LAPORAN TERBAIK

ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA

Disusun Oleh :
Agnai Maraya Putri 24030110130054
Puji Rahayu 24030110110027
Tuti Alawiyah 24030110120035
Indah Ilmiyatul Mufida 24030110120012
Ilyas Bachtiar 24030110120034

JURUSAN KIMIA

FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA

UNIVERSITAS DIPONEGORO

SEMARANG

2012
 ABSTRAK

Telah dilakukan percobaan Isolasi dan Karakterisasi DNA yang bertujuan

untuk memperoleh dan menentukan sifat sifat (karakter) umum molekul DNA.
Sampel yang digunakan adalah buah strawberri dan nanas. prinsip dari percobaan
ini yakni perusakan sel dari buah strawberi secara mekanik dan kimiawi agar
terjadi penglisisan sel dan karakterisasi dengan pengamatan kelarutan, penentuan
panjang gelombang maksimum dan terjadinya denaturasi dan renaturasi.
Sedangkan metode yang digunakan dalam percobaan ini adalah penglisisan sel
dengan cara mekanik yaitu dengan pemblenderan dan secara kimiawi dengan
penambahan detergen. Hasil yang diperolehh pada pelarutan DNA, DNA yang
dihasilkan akan larut pada pelarut polar yaitu aquades, sedangkan pada pelarut
non polar tidak larut. Untuk menentukan sifat-sifat DNA, yaitu denaturasi dan
renaturasi dilakukan dengan pengukuran absorbansi pellet DNA dalam suasana
asam . Pada pengukuran panjang gelombang akan dihasilkan panjang gelombang
maksimal berkisar lebih dari 340 nm. Pada denaturasi dihasilkan berupa kenaikan
nilai absorbansi jika dibandingkan pada kondisi normal, yakni dari percobaan
diperoleh hasil yaitu nilai absorbansi semakin meningkat dengan penambahan
asam.

Kata Kunci : DNA, kelarutan, denaturasi, mekanik, kimiawi

 PERCOBAAN VII

ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA

I. TUJUAN PERCOBAAN

Untuk memperoleh dan menentukan sifat-sifat (karakter) umum molekul DNA

II. DASAR TEORI

2.1 DNA

Asam deosiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA, adalah sejenis asam

nukleat yang tergolong biomolekul utama penyususn berat kering setiap
organisme. DNA umumnya terdapat di dalam sel.

DNA merupakan suatu polimer , rekombinasi DNA merupakan suatu

proses alamiah denagn unsur-unsur material genetik (pecahan-pecahan molekul
DNA) dipersatukan ke dalam suatu molekul DNA yang lain. DNA produk
dirujuk sebagai suatu DNA rekombinan.

(Fessenden, 1986)

DNA merupakan molekul yang amat panjang, terdiri dari ribuan

deoksiribosa nukleotida yang tergabung dalam suatu urutan yang bersifat khas
bagi setiap organisme. Molekul ini biasanya berbentuk rantai ganda.
Kromosom sel eukariotik merupakan satu molekul besar DNA yang berikatan
erat menjadi suatu daerah inti atau nukleotida. Sel eukariotik mengandung
sejumlah molekul DNA. Masing-masing pada umumnya memiliki ukuran jauh
lebih besar daripada sel prokariota.molekul DNA dalam eukariota bergabung
dengan molekul protein dan dikelompokan menjadi serabut kromatin di dalam
nucleus, yang dikelilingi sistem ganda yang kompleks.
 DNA berfungsi untuk menyimpan informasi genetik seacra lengkap yang
diperlukan untuk menentukan struktur semua protein dari tiap-tiap spesies
organisme agar biosintesis sel dan jaringan berlangsung secara teratur, untuk
menentukan aktivitas organisme sepanjang siklus hidupnya dan untuk
menentukan kekhususan organisme tertentu.

(Lehningher, 1982)

2.2 Sifat-sifat DNA

Beberapa sifat penting DNA adalah :

1. Mengabsorpsi sinar ultraviolet pada panjang gelombang 260 nm

2. Menunjukan roatsi optis yang kuat

3. Dalam larutan menunjukan viskositas yang tingi katena struktur heliksnya

yang kokoh

4. Mengalami denaturasi akibat adanya pemanasan atau agitasi akibat

pemecahan ikatan hidrogen, pendinginan memperbaki ikatan hidrogen
antara pasangan-pasangan basa.

5. Ikatan hidrogen dapat dipecah dalam pH asam atau basa.

(Hart, 1963)

2.3 Struktur DNA

Struktur asam nukleat dapat diketahui lebih terinci lagi. Gugus hidroksi
3 dari ribose terikat pada hidroksil 5 dan ribose berikutnya melalui ikatan
fosfodiester. Tentu saja basa heterosiklik dihubungkan dengan unit
deoksiribosa oleh ikatan N-glikosida. Perlu dicatat bahwa pada DNA tidak ada
lagi gugus hidroksil unit eoksiribosa yang tersisa. Pada setiap fosfat masih
 mempunyai satu proton bersifat asam yang biasanya mengion pada pH 7. Jika
proton ada, zat tersebut adalah suatu asam, karena itulah bernama asam
nukleat. Adapun strukturnya adalah sebagai berikut:

NH2

5' N
N
Adenin

O N N
5' NH2
O P O CH2 H
O
4'H H 1' NH
OH 3' 2'
3' Sitosin
H H
O H H N O
5' O
O P O CH2
O
N
OH H H NH Guanin
3'
5' H
H H
O H N N O NH 2
5'
O P O CH2 H3 C
O
NH
OH H H
3'
Timin
H H
O H H N O
5'
O P O CH2
O
4' H H 1'
O- 3' 2'
H H
OH H

(Hart, 1963)

2.4 Struktur Skunder DNA

Sejak tahun 1938 telah diketahui bahwa molekul DNA mempunyai

bentuk tertentu, karena hasil sinar-x pada analisis DNA menunjukan pola
teratur secara berkala. Penelitian pada tahun 1950 menunjukan hal-hal penting
mengenai struktur DNA. Chargaff menganalisis kandungan baa DNA dari
berbagai organisme dan ia menemukan bahwa komposisinya selalu sama.
Ketika dilakukan penelitian di Cambridge University ditunjukan sifat-sifat
DNA heliks.

