B, D, E, F, H, J (transcription factors regulating
RNA pol II). Penempelan RNA polymerase [ada promoter oleh daktor transkripsi umum
hanya menghasilkan transkripsi pada aras dasar (basal level). Pengaturan yang lebih
spesifik dilakukan oleh FT yang khusus untuk suatu gen.
Promoter eukariot sangat beragam dan sulit untuk dikarakterisasi. Basal

promoter elements dikenal dengan TATA-box dan CCAAT-box, dinamakan
berdasarkan sekuen motifnya (Gambar 11). TATA-box berada pada 20 sampai 30
basa upstream dari transcriptional start site dan ini sama dengan sekuen pada
prokariot atau Pribnow-box (sekuen konsensusnya adalah TATAAA, TATAT/AAT/A,
dimana T/A menandakan basa yang mungkin ditemukan pada posisi tersebut). TFIID
adalah faktor transkripsi pertama yang secara langsung berikatan dengan TATA box
dan penempelan ini mengarahkan faktor transkripsi lainnya dan RNA polymerase II
untuk mengenali promoter. TFIID sebenarnya merupakan kompleks protein yang terdiri
dari protein pengikat kotak TATA (TATA-box binding protein, TBP) dan TAF (TBP-
associated factors). CCAAT-box terdapat pada posisi -100. CCAAT-box diketahui
mengikat protein FT CCAAT-binding transcription factor (CTF) dan CCAAT-enhancer-
binding protein (C/EBP).
Gambar 11. Struktur umum dari gen eukariot
Ada banyak regulator lain pada urutan gen, yaitu tempat berikatannya berbagai
faktor transkripsi (Gambar 12). Urutan regulator ini sebagian besar adalah terletak hulu
(5') dari situs inisiasi transkripsi, meskipun beberapa elemen terjadi hilir (3') atau
bahkan di dalam gen itu sendiri. Jumlah dan jenis elemen regulator ditemukan
bervariasi tiap masing-masing gen. Kombinasi yang berbeda dari faktor transkripsi ini
12
FARMASI UNSOED
memberikan efek yang berbeda. Berbagai jenis sel mengekspresikan kombinasi

karakteristik dari faktor transkripsi, dan ini menghasilkan mekanisme utama untuk
kekhususan tipe sel dalam regulasi ekspresi gen.
Gambar 11. Struktur bagian upstream gen eukariot. Dihipotesiskan terdiri dari 2 ekson dan
1 intron. Diagaram menunjukkan adanya TATA-box dan CCAAT box basal element masing-
masing pada posisi -25 dan -100. FTIID terlihat berikatan dengan TATA-box binding protein,
TBP. [CREB = cAMP response element binding protein] [C/EBP = CCAAT-box/enhancer
binding protein]. Lingkaran besar hijau menggambarkan RNA polymerase II.
Source: http://themedicalbiochemistrypage.org/gene-regulation.html
Tabel 1. Eukaryotic promoter elements
Kebanyakan walau tidak semua, CAAT dan GC-box berlokasi antara -200 dan -70. N = any (A,
T, C, atau G), Py (pirimidin = C atau T). Penghilangan atau mutasi pada GC box dapat
menghilangkan aktivitas promoter. Selain sekuen di atas, GC box juga mempunyai sekuen
CCGCCC.
Table 2. Daftar Beberapa Faktor Transkripsi
Faktor Sequence Motif Komentar

transkripsi
MYC and MAX CACGTG MYC pertama kali diidentifikasi sebagai
onkogen retrovirus; MAX secara khusus
bergabung dengan MYC di sel
C C
FOS and JUN TGA /GT /AA Keduanya pertama kali ditemukan sebagai
onkogen retrovirus; bergabung di sel,
dikenal juga sebagai faktor transkripsi AP-
1
C C G
CREB TGACG /T /A /A Terikat pada cAMP response element
(CRE); family minimal ada 10 factor
transkripsi hasil dari gen yang berbeda
13
FARMASI UNSOED
atau alternative splicing; dapat membentuk

dimer dengan JUN
ERBA; also TR GTGTCAAAGGTCA Pertama diidentifikasi sebagai onkogen
(thyroid retrovirus; member of the steroid/thyroid
hormone hormone receptor superfamily; binds
receptor) thyroid hormone
G A A T
ETS /C /CGGA /TG /C Pertama diidentifikasi sebagai onkogen
retrovirus; mendominasi pada sel B dan T
T
GATA /AGATA Family dari erythroid cell-specific factors,
GATA-1 sampai -6
T G
MYB /CAAC /TG Pertama diidentifikasi sebagai onkogen
retrovirus; hematopoietic cell-specific
factor
MYOD CAACTGAC master kontrol diferensiasi sel otot
A T (1)
NFB and REL GGGA /CTN /CCC kedua faktor diidentifikasi secara
independen; REL pertama kali
diidentifikasi sebagai onkogen retrovirus;
mendominasi dalam sel B-dan -T
RAR (retinoic ACGTCATGACCT mengikat pada elements disebut RAREs
acid receptor) (retinoic acid response elements) juga
mengikat situs JUN/FOS
SRF (serum GGATGTCCATATTAGGACATCT Terdapat banyak dalam gen yang
response diinduksi oleh faktor-faktor pertumbuhan
factor) yang ada pada serum
Daftar ini hanya mewakili ribuan dari faktor transkripsi yang telah diidentifikasi. N menandakan
segala macam basa dapat menduduki posisi ini.
Proses pemanjangan transkrip berlangsung sama seperti pada prokariot.

