PENDAHULUAN
1.3 Tujuan
Adapun tujuan dalam percobaan ini adalah :
1. Menentukan aktivitas enzim xilanolitik.
2. Menentukan berat molekul relatif enzim Endo--1,4-D-Xilanase.
3. Menentukan energi aktivasi enzim kasar (crude).
4. Menentukan energi aktivasi enzim dengan fraksinasi bertingkat 40-50.
5. Menentukan kadar protein yang dihasilkan oleh enzim
1.4 Manfaat
Adapun manfaat yang akan didapatkan dalam percobaan ini adalah
1. Mahasiswa dapat menentukan aktivitas enzim xilanolitik.
2. Mahasiswa dapat menentukan berat molekul relatif enzim Endo--1,4-D-
Xilanase.
3. Mahasiswa dapat menentukan energi aktivasi enzim kasar (crude).
4. Mahasiswa dapat menentukan energi aktivasi dengan fraksinasi bertingkat
40-50.
5. Mahasiswa dapat menentukan kadar protein yang dihasilkan oleh enzim.
BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA
3.1.2 Bahan
- 1 loop jarum ose bakteri positif xilanolitik
- MELB cair
- Enzim Endo--1,4-D-Xilanase
- Substrat oat-speltxylan 0,5%
- Buffer fosfat-sitrat
- Reagen DNS (Na-K tartrat, NaOH, DNS, C6H5OH, Na2SO3)
- Aquades
- D-xilosa
- Ammonium sulfat
- Buffer Tris-HCl 50 mM
- Reagen kerja Bradford (100 mg CBB G250, 100 mL H3PO4 85%, 50 mL
C6H5OH 95%, aquades 1000 mL)
- Larutan standar BSA
- Enzim SDS-PAGE
- SDS 10%
- Gliserol
- -merkaptoetanol
- BPB 1%
- Glisin
- CH3OH
- CH3COOH
Hasil
3.2.3 Penentuan Aktivitas Enzim Xilanolitik (Enzim Endo--1,4-D-Xilanase)
Enzim Endo--1,4-D-Xilanase
- Diambil 100 l dan ditambahkan pada 100l suspensi
substrat oat-speltxylan 0,5% dalam buffer fosfat-sitrat
50mM (pH 5,0).
- Dibuat kontrol dengan mencampurkan 100 l enzim
inactive yang dipanaskan pada suhu 100oC selama 5
menit, 600 l reagen DNS dan 100 l suspensi substrat
oat-speltxylan.
- Diinkubasi hasil langkah 1 bersama kontrol selama 60
menit pada suhu 40oC.
- Ditambahkan 600 l reagen DNS (Na-K tartrat, NaOH,
DNS, C6H5OH, Na2SO3).
- Direinkubasi bersama dengan kontrol dalam air mendidih
selama 15 menit dan didinginkan secara langsung dalam
air es selama 20 menit.
- Ditentukan absorbansi warna yang dihasilkan
menggunakan spektrofotometer dengan panjang
gelombang 550 nm.
- Dibuat standar dengan menggunakan D-xilosa yang
diperlakukan sama dengan sampel dan kontrol.
- Diganti D-xilosa dengan aquades sebagai blanko.
Hasil
3.2.4 Purifikasi Parsial Enzim Endo--1,4-Xilanase
Endo--1,4-Xilanase
- Ditambahkan (NH4)2SO4 jenuh 0-100% dengan rentang
10% untuk proses fraksinasi ammonium sulfat.
- Dijenuhkan dalam keadaan dingin sambil diaduk perlahan.
- Disentrifugasi pada kecepatan 8x103rpm selama 15 menit
dengan suhu 4oC hingga diperoleh supernatan dan pellet-
pellet protein.
- Diresuspensi ke dalam buffer fosfat-sitrat 50mM (pH 7,5).
- Ditentukan aktivitas protein seperti prosedur 3.2.3 dan
kadar protein.
- Didialisis supernatan hasil langkah 5 yang aktivitas
spesifiknya tinggi selama 12 jam dalam buffer Tris-HCl
50mM (pH 7,5) menggunakan kantung dialisis pada suhu
4oC.
- Dilakukan penggantian buffer pada 2, 4, 6 jam setelah
dialisis dimulai.
- Ditentukan aktivitas dan kadar protein untuk enzim Endo-
-1,4-Xilanase hasil dialisis.
