BAB 14

REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI

Rekombinasi Intergenik dan Pemetaan Fag Bakteri

Rekombinasi genetik pada fag bakteri ditemukan selama percobaan infeksi campuran
dimana 2 strain mutan dibiarkan menginfeksi satu biakan bakteri yang sama secara simultan.
Rekombinasi yang melibatkan 2 lokus inilah yang tergolong rekombinasi intergenik. Fag
induk yang digunakan bergenotif h+r (rentang inang wild type, lisis cepat)dan hr+ (rentang
inang lebar, lisis nomal). Apabila tidak terjadi rekombinasi, maka kedua genotip induk inilah
yang dijumpai pada genotip rekombinan. Namun, pada percobaan ditemukan juga genotip
rekombinan hr+, h+r, dan hr.
Sekalipun ditemukan berbagai jarak pautan (frekuensi rekombinasi), tidak ada
satupun yang pernah melampaui frekuensi 30%. Kejadian rekombinasi dapat terjadi melalui 2
alternatif (3 strain), yaitu: (1) Terjadi 2 kombinasi berturutan dalam sel yang sama, dan (2)
Terjadi perkawinan serempak antara ketiga kromosom dari ketiga strain pada waktu
bersamaan. Rekombinasi pada Fag berdampak pada nilai interferensi genetik. Kebanyakan
makhluk hidup, nilai interferensi genetik positif (akibat nilai koefisien koinsidensi < 1), yang
berarti bahwa peristiwa pindah silang yang terjadi pada suatu daerah kromosom akan
menghambat pindah silang pada kromosom di dekatnya. Pada persilangan fag, nilai
interferensi genetik adalah negatif akibat nilai koefisien koinsidensi > 1. Hal tersebut berarti
bahwa pindah silang pada suatu daerah kromosom akan meningkatkan kejadian pindah
silang pada daerah kromosom di dekatnya.

Rekombinasi Intragenik
Rekombinasi intragenik misalnya terjadi pada fag T4 melalui pengamatan dan
pengkajian rinci terhadap lokus rII fag T4 oleh Benzer. Benzer berhasil mengungkap
keberadaan rekombinan-rekombinan genetik yang sangat jarang terjadi akibat pertukaran
yang berlangsung dalam gen, bukan antar gen sebagaimana yang dipaparkan sebelumnya.
Peristiwa rekombinasi semacam itu terjadi antar DNA fag-fag bakteri selama infeksi simultan
terhadap E.coli.
Mutan-mutan rII tidak dapat melakukan lisis secara berhasil terhadap suatu strain
E.coli yang lain, yaitu K12 () yang telah mengalami lisogenasi oleh fag, meskipun mutan-
mutan itu mampu menginfeksi dan melalukan lisis terhadap E.coli B. Upaya lain juga
dilakukan Benzer untuk menghitung jumlah total turunan mutan maupun jumlah total
 rekombinan wild-type. Dalam hubungan ini Benzer memanfaatkan teknik pengenceran serial,
dan dengan teknik Benzer mampu menentukan mutan rII yang dihasilkan pada E.coli B
maupun jumlah total rekombinan wild-type yang melakukan lisis terhadap E.coli K12 ().
Satu upaya yang juga dilakukan itu adalah uji komplementasi. Uji komplementasi itu
dilakukan karena selama melakukan kontrol terhadap percobaannya terutama disaat E.coli
strain K12 () secara simultan diinfeksi oleh pasangan strain mutan yang berbeda, Benzer
menemukan adanya E.coli yang mengalami lisis. Apabila banyak pasangan mutan
diperlakukan pada uji komplementasi, maka tiap mutan pasti terkelompok ke dalam salah
satu dari dua kelompok komplementasi, yang disebut sebagai A dan B. Pasangan-pasangan
mutan uji yang melakukan komplementasi satu sama lain dikelompokkan ke dalam
komplementasi yang lain. Tiap kelompok komplementasi ini disebut sebagai cistron A dan B
oleh Benzer. Cistron A dan B pada lokus rll fag T4, sudah diketahui sebagai dua buah gen
yang berlainan dan cistron A adalah bagian dari cistron B. Melalui uji komplementasi, 20.000
mutan pada lokus rII dapat dipisahkan menjadi dua yaitu cistron A dan B dan 307 di
antaranya berhasil dipetakan. Hal ini mengungkan rekombinasi intragenik yang terjadi pada
cistron A maupun cistron B
Nilai frekuensi rekombinan (%) itu dipandang setara dengan jarak antara 2 mutan
(pada saat ini keduanya sama-sama merupakan bagian dari cistron yang sama). Perhitungan
tersebut perlu dikali dua karena tiap peristiwa rekombinan menghasilkan 2 produk yang
resiprok dan hanya satu diantara wild-type yang dideteksi. Sangat banyak percobaan
intragenik yang sama sekali tidak memunculkan rekombinan wild-type. Hal ini disebabkan
oleh delesi pada mutan di daerah cistron A dan B. Tapak-tapak yang mengalami mutasi
disebut titik panas atau hot spots. Dilain pihak ada pula tapak yang tidak pernah mengalami
mutasi (sehingga tidak memilki mutan).
Percobaan Benzer ini berhasil membuktikan suatu gen bukanlah partikel yang
tidakdapat dibagi. Gen merupakan bagian molekul DNA yang tersusun oleh nukleotida-
nukleotida.

1. Apa perbedaan percobaan konjugasi terputus dan tidak terputus?

Jawab: Perbedaanya terletak pada perlakuan bakteri selama konjugasi. Pada konjugasi
terputus, sel yang sedang berkonjugasi diputus prosesnya dalam waktu tertentu. Sedangkan
pada konjugasi tidak terputus, proses konjugasi dibiarkan sampai selesai sekitar 1-2 jam.
 Dalam pemetaan kromosom E. coli, lebih efektif menggunakan percobaan konjugasi terputus.
Hal itu karena percobaan konjugasi terputus lebih sederhana dan lebih langsung.

2. Mengapa nilai interferensi genetik positif pada kebanyakan makhluk hidup nilai koefisien
koinsidensi < 1? Jelaskan!
Jawab: Rekombinasi akan berdampak pada nilai interferensi genetik. Peristiwa pindah silang
yang terjadi pada suatu daerah kromosom akan menghambat pindah silang pada kromosom di
dekatnya, sehingga nilai koefisien koinsidensi < 1