Anda di halaman 1dari 9

Hirarki dan Diferensiasi Genetik Tanaman Sagu di Indonesia

Berdasarkan Penanda RAPD


(Hierarchy and differentiation genetic of sago palm in Indonesia based on RAPD markers)

Barahima Abbas1, Muhammad Hasyim Bintoro2, Sudarsono2, Memen Surahman2


dan Hiroshi Ehara3

Key words : Sago palm, population, genetic hierarchy, genetic differentiation


Kata kunci : tanaman sagu, populasi, hirarki genetik, diferensiasi genetik
genetik tanaman sagu berdasarkan
Abstract penanda molekuer RAPD. Keragaman
genetik tanaman diungkapkan dengan
The objective of research was to reveal menggunakan 10 jenis primer RAPD
genetic hierarchy and differentiation of yang diamplifikasi dengan menggunakan
sago palm based on RAPD molecular mesin PCR. Hasil penelitian
marker. The genetic hierarchy and menunjukkan bahwa ditemukan
differentiation of sago palm were sebanyak 86 lokus dari 10 primer RAPD
revealed by using 10 RAPD primers yang digunakan pada 100 individu
which were amplified by using PCR sampel tanaman sagu. Hirarki genetik
tools. The results showed that 86 RAPD tanaman sagu menunjukkan bahwa pada
loci were identified on 100 individual level antar individu dan populasi
sago palm samples. There were strong berbeda sangat nyata, sedang pada level
significant differences on genetic pulau berbeda nyata. Diferensiasi genetik
hierarchy of sago palm among sampel tanaman sagu menunjukkan
individuals and among population, while bahwa populasi tanaman sagu
in the level of island was only mengalami diferensiasi berdasarkan nilai
significantly different. Population of probabilitas Fst dan exact test (chi-
Pontianak and Selat Panjang were square). Populasi dari Pontianak
significantly different from the whole of berbeda nyata untuk semua populasi
population, except population of Bogor. begitu pula populasi dari Selat Panjang
The genetic differentiation showed berbeda nyata dengan semua populasi
samples of sago palm were differentiated kecuali populasi dari Bogor. Hasil
in the level of individuals, populations, kalkulasi diferensiasi genetik
and islands. Base on the observation, menunjukkan bahwa sampel telah
each populations in each islands need to mengalami diferensiasi pada level
be considered as sources of germplasm individu, populasi. Berdasarkan
of sago palm for collection program of observasi, tiap-tiap populasi sagu di tiap-
sago palm germplasm. tiap pulau perlu dipertimbangkan
sebagai sumber plasma nutfah untuk
program kegiatan koleksi plasma nutfah
Sari sagu.
Penelitian ini bertujuan untuk
mengungkapkan hirarki dan diferensiasi
Pendahuluan
1) Staf Pengajar Fakultas Pertanian dan Indonesia memiliki pertanaman sagu
Teknologi Universitas Negeri Papua dan hutan sagu yang luas dan tersebar di
(UNIPA), Mobile phone 085244696549; e- berbagai pulau di Indonesia. Areal sagu
mail: barahimabas@yahoo.com di Indonesia dapat dijumpai dari Sabang
(korespondensi)
sampai Merauke dengan karakteristik
2) Staf Pengajar Fakultas Pertanian Institut
Pertanian Bogor (IPB) yang beraneka ragam dan nama lokal
3) Staf Pengajar Fakultas Bioresources
Universitas Mie, Jepang

