From RNA to protein

Pada bagian sebelumnya, kita telah melihat bahwa produk akhir dari beberapa gen adalah molekul
RNA itu sendiri, seperti RNA yang ada dalam snRNPs dan ribosom. Namun, sebagian besar gen
dalam sel menghasilkan molekul mRNA yang berfungsi sebagai perantara pada jalur menuju
protein. Pada bagian ini, kita memeriksa bagaimana sel mengubah informasi yang dibawa dalam
molekul mRNA menjadi molekul protein. Hasil terjemahan ini adalah fokus perhatian yang kuat
bagi ahli biologi di akhir tahun 1950an, ketika diajukan sebagai "masalah pengkodean": bagaimana
informasi dalam urutan linear nukleotida dalam RNA diterjemahkan ke dalam urutan linier yang
secara kimia sangat berbeda. kumpulan unit-asam amino dalam protein? Pertanyaan menarik ini
merangsang kegembiraan besar. Inilah kriptogram yang ditetapkan oleh alam bahwa, setelah lebih
dari 3 miliar tahun evolusi, akhirnya dapat dipecahkan oleh salah satu produk evolusi - manusia.
Dan memang, kode itu tidak hanya retak selangkah demi selangkah, namun pada tahun 2000
struktur mesin yang rumit dimana sel membaca kode ini - ribosom - akhirnya terungkap dalam
detail atom.
An mRNA Sequence Is Decoded in Sets of Three Nucleotides (Urutan mRNA Dikodekan
dalam Set Tiga Nukleotida)
Begitu mRNA diproduksi dengan transkripsi dan pemrosesan, informasi yang ada dalam urutan
nukleotidanya digunakan untuk mensintesis protein. Transkripsi mudah dipahami sebagai alat
transfer informasi: karena DNA dan RNA secara kimiawi dan struktural serupa, DNA dapat
bertindak sebagai template langsung untuk sintesis RNA dengan pasangan dasar komplementer.
Sebagai istilah transkripsi menandakan, seolah-olah sebuah pesan yang ditulis dengan tangan
diubah, katakanlah, menjadi teks yang diketik. Bahasa itu sendiri dan bentuk pesannya tidak
berubah, dan simbol yang digunakan sangat erat kaitannya.
Sebaliknya, konversi informasi dalam RNA menjadi protein merupakan terjemahan informasi ke
bahasa lain yang menggunakan simbol yang sangat berbeda. Selain itu, karena hanya ada 4
nukleotida yang berbeda dalam mRNA dan 20 jenis asam amino dalam protein, terjemahan ini
tidak dapat dipertanggungjawabkan dengan korespondensi satu lawan satu antara nukleotida
dalam RNA dan asam amino dalam protein. Urutan nukleotida gen, melalui perantara mRNA,
diterjemahkan ke dalam rangkaian asam amino protein dengan aturan yang dikenal sebagai kode
genetik. Kode ini telah diuraikan pada awal 1960-an.
Urutan nukleotida dalam molekul mRNA dibaca dalam kelompok tiga berturut-turut. RNA adalah
polimer linier dari empat nukleotida yang berbeda, jadi ada 4 4 4 = 64 kemungkinan kombinasi
tiga nukleotida: kembar tiga AAA, AUA, AUG, dan sebagainya. Namun, hanya 20 asam amino
yang berbeda yang biasa ditemukan pada protein. Entah beberapa kembar tiga nukleotida tidak
pernah digunakan, atau kodenya berlebihan dan beberapa asam amino ditentukan oleh lebih dari
satu triplet. Kemungkinan kedua adalah, sebenarnya, yang benar, seperti yang ditunjukkan oleh
kode genetik yang benar-benar diuraikan pada Gambar 6-48. Setiap kelompok tiga nukleotida
berurutan dalam RNA disebut kodon, dan masing-masing kodon menentukan satu asam amino
atau menghentikan proses penerjemahan.
