1. RFLP (Restriction Fragment Length Polimorphism)
Metode RFLP ini, membutuhkan sejumlah besar DNA yang tidak terdegradasi. Tujuan tes ini adalah untuk mendeteksi perbedaan dalam rangkaian DNA yang homolog yaitu ada atau tidaknya fragmen DNA dengan panjang yang berbeda. Metode ini tidak begittu rentan terhadap kesalahan, namun cenderung digantikan oleh metode PCR karena PCR lebih cepat dan sensitif. Adapun langkah-langkahnya sebagai berikut: 1) DNA sampel dipotong menggunakan enzim restriksi endonuklease. Enzim ini mengenali urutan singkat tertentu seperti AATT yang terjadi berkali-kali dalam DNA sel. 2) Pootongan DNA diurutkan sesuai ukurannya oleh suatu perangkat yang disebut gel. DNA ditempatkan di satu ujung lempengan gelatin dan ditarik melalui gel oleh arus listrik. Gel bertindak seperti saringan yang memungkinkan fragmen DNA lebih kecil bergerak lebih cepat. 3) Pembuatan noda (replika gen) untuk menjebak DNA dengan fragmen DNA kecil di dekat salah satu ujung noda dan yang besar didekat yang lain. Noda kemudian ditutup probe, yaitu DNA yang mengikat DNA pada noda yang spesifik. 4) Fragmen DNA target yang diakui oleh probe diukur membandingkan dengan DNA disamping sempel. .