Hirarki dan Diferensiasi Genetik Tanaman Sagu di Indonesia Berdasarkan Penanda RAPD 1
yang bervariasi pula. Pertanaman sagu Kekurangan yang terjadi dapat
dan hutan sagu di dunia diperkirakan dieliminasi dengan hanya menskor
mencapai 2 juta hektar, 50% (1 juta fragmen major (Tessier et al. 1999 dan
hektar) berlokasi di Indonesia (Flach Powel et al. 1995) dan diulang minimal
1983). Kertopermono (1996) dua kali (Bronzini et al. 2002 dan Ehara
melaporkan bahwa luas areal sagu di et al. 2003).
Indonesia jauh lebih luas dibanding
Penanda molekuler RAPD digunakan
dengan yang dilaporkan Flach (1983)
untuk berbagai tujuan yaitu studi
yaitu seluas 1.528.917 Ha dengan
keragaman genetik, hirarki genetik,
penyebaran: Irian Jaya 1.406.469 Ha,
diferensiasi genetik, kekerabatan
Maluku 41.949 Ha, Sulawesi 45.540
genetik, dan struktur genetik
Ha, Kalimantan 2.795 Ha, Jawa Barat
(Sripaoraya et al. 2001, Geraci et al.
292 Ha, dan Sumatera 31.872 Ha. Luas
2001, Stallen et al. 2001, Hill dan Weir
areal penyebaran sagu di Indonesia
2004, dan Shrestha et al. 2002).
tidak menyebar rata begitu pula
Dokumentasi keragaman genetik dengan
keragamannya. Flach (1983)
menggunakan penanda RAPD telah
memperkirakan keragaman sagu di
dilakukan oleh Faccioli et al. (2000)
Indonesia lebih tinggi dijumpai di
pada tanaman Osteospermum sp,
propinsi Papua dibanding dengan pulau-
Lanteri et al. (2001) pada tanaman
pulau lainnya di Indonesia.
Cynara cardunculus L., dan Dwivedi et
Kekayaan keragaman sagu yang dimiliki al. (2001) pada tanaman Arachis
sekarang ini dari tahun ke tahun hypogaea L.
mengalami erosi plasma nutfah sejalan
Struktur genetik merupakan hal yang
dengan tingkat konversi lahan atau
esensial dalam konservasi plasma
hutan sagu menjadi lahan komoditas
nutfah, menentukan eksistensi dan
lain atau bagunan dan tingkat
mutasi atau differentsiasi yang terjadi
eksploitasi yang berlebihan (Tenda et
pada struktur populasi. Shrestha et al.
al. 2006). Konservasi plasma nutfah
(2002) mengukur tingkat differensiasi
dapat dilakukan dengan cara in situ dan
populasi A. raddiana Savi. melalui
ex situ. Konservasi secara ex situ
perhitungan nilai struktur genetik,
memerlukan informasi genetik tanaman
begitu pula Provan et al. (1998)
yang akan dikonservasi agar efisien
menunjukkan proporsi diferensiasi
dalam penggunaan ruang dan
populasi P. sylvestris L. dengan
penanganannya. Informasi keragaman
menghitung ragam hirarki genetik.
genetik dapat diungkapkan dengan
Penelitian ini bertujuan mengungkapkan
berbagai macam teknik molekuler.
tingkat polimorfisme penanda RAPD,
Salah satu teknik molekuler yang
hirarki dan diferensiasi genetik tanaman
dianggap sederhana, persiapannya
sagu di Indonesia.
relatif mudah, dan relatif murah yaitu
penanda molekuler RAPD. Kelebihan
penanda RAPD yaitu mudah diterapkan Bahan dan Metode
untuk pengujian keragaman
(Ferdinandez et al. 2001, Powel et al. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium
1995, dan Colombo et al. 1998), tidak Molekuler Biologi Tanaman (PMB)
menggunakan radioaktif dan relatif IPB, Bogor dan Laboratorium Crop
murah dibanding dengan penanda Production and Ecology Fakultas
molekuler lainnya (Powel et al. 1995). Bioresources, Universitas Mie, Jepang.
Kekurangan penanda RAPD yaitu Total 100 sampel rumpun tanaman sagu
amplifikasi fragmen yang dihasilkan yang digunakan pada penelitian ini dari
tidak reprodusibel (Jones et al. 1998). enam pulau di Indonesia diseleksi

2 Zuriat, Vol. 20, No. 1, Januari-Juni 2009


berdasarkan nama lokalnya (Tabel 1). primer (Tabel 2). Kondisi PCR yang
Sampel daun dikoleksi dan diawetkan digunakan mengikuti metode yang
dengan menggunakan butiran silika gel digunakan oleh Ehara et al. (2003)
yang disimpan dalam kantong plastik, dengan sedikit modifikasi yaitu:
mengikuti prosedur (Chase dan Hill 0.12M, 0.63 U Ampli Taq GoldTM,
1991). Isolasi dan ekstraksi total DNA 10ng DNA genom dan fragmen
dari daun tanaman sagu kering amplifikasi dielektroforesis dengan
dilakukan dengan mengikuti prosedur menggunakan 1.7 % gel agaros dalam 1
dari Qiagen DNA extraction kit x TBE buffer, difiksasi pada etidium
(Qiagen 2003). Bromida, dan divisualisasi dan
divisualisasi dengan meng-gunakan
Primer RAPD yang digunakan pada
Densitograph, Bioinstrument ATTA.
percobaan ini yaitu: 10 jenis (10-mer)

