Anda di halaman 1dari 17

RESUME

REGULASI EKSPRESI GEN DALAM PROKARIOTIK

Untuk Memenuhi Mata Kuliah Genetika II


Yang dibina oleh Prof. Dr. H. Agr. M. Amin, Msi
dan Andik Wijayanto, SSi, MSi.

Oleh:

Kelompok 12/ Offering H


Yasinta Swastika Ayu (150342607572)
Zauhara Faiqohtun W (150342605971)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Agustus 2017
Berdasarkan regulasi dari transkripsi pada prokariot dan eukariotik, ada 2 macam
mekanisme regulasi yakni mencakup mekanisme yang terlibat dalam turn on dan turn
off yang cepat dari ekspresi gen dalam respon perubahan lingkungan. Mekanisme
regulasi dari tipe ini sangat penting bagi mikroorganisme karena mikroorganisme sering
terpapar sehingga menyebabkan organisme tiba-tiba berubah dalam lingkungan. Organisme
ini mendukung mikroorganisme dengan plasticity, yakni sebuah kemampuan untuk
mengatur secara cepat proses metabolismenya dalam mengatur pertumbuhan dan reproduksi
dalam kondisi lingkungan dengan variabel yang tinggi. Respon cepat dari perubahan
mekanisme turn on-off lebih penting dalam eukariotik, karena eukariotik memiliki sistem
sirkulasi yang sel-selnya tiba-tiba melawan perubahan lingkungan.

Mekanisme regulasi kedua mencakup preprogrammed circuits of gene expression.


Pada mekanisme ini, contohnya pada infeksi dari sebuah virus, memicu eksrepsi dari 1 set
gen. Sebuah gen fungsional menghasilkan produk dengan turning off proses transkripsi pada
set gen pertama. Selanjutnya, satu atau lebih dari produk set gen kedua akan berperan dengan
turning on set gen ketiga, begitu selanjutnya. Pada kasus ini, untaian ekspresi gen secara
umum telah terprogam dan gen-gen ini kadang tidak dapat diaktifkan untuk keluar atau lepas
dari untaian. Seperti untauan terprogam dari eksrepsi gen pada infeksi virus. Pada kasus
untauan terprogam ini, menunjukkan sirkuit adalah siklis. Contohnya, dalam virus yang
menginfeksi, beberapa kejadiannya berhibingan dengan kemasan dari virus DNA or RNA
yang ada didalam selubung protein berubah total (reset) sehingga set gen pertama akan
terekspresi ketika virus yang progenik menginfeksi sel inang lain.

INDUCTION AND REPRESSION IN PROKARYOTES

Induksi dan penekanan pada prokariotik.

Beberapa gen seperti tRNA molekul, rRNA molekul , protein ribosomal, RNA
polymerase, dan enzim-enzim lain yang mengkatalis proses metabolisme secara teratur selalu
dibutuhkan sebagai housekeeping oleh sebagian besar sel-sel. Gen-gen yang dibutuhkan ini
menghasilkan produk dengan tipe yang selalu terekspresian pada hampir seluruh sel-sel. Gen
yang selalu terekspresikan ini disebut constitutive genes.

Gen lain yang dibutuhkan untuk pertumbuhan sel namun hanya pada keadaan
lingkungan tertentu, proses sintetisnya dapat sia-sia. Dengan menggunakan energi yang
sebaliknya dapat dimanfaatkan untuk pertumbuhan yang lebih cepat dan reproduksi dalam
keadaan lingkungan yang ada. Evolusi dari mekanisme regulasi dapat mendukung organisme
memiliki mekanisme regulasi dengan keuntungan lebih daripada organisme yang tidak
memuliki mekanisme ini, sehingga hal ini menjelaskan bahwa seperti bakteri atau organisme
primitiv lainnya, mampu berkembang cepat dan mekanismenya sangat efisien dalam
mengontrol ekspresi gen.

E.coli i dan bakteri lainnya sanggup untuk tumbuh dengan menggunakan setiap 1 dari
beberapa karbohidrat sebagai sumber energi. Jika glukosa ada dalam lingkungan, glukosa
akan digunakan E.coli, namun jika glukosa tidak ada e.coli mampu tumbuh dengan baik
dengan menggunakan karbohidrat yang lain. Sel-sel tumbuh dalam medium yang
mengandung gula laktosa sebagai contoh, sumber dari karbon tunggal menisntesis 2
enzim yakni beta-galaktosidase dan beta-galaktosa permease yang dibutuhkan secara
khusus untuk katabolisme laktosa.

