Oleh
Dengan ini saya menyatakan bahwa dalam karya tulis ilmiah ini tidak
terdapat karya pernah diajukan dan sepanjang pengetahuan saya tidak
terdapat karya atau pendapat orang lain kecuali secara tertulis diacu dalam
naskah dan disebutkan sumbernya dalam daftar pustaka.
Penulis
Puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT yang memberi
PENGETAHUAN
Penulis,
Halaman
Abstrak ........i
Kata Pengantar..................................................................................................ii
Daftar Isi....iii
Daftar Gambar .........iv
BAB 1 PENDAHULUAN......................................................................................1
1.1. Latar Belakang.....................................................................................1
1.2. Permasalahan.........................................................................................2
1.2. Tujuan ..................................................................................................3
BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA..............................................................4
2.1. Pengertian PCR.........................................................................4
2.2. Tahapan-tahapan Polymerase Chain Reaction (PCR) ..........................4
2.3. Alat dan Bahan yang Dibutuhkan dalam Polymerase Chain Reaction
(PCR) .....................................................................................................8
pesat. Salah satu perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang sering
prinsip ilmiah dan rekayasa terhadap organisme, sistem, atau proses biologis
produk dan jasa bagi kepentingan hidup manusia. Secara umum bioteknologi
mikroba, proses biokimia, dan proses genetik yang terjadi secara alami. Produk
dari bioteknologi tradisional tersebut antara lain: tempe, oncom, yoghurt, dan
yang didasarkan pada manipulasi DNA ini dilakukan dengan memodifikasi gen
metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro. PCR ini pertama
kali dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis.Amplifikas DNA pada
PCR terdiri dari 20-30 nukleotida. DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA
yang akan dilipat gandakan dan berasal dari patogen yang terdapat dalam
spesimen klinik. Enzim DNA polimerase merupakan enzim termostabil Taq dari
menempel pada ujung 3 primer ketika proses pemanjangan dan ion magnesium
1.2. Permasalahan
3. Alat dan bahan apa saja yang dibutuhkan dalam Polymerase Chain
Reaction (PCR)?
Dari rumusan masalah tersebut, maka beberapa tujuan yang ingin dicapai antara
lain:
(PCR).
(PCR).
3. Untuk mengetahui alat dan bahan apa saja yang dibutuhkan dalam
(PCR).
1.4. Manfaat
.
BAB 2
TINJAUAN PUSTAKA
kali oleh Kary B. Mulis pada tahun 1985. Metode ini sekarang telah banyak
DNA, tetapi kemudian dikembangkan lebih lanjut sehingga dapat digunakan pula
ribuan bahkan jutaan kali dari jumlah semula, sekitar 106-107 kali. Setiap urutan
basa nukleotida yang diamplifikasi akan menjadi dua kali jumlahnya. Pada setiap
siklus PCR akan diperoleh 2n kali banyaknya DNA target. Kunci utama
urutan DNA target dan meminimalkan amplifikasi urutan non-target. Metode PCR
dilakukan dalam volume 50-100 l. DNA cetakan yang digunakan juga tidak
perlu dimurnikan terlebih dahulu sehingga metode PCR dapat digunakan untuk
PCR adalah reaksi polimerase berantai, yaitu reaksi yang melibatkan enzim
proses pemisahan untai ganda DNA menjadi untai tunggal, hibridisasi primer
pada cetakan DNA oleh enzim polimerase, untuk melakukan kegiatan ini
dibutuhkan tabung PCR yang bersifat reponsif dengan perubahan suhu dan mesin
thermal cycler, suatu mesin yang mampu menaikkan dan menurunkan suhu
DNA secara enzimatik tanpa menggunakan organisme. Dengan teknik ini, DNA
dapat dihasilkan dalam jumlah besar dengan waktu relatif singkat sehingga
memudahkan berbagai teknik lain yang menggunakan DNA. Teknik ini dirintis
oleh Kary Mullis pada tahun 1983 dan ia memperoleh hadiah Nobel pada tahun
biokimia dan biologi molekular karena relatif murah dan hanya memerlukan
jumlah sampel yang kecil. PCR (Polimerase Chain Reaction) atau reaksi berantai
Proses PCR terdiri dari tiga tahapan, yaitu denaturasi DNA templat, penempelan
merupakan proses pemisahan utas ganda DNA menjadi dua utas tunggal DNA
yang menjadi cetakan (templat) sebagai tempat penempelan primer dan tempat
kerja DNA polimerase, dengan pemanasan singkat pada suhu 90-95C selama
beberapa menit.