Tabel 1. Lokasi tempat tanaman sagu dikoleksi, nama lokal dan nomor sampel
individu yang digunakan.
Pulau Populasi Nama lokal (nomor individu) Pulau Populasi Nama lokal
Papua Jayapura Bharahabow (6), Bharahabow- Ambon Ambon Hihul (10)
1(92), Bharawalisa (7), Tuni (41) Makanalu
Bharawalisa-1 (97), Bharawalisa-2 (45)
(98), Folo (9), Folo-1 (87), Folo-2 Sulawesi Palopo Sulsel-P (36), Sulsel-R (37),
(88), Hobolo (11), Osukhulu (24), Tawaro (39), dan
Osukhulu-1 (93), Osukhulu-2 (94), Tawaroduri (40)
Phane (27), Phane-1 (91), Phane-2 Kalimantan Pontianak Pontianak-1 (51), -2 (52), -3
(95), Rondo (34), Rondo-1 (100), (53), -4 (54), -5 (55), -6
Ruruna (35), Ruruna-1 (89), (56), -7 (57), -8 (58), -9
Ruruna-2(90), Wani (46), Wani-1 (59), -10 (60), -11 (61), -12
(86), Yakhalobhe (49), Yebha (50), (62), -13 (63), -14 (64), -15
Yerirang (14), Yerirang-1(96), dan (65), -16 66), -17 (67), dan
Yerirang-2(99) 18 (68)
Serui Aming (1), Aming-1 (75), Jawa Bogor Kirai-1 (15) dan Kirai-2
Animpeun (3), Awa (5), Awa-1(76), (16)
Awa-2 (77), Huworu (12), Huworu-
1(81), Huworu-2 (82), Kurai (18),
Kurai-1(84), Kurai-2 (85), Sunare
(38), Sunare-1(79), Sunare-2 (80),
Weun (47), Owawu mambai 25),
Owawu ureifasei 26), Owawu-1
(73), Umar (43), Umar-1 (83),
Umbeni (44), Woru (48), dan
Woru-1(78)
Manok- Antah (4), Anandong (2), MKW Sumatera Selat Molat (23), Riau-1 (29),
wari (19), MKW-1 (20), MKW-D1(21), Panjang Riau-2 (30), Riau-D1 (31),
dan MKW-D2 (22) Riau-D2 (32), Rotan (33),
dan Tuni-R (42)
Sorong Bosairo (8), Bosairo-1 (69),
Bosairo-2 (70), Igo (13), Kororo
(17), Kororo-1 (74), Raimamare
(28), Raimamare-1 (71), dan
Raimamare-2 (72)

Keanekaragaman Genetik Populasi Mucuna Berdasarkan Karakter Morfologi 3


Analisis Data. Hirarki genetik Genetik Analysis (TFPGA 1.3, Miller
diestimasi dengan AMOVA dengan 1997).
menggunakan Arlequin software 2.0
(Schneider et al. 2000). Uji AMOVA
memungkinkan untuk mengestimasi Hasil dan Pembahasan
komponen ragam sampel antar individu, Jumlah fragmen pita DNA yang
antar populasi dan antar pulau. Nilai teramplifikasi dari 10 primer (10 mer)
signifikan dihitung dari matriks dengan sebanyak 86 fragmen yang semuanya
permutasi 10000 kali. AMOVA polimorfik (100%) dengan ukuran
didasarkan pada jarak antar penanda fragmen DNA antara 150 pasang basa
RAPD yang dikalkulasi (sampel pada (bp) dan 1800 bp (Tabel 2) dan jumlah
level individu, populasi, dan pulau) dari genotipe masing-masing populasi antara
jumlah kuadrat perbedaan pengulangan 2 - 27 (Tabel 3). Polimorfisme pita
(repeat differences) antar dua genotipe RAPD dan jumlah genotipe yang
dengan rumus: dxy = (axy -ayi)2, axy dan dijumpai pada penelitian ini merupakan
ayi adalah jumlah pengulangan untuk ith cerminan keragaman genetik tanaman
lokus dalam genotipe x dan y. Matrix sagu berdasarkan penanda RAPD.
dissimilarity dikalkulasi dengan Sampel fragmen DNA yang
menggunakan koefisien jarak dari Nei teramplifikasi oleh mesin PCR yang
(1972). Diferensiasi genetik diestimasi divisualisasi pada gel agaros 1.7%
dengan menggunakan Exact Test sampel disajikan pada Gambar 1. Hasil ini
pada level populasi dan pulau dengan menyerupai keragaman tanaman sagu
menggunakan chi-squares (X2) sesuai yang telah diungkapkan pada studi
dengan prosedur yang dikembangkan sebelumnya seperti yang diungkapkan
oleh (Raymond and Rousset 1995). oleh Ehara et al.(2003) dengan
Nilai exact test dikalkulasi dengan menggunakan penanda RAPD pada
menggunakan software Tools for beberapa sampel individu tanaman sagu
asal Indonesia dan Malaysia.

