PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Skripsi
Diajukan Untuk Memenuhi Salah Satu Syarat
Memperoleh Gelar Sarjana Farmasi ( S. Farm. )
Program Studi Farmasi
Oleh :
Antonius Alfian Yuan Dias Priharta
NIM : 038114064
FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS SANATA DHARMA
YOGYAKARTA
2008
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Skripsi
Iliajukan Oleh :
NIM:038114064
Telahdisetujuioleh:
Pembimbing:
o{ t ^,s
',
i I('
,'u!L--'
MariaDwibudi Jumpowati,S.Si.
Tanggaf
, ?1 ..fov.*.,.i..*g.o8
(,
III
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Pengesahan
Skripsi
Berjudul:
OIetr
AntoniusAlfian Yuan Dias Priharta
NIM:038114S64
Dipertahankandi hadapanPanitiaPengujiSlripsi
FakultasFarmasiUniversitasSanataDharma
Padatanggal: 15 Januari3008
Mengetahui
FakultasFarmasi
Dharma
*r.rt.,urt.
Pembimbing:
PanitiaPengr$i: TandaTangan
Yesus Kristus
v
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
UniversiasSanataDharma:
Yaagbertandatangandi bawahini, sayamahasiswa
: AntoniusAlfian YuanDiashihffa
Nomorlrdahasiswa : 038114064
ilmu pengetahuan,
Deui pengembangan sayameilbtrikar ke,padaPerpustakaaa
UniversitasSanahDharmakaryailmiah sayayangberjudtl :
besertaperangkatyangdiperlukan(bila ada).Dengandemikiansayamemkrikm
dalambsh* pang*alandata
ngnlihkandalambentukmedialain, mengelolanya
di Internetdau media
scaraterbatas,danmerrpublikasikannya
memdisribusikan
mcrrberikanrcyalti kepadasayaselamattapmencatrfimkmnamasayas*agai
Dibnatdi Yoryaka*a
Padatanggal: 30 Jauuari2008
PRAKATA
Puji dan syukur ke hadirat Tuhan Yesus Kristus yang telah melimpahkan
menyelesaikan skripsi ini dengan baik. Skripsi yang penulis susun berjudul
Skripsi ini disusun untuk memenuhi salah satu syarat memperoleh gelar
Sanata Dharma Yogyakarta. Pada kesempatan ini tidak lupa penulis mengucapkan
1. Tuhan Yesus Kristus yang telah memberi rahmat dan berkat-Nya serta
2. Bapak, Ibu, dan adik Dhea atas doa, kasih sayang, perhatian, dan
3. Ibu Maria Dwi Budi Jumpowati, S.Si., selaku dosen pembimbing utama yang
4. Ibu Yustina Sri Hartini, M.Si., Apt., selaku dosen penguji yang telah banyak
5. Bapak Ign. Y. Kristio Budiasmoro, M.Si., selaku dosen penguji yang telah
vi
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
7. Eyang Putri beserta keluarga besar di Klaten, terimakasih atas doa, perhatian,
8. Pakdhe dan Budhe beserta keluarga, terutama Budhe Erlin, terimakasih atas
10. Pak Kartatmo, Pak Mukmin, Mas Narto selaku Staff Sekretariat Fakultas
11. Mas Sarwanto, Mas Sigit, Mas Wagiran selaku Laboran Laboratorium Biologi
Indhu, Devi, Titien, Ratna, Yulia, Madya, Punto, Esti, Tata, Budi, Rosa, Vera,
Ratih, dan Maria. Terimakasih atas kerjasama dan kebersamaannya selama ini.
13. Anak-anak kontrakan : Abang Aan, Hengky, Manto, Irwan, Ndaroe, Topan,
14. Anak-anak No Label cabang Teknik Sipil Atma Jaya, thanks untuk
(PBI), Valent (MIPA), Melinda (Psi), Sandra (S.Ing), Ika (P.Mat), Dika
(IKOM), Punto (PBI), dan Bu Parlan selaku Ibu Pondokan, terimakasih atas
vii
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
16. Lukas Eko, teman skripsi Rosa, dan Bayu (PBI), terimakasih atas kerjasama,
18. Teman-teman angkatan 2003 yang tidak mungkin saya sebutkan satu persatu,
19. Semua pihak yang telah membantu dan mendukung penulis hingga
Penulis sangat menyadari bahwa dalam skripsi ini masih banyak terdapat
kesalahan dan kekurangan, oleh karena itu saran dan kritik yang sifatnya
pada umumnya.
Hormat penulis
viii
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
tidak memuatkarya atau bgian karya orang lain, kecuali yarrgtetah disebrskan
dalamdaftarpustakasebgaimanalayaknyakaryailmiah.
Yogyakarfa,21 November2007
Antonius YuanDiasPrihsrra
tx
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
INTISARI
Kata kunci : Bakteri endofit, zona hambat, Artemisia annua L., Eschericia coli,
Staphylococcus aureus, Amphibacillus.
x
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
ABSTRACT
xi
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
DAFTAR ISI
Halaman Judul..................................................................................................... ii
Halaman Pengesahan........................................................................................... iv
Halaman Persembahan........................................................................................ v
Prakata................................................................................................................. vi
Intisari................................................................................................................. x
Abstract............................................................................................................... xi
BAB I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang.................................................................................. 1
1. Permasalahan.............................................................................. 3
2. Keaslian Penelitian..................................................................... 3
3. Manfaat Penelitian...................................................................... 4
B. Tujuan Penelitian.............................................................................. 4
A. Antibiotik......................................................................................... 5
B. Mikrobia Endofit............................................................................. 7
xii
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
D. Rekombinasi Genetik..................................................................... 12
E. Bakteri Uji...................................................................................... 14
G. Identifikasi Mikrobia...................................................................... 18
H. Keterangan Empiris....................................................................... 21
D. Tahapan Penelitian........................................................................ 28
Plate........................................................................................... 32
disc............................................................................................. 32
xiii
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
E. Analisis Hasil................................................................................. 40
S.aureus.......................................................................................... 54
D............................................................................... 63
c. Uji Biokimia.............................................................................. 73
xiv
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
A. Kesimpulan.................................................................................... 85
B. Saran.............................................................................................. 85
DAFTAR PUSTAKA........................................................................................ 86
LAMPIRAN...................................................................................................... 90
xv
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
DAFTAR TABEL
Tabel V. Hasil Uji Biokimia Bakteri Endofit kode B dan Bakteri Endofit
kode D................................................................................................ 82
Tabel VI. Hasil Identifikasi Bakteri Endofit kode B, Bakteri Endofit kode D,
xvi
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
DAFTAR GAMBAR
24 Jam ........................................................................................... 60
24 Jam ........................................................................................... 61
Gambar 10. Pengecatan Acid Fast Isolat Bakteri Endofit kode B .................... 69
Gambar 11. Pengecatan Acid Fast Isolat Bakteri Endofit kode D .................... 70
xvii
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
DAFTAR LAMPIRAN
Lampiran 5. Hasil Uji Motilitas Bakteri Endofit kode B dan Bakteri Endofit
Lampiran 6. Hasil Uji Morfologi Koloni Bakteri Endofit kode B dan Bakteri
Lampiran 7. Hasil Uji Morfologi Koloni Bakteri Endofit kode B dan Bakteri
Lampiran 8. Hasil Uji Morfologi Koloni Bakteri Endofit kode B dan Bakteri
xviii
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Lampiran 17. Hasil Uji Oksidasi-Fermentasi (OF) tanpa Paraffin .................... 100
Lampiran 18. Hasil Uji Oksidasi-Fermentasi (OF) dengan Paraffin ................. 101
xix
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
BAB I
PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
(Suwandi, 1989)
Pada tanaman A.annua L ini diketahui bahwa ada mikrobia endofit yang
membentuk koloni dalam jaringan pada daerah batang sampai akar, dari hasil
Bacillus polymixa termasuk dalam genus Bacillus yang mempunyai ciri sel
dan bersifat katalase positif (Holt, Krieg, Sneath, Staley, & Williams, 2000).