Proses ini akan berlangsung sampai RNA polymerase II mencapai daerah terminator.
Terminasi transkripsi dapat terjadi karena adanya aktivitas fosfatase yang spesifik
untuk CTD sehingga mengembalikan RNA polymerase II menjadi bentuk yang tidak
terfosforilasi. Pada keadaan ini, RNA polymerase dapat digunakan secara berulang-
ulang.
Proses pasca-transkripsi
Pre-mRNA yg dihasilkan dari proses transkipsi tidak bisa langsung dikeluarkan ke

sitoplasma untuk ditranslasi namun harus dimodifikasi dahulu.
1. Pemberian topi (capping) dan ekor (poliadenilasi)
Setiap ujung molekul pre-mRNA dimodifikasi dengan cara tertentu. Ujung 5 yaitu
ujung depan, pertama kali dibuat saat transkripsi segera ditutup dengan mukleotida
guanin (G) yang termodifikasi. Pemerian topi ini mempunyai setidaknya 2 fungsi.
a. Ujung ini melindungi mRNA dari degradasi enzim hidrolisis.

b. Setelah mRNA sampai di sitoplasma, ujung 5 berfungsi sebagai bagian dari
tanda lekatkan di sini untuk ribosom.
14
FARMASI UNSOED
Pada ujung 3 suatu enzim menambahkan ekor polia(A) yang terdiri dari 30-200
nukleotida adenin. Ekor poli(A) berfungsi mempermudah ekspor mRNA dari nukleus.
Gambar 12. Capping dan pemberian ekor pada mRNA
Poliadenilasi merupakan proses penambahan poliA (rantai AMP) pada ujung 3

nukleotida mRNA. Fungsinya untuk meningkatkan stabilitas mRNA dan meningkatkan
efisiensi translasi.
2. Splicing
Saat proses transkripsi, RNA polimerase mentranskripsi intron maupun ekson dari
DNA. Splicing merupakan proses pembuangan intron dan penyambungan ekson.
Intron adalah bagian penyela, merupakan segmen asam nukleat bukan pengkode dan
terletak diantara daerah pengkode. Sedangkan ekson adalah daerah yang yang
diekspresikan atau ditranslasi menjadi asam amino. Dalam penyambungan RNA,
intron dikeluarkan dan ekson bergabung. Penyambungan RNA dikatalis oleh
ribonukleoprotein nucleus kecil (snRNP), yang beroperasi de dalam susunan yang
lebih besar disebut spliosom. Setelah dilakukan berbagai modifikasi di atas, jadilah
mRNA matang (mature mRNA) (Gambar 13).
15
FARMASI UNSOED
Gambar 13. Proses splicing
16
FARMASI UNSOED
Alternatif splicing
Gambar 14. Alternative splicing memberikan hasil protein yang berbeda
NOTE:
Proses pembentukan RNA dari DNA dinamakan transkripsi, dilakukan oleh RNA
polymerase.
Pada kebanyakan virus, materi genetik berupa RNA sehingga ketikan menginfeksi
host, materi genetik di retro-transkripsi dari RNA menjadi cDNA (complement DNA)
oleh ennzim Reverse trancriptase.
17
FARMASI UNSOED
BiologiMolekuler2011
TRANSLASI
Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada

molekul mRNA menjadi rangkaian asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau
protein. RNA yang ditranslasi adalah mRNA, sedangkan tRNA dan rRNA tidak
ditranslasi. Molekul rRNA adalah salah atau molekul penyusun ribosom yaitu organel
tempat berlangsungnya sintesisi protein, sedangkan tRNA adalah pembawa asam-
asam amino yang akan disambungkan menjadi rantai polipeptida.
Beberapa tipe RNA yang disintesis di nukleus pada sel eukariot, yang menarik
sebagai berikut:
1. messenger RNA (mRNA). mRNA kemudian bisa ditranslasi menjadi

polipeptida.
2. ribosomal RNA (rRNA). rRNA digunakan untuk membangun ribosom, yaitu

mesin untuk mensintesis protein pada saat translasi mRNA.
3. transfer RNA (tRNA), yaitu molekul RNA yang membawa asam amino selama
pembentukan polipeptida.
4. small nuclear RNA (snRNA). Transkripsi DNA dari gen menjadi mRNA, rRNA,
dan tRNA menghasilkan molekul prekursor dengan struktur yang besar disebut
"primary transcripts". Molekul ini harus diproses dalam nukleus untuk
menghasilkan molekul fungsional untuk diekspor ke sitosol. Beberapa tahapan
proses ini banyak melibatkan snRNA.
5. microRNA (miRNA). Molekul RNA yang sangat kecil (~22 nukleotida) yang
terlihat pada regulasi ekspresi mRNA.
Molekul mRNA merupakan transkrip urutan DNA yang menysusun suatu gen
dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka). Ciri-ciri ORF:
1. Kodon inisasi translasi, yaitu ATG (pada DNA) atau AUG (pada mRNA)
2. Serangkaian urutan nukleotida yang mneyusn banyak kodon
3. Kodon terminasi translasi yaitu TAA, TAG, TGA (pada DNA) atau UAA, UAG,
UGA (pada RNA).
Kodon (kode genetik) adalah urutan nukloetida yang terdiri dari 3 nukloetida
berurutan sehingga sering disebut sebagai triplet codon yang menyandi suatu asam
amino tertentu. Kodon inisiasi translasi merupakan kodon untuk asam amino metionin
18
FARMASIUNSOED
yang mengawali struktur suatu polipeptida (protein). Pada prokariot, asam amino awal
tidak berupa metionin tetapi formil metionin (fMet). Dalam proses translasi, rangkaian
nukleotida pada mRNA akan dibaca tiap tiga nukleotida sebagai satu kodon untuk satu
asam amino, dan pembacaan dimulai dari urutan kodon metionin (Gambar 15).
Gambar 15. Ilustrasi translasi kodon
Translasi berlangsung di dalam ribosom, ribosom disusun oleh molekul-molekul

