Anda di halaman 1dari 10

Polimorfisme Dan Heterozigositas

Polimorfisme populasi merupakan ketidaktepatan kadar variasi genetik yang disebabkan


sedikitnya jumlah lokus polimorfik yang tidak sebanyak pada lokus lainnya. Pada lokus yang tepat
ada 2 alel dengan frekuensi 0,95 dan 0,05, terhadap variasi lokus lain dengan 20 alel masing-
masing frekuensinya 0,05, ternyata lebih banyak variasi genetic ada pada lokus yang kedua
daripada yang pertama sebelum dihitung di bawah kriteria polimorfisme 0,95.
Kadar yang lebih baik dari variasi genetic yang tidak berubah dan tepat adalah frekuensi
rata-rata individu yang heterozigot pada tiap lokus atau heterozigositas dari populasi. Hal ini
dihitung melalui frekuensi pertama yang dihasilkan dari individu heterozigot pada tiap lokusnya
dan diambil rata-rata frekuensi dari semua lokus. Kita kaji 4 lokus dari suatu populasi dan
diperoleh frekuensi heterozigot sebagai berikut: 0,25; 0,42; 0,09 dan 0. Maka heterozigositas
populasi berdasarkan 4 lokus tersebut yaitu (0,25+0,42+0,09+0)/4=0,19. Maka dapat disimpulkan
bahwa heterozigositas populasi adalah 19%. Perkiraan heterozigositas harus valid dan harus
berdasar pada sampel yang lebih dari 4 lokus dengan prosedur yang sama. Jika beberapa populasi
dari spesies yang sama diuji, maka yang pertama dihitung adalah heterozigositas dari masing-
masing populasi dan rata-ratanya. Misalnya 4 populasi dengan hasil 0,19; 0,15; 0,15; 0,17 maka
rata-rata heterozigositas adalah 0,16.
Heterozigositas populasi merupakan kadar variasi genetik yang lebih dominan oleh
sebagian besar populasi secara genetik. Suatu kadar variasi yang baik jika diperkirakan dari dua
alel diambil secara acak dari populasi yang berbeda. Masing-masing gamet dari individu yang
berbeda membawa alel dari tiap lokus yang dapat dipertimbangkan sebagai sampel acak dari
populasi.
Jika kesulitan, dapat dihitung dengan menghitung heterozigositas harapan, yaitu dari
frekuensi alel pada individu dalam suatu populasi yang melakukan mating satu sama lain secara
acak. Contoh, pada suatu lokus ada 4 alel dengan frekuensi f1, f2, f3 dan f4, maka frekuensi
harapan dari 4 homozigot jika melakukan mating acak adalah f12, f22, f32 dan f42.
Heterozigositas pada lokus menjadi:
He= 1- (f12+ f22+ f32 + f42)
Contoh: f1= 0,05; f2= 0,30; f3= 0,10; f4= 0,10
Maka He= 1 (0,052 + 0,302 + 0,102 + 0,102) = 0,64
Perkiraan Variasi Secara Elektroforetik
Teknik elektroforesis pertama diterapkan untuk menaksir variasi genetik di populasi alami
pada tahun 1966. Ketika tiga studi dipublikasikan satu penelitian manusia dan 2 pada Drosophilla.
Banyak populasi dari organisme dapat diselidiki mulai saat itu, dan banyak lagi dipelajari tiap
tahun. Dua studi akan diulas disini.
Tabel 22.9 menunjukkan daftar 20 lokus variable dari 71 lokus sampel pada populasi dari
orang Eropa. Simbol digunakan untuk menunjukkan lokus, enzim dikode oleh lokus dan frekuensi
dari heterozigositas individu pada lokus diberikan untuk setiap 20 lokus variabel. Heterozigositas
dari populasi adalah jumlah dari penyusun heterozigositas pada 20 lokus variabel dibagi dengan
total dari lokus sampel = 4,73/71 = 0,067.
Tabel di bawah ini menggambarkan heterozigositas pada 20 variabel gen loci yang keluar
dari 71 loci sampel dalam populasi dari Eropa yang dihasilkan dengan elektroforesis.
Lokus gen Enzim yang dikode Heterozigositas
ACP1 Acid phosphatase 0,52
PGM1 Phosphoglucomutase-1 0,36
PGM2 Phosphoglucomutase-2 0,38
AK Adenylate kinase 0,09
PEPA Peptidase-A 0,37
PEPC Peptidase-C 0,02
PEPD Peptidase-D 0,02
ADA Adenosine deaminase 0,11
PGD Phosphogluconate dehydrogenase 0,05
ACP2 Alkaline phosphatase (placental) 0,53
AMY2 -amilase (prancreatic) 0,09
GPT Glutamate-pyvurate transaminase 0,50
GOT Glutamate-oxaloacetate transaminase 0,03
GALT Galactose-1-phosphat uridyltransferase 0,11
ADH2 Alcohol dehydrogenase-2 0,07
ADH3 Alcohol dehydrogenase-3 0,48
PG Pepsinogen 0,47
ACE Acetylcholinesterase 0,23
ME Malic enzyme 0,30
HK Hexokinase (white-cell) 0,05
Rata-rata heterozigositas (termasuk 51 loci invarian) 0,067

