Anda di halaman 1dari 5

Polimorfisme Dan Heterozigositas

Polimorfisme populasi merupakan ketidaktepatan kadar variasi genetik yang


disebabkan sedikitnya jumlah lokus polimorfik yang tidak sebanyak pada lokus lainnya. Pada
lokus yang tepat ada 2 alel dengan frekuensi 0,95 dan 0,05, terhadap variasi lokus lain dengan
20 alel masing-masing frekuensinya 0,05, ternyata lebih banyak variasi genetic ada pada lokus
yang kedua daripada yang pertama sebelum dihitung di bawah kriteria polimorfisme 0,95.
Kadar dari variasi genetik yang tidak berubah dan tepat adalah frekuensi rata-rata individu yang
heterozigot pada tiap lokus atau heterozigositas dari populasi. Hal ini dihitung melalui
frekuensi pertama yang dihasilkan dari individu heterozigot pada tiap lokusnya dan diambil
rata-rata frekuensi dari semua lokus. Kita kaji 4 lokus dari suatu populasi dan diperoleh
frekuensi heterozigot sebagai berikut: 0,25; 0,42; 0,09 dan 0. Maka heterozigositas populasi
berdasarkan 4 lokus tersebut yaitu (0,25+0,42+0,09+0)/4=0,19. Maka dapat disimpulkan
bahwa heterozigositas populasi adalah 19%. Perkiraan heterozigositas harus valid dan harus
berdasar pada sampel yang lebih dari 4 lokus dengan prosedur yang sama. Jika beberapa
populasi dari spesies yang sama diuji, maka yang pertama dihitung adalah heterozigositas dari
masing-masing populasi dan rata-ratanya. Misalnya 4 populasi dengan hasil 0,19; 0,15; 0,15;
0,17 maka rata-rata heterozigositas adalah 0,16.
Heterozigositas populasi merupakan kadar variasi genetik yang lebih dominan oleh
sebagian besar populasi secara genetik. Suatu kadar variasi yang baik jika diperkirakan dari
dua alel diambil secara acak dari populasi yang berbeda. Masing-masing gamet dari individu
yang berbeda membawa alel dari tiap lokus yang dapat dipertimbangkan sebagai sampel acak
dari populasi. Jika kesulitan, dapat dihitung dengan menghitung heterozigositas harapan, yaitu
dari frekuensi alel pada individu dalam suatu populasi yang melakukan mating satu sama lain
secara acak. Contoh, pada suatu lokus ada 4 alel dengan frekuensi f1, f2, f3 dan f4, maka
frekuensi harapan dari 4 homozigot jika melakukan mating acak adalah f12, f22, f32 dan f42.
Heterozigositas pada lokus menjadi:
He= 1- (f12+ f22+ f32 + f42)
Contoh: f1= 0,05; f2= 0,30; f3= 0,10; f4= 0,10
Maka He= 1 (0,052 + 0,302 + 0,102 + 0,102) = 0,64
Box 22. Elektroforesis Gel
Teknik yang digunakan untuk mengukur variasi genetik pada populasi alami. Sampel
jaringan dari setiap organisme homogen untuk melepaskan enzim dan protein lain dari sel
sampel. Cairan homogen tersebut kemudian di letakkan pada gel yang terbuat dari agar,
polyacrylamide atau jelly lain. Kemudian dihubungkan pada arus listrik. Setiap Enzim dan
beberapa protein pada sampel bermigrasi searah dan bergantung pada muatan listrik dan ukuran
molekularnya. Setelah gel menghilang dari daerah elektrikal, maka diberlakukan solusi
kimiawi khusus untuk membuka posisi pada enzim yang berpindah dan larutan garam akan
bereaksi dengan produk yang yang dikatalisis oleh enzim. Reaksi enzim yang berpindah bisa
dilihat sebagai berikut :
Substrat Produk+salt+Colored spot
Kegunaan dari metode ini menunjukkan fakta bahwa genotip dari lokus gen mengkode
enzim spesifik yang dapat menentukan setiap individual dalam sampel melalui jumlah dan
posisi titik yang diamati dalam gel. Misalkan pada gel yang menunjukkan posisi dari enzim
phosphoglukomutase; gel berisi homogenasi dari 12 Drosophila . lokus gen yang mengkode
enzim ini dapat disingkat menjadi pgm. Individu pertama dan ketiga dalam gel dimulai dari
sebelah kiri, mempunyai enzim dengan mobilitas elektroforesis yang berbeda, dan berbeda juga
urutan asam amimonya, ini menunjukkan bahwa asam aminonya dikode oleh alel yang
berbeda. Gambarannya alel yang mengkode enzim pada individu pertama adalah pgm 100 dan
individu ketiga pgm108. Enzim yang dikode oleh alel pgm108 bermigrasi 8 mm lebih jauh pada
gel daripada enzim yang dikode oeh pgm100.
Varian protein dikontrol oleh varian alel pada lokus gen tunggal dan dideteksi oleh
elektroforesis yang disebut dengan allozymes atau elektromorphs. Elektromophs dengan
migrasi yang sama dalam gel mungkin merupakan produk dari lebih dari satu alel, karena (1)
triplet yang sinonim kerana mengkode asam amino yang sama dan (2) beberapa asam amino
substitusi tidak megubah gerakan elektroforesis dari protein. Oleh karena itu gel elektroforesis
masih memperkirakan secara rendah banyaknya variasi genetik, meskipun tidak secara tepat
diketahui berapa banyaknya variasi genetik itu.