Hasil
Hasil
Hasil
3.2.7.4 Staining dan Destaining SDS-PAGE
Gel elektroforesis
-
- Diambil gel dari lempeng kaca pencetak gel dengan hati-
hati.
- Direndam dalam wadah berisi larutan pewarna (staining
solution; 1 g CBB R250, 450 ml CH3OH, 100 ml
CH3COOH, aquades hingga 100 ml).
- Digojok secara perlahan hingga larutan pewarna dapat
diikat oleh protein.
- Dicuci dengan larutan pelepas warna (destainingsolution;
100 ml CH3OH, 100 ml CH3COOH, aquades hingg 100 ml)
jika protein tidak terikat pada larutan pewarna hingga pita-
pita protein tampak jelas.
- Dilakukan penggoyangan untuk mempercepat pelepasan
larutan warna.
Hasil
4.1 Hasil
4.1.1 Penentuan Energi Aktivasi Enzim endo--1,4-D-xilanase
a. Sampel
Perlakuan Hasil
- Sampel 300L+ xylan 300 L (2 Sampel : berwarna kuning
tabung eppendorf) Xylan : tidak berwarna
- Diinkubasi pada suhu 40C (30 menit) Berwarna kuning
- Ditambah 300 L reagen nelson Berwarna biru
- Dipanaskan pada suhu 100C (10 Berwarna kuning kehijauan
menit)
- Ditambahkan arseno Berwarna biru kehijauan
- Diukur absorbansi (=540 nm) Absorbansi sampel 1 = 0,150
Pengenceran : 400 L pada 3600 L Absorbansi sampel 2 = 0,253
air
b. Kontrol
Perlakuan Hasil
- Sampel 300 L dimasukkan dalam Berwarna kuning pucat
eppendorf dan dipanaskan
- Ditambah xylan 300 L Tidak berubah
- Diinkubasi pada suhu 40C (30 menit) Tidak berubah
- Ditambah 300 L reagen nelson Berwarna biru
- Dipanaskan pada suhu 100C (10 Berwarna biru lebih pudar
menit)
- Ditambahkan arseno Larutan berwarna biru tua
- Diukur absorbansi (=540 nm) Absorbansi kontrol 1 = 0,292
Absorbansi kontrol 2 = 0,394
c. Pembuatan Kurva Standar Xilosa
Perlakuan Hasil
- Larutan xilosa (0,1; 0,2; 0,3; 0,4; 0,5) Berwarna biru
+ reagen nelson
- Dipanaskan dalam air 100C selama Berwarna kekuningan
10 menit
- Ditambah arsenomolybdat Berwarna biru pekat, meletup
- Diukur absorbansinya menggunakan A0,02 = 0,136
spektrofotometer UV A0,04 = 0,159
A0,06 = 0,168
A0,08 = 0,267
A0,10 = 0,394
R = 0.8492
0.25
0.2 Series1
0.15
Linear (Series1)
0.1
0.05
0
0 0.05 0.1 0.15
Konsentrasi
0.5
0.4
Series1
0.3
Linear (Series1)
0.2
0.1
0
0 0.01 0.02 0.03 0.04
Konsentrasi
4.2 Pembahasan
Percobaan pertama yaitu unuk menentukan energi aktivasi enzim endo--
1,4-D-xilanase dengan mengenakan perlakuan yang berbeda antara sampel dan
kontrol. Sampel dan kontrol diletakkan pada tabung yang berbeda. Tabung
pertama berisi sampel 300L berwarna kuning dan ditambahkan xylan 100 L.
Tabung berisi sampel bertujuan untuk mengetahui xilosa enzim, substrat dan
aktifitas enzim xilanase. Tabung yang berisi sampel tersebut kemudian diinkubasi
selama 30 menit dengan suhu sekitar 40C. Proses inkubasi ini digunakan untuk
memberikan waktu kepada enzim untuk menurunkan energi aktivasi. Setelah 30
menit diinkubasi, larutan ditambahkan 300 L reagen nelson. Penentuan aktivitas
enzim dilakukan dengan mengukur konsentrasi gula pereduksi yang dihasilkan
dari aktivitas enzim menggunakan metode Nelson ini. Penambahan arseno
kemudian dilakukan, hal ini bertujuan untuk memberikan warna pada larutan agar
dapat teranalisis ketika diukur menggunkan spektrofotometer UV. Hal tersebut
sesuai dengan salah satu syarat larutan dapat diukur menggunakan
spektrofotometer UV yaitu harus berwarna. Pengukuran absorbansi sampel
tersebut dilakukan pada panjang gelombang 540 nm. Nilai adsorbansi yang
dihasilkan oleh dua sampel adalah sebesar 0,160 dan 0,253.