Beta-galaktosidase membelah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa, dan beta-galaktosa


permease mendorong beta-galaktosidase kedalam sel. Kedua enzim ini tidak berguna untuk e
xoli ketika ada dalam lingkungan yang tidak mengandung aktosa. Sintesis dari kedua enzim
ini membutuhkan energy seperty bentuk dari ATP dan GTP. Jadi E.coli mengembangkan
sebuah mekanisme regulasi dengan sintesis dari laktosa dan enzym karabolisme aktif
ketika ada laktosa dan tidak aktif ketika laktosa tidak ditemukan.

Sel e.coli bisa dijumpai tanpa adanya glukosa namun ditemukan laktosa. Hampir
selalu, gen coding E.coli untuk enzim yang terlibat dalam pemanfaatan laktosa tidak
terekspresikan. Jika sel tumbuh pada karbohidrat selain laktosa ditransfer ke mediumyang
mengandung laktosa sebagai satu-satunya sumber karbon, sel akan mulai dengan cepat
mensintesis enzym yang dibutuhkan untuk pemanfaatan laktosa. Proses ini dengan adanya
ekspresi gen yang aktif dalam merespon senyawa dalam ingkungan disebut dengan
induction. Gen yang terekspresi disebut dengan inducible genes, dan produknya jika itu
adalah sebuah enzym disebut dengan inducible enzym. Senyawa atau molekul yang
responsible untuk induksi disebut dengan inducers.

Enzym yang terlibat dalam siklus katabolisme, seperti laktosa , galaktosa, atau
pemanfaatan arabinosa secara karakteristik bersifat inducible ( promotor untuk melakukan
suatu aktivitas dalam hal ini induction terjadi pada saat transkripsi). Induction ini mengubah
tingkat sintesis enzym, bukan aktivitas dari adanya molekul enzym. Induction tidak boleh
tercampur aduk dengan enzym aktivasi , yang mana ikatan dari molekul kecil dengan sebuah
enzym akan meningkatkan aktivitas enzym namun tidak memberikan efek pada tingkat
sintesisnya.

Proses metabolisme bakteri untuk mensintesis molekul organik seperti asam amino,
purin dan vitamin dibutuhkan untuk pertumbuhannya. Sebagai contoh, E.coli memiliki 3 gen
koding untuk enzim yang dibutuhkan dalam sintesis triptofan. 5 gene ini harus terekspresikan
dalam sel e.coli yang tumbuh dalam sebuah lingkungan tanpa adanya triptofan untuk
mendukung jumlah asam amino yang memadau untuk proses sintesis protein.

Ketika sel ekoli ada dalam sebiah lingkungan yang mengandunf konsterasi dari
triptofan yang cukup untuk mendukung eprtumbuhan yanf optimal, kelanjutan sinteesis dari
biosintesis enzym triptofan dapat menjadi energi yang sia-sia karena bakteri memiliki
kemampuan untuk mengambil triptofan eksternal. Jadi mekanisme regulasi yang berembang
dalam E.coli dengan sintesis dari biosintetik triptofan tidak aktif ketika triptofan tersedia
dalam lingkungan eksternalnya. Proses tidak aktif dari ekspresi set gen disebut dengan
repression. Sebuah fen yang terkespresi, ketika ekspresinya aktif, sebuah gen dari tipe ini
disebut dengan derepressed.

Enzym yang mengandung komponen jalur anabolisme tergolong repression.


Repression hampir sama seperti induction yang terjadi pada tingkat transkripsi. Repression
ridak seharusnya tercampur dengan feedback inhibiton yang mana ikatan dari sebuah
produk akhir pada enzim pertama dalam jalur biosintesis menghambat aktivitas dari enzym
namun tidak memberikkan efek pada proses sintesisnya.

Operon Model

Mekanisme induction dan repression dari ekspresi gen secara umum hampir sama,
yang dilakukan oleh F.Jacob dan J.Monod. Tujuan dari operon model adalah menjelaskan
gen koding dari enzym yang dibutuhkan untuk pemanfaatan laktosa dalam E.coli. Dijelaskan
bahwa transkripsi dari satu atau satu set dari gen struktural yang berdekatan diregulasi oleh
dua element kontrol. Salah satu dari elemen ini disebut dengan regulator gene ( gen
repressor) yang merupakan kode untuk protein repressor. Dalam keadaan yang tepat,
repressor akan berikatan dengan elemen kedua yang disebut dengan operator. Operator
selalu berada berdekatan dengan gen struktural atau gen regulasi yang terekspresi. Ketika
repressor berikatan dengan operator, maka transkripsi dari gen struktural tidak akan
terjadi. Hal ini terjadi karena ikatan repressor dengan operator akan mencegah RNA
polimerase untuk berikatan pada daerah promotor site, dimana promotor site akan selalu
berdekatan dengan untaian dari operator. Operator kadang terletak diantara promotor dan gen
struktural. Bagian kompleks yang saling berdekatan mencakup gen struktural, operator dan
promotor disebut dengan operon.