Ciri-ciri penting DNA heliks :

1. DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida yang melingkar menurut satu
sumbu heliks

2. Kedua sumbu heliks bersifat putar kanan dan arahnya berlawanan menurut
ujung-ujung 3 dan 5 nya

3. Basa purin dan pirimidin terletak di dalam heliks pada bidang yang tegak
lurus sumbu heliks, sedang gugus-gugus deoksiribosa dan fosfat terletak di
bagian luar heliks

4. Kedua rantai mempunyai pasangan basa purin dan pirimidin dihubungkan

oleh ikatan hidrogen, adenine selalu berpasangan dengan timin dan guanin
selalu berpasangan dengan sitosin

5. Tidak ada pembatasan pada urutan basa di epanjang rantai polinukleotida,

urutan yang pasti menentukan informasi genetik.

(Lehningher, 1982)

Tulang belakang molekul DNA adalah suatu rantai panjang yang terdiri
dari molekul gula deoksiribosa yang diikat menjadi satu oleh gugus-gugus
fosfat. Satu ujung rantai mempunyai satu gugus OH pada karbon lima, menurut
penomoran gula, ujung yang lain mempunyai satu gugus OH pada karbon
nomor 3.
 Tiap molekul gula dalam DNA juga dihubungkan ke satu molekul cincin
heterosiklik, yang biasa dirujuk sebagai basa. Hanya empat basa utama yang
terdapat dalam DNA. Dua sari basa ini adalah pirimidin tersubstitusi dan dua
lagi adalah purin tersubstitusi.

(Fessenden, 1986)

2.5 Isolasi DNA

Proses isolasi DNA diawali dngan proses ekstraksi DNA. Hal ini
bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan.
Proses ini harus dilakukan secara hati-hati agar tidak merusak DNA yang
diisolasi. Untuk mengeluarkan DNA dari sel dapat dilakukan dengan
memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti sel baik secara
mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan
pemblenderan atau menggerus dengan mortar, sedangkan cara kimiawi dapat
dilakukan dengan senyawa yang dapat merusak membran sel dan membran
inti, salah satunya adalah detergen.

Penambahan detergen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena

detergen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang
dibentuk detergen dengan protein-protein kompleks. Ikatan tersebut dapat
terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofobik, demikian juga
dengan detergen sehinga dapat membentuk suatu ikatan kimia.

(Mahmud, 2006)

2.6 Replikasi DNA

Setiap kali sel membelah diri, maka sel harus membuat satu unit lengkap
dari seluruh gen yang dimilikinya. Produk pembelahan yaitu dua sel anak
masing-masing menerima satu komplemen dari informasi ekologi yang
 dimiliki indomnya. Oleh karena itu proses pembelahan sel melibatkan replikasi
DNA yang baru.
Para ahli biologis, hingga awal 1950-an masih belum memahami
keseluruhan dari proses replikasi DNA. Tiga strategi yang mungkin bisa jadi
ditemukan:
1. Replikasi Semi Konservatif, dimana masing-masing molekul akan
mengandung satu polinukleutida dari molekul asli yang induk dan satu
nukleotida baru hasil sintesis.
2. Replikasi Konservatif, dimana satu anak mengandung beberapa
polinukleotida induk dan anak lain mengandung 2 polinukleutida baru.
3. Replikasi Dispersif, dimana masing-masing rantai nukleutida dari tiap
molekul cincin tersusun atas bagian nukleutida induk dan bagian dari
polinukleutida baru.
(Lehninger, 1982)

2.7 Denaturasi dan Renaturasi DNA

Dua buah pita nukleotida yang berbentuk double heliks pada molekul
DNA dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang sangat lunak. Jika suatu
larutan yang mengandung DNA dipanaskan atau dibubuhi alkali yang kuat,
maka ikatan hidrogen ini menjadi labil dan putus lalu pita spiral dari molekul
DNA itu terbuka. Proses ini dinamakan denaturasi DNA. Jika larutan tersebut
kemudian didinginkan kembali, atau dinetralisir secara perlahan-lahan maka
terbentuk pasangan-pasangan basa itu kembali. Peristiwa kembalinya ikatan
hidrogen antar basa tersebut dinamakan renaturasi.
(Surya, 1989)

2.8 Sentrifugasi

Sentrifugasi merupakan suatu teknik pemisahan yang dilakukan

berdasarkan sifat partikel dalam medan gaya sentrifugal. Partikel yang berbeda
dalam berat jenis, ukuran dan bentuk akan mengendap searah dengan arah gaya
 sentrifugal yaitu arah jari-jari ke luar (menjauhi sumbu). Untuk partikel yang
akan dipisahkan biasanya disuspensikan dalam medium cairyang dimasukan
dalam tabung sentrifugal dan ditempatkan dalam motor yang berputar. Rotor
terdapat pada pusat sumbu simetri.
(Wirahadikusumah, 1989)

2.9 Salting Out dan salting in

Salting Out adalah metode untuk memisahkan protein berdasarkan

prinsip bahwa protein kurang terlarut di tinggi garam konsentrasi. Konsentrasi
garam yang diperlukan untuk protein untuk mempercepat keluar
dari solusi berbeda dari protein terhadap protein. Proses ini juga digunakan
untuk berkonsentrasi mencairkan solusi dari protein. Dialisis dapat digunakan
untuk menghilangkan garam jika diperlukan.

Salting In ialah peningkatan dalam kelarutan (seperti yang diamati

untuk beberapa protein ) oleh larutan encer garam (dibandingkan dengan air
yang murni).