periode tertentu dan mampu hidup dengan membentuk koloni dalam jaringan
vaskular dari tanaman inangnya (Stone, Bacon, White, 2000). Setiap tanaman
sekunder yang sesuai dengan tanaman inangnya merupakan peluang yang sangat
besar dan dapat diandalkan untuk memproduksi metabolit sekunder dari mikrobia
endofit yang diisolasi dari tanaman inangnya tersebut (Radji, 2005). Bakteri
endofit Bacillus polymixa hasil isolasi dari tanaman A.annua L., dapat
garam mineral yang tinggi dan senyawa N dalam bentuk NO3- dan NH4+
(Hendaryono,1994).
plasma, juga menginfeksi bisul, impetigo, dan infeksi luka yang menimbulkan
nanah. Eschericia coli dapat menyebabkan infeksi saluran kemih, terjadinya diare,
sepsis, dan meningitis. (Jawetz, Melnick, & Adelberg, 1996). S.aureus (gram
positif) dan E.coli (gram negatif) dipilih untuk mengetahui keefektifan potensi
antibakteri dari senyawa yang dihasilkan oleh bakteri endofit terhadap bakteri
gram positif dan gram negatif, sehingga dapat diketahui spektrum penghambatan
berpotensi sebagai obat dapat menjadi model atau prekursor dalam penemuan obat
1. Permasalahan
b. Apakah senyawa yang dihasilkan bakteri endofit yang diisolasi dari batang
2. Keaslian Penelitian
tentang isolasi dan identifikasi bakteri endofit dari batang tanaman A.annua L.
isolasi dan identifikasi bakteri endofit dari batang tanaman A annua L yang
3. Manfaat penelitian
a. Manfaat teoritis
b. Manfaat praktis
dihasilkan oleh bakteri endofit sebagai model atau prekursor dalam rangka
c. Manfaat metodologis
senyawa antibakteri.
B. Tujuan Penelitian
2. Menguji potensi senyawa yang dihasilkan bakteri endofit yang diisolasi dari
BAB II
PENELAAHAN PUSTAKA
A. Antibiotik
menghambat mikrobia lain. Dengan kata lain, antibiotik merupakan zat kimia
yang dihasilkan oleh suatu mikrobia yang dapat menghambat mikrobia lain
Antibiotik adalah zat-zat kimia yang dihasilkan oleh fungi dan bakteri,
sedangkan toksisitasnya bagi manusia relatif kecil. Turunan zat tersebut yang
dibuat secara semi-sintetis termasuk kelompok ini, begitu pula senyawa sintesis
dengan khasiat antibakteri lazimnya disebut antibiotik (Pelczar & Chan, 1988).
dapat terjadi melalui mutasi pada kromosomnya atau pertukaran materi genetik di
permeabilitas mikrobia terhadap obat, (ii). inaktifasi antibiotika oleh enzim yang
dapat terjadi akibat perubahan pada reseptor obat, penurunan kapasitas transpor
obat dan perubahan struktur dinding sel. Mekanisme ini merupakan mekanisme
memodifikasi antibiotika tersebut dapat disandi oleh gen kromosom maupun gen
pada resistensi terhadap streptomisin. Telah diketahui bahwa pada bakteri yang
streptomisin. Hal ini disebabkan terjadinya mutasi noktah satu asam amino pada
ribosom 30S. Dampak klinis resistensi tipe ini tidak begitu penting karena sifatnya
tidak menyebar. Contoh lain resistensi jenis ini adalah resistensi terhadap penisilin
Obat-obat modern yang digunakan pada masa kini sekitar 40 persennya berasal
dari bahan-bahan alam. Obat-obatan dari bahan alam tersebut termasuk juga jenis
obat-obat penting seperti glikosida jantung, morfin, dan antibiotik. Beberapa jenis
antibiotik merupakan turunan dari bahan-bahan alam yang struktur kimianya telah
7
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
B. Mikrobia Endofit
pada periode tertentu dan mampu hidup dengan membentuk koloni dalam jaringan
di jaringan vaskular dari tanaman inangnya (Stone et al, 2000). Jaringan vaskular
dan tunas (Campbell, Reece, Mitchell, 2002). Setiap tanaman tingkat tinggi dapat
biologi atau metabolit sekunder yang diduga sebagai akibat transfer genetik
(genetic recombination) dari tanaman inangnya ke dalam mikrobia endofit (Tan &
Zou, 2001).
sesuai dengan tanaman inangnya merupakan peluang yang sangat besar dan dapat
diisolasi dari tanaman inangnya tersebut (Radji, 2005). Dari sekitar 300.000 jenis
satu atau lebih mikrobia endofit yang terdiri dari bakteri atau fungi (Strobel &
Daisy, 2003). Sehingga apabila endofit yang diisolasi dari suatu tanaman obat
bahkan dalam jumlah yang lebih tinggi, maka kita tidak perlu menebang tanaman
8
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
dan atau herbivora termasuk serangga yang memakan tanaman inang. Mikrobia
endofit juga dapat melindungi inangnya dari serangan bakteri atau fungi patogen
inangnya, dan telah berhasil dibiakkan dalam medium pembenihan yang sesuai.
Demikian pula metabolit sekunder yang diproduksi oleh mikrobia endofit tersebut
2005).
patogen terhadap manusia yaitu Candida albicans dan Trichopyton spp. (Strobel,
Schartz, & Blaney, 1995). Antibiotik berspektrum luas yang disebut munumbicin
9
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
dihasilkan oleh endofit Streptomyces spp. strain NRRL 30562 yang merupakan
digunakan pada pengobatan modern, pertanian, dan industri. Fungi dan bakteri
adalah mikrobia yang paling umum membentuk koloni pada jaringan tanaman,
yang selanjutnya disebut mikrobia endofit (Strobel & Daisy, 2003). Endofit
umumnya tidak ditemukan pada organ yang spesifik tetapi kebanyakan spesies
mikrobia endofit diisolasi dari batang dan juga dari daun (Anonim, 2005).
untuk memperoleh biakan murni. Menurut Pelczar & Chan (1986) setiap koloni
yang berlainan mewakili macam mikrobia yang berbeda sehingga hal ini dapat
di bawah kondisi laboratorium perlu disediakan nutrien dan kondisi fisik yang
akan memenuhi persyaratan tipe mikrobia tertentu yang sedang ditelaah. Sejalan
dikombinasikan dengan berbagai kondisi fisik untuk inkubasi (Pelczar & Chan,
1986).