Tabel 2. Jenis dan tingkat polimorfisme primer RAPD yang digunakan


No. Primer Sekuen Lokus
Polimorfisme Monomorfisme
01 P01 GCG GCT GGA G 10 0
02 P02 GTG ACG CCG C 8 0
03 P04 CGT CTG CCC G 7 0
04 P06 TTC CGC GGG C 6 0
05 P17 ATG ACG ACG G 12 0
06 OPG02 GGC ATC GAG G 9 0
07 OPA04 AAT CGG GCT G 6 0
08 OPAB04 GGC ACG CGT T 8 0
09 OPAA17 GAG CCC GAC T 10 0
10 OPAB18 CTG GCG TGT C 10 0

4 Zuriat, Vol. 20, No. 1, Januari-Juni 2009


Hirarki genetik diestimasi berdasarkan berbeda sangat nyata (Tabel 4). Ragam
perhitungan AMOVA. Nilai dari sumber ragam yang diujikan
perhitungan AMOVA menunjukkan bervariasi dari berbeda nyata sampai
bahwa 89.35% dari total ragam sampel berbeda sangat nyata mengindikasikan
disumbangkan oleh antar individu bahwa populasi-populasi tanaman sagu
dengan nilai probabilitas (P) yang yang diamati masing-masing
berbeda sangat nyata, 6.58% menyumbangkan ragam yang nyata
disumbangkan oleh sampel pada level terhadap total ragam yang berarti
pulau dengan nilai P yang berbeda terdapat pasangan populasi yang
nyata, dan ragam 8.4% disumbangkan berbeda nyata.
oleh antar populasi dengan nilai P

Tabel 3. Jumlah lokus dan genotipe setiap populasi berdasarkan 10 primer RAPD
Pulau Papua Ambon Sulawesi Kalimantan Jawa Sumatera
Populasi Jayapura Serui Mkw Sorong Ambon Palopo Pontianak Bogo SP
r
Sampel 27 24 6 9 3 4 18 2 7
01 10/19 10/15 9/2 10/7 2/1 8/3 10/10 7/2 10/7
02 8/19 8/20 7/4 7/8 6/3 6/4 8/14 6/2 6/6
03 7/15 7/12 4/2 7/6 4/3 2/1 6/9 2/2 4/6
04 6/9 5/10 5/5 6/6 3/3 4/2 6/10 2/2 3/3
Primer 05 12/24 12/20 9/3 8/8 7/3 5/2 11/12 4/1 9/7
(Lokus/ 06 8/20 8/18 9/5 8/7 6/3 6/3 8/13 7/2 6/5
genotipe) 07 6/15 6/10 5/4 5/7 4/2 4/2 6/6 4/1 5/6
08 7/12 8/10 3/3 4/4 5/3 4/3 8/14 3/2 5/5
09 10/21 10/20 7/6 9/7 5/2 8/3 9/17 5/2 8/6
10 10/17 10/12 7/3 6/4 8/3 3/2 10/12 4/2 8/6
Total (Lokus/ 84/27 84/24 65/6 70/9 50/3 50/4 82/18 44/2 64/7
genotipe)

Populasi dari Manokwari (MKW) dan Selat Panjang (SP)


10 12 14 17 18 21 22 25 M 24 27 28 29 30 36 37 39 49 50 51 52 53 54 55 56 M
57 58 59 60 61 62 63 64

Gambar 1. Contoh penampakan fragmen-fragmen RAPD yang diamplifikasi dengan


menggunakan primer OPAA17. Marker (M) dan nomor sumur melambangkan
nomor individu sample