(Hart,1963)

2.10 Hidrofobik dan Hidrofilik

Ada hidrofobik asam amino dan hidrofilik asam amino dalam protein
molekul. Setelah pelipatan protein dalam larutan air, asam amino hidrofobik
biasanya membentuk kawasan lindung hidrofobik sementara asam amino
hidrofilik berinteraksi dengan molekul solvasi dan memungkinkan protein
untuk membentuk ikatan hidrogen dengan molekul-molekul air di
sekitarnya. Jika cukup permukaan hidrofilik protein, protein dapat dilarutkan
dalam air.
 Ketika konsentrasi garam meningkat, beberapa dari molekul air tertarik
oleh ion garam, yang mengurangi jumlah molekul air yang tersedia untuk
berinteraksi dengan bagian dibebankan protein. Sebagai akibat dari
meningkatnya permintaan molekul pelarut, interaksi protein-protein lebih kuat
daripada interaksi pelarut-zat terlarut; molekul protein mengental dengan
membentuk hidrofobik interaksi satu sama lain. Proses ini dikenal sebagai
pengasinan keluar.

(Fessenden, 1986)

2.11 Presipitasi

Presipitasi merupakan peristiwa jatuhnya cairan (dapat berbentuk cair

atau beku) dari atmosphere ke permukaan bumi.

a. Presipitasi cair dapat berupa hujan dan embun

b. Presipitasi beku dapat berupa salju dan hujan es.

Ketika uap air mengembang, mendingin dan kemudian berkondensasi,

biasanya pada partikel-partikel debu kecil di udara. Ketika kondensasi terjadi
uap air dapat berubah menjadi cair kembali atau langsung berubah menjadi
padat (es, salju, hujan batu (hail)). Partikel-partikel air ini kemudian
berkumpul dan membentuk awan.Proses terjadinya :

Penguapan air dari tubuh air permukaan maupun vegetasi akibat sinar
matahari atau suhu yang tinggi.
Pergerakan uap air di atmosfer akibat perbedaan tekanan uap air.
Uap air bergerak dari tekanan uap air besar ke kecil.
(Fessenden, 1986)
2.12 Strawberri
Buah khas strawberri berasal dari Amerika dan dikembangbiakan dengan
baik di daerah Amerika Utara untuk jenis Fragaria virginiana yang terkenal
akan rasanya dan Amerika Selatan, Chile untuk jenis Fragaria chiloensis untuk
ukuran besarnya.
Berikut adalah Scientific Clasification dari buah strawberry:
Kingdom : Plantae Class : Magnoliopsida
Division :Magnoliophyta Order : Rosales
Family : Rosaceae
SubFamily : Rosoideae
Genus : Fragaria
Species : Fragaria ananassa

(Anonim, 2012)
Beberapa manfaat buah strawberry yang telah diketahui adalah untuk
menyusutkan kadar kolesterol, membantu melumpuhkan kerja aktif kanker
karena asam ellagic yang dikandungnya, meredam gejala stroke, mengandung
zat anti alergi dan anti radang, kaya akan vitamin C yang bermanfaat bagi
pertumbuhan anak, hanya sedikit mengandung gula sehingga cocok bagi
pengidap diabetes, jika dimakan secara teratur dapat menghaluskan kulit dan
membuat warna kulit terlihat lebih cerah dan bersih, dan mencegah terjadinya
keriput, dapat dijadikan sebagai pemutih gigi, dengan menghancurkannya
kemudian di tempelkan pada gigi selama satu atau dua menit, kemudian gosok
dengan sikat gigi secara menyeluruh, ampuh melawan encok dan radang sendi,
zat astringent yang terdapat di daun strawberri berkhasiat untuk menghentikan
serangan diare, caranya dengan meminum tiga hingga empat cangkir air hasil
rebusan daun strawberri.
(Anonim, 2012)
 Adapun komposisi kimia buah strawberry dapat dilihat pada tabel berikut:

2.13 Nanas

Nanas berasal dari Brasilia (Amerika Selatan) di kawasan lembah Sungai

Parana, Paraguay. Bangsa Indian diduga melakukan seleksi dari berbagai jenis
nenas sehingga diperoleh jenis Ananas comosus yang enak dimakan dan
sekarang dibudidayakan secara luas diseluruh dunia. Beberapa kultivar nenas
berbeda dalam ukuran tanaman, ukuran buah, warna dan rasa daging buah,
serta ada atau tidaknya duri pada daun. Kultivar-kultivar tersebut tersebar
keseluruh wilayah sehingga memiliki nama yang berbeda-beda. Buah nenas
yang mempunyai arti komersial adalah Smooth Cayenne, Queen, Spanish dan
Abacaxi. Tanaman nenas merupakan famili Bromeliaceae atau bromeliad.
Famili ini terdiri atas 45 genus dan 2000 spesies. Secara sistematis tanaman
nenas diklasifikasikan sebagai berikut :

Divisio : Spermatophyta Class : Monocotyledoneae

Sub Divisio : Angiospermae Ordo : Ferinosae (Bromeliales)

 Famili : Bromeliaceae Spesies : Ananas comosus (L.) Merr

Genus : Ananas

Buah nanas kaya akan enzim bromelain. Yang berguna untuk melegakan
tenggorokan dan membantu pencernaan. Enzim bromelain mencerna protein di
dalam makanan dan menyiapkannya agar mudah untuk diserap oleh tubuh.
Nanas juga dapat digunakan untuk mengempukkan daging. Selain kegunaan di
atas. Nanas mengandung citric dan malic acid yang memberi rasa manis dan
asam pada buahnya. Asam ini membuat nanas menjadi bahan makanan yang
digunakan secara luas untuk membuat masakan asam manis. Bromelin
membantu penyembuhan luka dan mengurangi pembengkakan atau
peradangan di dalam tubuh.
(Chandra, 2007)

2.14 Enzim Bromelin

Menurut Hartadi (1980) bromelin merupakan salah satu jenis enzim

protease yang mampu menghidrolisis ikatan peptida pada protein atau
polipeptida menjadi molekul yang lebih kecil yaitu asam amino. Bromelin
banyak digunakan dalam bidang industri pangan maupun nonpangan seperti
industri daging kalengan, minuman bir dan lain-lain. Bromelin dapat diperoleh
dari tanaman nanas baik dari tangkai, kulit, daun, buah, maupun batang dalam
jumlah yang berbeda. Dilaporkan bahwa kandungan enzim bromelin lebih
banyak terdapat pada batang yang selama ini kurang dimanfaatkan. Distribusi
bromelin pada batang nanas tidak merata dan tergantung pada umur tanaman.
Kandungan bromelin pada jaringan yang umurnya belum tua terutama yang
bergetah sangat sedikit sekali bahkan kadang-kadang tidak ada sama sekali.
Sedangkan bagian tengah batang mengandung bromelin lebih banyak
dibandingkan dengan bagian tepinya.
 2.15 Enzim Protease

Enzim protease merupakan enzim yang dapat memecah dinding sel

untuk menghasilkan DNA. Enzim protease dapat digunakan sebagai pelembut
daging bagi daging yang liat supaya mudah dikunyah, dan membantu
menanggalkan kulit ikan dalam industri pengetinan ikan.Enzim exolite yang
termasuk dalam kelompok enzim protease ini juga digunakan di industri
penyamakan kulit.