Kode genetik ini digunakan secara universal di semua organisme masa kini. Meskipun beberapa
perbedaan kecil dalam kode telah ditemukan, ini terutama ada dalam DNA mitokondria.
Mitokondria memiliki sistem sintesis dan sintesis protein mereka sendiri yang beroperasi secara
independen dari sel-sel lain, dan dapat dimengerti bahwa genom mungil mereka mampu
mengakomodasi perubahan kecil pada kode (dibahas di Bab 14).
Pada prinsipnya, urutan RNA dapat diterjemahkan ke dalam salah satu dari tiga bingkai bacaan
yang berbeda, bergantung pada di mana proses decoding dimulai (Gambar 6-49). Namun, hanya
satu dari tiga bingkai bacaan yang mungkin dalam sebuah mRNA yang mengkodekan protein yang
dibutuhkan. Kita lihat nanti bagaimana sinyal tanda baca khusus di awal setiap pesan RNA
menentukan bingkai bacaan yang benar pada awal sintesis protein.
tRNA Molecules Match Amino Acids to Codons in mRNA (Molekul tRNA mencocokkan
Asam Amino dengan kodon dalam mRNA)
Kodon dalam molekul mRNA tidak secara langsung mengenali asam amino yang mereka
tentukan: kelompok tiga nukleotida tidak, misalnya, mengikat langsung ke asam amino.
Sebaliknya, terjemahan mRNA ke dalam protein bergantung pada molekul adaptor yang dapat
mengenali dan mengikat kodon dan, pada situs lain di permukaannya, ke asam amino. Adaptor ini
terdiri dari satu set molekul RNA kecil yang dikenal sebagai RNA transfer (tRNA), masing-masing
sekitar 80 nukleotida panjangnya.
Kami melihat di awal bab ini bahwa molekul RNA dapat melipat ke dalam struktur tiga dimensi
yang tepat, dan molekul tRNA memberikan contoh yang mencolok. Empat segmen pendek dari
tRNA terlipat adalah heliks ganda, menghasilkan molekul yang terlihat seperti semanggi saat
digambar secara skematis (Gambar 6-50). Misalnya, urutan 5'-GCUC-3 dalam satu bagian rantai
polinukleotida dapat membentuk hubungan yang relatif kuat dengan urutan 5'-GAGC-3 di wilayah
lain dari molekul yang sama. Cloverleaf mengalami lipatan lebih lanjut untuk membentuk struktur
berbentuk L yang kompak yang disatukan oleh ikatan hidrogen tambahan di antara berbagai daerah
molekul (lihat Gambar 6-50B dan C).
Dua daerah nukleotida yang tidak berpasangan yang terletak di kedua ujung molekul berbentuk L
sangat penting untuk fungsi tRNA dalam sintesis protein. Salah satu daerah ini membentuk
antikodon, satu set tiga nukleotida berurutan yang berpasangan dengan kodon pelengkap dalam
molekul mRNA. Yang lainnya adalah daerah beruntai tunggal pendek pada ujung 3'd dari molekul;
Ini adalah situs dimana asam amino yang sesuai dengan kodon melekat pada tRNA.
Kami melihat di atas bahwa kode genetiknya berlebihan; Artinya, beberapa kodon berbeda bisa
menentukan satu asam amino. Redundansi ini menyiratkan bahwa ada lebih dari satu tRNA untuk
banyak asam amino atau beberapa molekul tRNA dapat berpasangan dengan lebih dari satu kodon.
Sebenarnya, kedua situasi itu terjadi. Beberapa asam amino memiliki lebih dari satu tRNA dan
beberapa tRNA dikonstruksi sehingga mereka memerlukan base-pairing yang akurat hanya pada
dua posisi pertama kodon dan dapat mentolerir ketidakcocokan (atau goyangan) pada posisi ketiga
(Gambar 6-51). Pasangan dasar yang goyah ini menjelaskan mengapa begitu banyak kodon
alternatif untuk asam amino hanya berbeda dalam nukleotida ketiga mereka (lihat Gambar 6-48).
