MEKANISME REPLIKASI DNA, POLIMERASE DNA DAN TAHAP TRANSIASI

Proses Replikasi DNA

Author - panji tok Date - 6:54:00 PM biologi genetika
Advertisement

Replikasi adalah peristiwa penggandaan DNA yang terjadi pada semua sel hidup. DNA perlu
digandakan untuk mempersiapkan terjadinya pembelahan sel, karena tiap sel baru yang
terbentuk akan memiliki copian DNA yang sama. Replikasi membutuhkan bantuan dari
beberapa enzim untuk membuka rantai DNA, membentuk DNA baru, dan menggabungkan
DNA yang terbentuk.

Replikasi diawali dengan terbentuknya titik awal replikasi atau yang disebut dengan ori
(origin of replication). Ori adalah rangkaian nukleotida khusus pada rantai DNA yang akan
menjadi titik awal terjadinya replikasi. Sel prokariotik memiliki DNA yang pendek, oleh
karena itu replikasi DNA prokariotik hanya akan diawali dengan satu ori saja. Namun
replikasi DNA eukariotik akan diawali ratusan bahkan beberapa ribu ori karena DNA yang
sangat panjang.

Suatu protein akan mengawali replikasi dengan mengenali bagian ori dan menyebabkan
rantai DNA terbuka membentuk gelembung replikasi. Proses replikasi akan berjalan dari
gelembung ini menuju kedua arah. Gelembung replikasi pada eukariotik akan saling
memanjang dan akhirnya bertemu dengan gelelmbung di sebelahnya hingga DNA selesai
digandakan. Di ujung gelembung replikasi akan terbentuk struktur mirip huruf Y yang
disebut dengan garpu replikasi.

Proses replikasi DNA secara ringkas adalah sebagai berikut

Protein tertentu akan mengenal ori dan mengawali terbentuknya gelembung replikasi.
Enzim helikase akan akan memutuskan ikatan hidrogen pada nukleotida sehingga
menyebabkan rantai ganda DNA berpisah.
DNA yang telah terpisah akan diikat oleh protein pengikat rantai tunggal untuk
mencegah rantai tunggal tersebut menyatu kembali.
Dua rantai tunggal yang terbentuk memiliki formasi yang terbalik. Satu rantai
memiliki formasi awal 3 - 5, sedangkan rantai pasangannya memiliki formasi 5 -
3.
 Replikasi selalu berjalan dari ujung 3 menuju ujung 5. Oleh karena itu replikasi akan
berjalan pada arah yang berlawanan pada dua rantai tunggal DNA yang ada.
Rantai tunggal yang terbentuk awalnya akan tegang sehingga membutuhkan kerja
enzim topoisomerase untuk merilekskannya.
Rantai tunggal DNA masing-masing menjadi template atau cetakan untuk rantai baru
yang akan terbentuk. Molekul nukleotida sebagai bahan baku DNA akan ditambahkan
dan ditempelkan pada DNA tunggal yang menjadi cetakan tersebut sehingga
terbentuk kembali rantai ganda.
Enzim primase akan mensintesis primer yang menjadi awal terjadinya rantai baru.
Primer merupakan rantai pendek RNA yang akan menjadi awalan untuk terbentuknya
rantai DNA baru.
Enzim DNA polimerase yang bertugas memperpanjang rantai DNA tidak dapat
membentuk DNA baru. DNA polimerase hanya mampu menembahkan nukleotida ke
rantai yang telah ada, dan diawali dengan menempelkan nukleotida pada primer yang
dibentuk primase.
DNA polimerase akan menambahkan satu-persatu nukleotida pada rantai tunggal
yang ada. Pada bakteri dapat terjadi penambahan sekitar 500 nukleotida per detik,
sedangkan pada manusia terjadi penambahan sekitar 50 nukleotida per detik.
Rantai 3-5 disebut sebagai leading strand, artinya replikasi dapat terjadi hanya
dengan satu primer saja. Sedangkan rantai 5-3 disebut sebagai lagging strand karena
replikasi berjalan berkebalikan dengan arah pembukaan rantai ganda DNA. Oleh
karena itu lagging strand membutuhkan banyak primer dan membentuk rantai-rantai
pendek DNA yang disebut fragmen okazaki.
Enzim ligase akan menyambungkan rantai-rantai pendek DNA yang terjadi pada
lagging strand.

Hasil akhir replikasi adalah dua DNA yang memiliki sifat yang sama, dan masing-masing
tersusun atas rantai induk dan rantai baru yang terbentuk. Replikasi terjadi sebelum sel
hakhluk siap melakukan pembelahan sel. Setelah terbentu copian DNA yang memiliki sifat
sama, sel akan memulai pembelahan sel dan menyerahkan masing-masing copian DNA
tersebut pada sel baru yang terbentuk.