rRNA dan beberapa macam protein. Ribosom tersusun atas dua subunit yaitu subunit
kecil dan subunit besar. Pada eukariot, subunit kecil mempunyai koefisien sedimentasi
sebasar 30S (unit Svedberg) dan subunit besar 50S, pada eukariot yaitu 50S dan 70S.
Pada prokariot, riosom tersebar di seluruh bagian sel, sedangkan pada eukariot
ribosom terletak di sitoplsma kususnya pada bagian permukaan membran retikulum
endoplasma.
19
FARMASIUNSOED
Gambar 16. Penentuan unit sedimentasi pada komponen ribosom
Pada eukariot, translasi sudah dimulai sebelum proses transkripsi (sintesis

mRNA) selesai dilakukan. Dengan demikian proses transkripsi dan translasi
berlangsung hampir serempak. Sebaliknya, pada eukariot proses translasi baru dapat
berlangsung jika proses transkripsi (sintesis mRNA yang matang) sudah selesai
dilakukan. Proses transkripsi pada eukariot berlangsung di dalam inti sel, sedangkan
translasi berlangsung dalam ribosom yang ada di dalam sitoplasma. Setelah sintesis
mRNA selesai, selanjuttnya mRNA keluar dari inti sel menuju sitoplasma untuk
bergabung dengan ribosom.
Proses Translasi
Proses translasi berlangsung melalaui 3 tahapan utama:
1. Inisiasi (initiation)
2. Pemanjangan (elongation) poli-asam amino
3. Pengakhiran (termination).
Perangkat translasi yaitu molekul tRNA (aminoasil tRNA) yang berfungsi

membawa asam amino spesifik. Terdapat sekitar 20 macam tRNA yang masing-
masing membawa asam amino spesifik karena di alam ada sekitar 20 asam amino
yang menyusun protein alami. Enzim yang mengikatkan antar-asam amino adalah
aminoasil tRNA sintetase.
20
FARMASIUNSOED
Gambar 17. Struktur tRNA aminoasil
Inisiasi
Ada beberapa perbedaan dalam hal proses inisiasi translasi antara prokariot
dengan eukariot. Pada eukariot kodon inisiasi adalah metionin, sedangkan pada
prokariot adalah formil-metionin/fMet. Molekul tRNA inisiator disebut tRNAiMet.
Ribosom bersama-sama dengan tRNAiMet dapat menemukan kodon awal dengan
cara berikatan dengan ujung 5 (tudung) kemudian melakukan scanning transkrip ke
arah 3 (arah 5 3) sampai menemukan start kodon (AUG). selama scanning,
ribosom memulai translasi pada waktu menjumpai sekuen konsensus CCRCCCAUGG
(R adalah purin: A/G).
Gambar 18. Perbedaan translasi pada prokariot dan eukariot
21
FARMASIUNSOED
Elongasi
Proses elongasi terjadi dalam 3 tahapan:
1. Pengikatan aminoasil-tRNA pada sisi A (aminoasil) yang ada di ribosom

2. Pemindahan rantai polipeptida yang tumbuh dari tRNA yang ada pada sisi P
(peptidil) ke arah sisi A dengan membentuk ikatan peptida
3. Translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada di
sisi A.
Gambar 19. Proses elongasi translasi
Proses pemanjangan polipeptida berlangsung sangat cepat. Pada E. coli

sintesis polipeptida yang terdiri dari atas 300 asam amino hanya memelrukan waktu
selama 15 detik. Ribosom membaca kodon-kodon pada mRNA dari ujung 5 3.
Hasil proses translasi adlah molekul poliptida yang mempunyai ujung amino dan ujung
karboksil. Ujung amino adalaah ujung uang pertama kali disntesis dan merupakan
hasil penerjemahan kodon yang terletak pada ujung 5 pada mRNA, sedangkan ujung
yang terakhir disitesis adlah gugus karboksil, hasil terjemahan kodn yang terletak pada
ujung 3 pada mRNA.
Terminasi
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi
(UAA, UGA, UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dalam
keadaan normal, tidak ada aminoasil-tRNA yang membawa asam amino sesuai
22
FARMASIUNSOED
dengan ketiga kodon tersebut. Oleh karena itu, jika ribosom mencapai salah satu dari
ketiga kodon terminasi tersebut, maka proses translasi berakhir.
Proses Pasca-Translasi
Selama proses translasi dan sesudahnya, rantai polipeptida yang terbentuk