Repressor akan berikatan dengan operator dan menonaktifkan proses transkripsi pada
gen struktural dalam sebuah operon ditentukan oleh ada tidaknya sebuah effector molecule
(molekul kecil seperti asam amino, dan gula) dilingkungan. Pada kasus inducible operon,
effector molekul disebut dengan inducers.

Perbedaan satu-satunya antara inducible dengan repressible operon adalah dimana


repressor atau repressor-effector molecule aktif berikatan pada operon. Terdapat 2 kasus ,
kasus pertama pada inducible operon, repressor berikatan pada operator sehingga transkripsi
berhenti (turn off). Ketika terdapat molekul effector maka akan berikatan dengan repressor
dan kemudian repressor tidak akan berikatan dengan operator, inilah yang disebut dengan
ikatan repressor-inducer complex yang tidak berikatan dengan operator. Jadi, dengan
adanya penambahan inducer, menyebabkan aktifnya atau terjadi induksi pada proses
transkripsi dari gen struktural dalam operon. Kasus kedua , pada repressible operon,
keadaanya justru terbalik, yakni repressor tidak berikatan dengan operator namun
berikatan dengan effector molekul dan kemudian aktid berikatan dengan operator.
Jadi, operon akan menganktifkan proses transkripsi pada gen struktural dengan karena tidak
adanya effector molekul dan akan aktif dengan adanya effector molekul.

lac, and inducible Operon

lac operon tersusun dari sebuah promotor, sebuah operator dan 3 struktural gen z,y,
dan a yang mengkode enzym beta-galatosidase, beta-galaktosa permease, dan beta-galatosa
transacetylase. beta-galaktosa permease akan mendorong laktose dalam sel, dimana beta
galaktosidase membelahnya menjadi glukosa dan galaktosa, namun fungsi dari beta-galaktosa
transcetylase ini belum jelas.

Gen regulasi lac, menunjuk gen i untuk mengkode repressor yakni asam amino 360.
Bentuk aktif dari lac repressor adalah sebuah tetramer yang tersusun dari 4 salinan produk
dari gen i. Dengan tidak adanya inducer, repressor akan berikatan pada untaian operatir
sehingga mencegah RNA polimerase untuk berikatan dengan bagian promotor gen struktural.
Molekul-molekul dari produk gen z,y dan a tersintesis dalam wilayah yang tidak terinduksi,
sehingga menyediakan sebuah aktivitas enzym akan menurun (low level). Bagaimanapun
juga, aktivitas enzym yang menurun ini karena adanya induksi dari lac operon, karena
inducer dari operon, yakni allolactose, dibawa dari laktosa dalam sebuah seaksi yang dikatalis
oleh beta-galaktosidase. Ketika terbentuk, allolactose kemudian berikatan dengan repressor
dan menyebabkannya terlepas darioperator sehingga terjadi induksi transkripsi pada gen
struktural z,y, dan a.

Gen lac i, operator, dan promotor teridentidikasi secara umum dengan isolasi dari mutasu
pada unit genetic yang non functional. Mutasi pada gen i dan operator hasilnya dpat dilihat
melalui sintesis dari pemanfaatan enzym laktosa. Mutasi ini menggambarkan i- dan oc
berturut-turut. Mutasi I- dan oc dapat dipisahkan tidak hanya dari posisinya namun juga dari
sifat F merozygotes yang terletak dalam konfigurasi cis dan trans yang berhubungan dengan
mutasi dalam gen struktural lac.

Merozygotes dari genotif Fi+ o+ z+ y+ a+ /i+ o+ z- y- a-atau genotif F i+ o+ z - y - a- /i+


o+ z+ y+ a+ bersifat inducible untuk pemanfaatan laktosa sebagai sumber karbon, seperti sel
wild-type yang haploid. Alel wildtype dari tiga gen struktural bersifat dominan pada alel
mutannya. Hal ini terjadi karena wildtype alel memproduksi enzim fungsional, dimana
alel yang mutan tidak memproduksi enzim. i+ dominan terhadap i- , i+ melambangkan
protein yang aktif (molekul repressor) dan i- merupakan protein inaktif sehingga genotip Fi+
o+ z+ y+ a+ /i- o+ z+ y+ a+ bersifat inducible untuk proses sintesis 3 enzim yang ditetapkan oleh
lac operon.