Keanekaragaman Genetik Populasi Mucuna Berdasarkan Karakter Morfologi 5


Tabel 4. Analisis molecular varian (AMOVA) berdasarkan 86 lokus RAPD.
Sumber d.b Jumlah Komponen % Indeks P
. Ragam
Varian Kuadrat Ragam Fiksasi
Antar Pulau 5 147.14 1.03 6.58 FCT= 0.07 0.044*
Antar 3 70.03 0.64 4.07 FSC = 0.04 0.008**
populasi
dalam Pulau
Antar 91 1268.26 13.94 FST = 0.11 0.000**
individu 89.35
Total 99 1485.42 15.60
Antar 8 217.16 1.29 8.49 Fst= 0.09 0.000**
populasi

Estimasi AMOVA dilakukan dengan permutasi 10000 kali. Derajat bebas (d.b), korelasi Indeks
fiksasi antar pulau (FCT), Indeks fiksasi antar populasi dalam pulau (FSC), indeks fiksasi antar
individu (FST ), indeks fiksasi antar populasi (Fst), berbeda nyata (*), dan berbeda sangat nyata
(**).

Diferensiasi genetik pada level populasi melalui perhitungan perbandingan


berdasarkan uji Fst dan exact test populasi (population comparison) yang
disajikan pada Tabel 5 dan 6. Tingkat berarti sampel dari pulau Papua,
diferensiasi yang terdeteksi pada Sulawesi, Kalimantan, dan Sumatera
penelitian ini menyerupai diferensiasi telah mengalami diferensiasi
genetik tanaman Cynara scolymus L. berdasarkan nilai Fst. Fenomena
yang juga menggunakan penanda RAPD tersebut menyerupai dengan hasil yang
(Lanteri et al. 2001) begitupula pada diperoleh pada penelitian keragaman
tanaman M. sativa L. (Mengoni et al. tanaman sagu yang menggunakan
2000). Sampel populasi asal Sulawesi, penanda cpDNA yaitu pada pulau-pulau
Kalimantan dan Sumatera tidak tersebut ditemukan spesifik haplotipe
memiliki kesamaan dengan sampel asal sebagai sumber keragaman (Barahima
Papua berdasarkan penanda RAPD et al. 2006).

Tabel 5. Matriks signifikan Fst P value pada level 0.05 dengan permutasi 10000
Pop 1 2 3 4 5 6 7 8 9
1 0 - + + - + + + +
2 - 0 + - - + + - +
3 + + 0 - - + + - +
4 + - - 0 - + + - +
5 - - - - 0 - + - +
6 + + + + - 0 + - +
7 + + + + + + 0 + +
8 + - - - - - + 0 -
9 + + + + + + + - 0
Populasi (pop) dari Jayapura (1), Serui (2), Manokwari (3), Sorong (4), Ambon (5), Palopo
(6), Pontianak (7), Bogor (8), dan Selat Panjang (9). Berbeda nyata (+), tidak berbeda nyata (-),
dan diagonal (0)

6 Zuriat, Vol. 20, No. 1, Januari-Juni 2009


Pengujian dengan Exact test (x2) juga digunakan untuk mengungkapkan
membuktikan bahwa sampel pada level diferensiasi yang terjadi pada level
populasi dan pulau mengalami populasi pada berbagai jenis tanaman
diferensiasi terlihat dari nilai chi-square seperti yang dilakukan oleh Jacquemyn
yang tinggi antar populasi dan antar et al. (2004) pada Primula elatior (L.)
pulau. Metode pengujian statistik yang Oxlip., Mengoni et al. (2000) pada M.
dilakukan disini dalam mengungkapkan sativa L, dan Shrestha et al. (2002)
diferensiasi yang terjadi pada level pada Acacia radiana Savi
populasi dan pulau, juga telah