PERKIRAAN VARIASI SECARA ELEKTROFORESIS


Teknik elektroforesis pertama diterapkan untuk menaksir variasi genetik di populasi
alami pada tahun 1966. Ketika tiga studi dipublikasikan satu penelitian manusia dan 2 pada
Drosophilla. Banyak populasi dari organisme yang telah di survey sejak saat itu dan berlanjut
pada tahun berikutnya. Penelitian dengan elektroforesis mengindikasikan bahwa sekitar 20 gen
loci sampel biasanya cukup, perkiraan heterozigositas biasanya berubah sedikit pada jumlah
gen loci sampel yang lebih dari 20. Misalnya, nilai H = 0,072 yang diperoleh dari manusia yang
menggunakan 26 gen loci sampel. Ketika sampel total sampai 71 loci, maka perkiraan menjadi
H = 0,067. Tabel di bawah ini menggambarkan heterozigositas pada 20 variabel gen loci yang
keluar dari 71 loci sampel dalam populasi dari Eropa yang dihasilkan dengan elektroforesis.
Lokus gen Enzim yang dikode Heterozigositas
ACP1 Acid phosphatase 0,52
PGM1 Phosphoglucomutase-1 0,36
PGM2 Phosphoglucomutase-2 0,38
AK Adenylate kinase 0,09
PEPA Peptidase-A 0,37
PEPC Peptidase-C 0,02
PEPD Peptidase-D 0,02
ADA Adenosine deaminase 0,11
PGD Phosphogluconate dehydrogenase 0,05
ACP2 Alkaline phosphatase (placental) 0,53
AMY2 -amilase (prancreatic) 0,09
GPT Glutamate-pyvurate transaminase 0,50
GOT Glutamate-oxaloacetate transaminase 0,03
GALT Galactose-1-phosphat uridyltransferase 0,11
ADH2 Alcohol dehydrogenase-2 0,07
ADH3 Alcohol dehydrogenase-3 0,48
PG Pepsinogen 0,47
ACE Acetylcholinesterase 0,23
ME Malic enzyme 0,30
HK Hexokinase (white-cell) 0,05
Rata-rata heterozigositas (termasuk 51 loci invarian) 0,067