Banyak prosedur untuk isolasi mikrobia endofit yang relatif mudah dan
biasa digunakan oleh orang yang terlatih dalam dasar teknik mikrobiologi. Setiap
tidak menunjukkan tanda- tanda keberadaan mereka sehingga sulit dideteksi dan
10
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
hanya dapat diteliti dengan menggoreskan secara hati- hati permukaan jaringan
yang telah dibersihkan dengan etanol dan NaOCl (pemutih). Penambahan dan
waktu untuk pencelupan dalam NaOCl beragam sesuai dengan jaringan dari inang
(Anonim, 2005).
telah dibersihkan dan ditumbuhkan pada medium pertumbuhan yang sesuai. Pada
tanaman inang bakteri endofit (Mucciarelli, Scannerini, Bertea, & Maffei, 2001).
mineral yang tinggi dan senyawa N dalam bentuk NO3- dan NH4+ (Hendaryono,
1994). Jaringan tanaman yang dikultur memerlukan unsur hara makro dan unsur
hara mikro dari dalam medium tumbuh, dari dalam medium kultur juga harus ada
pemberian unsur hara kedalam medium kultur untuk membantu eksplan supaya
dapat tumbuh dan berkembang. Bahan-bahan itu adalah bahan organik yang
meliputi karbohidrat, vitamin, asam amino, serta zat yang mengatur pertumbuhan
(Katuuk, 1989)
C. Artemisia annua L.
Batang tegak, bulat persegi, berwarna hijau kecoklatan. Daun majemuk, bentuk
oval, lonjong, panjang 10-18 cm, lebar 6-15 cm, ujung runcing, pangkal tumpul,
anak daun bentuk oval, tepi bergerigi, pertulangan daun tegas, warna ungu
panjang mencapai 30 cm, kelopak hijau, bentuk bintang, berlekuk lima, mahkota
halus mengelilingi cawan bunga tempat benang sari dan putik, diameter 2-3 mm,
warna putih gading. Biji berbentuk lanset, kecil, berwarna coklat. Akar serabut,
digunakan sebagai obat demam (anti piretik) dan dapat juga digunakan sebagai
obat anti malaria. Kandungan kimia dari tanaman A.annua L. yaitu saponin,
Cina tumbuhan ini disebut qinghao. Di Amerika Serikat tumbuhan ini dikenal
dengan nama sweet annie atau wormwood. Sejak zaman dulu, menurut catatan
artemisia ketone (3%) (Juteau, Masotti, Bessiere, Dherbomez, & Viano, 2002).
bakteri, fungi, virus, dan protozoa. Mekanisme kerja terpen belum diketahui
dengan baik dan dispekulasi terlibat dalam perusakan membran sel oleh senyawa
lipofilik (Anonim, 2005). Pada tanaman A.annua L ini diketahui bahwa ada
mikrobia endofit yang membentuk koloni dalam jaringan pada daerah batang
sampai akar, dari hasil identifikasi diketahui bahwa mikrobia tersebut adalah
antimalaria artemisinin.
D. Rekombinasi Genetik
endofit yang mampu menghasilkan senyawa biologi atau metabolit sekunder yang
DNA yang berada di sekitar bakteri (DNA asing) dapat berupa potongan DNA
atau fragmen DNA yang berasal dari sel bakteri lainnya atau organisme lainnya.
DNA yang masuk ke dalam sel bakteri selanjutnya dapat berintegrasi dengan
Proses transfer genetik ini melibatkan juga enzim restriksi, enzim restriksi
adalah enzim yang dapat memotong molekul DNA pada lokasi-lokasi spesifik
yang jumlahnya terbatas, potongan molekul DNA ini disebut fragmen restriksi.
Fragmen restriksi berupa fragmen DNA untai-ganda dengan sedikitnya satu ujung
untai-tunggal, yang disebut ujung lengket (Campbell et al, 2002). Ujung lengket
oleh bakteri dari lingkungan di sekelilingnya. DNA yang berada di sekitar bakteri
(DNA asing) dapat berupa potongan DNA atau fragmen DNA yang berasal dari
mutual pada evolusi dari dua spesies berbeda yang berinteraksi satu sama lain dan
et al, 2002).
14
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
E . Bakteri Uji
violet-yodium larut sewaktu pemberian larutan pemucat, dan dapat diwarnai oleh
cat lawan yang berwarna merah (Lay, 1994). Dalam penelitian ini, bakteri yang
digunakan sebagai bakteri uji bersifat gram positif yaitu Staphylococcus aureus
1. Eschericia coli
bergerak dengan flagel atau tidak dapat bergerak, mudah tumbuh dengan
Memberikan reaksi negatif untuk tes oksidase, hidrolisis urea, tes H2S, dan tes
sitrat, mereduksi nitrat, memberikan reaksi positif untuk tes katalase dan tes
penyakit bila masih dalam usus. E.coli dapat menyebabkan penyakit bila telah
E.coli adalah penyebab yang paling lazim dari infeksi saluran kemih dan
pada bayi, dan E.coli merupakan penyebab pada sekitar 40% kasus meningitis
2. Staphylococcus aureus
gram, S.aureus termasuk gram positif yang ditunjukkan dengan warna ungu.
motil, tidak mempunyai spora, dan bersifat fakultatif anaerob. Koloni dari
Staphylococcus tidak tembus cahaya (opaque), berwarna putih atau krem, dan
kadang berwarna kuning sampai orange, memberi reaksi negatif pada tes
kolonisasi antara lain pada kulit dan selaput lendir manusia, juga menginfeksi
berupa bisul, impetigo, dan infeksi luka yang menimbulkan nanah (Jawetz et
al, 1996).
pigmen terbaik pada suhu 200C. Koloni pada pembenihan padat berbentuk
1. Metode Difusi
37oC selama 18-24 jam, setelah itu dibaca hasilnya. Cara ini dikenal 2
1). Zona radikal adalah suatu daerah di sekitar disk yang sama sekali
Anonim, 1986).
tergantung pada daya resap obat ke dalam agar dan kepekaan mikrobia
Koeswardono, 1982).
c. Cara sumuran
siap, dibuat sumuran dengan diameter tertentu dan tegak lurus terhadap
diinkubasi selama 24 jam 37oC, setelah itu hasilnya dibaca seperti cara
2. Metode dilusi
menurun secara bertahap, baik dengan medium cair atau padat. Kemudian
Pada uji kepekaan cara dilusi agar memakan waktu dan penggunaannya
dibatasi pada keadaan tertentu saja. Uji kepekaan cara dilusi cair dengan
menggunakan tabung reaksi, tidak praktis dan jarang dipakai, namun kini
G. Identifikasi Mikrobia
hasil isolasi perlu ditentukan morfologi sel individual, morfologi koloni, dan sifat-
19
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
maka perlu diteliti pula sifat-sifat biokimia dan faktor-faktor yang mempengaruhi
identifikasi dan determinasi bakteri tersebut. Apabila suatu bakteri memiliki sifat
yang hampir sama (terutama yang patogen), maka perlu diselidiki sifat ekologinya
(Jutono dkk,1980).
oleh Holt et al (2000), yang memuat sifat-sifat bakteri yang telah dikenal.
