Teknik isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan tahapan pekerjaan awal yang harus dilakukan dalam berbagai pekerjaan
analisis DNA. Keberhasilan proses isolasi DNA seringkali sangat menentukan hasil pekerjaan
selanjutnya. Dalam proses isolasi DNA, kualitas DNA yang dihasilkan akan sangat tergantung
pada kondisi materi tanaman yang dipergunakan (Maftuchah dkk, 2014).

Ekstraksi DNA merupakan serangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen sel
lainnya. DNA atau asam deoksiribosa merupakan tempat penyimpanan informasi genetic.
Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetic dan bersifat herediter pada seluruh
sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap materi genetik (DNA total) yang dimiliki suatu
organism dan terorganisasi menjadi kromosom. DNA pada organism tingkat tinggi seperti
manusia, hewan dan tumbuhan terdapat di dalam inti sel, dan di beberapa organel di dalam sel,
seperti mitokondria dan kroloplas. DNA inti (genom inti) berasal dari inti sel, sedangkan DNA
mitokondria (genom mitokondria) berasal dari mitokondria, dan DNA kroloplas berasal dari
kroloplas. Pada oragnisme tingkat rendah, DNA penyususn kromososm dan plasmid dibungkus
oleh dinding sel (pada bakteri) atau dibungkus oleh protein tertentu pada virus.

DNA pada tumbuhan dan hewan dapat diisolasi dengan mudah. Terdapat dua cara isolasi DNA,
yaitu cara sederhana/konvensional dan cara mutakhir. Namun pada dasarnya, kedua cara tersebut
melalui tahap yang sama. Secara garis besar, solasi DNA melalui tahap-tahap isolasi jaringan;
melisis dinding dan membrane sel untuk mengeluarkan isi sel; melisis protein membrane, protein
sitoplasmik, maupun protein nukleolar; pencucian DNA dan terkahir presipitasi DNA untuk
pengikatan DNA. Metode sederhana akan menghasilkan DNA kotor dan dapat dengan mudah
dilihat dengan mata telanjang, sedangkan metode mutakhir akan menghasilkan DNA murni yang
terlarut di dalam pelarutnya.

Dapus

Nugroho; Endik Deni dan Dwi Anggorowati Rahayu. 2016. Penuntuk Praktikum Bioteknologi.
Yogyakarta: Deepublish Publisher.

Maftuchah; Aris Winaya dan Agus Zainudin. 2014. Teknik Dasar Analisi Biologi Molekuler.
Yogyakarta: Deepublish Publisher.
Kuliti buah yang tersedia. Buatlah menjadi bubur dengan menggunakan morta dan pistil

Langkah ini merupakan proses penghancuran jaringan, karena DNA terdapat di dalam sel. Untuk
menghancurkan jaringan ini, dapat dilakukan dengan 2 cara, yaitu secara fisik atau kimiawi.
Secara fisik dapat menggunakan blender atau alat penumbuk, sedangkan secara kimiawi bisa
menggunakan reagen yang mampu melisisikan jaringan dan sel (Lysis buffer)

Langkah kedua untuk melarutkan dan memecahkan lipid terutama penyusun dinding sel,
membrane sel dan membrane inti sel dengan menggunakan detergen. Berbagai macam merek
detergen yang dijual bebas di pasaran dapat digunakan untuk keperluan ini.

Detergen berfungsi untuk melisiskan barrier (penghalang) sel secara kimia sebagai pengganti
senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membrane sel antara lain lisozim yang dapat
mendegesti senyawa polimerik yang menyebabkan kekakuan sel dan etil endiamintetra (EDTA)
yang berfungsi untuk menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan
keseluruhan struktur selubung sel, serta menghambat enzim-enzim seluler yang dapat merusak
DNA. Detergen bisa menyebabkan kerusakan membrane sel dengan mengemulsi lipid dan
protein sel serta menyala interaksi polar yang menyatukan membrane sel, karena detergen
mengandung EDTA dan lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat.

