BAB IPENDAHULUAN
Sejak jaman dahulu kala nenek moyang kita telah mengenal beraneka ragam makhluk hidup.
Beragamnya makhluk hidup memberikan kemungkinan bagi manusia untuk memilihsesuai
dengan yang dikehendakinya. Para pendahulu kita telah memahami bahwa sifat-sifatorganism
itu diturunkan kepada keturunannya. Adanya keragaman telah memberikan andil baginenek
moyang kita untuk memilih jenis makhluk hidup yang sesuai dengan keinginannya.
Jenisdengan sifat ini yang diinginkan tersebut kemudian dikembangbiakkan atau
dibudidayakan.Perkembangan ilmu pengetahuan terutama ilmu pengetahuan tentang
pewarisan sifat(Ilmu Genetika) yang dipelopori oleh Gregor Mendel telah mendorong
manusia untuk membuatkombinasi baru dalam sifat-sifat yang diinginkan. Upaya untuk
mendapatkan kombinasi berudari sifat yang diinginkan dilakukan dengan membuat
persilangan-persilangan (breeding) antar berbagai tanaman maupun hewan. Persilangan
tersebut menghasilkan organisme hybrid. Jadipersilangan merupakan salah satu cara untuk
merubah genom suatu organisme.Dengan telah ditemukannya DNA sebagai bahan gen,
manusia pun berupaya untuk mendapatkan kombinasi sifat-sifat baru suatu makhluk hidup
dengan cara melakukan perubahanlangsung pada DNA genomnya. Usaha untuk mengubah
DNA genom secara langsung ini disebutdengan istilah Rekayasa Genetika. Dalam upaya
melakukan rekayasa genetika, manusiamenggunakan teknologi DNA Rekombinan. Dalam
teknologi DNA rekombinan sangatberhubungan erat dengan mutasi karena tujuan sebenarnya
teknologi ini adalah memutasikansuatu organisme agar mendapat perubahan sifat baru yang
diinginkan
BAB IIPEMBAHASAN
Teknologi DNA Rekombinan
Secara klasik analisis molekuler protein dan materi lainnya dari kebanyakan
organismeternyata sangat tidak mudah untuk dilakukan karena adanya kesulitan untuk
memurnikannyadalam jumlah besar. Namun, sejak tahun 1970-an berkembang suatu
teknologi yang dapatditerapkan sebagai pendekatan dalam mengatasi masalah tersebut
melalui isolasi dan manipulasiterhadap gen yang bertanggung jawab atas ekspresi protein
tertentu atau pembentukan suatuproduk.Teknologi yang dikenal sebagai
teknologi DNA rekombinan
,
atau
Isolasi DNA
Saat ini kita dapat menemukan berbagai macam metode ektraksi DNA. Para penelitiselalu
berusaha menyederhanakan tahapan yang digunakan atau mengurangi jumlah
perlakukan.Tahapan atau perlakuan yang terlalu panjang dan terlalu kompleks sering
meningkatkan resikokegagalan, terutama bagi pemula. Tahapan atau perlakuan dalam
ekstraksi DNA jugadipengaruhi asal sel atau jaringan target.DNA biasanya diisolasi dari sel
dengan menggunakan metode yang melisiskan sel tetapimencegah fragmentasi DNA.
Langkah ini biasanya melibatkan EDTA(
ethylenediaminetetraacetic acid
) yang dalam proses tersebut akan mengikat ion magnesium(kofaktor yang dibutuhkan oleh
enzim DNase). Idealnya dinding sel (jika ada) didigesti secaraenzimatis (misalnya dengan
enzim lisosim). Selanjutnya membran sel sebaiknya disolubilisasidengan detergen. Jika
disrupsi fisik dibutuhkan sebaiknya dilakukan seminim mungkin. Dalamproses disrupsi ini
enzim nuklease yang terlepas dari komponen selular dapat mencerna asamnukleat secara
efisien, sehingga kerja enzim nuklease harus dihambat. Disrupsi sel dan sebagianbesar
langkah selanjutnya sebaiknya dilakukan pada suhu 4
0
C, menggunakan alat yang terbuatdari gelas dan larutan yang telah di-autoclave (fungsi
autoclave adalah untuk menghancurkanaktivitas DNase pada alat atau larutan
tersebut).Setelah melepaskan asam nukleat dari sel, RNA dapat dihilangkan dengan
penambahanRNase yang telah diterapi panas untuk menginaktivasi DNase kontaminan
(RNase relatif stabilterhadap panas karena adanya ikatan disulfida yang akan menyebabkan
proses renaturasi ketikadidinginkan). Kontaminan mayor lainnya, yaitu protein, dihilangkan
dengan dengan larutan fenolatau campuran fenol-khloroform (keduanya akan mendenaturasi
protein tetapi tidak mendenaturasi asam nukleat). Setelah campuran tersebut dibuat menjadi
emulsi, dilakukanpemusingan. Setelah pemusingan akan terbentuk bagian organik di bagian
bawah dan bagianaqueous di bagian atas dipisahkan lapisan yang terdiri dari protein yang
terdenaturasi. Cairanaqueous diambil dan dideproteinisasi beberapa kali sampai tidak ada lagi
material yang terlihatpada lapisan tengah. Kemudian DNA yang sudah tidak mengandung
protein ini dicampur dengandua bagian etanol. DNA akan menjadi presipitat, terpisah dari
larutan sampel tersebut. Setelahdipusingkan, pelet DNA kemudian dilarutkan kembali.
