GENETIKA

ISOLASI DNA
OLEH
KELOMPOK V
NAMA : LIA ALLO LAYUK
STAMBUK : 10270013
PRODI : BIOLOGI
KELAS : A
ASISTEN :

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS VETERAN REPUBLIK INDONESIA
MAKASSAR
2012/2013

BAB I
PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG

Ketika mendengar kata DNA, seolah kita berhadapan dengan sesuatu yang begitu abstrak
dan sangat kecil. Apalagi jika berbicara tentang isolasi DNA, sering terpikirkan sebuah proses
yang sangat rumit dengan alat-alat yang sangat canggih.Padahal tidak selamanya isolasi DNA
demikian, beberapa teknik isolasi DNA sederhana terbukti efektif untuk mengisolasi DNA,
bahkan selain prosedurnya yang sederhana, bahan-bahan yang dipakaipun mudah didapatkan
dari lingkungan sekitar. Sangat cocok untuk praktikum pengenalan DNA pada siswa MTs/SMP
juga MA/SMA. Berikut ini pembahasan tentang isolasi DNA secara sedasar teori. DNA
(Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang mengkode semua
informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme (Jamilah, 2005).
DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang
tergabung membentuk nukleotida (Istanti, 1999).
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa diisolasi.
Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melauli
tahapan-tahapan antara lain: preparasi esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan
presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada
setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian
DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah,

B. TUJUAN
Untuk mengetahui cara/metode mengisolasi DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) jaringan
tumbuhan dengan metode sederhana.

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

DNA merupakan persenyawaan kimia yang paling penting pada makhluk hidup, yang
membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari makhluk dalam keseluruhannya dari
satu generasi ke generasi berikutnya. Molekul DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida
dan sentriol. Molekul DNA pada nucleus memiliki bentuk sebagai benang lurus dan tidak
bercabang, sedangkan DNA yang terletak pada mitokondria dan plastida berbentuk lingkaran
(Suryo, 2012 : 59).
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian DNA secara
sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti
baik secara mekanik maupun secara kimiawi. Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang
digunakan untuk memperoleh DNA murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam
jaringan.
 Pemecahan dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan atau
penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan
pemberian detergen. Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran
inti untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA.
Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan lapisan bawah,
yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air. Ketika molekul
DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika molekul tersebut
berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut meraka akan berkumpul/ menggumpal sehingga
dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih yang terkumpul diatas
permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada masa jenis air. Etanol yang
digunakan harus benar-benar dingin dan berasal dari lemari pendingin, hal ini bertujuan untuk
menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka
mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna.
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang mengkode
semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme (Jamilah,
2005). DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen dan
fosfat yang tergabung membentuk nukleotida (Istanti, 1999). Molekul DNA ini terikat
membentuk kromosom, dan ditemukan di nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang
menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double
helix), dimana basa nitrogen dan kedua benang polinukleotida saling berpasangan dalam
pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu dengan nukleotida
yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup
dan disebut sebagai cetak biru kehidupan karena molekul ini berperan penting sebagai
pembawa informasi hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain
(Jamilah, 2005).
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa diisolasi.
Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat dilakukan melauli
tahapan-tahapan antara lain: preparasi esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan
presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada
setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian
DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar air yang pada masing-
masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda pula. Buah dengan kadar air tinggi akan
menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin
tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA
yang terpretisipasi juga akan sedikit.
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan
hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari
sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik
dengan cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan
pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat
dengan pemberian yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah satunya adalah
deterjen.
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat
menyebabkan rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen
dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa lipid protein-deterjen
kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik
dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia
(Machmud, 2006).
 BAB III

METODOLOGI PRAKTIKUM

A. Waktu & tempat :

Waktu : Senin, 27 mei 2013
Pukul : 09.00 11.30 WITA
Tempat : Laboratorium Biologi Universitas Veteran Republik Indonesia