(Hart,1963)

2.16 Analisa Bahan

2.16.1 Eter

Sifat Fisik : Titik leleh -116,3oC, Titik didih 34,6oC

Sifat Kimia: Senyawa yang relative lembam (inert), biasanya tidak

bereaksi dengan asam encer ataupun basa encer,
digunakan sebagai pelarut organik.
(Hart, 2003)

2.16.2 NaCl

Sifat Fisik: Padatan kristalin putih. Densitas 2,17, Titik leleh 801oC,
Titik didih 1413oC

Sifat Kimia: Larut dalam air dan sedikit larut dalam etanol, dijumpai
sebagai mineral dalam air laut

(Daintith, 1994)
2.16.3 Heksana

Sifat Fisik: Rumus molekul C6H14, didapat dari fraksi minyak bumi yang
ringan pada titik 69oC, Densitas 0,66

Sifat Kimia: Banyak digunakan sebagai pelarut, merupakan pelarut non

polar.

(Arsyad, 2000)

2.16.4 Akuadest

Sifat Fisik: cairan tak berwarna, tak berasa dan tak berbau, berat
molekul 12,016gr/mol, Indeks bias 1,332, Titik leleh 0oC,
Titik didih 100oC.

Sifat Kimia: Bersifat Polar, digunakan sebagai pelarut universal.

(Basri, 1996)

2.16.5 Sifat Fisik: Larutan tidak berwarna, rumus molekul C2H5OH, berat
molekul 46.0414 gr/mol, titik leleh -114.1, titik didih 78,
densitas 1.59.

Sifat Kimia: larut dalam air, stabil dibawah suhu normal dan tekanan.

(Basri, 1996)

2.16.6 Deterjen

Detergen adalah campuran berbagai bahan, yang digunakan untuk

membantu pembersihan dan terbuat dari bahan-bahan turunan minyak
bumi. Dibanding dengan sabun, detergen mempunyai keunggulan antara
lain mempunyai daya cuci yang lebih baik serta tidak terpengaruh oleh
 kesadahan air. Dalam Percobaan, deterjen ini biasa digunakan sebagai
inhibitor

(Anonim, 2010)

2.16.7 Strawberri (Sumber DNA)

Strawberry memiliki cukup banyak sumber DNA, yang mana

sebagai anti radikal bebas. Hal ini ditunjukkan oleh beberapa manfaat
buah strawberry yang telah diketahui adalah untuk menyusutkan kadar
kolesterol, membantu melumpuhkan kerja aktif kanker karena asam
ellagic yang dikandungnya, meredam gejala stroke, mengandung zat anti
alergi dan anti radang, kaya akan vitamin C yang bermanfaat bagi
pertumbuhan anak, hanya sedikit mengandung gula sehingga cocok bagi
pengidap diabetes, jika dimakan secara teratur dapat menghaluskan kulit
dan membuat warna kulit terlihat lebih cerah dan bersih, dan mencegah
terjadinya keriput, dapat dijadikan sebagai pemutih gigi.

(Anonim, 2012)
2.16.8 Bromelin
bromelin merupakan salah satu jenis enzim protease yang mampu
menghidrolisis ikatan 16trawbe pada protein atau polipeptida menjadi
molekul yang lebih kecil yaitu asam amino.

(Hartadi, 1980)
III. METODE PERCOBAAN

3.1. Alat dan bahan

3.1.1 Alat

Pisau Mesin blender Rak tabung

Kertas saring Gelas bekker
Spatula

Gelas Ukur Batang pengaduk Tabung reaksi

3.1.2 Bahan

Sampel DNA (Strawberri)

Etanol Garam dapur Akuades

Ekstrak Bromelin Eter Deterjen

3.2 Gambar Alat

Pisau Kertas saring Gelas Ukur Gelas Beker Spatula

Batang pengaduk Rak tabung Tabung Reaksi Mesin Blender

3.3 Skema Kerja

3.3.1 Isolasi DNA dengan metode Sederhana

Deterjen + 56 ml akuades

Pengadukan selama 15 menit

Pencucian sampel dengan akuades

Pemasukan dalam blender sebanyak 100 g

Penambahan 200 ml akuades dan 1 g NaCl

Pemblenderan selama 10 menit

Hasil

4 ml jus sampel + 4 ml detergen

Erlenmeyer

Pengadukan selama 10 menit

Penyaringan

Filtrat Residu
Tabung reaksi

Penambahan 9 ml etanol

Pengamatan

Pemisahan DNA dari larutannya

Residu
3.3.2 Karakterisasi DNA

Pellet DNA

Penimbangan berat pellet DNA

Pelarutan pellet DNA dalam berbagai pelarut akuades, etanol,
eter, heksana, kloroform
Penentuan maks
Pengamatan proses denaturasi dan renaturasi DNA