Pengertian dan proses Replikasi DNA

DNA adalah materi herediter di dalam sel dan dalam bentuk urutan kode dari amina
heterosiklik. Manusia memiliki biasanya 46 untai DNA, mereka dikenal sebagai kromosom.
Gen adalah daerah tertentu pada setiap kromosom yang berisi informasi turun-temurun.
Replikasi DNA dimulai di lokasi tertentu yang dikenal sebagai asal replikasi. Replikasi DNA
merupakan proses semi-konservatif karena setiap sel anak menerima satu untai DNA induk
dan untai yang baru disintesis. DNA untai orangtua bertindak sebagai template untuk sintesis
untai komplementer baru.

Pengertian Replikasi DNA

Replikasi DNA adalah proses di mana sebuah molekul DNA asli menghasilkan dua salinan
identik DNA. Replikasi DNA adalah proses biologis yang terjadi pada semua organisme
hidup. Replikasi DNA merupakan dasar untuk pewarisan. DNA terbuat dari dua helai dan
setiap helai sel induk bertindak sebagai template untuk produksi untai komplementer. Proses
ini dikenal sebagai replikasi semi-konservatif DNA.

Proses DNA Replikasi

Mekanisme replikasi DNA terjadi dalam tiga langkah terkoordinasi yang dikatalisasi secara
enzimatis. Langkah-langkah replikasi DNA adalah sebagai berikut:

Inisiasi:

Proses replikasi dimulai pada titik tertentu dari DNA yang dikenal sebagai asal yang
dikatalisis oleh protein inisiator. Urutan asal adalah A T. Di lokasi situs asal protein
inisiator membentuk kompleks pra-replikasi yang membuka ritsleting DNA untai ganda.

Elongasi:

Pemanjangan atau Elongasi molekul DNA adalah menambahkan sedikit asam amino pada
rantai protein yang sedang tumbuh. Sintesis leading strand dimulai dengan dengan sintesis
RNA primer dengan primase di lokasi asal. Urutan nukleotida yang ditambahkan ke primer
oleh enzim DNA polimerase III arah 5 ke 3.

Garpu Replikasi

Replikasi garpu adalah struktur selama replikasi DNA. Garpu Replikasi diciptakan oleh
enzim helikase yang memutus ikatan hidrogen yang memegang untai DNA bersama-sama.
Helai ini berfungsi sebagai template untuk leading strand dan lagging strand.

Terminasi:

Terminasi replikasi DNA selesai oleh protein terminasi.

Replikasi DNA semikonservatif

Replikasi molekul DNA yang terjadi dengan dua untai komplementer yang dipisahkan oleh
aksi enzim tertentu. Enzim ini membuka molekul dan mengekspos basa nukleotida. Setiap
untai molekul DNA tetap utuh dan berfungsi sebagai template untuk sintesis untai
komplementer. Modus replikasi DNA adalah semi-konservatif di mana salah satu dari
setengah molekul DNA yang lama dan setengah lainnya yang baru.

Apa itu Leading Strand

Leading Strand adalah untai DNA berkembang yang disintesis dalam arah yang sama dengan
garpu replikasi. Enzim polimerase membaca template Leading Strand dan hal itu menambah
nukleotida untuk melengkapi untai yang berkembang terus menerus.
Lagging Strand

Lagging Strand adalah untai DNA berkembang yang disintesis berlawanan dengan arah garpu
replikasi. Replikasi Lagging Strand lebih rumit daripada Strand Leading. Lagging strand
disintesis dalam segmen singkat dikenal sebagai fragmen Okazaki. Dalam Lagging strand,
template DNA memulai sintesis RNA primer singkat. Primer RNA kemudian dihapus dan
diganti dengan fragmen DNA dan bergabung bersama oleh DNA ligase.

Enzim Replikasi DNA

Berikut ini adalah enzim dan protein yang mengambil bagian dalam mekanisme replikasi
DNA.