1. Sifat Morfologi
konsistensi, kilat dan ciri- ciri optik dari isolat koloni bakteri pada
20
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
beberapa tipe medium yaitu medium agar miring, tegak dan cair. Pada
2. Sifat Biokimia
b. Dekarboksilase lisin
c. Pembentukan Indol
dkk, 1980).
e. Uji Sitrat
f. Uji katalase
peroksida ( H2O2 ) menjadi air dan O2. Pada bakteri yang bersifat
(Lay, 1994)
g. Tes oksidase
Gelatin adalah protein yang diperoleh dari tulang, tulang rawan atau
H. Keterangan Empiris
endofit yang mampu menghasilkan senyawa biologi atau metabolit sekunder yang
untuk mikrobia endofit, pada tanaman ini diketahui bahwa ada suatu spesies
22
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
bakteri yang membentuk koloni dalam jaringan pada daerah batang sampai akar
(Simanjuntak, dkk, 2004). Selain itu minyak essensial yang dihasilkan tanaman
Bahan-bahan alam yang berpotensi sebagai obat dapat menjadi model atau
1989). Oleh karena itu, eksplorasi mikrobia endofit potensial merupakan alternatif
morfologi sel, dan sifat-sifat biokimianya. Data hasil identifikasi bakteri endofit
2000) untuk mengetahui genus dari bakteri endofit yang diisolasi dari tanaman
menguji potensi isolat bakteri endofit dari tanaman A.annua L terhadap E.coli
dan S.aureus.
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
BAB III
METODOLOGI PENELITIAN
1. Variabel penelitian
c. Variabel pengacau terkendali : waktu inkubasi 24, 48, 72, 120 jam, suhu
sebanyak 1 ml.
24
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
2. Definisi operasional
S.aureus.
Gadjah Mada, adalah bakteri uji, yaitu bakteri gram negatif dan bakteri
eksplan.
1. Bahan penelitian
EDTA,
d. Medium isolasi bakteri endofit yaitu Nutrien Agar (Oxoid) takaran 28g/L
lemco powder 1,0; yeast extract 2,0; peptone 5,0; sodium chloride
lemco powder 1,0; yeast extract 2,0; peptone 5,0; sodium chloride
5,0.
(Oxoid).
red.
12% gelatin.
10) Uji Pergerakan mikrobia : Nutrient Broth (Oxoid), 0,2% 0,4% Agar
Bacteriologycal (Oxoid).
27
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
safranin.
endofit.
CFU/ml).
m. Aquadest steril.
n. Alkohol 70%.
o. Minyak emersi.
A.annua L.
2. Alat penelitian
(Sharp, Japan), Cawan petri (Pyrex), kaca steril, pisau, botol kultur, Pipet
volume, Pipet tetes, glass firm, Tabung sentrifuge, Tabung reaksi, kaca arloji,
Erlenmeyer, Pinset, lampu spiritus, jarum inokulasi, penggaris, jarum ose, dan
D. Tahapan Penelitian
Sampel batang yang sehat (bagus/ tidak rapuh) tanaman A.annua L. yang
Karanganyar, Jawa Tengah, dipilih yang telah berumur dewasa, yakni yang
sementara.
g KH2PO4.
29
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
heksahidrat.
Beaker Glass 500 ml yang telah diisi dengan 300 ml aquadest, diaduk
aquadest dan masukkan dalam labu ukur tersebut sampai tanda. Untuk
Beaker Glass satu liter yang terlebih dahulu telah diisi dengan 700 ml
larutan stok besi; 5 ml larutan stok vitamin; serta 10 ml larutan stok mio-
sukrosa dan 8-10 g agar. Aquadest ditambahkan sampai kurang lebih 1000
ml, diaduk, dan dipanaskan sampai jernih. Setelah jernih dan mendidih,
medium dibagi menjadi tiga bagian untuk membuat variasi zat pengatur
larutan medium diatur 5,2- 5,6. Jika terlalu alkali ditambahkan HCl 1N,
Batang dicuci dengan air mengalir selama 5-10 menit. Setelah itu,
5,3% sodium hypokhlorit) dan 20 tetes Tween 80, kemudian bilas dengan
pinset steril dan batang yang telah dibersihkan dipotong sepanjang 0,5-0,8
isolasi bakteri endofit pada Nutrient Agar dalam cawan petri untuk
mendapatkan biakan murni bakteri endofit. Satu ose mikrobia yang didapat
suhu 37oC selama 24 jam. Akan didapat koloni- koloni bakteri yang terpisah.
Diambil 1 ose dari stok bakteri uji dari biakan murni E.coli ATCC
Biakan murni bakteri endofit yang diperoleh dari tahap 6 diuji potensi
shaker inkubator pada suhu 37 C dengan kecepatan 170 rpm selama 3-4
atas kaca arloji steril selama kurang lebih 1 jam. Mikrobia uji yaitu E.coli
dan S.aureus ditumbuhkan dalam NA secara pour platting pada petri yang
berbeda, yaitu dengan mengambil suspensi bakteri uji E.coli dan S.aureus
yang sedang mencair pada temperatur 50oC lalu dituang ke dalam cawan
dengan agar. Setelah agar memadat, paper disc yang telah diinokulasi
suhu 37oC selama 24 jam atau sampai terbentuknya zona jernih di sekitar
a. Morfologi sel
1) Pengecatan Gram
didiamkan selama 45 detik. Sisa cat dicuci dengan air mengalir lalu
34
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
ditetesi larutan iodine dan didiamkan selama 1,5 menit. Dicuci dengan
Tetapi jika sel bakteri berwarna merah berarti isolat bakteri endofit
2) Pengecatan Spora
penghambatan paling baik pada tahap 7 dari kultur umur 48 jam dan
dan dipanasi selama 1 menit. Dicuci dengan air mengalir lalu diberi cat
penghambatan paling baik pada tahap 7 dari kultur umur 48 jam pada
warna dari carbolfuchsin tidak tampak. Dicuci dengan air mengalir dan
Bakteri yang tidak tahan terhadap pencucian asam akan berwarna biru
4) Uji pergerakan
paling baik pada tahap 7 dari kultur umur 48 jam diinokulasi dengan
cara tusukan dalam agar tegak dengan kandungan agar 0,2% 0,4%.
memiliki flagela.
b. Morfologi Koloni
suhu 37oC selama 24 jam. Pada medium cair diamati pertumbuhan pada
bekas tusukan, kilat, topografi, warna, ciri- ciri optik, bau, konsistensi dan
warna medium.
c. Uji biokimia
jam dengan jarum inokulasi secara tusukan pada medium TSIA miring
Jika baik pada bagian atas ataupun bawah medium berwarna kuning
jam dengan cara tusukan dalam medium Lysin Iron Agar (LIA)
diamati, positif bila terjadi perubahan warna dari ungu menjadi kuning
dekarboksilasi.
