Anda di halaman 1dari 4

pengantar

Lingkup dan Tujuan


Uji genetik klinis, termasuk analisis kromosom, adalah Praktik standar untuk
pasien dengan diagnosa termasuk Keterlambatan perkembangan yang tidak dapat
dijelaskan / kecacatan intelektual (DD / ID), gangguan spektrum autisme
(ASD), dan multiple Anomali kongenital (MCA). Kategori gangguan ini
Menghitung proporsi pengujian sitogenetik terbesar Karena tingginya
prevalensi penduduk. Itu Kejadian DD / ID pada populasi umum mendekati 3%, 1
dan ASD mempengaruhi ~ 1: 150 individu.2,3 Sebagian besar pasien
Kurang cukup riwayat atau fitur spesifik dari fisik Pemeriksaan untuk
menyarankan genetik tertentu (atau non-genetik) sebab. Pedoman yang
dipublikasikan untuk pengujian pasien tersebut Menekankan (1) menguji
kelainan kromosom Dengan kariotipe G-banded dan (2) pengujian untuk umum
Gangguan gen tunggal, seperti sindrom X rapuh. Analisis jumlah salinan
genomik berbasis Microarray sekarang Tes genetik klinis yang biasa dipesan
untuk pasien ini Populasi dan ditawarkan dengan berbagai nama, semacam itu
Seperti '' kromosom microarray '' (CMA) dan '' kariotipe mol. '' 5-10 CMA,
seperti yang digunakan di sini, mencakup semua
Jenis analisis jumlah salinan genom berbasis array, Termasuk hibridisasi
genomis komparatif berbasis array (ACGH) dan satu polimorfisme nukleotida
tunggal (SNP). Kariotipe G-banded memungkinkan seorang ahli sitogenetik untuk
memvisualisasikannya Dan menganalisis kromosom untuk penataan ulang kromosom,
termasuk keuntungan dan kerugian genomik. CMA melakukan
Fungsi serupa, tapi pada resolusi yang jauh lebih tinggi
Ketidakseimbangan genomik. Kariotipe G-banded telah menjadi
Uji standar tingkat pertama untuk mendeteksi ketidakseimbangan genetik
Dalam populasi ini selama lebih dari 35 tahun, sedangkan CMA
Belum standar di semua setting klinis.

Interpretasi Klinis Hasil CMA


Meski laboratorium genetik klinis sudah mengenalnya
Perubahan jumlah salinan berulang dimediasi oleh segmental
Arsitektur duplikasi, studi kependudukan menunjukkan hal itu
Sebagian besar variasi jumlah salinan tidak berulang.11 Menentukan
signifikansi klinis varian Diidentifikasi oleh CMA bisa menjadi tantangan.
Meski CMA Menawarkan kepekaan resolusi tinggi genome-wide Deteksi varian
nomor salinan yang signifikan secara klinis (CNVs), tantangan tambahan untuk
menafsirkan varian Signifikansi klinis tidak pasti (VOUS), yang disukai
Terminologi berdasarkan studi varian terminologi baru-baru ini, dapat
memberlakukan beban pada dokter dan laboratorium.12 Selanjutnya, upaya
terbaru untuk mengevaluasi pelaporan CNV di antara laboratorium klinis
menunjukkan variabilitas
Interpretasi.13

Kurangnya pedoman seragam untuk hasil klinis yang diharapkan


Dari CMA, dalam hal resolusi dan cakupan (yaitu keseluruhan
Genom atau spesifik lokus), menghambat standarisasi
Praktik klinis untuk pengujian CMA. CMA saat ini dilakukan di berbagai
laboratorium dengan berbagai platform teknologi dan beragam desain dan konten
array.
Penafsiran hasil yang seragam sama-sama tangguh
Tantangan untuk standardisasi Sebagian besar laboratorium klinis
Memelihara database internal yang patogen dan jinak
CNV, tapi mungkin tidak sesuai dengan interpretasi.13
Meskipun tes kemahiran College of American Pathology (CAP) sekarang tersedia
untuk CMA, belum ada
Sumber terpusat yang dapat diakses secara terbuka untuk membandingkan
Interpretasi klinis untuk ribuan kemungkinan varian Di antara puluhan
laboratorium yang melakukan pengujian ini. Masalah ini bisa diatasi dengan
lebih seragam Konten array, pendekatan rasional terhadap interpretasi varian,
dan peningkatan pembagian data antar laboratorium dan Dokter. Berbagi
informasi ke seluruh laboratorium akan Memberikan manfaat paling banyak ke
laboratorium, dokter, dan- Akhirnya dan yang paling penting-pasien. Kami
mengevaluasi manfaat dan keterbatasan CMA, seperti Dibandingkan dengan
kariotipe G-banded, untuk mendeteksi ketidakseimbangan genomik patogen pada
pasien dengan DD / ID, ASD, Dan / atau MCA. Rekomendasi untuk penggunaan dan
standarisasi CMA sebagai uji genetik tingkat pertama pada populasi pasien ini
disediakan.