4
Secara umum mekanisme isolasi total DNA seluler secara konvensional adalah
sebagaiberikut:1)
Penambahan
chelating agents
: EDTA/sitrat4)
Enzim Restriksi
`
Enzim restriksi atau disebut juga enzim endonuklease restriksi merupakan bagian darisistem
kekebalan bakteri untuk melindungi bakteri dari infeksi DNA asing. Enzim
endonukleaserestriksi biasanya diberi nama berdasarkan nama bakteri asal enzim tersebut
diisolasi. Saat initelah dikenal lebih dari
2
00 enzim restriksi dengan sekuens tempat pembelahan yang spesifik.
6
Perkembangan teknik pemotongan DNA berawal dari saat ditemukannya sistem restriksi
danmodifikasi DNA pada bakteri
E.
coli,
yang berkaitan dengan infeksi virus atau bakteriofaglambda (l). Virus l digunakan untuk
menginfeksi dua strain
E.
coli
, yakni strain K dan C.Jika l yang telah menginfeksi strain C diisolasi dari strain tersebut dan
kemudiandigunakan untuk mereinfeksi strain C, maka akan diperoleh l progeni (keturunan)
yang lebihkurang sama banyaknya dengan jumlah yang diperoleh dari infeksi pertama.
Dalam hal ini,dikatakan bahwa
efficiency of plating
(EOP) dari strain C ke strain C adalah 1. Namun, jika lyang diisolasi dari strain C digunakan
untuk menginfeksi strain K, maka nilai EOP-nya hanya10
-4
. Artinya, hanya ditemukan l progeni sebanyak 1/10.000 kali jumlah yang
diinfeksikan.Sementara itu, l yang diisolasi dari strain K mempunyai nilai EOP sebesar 1,
baik ketikadireinfeksikan pada strain K maupun pada strain C. Hal ini terjadi karena adanya
sistemrestriksi/modifikasi (r/m) pada strain K.Pada waktu bakteriofag l yang diisolasi dari
strain C diinfeksikan ke strain K, molekulDNAnya dirusak oleh enzim endonuklease restriksi
yang terdapat di dalam strain K. Di sisi lain,untuk mencegah agar enzim ini tidak merusak
DNAnya sendiri, strain K juga mempunyai sistemmodifikasi yang akan menyebabkan
metilasi beberapa basa pada sejumlah urutan tertentu yangmerupakan tempat-tempat
pengenalan
(recognition sites)
bagi enzim restriksi tersebut.DNA bakteriofag l yang mampu bertahan dari perusakan oleh
enzim restriksi pada siklusinfeksi pertama akan mengalami modifikasi dan memperoleh
kekebalan terhadap enzimrestrisksi tersebut. Namun, kekebalan ini tidak diwariskan dan
harus dibuat pada setiap akhir putaran replikasi DNA. Dengan demikian, bakteriofag l yang
diinfeksikan dari strain K ke strainC dan dikembalikan lagi ke strain K akan menjadi rentan
terhadap enzim restriksi.Metilasi hanya terjadi pada salah satu di antara kedua untai molekul
DNA. Berlangsungnyametilasi ini demikian cepatnya pada tiap akhir replikasi hingga
molekul DNA baru hasil replikasitidak akan sempat terpotong oleh enzim restriksi. Enzim
restriksi dari strain K telah diisolasi danbanyak dipelajari. Selanjutnya, enzim ini dimasukkan
ke dalam suatu kelompok enzim yangdinamakan
enzim restriksi tipe I
. Banyak enzim serupa yang ditemukan kemudian padaberbagai spesies bakteri lainnya.