Total 39 lokus gen yang mengkode enzim telah dipelajari dalam populasi ikan marin air
panas (Phillum pharanida) phacanopsis viridis dari Bodega Bay, California. Tabel di bawah ini
memberi symbol yang digunakan unt uk mewakili 27 lokus yang padanya tidak ditemukan 2 alel.
Tabel ini menunjukkan observasi dan menunjukkan heterozigositas sebagaimana lokus yang
polimorfik ketika kriteria polimorfisme pada frekuensi alel yang paling umum tidak lebih besar
dari 0,95. Dengan kriteria 28,2% dari 39 lokus yang dipelajari adalah polimorfik. Bagaimanapun
dengan menggunakan 0,99 kriteria polimorfisme 20 dari 39 lokus atau 51,2% adalah polimorfik.
Heterozigositas yang diobservasi adalah 7,2% berkemungkinan lebih sedikit dari pada
heterozigositas 9,4%. Perbedaan ini mungkin terjadi pada keakuratan dan fertilisasi sendiri
karena P.viridis adalah hewan hermaprodit.
Tabel di bawah ini menggambarkan frekuensi alela pada 27 variabel loci dalam 120
individu cacing lautPhoromopsis viridis. Angka digunakan untuk menunjukkan alela (1, 2, 3 dan
seterusnya) yang mengindikasikan peningkatan mobilitas dalam elektrik medium dari protein
yang dikode oleh beberapa alela.
Lokus Frekuensi alela Heterozigot Polimorfik
gen 1 2 3 4 5 6 Yg Yg <1
Diamati Diharapkan
Acph- 0,095 0,005 0,010 0,010 Tidak
1
Acph- 0,009 0,066 0,882 0,014 0,005 0,024 0,160 0,217 Ya
2
Adk-1 0,472 0,528 0,224 0,496 Ya
Est-2 0,008 0,992 0,017 0,017 Tidak
Est-3 0,076 0,924 0,151 0,140 Ya
Est-5 0,483 0,396 0,122 0,443 0,596 Ya
Est-6 0,010 0,979 0,012 0,025 0,041 Tidak
Est-7 0,010 0,990 0,021 0,021 Tidak
Fum 0,986 0,014 0,028 0,028 Tidak
Gpd 0,005 0,995 0,010 0,010 Tidak
G3pd- 0,040 0,915 0,017 0,011 0,011 0,006 0,159 0,161 Ya
1
G6pd 0,043 0,900 0,057 0,130 0,185 Ya
Hk-1 0,996 0,004 0,008 0,008 Tidak
Hk-2 0,005 0,978 0,016 0,043 0,043 Tidak
Idk 0,992 0,008 0,017 0,017 Tidak
Lap-3 0,038 0,962 0,077 0,074 Tidak
Lap-4 0,014 0,986 0,028 0,027 Tidak
Lap-5 0,004 0,551 0,326 0,119 0,542 0,576 Ya
Mdh 0,008 0,987 0,004 0,025 0,025 Tidak
Me-2 0,979 0,021 0,042 0,041 Tidak
Me-3 0,017 0,824 0,159 0,125 0,296 Ya
Odh-1 0,992 0,008 0,017 0,017 Tidak
Pgi 0,995 0,005 0,010 0,010 Tidak
Pgm-1 0,159 0,827 0,013 0,221 0,290 Ya
Pgm-3 0,038 0,874 0,071 0,017 0,185 0,229 Ya
Tpi-1 0,929 0,071 0,000 0,133 Ya
Tpi-2 0,008 0,004 0,962 0,013 0,013 0,076 0,074 Tidak
Rata-rata (termasuk 12 invarian loci)
Heterozigot 0,072 0,094
Polimorfisme 11/9=0,282