Perlakuan pada tabung kedua yaitu membuat kontrol yang bertujuan untuk
mengetahui uji xilosa enzim dan xilosa substrat. Hal yang pertama dilakukan
adalah sampel sebanyak 300 L dipanaskan dalam eppendorf, dihasilkan warna
sampel berupa kuning pucat. Tujuan pemanasan ini adalah untuk menonaktifkan
enzim dalam sampel agar tidak dapat bekerja dengan substratnya. Selanjutnya
ditambahan dengan 300 L substrat xylan, dan dipanaskan pada suhu 40C selama
30 menit.Reagen nelson sebanyak 300 L ditambahkan ke dalam eppendorf yang
berisi sampel dan xylan. Penambahan ini membuat campuran yang mulanya
berwarna kuning pucat menjadi berwarna biru.Campuran kemudian dipanaskan
selama 10 menit dalam air panas dengan suhu 100C dan membuat campuran
menjadi biru yang memudar. Campuran tersebut kemudian ditambahkan reagen
arseno sebanyak 300 L dan campuran berubah menjadi biru tua.
Kontrol dibuat sebanyak 2 kali (dilakukan duplo). Selanjutnya, diukur
absorbansinya menggunakan spektrofotometer UV dengan panjang gelombang
540 nm. Absorbansi yang dihasilkan adalah 0,292 dan 0,394. Hasil yang didapat
memberikan perbedaan yang signifikan pada masing-masing tabung yaitu dengan
melihat warna larutan dari tiap tabung. Perbedaan warna tersebut membuat
pengukuran absorbansinyanya berbeda pula. Pada tabung sampel warna
larutannya adalah kuning sedangkan tabung kontrol larutannya berwarna kuning
pucat. Perbedaan warna tersebut terjadi karena pengaruh dari penambahan enzim
xilanase pada saat telah dan belumdipanaskan sehingga mempengaruhi hasil
xilosa yang didapat pada masing-masing tabung. Penambahan enzim xilanase
pada tabung kontrol kemudiandipanaskan membuat aktivitas enzim xilanase tidak
melakukan reaksi-reaksinya, sedangkan pada tabung sampel sebelum inkubasi
sudah ditambahkan enzim xilanase diawal percobaan dan tidak dilakukan
pemanasan sehingga aktivitas enzim xilanase sudah terjadi dan telah melakukan
reaksi hidrolisis terhadap substrat (xilan).
Pemanasan pada kontrol dan sampel tanpa pemanasan dengan enzim
xilanase di dalamnya sangat mempengaruhi warna sampeldan membuat xilosa
yang dihasilkan juga berbeda yaitu dengan melihat warnanya yang kemudian
dapat diukur dengan spektrofotometer. Enzim xilanase dapat memproduksi 1
mol xilosa per 1 menit, sehingga tabung sampel xilosa yang didapat lebih
banyak dari pada pada tabung kontrol, hal ini disebabkan pada tabung sampel
tidak dilakukan pemanasan dan membuat enzim yang merupakan protein tidak
mengalami denaturasi dan tetap dapat melakukan aktifitasnya.
Pembuatan larutan sampel dan kontrol tersebut digunakan untuk
menentukan energi aktivasi enzim dengan membuat kurva standar xilosa.
Pembuatan kurva standar xilosa dengan membuat larutan xilosa pada konsentrasi
0,1; 0,2; 0,3; 0,4; 0,5 mg/mL. Masing-masing konsentrasi dari larutan xilosa
kemudian ditambah reagen nelson, selanjutnya larutan dipanaskan selama 10
menit pada suhu 100C.
Tahapan selanjutnya adalah purifikasi parsial enzim endo--1,4-xilanase.