Penjelasan ringkas tentang setiap siklus reaksi PCR adalah sebagai berikut:
1).Denaturasi.
Selama proses denaturasi, DNA untai ganda akan membuka menjadi dua untai
tunggal. Hal ini disebabkan karena suhu denaturasi yang tinggi menyebabkan
seluruh reaksi enzim tidak berjalan, misalnya reaksi polimerisasi pada siklus yang
2).PenempelanPrimer.
Pada tahap penempelan primer (annealing), primer akan menuju daerah yang
spesifik yang komplemen dengan urutan primer. Pada proses annealing ini, ikatan
hidrogen akan terbentuk antara primer dengan urutan komplemen pada templat.
Proses ini biasanya dilakukan pada suhu 50oC 60oC. Selanjutnya, DNA
polymerase akan berikatan sehingga ikatan hidrogen tersebut akan menjadi sangat
kuat dan tidak akan putus kembali apabila dilakukan reaksi polimerisasi
Umumnya, reaksi polimerisasi atau perpanjangan rantai ini, terjadi pada suhu
72oC. Primer yang telah menempel tadi akan mengalami perpanjangan pada sisi
3nya dengan penambahan dNTP yang komplemen dengan templat oleh DNA
polimerase.
Jika siklus dilakukan berulang-ulang maka daerah yang dibatasi oleh dua primer
ganda), sehingga mencapai jumlah copy yang dapat dirumuskan dengan (2n)x.
Dimana n adalah jumlah siklus dan x adalah jumlah awal molekul DNA. Jadi,
seandainya ada 1 copy DNA sebelum siklus berlangsung, setelah satu siklus, akan
menjadi 2 copy, sesudah 2 siklus akan menjadi 4, sesudah 3 siklus akan menjadi 8
eksponensial. PCR dengan menggunakan enzim Taq DNA polimerase pada akhir
dari setiap siklus akan menyebabkan penambahan satu nukleotida A pada ujung 3
dari potongan DNA yang dihasilkan. Sehingga nantinya produk PCR ini dapat di
thermocycler.
Selain ketiga proses tersebut, secara umum PCR didahului dan diakhiri oleh
tahapan berikut:
a). Pradenaturasi
denaturasi dan mengaktifasi DNA Polymerase (jenis hot-start alias baru aktif
Biasanya dilakukan pada suhu optimum enzim (70-72oC) selama 5-15 menit
untuk memastikan bahwa setiap utas tunggal yang tersisa sudah diperpanjang
2.3. Gambar Alat dan Bahan yang Dibutuhkan dalam Polymerase Chain
Reaction (PCR)
a. Gambar thermocycler
Alat pengatur suhu reaksi yang biasanya digunakan pada teknik reaksi berantai
polimerase
Reagen khusus yang dibutuhkan dalam pelaksanaan proses PCR secara in vitro
antara lain.