Pada bakteri, basis pasangan goyah memungkinkan untuk mencocokkan 20 asam amino dengan
61 kodon mereka dengan sesedikit 31 jenis molekul tRNA. Jumlah persis dari jenis tRNA berbeda,
bagaimanapun, berbeda dari satu spesies ke spesies berikutnya. Sebagai contoh, manusia memiliki
gen hampir 500 tRNA, dan di antaranya ada 48 anticodons yang berbeda.
tRNAs Are Covalently Modified Before They Exit from the Nucleus (tRNA dimodifikasi
secara diam-diam sebelum keluar dari nucleus)
Seperti kebanyakan RNA eukariotik lainnya, tRNA dimodifikasi secara kovalen sebelum diijinkan
keluar dari nukleus. TRNA eukariotik disintesis oleh RNA polimerase III. TRNA bakteri dan
eukariotik biasanya disintesis sebagai tRNA prekursor yang lebih besar, yang kemudian dipangkas
untuk menghasilkan tRNA matang. Selain itu, beberapa prekursor tRNA (dari bakteri dan
eukariota) mengandung intron yang harus disambung. Reaksi splicing ini berbeda secara kimia
dari splicing pra-mRNA; daripada menghasilkan penjepit lariat, penyambungan tRNA
menggunakan mekanisme cutand-paste yang dikatalisis oleh protein (Gambar 6-52).
Pemangkasan dan penyambungan keduanya memerlukan tRNA prekursor agar dilipat dengan
benar dalam konfigurasi semangganya. Karena prekursor tRNA yang salah melipat tidak akan
diproses dengan benar, reaksi pemangkasan dan penyambungan berfungsi sebagai langkah kontrol
kualitas pada generasi tRNA.
Semua tRNA dimodifikasi secara kimia - hampir 1 dari 10 nukleotida di setiap molekul tRNA
matang adalah versi perubahan dari ribonukleotida G, U, C, atau A standar. Lebih dari 50 jenis
modifikasi tRNA diketahui; beberapa ditunjukkan pada Gambar 6-53. Beberapa nukleotida yang
dimodifikasi - terutama inosin, yang diproduksi oleh deaminasi adenosin - mempengaruhi
konformasi dan pasangan dasar anticodon dan dengan demikian memudahkan pengenalan kodon
mRNA yang sesuai oleh molekul tRNA (lihat Gambar 6-51). Yang lain mempengaruhi
keakuratan dimana tRNA melekat pada asam amino yang benar.
Specific Enzymes Couple Each Amino Acid to Its Appropriate tRNA Molecule (Enzim
Spesifik Pasangan Setiap Asam Amino ke Molekul tRNA yang sesuai)
Kita telah melihat itu, untuk membaca kode genetik dalam DNA, sel-sel membuat serangkaian
tRNA yang berbeda. Kita sekarang mempertimbangkan bagaimana setiap molekul tRNA
dihubungkan dengan satu asam amino dalam 20 yang merupakan pasangannya yang tepat.
Pengakuan dan pelekatan asam amino yang benar bergantung pada enzim yang disebut aminoacyl-
tRNA synthetases, yang secara kovalen memasangkan masing-masing asam amino ke rangkaian
molekul tRNA yang sesuai (Gambar 6-54 dan Gambar 6-55). Sebagian besar sel memiliki enzim
sintetase yang berbeda untuk setiap asam amino (yaitu 20 sintetase dalam semua); satu menempel
glisin ke semua tRNA yang mengenali kodon untuk glisin, yang lain mengaitkan alanin ke semua
tRNA yang mengenali kodon untuk alanin, dan seterusnya. Banyak bakteri, bagaimanapun,
memiliki kurang dari 20 sintetase, dan enzim sintetase yang sama bertanggung jawab untuk
menggabungkan lebih dari satu asam amino ke tRNA yang sesuai. Dalam kasus ini, satu sintetase
menempatkan asam amino yang sama pada dua jenis tRNA yang berbeda, hanya satu yang
memiliki antikodon yang sesuai dengan asam amino. Enzim kedua kemudian secara kimia
memodifikasi masing-masing asam amino terlampir "salah" sehingga sekarang sesuai dengan
antikodon yang ditunjukkan oleh tRNA kovalennya.