Tabel di atas juga menunjukkan frekuensi alel pada 27 lokus variabel. Jumlah alel per lokus
berkisar hanya 1 (pada 12 lokus varian) sampai 6 (pada lokus Acph-2 dan G3pd-10. Lokus dengan
jumlah alel yang lebih besar tidak selalu mempunyai heterozigositas yang lebih besar. Sebagai
contoh, observasi dan penelitian heterozigositas pada lokus Acph-2 adalah masing-masing 0,16
dan 0,17 sedangkan pada lokus Adk-1 hanya mempunyai 2 alel dengan heterozigositas 0,222 dan
o,496.
Gambar di bawah ini menunjukkan distribusi heterozigot diantara 180 studi loci dalam 6
hubungan spesiesDrosophilla. Karakteristiknya, distribusi penyebarannya luas (jarak H dari O
sampai 0,6 s) dan semuanya tidak menyerupai distribusi normal.
Penelitian dengan elektroforesis mengindikasikan bahwa sekitar 20 gen loci sampel
biasanya cukup, perkiraan heterozigositas biasanya berubah sedikit pada jumlah gen loci sampel
yang lebih dari 20. Misalnya, nilai H = 0,072 yang diperoleh dari manusia yang menggunakan 26
gen loci sampel. Ketika sampel total sampai 71 loci, maka perkiraan menjadi H = 0,067.

Gambar. Distribusi heterozigisitas diantara 180 gen loci yang dipelajari melalui
elektroforesis dalam 6 spesies kelompok Drosophilla willistoni. Rata-rata heterozigositas untuk
180 loci adalah 0.177.