Hasil
IV. DATA PENGAMATAN

No Perlakuan Hasil
 1 Isolasi DNA dengan metode sederhana
- Pelarutan detergen pada 56 ml Aquades
dalam gelas beker
- 100 gram Buah strawberri + 10 gram
nanas
- Penambahan 200 ml akuades dan 1 g NaCl
- Blender selama 10 menit
- Pencampuran 4 ml jus sampel dengan 4 ml
larutan detergen
- Pengadukan selama 10 menit hingga
Terbentuk campuran berwarna
campuran homogen
- Penyaringan campuran sebanyak 2 kali merah muda
- Penambahan 9 ml etanol 96% dingin
- Pengamatan proses timbulnya DNA DNA mengendap dan perlahan
- Pemisahan DNA dari larutan berpindah kepermukaan
Karakterisasi DNA
- Pelarutan pellet DNA dalam pelarut
akuades, etanol, eter, heksana, dan
kloroform
2. - Penentuan maksimum dan absorbansi
- Penambahan HCl pada larutan
- Pengadukan
DNA larut dalam akuades
- Pengamatan denaturasi, Penentuan
maksimum dan absorbansi Pada 340 Aquades pada
absorbansi 0,229 nm, Etanol
0,015 nm, eter 0,050 nm, n-
Hekasna dengan maksimum
345 0,550 nm, kloroform dengan
maksimum 350 0,544 nm

Setelah penambahan HCl pada

sampel

Aquades 0,297 nm, Etanol 0,39

nm, eter 0,038 nm, n-Heksana
0,023 nm, kloroform 0,574 nm
V. HIPOTESA

Dalam percobaan Isolasi dan Karakterisasi DNA ini bertujuan, unutk

memperoleh dan menentukan sifat sifat (karakter) umum molekul DNA. Sampel
yang digunakan adalah buah strawberri dan nanas. Pada percobaan ini
mempunyai prinsip, yakni perusakan sel dari buah strawberi secara mekanik dan
kimiawi agar terjadi penglisisan sel dan karakterisasi dengan pengamatan
kelarutan, penentuan panjang gelombang maksimum dan terjadinya denaturasi
dan renaturasi. Sedangkan metode yang digunakan dalam percobaan ini adalah
penglisisan sel dengan cara mekanik yaitu dengan pemblenderan dan secara
kimiawi dengan penambahan detergen. Dari percobaan ini diprediksikan akan
diperoleh DNA dari sampel stroberri dengan menambahkan etanol 96%, dan juga
akan dilakukan karakterisasi dari DNA yang sudah dihasilkan dengan identifikasi
berupa Pelarutan, pengukuran panjang gelombang, dan denaturasi. Pada pelarutan
akan diprediksikan bahwa pelarutan terhadap pelarut polar DNA yang dihasilkan
akan larut semua, sedangkan pada pelarut non polar tidak larut. Untuk
menentukan sifat-sifat DNA, yaitu denaturasi dan renaturasi dilakukan dengan
pengukuran absorbansi pellet DNA dalam suasana asam . Pada pengukuran
panjang gelombang akan dihasilkan panjang gelombang maksimal berkisar lebih
dari 340 nm. Pada denaturasi dengan melakukan penambahan asam diprediksikan
berupa kenaikan nilai absorbansi jika dibandingkan pada kondisi normal, yakni
dari percobaan diperoleh hasil yaitu nilai absorbansi semakin meningkat dengan
penambahan asam.
VI. PEMBAHASAN

Pada Percobaan isolasi dan karakterisasi DNA ini yang bertujuan untuk
memperoleh dan menentukan sifat-sifat (karakter) umum molekul DNA.
Sampel yang digunakan adalah buah strawberri karena pada sampel buah
stroberri ini DNA yang terkandung cukup banyak, selain itu stroberri
merupakan octoploid yakni memiliki delapan salinan genetik pada materinya.
Hal ini dapat dibandingkan dengan DNA manusia yang hanya mempunyai dua
salinan genetik pada materinya. Prinsip dari percobaan ini adalah perusakan sel
ekstrak dari buah strawberri secara mekanik dan kimiawi agar terjadi
pemecahan sel dan karakterisasi dengan pengamatan kelarutan, penentuan
panjang gelombang maksimum dan terjadinya denaturasi dan renaturasi dengan
penambahan Sabun. Proses perusakan sel ekstrak dari buah dilakukan dua kali
karena jika hanya secara mekanik maka DNA yang ada pada ekstrak buah
belum tentu semuanya keluar karena proses perusakan sel ekstrak belum
sempurna dan apabila ditambah perlakuan secara kimiawi maka akan dipastikan
bahwa sebagian besar DNA akan keluar semua dan terlihat kasat mata dengan
terbentuknya benag-benang bening yang berbentuk seperti gumpalan. Metode
yang digunakan adalah metode spektofotometri, yaitu merupakan metode
analisis yang didasarkan pada absorpsi radiasi elektromagnet. Cahaya terdiri
dari radiasi terhadap mana mata manusia peka, gelombang dengan panjang
berlainan akan menimbulkan cahaya yang berlainan sedangkan campuran
cahaya dengan panjang-panjang ini akan menyusun cahaya putih. Cahaya putih
meliputi seluruh spektrum nampak 400-760 nm (Anonim, 1979).
Spektrofotometri ini hanya terjadi bila terjadi perpindahan elektron dari tingkat
energi yang rendah ke tingkat energi yang lebih tinggi. Perpindahan elektron
tidak diikuti oleh perubahan arah spin, hal ini dikenal dengan sebutan
tereksitasi singlet (Khopkar, 2003).
 DNA merupakan master molekul (molekul utama) yang mengandung semua
informasi genetic yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap
organisme, dimana DNA berperan dalam menentukan penampilan fisik,
kerentanan terhadap penyakit (Hart, 1963). Asam Nukleat merupakan
makromolekul yang tersusun dari polimer nukleotida. polimer yang terdiri dari
molekul-molekul deoksiribosanukleat yang terikat satu dengan yang lain, sehingga
membentuk rantai polinukleotida yang panjang. Asam nukleat memiliki fungsi
utama dalam tubuh yaitu antara lain sebagai materi genetik dan juga koenzim.
Asam nukleat yang berperan sebagai materi genetik adalah DNA dan RNA.
Sedangkan yang berperan sebagai koenzim antara lain adalah adalah ATP atau
Adenosine Triphospate, NAD atau Nicotinamide-adenine Dinucleotide, dan lain-
lain. DNA berbentuk rantai ganda heliks dan tersusun atas tiga komponen yaitu
satu gula deoksiribosa, basa nitrogen (Adenin, Guanin, Timin, Urasil dan Sitosin)
dan satu gugus fosfat yang membentuk suatu nukleotida (Hart, 1963).