Merozygotes dari genotif Fi+ o+ z+ y+ a+ /i- o+ z- y- a- atau genotif Fi+ o+ z- y-a-/i-o+


z+y+a+ bersifat inducible untuk beta-galaktosidase, beta-galaktosa permease, dan beta
galaktosidase trans seperti sel wild type. hal ini memungkinkan gen i untuk mendifusi
produknya, sejak inilah maka akan memengaruhi ekspresu gen yang ada di cis atau trans.
Pada bagian lain, mutasi operator oc hanya berperan dalam bagian cis, sehingga
menyebabkan ekspresi gen struktural yang ada di kromosom yang sama .

Promotor lac tersusun 2 gungsi yang berbeda komponennya, 1) ikatan RNA


polimerase 2) daerah ikatan untuk protein lain yang disebut protein aktivator katabolis yang
memiliki fungsi seperti lac operon yakni tidak akan menerjemahkan ketika ada glukosa
dalam konsentrasi cukup untuk mendukung pertumbuhan optimalnya.

Trp, a Repressible Operon


Repressor Operon Trp adalah produk dari gen trpR yangmana tidak dekat dengan
operon trp. Dalam keadaan tidak adanya triptofan, RNA polimerasi akan berikatan pada
daerah promotr dan menerjemahkan gen struktural dari operon. Dalam adanya triptofan,
maka repressor-corepressor membentuk ikatan kompleks pada operator dan mencegah RNA
polimerasi berikatan pada bagian promotor. Untaian operator dari operon trp seluruhnya
terletak dalam area promotor.

Tingkat transkripsi operon trp dalam keadaan tidak adanya triptofan sekitar 70times
dari tingkat transkripsi dalam keadaan adanya triptofan. Pada trpR mutan, mereka tidak
mampu membentuk repressor, karena tingkat sintesis dari biosintesis triptodan enzym
mengalami penurunan sekitar 10-fold dengan penambahan triptofan kedalam medium.
Pengurangan ini terjadi karena adanya attenuation yang terjadi oleh triptifan diperantarai oleh
terminasi dari transkripsi daerah trpL operon.

Positive control of the lac Operon by CAP and Cyclic AMP

Kontrol positif dari operon lac dengan CAP dan siklus AMP

Operon merupakan cara untuk menjelaskan induksi dari biosintesis dari enzum yang
terlibat dalam pemanfaatan laktosa ketika gula ditambahkan kedalam medium dimana E.coli
tumbuh. Adanya glukosa, mampu mencegah induksi dari operon lac, seperti sebuah enzym
operon kontrol yang terlibat dalam katabolisme karbohidrat. Fenomena catabolite repression
(atau efek glukosa) berkembang untuk memastikan bahwa glukosa mengalami metabolisme
ketika glukosa itu ada, sebagai sumber energi.

Repression catabolit dari operon lac memperantarai positif control dari transkripsi
oleh sebuah regulasi protein disebut dengan CAP ( Catabolite Activator Protein) dan
sebuah molekul effector kecil disebut AMP siklik. Promotor lac memiliki 2 daerah yang
berbeda yakni 1) untuk RNA polimerasi berikatan 2) untuk CAP-cAMP complex. CAP-
cAMP harus berikatan pada bidning site dalam promotor lac untuk mengalami proses induksi
pada operon. CAP-cAMP complex menggunakan kontrol positive pada transkripsi operon
lac. Hal ini memiliki dampak pasti pada ikatan repressor di sebuah operator. Walaupun,
mekanisme tepat oleh CAP-cAMP menstimulasi RNA polimerase berikatan pada promotor
ini masih belum tentu, positiv kontrol dari transkripsi operon lac ini terancang secara tegas
dalam eksperimen in vivo maupun in vitro.
CAP berfungsi sebagai dimer, jadi seperti repressor lac, CAP ini bersifat multimeric
pada fungsinya. hanya ikatan CAP-cAMP complex berikatan pada promotor lac, dalam
tidak adanya cAMP, CAP tidak mampu berikatan. cAMP berperan sebagai effector
molekul, menentukan effek dari CAP pada transkripsi operon lac. Konsentrasi
intraceluller cAMP ini sensitif terhadap ada atau tidaknya glukosa. Pada konsentrasi gula
yang tinggi, mampu menyebabkan penurunan tajam dalam konsentrasi intraseluler dari
cAMP. Bisa jadi glukosa, menghambat aktivitas dari adenylcyclase, sebuah enzim yang
mengkatalis pembentukan cAMP dari ATP. Apapun mekanismenya, adanya glukosa
mampu mengurangi konsentrasi intraseluler dari cAMP. Tidak adanya cAMP, CAP tidak
dapat berikatan pada promotor operon lac. RNA polimerasi tidak dapat berikatan pada bagian
promotor operon lac ketika tidak terbentuk ikatan CAP. Hasil keseluruhan dari positif
kontrol transkripsi dari operon lac oleh CAP-cAMP kompeks adalah bahwa dalam adanya
glukosa, transkripsi operon lac tidak akan pernah melebihi 2% daru tingkat induksi ketika
tidak adanya glukosa.