Variasi Genetik pada Populasi Alami


Umumnya, inventebrata mempunyai lebih banyak variasi genetik dari pada vertebrata.
Pada kebanyakan manusia, dengan 6,7% keheterozigotannya dapat terdeteksi dengan
elektrophoresis. Jika diasumsikan terdapat 30000 lokus gen structural pada manusia,
keheterozigotannya seseorang menjadi 30000 x 0,067 = 2010 lokus. Individu secara teoritis
dapat menghasilkan 22010 = 10403 ganet yang jenisnya berbeda. Walaupun tidak semua
kemungkinan kombinasi genetik dapat terjadi secara seimbang, perhitungan menunjukkan
bahwa tidak ada 2 gamet manusia yang identik dan tidak ada 2 individu manusia (kecuali yang
berasal dari satu zigot) yang ada sekarang, dulu, maupun di masa depan yang identik secara
genetik. Hal yang sama bisa dikatakan pada umunya untuk organism yang berkembang biak
secara seksual, tidak ada dua individu dari zigot yang berbeda memiliki informasi genetik yang
identik. Teknik elektroforesis memungkinkan untuk mendapat perkiraan variasi genetik di
populasi alami. Ada dua kondisi yang diperlukan untuk memperkirakan mengenai variasi
genetik, yaitu:
a) Bahwa sampel secara acak dari semua lokus gen dipelihara
b) Bahwa semua alela terdeteksi pada setiap lokus
Studi gen dengan elektroforesis mengkode enzim dan protein yang larut dalam air. Gen
tersebut mewakili bagian genom yang diiperhitungkan, namun terdapat jenis lokus gen yang
lain, seperti gen regulator dan gen yang mengkode protein larut air. Beberapa metode
digunakan untuk mendeteksi perbedaan muatan protein yang tidak dikenali dengan teknik
standart elektrophoresis. Salah satu metodenya adalah elektrophoresis sekuen terdiri dari
elektrophoresis dari sampel yang sama pada berbagai kondisi. Metode lain adalah sampel
jaringan atau enzim untuk temperatur yang tinggi. Teknik lain adalah pemetaan protein atau
sidik jari protein setelah mencerna tripsin atau beberapa enzim lain yang menghidrolisis
polipeptida ke sejumlah kecil peptide yang disubjekkan ke dua kromatograpi dimensional atau
kromatograpy pada satu dimensi dan elektroporesis yang lain. Berdasarkan pengamatan
diperoleh ringkasan hasil yang didapatkan dengan elektroporesis sekuan dan dua metode
denaturasi. Rata-rata keheterozigotan adalah 0,04 dengan elektrophoresis sekuen dan sekitar
0,08 dengan metode denaturasi atau meningkat pada variasi jumlah 25%. Metode ini digunakan
untuk membuka dan menutupnya variasi cryptic ketika sampel lokus adalah 0,81 hingga 0,410
yang dilihat pada populasi Drosophila, ketika sampel acak dari lokus yang diuji.
Jumlah variasi mutan yang dideteksi pada lokus adalah dari Drosophila
melanogaster dengan tiga metode yang berbeda. Pemetaan protein yang mendeteksi lebih
banyak variasi cryptic dari pada teknik yang lain. Jika kita mengasumsikan harga 20% untuk
mendeteksi perkiraan dari sejumlah variasi protein cryptic, kita dapat menghitung varisi protein
yang ditentukan secara genetic dalam populasi alami. Dengan standart elektrophresis H=0,134
untuk invertebrate nc= 1/1 (1-0,134)=1,15 dan nc= 1,2x 1,15=1,38 dimana H=0,28. Untuk
vertebrata nc=1,28 dan H=0,22 dan untuk tanaman nc= 1,37 dan H=0,22 dan untuk tanaman
nc=1,37 dan H=0,27. Rata-rata keheterozigotan menjadi hampir dua kali untuk invertebrate
dan tanaman serta tiga kali untuk vertebrata.

BOX 22.2 Efektif Jumlah Alel


P sebagai frekuensi dari lokus polimorfik per penduduk, atau polimorfisme, dan H,
frekuensi rata-rata lokus heterozigot per individu, atau heterozigositas. Parameter lain
digunakan untuk mengukur variasi genetik adalah jumlah alel efektif, ne, yang mana berkaitan
dengan H oleh hubungan yang sederhana
ne= 1/(1 - H)
n, adalah kebalikan dari frekuensi homozigot. Salah satu cara berpikir tentang n,
adalah mempertimbangkan sebagai jumlah alel bahwa, jika mereka semua terjadi pada
frekuensi yang sama, akan memberikan nilai heterozigositas bawah acak. Jika ne=1 maka H=0,
jika ne=2 maka H=0,50
Peningkatan variasi genetik yang lebih baik diukur dengan n, daripada oleh H.
Perhatikan perubahan dari dua alel, masing-masing dengan frekuensi 0,5, sampai empat alel,
masing-masing dengan frekuensi 0,25. Peningkatan heterozigositas adalah 0,50-0,75, dan
perbedaannya adalah H '- H = 0,25, atau meningkat 50% dari nilai asli (juga, H' / H = 0.75/0.50
= 1,50).