mulai menggulung dan melipat secara spontan membentuk protein fungsional dengan
konformasi yang spesifik. Konformasi ini berupa suatu molekul tiga dimensi dengan
struktur skunder dan tersier. Pelipatan protein dibantu oleh suatu protein chaperon.
Langkah tambahan yang dilakukan sebelum dikirim ke target adalah

memberikan modifikasi secara kimiawi. Pada asam amino tertentu dilakukan
penambahan gula, lipid, gugus fosfat atau penambahan-penambahan lain. Pada
beebrapa kasus, rantai polipetida tunggal dapat membelah secara enzimatik menjadi
dua atau lebih potongan, missal insulin. Protein insulin pertama kali disintesis sebagai
rantai polipeptida tunggal tetapi menjadi aktif hanya setelah suatu enzim
menghilangkan bagian tengah dari rantai tersebut, membentuk protein yang terdiri dari
2 rantai peptida yang terhubung dengan jembatan sulfida.
Polipeptida sinyal mengarahkan beberapa polipeptida eukariotik ke tujuan

spesifik di dalam sel. Protein yang akan tetap berada dalam sitosol dibuat pada
ribosom bebas. Protein yang ditujukan untuk membrane atau untuk diekspor dari sel ,
disintesis pada ribosom yang terikat RE. Partikel pengenlan-sinyal mengikatkan diri
pada urutan sinyal pada ujung leading dari polipeptida yang sedang tumbuh, yang
membuat ribosom dapat mengingkatkan diri pada RE.
Obat Yang Bertarget Pada Translasi
Banyak obat yang bertarget pada proses translasi terutama obat golongan
antibiotik.
1. Puromisin. Proses pemanjangan polipeptida dihambat oleh puromisin,

mempunyai struktur yang mirip dengan suatu aminoasil-tRNA sehingga dapat
melekat pada sisi A ribosom. Jika puromisin melekat pada sisi A, maka
selanjutnya dapat membantuk ikatan peptida dengan peptida yang ada pada
sisi P dan menhasilkan peptidil puromisin. Peptidil puromisin tidak dapat
melekat kuat pada ribosom sehingga akhirnya terlepas. Hal ini menyebabkan
terjadinya terminasi translasi secara prematur. Mekanisme inilah yang
23
FARMASIUNSOED
menyebabkan puromisin dapat membunuh bakteri dan sel lainnya. Antibiotik

lain yang dapat menghambat translasi dengan cara berikatan pada ribosom
adlaah strptomisin, kloramfenikol, tetrasiklin, eritromisin, dan sikloheksimid.
2. Streptomisin.
Kode Genetik
OPEN READING FRAME
Tidak semua bagian DNA merupakan kode genetik, pada manusia sejumlah
98% adalah junk DNA, hanya 2% yang berupa gen yang mengkodekan protein.
Namun, dari persentase yang sedikit tersebut bagaimana membentuk protein yang
jumlahnya ribuan?
ATGTATTCTTACGGAATCCCTGAT
Sel membaca kalimat di atas sebagai kata-kata 3 huruf:
ATG TAT TCT TAC GGA ATC CCT GAT (DNA)
M Y S Y G I P D (Asam amino)
Reading Frame
24
FARMASIUNSOED
Bisa juga kita melakukan alternatif pembacaan berikut:
A TGT ATT CTT ACG GAA TCC CTG AT
Atau seperti ini:
AT GTA TTC TTA CGG AAT CCC TGA T
Dan kalau diterjemahkan hasilnya pun akan berbeda:
A TGT ATT CTT ACG GAA TCC CTG AT
C I L T E S L
AT GTA TTC TTA CGG AAT CCC TGA T
V F L R N P *
Jadi ada 3 alternatif pembacaan dari satu untai DNA, dan karena DNA itu adalah
pasangan 2 untai yang saling berkomplemen, berarti kalimat inipun bisa dibaca pada
untai pasangannya, artinya total ada 6 cara pembacaan DNA, atau disebut Reading
Frame. Dari 6 reading frame, biasanya hanya salah satu frame saja yang merupakan
kalimat bermakna alias disebut gen.
Contoh pembahasan ORF di bagian bioinformatika berikut.
25
FARMASIUNSOED
PEMANFAATAN BIOINFORMATIKA UNTUK ANALISIS EKSPRESI GEN
Sarmoko
Perkembangan bioinformatika berkembang sangat pesat. Penggunaan internet

dan komputer untuk melakukan analisis semakin sering digunakan, dan kita pun
dituntut untuk dapat menguasainya. Seiring dengan itu, telah banyak diciptakan
software maupun database yang menunjang dan mempermudah kita untuk dapat
melakukan analisis tentang berbagai disiplin ilmu.
Demikian halnya dengan biologi molekular yang mempelajari makhluk hidup
dalam tingkat molekuler, seperti gen, DNA, ataupun RNA yang berperan dalam proses
sintesis berbagai jenis asam amino dan protein. Saat ini telah ada banyak situs
database tentang gen (gen bank) yang dapat diakses secara mudah melalui internet
yang memungkinkan kita untuk melakukan analisis seputar gen. Gen bank ini
disediakan antara lain oleh situs NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.