3) Uji Indol
jam dalam masing- masing tabung reaksi yang berisi medium tripton
positif apabila terbentuk cincin merah yang tidak larut pada permukaan
triptofanase.
38
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
jam dengan jarum inokulasi pada masing- masing tabung yang berbeda
5) Uji sitrat
6) Uji katalase
7) Uji Oksidase
Pada kertas saring yang diberi reagens diletakkan 1 ose kultur isolat
pada tahap 7 dari kultur umur 48 jam. Diamati hasilnya dengan melihat
penghambatan paling baik pada tahap 7 dari kultur umur 48 jam secara
eksoenzim gelatinase.
secara tusukan dan dua tabung sebagai kontrol (tanpa inokulasi bakteri
awal medium O-F adalah hijau. Jika pada medium yang ditutup
E. Analisis Hasil
Medium yang digunakan untuk isolasi bakteri endofit dari batang Artemisia
dilakukan reisolasi secara streak plate pada Nutrient Agar dalam petri supaya
didapatkan kultur murni bakteri endofit. Potensi antibakteri isolat bakteri endofit
41
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
metode difusi dengan paper disk, potensi antibakteri diketahui dengan cara
mengukur zona hambat yang terbentuk di sekitar paper disk dengan menggunakan
sel, morfologi koloni dan pengujian sifat biokimia. Dari sifat- sifat tersebut dapat
E.coli dengan buku panduan determinasi bakteri (Holt et al, 2000) sehingga dapat
BAB IV
HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN
penentuan nama ilmiah suatu tanaman yang didasarkan pada acuan suatu
yang digunakan dalam penelitian ini adalah Artemisia annua L. (Lampiran 2).
mengangkut zat-zat antara akar dan tunas. Kedua jenis jaringan vaskular
44
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
tersebut adalah xilem, yang mengirim air dan mineral yang terlarut ke atas
dari akar ke tunas, dan floem, yang mengangkut makanan yang dibuat di daun
al, 2002). Pada tanaman yang terlalu muda, jaringan vaskular yang terbentuk
tanaman di dalam batang tersebut sudah ada yang rusak sehingga tidak dapat
Jaringan tanaman yang sehat dapat menghasilkan nutrien yang cukup untuk
substansi yang digunakan untuk biosintesis dan sebagai sumber energi untuk
untuk eksplan ini biasanya sama dengan nama penemunya, antara lain adalah:
Went (VW), Medium Woody Plant Medium (WPM), dan lainnya. Medium
tumbuh untuk eksplan berisi kualitatif komponen bahan kimia yang hampir
45
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
dan unsur hara mikro dari dalam medium tumbuh, dari dalam medium kultur
proses isolasi bakteri endofit diperlukan lingkungan yang cocok untuk batang
disebut juga eksplan, yaitu bagian kecil jaringan atau organ yang dikeluarkan
adalah bahan organik yang meliputi karbohidrat, vitamin, asam amino, serta
berguna dalam regenerasi sel eksplan. Bakteri endofit dalam batang tanaman
untuk transportasi nutrien tanaman A.annua L., jadi nutrien yang digunakan
tanaman A.annua L., sehingga pada tahap isolasi bakteri endofit dari batang
yaitu batang dicuci dengan air mengalir selama 5-10 menit kemudian batang
menghilangkan kotoran, bakteri dan fungi yang ada pada batang sehingga
ketika batang ditanam pada medium tidak tumbuh fungi atau bakteri
bakteri endofit.
karena bakteri endofit ini pada awalnya memperoleh nutrien dari batang
antara bakteri endofit dan tanaman A.annua L., di mana bakteri endofit
memperoleh nutrien dan pelindungan dari tanaman A.annua L.. Peran nutrien
yang diperoleh dari tanaman A.annua L. bagi bakteri endofit adalah sebagai
sumber energi sesuai kebutuhan sel bakteri endofit, dan sebagai bahan
lainnya yang mendukung pertumbuhan tanaman (Tan & Zou, 2001). Bakteri
atau menginduksi ketahanan tanaman. Bakteri endofit yang diisolasi dari akar
(Pudaritadesantamaria, 2004).
sehingga bakteri endofit tersebut hidup di lingkungan yang kaya akan nutrien,
oleh karena itu transpor nutrien dari tanaman A.annua L. ke dalam bakteri
endofit dapat terjadi dengan mekanisme difusi pasif dan difusi terfasilitasi.
Difusi pasif adalah proses berpindahnya molekul dari konsentrasi yang tinggi
besarnya gradien kadar dari molekul. Kecepatan dari difusi nutrien menembus
terdapat dalam plasma membran sel, mekanisme ini disebut difusi terfasilitasi.
Protein carrier menyerupai enzim yang spesifik untuk setiap nutrien yang
berpotensi sebagai antibiotik ini diduga sebagai hasil transfer genetik (genetic
melibatkan plasmid dari bakteri endofit. Plasmid adalah molekul DNA kecil,
isolasi bakteri endofit pada Nutrient Agar dalam cawan petri untuk
pada suhu 37oC selama 24 jam, kemudian didapat koloni- koloni bakteri yang
terpisah. Dari tahap reisolasi ini diperoleh koloni- koloni bakteri terpisah yang
berbentuk circulair, berwarna putih kekuningan, dan terpisah satu sama lain
medium NA miring untuk stok bakteri endofit yang akan diuji potensi
energi dari sel, dan digunakan sebagai sumber energi untuk mendukung
yang amat kaya akan vitamin B, juga mengandung Nitrogen organik dan
bahan pemadat medium, agar bukan merupakan sumber nutrien bagi bakteri
yang telah ditumbuhkan dalam medium NA miring diinkubasi pada suhu 370
C selama 24 jam. Setelah proses inkubasi, ternyata yang dapat tumbuh dengan
baik hanya bakteri endofit kode B dan kode D. Bakteri endofit kode A dan
persyaratan nutrien maupun kondisi fisik dari medium biakan kurang sesuai
pertumbuhan bakteri meliputi suhu, tekanan atmosfer, dan pH. Beberapa jenis
tekanan osmotik (tenaga atau tegangan yang terhimpun ketika air berdifusi
melalui suatu membran) atau tekanan hidrostatik (tegangan zat alir). Tidak ada
satu pun perangkat kondisi yang memuaskan bagi kultivasi semua bakteri di
sedangkan yang lain mempunyai persyaratan yang rumit (Pelczar & Chan,
1986). Dari hasil pengamatan, bakteri endofit kode B dan kode D dapat
tumbuh dengan baik di medium biakan, oleh karena itu bakteri endofit kode B
dan kode D digunakan untuk langkah kerja selanjutnya yaitu pengujian potensi
Isolat Bakteri Endofit kode B dan kode D Terhadap S.aureus dan E.coli
biakan murni E.coli ATCC 35218 dan S.aureus ATCC 25923 1 ose yang
jumlah sel bakteri, sehingga diharapkan suspensi S.aureus dan E.coli yang
terhadap S.aureus dan E.coli ini dilakukan dengan tiga kali replikasi.