DNA Polymorphisme
Sebagian kecil dari semua perbedaan pada rangkaian DNA yang digambarkan dalam
variasi protein. Perbedaan antara codon sinonim tidak mengubah asam amino yang dikodekan,
dan 90% atau lebih dari DNA menjadi tidak diterjemahkan ke dalam protein. DNA yang tidak
diterjemahkan termasuk rangkaian intervening (intron) yang terletak diantara daerah pengkode
(exon) seperti rangkaian intergenik yang memisahkan satu gen dari gen berikutnya. Kita
mungkin bertanya berapa banyak variasi genetic (perbedaan pada rangkaian DNA) yang ada
melebihi yang mempengaruhi rangkaian asam amino dari protein (meskipun banyak dari
variasi DNA yang ditambahkan mungkin sedikit yang mempunyai sifat adaptive yang
signifikan dari variasi yang berasal dari rangkaian DNA yang dimodifikasi). Batasan analisis
endonuklease dan rangkaian DNA telah diungkap untuk menyelidiki masalah ini.
Gambar 22.14 menunjukkan perbedaan antara 2 alela, berasal dari 2 kromosom homolog dari
sebuah individu tunggal dari gen ^ globin pda manusia. Ada 13 substitusi dari satu nukleotida
oleh yang lain dan 3 segmen dihapus pada slah satu dari alela (atau diinsersi kedalam yang
lain). Tidak ada substitusi yang terjadi didalam exons, hampir (9) dipusatkan pada ujung 5
sepanjang intron. 2 delesi yang masing-masing panjangnya 4 np (posisi 741-744 dan 791-794
dari rangkaian); yang ketiga terdiri dari 18 pasang nukleotida yang berdekatan (mulai pada
posisi 1080).
Pada gen ^, hampir semua tingkatan dari rangkaian DNA setiap individu yang disilangkan
akan menjadi heterozigot. Pertanyaan tentang heterozigot perlu diformulasikan kembali pada
proporsi dari perbedaan nukleotida, yang mungkin disebut heterozigot nukleotida atau
keanekaragaman nukleotida. Jika hanya substitusi yang dipertimbangkan, heterozigosittas
nukleotida dari ^ adalah 13/1647 = 0.008. tetapi jika delesi juga dijuga terhitung berapa
banyak yang dijumlahkan? Jika masing-masing segmen yang dihapus dijumlahkan sebagai satu
perbedaan yang tidak terikat (independen) dari panjangnya, ada 3 tambahan perbedaan antara
2 alela, dan heterozigositasnya adalah 16/1647 = 0.010; jika masing-masing nukleotida yang
dihapus dijumlahkan sebagai satu perbedaan, heterozygosity adalah 39/1647 = 0.024
Heterozigositas nukelotida pada gen yang lain untuk 2 alela yang tidak terikat, gen
(Adh pada Drosophila, C pada tikus, dan ^ pada manusia) mempunyai substitusi
heterozigosity mendekati 1% atau lebih. Rangkaian DNA dari Adh dan C termasuk hanya pada
daerah koding, dan kemudian tidak ada delesi yang diamati. Untuk gen insulin substitusi
heterozigosity hanya 1.003, tetapi daerah sisi 5 berisi sebuah delesi/insersi dari 467 pasangan
nukleotida yang berdekatan. Daerah konstan pada rantai berat dari immunoglobulin tikus
terdiri dari 8 protein. Salah satunya, 2a, diketahui berbeda dari satu strain tikus yang
dikawinkan sesama jenis dari yang lain. Gen IgG2a,mengkode untuk protein ini yang telah
dirangkai dalam 2 strain. Dari 1108 rangkaian basa , 111 (10%) berbeda. Hanya 18 (16.2 %)
dari substitusi nukleotida adalah diam; hasil yang lain asam amino berbeda pada 15% dari
tempatnya. Ada alasan yang mengira bahwa variasi yang diobservasi pada gen IgG2a tikus
mungkin bukan menjadi tipe dari loci yang structural. Gen immunoglobulin sangat
polymorphic; 2 alela dirangkai datang dari 2 strain yang kawin sesama bangsa, dibanding
dengan dari individu yang kawin berbeda bangsa, 2 protein telah diketahui menjadi sangat
berbeda sebelum DNA dirangkai. Perkiraan dari heterozigositas nukleotida telah dihasilkan
pada 4 spesies urchin laut oleh denaturasi DNA diikuti dengan hibridisasi. Teknik berfungsi
untuk menguji kadar logam pada genom komplit dari suatu organisme. Diperkirakan frekuensi
dari substitusi nukleotida sekitar 2-4%.
Setelah koreksi dari substitusi diam, 2-4% substitusi nukleotida pada DNA yang
diterjemahkan menghasilkan 5-9% perbedaan asam amino. Studi elektroforesis dari sistem
enzim pada S.intermedius memberikan perkiraan heterozigositas sebesar 0.18, yang sangat
tidak berbeda dari rata-rata nilai untuk invertebrata (lihat tabel 22.11). Jika memperkirakan
bahwa H= 0.18 kurang lebih koresponden untuk perbedaan asam amino per 5 protein, dan
bahwa rata-rata panjang dari protein adalam 300 asam amino, data elektroforesis harus
direfleksikan jadi satu substitusi per 1500 asam amino. Nilai heterozigositas dihasilkan dari
data gabungan sekitar 100 kali lebih besar (5-9% substitusi asam amino sekitar I dalam 15).
Perbedaan terjadi karena ketidakmampuan untuk mendeteksi semua substitusi asam amino
dengan elektroforesis. Pada banyak kasus, frekuensi dari heterozigositas nukleotida
diobservasi dengan hibridisasi DNA (2-4%) tidak berbeda jauh dari nilai 1-2% dihasilkan
dengan merangkai genAdh, C , dan ^. Dengan adanya perkiraan sementara sampai data lebih
tersedia, yang rata-rata heterozigositas nukleotida untuk gen structural dan rangkaian DNA
tunggal yang lain dari makhluk hidup eukariot sekitar 1 atau 2%.