Regulasi kompleks dari ara operon

Pada operon lac dan trp, produk dari gen pengatur, represor, berfungsi secara negatif,
mematikan transkripsi operon. Dilain pihak, protein activator katabolit (PAC) digunakan
sebagai control positif dari lac operon dengan menstimulasi transkripsi dari operon. Protein
utama yang meregulasi ara operon menunjukkan antara efek positif dan negative dari
transkripsi gen structural operon tergantung pada kondisi lingkungan. Lebih dari itu,
komponen yang mengatur transkripsi dari ara operon termasuk satu elemen yang bertindak
dari jarak lebih dari 200 pasangan nukleotida dari promotor yang membantu
mengendalikannya.

Arabinose (ara) operon E. coli terdiri dari tiga gen structural (araB, araA, dan araD)
yang mengkode tiga enzim yang terlibat dalam katabolisme arabinose. Ketiga gen ini
ditransfersikan pada mRNA tunggal yang dimulai pada promoter yang disebut P BAD
(transport aktif arabinose ke dalam sel dilakukan oleh produk dari gen araE, araF, araG.
Gen. Protein utama yang mengatur ara operon (protein araC) diproduksi oleh transkrip yang
dimulai pada promoter yang disebut PC. Promoter PC hanya sekitar 100 pasang nukleotida
dari PBAD. Protein araC bertindak sebagai regulator negatif (repressor) transkripsi araB, araA
dan araD, gen struktural dari promotor PBAD dengan tidak adanya arabinosa dan siklik AMP
(cAMP). Gen ini juga bertindak sebagai regulator positif (aktivator) transkripsi dari promoter
PBAD, ketika arabinose dan siklik AMP hadir. Dengan demikian, tergantung antara ada atau
tidaknya molekul efektor dari arabinose dan cAMP, produk gen yang mengatur araC
menunjukkan efek positif dan negative dari transkripsi gen struktural araB, araA, dan araD.
Karena operon ara bergantung pada represi katabolit seperti operon lac (lihat bagian
sebelumnya) dan dengan demikian mengendalikan positif oleh CAP dan induksi cAMP pada
operon ara bergantung pada efek regulasi positif dari dua protein protein araC dan CAP
(cAMP mengikat protein aktivator katabolit). Situs pengikat untuk kedua protein ini dan
untuk RNA polimerase semuanya nampak terletak di wilayah operon ara yang secara historis
disebut araI (I untuk induksi), terletak di antara tiga gen struktural operon dan gen regulator
(araC).

Penemuan yang mengejutkan bahwa represi dari operon ara tergantung pengikatan
protein araC pada situs yang disebut dengan araO2. (O untuk operator, 2 Karena itu adalah
operator ara kedua yang teridentifikasi) terletak pada 211 pasang nukleotida di hulu
(tergantung terhadap arah transkripsi dari PBAD) dari situs pengikatan protein araC pada araI.
(Operator araO1, operator ara yang pertama teridentifikasi, kontrol transkripsi gen regulator
araC yang dimulai dari Pc) model sekarang yang diterima untuk represi ara operon adalah
protein araC harus berikatan (membentuk dimer) antara situs araI dan araO2, dan protein ini
harus berikatan dengan satu sama lain untuk membentuk sebuah DNA Loop dibutuhkan
untuk represi.

Ketika struktur loop sudah terbentuk, itu akan menghalangi atau mencegah
berikatannya RNA polymerase pada promoter (PBAD) operon yang berdekatan. Ketika
arabinose dan cAMP hadir, maka operon ara akan terinduksi. Dalam kondisi ini protein araC
akan muncul menjadi activator transkripsi dari operon. Mekanisme dari arabinose
menyebabkan protein araC menjadi regulator positif dari transkripsi operon yang tidak jelas.
Protein kompleks arabinose-araC dan kompleks cAMP-CAP harus membuka loop dengan
mengikat protein pada situs araI. Hal ini, harus mengizinkan RNA polymerase untuk
mengikat situs PBAD dan memulai transkripsi dari gen structural ara.