Struktur sebagian dari molekul DNA adalah sebagai berikut:

N H2

5' N
N
Adenin

O N N
5' NH2
O P O CH2 H
O
4'H H 1' NH
OH 3' 2'
3' Sitosin
H H
O H H N O
5' O
O P O CH2
O
N
OH H H NH Guanin
3'
5' H
H H
O H N N O NH 2
5'
O P O CH2 H3 C
O
NH
OH H H
3'
Tim in
H H
O H H N O
5'
O P O CH2
O
4' H H
O- 3' 2'
1'

H H
OH H

(Poedjiadi, 1994)
 Molekul DNA yang panjang itu terbentuk oleh ikatan yang berorientasi 5
3, yakni gugus fosfat dari atom c nomor 5 berikatan dengan-OH pada atom C
nomor 3. DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu molekul
DNA juga dapat diisolasi yaitu yang terikat dan membentuk kromosom dan
ditemukan di nukleus, mitokondria, dan kloroplas.

a). Isolasi DNA

Pada Isolasi DNA ini bertujuan untuk memperoleh DNA dari buah
strawberri dan mengetahui pengaruh detergen pada perolehan DNA. Pada
percobaan ini sampel yang digunakan adalah buah strawberry dan buah nanas
sebagai sumber enzim bromelin. Prinsip dari percobaan ini adalah pemecahan
membran sel dengan pemblenderan dan penambahan sabun sehingga DNA
dapat dikeluarkan dari dalam sel. Sabun yang digunakan dalam percobaan ini
adalah bentuk bubuk. Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan
antara lain: Pembuatan detergen, preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari
ekstrak sel, dan presipitasi DNA. Isolasi DNA dapat dilakukan dengan beberapa
cara tetapi setiap jenis tumbuhan akan memberikan hasil yang berbeda. Hal ini
dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi
tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA.

Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda
jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah (kaya serat). Semakin tinggi
kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga
DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit. Suatu sumber menyatakan bahwa
dalam proses pembuatan sumber DNA untuk isolasi DNA hendaknya jangan
terlalu encer karena semakin encer sumber DNA, DNA yang terpresipitasi akan
semakin sedikit. Karena sel yang lisis di dalam air tentunya lebih sedikit jika
dibandingkan dengan sumber DNA yang lebih kental (Anonim, 2005). Namun,
masalah pengaruh keenceran terhadap hasil isolasi DNA dapat diatasi dengan
pengurangan jumlah Akuades yang digunakan sehingga walaupun sumber DNA
yang digunakan adalah buah dengan kadar air tinggi, tetap dapat diperoleh
ekstrak yang cukup kental. Pada percobaan ini, sampel yang digunakan ialah
stroberri dimana ia memiliki kandungan air yang vukup banyak sehingga DNA
yang terpresipitasilebih sedikit.

Tahap pertama yang dilakukan adalah pembuatan detergen dengan sabun

serbuk yang dilarutkan dalam aquades hal ini berfungsi sebagai penyebab
kerusakan membaran sel pada dinding sel.

Tahap kedua dari isolasi DNA yaitu pengeluaran DNA dari sel dengan jalan
merusak dinding dan membran sel dan juga membran inti. Pengrusakan dapat
dilakukan dengan cara mekanik atau cara kimiawi. Cara mekanik adalah
dengan pemblenderan sedangkan cara kimiawi adalah dengan menambahkan
senyawa kimia, misalnya sabun yakni seperti detergen.

Pemblenderan buah strawberri dan nanas bertujuan untuk merusak

membran dan dinding sel sehingga DNA dapat dikeluarkan. Pemblenderan ini
dilakukan dengan menambahkan sedikit aquades yang berfungsi untuk
mempermudah pemblenderan. Penambahan aquades tidak dalam jumlah banyak
karena apabila larutan terlalu encer maka DNA yang terpresipitasi akan
semakin sedikit. Hal ini disebabkan sel yang lisis di dalam air akan lebih sedikit
jika dibanding dengan larutan kental. Penambahan garam dapur pada saat
pemblenderan bertujuan untuk terjadinya proses salting out (Proses
pengendapan kerena kelarutan berkurang yang diakibatkan oleh penambahan
garam berlebih). Garam dapur/NaCl digunakan untuk menetralisir muatan
permukaan dari DNA. DNA memiliki tegangan permukaan negatif karena
adanya struktur phospate pada backbone-nya. Jika tegangan permukaan DNA
tidak dinetralkan maka konsekuensinya adalah DNA tidak bisa teragregasi
sehingga menyulitkan kita untuk melihatnya. Pada pengendapan DNA ini
garam akan berikatan dengan gugus phosphat dalam DNA hal itulah yang
menyebabkan DNA menjadi berkumpul. Penambahan garam juga menyebabkan
protein dan karbohidrat terpresipitasi ke dalam larutan yang kemudian tersaring
pada proses penyaringan. Garam dapur juga berfungsi untuk mengurangi kadar
air dalam sampel sehingga sel tersebut kekurangan air dan dinding sel menjadi
pecah. Sedangkan buah nanas digunakan sebagai bahan tambahan untuk
mengisolasi DNA karena buah nanas mampu memudahkan proses presipitasi
DNA. Di dalam buah nanas terkandung enzim bromelin yang merupakan
golongan enzim protease, dimana enzim itu mampu menghidrolisis ikatan
peptida pada protein atau polipeptida menjadi molekul yang lebih kecil yaitu
asam amino.

Sampel kemudian ditambah dengan larutan sabun dan dilakukan

pengadukan. Penambahan sabun berfungsi untuk merusak membran sel dan
membran inti sehingga DNA dapat dikeluarkan dari sel, melalui ikatan yang
dibentuk melalui sisi hidrofobik detergen dengan protein dan lemak pada
membran membentuk senyawa lipidprotein-detergen kompleks. Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik (Machmud, 2006). Pada dasarnya deterjen berfungsi untuk mengikat
lemak (lipid). Hal ini disebabkan karena dinding sel terbuat dari lipid, sehingga
ketika molekul dari deterjen yang sudah dicairkan menempel ke dinding sel,
maka lipid pada dinding sel akan terikat dan berangsur-angsur dinding sel akan
terbuka dan memungkinkan kita untuk mengekstrak DNA.