Variasi Genetik pada Populasi Alami


Umumnya, inventebrata mempunyai lebih banyak variasi genetic dari pada vertebrata.
Pada kebanyakan manusia, dengan 6,7% keheterozigotannya dapat terdeteksi dengan
elektrophoresis. Jika diasumsikan terdapat 30000 lokus gen structural pada manusia,
keheterozigotannya seseorang menjadi 30000 x 0,067 = 2010 lokus. Individu secara teoritis dapat
menghasilkan 22010 = 10403
Penghitungan mengindikasikan bahwa dua gamet manusia adalah tidak sama atau identik
dan tidak ada dua individu manusia yang sekarang, telah ada sebelumnya atau ada di waktu yang
akan datang terlihat identik pada gen-gen.
Teknik elektroforesis telah membuat ini mungkin untuk memperkirakan variasi genetic
pada populasi alami. Ada dua hal untuk membuat perkiraan yang baik dari variasi genetic:
a) Bahwa sampel secara acak dari semua lokus gen dipelihara
b) Bahwa semua alela terdeteksi pada setiap lokus
Beberapa metode digunakan untuk mendeteksi perbedaan muatan protein yang tidak
dikenali dengan teknik standart elektrophoresis. Salah satu metodenya adalah elektrophoresis
sekuen terdiri dari elektrophoresis dari sampel yang sama pada berbagai kondisi. Metode lain
adalah sampel jaringan atau enzim untuk temperatur yang tinggi. Teknik lain adalah pemetaan
protein atau sidik jari protein setelah mencerna tripsin atau beberapa enzim lain yang
menghidrolisis polipeptida ke sejumlah kecil peptide yang disubjekkan ke dua kromatograpi
dimensional atau kromatograpy pada satu dimensi dan elektroporesis yang lain.
Berdasarkan pengamatan diperoleh ringkasan hasil yang didapatkan dengan elektroporesis
sekuan dan dua metode denaturasi. Rata-rata keheterozigotan adalah 0,04 dengan elektrophoresis
sekuen dan sekitar 0,08 dengan metode denaturasi atau meningkat pada variasi jumlah 25%.
Metode ini digunakan untuk membuka dan menutupnya variasi cryptic ketika sampel lokus adalah
0,81 hingga 0,410 yang dilihat pada populasi Drosophila, ketika sampel acak dari lokus yang diuji.
Jumlah variasi mutan yang dideteksi pada lokus adalah dari Drosophila melanogaster dengan tiga
metode yang berbeda. Pemetaan protein yang mendeteksi lebih banyak variasi cryptic dari pada
teknik yang lain. Jika kita mengasumsikan harga 20% untuk mendeteksi perkiraan dari sejumlah
variasi protein cryptic, kita dapat menghitung varisi protein yang ditentukan secara genetic dalam
populasi alami. Dengan standart elektrophresis H=0,134 untuk invertebrate nc= 1/1 (1-
0,134)=1,15 dan nc= 1,2x 1,15=1,38 dimana H=0,28. Untuk vertebrata nc=1,28 dan H=0,22 dan
untuk tanaman nc= 1,37 dan H=0,22 dan untuk tanaman nc=1,37 dan H=0,27. Rata-rata
keheterozigotan menjadi hampir dua kali untuk invertebrate dan tanaman serta tiga kali untuk
vertebrata.
DNA Polymorphisme
Sebagian kecil dari semua perbedaan pada rangkaian DNA yang digambarkan dalam
variasi protein. Perbedaan antara codon synonymous tidak mengubah asam amino yang dikodekan,
dan 90% atau lebih dari DNA menjadi tidak diterjemahkan ke dalam protein. DNA yang tidak
diterjemahkan termasuk mencampuri antara rangkaian (intron-intron) dan daerah pengkode (exon-
exon) seperti rangkaian intergenik yang memisahkan satu gen dari gen berikutnya. Kita mungkin
bertanya berapa banyak variasi genetic (perbedaan pada rangkaian DNA) yang ada melebihi yang
mempengaruhi rangkaian asam amino dari protein (meskipun banyak dari variasi DNA yang
ditambahkan mungkin sedikit yang mempunyai sifat adaptive yang signifikan dari variasi yang
berasal dari rangkaian DNA yang dimodifikasi). Batasan analisis endonuklease dan rangkaian
DNA telah diungkap untuk menyelidiki masalah ini.
Gambar 22.14 menunjukkan perbedaan antara 2 alela, berasal dari 2 kromosom homolog
dari sebuah individu tunggal dari gen ^ globin pda manusia. Ada 13 substitusi dari satu nukleotida
oleh yang lain dan 3 segmen dihapus pada slah satu dari alela (atau diinsersi kedalam yang lain).
Tidak ada substitusi yang terjadi didalam exons, hampir (9) dipusatkan pada ujung 5 sepanjang
intron. 2 delesi yang mesing-masing panjangnya 4 np (posisi 741-744 dan 791-794 dari rangkaian);
yang ketiga terdiri dari 18 pasang nukleotida yang berdekatan (mulai pada posisi 1080).
Jiga gen ^ adalah tipe contohnya, ini kelihatan seperti tingkatan dari rangkaian DNA
setiap individu yang disilangkan akan menjadi heterozigot mendekati semua, jika tidak semua, loci
ini, jika rangkaian nonkoding ditulis dalam catatan. Pertanyaan dari kebutuhan
heterozigot menjadi diformulasikan pada akhir dari proporsi dari perbedaan nukleotida, yang
mungkin disebut heterozigot nukleotida atau keanekaragaman nukleotida. Mencoba menjawab
pertanyaan ini, kita menemui beberapa hal ambigu. Jika hanya substitusi yang dipertimbangkan,
heterozigosity nukleotida dari ^ adalah 13/1647 = 0.008. tetapi jika delesi juga ditulis dalam
catatan, berapa banyak yang dijumlahkan? Jika masing-masing segmen yang dihapus dijumlahkan
sebagai satu perbedaan yang tidak terikat (independen) dari panjangnya, ada 3 tambahan
perbedaan antara 2 alela dan heterozigositasnya adalah 16/1647 = 0.010; jika masing-masing