Melalui situs tersebut kita bisa melakukan analisis serta mencari informasi
biologi dan referensi selengkap-lengkapnya terhadap gen tertentu yang kita inginkan,
misalnya dari makhluk hidup jenis gen tersebut berasal, letak domain, gen se-
homologi, asam amino yang dihasilkan, open reading frame, struktur 3 dimensi dari
protein yang mungkin dihasilkan, transuksi signal, dan lain-lain.
TOUR BEGIN
Masuklah ke situs: HGNC (http://www.genenames.org).

Misal kita ingin menganalisis tumor supressor gene p53.
Dari halaman TP53 diperoleh link yang lengkap, dan bisa membawa kita ke NCBI.
Berikut hasil analisis yang dilakukan: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/35213?
Tentang p53
p53 plays a major role in preventing tumour development. It responds to a range of potentially
oncogenic stresses by activating protective mechanisms, most notably cell cycle arrest and
apoptosis. Its importance as a tumour suppressor is reflected by its high rate of mutation in
human cancer, with >50% of adult human tumours bearing inactivating mutations or deletions in
the TP53 gene. In many cancers where p53 is wild-type, the p53 pathway may be altered by
other oncogenic events. This means that the p53 response is probably defective in most
cancers.
26
FARMASIUNSOED
This gene encodes tumor protein p53, which responds to diverse cellular stresses to regulate
target genes that induce cell cycle arrest, apoptosis, senescence, DNA repair, or changes in
metabolism. p53 protein is expressed at low level in normal cells and at a high level in a variety
of transformed cell lines, where it's believed to contribute to transformation and malignancy. p53
is a DNA-binding protein containing transcription activation, DNA-binding, and oligomerization
domains. It is postulated to bind to a p53-binding site and activate expression of downstream
genes that inhibit growth and/or invasion, and thus function as a tumor suppressor. Mutants of
p53 that frequently occur in a number of different human cancers fail to bind the consensus
DNA binding site, and hence cause the loss of tumor suppressor activity. Alterations of this
gene occur not only as somatic mutations in human malignancies, but also as germline
mutations in some cancer-prone families with Li-Fraumeni syndrome. Multiple p53 variants due
to alternative promoters and multiple alternative splicing have been found. These variants
encode distinct isoforms, which can regulate p53 transcriptional activity. [provided by RefSeq]
DNA Sequence
Gen p53 berlokasi pada kromosom 17 (17p13).
Panjang origin: 1..20303

Namun gen terletak pada: 843..19876
mRNA adalah dari : join(843..949,11689..11790,11906..11927,12021..12299,
13055..13238,13320..13432,14000..14109,14452..14588,
14681..14754,17572..17678,18599..19876)
Kita hitung joinan di atas, ternyata terdapat 11 exons. There is a very large intron between
exons 1 and 2 (jarak nukleotida sangat panjang bukan? Dari 950-11688). Exon 1 is non-coding
27
FARMASIUNSOED
in the human p53 and it has been demonstrated that this region could form a stable stem-loop
structure which binds tightly to wild type p53 but not to mutant p53.
Note: The exon are numbered in the diagram above. The pink region denotes the UTR, the blue
region denotes the coding region and the grey region denotes the internal exons within the
introns.
Kita bisa melihat persebaran 11 exon dan panjangnya dari informasi berikut:
prim_transcript 843..19876
/gene="p53"
exon 843..949
/gene="p53"
/number=1
intron 950..11688
/gene="p53"
/number=1
repeat_region 2581..2587
/gene="p53"
/note="5'-ALU flanking"
Repeat region banyak sekali di sini
/gene="p53"
/note="3' ALU-flanking"
exon 11689..11790
/gene="p53"
CDS
join(11717..11790,11906..11927,12021..12299,13055..13238,
13320..13432,14000..14109,14452..14588,14681..14754,
17572..17678,18599..18680)
28
FARMASIUNSOED
/gene="p53"
/codon_start=1
/product="protein p53"
/protein_id="CAA38095.1"
/db_xref="GI:35214"
/db_xref="GDB:120445"
/db_xref="GOA:P04637"
/db_xref="HGNC:11998"
/db_xref="InterPro:IPR002117"
/db_xref="PDB:1A1U"
/db_xref="PDB:1AIE"
/db_xref="PDB:1C26"
Kode pDB juga banyak di sini. Artinya adalah sudah banyak struktur
Kristal protein yang sudah diidentifikasi. Klik tiap PDB ID akan
membawa kita ke protein data bank dan didapat informasi tentang
kompleks protein.
/db_xref="PDB:3LW1"
/db_xref="PDB:3SAK"
/db_xref="UniProtKB/Swiss-Prot:P04637"
Hasil translasi adalah:
/translation="MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLM
LSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVAPAPAAPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKT
YQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAM
AIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVV
PYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCA
CPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPLDGEYFTLQIRG
RERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSRHKKLMFKTEGPDS
D"
intron 11791..11905
/gene="p53"
/number=2
Analisis promoter
Pada keterangan di atas, dikatakan bahwa CDS (coding sequence) dimulai