Fungsi penambahan garam adalah memberikan kondisi ionic, sehingga reaksi berjalan lebih
stabil. Selain itu, garam berfungsi untuk menghilangkan protein dan karbohidrat karena garam
dapat menyebabkan keduannya terpresipitasi, dan bersama-sama dengan detergen, keduanya
berfungsi sebagai lysing buffer. Garam juga digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+
yang dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negative
fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu
sama lain, sehingga ion Na+ membentuk ikatan membentuk ikatan negative dengan fosfat DNA,
DNA akan terkumpul. Secara umum, garam dapat menghilangkan protein dan karbohidrat,
menjaga kestabilan pH, dan membantu proses pemekatan DNA.

Campuran antara bubur sel dengan detergen , garam dan air diaduk perlahan agar tidak timbul
buih. Pengadukan larutan bertujuan untuk memperbesar pergerakan partikel sel dan detergen
agar reaksi berlangsung lebih cepat, tetapi jika proses pengadukan terlalu cepat dan
menimbulkan buih, hal tersebut akan menyebabkan terganggunya proses isolasi DNA.

Tunggu beberapa menit untuk terhadinya presipitasi DNA, dan kemudian akan muncul pada
permukaan atas alcohol seperti masa putih berupa benang-benang halus. Proses presipitasi akan
menyebabkan DNA yang telah terkumpul mampu memisah dari larutan , sehingga terlihat
perbedaan antara DNA (serabut putih) dengan komponen lainnya.
Asam Deoksiribonukleat (Deoxyribonucleic acid, DNA)

Deoxyribonucleic acid (DNA) adalah suatu materi yang terdapat pada tubuh manusia dan
semua makhluk hidup yang diwarisi secara turun menurun. Semua sel pada tubuh memiliki DNA
yang sama dan sebagian besar terdapat pada nukleus. DNA juga dapat ditemukan pada
mitokondria (Campbell dkk., 2004). Struktur dari DNA terdiri dari gugus fosfat, gula
deoksiribosa dan basa nitrogen. Informasi yang dibawa oleh DNA bergantung pada urutan basa
nitrogen yang terdiri dari Adenin (A), Timin (T), Guanin (G) dan Sitosin (C). Basa pada DNA
selalu berpasangan yaitu A-T dan G-C. Masing-masing pasangan basa melekat pada molekul
gula (deoksiribosa) dan fosfat membentuk unit nukleotida. Nukleotida tersusun berpasangan
pada baris panjang yang berbentuk spiral yang sering disebut double helix. DNA dapat
bereplikasi dan memperbanyak jumlahnya ketika akan terjadi pembelahan sel sehingga tiap sel
baru akan memiliki DNA yang sama seperti sel yang lama. Proses replikasi DNA dimulai ketika
untaian DNA dibuka dan dipisahkan oleh enzim helikase sehingga terjadi pemisahan antara
untaian satu dengan untaian lainya. Selanjutnya, tiap untaian DNA yang terpisah tersebut
menjadi dasar cetakan (template) pasangan basa baru yang prosesnya dibantu oleh enzim
DNApolymerase. Enzim ini akan memasangkan basa-basa yang sesuai dengan templatnya.
Fungsi DNA adalah untuk bereplikasi dan mensintesis protein. Replikasi diperlukan untuk 2
memberikan informasi yang sama pada tiap sel baru ketika terjadi pembelahan. Dalam proses
sintesis protein, DNA menyediakan informasi genetik yang diperlukan oleh sel untuk dapat
berfungsi secara fungsional dan struktural. Informasi dari DNA diturunkan dari generasi ke
generasi dan merupakan kombinasi dari ayah dan ibu (Elrod dan Stansfield, 2006).

Campbell, N.A.; J.B. Reece, dan L. G. Mitchell. 2004. Biologi Edisi Kelima Jilid 1. Jakarta:
Penerbit Erlangga.

Elrod, Susan dan William Stansfield. 2006. Genetika, Edisi Keempat. Jakarta: Penerbit Erlangga.
Tujuan

Mahasiswa dapat memahami prinsip isolasi dan identifikasi DNA

Mahasiswa dapat memahami tahap-tahap teknik isolasi dan identifikasi DNA pada jaringan
tanaman

Mahasiswa dapat melakukan teknik isolasi dan identifikasi DNA pada jaringan tanaman

Mahasiswa dapat memahami tujuan dilakukannya teknik isolasi dan identifikasi DNA

Mahasiswa dapat memahami tujuan penambahan suatu senyawa pada tahap-tahap teknik isolasi
dan identifikasi DNA