Tabel 6. Nilai exact test (diagonal atas) dan probabilitas (diagonal bawah) untuk
pengukuran nilai diferensiasi sampel pada level populasi berdasarkan 86 lokus RAPD
dan 100 individu sampel tanaman sagu
Pop 1 2 3 4 5 6 7 8 9
1 ***** 160.01 194.35 166.44 110.66 220.51 323.80 106.41 185.03
2 0.74 ***** 142.88 120.92 101.20 175.84 266.04 80.24 155.26
3 0.12 0.95 ***** 105.11 63.02 85.77 178.90 35.96 136.83
4 0.61 0.99 1.00 ***** 54.50 108.03 206.90 66.38 161.08
5 0.99 1.00 1.00 1.00 ***** 62.56 137.34 54.80 99.82
6 0.01 0.41 1.00 1.00 1.00 ***** 176.67 51.23 149.26
7 0.00 0.00 0.34 0.04 0.98 0.39 ***** 96.39 190.08
8 1.00 1.00 1.00 1.004 1.00 1.00 1.00 ***** 93.47
9 0.24 0.82 0.98 0.71 1.00 0.89 0.16 1.00 *****
Populasi (Pop) dari Jayapura (1), Serui (2), Manokwari (3), Sorong (4), Ambon (5), Palopo (6),
Pontianak (7), Bogor (8), dan Selat Panjang (9).

begitu pula populasi dari Selat Panjang


Kesimpulan dan Saran berbeda nyata untuk semua populasi
kecuali populasi dari Bogor.
Berdasarkan hasil penelitian ini dapat
disimpulkan bahwa: (1) dijumpai 86 Program kegiatan konservasi
lokus dari 10 primer RAPD yang plasma nutfah sagu disarankan
digunakan pada 100 individu sampel menggunakan sampel tanaman dari
tanaman sagu dengan jumlah genotipe tiap-tiap populasi sagu yang berada di
yang tinggi, (2) hirarki genetik tiap-tiap pulau sebagai sumber plasma
menunjukkan bahwa keragaman pada nutfah.
level antar individu dan populasi
berbeda sangat nyata dan keragaman
Ucapan Terima Kasih
pada level antar pulau hanya berbeda
nyata, (3) diferensiasi genetik sampel Ucapan terima kasih disampaikan
tanaman sagu menunjukkan bahwa kepada Association International
populasi tanaman sagu mengalami Education Japan (AIEJ) atas dukungan
diferensiasi berdasarkan nilai financial yang diberikan sehingga
probabilitas Fst dan exact test (chi- penelitian ini dapat terlaksana.
square). Populasi dari Pontianak
berbeda nyata untuk semua populasi

Keanekaragaman Genetik Populasi Mucuna Berdasarkan Karakter Morfologi 7


Daftar Pustaka the genetic relationship of hybrid
bromegrass to smooth bromegrass
Barahima, H. Ehara , M.H. Bintoro , and medow bromegrass using
Sudarsono, M. Surahman. 2006. RAPD markers. Plant Breeding
Haplotype diversity of sago palm in 120:149-153.
Papua based on chloroplast simple Flach M. 1983. The Sago Palm.
sequence repeats (cpSSR) DNA. Domestication, exploitation, and
Proceeding of the Eight product. FAO Plant Production
International Sago Palm and Protection. Rome. 85p.
Symposium, Jayapura Indonesia. Graci A, Divaret I, Raimondo FM, and
pp. 135 148 Chevre AM. 2001. Genetic
Bronzini VDC, Maury J, Gambotti C, relationships between Sicilian wild
Breton C, Berville A, and population of Brassica analyses
Giannettini J. 2002. Mitocondrial with RAPD markers. Plant
DNA Variation and RAPD mark Breeding 120:193-196.
oleasters, olive and olive from
Western and Eastern Mediteranian. Hill WG and Weir BS. 2004. Moment
Theor appl Genet. 104:1209-1216. estimation of population diversity
Chase M and Hill H. 1991. Silica gel: and genetic distance data on
an ideal material for field recessive markers. Molecular
preservation of leaf samples. Ecology 13:895-908.
Taxon 40:215-220. Jacquemyn H, Honnay O, Galbusera P,
Colombo C, Second G, Valle TL, and and Ruiz IR. 2004. Genetic
Charrier A. 1998. Genetic structure of forest herb Primula
diversity characterization of elatior in a changing landscape.
cassava cultivars (Manihot Molecular Ecology. 13:211-219.
esculenta Cranz.) RAPD markers.
Genet Mol. Biol. 21:69-84. Jones CJ, Edwards KJ, Castiglione S,
Dwivedi SL, Gurtu S, Chandra S, Winfield MO, Sala F, Weil VC,
Yuejin W, and Nigam SN. 2001. Vosman BL, Matthes M, Daly A,
Assessment of genetic diversity Brettschneider R, Bettini P, Buiatti
among selected groundnut M, Maestri E, Marmiroli N, Aert
germplasm. I: RAPD analysis. RL, Volckaert G, Rueda J,
Plant Breeding 120:345-349. Vazquez A, and Karp A. 1998.
Ehara H, Kosaka S, Shimura N, Reproducibility testing of RAPDs
Matoyama D, Morita O, Naito H, by a network of European
Mizota C, Susanto S, Bintoro MH, Laboratories. In Karp A et al
and Yamamoto Y. 2003. (eds). Molecular Tools for
Relationship between geographical Screening Biodiversity.
distribution and genetic distance of Champman and Hall London, UK.
sago palm in Malay Archipelago. pp176-179.
Sago Palm 11:8-13.
Kertopermono AP. 1996. Inventory
Faccioli P, Terzi V, Pecchioni N, Berio
and evaluation of sago palm
T, Giovannini A, and Allavena A.
(Metroxylon Sp) distribution. Sixt
2000. Genetic diversity in
International Sago Symposium.
cultivated Oesteospermum as
Pekan Baru 9 12 Desember 1996.
revealed by random amplified
59-68.
polymorphic DNA analysis. Plant
Breeding 119:351-355. Lanteri S, Leo ID, Ledda L, Mameli
Ferdinandez YSN, Somers DJ, and MG, and Portis E. 2001. RAPD
Coulman BE. 2001. Estimating variation within and among