Sehingga dapat diketahui bahwa regulasi transkripsi operon ara dari E. coli sangat
kompleks daripada regulasi transkripsi operon lac.
Represi Profag Lambda saat Lisogeni

Ketika bakteriofag lambda pada tahapan profag di sel lisogenik, gen pengkode yang
menghasilkan produk dalam jalur litik adalah gen yang mengendalikan replikasi DNA fag,
morfogenesis fag dan lisis sel inang tidak dapat diekspresikan. Hal ini dilakukan oleh jalur
repressor-operator-promotor seperti pada operon bakteri. Khususnya gen C1 pada fag lambda
pengkode repressor merupakan suatu protein yang ditandai dengan berat molekul 27000 yang
dalam keadaan dimer atau tetramer berlekatan dengan dua daerah operator yang
mengendalikan transkripsi gen lambda pada pertumbuhan litik. Dua daerah perlekatan protein
tersebut adalah OL (untuk transkripsi sebelah kiri) dan OR (untuk tanskripsi sebelah kanan)
bertumpukan dengan urutan promotor dimana RNA polymerase melekat yang berfungsi
untuk menginisiasi transkripsi gen yang mengontrol daurlitik. Dengan demikian dengan
melekatnya represor pada dua operator, menyebabkan RNA polymerase tidak dapat melekat
pada promotor sehingga transkripsi tidak dapat berjalan dan ekspresi gen tidak dapat
berlangsung.

Dalam suatu percobaan di mana daerah operator dan promotor dari fag lambda
diurutkan, masing-masing operator ditemukan mengandung tiga tempat pengikatan represor
dengan 17 pasang nukleotida serupa, namun tidak identik. Masing-masing situs pengikatan
represor memiliki dua bagian simetri parsial pada pasangan basa bagian pusat. Simetri parsial
dapat menfasilitasi interaksi dengan dimer represor.
Ket: Represi dari gen fag lambda yang mengendalikan perkembangan litik olek pengikatan
produk gen C1 (represor) dengan dua urutan operator (OL dan OR) yaitu yang mengendalikan
transkripsi sebelah kiri dan sebelah kanan pada kromoson lambda.. Bentuk sirkular dari
intraseluler merupakan kromosom lambda yang menunjukkan lokasi gen C1, P LOL (promotor
sebelah kiri, operator sebelah kiri). ORPR (Operator sebelah kanan promotor sebelah kanan),
ujung dari bentuk linier dari kromosom lambda dan beberapa gen yang mengenalikan
perkembangan litik. Perhatikan bahwa setiap urutan operator memiliki tiga tempat pengikatan
represor, operator dan promotor (situs pengikatan RNA polimerase) secara tumpang tindih.
Urutan pasangan nukleotida pada daerah OR ditunjukkan pada bagian atas, dimana sekitar 17
pasang nukleotida pada masing masing represor.

Kontrol Operon trp oleh Atenuasi

Represi dan depresi dapat mengubah tingkat ekspresi gen struktural operon trp sekitar
70 kali lipat. Namun regulasi ekspresi operon trp ada pada tingkat kedua. Pada mutan trpR
yang tidak dapat membuat represor, penambahan triptofan pada kultur sel yang tumbuh tanpa
triptofan akan menyebabkan 8 sampai 10 kali lipat penurunan tingkat sintesis enzim
biosintesis triptofan. Selain itu, penghapusan yang menghilangkan sebagian wilayah trpL
menghasilkan peningkatan tingkat ekspresi operon trp. Efek dari penghapusan ini adalah
independen, peningkatan terjadi baik pada represi dan depresi.
Tingkat kedua dari pengaturan operon trp disebut atenuasi dan sequence yang ada
dalam trpL yang mengendalikan fenomena ini disebut attenuator. Atenuasi terjadi dengan
cara mengontrol penghentian transkripsi di lokasi dekat leader sequence mRNA. Penghentian
transkrip operon trp "prematur" ini terjadi hanya dengan adanya tRNAtrp triptofan dan
menghasilkan transkrip leader sequence sepanjang 140 nukleotida.

Daerah attenuator memiliki urutan pasangan nukleotida yang pada dasarnya identik
dengan sinyal terminasi transkripsi yang ditemukan di ujung pada kebanyakan operon
bakteri. Sinyal terminasi mengandung banyak akan GC diikuti oleh pasangan basa AT. Sinyal
penghentian transkripsi ini menghasilkan RNA yang baru dengan potensi untuk membentuk
ikatan hidrogen dengan struktur "jepit rambut" yang diikuti seperti bentuk U. Ketika sebuah
transkrip yang baru membentuk struktur jepit rambut, menyebabkan adanya perubahan
konformasi pada RNA polimerase, yang mengakibatkan penghentian transkripsi dengan
diikuti melemahnya ikatan hidrogen pada pasangan basa DNA- RNA. Urutan nukleotida dari
attenuator memiliki kemampuan untuk menghentikan transkripsi operon trp sebelum
waktunya. Bagaimana hal ini dapat diatur oleh ada tidak adanya triptofan?

Yang pertama, pada prokaryota proses transkripsi dan translasi digabungkan, artinya
ribosom menterjemahkan mRNA saat transkripsi.