Detergen sendiri mengandung sodium dodesil sulfet (SDS) yang dapat

menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga struktur
membran akan rusak dan menglisiskan isi sel. Detergen dapat menyebabkan
kerusakan membran sel dengan cara mengemulsi lipid dan protein sel serta
menyela interaksi polar yang menyatukan membran sel karena detergen
mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfate yang memiliki fungsi yang
sama dengan dudesil sulfat. Pada pengrusakan membran sel melalui ikatan yang
dibentuk pada sisi hidrofobik. Detergen juga mempunyai ujung yang berbeda
yaitu hidrofilik dan hidrofobik sehingga dapat membentuk ikatan antara air dan
enzim. Pengadukan bertujuan untuk mempercepat proses pengrusakan
membran sel, membran inti dan dinding sel oleh detergen.

Kemudian dilakukan penyaringan yang bertujuan untuk memisahkan

endapan dengan filtratnya pada penyaringan ini dilakukan dua kali penyaring
hal ini dilakukan agar didapatkan hasil penyaringan (filtrat) yang lebih
maksimal, pada residu / endapan endapan merupakan hasil kontaminan yang
berupa tubuh sel buah tersebut. Hasil penyaringan yang berupa filtrat
ditambahkan dengan etanol 96% dingin yang bertujuan untuk mempermudah
proses presipitasi DNA. Sehingga DNA yang telah terkumpul akan mampu
terpisah dari larutan dan membentuk lapisan-lapisan yang dapat diidentifikasi
unsur penyusunnya. DNA bersifat polar seangkan etanol bersifat non polar bila
dibandingkan dengan air sehingga DNA lebih larut kedalam air daripada etanol
karena DNA tertarik ke air. Setelah penambahan etanol dingin larutan
didiamkan dan diamati DNA yang terbentuk. Etanol memiliki massa jenis yang
lebih kecil dari air, yakni 0.7893 g/mL sehingga posisi alkohol di atas air. Pada
interface layer antara air dan alkohol yang bisa kita lihat bahwa DNA seperti
benang putih yang menggumpal. Adapun rentang waktu yang dibutin untuk
penggumpalan DNA sekitar 77 detik

Dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu dibawah
20 C atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat
polimerik dengan baik. Pemekatan ini dilakukan dengan penambahan ethanol
pada lapisan atas sampel sehingga terjadi pesipitasi DNA pada perbatasan
kedua larutan. Dalam proses ini ion Na+ akan memblokir (membentuk ikatan)
dengan kutub negatif ion fosfat DNA. Kutub tersebut bisa menyebabkan
molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ion
 Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan
berkumpul. garam juga berperan penting, yaitu untuk menghilangkan protein
dan karbohidrat karena garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan
bersama-sama dengan detergent.

Adapun gambar DNA seperti gambar dibawah ini:

b). Karakterisasi DNA

Karakterisasi DNA dilakukan bertujuan untuk mengetahui sifat-sifat

molekul DNA. Karakterisasi DNA dilakukan dengan pengamatan kelarutan di
dalam pelarut aquadest, etanol 96%, eter, n-heksana dan kloroform.
Karakterisasi juga dilakukan dengan menggunakan spektrofotometer untuk
memperoleh maksimum serta pengamatan denaturasi pada kondisi asam
dengan penambahan HCl. Fungsi dari penambahan HCl adalah untuk proses
denaturasi DNA. Spektrofotometri menyiratkan pengukuran jauhnya
penyerapan energi cahaya oleh suatu sistem kimia itu sebagai suatu fungsi dari
panjang gelombang radiasi, demikian pula pengukuran penyerapan yang
menyendiri pada suatu panjang gelombang tertentu (Underwood, 1986). Dalam
analisis spektrofotometri digunakan suatu sumber radiasi yang menjorok ke
dalam daerah ultraviolet spektrum itu. Dari spektrum ini, dipilih panjang-
panjang gelombang tertentu dengan lebar pita kurang dari 1 nm (Anonim,
1979). Dimana prinsip dari spektrofotometri ini dalah suatu molekul atau
senyawa (DNA) dapat menyerap sinar uv. Hal ini disebakan karea didalam
DNA terdapat basa nitrogen yakni purin dan pirimidin (Adenin, Guanin, Timin,
Urasil dan Sitosin).

Pada pengukuran yang pertama, pellet DNA yang terbentuk dilarutkan

dalam pelarut aquadest. Dimana aquadest merupakan pelarut polar dan DNA
juga termasuk senyawa yang bersifat polar. Dari percobaan ini diperoleh hasil
pelarut akuades melarutkan pellet. Sedangkan pada pelarut etanol 96%, eter,
heksana, dan kloroform, ketika pellet DNA dilarutkan dalam etanol, eter,
heksana, dan kloroform setelah pengadukan pellet kurang larut dalam masing-
masing pelarut, hal ini dikarenakan terdapat perbedaan sifat kepolaran antara
DNA dengan masing-masing pelarut dengan tingkat kelarutan yang berbeda-
beda terhadap masing-masing pelarut, eter, heksana, dan kloroform bersifat non
polar.

Pada proses pelarutan ini didasarkan pada prinsip like disolve like,
dimana pelarut polar akan melarutkan zat yang bersifat polar sedangkan pelarut
non polar akan melarutkan zat yang bersifat non polar.

Kemudian dilakukan pengukuran absorbansinya untuk menentukan

panjang gelombang maximumnya. Pengukuran panjang gelombang maximum
ini dilakukan dari sampel buah strawberri + detergen.

