from Bio import SeqIO

from Bio.Seq import Seq

from Bio import Entrez
def LireAfficher(chemin):
print("------------------------------ Lecture & Affichage
-----------------------------")
# Lecture du fichier GenBank
record = SeqIO.read(chemin, "genbank")

#Afficher le contenu selon les options choisies par l'utilisateur

choix = 0
while choix!= 6 :
print("Que voulez-vous afficher?")
print("1 : Le nom")
print("2 : La squence")
print("3 : La description")
print("4 : Le type de la molcule")
print("5 : Les mots-cls")
print("6 : Quitter l'affichage")
choix = int(input("Entrez votre choix : "))
if choix == 1 :
print(record.name)
elif choix == 2 :
print(record.seq)
elif choix == 3 :
print(record.description)
elif choix == 4 :
print(record.annotations['molecule_type'])
elif choix == 5 :
print(record.annotations['keywords'])
elif choix != 6:
print("Erreur de choix")

print("----------------------------------------------------------------------------
----")

def Modifier(chemin):
print("--------------------------------- Modification
---------------------------------")
# Lecture du fichier GenBank
record = SeqIO.read(chemin, "genbank")

#Demander l'utilisateur quelle information il veut modifier

choix = 0
while choix!= 6 :
print("Que voulez-vous modifier?")
print("1 : Le nom")
print("2 : La squence")
print("3 : La description")
print("4 : Le type de la molcule")
print("5 : Ajouter un mot-cl")
print("6 : Quitter la modification")
choix = int(input("Entrez votre choix : "))
if choix == 1 :
record.name = input("Entrez le nouveau nom : ")
elif choix == 2 :
 sequence = input("Entrez la nouvelle squence : ")
record.seq = Seq(sequence, record.seq.alphabet)
elif choix == 3 :
record.description = input("Entrez la nouvelle description : ")
elif choix == 4 :
new_type = input("Entrez le nouveau type de la molcule : ")
record.annotations['molecule_type'] = new_type
elif choix == 5 :
keyword = input("Entrez le mot-cl ajouter : ")
record.annotations['keywords'].append(keyword)
elif choix != 6:
print("Erreur de choix")
SeqIO.write(record, chemin, "genbank")

print("----------------------------------------------------------------------------
----")

def ConsulterNet():
print("------------------- Faire une requte sur NCBI -------------------")
Entrez.email = "boutemine.nina@gmail.com"
print ("1 :recherche simple ")
print ("2 :recherche avance ")
print ("3 :Quitter le site ")
choix=input("Entrez votre choix: ")
if choix=="1":
g=input("entrez le nom du gne: ")
search= Entrez.esearch(db="nucleotide",term=g,rettype="gb")
search_results = Entrez.read(search)

elif choix== "2":

G=input("Entrez le nom de gne: ")
O=input("Entrez l'espce de cette organisme ")
search_handle = Entrez.esearch(db="nucleotide", term=G+"[GENE] AND "+
O+"[ORGN]" ,rettype="gb")
search_results = Entrez.read(search_handle)
elif choix != "3":
print("Erreur de choix")
data=fetch_handle.read()
for idt in data['Idlist']:
handle=Entrez.efetch(db="nucleotide",rettype="gb",retmode="text",id=idt)
seq_record=seqIO.read(handle,"gb")
print(record.id +"-"+ record.annotations['source'])
seqIO.write(record,"D:\\"+record.name+".gb")

print("-----------------------------Merci---------------------------------")
def programme():
choix = ''
while choix != '4' :
print("Bonjour! que voulez-vous faire?")
print("1: Lire et afficher le contenu d'un fichier Genbank")
print("2: Modifier le contenu d'un fichier GenBank existant")
print("3: Faire une requte sur le site NCBI ")
print("4: Quitter le programme")
choix = input("Entrez votre choix : ")
if choix == '1' :
chemin = input("Entrez le chemin du fichier lire : ")
LireAfficher(chemin)
elif choix == '2' :
chemin = input("Entrez le chemin du fichier modifier : ")
 Modifier(chemin)
elif choix =="3":
ConsulterNet()
elif choix !='4' :
print("Erreur de choix")

if __name__ == '__main__':
programme()
m so afraid jat