Subjek dan Metode


Majelis dan Fokus Konsorsium ISCA
Konsorsium International Cytogenomic Array (ISCA)
Adalah sebuah kelompok independen yang berkumpul, melalui partisipasi
sukarela dari sekelompok pakar internasional di bidang ini, untuk dialamatkan
Keprihatinan bersama tentang standardisasi dan kolaborasi untuk uji klinis
CMA. ISCA mengadakan dua lokakarya internasional yang disponsori oleh hibah
dari American College of Medical Genetics (ACMG) Foundation dan Luminex untuk
dijelajahi dan diimplementasikan Perbaikan dalam pengujian CMA. Lokakarya
tersebut mencakup sepuluh dokter (ahli genetika klinis atau konselor genetik
(D.T.M., M.P.A., L.G.B., C.J.E., W.A.F., J.M.F., A.H., L.J., I.D.K., dan
D.J.W.); 17 klinis Ahli genetika laboratorium (D.T.M., S.A., A.R.B., J.A.C.,
J.M.F., L.J., K.K., C.L., C.R., N.B.S., D.J.S., J.H.T., E.C.T., J.R.V.,
M.S.W., C.L.M, dan D.H.L.); Dan sembilan ilmuwan genom dan bioinformatik
(N.P.C., D.M.C., E.E.E., L.F., E.B.K., R.M.K., C.L., J.M.O., dan S.W.S.).
Tujuan Konsorsium ISCA serupa dengan tujuan dari New Hampshire Screening
(NBS) Expert Group yang diselenggarakan oleh ACMG Pada tahun 2006 untuk
mengatasi tidak adanya keseragaman dalam NBS berbasis negara Program.14,15
Selama bertahun-tahun, masing-masing negara membuat keputusan independen
mengenai penyakit mana yang harus dimasukkan ke dalam NBS, yang
menyebabkannya meluas Berbagai penyakit diuji oleh berbagai negara. Panel
pakar mengembangkan rekomendasi berbasis bukti untuk panel inti seragam
Dari 29 gangguan yang terdefinisi dengan baik. Pengujian untuk sebagian besar
ini Kondisi inti kini telah diimplementasikan atau diamanatkan (tapi tidak
Namun diimplementasikan) di seluruh 50 negara bagian.16 Konsorsium ISCA
difokuskan pada penerapan klinis CMA sebagai lawan dari pedoman teknis
laboratorium. Laporan ini Dimaksudkan sebagai review data yang tersedia untuk
menentukan apakah CMA harus diadopsi sebagai tes tingkat pertama sebelum
rutin G-banded Kariotip pada populasi pasien ini (didefinisikan di bawah).
Kami meninjau pedoman praktik klinis terdahulu9,17 dan Pedoman laboratorium18
untuk uji klinis CMA. CMA adalah pengujian dengan highcomplexity dengan
banyak pertimbangan teknis Lingkup diskusi ini. Pedoman yang disarankan
tentang spesimen Persyaratan, persiapan DNA, pelabelan, algoritma analisis,
dan Pengujian validasi berada di luar cakupan pembahasan ini namun ada
Telah diuraikan di tempat lain.9,18

Populasi pasien
Analisis dan rekomendasi dalam manuskrip ini difokuskan Hanya pada CMA untuk
kelainan konstitusional pada pascakelahiran Pengujian pasien dengan DD / ID,
ASD, atau MCA. Analisis ini Dan kesimpulan tidak harus diterapkan pada
aplikasi CMA lainnya, seperti pengujian prenatal, keganasan hematologi, atau
Bentuk kanker lainnya Meskipun Konsorsium ISCA mengakui Potensi CMA untuk
berperan dalam diagnosis prenatal, saat ini Bukti tidak cukup untuk
memungkinkan rekomendasi mengenai
Prenatal CMA, dan metode sitogenetika tradisional, seperti kariotipe Gbanded
dan fluoresensi hibridisasi in situ (IKAN), Masih merupakan standar untuk
diagnosis prenatal, seperti yang didukung baru-baru ini American College of
Obstetrics and Gynecology (ACOG) Statement.19 Studi multicenter membuat
perbandingan langsung dari Kinerja CMA terhadap analisis sitogenetika
konvensional pada a Prenatal saat ini sedang berlangsung.

