Keberhasilan pembentukan hubungan simbiosis antara bakteri seperti Sinorhizobium

meliloti dan tanaman inangnya (Medicago sativa, alfalfa), yang memuncak pada pembentukan bintil
yang berperan aktif dalam fiksasi nitrogen aktif, proses kompleks yang terjadi terdiri dari beberapa
tahap: pelekatan bakteri ke akar rambut, rambut akar mengeriting, pembentukan "pelindung lekuk,"
pembentukan benang infeksi di dalam rambut akar, pertumbuhan benang menuju korteks bagian
dalam akar, dan pembentukan bintil meristem dalam korteks akar bagian dalam (Gambar 14-5).
Perubahan sitologis ini di rambut akar memberikan sarana perjalanan organisme ke dalam sistem
akar internalnya menginfeksi sel akar. Infeksi ini menyebabkan sel membengkak dan membelah,
membentuk massa sel yang tebal disebut rambut akar. Dalam bintil membentuk bakterium yang
disebut bakteroid yang mampu melakukan fiksasi nitorgen.

Sebagian genom tanaman dan bakteri hanya diungkapkan dalam keadaan simbiosis.
Mengingat kompleksitas interaksi antara bakteri dan tanaman inang dalam pengembangan simbiosis
yang efektif, ternyata tidak mengejutkan bahwa upaya untuk mengembangkan strain yang lebih
efisien dalam nitrogenfixing mereka. Kemampuan telah terhambat oleh kenyataan bahwa strain asli
di dalam tanah lebih kompetitif daripada strain yang dikembangkan di laboratorium dalam
kemampuan mereka untuk memulai nodul pengembangan. Namun demikian, terus berupaya untuk
merancang strain yang lebih efektif. Bakteri pengikat nitrogen penting karena kenaikan biaya
nitrogen pupuk dan kontaminasi yang tidak diinginkan dari sungai dan sungai yang terjadi melalui
aplikasi berat itu.

Proses nodulasi membutuhkan pertukaran serangkaian sinyal antara tanaman dan bakteri.
Awalnya, gen tanaman yang mengkodekan produksi flavoid terekspresikan, dan senyawa ini
diekskresikan dari akar. Flavenoids mengaktifkan NodD1 dan memulai urutan sintesis Nod
(nodulation factor). Faktor nod menginduksi rambut akar keriting dan memulai pengembangan bintil
(Gambar 14-6).
Invasi bintil akar oleh rhizobia tergantung pada produksi sekurang-kurangnya satu dari beberapa
polisakarida kompleks: succinoglycan, exopolysaccharide II, atau poliakarida kapsuler (CPS atau KPS)
mengandung asam 3-deoksi-D-manno-2-octulosonic (lihat Gambar 14-7).

Kejadian awal pembentukan bintil akar oleh rhizobia pada tanaman polongan ada di bawah
pengendalian gen yang berada pada plasmid besar disebut simbiosis atau plasmid Sym. Tanaman
flavenoid, bersamaan dengan NodD, menginduksi ekspresi gen nod. NodD protein berfungsi sebagai
aktivator transkripsi positif. Ini berikatan dengan kotak bintil yang berada hulu dari semua gen nodus
dan operon yang dapat diinduksi. Urutan DNA, tampaknya berfungsi sebagai elemen pengatur cis-
acting gen nod ekspresi. Gen nodABC umumnya diperlukan semua rhizobia untuk sintesis dari
lipooligosakarida yang memicu pembentukan bintil akar. Penambahan berbagai substituen pada
senyawa inti memberi spesifisitas pada lipooligosakarida.

Penambahan komponen ini terjadi pada pengaruh nodus dan nodQ dan operon nodit (lihat
Tabel 14-3). Protein NodI dan NodJ terlibat dalam efisiensi dari nodulasi dan berperan dalam
perkembangan infeksi benang yang normal. Perkembangan bakteri lengkap, gen anggukan yang
tidak dapat diendapkan tidak lagi ditranskripsi. Transkripsi ini beralih-off sebelum pelepasan bakteri
dari infeksi benang adalah fenomena umum yang diamati pada semua rhizobia dan merupakan hasil
negatif mekanisme kontrol regulasi.

Dalam kondisi simbiosis, tanaman inang menyediakan bakteri mengurangi karbon dalam
bentuk asam C4-dikarboksilat (suksinat, malat, dan fumarat). Senyawa ini berfungsi sebagai sumber
energi untuk fiksasi nitrogen menjadi amonia. Asam dikarboksilat hadir dalam konsentrasi tinggi di
nodul dan paling banyak substrat efektif untuk respirasi dan fiksasi nitrogen ATP yang akan dilakukan
selanjutnya di bakteri. Gen transpor asam dikarboxylic (dct) terletak pada megaplasma. Mutan yang
rusak dalam bentuk transportasi dikarboksilat adalah nodul yang tidak efektif. Produk dari dctB dan
dctD mengatur ekspresi dctA, yang mengkodekan protein transport.
DctB adalah protein sensor yang mengaktifkan DctD dengan fosforilasi. Protein DctD

mengaktifkan transkripsi pada promoter dctA 54-dependent. Selain mengaktifkan

transkrip dctA, DctD dapat menekan ekspresi dctA. Pada sel yang tidak terinfeksi, tidak aktif

DctD mengikat promotor dctA dan mencegah aktivasi oleh NtrC.

Selama bertahun - tahun, paradigma fiksasi nitrogen simbiosis telah dilepaskan

amonia langsung dari bakteri ke tanaman. Sistem transportasi amonia aktif

telah dijelaskan dalam beberapa mikroorganisme simbiotik. Namun, studi terbaru mengungkapkan

bahwa alanin, bukan amonia, adalah bentuk nitrogen yang diangkut ke pabrik. Memiliki

telah menunjukkan bahwa rhizobia dapat mengasimilasi amonia menjadi piruvat, membentuk alanin
via

alanin dehidrogenase. Keseimbangan reaksi alanin dehidrogenase menguntungkan

asimilasi amonia.

Pelabelan percobaan dengan 15N2 menggunakan bakteri nodul yang sangat dimurnikan

B. japonicum menunjukkan bahwa amonia baru-baru ini terbentuk dari nitrogenase digabungkan

ke dalam alanin dan kemudian diangkut ke tanaman dari bakteri. Sekresi

alanin berlabel bergantung pada aktivitas nitrogenase karena bakteri yang terpapar tidak aktif

kadar oksigen atau ke agen uncoupling energi CCCP (karbonil sianida

m-klorofenilidrazon) tidak mengeluarkan alanin. Peribacteroid membrane adalah

dibalikkan sehubungan dengan bakteri, sehingga sekresi alanin oleh bakteri ke

sitoplasma tanaman dapat terjadi dengan cepat, namun tidak mudah diserap kembali. Hal ini
dipertimbangkan

bahwa alanin berfungsi terutama sebagai mekanisme transportasi untuk nitrogen tetap, karena
kebanyakan

organisme menggunakan glutamat sebagai senyawa utama dalam metabolisme nitrogen