Proses purifikasi ini melalui beberapa tahapan yaitu fraksinasi amonium sulfat,
dialisis yang selanjutnya diuji protein menggunakan metode bradford dan
penentuan berat molekul menggunakan elektroforesis SDS-PAGE. Tahapan
fraksinasi bertujuan untuk memekatkan enzim. Proses ini menggunakan ekstrak
kasar enzim endo--1,4-D-xilanase yang ditambahkan amonium
sulfat.Penambahan amonium sulfat ini dapat menarik molekul air yang pada
awalnya mensolvasi pada permukaan protein enzim sehingga residu hidrofob pada
permukaan protein terekspose dan menyebabkan protein mengendap. Hal tersebut
dapat terjadi karena adanya ikatan hidrogen antara protein dengan air. Semakin
banyak jumlah garam yang ditambahkan maka ikatan hidrogen antara protein
dengan air semakin kecil. Massa amonium sulfat yang ditambahkan ke dalam
sampel menggunakan perhitungan pada fraksinasi yang digunakan.
Fraksinasi yang digunakan oleh kelompok 6 adalah fraksinasi bertingkat 40-
50. Amonium sulfat yang ditambahkan merupakan 40% dari total sampel yakni 10
mL sehingga didapatkan jumlah amonium sulfat sebanyak 4 gram.Amonium
sulfat ditambahkan sedikit demi sedikit agar cepat larut dan mengurangi kesedian
air yang berinteraksi dengan protein. Pengadukan juga dilakukan dengan perlahan
untuk menghindari terbentuknya busa yang menandakan bahwa enzim
terdenaturasi. Perlakuan ini tetap dalam suhu rendah (4C) agar enzim endo--1,4-
xilanase tidak terdenaturasi. Amonium sulfat yang telah larut kemudian
disentrifugasi selama 15 menit. Proses ini tidak didapatkan pelet pada sampel
sehingga dilakukan sentrifugasi kembali selama 2 kali 15 menit.
Larutan yang telah disentrifugasi selama 45 menit tersebut menghasilkan
volume 13 mL supernatan tanpa terbentuk pelet. Peningkatan volume sebanyak 3
mL dalam tabung tersebut disebabkan adanya pelarutan amonium sulfat dalam
surfaktan. Supernatan selanjutnya diambil volume sebanyak 10 mL untuk
ditambahkan amonium sulfat sebanyak 50% dari total volume supernatan yang
digunakan untuk dilakukan fraksinasi bertingkat. Penambahan amonium sulfat ini
dilakukan sedikit demi sedikit agar dapat larut dan mengurangi kesedian air yang
berinteraksi dengan protein. Namun, pelarutan pada fraksinasi ini cukup sulit,
dibutuhkan waktu yang lama agar amonium sulfat dapat larut. Amonium yang
sudah larut kemudian disentrifugasi selama 25 menit.
Supernatan yang sudah difraksinasi secara bertingkat (40-50) seharusnya
dilakukan dialisis. Proses dialisis ini untuk mengantisipasi adanya aktivitas
protease yang mungkin ada. Hal ini perlu dilakukan karena enzim protease
mampu merusak struktur enzim dan dapat menurunkan energi aktivasinya. Proses
ini dilakukan pada suhu 4C dengan memasukkan pelet yang dihasilkan pada
proses fraksinasi kemudian dimasukkan ke dalam kantung dialisis. Kantung
tersebut selanjutnya dimasukkan dalam larutan yang siap diaduk menggunakan
pengaduk magnetik atau stirer. Namun, proses ini tidak dilakukan karena kantung
dialisis yang tidak ada.
Reaksi antara enzim endo--1,4-xilanase dengan substratnya (xilan)
menghasilkan xilosa dan xilooligosakarida. Kemurnian enzim dapat dilakukan uji
menggunakan bradford dan uji nelson. Uji bradford dilakukan untuk menguji
kadar protein yang dihasilkan (xilosa) dan dilakukan uji menggunakan reagen
nelson simogyi untuk menentukan gula pereduksinya (xilooligosakarida).