1. Bagaimana prinsip kerja elektroforesis dalam penggunaannya untuk studi gen?


Jawab: Elektrophoresis menyebarkan protein pada dasar migrasi beda pada medan listrik.
Migrasi beda ini terjedi karena perbedaan konfigurasi molekuler dan untuk membedakan
muatan listrik. Substansi asam amino dapat terjadi dengan tidak mengubah muatan listrik dari
protein atau modifikasi substansi konfigurasi tersebut. Sehingga elektrophoresis hanya
mendeteksi sebuah fraksi dari semua perbedaan data sekuen asam amino.

2. Bagaimana cara menghitung heterozigosita ?


Jawab : Kita kaji 4 lokus dari suatu populasi dan diperoleh frekuensi heterozigot sebagai
berikut: 0,25; 0,42; 0,09 dan 0. Maka heterozigositas populasi berdasarkan 4 lokus tersebut
yaitu (0,25+0,42+0,09+0)/4=0,19. Maka dapat disimpulkan bahwa heterozigositas populasi
adalah 19%. Perkiraan heterozigositas harus valid dan harus berdasar pada sampel yang lebih
dari 4 lokus dengan prosedur yang sama. Jika beberapa populasi dari spesies yang sama diuji,
maka yang pertama dihitung adalah heterozigositas dari masing-masing populasi dan rata-
ratanya. Misalnya 4 populasi dengan hasil 0,19; 0,15; 0,15; 0,17 maka rata-rata heterozigositas
adalah 0,16.