Reaksi terkatalisis sintetase yang mengikat asam amino ke ujung 3 tRNA adalah salah satu dari
banyak reaksi yang digabungkan dengan hidrolisis pelepasan energi dari ATP (lihat hlm. 64-65),
dan menghasilkan ikatan energi tinggi antara tRNA dan asam amino. Energi ikatan ini digunakan
pada tahap selanjutnya dalam sintesis protein untuk menghubungkan asam amino secara kovalen
dengan rantai polipeptida yang tumbuh.
Enzim aminoasil-tRNA sintetase dan tRNA sama pentingnya dalam proses decoding (Gambar 6-
56). Ini dibentuk oleh percobaan di mana satu asam amino (sistein) diubah secara kimia menjadi
asam amino yang berbeda (alanin) setelah sudah terikat pada tRNA spesifiknya. Ketika molekul
aminoacyl-tRNA "hibrida" digunakan untuk sintesis protein dalam sistem bebas sel, asam amino
yang salah dimasukkan ke setiap titik dalam rantai protein dimana tRNA tersebut digunakan.
Meskipun, seperti yang akan kita lihat, sel memiliki beberapa mekanisme pengendalian kualitas
untuk menghindari jenis kecelakaan ini, percobaan tersebut menetapkan bahwa kode genetik
diterjemahkan oleh dua rangkaian adaptor yang bertindak secara berurutan. Masing-masing cocok
satu permukaan molekul ke yang lain dengan spesifisitas yang besar, dan itu adalah gabungan
tindakan mereka yang menghubungkan setiap urutan tiga nukleotida dalam molekul mRNA -
yaitu, masing-masing kodon - dengan asam amino khususnya.
Editing by tRNA Synthetases Ensures Accuracy (Pengeditan oleh tRNA Synthetases
Memastikan Akurasi)
Beberapa mekanisme bekerja sama memastikan bahwa aminoacyl-tRNA synthetase
menghubungkan asam amino yang benar ke setiap tRNA. Kebanyakan enzim sintetase memilih
asam amino yang benar dengan mekanisme dua langkah. Asam amino yang tepat memiliki afinitas
tertinggi untuk kantong aktif sintetasenya dan oleh karena itu disukai selama 19 lainnya; Secara
khusus, asam amino yang lebih besar dari yang benar dikeluarkan dari tempat aktif. Namun,
diskriminasi yang akurat antara dua asam amino yang serupa, seperti isoleusin dan valin (yang
hanya berbeda satu kelompok metil), sangat sulit dicapai dalam satu langkah saja. Langkah
diskriminasi kedua terjadi setelah asam amino telah dikaitkan secara kovalen dengan AMP (lihat
Gambar 6-54): ketika tRNA mengikat, sintetase mencoba memaksa asam amino yang adenilasi
ke dalam kantong pengeditan kedua dalam enzim. Dimensi yang tepat dari saku ini mengecualikan
asam amino yang benar, sekaligus memungkinkan akses oleh asam amino yang terkait erat. Dalam
kantong pengeditan, asam amino dikeluarkan dari AMP (atau dari tRNA itu sendiri jika ikatan
aminoasil-tRNA telah terbentuk) dengan hidrolisis. Pengeditan hidrolitik ini, yang analog dengan
proofreading exonukleolitik oleh polimerase DNA, meningkatkan keakuratan keseluruhan tRNA
yang menyebabkan sekitar satu kesalahan pada 40.000 kopling (Gambar 6-57)
Sintaksase tRNA juga harus mengenali rangkaian tRNA yang benar, dan kompleksitas struktural
dan kimia yang luas antara sintetase dan tRNA memungkinkan sintetase untuk menyelidiki
berbagai fitur tRNA (Gambar 6-58). Kebanyakan sintaksase tRNA secara langsung mengenali
antimodon tRNA pencocokan; sintetis ini mengandung tiga kantong pengikat nukleotida yang
berdekatan, masing-masing saling melengkapi dan mengisi nukleotida dalam antikodon. Untuk
sintetis lain, urutan nukleotida lengan penerima asam amino (batang akseptor) adalah faktor
penentu kunci. Dalam kebanyakan kasus, bagaimanapun, sintetase "membaca" nukleotida pada
beberapa posisi berbeda pada tRNA.
