ALBET DEGO SITUMORANG

BIO NONDIK B 2015

ISOLASI DNA
DNA ditemukan pada tahun 1869 oleh seorang dokter muda Friedrich
Miescher yang percaya bahwa rahasia kehidupan dapat diungkapkan melalui
penelitian kimia pada sel-sel. Ia memilih sel yang terdapat pada nanah untuk
dipelajari dan ia mendapatkan sel-sel tersebut dari bekas pembalut luka yang
diperolehnya dari ruang bedah. Sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan
dengan cara ini diperolehnya inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein.
Kemudian dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti
sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel ini ia memperoleh suatu zat yang
larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam. Pada waktu itu ia belum menemukan
rumus kimia dari zat tersebut, sehingga ia menamakannya nuclein. Sebenarnya apa
yang ia peroleh dari ekstrak inti sel tersebut adalah campuran senyawa-senyawa
yang mengandung 30% DNA

DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan
komponen-komponennya, yaitu gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat dan
pasangan basa. Sebuah sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan
bersifat herediter pada seluruh sistem kehidupan. Genom adalah set lengkap dari
materi genetik (DNA) yang dimiliki suatu organisme dan terorganisasi menjadi
kromosom. DNA juga dapat diisolasi, baik pada manusia maupun tumbuhan. DNA
manusia dapat diisolasi melalui darah. Komponen darah yang diisolasi yaitu sel
darah putih, karena memiliki nukleus dimana terdapat DNA di dalamnya (Priyani,
2004).

Gambar 1. Struktur DNA

(Sumber: Priyani, 2004)

ALBET DEGO SITUMORANG
BIO NONDIK B 2015

Isolasi DNA pertama kali dilakukan oleh ilmuwan asal Swiss bernama
Friedrich Miescher pada tahun 1869. Ia menemukan senyawa asam yang
mengandung nitrogen dan fosfat pada inti sel dari sel darah putih. Senyawa ini
diberi nama nuklein, namun pada tahun 1889 muridnya yaitu Richard Altmann
menamainya asam nukleat. Metode yang digunakan oleh Miescher adalah alkalyne
lysis untuk memecahkan sel dan mengisolasi DNA (Muladno, 2002).
1. Isolasi DNA Kromosom
Metode ini adalah contoh metode alkalyne lysis. Isolasi kromosom bakteri
dimulai dengan menginokulasi biakan pada media Luria Broth dengan kondisi
37 C selama 18 jam, lalu suspensi bakteri disentrifugasi pada 8000 rpm
selama 2 menit. Kemudian supernatan dibuang hingga bersih dan pelet
diresuspensi dengan penambahan 400 L bufer Tris-EDTA 1X. Suspensi
bakteri ditambahkan dengan 100 L lisozim 50 mg/mL, selanjutnya diinkubasi
dengan kondisi 37 C selama 1 jam dan setiap 15 menit tabung di-flip. Lalu
suspensi bakteri ditambahkan dengan 150 L SDS 10% dan di-flip, serta
ditambahkan 10 L Proteinase K 10 mg/mL (Yuwono, 2008).
2. Isolasi DNA Plasmid
Sebanyak 1,5 mL garam fisiologis untuk menjaga tekanan isotonis
dimasukkan ke tabung mikro lalu biakan sebanyak setengah cawan bakteri
diambil dan dilakukan pengadukan. Tabung mikro disentrifugasi 6000 rpm
selama 2 menit. Supernatan dibuang dari pelet. Pelet diresuspensi dengan 250
L larutan A yang terdiri dari Tris-Cl sebagai pengatur pH, glukosa sebagai
penjaga tekanan isotonis, dan EDTA sebagai chelating agent dingin. Kemudian
diinkubasi pada suhu ruang selama 5 menit (Muladno, 2002).
Isolasi DNA dapat menggunakan Wizard Genomic DNA Purification Kit
atau Genomic DNA Mini Kit. Wizard Genomic DNA Purification Kit dirancang
untuk mengisolasi DNA dari leukosit, jaringan hewan dan tumbuhan, yeast, bakteri
gram positif dan bakteri gram negatif. Prinsip isolasi DNA menggunakan Wizard
Genomic DNA Purification Kit yaitu lisis, ekstraksi, homogenisasi, presipitasi
protein, rehidrasi DNA. Lisis bertujuan untuk menghancurkan dinding sel maupun
membran sel. Ekstraksi bertujuan untuk menghancurkan sel sehingga materi yang
ada di dalam sel dapat keluar. Homogenisasi bertujuan untuk mencampurkan zat.
Homogenisasi biasanya dilakukan setiap penambahan suatu zat. Teknik-teknik
homogensasi meliputi flicking, thawing, inverting, dan vortexing. Presipitasi atau
pengendapan bertujuan untuk memisahkan supernatant dengan pellet. Rehidrasi
DNA merupakan teknik pemurnian DNA dengan cara mengeringkan atau
menguapkan .
ALBET DEGO SITUMORANG
BIO NONDIK B 2015

Gambar 2. Tahapan Isolasi DNA

(Sumber: Faatih, 2009)
Tahap pertama dalam isolasi DNA adalah proses perusakan atau penghancuran
membran dan dinding sel. Pemecahan sel (lisis) merupakan tahapan dari awal
isolasi DNA yang bertujuan untuk mengeluarkan isi sel. Pada proses lisis dengan
menggunakan detergen, sering digunakan Sodium Dodecyl Sulphate (SDS) sebagai
tahap pelisisan membran sel. Detergen tersebut selain berperan dalam melisiskan
membran sel juga dapat berperan dalam mengurangi aktivitas enzim nuklease yang
merupakan enzim pendegradasi DNA. DNA yang telah diekstraksi dari dalam sel
selanjutnya perlu dipisahkan dari kontaminan komponen penyusun sel lainnya
seperti polisakarida dan protein agar DNA yang didapatkan memiliki kemurnian
yang tinggi. Fenol seringkali digunakan sebagai pendenaturasi protein, ekstraksi
dengan menggunakan fenol menyebabkan protein kehilangan kelarutannya dan
mengalami presipitasi yang selanjutnya dapat dipisahkan dari DNA melalui
sentrifugasi (Lubis, 2013). Setelah sentrifugasi akan terbentuk 2 fase yang terpisah
yakni fase organik pada lapisan bawah dan fase aquoeus (air) pada lapisan atas
sedangkan DNA dan RNA akan berada pada fase aquoeus setelah sentrifugasi
sedangkan protein yang terdenaturasi akan berada pada interfase dan lipid akan
berada pada fase organic.
DAFTAR PUSTAKA

Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor: Pusataka Wirausaha

Muda.
Priyani, N. 2004. Sifat Fisik dan Kimia DNA. Website: http://library.usu.ac.id/
download/ fmipa/biologi-nunuk2.pdf. Diakses Senin, 18 Januari 2016 pukul 17.00
WIB.
Yuwono, T. 2008. Biologi Molekuler. Jakarta : Erlangga.