DNA girase enzim DNA girase ini membuat potongan dalam struktur heliks ganda DNA dan
memisahkan masing-masing pihak.
Helikase Enzim ini mengurai molekul DNA untai ganda.
Strand tunggal Binding Protein Ini adalah protein kecil yang mengikat sementara untuk
setiap sisi untai untuk menjaga mereka terpisah satu sama lain.
DNA Polimerase kompleks Enzim ini berjalan ke untai DNA menambahkan basa nukleotida
ke setiap helai. Nukleotida ditambahkan untuk melengkapi nukleotida yang terdapat pada
untai yang ada.
DNA polimerase juga mengoreksi DNA baru.
DNA Ligase enzim DNA ligase menutup fragmen menjadi untai yang kontinu.
DNA Polimerase

DNA polimerase adalah enzim yang melakukan segala bentuk replikasi DNA. DNA
polimerase tidak memulai proses sintesis untai baru. Mereka memperpanjang untai DNA atau
RNA yang ada yang dipasangkan dengan untai cetakan. DNA Polimerase juga memainkan
peran penting dalam proses-proses lain dalam sel seperti perbaikan DNA, rekombinasi
genetik, transkripsi terbalik dan lain-lain. Enzim ini juga digunakan di laboratorium biologi
molekuler di PCR, sekuensing DNA dan teknik kloning molekuler.

Sehubungan dengan replikasi DNA, DNA polimerase menambahkan basa nukleotida pada
satu untai tunggal membuatnya menjadi DNA untai ganda. Enzim ini menambahkan
nukleotida bebas di ujung untai 3 cetakan yang menghasilkan formasi untai baru dalam arah
5-3. DNA polimerase bergerak sepanjang untai template dalam arah 3-5 dan untai anak
yang terbentuk dalam arah 5-3. Hal ini menyebabkan pembentukan DNA antiparalel
beruntai ganda untuk satu sama lain.
proses replikasi dna

Replikasi DNA prokariotik

Replikasi DNA dalam prokariota digambarkan sebagai berikut:

Proses replikasi DNA membutuhkan sejumlah besar protein dan enzim yang memainkan
peran penting selama proses tersebut.
Salah satu enzim yang paling penting dalam proses ini adalah DNA polimerase, yang
menambah urutan nukleotida ke rantai DNA yang berkembang.
Pada prokariota, ada urutan nukleotida spesifik yang dikenal sebagai asal replikasi yang
merupakan titik inisiasi dari proses replikasi.
E.coli memiliki asal replikasi tunggal yang kaya dengan urutan A T. Protein tertentu
mengenali situs asal dan mengikat dengan itu.
Enzim helikase membuka DNA dengan memecah ikatan hidrogen.
DNA membentuk struktur berbentuk Y disebut garpu replikasi.
Untai tunggal yang mengikat protein melapisi untai DNA dekat garpu replikasi yang
mencegah DNA tidak berliku kembali.
Enzim DNA Polimerase menambahkan nukleotida hanya pada arah 5-3.
Leading stand yang melengkapi dari arah 3 ke 5 untai orangtua disintesis terus menerus
menuju garpu replikasi.
lagging strand yang melengkapi dalam arah 5 ke 3 untai orangtua yang membutuhkan RNA
primer untuk mensintesis nukleotida dalam fragmen pendek yang dikenal sebagai fragmen
Okazaki.
enzim DNA Polimerase I menggantikan primer RNA dengan nukleotida DNA.
DNA ligase menutup celah antara fragmen Okazaki yang bergabung dengan fragmen untuk
membentuk molekul DNA tunggal.

Replikasi DNA eukariotik

Replikasi DNA pada eukariota adalah proses yang sangat rumit yang melibatkan banyak
enzim dan protein. Proses ini terjadi dalam 3 tahap utama: inisiasi, elongasi dan terminasi.
Inisiasi

Dalam proses inisiasi ada urutan spesifik nukleotida disebut asal replikasi yang merupakan
situs untuk inisiasi replikasi. Protein tertentu mengikat ke situs asal, enzim helikase membuka
heliks DNA dan membentuk dua garpu replikasi. Eukariota memiliki beberapa asal replikasi
yang memungkinkan replikasi secara simultan di beberapa tempat.

Elongasi

Selama proses perpanjangan enzim yang disebut DNA polymerase menambahkan nukleotida
DNA pada ujung 3 template. Leading adalah Untai yang disintesis dalam arah 5 - 3.
Lagging strand, nukleotida baru dalam bentuk nukleotida RNA kemplementer yang baru
ditambahkan. Nukleotida RNA kemudian diganti dengan nukleotida DNA. Leading strand
yang melengkapi ke untai DNA orangtua disintesis terus menerus menuju garpu replikasi,
karena DNA polimerase dapat mensintesis DNA dalam arah 5 ke 3. Lagging strand
disintesis dalam bentuk fragmen Okazaki. Fragmen ini memerlukan primer RNA untuk
memulai sintesis.

Terminasi

Selanjutnya dalam proses, primer RNA dihapus dan nukleotida RNA digantikan oleh
nukleotida DNA oleh polimerase DNA enzim. Celah antara fragmen ditutup oleh enzim
DNA ligase.