Anda di halaman 1dari 20

KONSEP TERJADINYA SPESIASI ALOPATRIK

Oleh :
Nama : Widya Esti Purwaningtyas
NIM : B1J014108
Rombongan : VIII
Kelompok :1
Asisten : Andreanne Poppy Estania

LAPORAN PRAKTIKUM SISTEMATIKA HEWAN I

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI, DAN PENDIDIKAN TINGGI


UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2016
BAB I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Kekerabatan dalam sistematik organisme dapat diartikan sebagai pola


hubungan atau total kesamaan antara kelompok organisme berdasarkan sifat atau ciri
tertentu dari masing-masing kelompok organisme tersebut. Berdasarkan jenis data
yang digunakan untuk menentukan jauh dekatnya kekerabatan antara dua kelompok
organisme, maka kekerabatan dapat dibedakan atas kekerabatan fenetik dan
kekerabatan filogenetik (filetik). Kekerabatan fenetik didasarkan pada persamaan
sifat-sifat yang dimiliki masing-masing kelompok tumbuhan tanpa memperhatikan
sejarah keturunannya, sedangkan kekerabatan filogenetik didasarkan pada asumsi-
asumsi evolusi sebagai acuan utama (Clifford & Stephenson, 1975). Pengelompokan
taksa dalam satu klaster menggambarkan kedekatan kekerabatannya. Semakin tinggi
kemiripan urutan nukleotidanya, semakin tinggi similiritasnya menyebabkan
posisinya ada dalam percabangan pohon filogeni menjadi berdekatan (Sahara, 2015).
Spesiasi juga membentuk jembatan konseptual antara mikroevolusi,
perubahan dari waktu ke waktu dalam frekuensi alel dalam suatu populasi, dan
makroevolusi, pola luas evolusi di atas tingkat spesies. Contoh perubahan
makroevolusi adalah asal grup baru organisme, seperti mamalia atau tanaman
berbunga, melalui serangkaian peristiwa spesiasi (Reece et al., 2015).
Evolusi isolasi reproduksi antara populasi sejenis yang berbeda merupakan
persyaratan utama untuk proses spesiasi. Populasi allopatrik pada tahap awal
perbedaan, oleh karena itu, dapat memberikan kesempatan berharga untuk
mempelajari timbulnya hambatan reproduksi dan alasan subur untuk pengujian
hipotesis mengenai peran adaptasi lingkungan, seleksi seksual dan perbedaan genetik
acak dalam menghasilkan hambatan reproduksi antara populasi. Bahkan hambatan
reproduksi lengkap yang berevolusi selama allopatri mungkin memainkan peran
penting dalam kasus kontak sekunder dengan mencegah campuran populasi dan
semakin memperkuat isolasi seksual sampai spesiasi selesai (Jennings et al., 2011).
Meskipun spesies adalah istilah yang berguna dan umum dalam biologi,
penggunaannya bervariasi antara ahli biologi yang tertarik dalam berbagai aspek
spesiasi perbedaan dari garis keturunan biologis dan munculnya isolasi reproduktif
antara garis keturunan. Ahli biologi yang berbeda berpikir tentang spesies berbeda
karena mereka mengajukan pertanyaan yang berbeda, bagaimana kita dapat
mengenali dan mengidentifikasi spesies, Bagaimana spesies baru muncul, bagaimana
spesies yang berbeda tetap terpisah, mengapa tingkat spesiasi berbeda antara
kelompok organisme. Dalam menjawab pertanyaan ini, ahli biologi fokus pada
atribut yang berbeda dari spesies, yang mengarah ke beberapa cara berpikir yang
berbeda tentang apa spesies dan bagaimana mereka terbentuk (Hillis et al., 2012).
Praktikum kali ini menggunakan satu jenis ikan yaitu ikan baceman yang
berasal dari sungai yang berbeda, yang nantinya akan di analisis kekerabatannya dari
satu sama lain. Praktikum kali ini akan membandingkan antara ciri yang mirip
dengan semua ciri yang digunakan berupa nilai rata-rata kemiripan ciri, sekaligus
menunjukan tingkat hubungan kekerabatan antara taksa yang dibandingkan. Nilai
rata-rata kemiripan ciri, selanjutnya dapat digunakan untuk menggambar fenogram
mengguanakan perangkat lunak (software) dengan analisis data atau biasa disebut
MEGA 5.05.
B. Tujuan

Tujuan dari praktikum konsep terjadinya spesiasi alopatrik adalah:


1. Memahami konsep spesiasi.
2. Memahami konsep spesiasi pada ikan.
3. Menggunakan software aplikasi komputer yang mendukung penelitian
tentang konsep terjadinya spesiasi.
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA

Menurut Mallet (2001), spesies dalam konsepnya didefinisikan sebagai


spesies adalah kelompok perkembangbiakan alami suatu populasi yang terisolasi
secara reproduksinya dari kelompok lainnya. Spesies merupakan perkembangbiakan
komunitas sejenis yang setiap individu mempunyai total variasi genetik yang tidak
cocok dengan komunitas lain ketika bereproduksi. Konsep spesies berdasarkan
konsep perkembangbiakan yakni yang diungkapkan oleh Mayr mampu bertahan
hingga beberapa kurun waktu walaupun terjadi perbedaan dengan realitas spesies
yang ada di zaman ini maupun seterusnya. Konsep lainnya mengenai spesies
berdasarkan konsep isolasi mendefinisikan bahwa spesies merupakan kebanyakan
populasi yang termasuk individu dengan dua induk organisme tersebut dan
melakukan sistem perkawinan (reproduksi).
Spesiasi merupakan proses pembentukan spesies baru yang berbeda dari
spesies sebelumnya melalui proses perkembangbiakan secara natural dalam kerangka
evolusi. Spesiasi menjadi fokus biologi evolusioner. Spesiasi sangat terkait dengan
evolusi, keduanya merupakan proses perubahan yang berangsur-angsur, sedikit demi
sedikit, secara gradual, perlahan tetapi pasti terjadi. Spesiasi lebih ditekankan pada
perubahan yang terjadi pada populasi jenis tertentu. Kecepatan spesiasi maupun
kepunahan sebagian tergantung pada ukuran kisaran geografis dari suatu daerah.
Daerah yang luas cenderung meningkatkan kecepatan spesiasi dan menurunkan
kecepatan kepunahan. Jenis yang terdapat di daerah yang luas akan mengalami
spesiasi lebih cepat, sedangkan menurunnya luas area akan meningkatkan kepunahan
suatu jenis, jadi menurunkan jumlah jenis yang akan mengalami spesiasi (Widodo,
2007).
Spesiasi atau terbentuknya spesies baru dapat diakibatkan oleh adanya isolasi
geografi, isolasi reproduksi, dan perubahan genetika (Campbell et al., 2008). Adapun
proses spesiasi ini dapat berlangsung secara cepat atau lama hingga berjuta-juta
tahun. Hal terebut didukung pula oleh Sahara (2015), yang menyatakan bahwa isolasi
geografi merupakan salah satu penyebab awal suatu spesiasi, yang merupakan contoh
dari keragaman genetik. Spesiasi pada organisme disebabkan karena faktor ekologi
dan biografi diikuti oleh isolasi reproduksi. Perbedaan genetik mungkin terdapat
antar individu dalam populasi, antar populasi di dalam daerah yang sama atau daerah
geografi yang berbeda.
Faktor-faktor yang mendorong terjadinya spesiasi menurut Campbell et al.,
(2008) yaitu :
a. Isolasi geografis
Isolasi geografis merupakan bentuk pembatasan alam yang berupa pemisahan
populasi oleh kondisi alam. Hal ini dapat terjadi jika populasi makhluk hidup yang
sama bermigrasi dari lingkungan lama menuju lingkungan baru yang terpisah dengan
lingkungan awal dan menetap membentuk populasi tersendiri. Jika sistem populasi
yang mula-mula kontinyu dipisahkan oleh kondisi geografis sehingga terbentuk
hambatan bagi penyebaran spesiesnya, maka sistem populasi yang demikian tidak
akan lagi bertukar susunan gen, dan evolusinya berlangsung secara sendiri-sendiri.
Seiring dengan berjalannya waktu, kedua populasi tadi akan semakin berbeda sebab
masing-masing menjalani evolusi dengan caranya sendiri.
b. Isolasi reproduksi
Isolasi reproduksi merupakan salah satu penghambat untuk terjadinya
perkawinan silang. Jika individu-individu dalam suatu populasi berkumpul dalam
satu tempat, maka mungkin terjadi kompetisi untuk mendapatkan makanan, tempat
maupun pasangan. Kompetisi ini memungkinkan individu yang kalah akan
beradaptasi dengan mengembangkan hanya sebagai faktor geografis (isolasi dengan
pemisahan fisis) yang sebenarnya populasi itu masih memilki potensi untuk
melakukan interbreeding dan mereka sebenarnya masih dapat dikatakan dalam satu
spesies. Selanjutnya kedua populasi tersebut begitu berbeda secara genetis sehingga
gene flow yang efektif tidak akan berlangsung lagi seandainya bercampur lagi. Jika
titik pemisahan itu telah tercapai, maka kedua populasi itu telah menjadi dua spesies
yang terpisah.
Menurut Dharmayanti (2011), spesiasi pada tingkat populasi terdiri dari
beberapa model yaitu sebagai berikut:
a. Spesiasi Alopatrik
Spesiasi alopatrik merupakan pembentukan spesies baru yang terjadi melalui
pemisahan populasi-populasi yang diturunkan dari nenek moyang bersama dalam
geografis yang berbeda. Spesiasi alopatrik banyak dibuktikan melalui studi variasi
geografi. Spesies yang beranekaragam secara geografis dari seluruh karakter dapat
menghalangi pertukaran gen antara spesies simpatrik. Populasi yang terpisah secara
geografis dapat terisolasi oleh kemandulan atau perbedaan perilaku dibandingkan
dengan populasi yang berdekatan. Populasi yang terisolasi mungkin tidak dapat
melakukan interbreeding jika mereka bertemu, karena bentuknya sangat
menyimpang dan kemudian masuk ke dalam simpatrik tetapi tidak
terjadi interbreeding. Spesiasi alopatrik merupakan mekanisme isolasi yang terjadi
secara gradual.
b. Spesiasi parapatrik (semi geografik)
Spesiasi parapatrik merupakan spesiasi yang terjadi karena adanya
variasi frekuensi kawin dalam suatu populasi yang menempati wilayah yang sama.
Spesies induk tinggal di habitat yang kontinyu tanpa ada isolasi geografi. Spesies
baru terbentuk dari populasi yang berdekatan. Suatu populasi yang berada di dalam
wilayah tertentu harus berusaha untuk beradaptasi dengan baik untuk menjamin
kelangsungan hidupnya, dan usaha itu dimulai dengan memperluas daerah ke daerah