Amino Acids Are Added to the C-terminal End of a Growing Polypeptide Chain (Asam
amino ditambahkan ke ujung terminal C dari rantai polipeptida yang tumbuh)
Setelah melihat bahwa setiap asam amino pertama kali digabungkan ke molekul tRNA tertentu,
sekarang kita beralih ke mekanisme yang menggabungkan asam amino ini bersama-sama
membentuk protein. Reaksi fundamental sintesis protein adalah pembentukan ikatan peptida
antara kelompok karboksil pada akhir rantai polipeptida yang tumbuh dan gugus amino bebas pada
asam amino yang masuk. Akibatnya, protein disintesis secara bertahap dari ujung N-terminal ke
ujung terminal C-nya. Sepanjang seluruh proses, ujung karboksil yang tumbuh dari rantai
polipeptida tetap diaktifkan oleh ikatan kovalennya ke molekul tRNA (membentuk peptidil-
tRNA). Setiap penambahan mengganggu hubungan kovalen berenergi tinggi ini, namun segera
menggantinya dengan kaitan yang identik pada asam amino yang paling baru ditambahkan
(Gambar 6-59). Dengan cara ini, setiap asam amino ditambahkan membawa serta energi aktivasi
untuk penambahan asam amino berikutnya daripada energi untuk penambahannya sendiri - contoh
polimerisasi "pertumbuhan kepala" jenis polimerisasi yang dijelaskan pada Gambar 2-44.
The RNA Message Is Decoded in Ribosomes (Pesan RNA Dikodekan dalam Ribosom)
Sintesis protein dipandu oleh informasi yang dibawa oleh molekul mRNA. Untuk
mempertahankan bacaan yang benar dan untuk memastikan keakuratan (sekitar 1 kesalahan setiap
10.000 asam amino), sintesis protein dilakukan di ribosom, mesin katalitik kompleks yang dibuat
dari lebih dari 50 protein berbeda (protein ribosom) dan beberapa molekul RNA, RNA ribosom
(rRNA). Sel eukariotik yang khas mengandung jutaan ribosom dalam sitoplasma (Gambar 6-60).
Subunit ribosom besar dan kecil dirakit di nukleolus, di mana rRNA yang baru ditranskripsi dan
dimodifikasi berhubungan dengan protein ribosom yang telah diangkut ke nukleus setelah
sintesisnya di sitoplasma. Kedua subunit ribosom ini kemudian diekspor ke sitoplasma, di mana
mereka bergabung bersama untuk mensintesis protein.
Ribbonomial eukariotik dan bakteri memiliki struktur dan fungsi yang serupa, terdiri dari satu
subunit besar dan satu kecil yang sesuai untuk membentuk ribosom lengkap dengan massa
beberapa juta dalton (Gambar 6-61). Subunit kecil menyediakan kerangka di mana tRNA secara
akurat sesuai dengan kodon mRNA, sementara subunit besar mengkatalisis pembentukan ikatan
peptida yang menghubungkan asam amino bersama-sama ke dalam rantai polipeptida (lihat
Gambar 6-58).