Aktivitas enzimnya pada fraksinasi 40 dan fraksinasi bertingkat 40-50 diuji
keesokan harinya. Pengujian aktivitas enzim ini dilakukan dengan mengukur
absorbansi pada masing-masing fraksinasi dan didapatkan absorbansi pada
fraksinasi 40 adalah 0,173 dan 0,215 pada fraksinasi 50. Pengukuran aktivitas
enzim ini diperlukan kontrol sebagai pembanding sampel. Kontrol dibuat dengan
menambahkan enzim pada tabung eppendorf yang kemudian dipanaskan pada
suhu100C untuk menonaktifkan enzim. Enzim yang sudah dipanaskan ini
kemudian ditambahkan xylan sebagai substrat dan kemudian diinkubasi,
selanjutnya sampel ditambah dengan reagen nelson. Penambahan nelson ini
bertujuan untuk pengukuran gula pereduksi yang dihasilkan. Perlakuan
selanjutnya sampel dipanaskan dan ditambah dengan arseno sebanyak 300L
sampel teramati berwarna biru tua. Pengukuran dengan spektrofotometer dan
didapatkan hasil absorbansi sebesar 0,712. Pengukuran absorbansi juga dilakukan
setelah proses fraksinasi bertingkat 50, perlakuan untuk kontrol pada fraksinasi ini
sama dengan perlakuan kontrol pada fraksinasi bertingkat 40 dan dihasilkan nilai
absorbansi sebesar 0,211. Purifikasi enzimendo--1,4-xilanase ini diukur energi
aktivasinya menggunakan cara yang sama seperti pada sampel crude. Aktivitas
enzim yang didapatkan pada fraksinasi 40 adalah 2,701.10-5 unit/mL dan 2,91. 10-
5
unit/mL pada fraksinasi 50.
Uji yang dilakukan pada enzim adalah uji Bradford.Uji Bradford adalah
suatu uji untuk mengukur konsentrasi atau kadar protein total dengan metode
kolorimetri dalam suatu larutan. Prinsip pengukuran kadar protein menggunakan
metode Bradford adalah pengikatan pewarna Commassie Brilliant Blue G-250
yang terdapat dalam pereaksi Bradford dengan protein yang mengandung residu
asam amino dengan rantai samping aromatik (Tirosin, Triptofan dan Fenilalanin)
atau bersifat basa (Arginin, Histidin, dan Leusin) membentuk komplek berwarna
biru yang dapat diukur absorbansinya dengan spektrofotometri (LambertBeer)
pada panjang gelombang 465-595 nm (cahaya tampak).
NaO 2S
N NH
N
SO 2Na
OH
NaO 2S
5.1 Kesimpulan
Adapun kesimpulan pada percobaan isolasi enzim adalah
1. Penentuan aktivitas enzim dapat dilakukan menggunakan crude dengan uji
bradford menggunakan sampel dan xilosa terhadap kontrol.
2. Berat molekul enzim Endo--1,4-D-Xilanase tidak menunjukkan hasil
yang seharusnya.
3. Kemampuan suatu senzim endo--1,4-D-xilanase menghasilkan 1,12.10-3
unit/mL xilosa pada suhu 40C dengan suhu 30 menit
4. Energi aktivasi enzim pada fraksinasi 40% adalah 2,701. 10-5 unit/mL dan
fraksinasi bertingkat 40-50% adalah 2,91. 10-5 unit/mL.
5. Konsentrasi protein yang dihasilkan pada penentuan kadar protein enzim
adalah 0,028 mg/mL.
5.2 Saran
Saran yang dapat diberikan pada percobaan ini adalah praktikan dapat
melakukan kegitan praktikum secara lengkap agar tahu dan paham proses yang
seharusnya. Selain itu, pemberian warna pada proses staining seharusnya
diberikan dalam jumlah yang tidak terlalu banyak.
DAFTAR PUSTAKA
0.3
R = 0,8492
0.25
0.2 Series1
0.15
Linear (Series1)
0.1
0.05
0
0 0.05 0.1 0.15
Konsentrasi (mg/mL)
y = 3,12x + 0,037
R2 = 0,849
Absorbansi sampel 1 = 0,160
Absorbansi sampel 1 = 0,253
0,160+0,253
Absorbansi rata-rata = = 0,2065
2
0,001+0,037 4000
1
3,12 400
U/ml = = = 2,701. 10-5unit/mL
150,3 30
0,004+0,037 4000
1
3,12 400
U/ml = = = 2,91. 10-5unit/mL
150,3 30
0.5
0.4
Series1
0.3
Linear (Series1)
0.2
0.1
0
0 0.01 0.02 0.03 0.04
Konsentrasi (mg/mL)
Absorbansi sampel 1 = 0,686
Absorbansi sampel 2 = 0,653
0,686+0,653
Absorbansi rata-rata = = 0,670
2
y = 15,74x + 0,2272
R = 0,9387
Konsentrasi protein yang didapatkan adalah
y = 15,74x + 0,2272
0,670 = 15,74x + 0,2272
0,443 = 15,74x
0,443
x= = 0,028 mg/mL
15,74