lain yang masih berdekatan dengan daerah asalnya. Apabila di area yang baru ini
terjadi seleksi, maka perubahan gen akan terakumulasi dan dua populasi akan
berubah menjadi teradaptasikan dengan lingkungan barunya. Jika kemudian mereka
berubah menjadi spesies lain (spesies yang berbeda), maka perbatasan ini akan
diakui sebagai zona hibrid. Dua populasi tersebut akan terpisah, namun secara
geografis letaknya berdekatan sepanjang gradien lingkungan. Spesiasi parapatrik
tidak memiliki barrier ekstrinsik yang spesifik untuk gene flow. Populasi berlanjut,
tetapi populasi tidak kawin secara acak. Individu lebih mudah kawin dengan
tetangganya secara geografis daripada individu dalam cakupan populasi yang
berbeda. Individu lebih mungkin untuk kawin dengan tetangganya daripada dengan
individu yang ada dalam cakupan. Penyimpangan bisa terjadi karena arus gen
dikurangi di dalam populasi dan bermacam-macam tekanan pemilihan ke seberang
cakupan populasi.
c. Spesiasi Simpatrik
Spesiasi simpatrik adalah pembentukan spesies baru yang terjadi karena
tinggal pada daerah yang sama. Menurut Campbell et al., (2004), dalam spesiasi
simpatrik, spesies baru muncul di dalam lingkungan hidup populasi tetua. Model
spesiasi simpatrik meliputi spesiasi gradual dan spontan. Sebagian besar model
spesiasi simpatrik masih dalam kontroversi, kecuali pada model spesiasi spontan dan
spesiasi poliploidi yang terjadi pada tumbuhan.
MEGA 5.05 (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) merupakan software
yang digunakan untuk menganalisi komparatif statistik dengan berbasis data sekuens
molekul berdasarkan prinsip evolusi. MEGA digunakan oleh para ahli biologi di
sejumlah besar laboratorium untuk merekonstruksi sejarah evolusi spesies dan
menyimpulkan tingkat dan sifat selektif yang membentuk evolusi gen dan spesies.
MEGA digunakan dalam banyak ruang kelas sebagai alat untuk mengajarkan metode
yang digunakan dalam bioinformatika evolusi, salah satu fitur kunci MEGA adalah
antar muka pengguna grafis yang memfasilitasi visualisasi rinci dan eksplorasi
interaktif urutan data, pohon filogenetik dan hasil analisis. Waktu kebutuhan
pengguna MEGA telah berkembang karena meningkatnya ketersedian multi-gen dan
genom-skala data yang mengharuskan berulang (Kumar et al., 2012).
Terdapat lima jenis tes yang ada pada menu phylogeny di software MEGA.
Jenis test itu diantaranya Construct / Test Maximum Likelihood Tree, Construct / Test
Neighbor-Joining Tree, Construct / Test Maximum-Evolution Tree, Construct / Test
UPGMA Tree, Construct / Test Maximum Parsimony Tree. Menurut Tamura et al.,
(2011), masing-masing tes memiliki perbedaan penganalisisan data. Hal tersebut
dapat diperinci sebagai berikut:
1. Unweighted Pair-Group Method with Arithmethic mean (UPGMA)
Mengasumsikan kesamaan laju evolusi antar sequence/OTU sehingga metode
ini mengestimasi nilai rerata (menyamaratakan) nilai distance untuk menggabungkan
pasangan OTU dan perhitungan branch length. Construct/ test UPGMA tree biasanya
untuk melihat jauh dekatnya kekerabatan namun tidak menggunakan pembobotan
semua dianggap sama.
2. Neighbor Joining (NJ)
Menggunakan logika bahwa pohon terbaik adalah pohon yang meminimalisir
nilai tree length yang merupakan penjumlahan dari total branch length. Kondisi ini
dicapai dengan konstruksi kombinasi pasangan OTU yang memberikan nilai branch
length terkecil (neighbor) diantara seluruh kombinasi yang ada. Construct/ test
neighbor-joining tree biasanya melihat jauh dekatnya hubungan kekerabatan dan
apabila terdapat karakter yang berbeda walaupun sedikit tetap diberi pembobotan.
Neighbor-joining tree dengan UPGMA tree hampir sama perbedannya hanya pada
ada tidaknya pembobotan
3. Minimum Evolution (ME)
Memiliki logika yang sama dengan metode NJ. Perbedaannya terletak pada
metode ME menggunakan optimality search criterion sehingga proses penentuan tree
length terkecil dilakukan dengan mengevaluasi seluruh kandidat pohon yang
mungkin dibuat untuk sejumlah OTU. Dengan demikian, maka metode NJ dapat
dipandang sebagai pendekatan heuristik (cepat namun tidak menjamin) untuk
mendapatkan pohon ME. construct/ test minimum-Evolution tree biasanya untuk
melihat hasil evolusi namun tidak secara keseluruhan.
4. Maximum Parsimony (MP)
Metode ini memiliki kesamaan konsep dengan metode ME. Namun demikian
penentuan pohon dengan tree length terkecil tidak dilakukan berdasarkan matriks
distance seperti pada ME. Perhitungan branch length dan tree length pada metode
MP didapatkan dari jumlah substitusi minimum antar character state setiap situs
pada sequence alignment. Contruct/ test Maximum parsimony biasanya untuk
melihat data mikroevolusi dan makroevolusi hingga terbentuk spesies baru.
5. Maximum Likelihood (ML)
Metode ini menggunakan perhitungan probabilitas kombinasi seluruh
character state ancestral yang dapat memberikan bentukan character state seperti
pada sequence alignment yang dimiliki saat ini untuk seluruh situs pada setiap OTU.
Metode MP dalam hal ini dapat dipandang sebagai pendekatan heuristik terhadap
metode ML karena hanya menggunakan kombinasi character state yang memberikan
jumlah substitusi minimum untuk menghasilkan character state sequence yang ada
pada saat ini. Construct/ test maximum likelihood tree biasanya untuk melihat
masing-masing pasangan spesies dilihat dari basa-basa yang sekarang. Maximum
likelihood tree hampir sama dengan maximum parsimony tree yaitu untuk melihat
evolusi.
BAB III. MATERI DAN METODE