menggunakan paper disk (Paper Disc Agar Diffusion Method). Untuk uji
hari (96 jam) dengan tujuan untuk aerasi dan diharapkan mendapat
biomassa sel secara optimal. Pemilihan waktu empat hari (96 jam)
hari keempat (96 jam) umumnya bakteri telah mencapai fase stasioner dan
bakteri uji S.aureus dan E.coli. Perlakuan yang sama juga dilakukan pada
kontrol positf dan kontrol negatif. Tujuan dari penyamaan volume 40L
ini adalah untuk mendapat hasil yang dapat dibandingkan dengan kontrol.
untuk bakteri uji E.coli. Konsentrasi yang berbeda dipilih karena menurut
bakteri uji S.aureus. Setelah inkubasi 24 jam, terlihat adanya zona jernih di
sekitar paper disc, hal ini menunjukkan bahwa pertumbuhan bakteri S.aureus
24 jam, rata-rata diameter zona hambat yang dihasilkan sebesar 9,6 mm dan
tanpa inokulasi bakteri endofit) tidak memberikan zona hambat. Hal ini
endofit kode B dan endofit kode D terhadap S.aureus dengan waktu inkubasi
endofit kode D memberikan zona hambat yang lebih besar dari senyawa
58
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
isolat bakteri endofit kode D pada medium NB dapat tumbuh lebih optimal
jumlah cukup. Senyawa yang dihasilkan bakteri endofit kode B dan kode D
kode B dan kode D yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri uji E.coli
belum diketahui dengan baik, dan diduga terlibat dalam perusakan membran
S.aureus.
dengan diameter zona hambat yang dihasilkan isolat bakteri endofit kode D
lebih besar daripada bakteri endofit kode B. Hal ini berarti senyawa
antibakteri yang dihasilkan bakteri endofit kode D lebih spesifik untuk bakteri
uji E.coli daripada senyawa antibakteri yang dihasilkan bakteri endofit kode
59
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
bakteri uji E.coli. Setelah inkubasi 24 jam, terlihat adanya zona jernih di
sekitar paper disc, hal ini menunjukkan bahwa pertumbuhan bakteri E.coli
24 jam, rata-rata diameter zona hambat yang dihasilkan sebesar 9,7 mm dan
rata-rata diameter zona hambat pada amoksisilin (kontrol positif) adalah 39,7
Bakteri Endofit kode D terhadap E.coli dengan waktu inkubasi 24 jam sebesar
endofit kode B dan endofit kode D terhadap E.coli dengan waktu inkubasi 24
endofit kode B memberikan zona hambat yang lebih besar dari senyawa
bahwa isolat bakteri endofit kode B pada medium NB dapat tumbuh lebih
dengan jumlah cukup. Senyawa yang dihasilkan bakteri endofit kode B dan
endofit kode B dan kode D yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri uji
E.coli belum diketahui dengan baik, dan diduga terlibat dalam perusakan
dari senyawa antibakteri yang dihasilkan bakteri endofit kode B dan kode D
terhadap E.coli.
dengan diameter zona hambat yang dihasilkan isolat bakteri endofit kode B
63
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
lebih besar daripada bakteri endofit kode D. Hal ini berarti senyawa
antibakteri yang dihasilkan bakteri endofit kode B lebih spesifik untuk bakteri
uji E.coli daripada senyawa antibakteri yang dihasilkan bakteri endofit kode
dihasilkan isolat bakteri endofit kode B dan kode D terhadap S.aureus dan
E.coli secara difusi paper disc, didapatkan hasil bahwa senyawa antibakteri
yang dihasilkan isolat bakteri endofit kode B dan kode D dapat menghambat
bakteri endofit kode B dan kode D dapat menjadi model atau prekursor dalam
dan aktifitas dari senyawa antibakteri yang dihasilkan isolat bakteri endofit
mengetahui sifat morfologi sel, sifat morfologi koloni dan sifat biokimia.
Endofit kode D
1. Pewarnaan Gram
larutan pemucat, dan dapat diwarnai oleh cat lawan yang berwarna
merah (safranin). Hal ini disebabkan karena dinding sel bakteri Gram-
dinding sel bakteri Gram-positif. Lipida ini akan larut dalam larutan
terhadap cat warna kristal violet. Dari hasil yang didapatkan, isolat
Pada bakteri endofit kode B dan bakteri endofit kode D akan terbentuk
terikat pada dinding sel bakteri endofit, sehingga bakteri endofit kode
Keterangan Gambar:
Sel bakteri ditunjukkan dengan warna ungu (Gram positif),
berbentuk.batang (basil), garis lurus menunjukkan panjang 32,2 m.
66
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Keterangan Gambar:
Sel bakteri ditunjukkan dengan warna ungu (Gram positif), berbentuk.
batang (basil), garis lurus menunjukkan panjang 30,2 m.
2. Pengecatan Spora
tahan panas dan tahan bahan kimia. Spora dibentuk oleh bakteri
endospora, dalam sel bakteri hanya terdapat 1 spora. Spora ini tidak
sejumlah besar asam dipikolinat, substansi ini tidak terdeteksi pada sel
Chan, 1986).
dapat masuk ke dalam spora. Setelah dingin warna hijau ini akan
mencuci zat warna Malachite green dari sel vegetatif, namun tidak
muatan negatif yang terdapat pada permukaan sel. Safranin tidak akan
panah berwarna merah, dan sel vegetatif bakteri endofit kode B dan D
Keterangan Gambar:
Spora ditunjukkan dengan anak panah berwarna merah, sel vegetatif
ditunjukkan dengan anak panah berwarna biru, garis lurus
menunjukkan panjang 27,8 m
68
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Keterangan Gambar:
Spora ditunjukkan dengan anak panah berwarna merah, sel vegetatif
ditunjukkan dengan anak panah berwarna biru, garis lurus
menunjukkan panjang 28,8 m.
sebagai lapisan lilin. Kandungan lipida ini sangat tinggi, pada beberapa
spesies, lipida ini dapat mencapai sampai 60% dari berat dinding sel.
diwarnai, karena zat warna tidak dapat menembus lapisan lilin ini.
oleh karena itu digunakan pemanasan sehingga zat warna dapat masuk
ke dalam sel bakteri yang diliputi oleh lipida. Jika bakteri tahan asam
69
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
bakteri yang tidak tahan asam, larutan pemucat akan melarutkan cat
cat warna kedua yaitu metylen biru, bakteri yang tidak tahan asam
akan berwarna biru (Lay, 1994). Dari hasil yang diperoleh bakteri
endofit kode B dan kode D merupakan bakteri yang tidak tahan asam
Keterangan Gambar:
Bakteri endofit kode B merupakan bakteri yang tidak tahan asam,
ditunjukkan dengan sel berwarna biru, Perbesaran 1000x.
70
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Keterangan Gambar:
Bakteri endofit kode D merupakan bakteri yang tidak tahan asam,
ditunjukkan dengan sel berwarna biru, Perbesaran 1000x.