Yang kedua, leader sequence yang panjang sekitar 162 nukleotida dari mRNA trp
operon yang berisi urutan pasangan basa membentuk struktur sekunder. Dua urutan
membentuk jepitan rambut yang menghentikan transkripsi. Jepit rambut ini dibentuk oleh
pasangan basa antara urutan nukleotida 114-121 dan 126-134 (nukleotida 1 pada ujung 5 ').
Jika urutan 74-85 dan 108-119 dipasangkan secara basa, maka attenuator jepit rambut yang
menghentikan traskripsi tidak dapat terbentuk.

Ketiga, leader sequence berisi kodon inisiasi translasi AUG, diikuti oleh 13 kodon
untuk asam amino, diikuti oleh kodon penghentian translasi UGA. Selain itu, leader sequence
dari trp mengandung situs pengikat ribosom untuk inisiasi translasi pada kodon inisiasi AUG.
Hampir sama dengan 14 asam amino panjang atau leader peptida. Leader peptida belum
terdeteksi in vivo, namum peptida jenis pendek sangat cepat terdegradasi pada E.coli.

Leader peptida mengandung dua residu triptofan berdekatan. Kedua kodon diposisikan
sedemikian rupa sehingga dengan tidak adanya triptofan (dan dengan demikian tidak adanya
trp- tRNA), ribosom akan menjadi terhenti sebelum menemukan struktur pasangan basa
yang dibentuk oleh leader sequence 74-85 dan 108-119. Pasangan basa menghalangi
pembentukan hairpin yang menghentikan transkripsi, sehingga dengan tidak adanya
triptopan, transkripsi akan berlanjut melewati atenuator ke gen tprE.

Dengan adanya triptofan, ribosom dapat menerjemahkan kodon trp ke kodon terminator
leader peptida. Dalam prosesnya, ia harus mengacaukan pasangan basa antara leader
sequence 74-85 dan 108-119. lepasnya urutan 114-121 memungkinkan adanya pasangan basa
pada urutan 126-135 membentuk jepitan rambut terminator (penghenti) transkripsi. Dengan
demikian, adanya triptofan, transkripsi berakhir pada atenuator, mengurangi jumlah mRNA
untuk gen struktural trp.

Transkrip operon trp dapat diatur pada kisaran hampir 700 kali lipat oleh efek gabungan
dari represi (sampai 70 kali lipat) dan atenuasi (hingga 10 kali lipat).

Regulasi transkripsi oleh atenuasi tidak di khususkan pada trp operon saja. Enam
operon (trp, thr, ilv, leu, phe, and his) diketahui diatur oleh atenuasi. Trp dan phe diatur oleh
represi. His operon diatur sepenuhnya oleh atenuasi.

Inhibisi Umpan Balik dan Enzim Alosterik


Penyesuaian regulasi metabolisme terjadi pada tingkat aktivitas enzim. Adanya
konsentrasi produk akhir yang cukup (seperti histidin dan trypotofan) pada jalur biosintetik
akan menyebabkan penghambatan enzim pertama dalam jalur. Fenomena ini disebut inhibisi
umpan balik atau penghambatan produk akhir.

Enzim penghambat umpan balik memiliki situk pengikatan produk akhir. Beberapa
enzim multimerik, setelah mengikat produk akhir, enzim ini diyakin berubah kornformasi
yang disebut transisi allosteric yang mengurangi afinitas untuk subtratnya. Protein yang
mengalami konformasi disebut protein alosteric.

Urutan temporal ekspresi gen selama infeksi fag


Regulasi ekspresi gen selama siklus hidup litik bakteriofag sangat berbeda dari switch
on-off reversibel karakteristik operon bakteri. Sebagai gantinya, gen virus diekspresikan
dalam urutan yang diprogram secara genetis, serupa dengan rangkaian ekspresi gen yang
terlibat dalam diferensiasi pada organisme yang lebih tinggi. Meskipun berbeda, virus bakteri
menunjukkan variasi mekanisme yang saling terlibat secara spesifik. Satu set gen fag yang
disebut gen awal akan segera diekpresikan setelah infeksi. Produk dari satu atau lebih gen
"awal" bertanggung jawab untuk mematikan ekspresi gen "awal" dan mengaktifkan ekspresi
gen berikutnya. Dua sampai empat set gen tergantung pada karakteristik virus yang terlibat.
Sejauh ini, regulasi ekspresi gen berurutan selama infeksi gen terjadi terutama saat
transkripsi.