B. Alat & bahan :

Alat Bahan

- Tabung Reaksi - Es serut

- Pisau - NaCl 3 gram
- Pipet 5 ml - Detergen
- Garpu - Etanol 95 100 % dingin( dari 20C )
- Gelas beaker 250 ml - Tumbuhan ( buah pisang )
- Mortal
- Saringan / tapisan
- Corong
- Gelas ukur
- Gelas kenlia 100 ml tambah analik
- Batang Pengaduk

C. Cara kerja

1. Pilihlah buah yang masak dan potong dengan pisau, keluarkan isinya dengan menggunakan
garpu dan simpan dalam gelas beaker 250 ml. Tumbuk sampai halus dengan menggunakan
mortal.
2. Tambahkan 3 gram NaCl yang telah dilarutkan, kemudian tambahkan 10 ml detergen, buat
sampai volume 100 ml dengan menambahkan air.
3. Campurkan dan aduk dengan garpu sampai benar benar tercampur kemudian disaring dan
disimpan cairan yang telah di saring tersebut.
4. Biarkan beberapa menit kemudian di isi sebanyak 6 ml cairan tersebut kedalam tabung reaksi
5. Tambahkan 9 ml etanol dingin pada bagian bawah tabung reaksi dan tunggu beberapa menit
untuk presipitasi DNA sampai terdapat dua bagian yang terpisah etanol dan bagian yang
berwarna putih.
6. Bagian putih dipindahkan ke tabung reaksi yang lainnya, bagian itu merupakan DNA hasil
ekstraksi.
 BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

A. HASIL
Gambar hasil pengamatan
A B keterangan :

a.1 busa
b.1 ekstrak pisang dan
larutan NaCl &
a.2 sabun sunlight
a.2 larutan etanol & es
b.2 b.2 busa
a.1 c.2 c.2 hasil isolasi DNA
berupa bentuk DNA
b.1 d.2 ekstrak pisang dan
d.2 larutan NaCl &
sabun sunlight

a. Sebelum dicamur larutan b. Setelah dicampur etanol

Etanol dan es dan es

Tabel hasil pengamatan isolasi DNA pada buah pisang

No Hasil Pengamatan
Buah Perlakuan
. Warna Bentuk Waktu Jumlah
 Sabun Keruh ke-orangean Benang yang 65 s +++++
1. pisang
sunlight menggumpal

B. PEMBAHASAN

Praktikum ini dilakukan untuk mengetahui pengaruh buah dan deterjen terhadap kualitas
DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi. Buah yang digunakan dalam proses isolasi DNA ini
adalah buah pisang. Sedangkan jenis deterjen yang dipakai adalah deterjen sunlight. Hal yang
pertama kami lakukan yaitu, menyiapkan buah yang akan di tumbuk.
Isolasi DNA pada dasarnya dapat dilakukan dengan menggunakan berbagai macam
sumber DNA yang dapat diperoleh dari hewan maupun tumbuhan. Upaya untuk mengeluarkan
DNA dari sel dilakukan dengan merusak dinding dan membrane sel dan juga membran inti. Cara
yang digunakan untuk merusak membran-membran tersebut sangat beraneka ragam, misalnya
dengan pemblenderan atau penggerusan dengan mortal dan pistil. Selain perusakan secara fisik,
membrane dan dinding sel dapat pula dirusak dengan menggunakan senyawa-senyawa kimia.
Perusakan dinding sel dan membrane sel pada praktikum isolasi DNA kali ini dilakukan dengan
cara penggerusan. DNA yang didapatkan dalam pengamatan kali ini adalah DNA yang berupa
benang-benang halus.