4. Motilitas
yaitu Nutrient Broth ditambah dengan 0,2% - 0,4% agar. Tujuan dari
dengan cara tusukan dalam agar tegak tersebut. Dari hasil pengamatan
untuk bakteri endofit kode B dan kode D, di sekitar arah tusukan ada
terhadap O2. Setelah isolat bakteri bakteri endofit kode B dan bakteri
tanpa inokulasi bakteri endofit yang berwarna kuning jernih. Hal ini
(Lampiran 6)
72
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
optik tidak tembus cahaya (opaque), berbau tidak enak dan warna
c. Uji Biokimia
morfologi sel dan koloni saja, tetapi juga perlu diteliti sifat biokimianya.
disebabkan oleh daya kerja enzim (Lay, 1994). Uji biokimia yang
H2S. Fe++ yang terdapat dalam medium biakan akan bereaksi dengan
H2S dan menghasilkan senyawa FeS yang berwarna hitam dan tidak
Pada uji H2S, medium yang digunakan adalah TSIA (Triple Sugar
endapan hitam. Pada medium TSIA ini H2S akan bereaksi dengan Fe
bakteri endofit). Cara inokulasi, pada medium TSIA bagian atas yang
disebut slant secara goresan, dan pada bagian bawah yang disebut butt
slant, dan pada bagian butt berwarna kuning, sedangkan pada bagian
isolat bakteri endofit dalam medium LIA (Lisin Iron Agar) yang
jam dan 48 jam. Hal ini berarti endofit kode B dan bakteri endofit kode
3. Uji indol
terdapat pada protein, sehingga asam amino ini dengan mudah dapat
bagian lainnya dari molekul triptofan (asam piruvat dan NH4+ ) dapat
uji tripton water terbentuk cincin merah di permukaan medium. Hal ini
disebut rosindol.
medium akan tetap berwarna merah. Bila tidak terjadi fermentasi asam
reagen Metil Red. Dari hasil pengamatan, bakteri endofit B dan bakteri
78
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
5. Uji Sitrat
13).
6. Uji katalase
menjadi air dan O2. Dapat diketahui bahwa bakteri endofit B dan
7. Uji Oksidase
8. Uji Gelatin
tulang rawan, atau tenunan ikat hewani lainnya. Protein ini bila
menit.
pada organisme aerob yaitu pada tabung yang tidak ditutup dengan
dengan paraffin.
dari hijau menjadi kuning. Maka endofit B dan bakteri endofit D dapat
Tabel V. Hasil Uji Biokimia Bakteri Endofit Kode B dan Endofit Kode D
biokimia isolat bakteri endofit kode B dan bakteri endofit kode D terdapat
endofit kode B dan bakteri endofit kode D berasal dari genus yang sama. Hasil
menunjukkan bahwa sel berbentuk batang, rangkaian sel tunggal, bersifat gram
positif, bergerak (motil), fakultatif anaerob, warna koloni putih, tidak tembus
cahaya (opaque), positif terhadap uji H2S dan uji OF parafin maupun tanpa
parafin.
83
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Hasil pengamatan identifikasi bakteri endofit kode B dan bakteri endofit kode
D yang dicocokkan dengan buku panduan determinasi bakteri (Holt et al, 2000)
bakteri batang gram positif. Dalam Holt et al (2000) dijelaskan bahwa bakteri
tunggal atau berpasangan dan kadang membentuk rantai pendek, gram positif,
motil. Bakteri endofit penghasil senyawa antibakteri terhadap E.coli dan S.aureus
yang diisolasi dari batang tanaman A.annua L. pada penelitian ini termasuk
dari hasil kultivasi mikrobia endofit dari tanaman A.annua L yang dilakukan oleh
tersebut adalah Bacillus polymixa yang termasuk dalam genus Bacillus. Genus
Amphibacillus dan genus Bacillus mempunyai kesamaan ciri, yaitu ciri sel
motil. Perbedaan dari kedua genus tersebut adalah genus Amphibacillus bersifat
katalase negatif, sedangkan genus Bacillus bersifat katalase positif (Holt et al,
2000).
84
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Tabel VI. Hasil Identifikasi Isolat Bakteri Endofit Kode B, Bakteri Endofit
BAB V
A. Kesimpulan
1. Diperoleh isolat bakteri endofit yang dapat diisolasi dari batang A.annua L.
B. Saran
DAFTAR PUSTAKA
Backer, C.A, & Brink, R. C., 1965, Flora of Java, Spermatophytes Only, Vol II,
362, NVP Noordhoff, Groningen, Netherland.
Campbell, N.A., Reece, J.B., Mitchell, L.G., 2002, Biology, Fifth Edition (Biologi,
Edisi Kelima), hal 6, 352-357, Diterjemahkan oleh Lestari, dkk, Jilid 1,
Penerbit Erlangga, Jakarta.
Castillo, U.F., Strobel, G.A., Ford, E.J., Hess, W.M., Poter, H., Jenson, J.B.,
Albert, H., Robinson, R., Condron, M.A., Teplow, D.B., Stevens, D., &
Yaver, D., 2002, Munumbicins, wide spectrum antibiotics produced by
Streptomyces NRRL 30562, endophytic on Kennedia nigriscans,
Microbiology 148: 2675-2685.
Hendaryono, D.P.S. & Wijayani, A., 1994, Teknik Kultur Jaringan, hal 26-35,
Penerbit Kanisius, Yogyakarta.
Holt, J.G., Krieg, N.R., Sneath, P.H.A., Staley, J.T., Williams, S.T., 2000,
Bergeys Manual of Determinative Bacteriology, Ninth Edition, hal 347,
559, Lippincott William & Wilkins, Philadelphia, USA.
Jawetz, E., Melnick, J.L., Adelberg, E.A., 1986, Review of Medical Microbiology
(Mikrobiologi Untuk Profesi Kedokteran), Edisi 16, 107-108, 288, 239, 384,
Diterjemahkan oleh Bonang, , Penerbit Buku Kedokteran EGC, Jakarta.
Jawetz, E., Melnick, J.L., Adelberg, E.A., 1996, Mikrobiologi Kedokteran, Edisi
XX, 128, 239, 240, Diterjemahkan oleh Nugroho, E., dan Maulany, R.F.,
Penerbit Buku Kedokteran EGC, Jakarta
Mucciarelli, M., Scannerini, S., Bertea, C.M., Maffei, M., 2001, An ascomycetous
endophyte isolated from Mentha piperita L.: biological features and
molecular studies, Available from www.mycologia.org Di akses pada 21 Mei
2006.
Pelczar, M.J & E.C.S Chan, 1986, Dasar-Dasar Mikrobiologi, hal 131-154,
Diterjemahkan oleh Ratnasari, dkk, Edisi I, UI Press, Jakarta.
Prescott, L.M, Harley, J.P, Klein, D.A, 1999, Microbiology, fourth edition, hal 97-
100, 255, WCB / McGraw-Hill, USA.