Tinjauan Literatur Sistematik


Kami melakukan tinjauan literatur sistematis yang berfokus pada klinis
CMA dengan mencari database PubMed dari National Center Untuk Informasi
Bioteknologi (NCBI) dan menggunakan kosakata terkontrol berikut ini Mesh
terms: (Microarray Analysis) DAN (Kelainan kromosom) OR (penyimpangan
kromosom)) DAN (Keterbelakangan mental) ATAU (cacat perkembangan) ATAU
(autisme) ATAU (kelainan kongenital)). Kami menyertakan rangkaian kasus atau
kohort Penelitian yang dipublikasikan ke PubMed sebelum tanggal 15 April 2009
dan 2008 Itu termasuk kromosom buatan bakteri (BAC) atau Susunan
oligonukleotida. Kami mempertimbangkan studi dengan (1) yang jelas Deskripsi
populasi pasien, termasuk seleksi pasien kriteria; (2) deskripsi platform dan
resolusi CMA; dan (3) deskripsi proses interpretasi hasil CMA. Kami juga
menyertakan studi yang dipublikasikan yang belum tentu Diidentifikasi dengan
kombinasi istilah pencarian ini jika mereka memenuhi Kriteria tersebut. Kami
mengecualikan penelitian yang dipresentasikan Hanya sampel validasi untuk
teknik atau platform baru atau tidak Berfokus pada kondisi medis atau sindrom
tertentu (misalnya, Hanya satu jenis anomali kongenital). Kami
mengidentifikasi 33 asli Laporan (bukan ulasan), termasuk 21.698 pasien untuk
tinjauan ahli Dan diskusi oleh peserta lokakarya Konsorsium ISCA.

Klasifikasi varian CMA


Strategi tipikal untuk menafsirkan status patogenik atau jinak
CNV (Tabel 1) telah diuraikan di tempat lain, 9,20,21 Secara umum, Varian
copy-number diberi interpretasi berikut (1) abnormal (mis., Sindrom yang
mapan, varian de novo, Dan perubahan besar); (2) VOUS; (3) cenderung jinak
(misalnya, tidak sebelumnya Dilaporkan tapi diwarisi dari orang tua yang
sehat). Hasil diagnosa itu Didefinisikan sebagai jumlah pasien dengan varian
abnormal yang terbagi Dengan jumlah pasien yang diuji dan diturunkan secara
langsung Dari setiap pelajaran asli. Data tidak dikumpulkan secara sistematis
Pada jumlah VOUS di setiap studi.

Pengembangan Database CNV melalui National


Institut Kesehatan
Konsorsium ISCA telah memprakarsai database baru untuk CNV dan Data fenotipe
yang dihasilkan dari laboratorium klinis CMA sebagai Sebuah proyek di dalam
dbGaP (Database Genotip dan Fenotip di NCBI). Database ini mampu menerima dan
mengelola mentah Data dan file data yang dinormalisasi dari semua platform
CMA saat ini, Termasuk array copy-number dan SNP. Yang umum Penyebut untuk
menampilkan dan membandingkan data dari yang berbeda Laboratorium dan
platform akan menggunakan koordinat urutan genom, berdasarkan Browser Genome
UCSC, untuk menentukan awal Dan titik berhenti untuk ketidakseimbangan jumlah
salinan (kehilangan atau keuntungan). Untuk Meminimalkan hambatan terhadap
kontribusi data laboratorium klinis dan Maksimalkan data empiris yang
tersedia di CNV dari pasien ini Populasi, mekanisme opt-out untuk memberi
tahu pasien bahwa mereka Data yang teridentifikasi akan dikontribusikan ke
database yang telah ada Dikembangkan dan disetujui oleh dewan peninjau
institusional pusat (IRB) di National Institutes of Health dan IRB pada
individu Pusat kontribusi. Semua pusat yang berpartisipasi juga akan sangat
kuat Didorong untuk mendapatkan informed consent dan menyerahkan kualifikasi
Kasus ke DECIPHER (Database ketidakseimbangan kromosom dan Fenotip pada
Manusia yang menggunakan Sumber Daya Ensembl) juga. Mekanisme opt-out adalah
konsep yang relatif baru yang memungkinkan Data yang teridentifikasi
dikumpulkan sebagai bagian dari uji klinis yang akan digunakan Untuk beberapa
alasan, termasuk meningkatkan akurasi dan Kualitas hasil tes, uji validasi,
tujuan pendidikan, atau penelitian. Pasien diberitahu mekanisme opt-out
melalui Berbagai jalan, seperti formulir permintaan tes, laboratorium klinis
Laporan, dan situs laboratorium. Ini juga merupakan tanggung jawab
Memesan dokter atau penyedia hilir lainnya yang mengulas