Apabila dilihat dari sumber DNA yang digunakan untuk pengisolasian ini, macam buah
yang digunakan menunjukkan perbedaan yang nyata. Masing-masing buah untuk sumber DNA
menghasilkan DNA yang berbentuk benang-benang halus berwarna sesuai dengan warna asal
buah tersebut. Kelima macam buah yang digunakan dalam proses pengisolasian DNA kali ini
adalah jenis buah yang memiliki kadar air yang tinggi. Tidak ada perbedaan yang ditunjukkan
untuk perlakuan variasi jenis buah ini. Suatu sumber menyatakan bahwa dalam proses
pembuatan sumber DNA untuk isolasi DNA hendaknya jangan terlalu encer karena semakin
encer sumber DNA, DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Karena sel yang lisis di
dalam air tentunya lebih sedikit jika dibandingkan dengan sumber DNA yang lebih kental
(Anonim, 2005). Namun, masalah pengaruh keenceran terhadap hasil isolasi DNA dapat diatasi
dengan pengurangan jumlah air yang digunakan sehingga walaupun sumber DNA yang
digunakan adalah buah dengan kadar air tinggi, tetap dapat diperoleh ekstrak yang cukup kental.
 Membran sel pada setiap organisme dapat mengalami kerusakan yang disebabkan oleh
pengaruh senyawa-senyawa kimia. Senyawa kimia yang mampu merusak membrane ataupun
dinding sel antara lain lisozim yang mampu mempengaruhi kerja senyawa polimerik sehingga
kekakuan sel tidak lagi dapat terjaga. Selain itu, ada pula senyawa EDTA
(etilendiamintetraasetat) yang berfungsi untuk menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk
mempertahankan struktur selubung sel serta menghambat enzim yang dapat merusak DNA.
Dalam proses isolasi DNA, deterjen berfungsi menggantikan senyawa-senyawa kimia tersebut di
atas. Deterjen mengandung sodium dodesil sulfat (SDS) yang dapat menyebabkan hilangnya
molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membrane akan rusak dan melisiskan isi sel.

Pada Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan tujuan untuk memekatkan
DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu membentuk
ikatan dengan kutub negative pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na+ garam berikatan dengan
fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul. Sedangkan penambahan alcohol pada permukaan
larutan betujuan untuk melakukan presipitasi sehingga DNA yang telah terkumpul tadi mampu
memisah dari larutan dan terbentuklah lapisan-lapisan yang dapat diidentifikasi unsur
penyusunnya.

Paraf asistensi

( )

BAB V

PENUTUP

A. Kesimpulan
Berdasarkan hasil pengamatan dan pembahasan, maka dapat diambil kesimpulan, bahwa :
1. Cara pengisolasian DNA dilakukan dengan cara mekanik dan kimiawi. Cara mekanik dengan
alat-alat yang berfungsi untuk menghancurkan membran sel. Sedangkan secara kimiawi dengan
penambahan-penambahan reagen, yaitu detergent, NaCl, danalkohol dingin 96%.
 2.Tahap-tahap dalam isolasi DNA ada tiga. Tahap pertama dari isolasi DNA adalah
penghancuran dinding sel dengan cara memblender bahan, Tahap kedua isolasi DNA adalah
melisiskan sel dengan menambahkan detergent dan garam ke dalam campuran. Pemberian
detergent berfungsi untuk membuka atau memecah membran sel (baik membran sitoplasma
maupun membran nukleus. Tahap ketiga adalah pemurnian DNA. Cara ini dilakukan dengan
manambahkan alkohol dingin 96%. Alkohol berfungsi untuk memisahkan DNA dengna
molekul-molekul lain,seperti protein.

B. Saran

Dalam melakukan praktikum.Sebaiknya praktikan serius dalam melakukan

praktikum.Sebaiknya asisten mendampingi masing-masing kelompok saat praktikum.

DAFTAR PUSTAKA

Arhan. 2009. Laporan Pratikum isolasi DNA.

http://endikdenibiotransmitther.blogspot.com/2009/01/praktikum-isolasi-dna-buah.html)
http://endikdenibiotransmitther.blogspot.com/2009/01/praktikum-isolasi-dna-buah-pisang-dan.html
Istanti, Annie. 1999. Biologi Sel. Malang: jurusan Biologi FMIPA UM.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Deterjen, Penambahan Garam dan Ekstrak Nanas
(Ananas Comusus) terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah sebagai Topik
Praktikum Mata Kuliah Genetika. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program Sarjana
Biologi.