A. Materi

Alat-alat yang digunakan dalam praktikum konsep terjadinya spesiasi


allopatrik meliputi bak preparat, pinset, jangka sorong, sterofoam, kertas milimeter
blok, jarum pentul dan kamera.
Bahan yang digunakan dalam praktikum konsep terjadinya spesiasi allopatrik
adalah beberapa spesimen hewan ikan baceman (Hemibagrus nemurus) dari Sungai
Serayu, Sungai Klawing dan Sungai Banjaran.

B. Metode

Metode yang dilakukan dalam praktikum antara lain:


1. Preparat diletakkan di atas kertas millimeter blok yang telah dialasi dengan
sterofoam.
2. Preparat diukur morfologi tubuhnya berdasarkan titik-titik patokan dan hasilnya
dicatat.
3. Preparat dihitung jumlah perbedaan pada morfologi dibandingkan dengan
preparat lain.
4. Dibuat pohon filogenetik dari jumlah perbedaan morfologi preparat yang sudah
dihitung sebelumnya.
5. Hubungan kekerabatan antar preparat dianalisis lebih lanjut menggunakan
software MEGA 5.05.
BAB IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Tabel 1. Truss Morphometrics Kelompok 1


Panjang Konversi
Bidang Jarak ukuran ikan 0-1 ikan
No Kode Deskripsi jarak
truss titik baceman baceman
A1 B1 A1 B1
1 PT Panjag Total (PT) 265 235 T A
2 PS Panjang Stadar (PS) 223 215 T A
3 Lebar Badan 43,35 37,5 T A
Panjang Moncong / PK
4 0,18 0,19 A T
(Panjang Kepala)
5 Bagian 1-3 A3 Panjang Kepala / PS 0,25 0,27 A T
6 kepala 1-0 A2 Panjang Rahang /PK 96 85,18 T A
7 Tinggi Kepala / PK 133,2 115,18 T A
8 Lebar Kepala / PK 189,6 145,37 C T
Panjang garis badan truss 1 /
9 4-6 C1 0,27 0,25 T A
PS
10 4-5 B4 Tinggi badan truss / PS 0,25 0,21 C T
Jarak antara pangkal belakang
11 3-5 B3 kepala dengan pagkal depan 0,14 0,10 C T
Bagian
sirip dorsal / PS
depan
badan Jarak diagonal pangkal depan
12 5-6 C5 sirip dorsal dengan pangkal 0,28 0,26 T A
depan sirip abdominal/ PS
Jarak diagonal pangkal depan
13 7-4 C6 sirip dorsal dengan pangkal 0,34 0,25 G C
depan sirip pectoral / PS
14 6-8 D1 Panjang sirip abdominal / PS 0,04 0,03 T A
15 6-7 C4 Tinggi badan truss 2 / PS 0,21 0,02 G C
16 5-7 C3 Panjang sirip dorsal / PS 0,17 0,11 C T
Jarak diagonal pangkal
belakang sirip dorsal dengan
17 7-8 D5 0,18 0,17 T A
pangkal belakang sirip
abdominal/ PS
Bagian Jarak diagonal pangkal depan
18 tengah 9-6 D6 sirip adiposa dengan pangkal 0,23 0,24 A T
badan depan sirip abdominal/ PS
Jarak antara pangkal belakang 0,12 0,13 A T
19 8-10 E1 sirip abdominal dengan
pangkal depan sirip anal / PS
20 9-8 D4 Tinggi badan truss 3 / PS 0,18 0,21 A T
Jarak antara pangkal depan
21 7-9 D3 sirip adiposa dengan pangkal 0,13 0,32 C G
belakang sirip dorsal / PS
Jarak diagonal pangkal depan
22 9-10 E5 sirip adiposa dengan pangkal 0,16 0,13 T A
Bagian
depan sirip anal / PS