Bila tidak secara aktif mensintesis protein, kedua subunit ribosom tersebut terpisah. Mereka
bergabung bersama pada molekul mRNA, biasanya mendekati ujung 5', untuk memulai sintesis
protein. MRNA kemudian ditarik melalui ribosom, tiga nukleotida sekaligus. Sebagai kodon
memasukkan inti ribosom, urutan nukleotida mRNA diterjemahkan ke dalam urutan asam amino
dengan menggunakan tRNA sebagai adaptor untuk menambahkan setiap asam amino ke urutan
yang benar ke ujung rantai polipeptida yang tumbuh. Ketika codon berhenti ditemui, ribosom
melepaskan protein jadi, dan dua subunitnya terpisah kembali. Subunit ini kemudian dapat
digunakan untuk memulai sintesis protein lain pada molekul mRNA lain. Ribosom beroperasi
dengan efisiensi yang luar biasa: dalam satu detik, ribosom eukariotik menambahkan 2 asam
amino ke rantai polipeptida; Ribosom sel bakteri beroperasi lebih cepat lagi, dengan kecepatan
sekitar 20 asam amino per detik.
Untuk mengkoreografi banyak gerakan terkoordinasi yang diperlukan untuk terjemahan yang
efisien, ribosom berisi empat situs pengikat untuk molekul RNA: satu untuk mRNA dan tiga
(disebut situs A, situs P, dan situs E) untuk tRNA (Gambar 6- 62). Molekul tRNA dipegang erat-
erat di lokasi A dan P hanya jika anticodonnya membentuk pasangan basa dengan kodon
komplementer (memungkinkan goyangan) pada molekul mRNA yang diulirkan melalui ribosom
(Gambar 6-63). Situs A dan P cukup dekat bersama-sama karena dua molekul tRNA mereka
dipaksa membentuk pasangan basa dengan kodon yang berdekatan pada molekul mRNA. Fitur
ribosom ini mempertahankan bacaan yang benar pada mRNA.
Setelah sintesis protein dimulai, masing-masing asam amino baru ditambahkan ke rantai
pemanjang dalam siklus reaksi yang mengandung empat langkah utama: pengikatan tRNA
(langkah 1), pembentukan ikatan peptida (langkah 2), translokasi subunit besar (langkah 3), dan
translokasi subunit kecil (langkah 4). Sebagai hasil dari dua langkah translokasi, seluruh ribosom
memindahkan tiga nukleotida di sepanjang mRNA dan diposisikan untuk memulai siklus
berikutnya. Gambar 6-64 mengilustrasikan proses empat langkah ini, dimulai pada satu titik di
mana tiga asam amino telah dihubungkan bersamaan dan ada molekul tRNA di situs P pada
ribosom, yang secara kovultan bergabung ke ujung terminal C yang pendek. polipeptida Pada
langkah 1, tRNA yang membawa asam amino berikutnya ke dalam rantai berikatan dengan situs
ribosom A dengan membentuk pasangan basa dengan kodon mRNA yang ditempatkan di sana,
sehingga situs P dan situs A berisi tRNA terikat yang berdekatan. Pada langkah 2, ujung karboksil
rantai polipeptida dilepaskan dari tRNA di lokasi P (oleh kerusakan ikatan energi tinggi antara
tRNA dan asam aminonya) dan bergabung dengan gugus amino bebas dari asam amino yang
terkait dengan tRNA di situs A, membentuk ikatan peptida baru. Reaksi sentral sintesis protein ini
dikatalisis oleh transferase peptidil yang terkandung dalam subunit ribosom besar. Pada langkah
3, subunit besar bergerak relatif terhadap mRNA yang dipegang oleh subunit kecil, sehingga
menggeser batang akseptor dari dua tRNA ke situs E dan P dari subunit besar. Pada langkah 4,
rangkaian perubahan konformasi lainnya menggerakkan subunit kecil dan mRNA terikat tepat
pada tiga nukleotida, mengeluarkan tRNA yang dikeluarkan dari situs E dan mengatur ulang
ribosom sehingga siap untuk menerima aminoasil-tRNA berikutnya. Langkah 1 kemudian diulang
dengan aminoasil-tRNA baru yang masuk, dan seterusnya.
Siklus empat langkah ini diulang setiap kali sebuah asam amino ditambahkan ke rantai polipeptida,
karena rantai tumbuh dari amino ke ujung karboksilnya.