nukleotida yang dihapus dijumlahkan sebagai satu perbedaan, heterozygosity adalah 39/1647 =
0.024 (tabel 22.15).
Heterozigositas nukelotida pada gen yang lain untuk 2 alela yang tidak terikat telah
dirangkai pada tabel 22.15. 3 gen (Adh pada Drosophila, C pada tikus, dan ^ pada manusia)
mempunyai substitusi heterozigosity mendekati 1% atau beberapa lebih tinggi. Rangkaian DNA
dari Adh dan C termasuk hanya pada daerah koding, dan kemudian tidak ada delesi yang diamati.
Untuk gen insulin substitusi heterozigosity hanya 1.003, tetapi daerah sisi 5 berisi sebuah
delesi/insersi dari 467 pasangan nukleotida yang berdekatan, yang didalamnya sebuah rangkaian
yang tinggi berulang.
Daerah konstan pada rantai berat dari immunoglobulin tikus terdiri dari 8 protein. Salah
satunya, 2a, diketahui berbeda secara luas dari satu strain tikus yang dikawinkan sesama jenis
dari yang lain. Gen IgG2a,mengkode untuk protein ini telah dirangkai dalam 2 strain. Dari 1108
rangkaian basa , 111 (10%) berbeda. Hanya 18 (16.2 %) dari substitusi nukleotida adalah diam;
hasil yang lain asam amino berbeda pada 15% dari tempatnya. Ada alasan yang mengira bahwa
variasi yang diobservasi pada gen IgG2a tikus mungkin bukan menjadi tipe dari loci yang
structural. Gen immunoglobulin adalah sangat polymorphic; 2 alela dirangkai datang dari 2 strain
yang kawin sesama bangsa, disbanding dengan dari individu yang kawin berbeda bangsa, 2 protein
telah diketahui menjadi sangat berbeda sebelum DNA dirangkai. Tentu saja frekuensi dari
perbedaan asam amino antara produk 2 alela adalah satu pesanan dari jarak terbesar daripada rata-
rata diobservasi pada jenis lain dari protein.
Perkiraan dari heterozigosity nukleotida telah dihasilkan pada 4 spesies urchin laut oleh
denaturasi DNA diikuti dengan gabungan yang competitive (hibridisasi). Teknik ini tidak tepat
tetapi keuntungannya yaitu untuk menguji kadar logam pada genom komplit dari suatu organisme.
Akibat dari copy DNA tunggal disimpulkan pada tabel 22.16. Diperkirakan frekuensi dari
substitusi nukleotida sekitar 2-4%.
Setelah koreksi selama substitusi diam, 2-4% substitusi nukleotida pada terjemahan DNA
menghasilkan 5-9% perbedaan asam amino. Pada studi electrophoretic dari sistem enzim
pada S.intermedius telah memberikan sebuah perkiraan heterozigosity 0.18, yang sangat tidak
berbeda dari rata-rata nilai untuk invertebrate (lihat tabel 22.11). Jika kita memperkirakan bahwa
H= 0.18 kurang lebih koresponden untuk perbedaan asam amino per 5 protein, dan bahwa rata-
rata panjang dari protein adalam 300 asam amino, data electrophoretic harus direfleksikan jadi satu
substitusi per 1500 asam amino. Nilai heterozigosity dihasilkan dari data gabungan sekitar 100
kali lebih besar (5-9% substitusi asam amino sekitar I dalam 15). Perbedaan mungkin pada bagian
ketidakmampuan untuk mendeteksi semua substitusi asam amino dengan electrophoresis. Tetapi
itu kelihatan seperti proporsi terluas dari keanekaragaman nukleotida diobservasi dengan
gabungan yang meliputi DNA yang tidak mengkode untuk asam amino. Pada banyak kasus, yang
pantas menerima peringatan tentang frekuensi dari heterozigosity nukleotida diobservasi dengan
hibridisasi DNA (2-4%) tidak sangat berbeda dari nilai 1-2% dihasilkan dengan merangkai
genAdh, C , dan ^.
Kita bisa menyimpulkan, dengan cara dari sebuah perkiraan sementara sampai data lebih
tersedia, yang rata-rata heterozigositas nukleotida untuk gen structural dan rangkaian DNA tunggal
yang lain dari makhluk hidup eukariot sekitar 1 atau 2%.
Pertanyaan
1. Apakah elektroforesis itu dan bagaimana teknik elektroforesis gel?
Elektroforesis adalah metode pemisahan atau analisis fisika berdasarkan migrasi
partikel bemuatan yang terlarut atau terdispersi dalam larutan elektrolit dengan bantuan
medan listrik. Elektroforesis gel dapat dilakukan dengan mengunakan sampel jaringan
yang telah homogen untuk mengeluarkan enzim dan protein lain dari sel-sel. Cairan
homogen tersebut kemudian di letakkan pada gel yang terbuat dari agar, polyacrylamide
atau jelly lain. Kemudian dihubungkan pada arus listrik. Setiap Enzim dan beberapa
protein pada sampel bermigrasi searah dan bergantung pada muatan listrik dan ukuran
moleulnya. Setelah gel menghilang dari daerah elektrikal, maka diberlakukan solusi
kimiawi khusus untuk membuka posisi pada enzim yang berpindah dan larutan garam akan
bereaksi dengan produk yang yang dikatalisis oleh enzim
2. Bagaimana cara menghitung heterozigositas?
Cara menghitung zigositas pertama mengkaji 4 lokus dari suatu populasi dan
diperoleh frekuensi heterozigot sebagai berikut: 0,25; 0,42; 0,09 dan 0. Maka
heterozigositas populasi berdasarkan 4 lokus tersebut yaitu (0,25+0,42+0,09+0)/4=0,19.
Maka dapat disimpulkan bahwa heterozigositas populasi adalah 19%. Perkiraan
heterozigositas harus valid dan harus berdasar pada sampel yang lebih dari 4 lokus dengan
prosedur yang sama. Jika beberapa populasi dari spesies yang sama diuji, maka yang
pertama dihitung adalah heterozigositas dari masing-masing populasi dan rata-ratanya.
Misalnya 4 populasi dengan hasil 0,19; 0,15; 0,15; 0,17 maka rata-rata heterozigositas
adalah 0,16.

Anda mungkin juga menyukai