tengah
Jarak diagonal pangkal
badan
belakang sirip adiposa dengan
23 11-8 E6 0,18 0,22 T C
pangkal depan sirip
abdominal / PS
24 12-10 F1 Pangkal sirip anal / PS 0,09 0,09 A A
25 11-10 E4 Tinggi badan truss 4 / PS 0,18 0,13 T C
26 11-9 E3 Panjang sirip adiposa / PS 0,15 0,02 G C
Bagian Jarak diagonal pangkal
belakang belakang sirip adiposa dengan
27 11-12 F5 0,12 0,08 C T
badan pangkal belakang sirip anal /
PS
Jarak diagonal pelipatan ekor
28 13-10 F6 bagian ventral dengan 0,21 0,17 C T
pangkal sirip anal / PS
Jarak antara pangkal belakang
29 12-14 G1 sirip anal dengan pelipatan 0,17 0,06 G C
ekor bagian ventral / PS
Jarak antara pelipatan ekor
bagian ventral dengan 0,14 0,07 G C
30 13-14 G3
pelipatan ekor bagian dorsal /
PS
Bagian Jarak antara pelipata ekor
0,12 0,07 C T
31 pangkal 11-13 F3 bagian dorsal dengan pangkal
ekor belakang sirip adiposa / PS
Jarak diagonal pangkal
belakang sirip adiposa dengan
32 11-14 G5 0,18 0,11 G C
pelipatan ekor bagian ventral /
PSJ
Jarak diagonal pelipatan ekor
32 13-12 F4 bagian dorsal dengan pangkal 0,20 0,09 G C
belakang sirip anal / PS
Tabel 2. Truss Morphometrics Kelompok 2
Panjang Konversi
Bidang Jarak ukuran ikan 0-1 ikan
No Kode Deskripsi jarak
truss titik baceman baceman
A2 B2 A2 B2
1 PT Panjag Total (PT) 350 239 T C
2 PS Panjang Stadar (PS) 276 201 C C
3 Lebar Badan 51,1 30,25 C A
Panjang Moncong / PK
4 0,13 0,13 C A
(Panjang Kepala)
5 Bagian 1-3 A3 Panjang Kepala / PS 0,25 0,26 G A
6 kepala 1-0 A2 Panjang Rahang /PK 0,43 0,51 G G
7 Tinggi Kepala / PK 0,33 0,50 G G
8 Lebar Kepala / PK 0,64 0,58 C T
Panjang garis badan truss 1 /
9 4-6 C1 0,27 0,27 T A
PS
10 4-5 B4 Tinggi badan truss / PS 0,26 0,26 G A
Jarak antara pangkal belakang
11 3-5 B3 kepala dengan pagkal depan 0,16 0,15 T A
Bagian
sirip dorsal / PS
depan
badan Jarak diagonal pangkal depan
12 5-6 C5 sirip dorsal dengan pangkal 0,25 0,23 C A
depan sirip abdominal/ PS
Jarak diagonal pangkal depan
13 7-4 C6 sirip dorsal dengan pangkal 0,35 0,30 C T
depan sirip pectoral / PS
14 6-8 D1 Panjang sirip abdominal / PS 0,01 0,03 C T
15 6-7 C4 Tinggi badan truss 2 / PS 0,19 0,18 T A
16 5-7 C3 Panjang sirip dorsal / PS 0,14 0,04 T C
Jarak diagonal pangkal
belakang sirip dorsal dengan
17 7-8 D5 0,19 0,18 T A
pangkal belakang sirip
abdominal/ PS
Jarak diagonal pangkal depan
18 9-6 D6 sirip adiposa dengan pangkal 0,23 0,26 A T
Bagian depan sirip abdominal/ PS
tengah Jarak antara pangkal belakang 0,15 0,15 G A
19 badan 8-10 E1 sirip abdominal dengan
pangkal depan sirip anal / PS
20 9-8 D4 Tinggi badan truss 3 / PS 0,22 0,23 T T
Jarak antara pangkal depan
7-9 D3 sirip adiposa dengan pangkal 0,15 0,27 T G
21 belakang sirip dorsal / PS