Pada tiga virus bakteri yang paling banyak dipelajari adalah E.coli fag T4 dan T7 serta
Bacillus subsitis fag SP01, ekspresi gen dikendalikan dengan memodifikasi promotor RNA
polymerase secara spesifik, baik dengan sintesis RNA polymerase baru (T7) atau dengan fag
induksi perubahan sel inang RNA polymerase (T4 dan SP01)

Pada fag T7- penginfeksi sel, gen awal ditranskripsikan oleh RNA polymerase E.coli.
Salah satu pengkode gen awal RNA polimerase T7, yang mana mentransipsikan gen
akhir (pengode protein struktural T7, lisozim dan lain-lain). Basillus subtilis fag SP01
menunjukkan urutan jalur ekspresi gen yang lebih kompleks, yang melibatkan tiga set gen
yaitu gen awal , tengah dan akhir mengacu pada waktu ekspresi mereka selama siklus
reproduksi fag. Gen awal SP01 ditranskripsikan oleh RNA polimerase B.subtilis. Salah satu
produk gen "awal" adalah polipeptida yang mengikat RNA polymerase sel inang, mengubah
spesifisitasnya sehingga dapat mentranskripsi gen "tengah" dari SP01. Dua dari produk gen
tengah adalah polipeptida yang berasosiasi (berhubungan) dengan RNA polimerase
B.subtilis, mengubah spesifitasnya sehingga dapat mentranskripsi gen akhir dari SP01.

Fag T4 menunjukkan pola gen berurutan yang lebih kompleks, melibatkan beberapa
modifikasi yang berbeda dari RNA polimerase sel inang. Jadi, dalam kasus virus bakteri ini,
kontrol ekspresi gen sekuensial terutama pada tingkat transkripsi dan dimediasi oleh interaksi
urutan promotor RNA polimerase tertentu.
Pertanyaan

1. Bagaimana kita mampu membedakan antara induction mechanism dan repression


mechanism?
Jawaban : induction mechanism berkaitan dengan ikatan antara repressor dengan
operator mampu mencegah RNA polimerase untuk berikatan pada bagian promotor
sehingga proses transkripsi akan dinonaktifkan (turn off), namun jika terjadi
penambahan effector molecule seperti asam amino maka repressor akan berikatan
dengan effector molecule, sehingga repressor lepas dari operator memungkinkan
RNA polimerase untuk berikatan pada bagian promotor dan memulai proses inisiasi
transkripsi pada gen struktural, sehingga repressor berikatan dengan operator
bergantung pada ada tidaknya effector molecule dalam lingkungan. Repression
mechanism berkaitan dengan ikatan antara repression dengan operator hanya jika
adanya effector molecule. Jika effector molekul tidak ada, maka operator akan bebas
dan memungkinkan RNA untuk berikatan pada bagian promotor dan menginisiasi
transkripsi. Ketika effector molecule ada, akan membentuk ikatan kompleks pada
bagian operator sehingga mencegah RNA polimerase untuk berikatan pada bagian
promotr dan mentranskripsi 3 gen struktural.

3. Bagaimana cara kerja represi pada bakteri lambda?

Jawaban : hal ini dilakukan oleh jalur repressor-operator-promotor. Dimana repressor


merupakan suatu protein yang dalam keadaan dimer atau tetramer berlekatan dengan
dua daerah operator yang mengendalikan transkripsi gen lambda pada pertumbuhan
litik. Daerah perlekatan protein tersebut bertumpang tindih dengan urutan promotor
dimana RNA polymerase melekat. Dengan demikian dengan melekatnya represor
pada dua operator, menyebabkan RNA polymerase tidak dapat melekat pada promotor
sehingga transkripsi tidak dapat berjalan dan ekspresi gen tidak dapat berlangsung.

4. Apa fungsi atenuasi dan bagaimana mekanisme kerjanya?

Jawaban : Atenuasi terjadi untuk mengontrol penghentian transkripsi di lokasi dekat


leader sequence mRNA. Mekanismenya dimana atenuasi terjadi pada proses regulasi
kedua yang dilakukan oleh attenuator. Daerah attenuator memiliki urutan pasangan
nukleotida yang pada dasarnya identik dengan sinyal terminasi transkripsi yang
ditemukan di ujung pada kebanyakan operon bakteri. Sinyal terminasi mengandung
banyak akan GC diikuti oleh pasangan basa AT. Sinyal penghentian transkripsi ini
menghasilkan RNA yang baru dengan potensi untuk membentuk ikatan hidrogen
dengan struktur "jepit rambut" yang diikuti seperti bentuk U. Ketika sebuah transkrip
yang baru membentuk struktur jepit rambut, menyebabkan adanya perubahan
konformasi pada RNA polimerase, yang mengakibatkan penghentian transkripsi
dengan diikuti melemahnya ikatan hidrogen pada pasangan basa DNA- RNA. Urutan
nukleotida dari attenuator memiliki kemampuan untuk menghentikan transkripsi
operon trp sebelum waktunya.