8 Zuriat, Vol. 20, No. 1, Januari-Juni 2009


population of globe artichoke Schneider S, Roessli D, and Excoffier
cultivar Spinoso sardo. Plant L. 2000. Arlequin: A Software for
Breeding 120: 243-246. population genetics data analysis.
Ver 2.000. Genetics and Biometry
Mengoni A, Gori A, and Bazzcalupo M.
Laboratory, Department of
2000. Use of RAPD and micro
Anthropology, University of
satellite (SSR) variation to assess
Geneva.
genetic relationships among
populations of tetraploid alfalfa, Shrestha MK, Goldhirsh AG, and Ward
Medicago sativa. Plant Breeding D. 2002. Population genetic
119:311-317. structure and the conservation of
isolated population of Acacia
Miller MP. 1997. Tools for population
raddiana in the Negev Desert.
genetic analyses (TFPGA) version
Biological Conservation 108:119-
1.3. Departement of Biological
127.
Sciences-Box 5640. Northern
Arizona University. Sripaoraya S, Blackhall NW, Marchant
R, Power JB, Lowe KC, and Davey
Nei M. 1972. Genetic distance between
MR. 2001. Relationships in
populations. American Naturalist
pineapple by random amplified
106(949):283-292).
polymorphic DNA (RAPD)
Powel W, Castillo CO, Chaluers KJ, analysis. Plant Breeding 120:265-
Provan J, and Waugh R. 1995. 267.
Polymerase chain reaction based-
Stallen NV, Noten V, Neefs V, and
assays for the characterization of
Proft MD. 2001. The phylogenetic
plant genetic resources.
relationship between different
Electrophoresis 16:1726-1730.
Cichorium intybus cultivars and
Provan J, Soranzo N, Wilson NJ, cultivar groups, as revealed by
McNicol JW, Forrest GI, Cottrell J, RAPD. Plant Breeding 120:425-
Powel W. 1998. Gene-pool 428.
variation in Caledonian and
Tenda ET, Novarianto H, and
European Scots pine (Pinus
Limbongan J. 2006. Biodiversity
sylvestris L.) revealed by
of sago palm in Indonesia and
chloroplast simple-sequence
conservation strategy. Proceeding
repeats. The Royal Society
of the eight International sago palm
265:1697-1705.
symposium. Pp. 239.
Qiagen 2003. DNeasy plant mini and
Tessier C, Davd J, Bourisquot JM, and
DNeasy plant maxi handbook for
Charrier A. 1999. Optimization of
isolation of DNA from plant tissue.
the choice of molecular markers for
WWW.Qiagen.com .
varietals identification in Vitis
Raymond M and Rousset F. 1995. An vinifera L. Theor Appl genet.
exact test for population 98:171-177.
differentiation. Evolution 49:1280-
1283.

Keanekaragaman Genetik Populasi Mucuna Berdasarkan Karakter Morfologi 9