Jarak diagonal pangkal depan


22 9-10 E5 sirip adiposa dengan pangkal 0,18 0,16 C A
depan sirip anal / PS
Bagian Jarak diagonal pangkal
tengah belakang sirip adiposa dengan
23 11-8 E6 0,28 0,24 G T
badan pangkal depan sirip
abdominal / PS
24 12-10 F1 Pangkal sirip anal / PS 0,11 0,07 A T
25 11-10 E4 Tinggi badan truss 4 / PS 0,16 0,14 T A
26 11-9 E3 Panjang sirip adiposa / PS 0,11 0,03 T C
Bagian Jarak diagonal pangkal
belakang belakang sirip adiposa dengan
27 11-12 F5 0,10 0,09 A A
badan pangkal belakang sirip anal /
PS
Jarak diagonal pelipatan ekor
28 13-10 F6 bagian ventral dengan 0,28 0,25 G A
pangkal sirip anal / PS
Jarak antara pangkal belakang
29 12-14 G1 sirip anal dengan pelipatan 0,14 0,14 T A
ekor bagian ventral / PS
Jarak antara pelipatan ekor
bagian ventral dengan 0,13 0,11 T A
30 13-14 G3
pelipatan ekor bagian dorsal /
PS
Bagian Jarak antara pelipata ekor
0,15 0,16 C T
31 pangkal 11-13 F3 bagian dorsal dengan pangkal
ekor belakang sirip adiposa / PS
Jarak diagonal pangkal
belakang sirip adiposa dengan
32 11-14 G5 0,19 0,19 C A
pelipatan ekor bagian ventral
/ PSJ
Jarak diagonal pelipatan ekor
32 13-12 F4 bagian dorsal dengan pangkal 0,17 0,18 A T
belakang sirip anal / PS
Tabel 3. Matriks Konsep Spesiasi Alopatrik
No. A1B1 A1B2 A2B1 A2B2 A1A2 B1B2
31 - + + - - -
2 - - - - - -
3 - + - - + +
4 - + - + + -
5 - + + - - -
6 - - - - - -
7 - - - - - -
8 - - - - - +
9 - - + + - +
10 - - - + - -
11 - - + - - -
12 - - - - + -
13 - - + - - -
14 - + + - - -
15 - - - - - -
16 - + - - - -
17 - - - - + +
18 - - - - + +
19 - + - + + -
20 - - - - + +
21 - - - - + -
22 - - - - + +
23 - + + - - -
24 + - - - - -
25 - - - - - -
26 - - - - + +
27 - - + - - -
28 - - + - - -
29 - - - + - -
30 - - - - - -
31 - - - - - +
32 - - - + - -
33 - - - - - -
1 6 8 6 10 10
Jml = 0,03 = 0,18 = 0,24 = 0,18 = 0,30 = 0,30
33 33 33 33 33 33
Tabel 4. Matriks Konsep Spesiasi Alopatrik
A1 A2 B1 B2

A1 . - - -

A2 0,30 .. - -

B1 0,03 0,24 .. -

B2 0,18 0,18 0,30

Gambar 1. Fenogram Spesiasi Alopatrik Secara Manual

A1
0,3

A2
B1
0,3

B2

Gambar 2. Fenogram Spesiasi Alopatrik Hasil MEGA 5.05 (UPGMA)

A1
A2
B1
B2

Gambar 3. Spesiasi Alopatrik Hasil MEGA 5.05 (Maximum Parsimony)

A1
A2
B1
B2

Keterangan :
A = Ikan Baceman Asal Sungai Serayu
B = Ikan Baceman Asal Sungai Banjaran
B. Pembahasan