Dari percobaan ini diperoleh panjang gelombang maximum pada campuran

deterjen sebesar 340 nm , karena deterjen mengandung sodium dodesil sulfet
(SDS) yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel
sehingga struktur membran akan rusak dan menglisiskan isi sel. deterjen akan
merusak membran sel melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik.
deterjen juga mempunyai ujung yang berbeda yaitu hidrofilik dan hidrofobik
sehingga dapat membentuk ikatan antara air dan enzim. Semakin besar panjang
gelombangnya maka semakin kecil nilai absorbansinya, hal ini karena banyak
cahaya yang diserap sedikit sehingga absorbansinya kecil.

Pada dasarnya panjang gelombang maksimun dari DNA ialah sekitar 260
nm namun pada percobaan dihasilkan panjang gelombang maksimumnya 340
nm. Hal ini dikarenakan alat spektrofotometer yang kita pakai yaitu mempunyai
kisaran panjang gelombang 340 nm.

Hasil yang diperoleh pada panjang gelombang maksimum 340 nm di

dapatkan absorbansi sebagai berikut:

DNA pada pelarut Aquades pada absorbansi 0,229 nm

DNA pada pelarut Etanol pada absorbansi 0,015 nm

DNA pada pelarut eter pada absorbansi 0,050 nm

DNA pelarut n-Heksana dengan maksimum 345 pada absorbansi 0,550

nm

DNA pada pelarut kloroform dengan maksimum 350 pada absorbansi

0,544 nm

Hasil yang diperoleh setelah penambahan HCl, pada panjang gelombang

maksimum 340 nm di dapatkan absorbansi sebagai berikut:

DNA pada pelarut Aquades pada absorbansi 0,297 nm

DNA pada pelarut Etanol pada absorbansi 0,39 nm

DNA pada pelarut eter pada absorbansi 0,038 nm

DNA pada pelarut n-Heksana pada absorbansi 0,023 nm

 DNA pada pelarut kloroform pada absorbansi 0,574 nm

Pengamatan denaturasi DNA dilakukan dengan penentuan absorbansi

pada panjang gelombang maximum dengan penambahan HCl. Denaturasi
terjadi bila ikatan hidrogen pada DNA putus, proses denaturasi terjadi akibat
suasana larutan yang asam akibat penambahan HCl.

Jadi dapat disimpulkan bahwa setelah DNA terdenaturasi absorbansinya

mengalami peningkatan. Hal ini disebabkan untaian benang DNA berubah
strukturnya (terdenaturasi) akibat adanya asam, oleh karenanya disebut
pelelehan DNA. Proses ini dapat diikuti dengan mengamati serapan sinar
ultraviolet oleh DNA. Maka basa yang berikatan dengan pasangannya
menyerap sinar uv lebih sedikit daripada DNA yang terlepas, hal ini disebut
hypochromism. Hal ini dapat ditunjukan oleh gambar dibawah ini:
 Analoginya, bahwa ketika ikatan double helix pada DNA dikenai cahaya
maka serapannya jadi tidak maksimal, namun berbeda ketika DNA sudah
berbentuk single strain dan ikatan hidrogen pada DNA sudah terputus sehingga
penyerapan sinar uv menjadi maksimal dan diperoleh serapan absorbansi yang
lebih tinggi dari pada sebelum terdenaturasi.
VI. KESIMPULAN

1. DNA dapat diperoleh dengan perusakan sel ekstrak dari strawberi secara
mekanik (dengan pemblenderan) dan kimiawi (dengan penambahan deterejen)
2. Pengukuran dilakukan pada panjang gelombang maximum sebesar 340 nm
dengan pelarut etanol, aquades, eter masing-masing absorbansinya 0,015;
0,229; 0.050; pada maksimum 345 dengan pelarut n-heksanana
absorbansinya 0,550; pada maksimum 350 dengan pelarut kloroform
absorbansinya 0,554.
setelah penambahan HCl, pada panjang gelombang maksimum 340 nm di
dapatkan absorbansi sebagai berikut:
DNA pada pelarut Aquades pada absorbansi 0,297 nm
DNA pada pelarut Etanol pada absorbansi 0,39 nm
DNA pada pelarut eter pada absorbansi 0,038 nm
DNA pada pelarut n-Heksana pada absorbansi 0,023 nm
DNA pada pelarut kloroform pada absorbansi 0,574 nm
3. Dari percobaan diperoleh hasil yaitu nilai absorbansi semakin meningkat
ketika DNA terdenaturasi.

DAFTAR PUSTAKA
Anonim, 1979, Farmakope Indonesia Ed. III, Departemen Kesehatan Republik
Indonesia, Jakarta
Anonim, 2010, Deterjen, dalam http://www.chem-is-try.org/2010/sabun-dan-deterjen/

Anonim, 2012, Stroberri, dalam http: //www.plantamor.com/index.php?plant=604

Arsyad, M., 2000, Kamus Kimia, Erlangga, Jakarta

Basri, S., 1996, Kamus Kimia, P.T Rineka Cipta, Jakarta

Chandra, 2007, Nanas, dalam http://dchandra.wordpress.com/2007/11/06/nanas-buah-

dengan-banyak-manfaat/
Daintith, J., 1994, Kamus Lengkap Kimia, Erlangga, Jakarta

Fessenden, R., 1986, Kimia Organik, Erlangga, Jakarta

Hartadi H., 1980, Komposisi bahan Makanan Indonesia : data Ilmu makanan untuk
Indonesia, UGM, Yogyakarta
Hart, H., 1963, Organic Chemistry A Short Course, Houghton Milli and Company, Boston

Khopkar, S. M. 2003, Konsep Dasar Kimia Analitik. Penerbit Universitas Indonesia.

Jakarta

Lehninger, 1982, Dasar-Dasar Biokimia, Erlangga, Jakarta

Mahmud, 2006, Penentuan LC 50 48 jam detergen dan Pengaruhnya terhadap Mortakitas

Larva Ikan Mas Ras Punten dengan Tipe Ploidi yang berbeda, Jurusan Biologi
FMIPA, Malang

Surya, 1989., Genetika, Binarupa Aksara, Jakarta

Underwood, A. L & R. A. Day, JR., 2001, Analisis Kimia Kuantitatif, Penerbit

Erlangga, Jakarta

Wirahadikusumah, M., 1989, Biokimia : Protein, Enzim dan Asam Nukleat, ITB, Bandung