pada urutan 843..19876. Exon 1 adalah 843-949
Start codon adalah ATG. Coba cek, ada banyak ATG sebelum nomor 843
bukan??
Hal ini sesuai dengan teori bahwa bukah ATG pertama lah yang bakal
jadi stop codon, bisa kedua ketiga dst, sampai ATG yang paling dekat
dengan CDS (coding sequence = warna merah): yaitu 801-803 (warna biru)
1 ttcccatcaa gccctagggc tcctcgtggc tgctgggagt tgtagtctga acgcttctat
29
FARMASIUNSOED
61 cttggcgaga agcgcctacg ctccccctac cgagtcccgc ggtaattctt

aaagcacctg
121 caccgccccc ccgccgcctg cagagggcgc agcaggtctt gcacctcttc
tgcatctcat
181 tctccaggct tcagacctgt ctccctcatt caaaaaatat ttattatcga
gctcttactt
241 gctacccagc actgatatag gcactcagga atacaacaat gaataagata
gtagaaaaat
301 tctatatcct cataaggctt acgtttccat gtactgaaag caatgaacaa
ataaatctta
361 tcagagtgat aagggttgtg aaggagatta aataagatgg tgtgatataa
agtatctggg
421 agaaaacgtt agggtgtgga tattacggaa agccttccta aaaaatgaca
tttaactgat
481 gagaagaaag gatccagctg agagcaaacg caaaagcttt cttccttcca
cccttcatat
541 ttgacacaat gcaggattcc tccaaaatga tttccaccaa ttctgccctc
acagctctgg
601 cttgcagaat tttccacccc aaaatgttag tatctacggc accaggtcgg
cgagaatcct
661 gactctgcac cctcctcccc aactccattt cctttgcttc ctccggcagg
cggattactt
721 gcccttactt gtcatggcga ctgtccagct ttgtgccagg agcctcgcag
gggttgatgg
781 gattggggtt ttcccctccc atgtgctcaa gactggcgct aaaagttttg
agcttctcaa
841 aagtctagag ccaccgtcca gggagcaggt agctgctggg ctccggggac
actttgcgtt
901 cgggctggga gcgtgctttc cacgacggtg acacgcttcc ctggattggg
taagctcctg
Dst
Sekuen berikutnya adalah intron yang ternyata berupa repeat sekuen

yang sangat panjang sampai ketemu exon kedua yaitu pada sekuen:
11689..11790
Dst sampai exon 12.
Stop kodon berhenti pada urutan setelah exon terakhir.
exon 18599..19876
/gene="p53"
/number=11
/gene="p53"
/note="3' ALU-flanking"
Berarti pada 19887-19889 yaitu:
19861 taaaactttg ctgccacctg tgtgtctgag gggtgaacgc cagtgcaggc

tactggggtc
30
FARMASIUNSOED
OPEN READING FRAME
Dari hasil 6 pembacaan diperoleh hasil:
Masih banyak lagi yang bisa ditelusur dari gen, bisa diklik di sebelah kanan sbb:
31
FARMASIUNSOED
Hasil translasi adalah:
/translation="MEEPQSDPSVEPPLSQETFSDLWKLLPENNVLSPLPSQAMDDLM
LSPDDIEQWFTEDPGPDEAPRMPEAAPRVAPAPAAPTPAAPAPAPSWPLSSSVPSQKT
YQGSYGFRLGFLHSGTAKSVTCTYSPALNKMFCQLAKTCPVQLWVDSTPPPGTRVRAM
AIYKQSQHMTEVVRRCPHHERCSDSDGLAPPQHLIRVEGNLRVEYLDDRNTFRHSVVV
PYEPPEVGSDCTTIHYNYMCNSSCMGGMNRRPILTIITLEDSSGNLLGRNSFEVRVCA
CPGRDRRTEEENLRKKGEPHHELPPGSTKRALPNNTSSSPQPKKKPLDGEYFTLQIRG
RERFEMFRELNEALELKDAQAGKEPGGSRAHSSHLKSKKGQSTSRHKKLMFKTEGPDS
Madalahmetionin(hasiltranslasidariAUG)
Protein sequence:
The human p53 protein comprises of several domains:
1. The amino-terminus part (1-44) contains the transactivation domain, which is