Praktikum kali ini digunakan spesimen Ikan Baceman (Hemibagrus nemurus)


yang berasal dari Sungai Serayu (A), Sungai Banjaran (B), dan Sungai Klawing (C).
Kelompok 1 dan 2 mendapatkan ikan yang berasal dari Sungai Serayu (A) dan
Sungai Banjaran (B). Ikan Baceman tersebut diukur menggunakan metode truss
morphometrics. Ikan Baceman ditempatkan diatas millimeter blok, kemudian
ditentukan titik-titik morfometrinya. Terdapat 14 titik, diantaranya (0) titik rahang
paling posterior, (1) titik anterior moncong, (2) titik operculum bagian ventral, (3)
titik operculum bagian dorsal, (4) titik permulaan sirip pectoral, (5) titik permulaan
sirip dorsal, (6) titik pangkal depan sirip abdominal, (7) titik akhir sirip dorsal, (8)
titik akhir sirip abdominal, (9) titik permulaan sirip adiposa, (10) titik permulaan
sirip anal, (11) titik akhir sirip adiposa, (12) titik akhir sirip anal, (13) titik akhir sirip
caudal dorsal, (14) titik akhir sirip caudal ventral. Titik-titik tersebut saling
dihubungkan dan akan menghasilkan 33 panjang ukuran. Dikarenakan keterbatasan
waktu maka pengukuran dilakukan oleh asisten dan telah disediakan tabel
pengukuran morfometri.
Tabel pengukuran morfometri kemudian di analisa perbandingan Ikan
Beceman dari Sungai Serayu dan Sungai Banjaran. Hasil pengukuran morfometri,
selanjunya dikonversikan ke dalam bentuk basa-basa nitrogen (A, T, G, C). Apabila
perbandingan bernilai bilangan bulat 1-30 maka dikonversikan ke dalam basa A
(untuk nilai yang lebih kecil) dan T (untuk nilai yang lebih besar), perbandingan
bernilai 31-60, maka dikonversikan kedalam basa T (untuk nilai yang lebih kecil)
dan C (untuk nilai yang lebih besar). Begitu juga apabila hasil >60, maka akan
dikonversikan ke dalam basa C (untuk nilai yang lebih kecil) dan G (untuk nilai
yang lebih besar). Pengukuran dengan melibatkan nilai desimal, maka yang bernilai
0 dikonversikan kedalam basa A. Apabila selisih nilai desimalnya 1-3, maka
dikonversikan kedalam basa A (untuk nilai yang lebih kecil) dan T (untuk nilai yang
lebih besar), selisih nilai desimalnya 4-6, maka dikonversikan kedalam basa T (untuk
nilai yang lebih kecil) dan C (untuk nilai yang lebih besar). Sedangkan untuk selisih
nilai desimal mencapai >7, maka dikonversikan kedalam basa C (untuk nilai yang
lebih kecil) dan G (untuk nilai yang lebih besar).
Nilai yang telah dikonversikan menjadi rangkaian basa nitrogen kemudian
saling dibandingkan A1, A2, B1 dan B2 yang merupakan kode Ikan Baceman dari
Sungai Surayu dan Ikan Baceman dari Sungai Banjaran. Hasil perbandingan yang
antara A1B1, A1B2, A2B1, A2B2, A1A2, dan B1B2 yang memiliki basa nitrogen
yang sama diberi tanda positif (+) pada tabel matriks konsep spesiasi alopatrik,
sedangkan basa nitrogen yang saling berbeda diberi tanda negatif (-). Jumlah tanda
(+) yang melambangkan persamaan kemudian dihitung berkolom tabel dan dibagi
dengan jumlah titik yang ada. Kemudian hasil dari perhitungan tersebut dimasukkan
pada matriks konsep spesiasi alopatrik untuk selanjutnya dibuat fenogram.
Pembuatan fenogran berpedoman pada nilai matriks konsep spesiasi
alopatrik. Nilai yang lebih besar menandakan hubungan kekerabatan yang lebih
dekat. Berdasarkan hasil perhitungan kelompok 1 dan 2 rombongan VIII, nilai
terbesar adalah nilai antara A1 dengan A2 dan B1 dengan B2 yaitu sebesar 0,3.
Sehingga kekerabatan antara A1 dan A2 lebih dekat daripada antara A1 dengan B1
ataupun sebaliknya. Maka percabangan dalam fenogram pun dibuat lebih dekat.
Kemudian dilihat nilai yang terbesar kedua pada matriks yaitu antara A2 dengan B1
sebesar 0,24, nilai ini digunakan untuk menentukan percabangan berikutnya. Dengan
begitu maka dapat menentukan fenogramnya.
Tahapan-tahapan penggunaan software MEGA 5.05 pada praktikum ini yaitu sebagai
berikut.
1. Urutan basa hasil pengamatan disalin di Microsoft Word dengan format yang
sudah ditentukan.
2. Buka software MEGA 5.05 dan pilih Align, kemudian Edit built alignment dan
Create a new alignment.
3. Pada jendela baru akan terdapat beberapa pilihan, karena data yang dimiliki
adalah rangkaian basa nitrogen maka pilih DNA, kemudian pilih edit dan Insert
blank sequences.
4. Maka akan muncul kotak berwarna biru dan urutan basa nitrogen yang telah
disalin pada Microsoft word kemudian di salin kembali pada kotak tersebut,
kemudian ganti nama sequence.
5. Simpan data dengan cara pilih menu data, export alignment, dan pilih export
kemudian MEGA format, save.
6. Buka software MEGA 5.05, klik data lalu pilih open a file, pilih file yang tadi
disimpan, kemudian pilih open.
7. Untuk melihat pohon filogeni berdasarkan data yang dimiliki maka pilih menu
Phylogeny. Terdapat 5 tipe pohon filogeni yang dapat digunakan sesuai dengan
kebutuhan.
8. itu test of phylogeny diganti dengan Bootstrap method. Dan No of Bootstrap
replication diganti dengan 1000. Lalu pilih compute.
9. Selanjutnya akan muncul fenogram baru dan klik image dan pilih copy to
clipboard lalu kembali ke Ms. Word lalu klik paste.
Berdasarkan hasil menggunakan software MEGA 5.05, A1 dengan A2 dan
B1 dengan B2 memiliki kekerabtan yang lebih dekat. Hal ini juga sesuai dengan
dengan hasil pada pembuatan fenogram secara manual. A1 lebih dekat hubungan
kekerabatanya dengan A2 dengan nilai koefisien asosiasi 88 dan 96.
BAB V. KESIMPULAN DAN SARAN