Pudaritadesantamaria, W., 2004, Potensi Bakteri Rizofer dan Endofit pada Akar
Pisang dalam Pengendalian Penyakit Layu Fusarium, Hayati Vol.11 No.2,
67-71.
88
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Santoso, U. & Fatimah N., 2001, Kultur Jaringan Tanaman, UMM Press,
Malang.
Stace, C. A., 1989, Plant Taxonomy and Biosystematics, 2nd edition, hal17,
Arnold, London, UK.
Strobel, G.A., & Daisy, B., 2003, Bioprospecting for Microbial Endophytes and
Their Natural Products, Microbiol. And Mol. Biology Rev. 67 (4): 491-502.
Strobel, G.A., Miller, R.V., Miller, C., Condron, M., Teplow, D.B., & Hess,
W.M., 1999, Cryptocandin, a potent antimycotic from endophytic fungus
Cryptosporiopsis quercina. Microbiology 145: 1919-1926.
Stone JK, Bacon CW, White JF Jr., 2000, An overview of endophytic microbes:
endophytism. Microbial endophytes. New York: Marcel Dekker, Inc. 329
Wahyuningsih, P.E.R., 2006, Isolasi dan Identifikasi Bakteri Endofit Dalam Akar
Talinum triangulare (Jacq) Wild yang Mempunyai Potensi Sebagai
89
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Worang, R.L., 2003, Fungi Endofit Sebagai Penghasil Antibiotika, Available from
www.google.fungi.endofit.com. Di akses pada 19 Februari 2006.
Keterangan :
A : Bakteri endofit kode B mengalami pergerakan, di sekitar arah
tusukan ada pertmbuhan seperti serabut-serabut tipis ke arah luar
tusukan
B : Bakteri bakteri endofit D mengalami pergerakan, di sekitar arah
tusukan ada pertmbuhan seperti serabut-serabut tipis ke arah luar
tusukan
C : Kontrol medium semi solid tanpa inokulasi bakteri endofit
94
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Keterangan :
A : Terlihat pertumbuhan bakteri endofit kode B rata pada seluruh
medium. Pada permukaan dan dasar medium terlihat pertumbuhan
seperti selaput
B : Terlihat pertumbuhan bakteri endofit kode D rata pada seluruh
medium. Pada permukaan dan dasar medium terlihat pertumbuhan
seperti selaput
C : Kontrol medium Nutrient Broth tanpa inokulasi bakteri endofit
Keterangan :
A : Terlihat pertumbuhan bakteri endofit kode B di sepanjang garis
inokulasi, tebal dan seperti rambut (villous)
B : Terlihat pertumbuhan bakteri endofit kode D di sepanjang garis
inokulasi, tebal dan seperti rambut (villous)
C : Kontrol medium Nutrient Agar Tegak tanpa inokulasi bakteri
endofit
Keterangan :
A : Medium NA miring yang diinokulasi bakteri endofit kode B, bentuk
pertumbuhan koloni echinulate dan berwarna putih susu.
B : Medium NA miring yang diinokulasi bakteri endofit kode D, bentuk
pertumbuhan koloni echinulate dan berwarna putih susu.
C : Kontrol medium NA miring tanpa inokulasi bakteri endofit
Keterangan :
A : Medium TSIA yang diinokulasi bakteri endofit kode B berwarna
merah muda pada bagian slant, dan pada bagian butt berwarna
kuning, pada bagian bawah terbentuk warna hitam. Inkubasi 24 jam
B : Medium TSIA yang diinokulasi bakteri endofit kode D berwarna
kuning pada bagian slant dan butt, pada bagian bawah terbentuk
warna hitam. Inkubasi 24 jam
C : Kontrol medium TSIA tanpa inokulasi bakteri endofit
Keterangan :
A : Medium LIA yang diinokulasi bakteri endofit kode B tetap berwarna
kuning setelah inkubasi 24 jam
B : Medium LIA yang diinokulasi bakteri endofit kode D tetap
berwarna kuning setelah inkubasi 24 jam
C : Kontrol medium LIA tanpa inokulasi bakteri endofit
97
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Keterangan :
A : Medium Tripton Water yang diinokulasi bakteri endofit kode B
tidak terbentuk cincin warna merah setelah inkubasi 24 jam
B : Medium Tripton Water yang diinokulasi bakteri endofit kode D
tidak terbentuk cincin warna merah setelah inkubasi 24 jam
C : Kontrol medium Tripton Water tanpa inokulasi bakteri endofit
Keterangan :
A : Medium MR yang diinokulasi bakteri endofit kode B, setelah
ditambah reagen metil merah medium menjadi berwarna kuning
(Inkubasi 24 jam)
B : Medium MR yang diinokulasi bakteri endofit kode D, setelah
ditambah reagen metil merah medium menjadi berwarna kuning
(Inkubasi 24 jam)
C : Kontrol medium MR tanpa inokulasi bakteri endofit
Keterangan :
A : Medium Simmons Citrate yang diinokulasi bakteri endofit kode B,
medium tetap berwarna hijau setelah Inkubasi 24 jam
B : Medium Simmons Citrate yang diinokulasi bakteri endofit kode D,
medium tetap berwarna hijau setelah Inkubasi 24 jam
C : Kontrol medium Simmons Citrate tanpa inokulasi bakteri endofit
99
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Keterangan :
Tidak terdapat gelembung udara pada koloni bakteri endofit kode B ( A ) dan
bakteri endofit kode D ( B ) setelah ditetesi pereaksi H2O2 30%
Keterangan :
Tidak muncul warna ungu setelah koloni bakteri endofit kode B ( A ) dan
bakteri endofit kode D ( B ) ditetesi reagen tetramethyl-paraphenyldiamine.
Warna yang terjadi sama dengan kontrol ( C )
100
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
Keterangan :
A : Tidak terjadi pencairan gelatin pada medium NB + gelatin yang
diinokulasi bakteri endofit kode B
B : Tidak terjadi pencairan gelatin pada medium NB + gelatin yang
diinokulasi bakteri endofit kode D
C : Kontrol medium NB + gelatin tanpa inokulasi bakteri endofit.
Keterangan :
A : Terjadi perubahan warna medium OF yang diinokulasi bakteri
endofit kode B tanpa paraffin dari hijau menjadi kuning.
B : Terjadi perubahan warna medium OF yang diinokulasi bakteri
endofit kode D tanpa paraffin dari hijau menjadi kuning.
C : Kontrol medium OF tanpa paraffin dan tanpa inokulasi bakteri
endofit
Keterangan :
A : Terjadi perubahan warna medium OF yang diinokulasi bakteri
endofit kode B dan ditutup paraffin dari hijau menjadi kuning.
B : Terjadi perubahan warna medium OF yang diinokulasi bakteri
endofit kode D dan ditutup paraffin dari hijau menjadi kuning.
C : Kontrol medium OF tanpa inokulasi bakteri endofit dan ditutup
paraffin.
102
PLAGIAT
PLAGIAT MERUPAKAN
MERUPAKAN TINDAKAN
TINDAKAN TIDAK
TIDAK TERPUJI
TERPUJI
BIOGRAFI PENULIS