Pada tahun 1970 T.J. Kelly menemukan enzim pertama yang kemudian dimasukkan kedalam
kelompok enzim restriksi lainnya, yaitu
enzim restriksi tipe II
. Ia mengisolasi enzimtersebut dari bakteri
H
aemophilus influenzae
strain Rd, dan sejak saat itu ditemukan lebih dari
7
475 enzim restriksi tipe II dari berbagai spesies dan strain bakteri. Semuanya sekarang
telahmenjadi salah satu komponen utama dalam tata kerja rekayasa genetika.Enzim restriksi
tipe II antara lain mempunyai sifat-sifat umum yang penting sebagaiberikut:1)
Mengenali urutan tertentu sepanjang empat hingga tujuh pasang basa di dalam molekulDNA.
2
)
Memotong kedua untai molekul DNA di tempat tertentu pada atau di dekat
tempatpengenalannya.
3
)
V
ektor
Vector adalah sebuah agen yang dapat membawa fragmen DNA ke dalam sel inang. Adadua
macam vector yaitu vector cloning yang digunakan untuk memproduksi fragmen DNA
danvector ekspresi yang digunakan untuk mengekspresikan gen tertentu dalam fragmen
DNA. Adabeberapa vector yang sering digunakan dalam teknik DNA rekombinan, antara lain
plasmid,phaga, cosmid, YAC, BAC, dan Ti-Plasmid.1.
PlasmidPlasmid merupakan DNA bakteri yang terpisah dari kromosom bakteri. Plasmid
dapatbereplikasi sendiri. Plasmid juga mengandung berbagai gen. Jenis, jumlah jenis, dan
jumlah tiapjenis (copy) plasmid bervariasi antar sel. Bahkan antar sel dalam satu spesies
bakteri. Ukuranplasmid berkisar antara beberapa kbp hingga mendekati 100kbp. Sebuah
vector plasmid jugaharus mengandung gen resistensi obat untuk amplifikasi selektif
10
Plasmid dapat dimodifikasi untuk mampu membawa potongan DNA lain ke dalam selbila
memiliki:a.
Penanda (
M
arker
) yang mudah diseleksi (misalnya gen ketahanan terhadap antibiotik)c.
Situs untuk mengklon (potongan DNA yang memiliki urutan basa nukleotida yangmenjadi
sasaran enzim restriksi tetapi tidak terletak di dalam daerah replikator ataupenanda
2
.
PhagaPhaga merupakan virus yang dapat menginfeksi bakteri, tersusun atas molekul DNA
yangmembawa beberapa gen dan kapsid (molekul protein yang membungkus). Keuntungan
utamadari vector phaga adalah efisiensi transformasi yang tinggi, sekitar 1000 kali lebih
efisien daripada vector plasmid.Terdapat dua jenis siklus hidup phaga yaitu:a.
Siklus litik yaitu siklus yang diakhiri degan pelepasan fage baru dari bakteri yangmenjadi sel
inang karena terjadi lisis .b.
Siklus lisogenik yaitu siklus dimana DNA fage tersisip di dalam kromosom bakteri
yangberfungsi sebagai sel inang.
10
Plasmid dapat dimodifikasi untuk mampu membawa potongan DNA lain ke dalam selbila
memiliki:a.
Penanda (
M
arker
) yang mudah diseleksi (misalnya gen ketahanan terhadap antibiotik)c.
Situs untuk mengklon (potongan DNA yang memiliki urutan basa nukleotida yangmenjadi
sasaran enzim restriksi tetapi tidak terletak di dalam daerah replikator ataupenanda
2
.
PhagaPhaga merupakan virus yang dapat menginfeksi bakteri, tersusun atas molekul DNA
yangmembawa beberapa gen dan kapsid (molekul protein yang membungkus). Keuntungan
utamadari vector phaga adalah efisiensi transformasi yang tinggi, sekitar 1000 kali lebih
efisien daripada vector plasmid.Terdapat dua jenis siklus hidup phaga yaitu:a.
Siklus litik yaitu siklus yang diakhiri degan pelepasan fage baru dari bakteri yangmenjadi sel
inang karena terjadi lisis .b.
Siklus lisogenik yaitu siklus dimana DNA fage tersisip di dalam kromosom bakteri
yangberfungsi sebagai sel inang.
Gambar
2
. Teknik menyisipkan DNA target dan transduksi DNA dengan menggunakan phaga
11
3
.
CosmidCosmid merupakan vector kombinasi antara vector plasmid dan situs COS
yangmemungkinkan DNA target untuk dimasukkan ke dalam kepala situs COS. Teknik ini
memilikikeuntungan yaitu efisiensi transformasi yang tinggi dan cosmid dapat membawa 45
kbpdibandingkan plasmid dan phaga yang dibatasi hingga
2
5 kbp.