A. Kesimpulan

Berdasarkan hasil dan pembahasan, dapat disimpulkan bahwa:


1. Konsep spesiasi adalah pemisahan suatu organisme karena faktor eksternal
(geografi) ataupun internal (genetik dan reproduksi) sehingga terbentuk spesies
baru.
2. Konsep spesiasi pada ikan adalah dengan menggunakan Truss Morfometrics
untuk bahan pembanding antar ikan.
3. Software MEGA 5.05 dapat digunakan untuk menentukan fenogram hubungan
kekerabatan dengan data hasil Truss Morfometrics yang dikonversikan.

B. Saran

Saran untuk praktikum kali ini adalah membutuhkan keahlian teknik truss
morfometric yang benar karena data yang kita gunakan dapat mempengaruhi hasil
pada saat memasukkan data ke MEGA.
DAFTAR REFERENSI

Campbell, A. N. 2004. Biologi Edisi Kelima Jilid Kedua. Jakarta: Erlangga.


Campbell, N. A., Reece, J. B., Urry, L. A., Cain, M. L., Wasserman, S. A.,
Minorsky, P. V. dan Jackson, R. B. 2008. Biologi Jilid 2. 8th Edition. San
Fransisco: Pearson Education Inc.

Clifford dan Stephenson. 1975. An Introduction to Numerical Classification. New


York: Academic Press.
Dharmayanti, I. 2011. Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi Organisme
Berdasarkan Sejarah Evolusi. WARTAZOA. 22(1): 25-31.
Hillis D.M., Heller H.C., Sadava D., dan Price M.V. 2012. Principles od Life.
Sunderland: Sinauer Associates.

Jennings J.H., Mazzi D., Ritchie M.G., dan Hoikkala A. 2011. Sexual And
Postmating Reproductive Isolation Between Alopatrik Drosophila Montana
Populations Suggest Speciation Potential. BMC Evol. Biol., 11(68): 1-10.

Kumar, S., Stecher, G., Peterson, D.,Tamura, K. 2012. MEGA-CC: Computing Core
of Molecular Evolutionary Genetics Analysis Program for Automated and
Iterative Data Analysis. Bioinformatics Application Note. 28 (20) : 2685
2686.
Mallet, J. 2001. Species, Concept of. Encyclopedia of Biodiversity. London:
Academic Press.

Reece J.B., Urry L.A., Cain M.L., Wasserman S.A., Minorsky P.V., dan Jackson
R.B. 2015. Campbell Biology : Tenth Edition. San Francisco: Pearson
Education.

Sahara, A., Prastowo, J., Wirdayanti, R., Kurniasih, Nurcahyo, W. 2015.


Kekerabatan Genetik Caplak Rhiphicephalus (Boophilus) microplus Asal
IndonesiaBerdasarkan Sekuen Internal Transcribed Spacer-2. Jurnal
Veteriner 16(3): 310-319.

Tamura., K, Peterson., D, Peterson., N, Stecher., G, Nei., M dan Kumar., S. 2011.


MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum
Likelihood, Evolutionary Distance and Maximum Parsimony Methods.
Journal of Molecular Biology and Evolution, 28(10): 27312739.

Widodo Pudji. 2007. Spesiasi pada Jambu-Jambuan (Myrtaceae): Model Cepat dan
Lambat. Biodiversitas. 8(1): 79-82.