responsible for activating downstream target genes.
2. A proline-rich domain (58-101) mediates p53 response to DNA damage through
apoptosis.
3. The DNA-binding domain (102-292) is a core domain which consists of a variety of
structural motifs. It is the target of 90% of p53 mutations found in human cancers as a
single mutation within this domain can cause a major conformational change.
4. The oligomerization domain (325-356) consists of a -strand, which interacts with
another p53 monomer to form a dimer, followed by an -helix which mediates the
dimerization of two p53 dimers to form a tetramer.
5. Three putative nuclear localization signals (NLS) have been identified in the C-
terminus, through sequence similarity and mutagenesis. The most N-terminal NLS
(NLSI), which consists of 3 consecutive Lysine residues to a basic core, is the most
active and conserved domain.
6. Two putative nuclear export signals (NES) have been identified. The leucine-rich C-
terminal NES, found within the oligomerization domain, is highly conserved and it has
been suggested that oligomerization can result in masking of the NES, resulting in p53
nuclear retention.
32
FARMASIUNSOED
Mutations
Inactivation of the p53 gene is essentially due to small mutations (missense and nonsense
mutations or insertions/deletions of several nucleotides), which lead to either expression of a
mutant protein (90% of cases) or absence of a protein (10% of cases. Mutations of p53 have
been found in nearly all tumor types and are estimated to contribute to around 50% of all
cancers.
Polymorphisme
The role of natural p53 variants (polymorphisms) or variants in the p53 signalling pathway is an
area that is less well explored. Several polymorphisms have been identified in the p53 gene. A
well known SNP occurs on Codon 72 (Arg/Pro).
Transcription Factors
p53 transcription under different conditions is related to vast number of biological events in
response to various cellular stresses. Human p53 consists of two promoters:
P1 responsible for the transcription of the major p53 mRNA species and located
upstream of first exon,
P2 involved in transcription of other rarer species and located within the first intron
region.
Recent studies have suggested that there is another "P2" located within intron 4 and
responsible generating the p53 isoforms.
Regulatory elements are found in both p53 upstream and downstream of start sites including
exons and introns. So far, there are more than 15 transcription factors binding sites are
experimentally and computationally identified within the P1 and first exon regions.
A binding site for members of the PAX family of transcription factors was identified in the first
non-coding exon of the human p53 gene. c-Myc/Max heterodimers have been shown to bind to
and transactivate the human promoter through a CATGTG motif. NF-kB Jun/Fos and homeobox
factor Hoxa5 are shown to regulate p53 expression transcriptionally. These transcription factors
function under different biological conditions such as apoptosis, cell-cycle arrest and etc, in
terms of time, space and quantity.
33
FARMASIUNSOED
Protein Interactions
Post-translational modifications and activation of p53 by genotoxic stresses

Appella, E. and Anderson, C.W.
Eur. J. Biochem. 268, 27644-72 (2001)
Monoclonal Antibodies
The p53 protein is a potent antigen that has the ability to raise antibodies when injected into a
foreign host. Currently, the p53 knowledgebase contains more than 50 distinct antibodies
recognizing the different domains of p53. Most of the antibodies recognize epitopes localized in
the N-terminal of p53. Some of the antibodies are able to bind to p53 in its native conformation,
while other antibodies, like pAb240, DO12 and HO3.5, can only bind to mutant p53 whose
structural conformation has been altered.
Regulatory pathway, klik berikut: http://p53.bii.a-star.edu.sg/aboutp53/pathway/index.php
34
FARMASIUNSOED
Daftar Istilah
Istilah Definisi
Hipotesis one gene-one Beadle and Tatum's idea that genes do not always form an
polypeptide enzyme or protein, they instead form one polypeptide
transkripsi synthesis of RNA under the direction of DNA
the RNA molecule that carries the genetic message from the
messenger RNA, mRNA
nucleus to the ribosomes
translasi synthesis of a polypeptide
particles that facilitate the linking of amino acids in the polypeptide
ribosom
chain
RNA processing pre-mRNA undergoes this in order to acheive the finished RNA
primary transcript the initial RNA transcript that is not translated into protein
genetic instructions for a polypeptide chain are written in the DNA
triplet code
as a series of three-nucleotide words
the strand of DNA that is transcribed (the other strand will be
template strand
duplicated, in a sense, on the mRNA)
kodon triplet dari basa mRNA
Cara pembacaan spesifik dari gugusan kata (uua ccg gca uaa bisa
reading frame
juga di baca uac cgg cau aa...)
pries the two strands of DNA apart and hooks together RNA
RNA polimerase
nucleotides as they base-pair
Urutan DNA dimana RNA polimerase menempel dan menginisiasi
promoter
transkripsi
terminator sequence that signals the end of transcription
transcription unit stretch of DNA that is transcribed into an RNA molecule
mediate the binding of RNA polymerase and the initiation of
Faktor transkripsi
transcription
transcription initiation the completed assembly of transcription factor and RNA
complex polymerase II bound to the promoter
TATA box promoter DNA sequence in eukaryotes
a modified form of guanine that facilitates the export of mRNA from
5' cap (tudung 5)
the nucleus and protects it from degradation
on the 3' end, many adenines are added for protection from
poly-A tail (ekor poli-A)
degradation and to help it exit the nucleus
RNA splicing Proses pemotongan pembuangan intron
intron non coding sequences of nucleic acid
exon Sekuen pengkode pada RNA
spliceosome a type of snRNP that assists in RNA splicing
snRNP small nuclear
located in the cell nucleus and is the signal molecule for splicing
ribonucleoproteins
ribozymes RNA molecules that function as enzymes; can splice itself
genes that can give rise to two or more different polypeptides
alternative RNA splicing
depending on which segments are treated as exons
35
FARMASIUNSOED
discrete functional and structural regions of proteins that make up