1. Pasangan primer oligonukleotida sintetik mengapit urutan yang akan
diamplifikasi
5516UB)
5524UB)
Peralatan khusus yang yang dibutuhkan dalam pelaksanaan PCR antara lain:
Scientific)
Polimerase I selama reaksi polimerisasinya. Enzime ini ternyata tidak aktif secara
setiap siklusnya. Selain itu, enzim ini hanya bisa dipakai untuk perpanjangan 200
memiliki keaktifan pada suhu tinggi. Oleh karenanya, penambahan enzim tidak
perlu dilakukan di setiap siklusnya, dan proses PCR dapat dilakukan dalam satu
mesin
2). Primer
primer berkisar antara 20-30 basa.Untuk merancang urutan primer, perlu diketahui
Selain enzim dan primer, terdapat juga komponen lain yang ikut menentukan
campuran reaksi merupakan hal yang sangat kritis. Konsentrasi ion Mg2+ ini
Saat ini PCR sudah digunakan secara luas untuk berbagai macam kebutuhan,
diantaranya:
Kita tahu bahwa DNA makhluk hidup memiliki ukuran yang sangat besar, DNA
ribuan gen. Fungsi utama DNA adalah sebagai sandi genetik, yaitu sebagai
protein. Dari sekian panjang DNA genome, bagian yang menyandikan protein
inilah yang disebut gen, sisanya tidak menyandikan protein atau disebut junk
Para ahli seringkali membutuhkan gen tertentu untuk diisolasi. Sebagai contoh,
dulu kita harus mengekstrak insulin langsung dari pancreas sapi atau babi,
kemudian menjadikannya obat diabetes, proses yang rumit dan tentu saja mahal
serta memiliki efek samping karena insulin dari sapi atau babi tidak benar-benar
insulin dari DNA genome manusia, lalu menyisipkannya ke sel bakteri (dalam hal
ini E. coli) agar bakteri dapat memproduksi insulin. Hasilnya insulin yang sama
persis dengan yang dihasilkan dalam tubuh manusia, dan sekarang insulin tinggal
diekstrak dari bakteri, lebih cepat, mudah, dan tentunya lebih murah ketimbang
Untuk mengisolasi gen, diperlukan DNA pencari atau dikenal dengan nama
probe yang memiliki urutan basa nukleotida sama dengan gen yang kita
inginkan. Probe ini bisa dibuat dengan teknik PCR menggunakan primer yang
Urutan basa suatu DNA dapat ditentukan dengan teknik DNA Sequencing,
metode yang umum digunakan saat ini adalah metode Sanger (chain termination
proses awalnya adalah reaksi PCR dengan pereaksi yang agak berbeda, yaitu
hanya menggunakan satu primer (PCR biasa menggunakan 2 primer) dan adanya
untuk setiap basa berbeda, maka urutan basa suatu DNA yang tidak diketahui bisa
ditentukan.
Seseorang yang terlibat kejahatan (baik pelaku maupun korban), atau korban
tidak mungkin lagi dilakukan, maka pengujian DNA adalah pilihan yang tepat.
DNA dapat diambil dari bagian tubuh manapun, kemudian dilakukan analisa PCR
alias DNA sidik jari, yaitu bagian yang unik bagi setiap orang. Hasilnya
dibandingkan dengan DNA sidik jari keluarganya yang memiliki pertalian darah,
misalnya ibu atau bapak kandung.Jika memiliki kecocokan yang sangat tinggi
Banyak orang yang juga yang memanfaatkan pengujian ini untuk menelusuri
orang tua sesungguhnya dari seorang anak jika sang orang tua merasa ragu.
Penyakit Influenza A (H1N1) yang sebelumnya disebut flu babi sedang mewabah
saat ini, bahkan satu fase lagi dari fase pandemi. Penyakit berbahaya seperti ini
memerlukan diagnosa yang cepat dan akurat.PCR merupakan teknik yang sering
dengan hasil akurat. Disebut akurat karena PCR mengamplifikasi daerah tertentu
DNA yang merupakan ciri khas virus Influenza A (H1N1) yang tidak dimiliki
3.1. Kesimpulan
PCR merupakan suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi) DNA secara
Polymerase: enzim Taq DNA polymerase yang memiliki keaktifan pada suhu
urutan komplemen dengan DNA templat yang akan diperbanyak. Panjang primer
berkisar antara 20-30 basa; Reagen lainnya berupa dNTP untuk reaksi
3.2. Saran