domains
the modular architecture
brings amino acids to the ribosome for making the polypeptide
transfer RNA
chain; clover shaped with anticodon end and recieving end
a nucleotide triplet that will base pair with the complimentary codon
anticodon
on the mRNA
aminoacyl-tRNA
enzyme that joins the correct amino acid to tRNA
synthetase
relaxation of base-pairing rules; allows for the third base to be
wobble
different and still yield the same amino acid
ribosomal RNA composes the two ribosomal subunits
P site "peptidyl-tRNA
holds the tRNA carrying the growing polypeptide chain
site"
A site "aminoacyl-tRNA holds the tRNA carrying the next amino acid to be added to the
site" chain
E site "exit site" discharged tRNAs leave the ribosome from here
polyribosomes or multiple ribosomes can synthesize polypeptides from the same
polysomes mRNA strand at the same time
marks the polypeptides that are destined for the endomembrane
signal peptide
system or secretion
this particl is that adapter that brings the ribosome to a receptor
signal-recognition particle
protein in the ER so polypeptide synthesis can continue and be on
(SRP)
its way to the endomembrane system/ secretion
Daftar Pustaka
Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff., M., Roberts, K., Walter, P., 2008, Molecular
Biology of The Cell, 5th Edition, Garland Science, Taylor&Francis Group
Campbell, N.A., Reece, J.B., dan Mitchell, L.G., 2002, Biologi, Edisi 5, Jilid 1, Erlangga,
Jakarta
Lodish, H., 2003, Molecular Cell Biology, 5th Ed., Freeman
Yuwono, T., 2005, Biologi Molekular, Erlangga, Jakarta
36
FARMASIUNSOED

From Gene To Protein 2

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

From Gene To Protein 2

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Preface

Pada bagian terakhir akan disinggung tentang perkembangan bioinformatika yang

Yogyakarta, 28 Maret 2011

FROM GENE TO PROTEIN: TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

Biologi molekuler merupakan suatu ilmu yang mempelajari fenomena biologis

Dogma Sentral Biologi Molekuler

Salah satu hallmark (penanda/karakteristik) dari suatu kehidupan yaitu

Aliran informasi genetik mirip dengan urutan-urutan huruf tertentu yang

Transkripsi merupakan sintesis RNA berdasarkan template DNA. Kedua asam

Translasi merupakan sintesis polipeptida yang sesungguhnya, yang terjadi

Walaupun mekanisme dasar transkripsi dan translasi serupa untuk prokariot

Gambar 4. Lokasi terjadinya transkripsi dan translasi pada eukariot

Mekanisme dasar sintesis RNA

Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu:

1. Faktor-faktor pengendali transkripsi menempel di bagian promoter, misalnya

2. Pembentukan kompleks promotor terbuka (open promoter complex). Tidak

3. RNA polimerase membaca DNA cetakan (template) dan mulai melakukan

4. Setelah pemanjangan untaian RNA, diikuti dengan terminasi yang ditandai

Walaupun tahapan-tahapan yang terjadi sama antara eukariot maupun

1. Prekursor untuk sintesis RNA ada 4 macam ribonukleotida: 5-trifosfat ATP,

5. Hasil transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal.

Faktor-faktor pengendali transkripsi, salah satunya adalah Faktor Transkripsi.

Transkripsi pada Prokariot

Struktur Gen Prokariot

Gambar 7. Struktur gen prokariot

Promoter adalah urutan DNA spesifik yang berperan dalam mengendalaikan

Operator, merupakan urutan nukelotida yang terletak di antara promoter dan

Coding Region (gen structural) merupakan bagian yang mengkode urutan

RNA Polimerase, merupakan enzim yang mengkatalisis proses transkripsi.

MEKANISME TRANSKRIPSI PADA PROKARIOT

Tahapan transkripsi terdiri dari inisiasi, elongasi, dan terminasi.

Inisiasi. Transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase holoenzim

Kemudian, bagian DNA yang berikatan dengan RNA polimerase membentuk

Pada elongasi, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul

Gambar 9. Proses pembentukan ikatan fosfodiester. Gugus OH pada posisi 3 menyerang

Penghentian transkripsi (terminasi) ada 2 macam yaitu:

1. Rho-independent yaitu terminasi yang dilakukan tanpa harus melibatkan

TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT

Gen-gen pada eukariot bersifat monosistronik, artinya satu transkrip yang

Gambar 10. Bagian struktural gen eukariot

Mekanisme Transkripsi Pada Eukariot

RNA polimerase pada eukariot bermacam-macam yaitu RNA polimerase I

Berbeda dengan prokariot, RNA polymerase eukariot tidak menempel secara

Promoter eukariot sangat beragam dan sulit untuk dikarakterisasi. Basal

Gambar 11. Struktur umum dari gen eukariot

memberikan efek yang berbeda. Berbagai jenis sel mengekspresikan kombinasi

Tabel 1. Eukaryotic promoter elements

Table 2. Daftar Beberapa Faktor Transkripsi

Faktor Sequence Motif Komentar

atau alternative splicing; dapat membentuk

Proses pemanjangan transkrip berlangsung sama seperti pada prokariot.

Pre-mRNA yg dihasilkan dari proses transkipsi tidak bisa langsung dikeluarkan ke

1. Pemberian topi (capping) dan ekor (poliadenilasi)

a. Ujung ini melindungi mRNA dari degradasi enzim hidrolisis.

Gambar 12. Capping dan pemberian ekor pada mRNA

Poliadenilasi merupakan proses penambahan poliA (rantai AMP) pada ujung 3

Gambar 13. Proses splicing

Gambar 14. Alternative splicing memberikan hasil protein yang berbeda

Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada

1. messenger RNA (mRNA). mRNA kemudian bisa ditranslasi menjadi

2. ribosomal RNA (rRNA). rRNA digunakan untuk membangun ribosom, yaitu

Gambar 15. Ilustrasi translasi kodon

Translasi berlangsung di dalam ribosom, ribosom disusun oleh molekul-molekul